4F9JA

Structure of escherichia coli pgab 42-655 in complex with iron
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
607
structure length
599
Chain Sequence
PWPHNGFVAISWHNVEDEQRFMSVRTSALREQFAWLRENGYQPVSIAQIREAHRGGKPLPEKAVVLTFDDGYQSFYTRVFPILQAFQWPAVWAPVGSWVDTPADKQVKFGDELVDREYFATWQQVREVARSRLVELASHTWNSHYGIQANATGSLLPVYVNRAYFTDHARYETAAEYRERIRLDAVKMTEYLRTKVEVNPHVFVWPYGEANGIAIEELKKLGYDMFFTLESGLANASQLDSIPRVLIANNPSLKEFAQQIITVQEKSPQRIMHIDLDYVYDENLQQMDRNIDVLIQRVKDMQISTVYLQAFADPDGDGLVKEVWFPNRLLPMKADIFSRVAWQLRTRSGVNIYAWMPVLSWDLDPTLTRVKYLPTGEKKAQIHPEQYHRLSPFDDRVRAQVGMLYEDLAGHAAFDGILFHDDALLSDYEDASAPAITAYQQAGFSGSLSEIRQNPEQFKQWARFKSRALTDFTLELSARVKAIRGPHIKTARNIFALPVIQPESEAWFAQNYADFLKSYDWTAIMAMPYLEGVAEKSADQWLIQLTNQIKNIPQAKDKSILELQAQGQHQAISSQQLAHWMSLLQLNGVKNYGYYPDNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Structure and Metal Dependent Activity of Escherichia coli PgaB Provides Insight into the Partial De-N-acetylation of Poly-b-1,6-N-acetyl-D-glucosamine
pubmed doi rcsb
molecule keywords Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 219
structure length 599
sequence length 607
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.5.1.-:
pdb deposition date 2012-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01522 Polysacc_deac_1 Polysaccharide deacetylase
A PF14883 GHL13 Hypothetical glycosyl hydrolase family 13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4f9jA02
3.20.20.370 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycoside hydrolase/deacetylase 4f9jA01
4AEEA 1UKOA 4M81A 3POCA 2D20A 3SCNA 4UQ9A 4J7RA 1BVNP 3NSMA 4UCFA 1R8LA 1W32A 1ECEA 4TVUA 1C7TA 2A3CA 3ALGA 2CBIA 4AZHA 1BAGA 1EDTA 4FLQA 4ZXOA 1GPFA 4ACZB 4XX6A 1KR1A 3QGVA 2PWEA 2CPUA 1FP9A 3S6OA 2CIPA 1CECA 1UA7A 4UQAA 2ZWZA 2B31A 2QHAA 1IZKA 4DWSD 3GNPA 2VL4A 4PUDA 2WC4A 4QFUA 3SCSA 3CUGA 4CKQA 1NP0A 2YIHA 4B9YA 4PTMA 1Q4NX 1B0IA 1CGYA 4URIA 5EFDA 3WEMA 1XV8A 4QP0A 1JF6A 2VX5A 2WC3A 1BYBA 2D1ZA 2DDXA 1AMYA 3T0AA 4CD4A 4U10A 5A6BA 1RP8A 4V33A 1NQ6A 4K68A 2BFGA 3ARQA 1ISWA 1JL8A 3WH8A 1BSIA 1G94A 2A3EA 4P8XA 2YA2A 2NSXA 1DWAM 4W8AA 1HVXA 3WD4A 4CD8A 3VOCA 2V5DA 4U2ZA 3UERA 1JF5A 3CHDA 2VO5A 2Y8KA 3WDHA 2J25A 2ZICA 2GFTA 2UY3A 1A3HA 2XVLA 1E40A 2AMGA 1SFSA 1EO7A 3VO0A 1UQZA 4HZ6A 2Y24A 5I5RA 3K4DA 1LWHA 5A2AA 1SMDA 2J7BA 4ATLA 2J4GA 3EDJA 3FNDA 3PZOA 1NH6A 1V3MA 4FLOA 5A94A 3SUTA 2CBUA 3AXHA 1QPKA 4P7NA 2PWFA 4U33A 3VDHA 5LA2A 1HXJA 4HU8A 5GNXA 1MW1A 1BGAA 3GM8A 3ZJ7A 1H11A 3ARVA 1W2VA 1W1TA 5A95A 4EE9A 4ZE5A 4HOZA 1UKQA 4BQ3A 3BAYA 4AZCB 2D22A 4W89A 1C92A 4PMOA 4UOQA 3W82A 3DECA 1WDQA 1F4AA 1QBBA 5M3WA 4ATWA 1QW9A 4TUFA 2OSWA 5A8PA 1H5VA 4BQ4A 4FK9A 2WVVB 3AICA 1HF6A 1MWOA 3QHNA 2VUYA 3VIOA 2VZSA 1ISXA 1FHDA 4TOQA 2JEQA 2ZIDA 1W9PA 3ZT6A 1JFXA 4M80A 3WDPP 1GVIA 3KL0A 4MNMA 3CTTA 1UKPA 1JZ3A 4LYRA 2W63A 2BVDA 1ISYA 4NRSA 3WKZA 2DQXA 3QHOA 4KH2A 1VFOA 3NSXA 2J7CA 5M17A 2VX6A 5E6ZA 3OLDA 3AZRA 3AOFA 1UWUA 3GBEA 1C90A 3CZJA 3ZR6A 4D72A 4U5IA 4JFTA 1RD6A 3VX1A 3NIYA 3SCWA 1JZ7A 1TE1A 2OWCA 4NRRA 4M56A 1DWFM 1GOOA 2BXZA 2XU2A 5IHSA 2VQUA 4XB3A 2OSYA 2E4TA 2WMIB 5D9NA 3WQWA 3CIVA 2W61A 3VGBA 4HMEA 5JUVA 3MKKA 1BQCA 2E0PA 4HZ8A 1US2A 1DWHM 4ATDA 1E56A 3OGVA 1UH2A 3CZGA 2ZXAA 3D3AA 2VVSA 2WMGA 4PCSA 1JXJA 2PC8A 1KB3A 3W28A 3GZAA 2BHUA 3UG4A 3MU7A 4WSJA 4DM2A 1O6IA 1X6LA 2J74A 5AYIA 3BH4A 4A3YA 3WNOA 1CXLA 5C70A 1E0XA 1UD4A 5ABHA 1J18A 4E8CA 1B3XA 3M7SA 2WMFA 3O2LA 4CD7A 3BSHA 4KRTA 3OGSA 2W62A 1EGZA 5A6SA 2DSWA 3EDFA 1F4HA 2DT3A 1Q6DA 3MUIA 2YL6A 3F5LA 3AJ7A 4D6EA 4JZ5A 4NZ5A 4PMUA 1AQHA 2WLZA 2WVUA 1DHKA 3VNZA 3SCQA 1Q6CA 2YL5A 2WPGA 2XFYA 1E15A 3JUGA 2GJPA 3VDAA 3L4UA 3A4XA 4D6JA 3IJ8A 4ZE4A 1R87A 4GZIA 1E4LA 2CHOA 4MB4A 1FHLA 3SCUA 3TA9A 3ARPA 2BVYA 3CL7A 4H8UA 2XVGA 1ODUA 2V3EA 4D6FA 1HKMA 3VIMA 3AMLA 3S6TA 3CMJA 3OA5A 4FLRA 1KWGA 3PZVA 3OZPA 2X0HA 2DIJA 2VX4A 1MW2A 3AIWA 3VD3A 1CXHA 1V08A 2BV9A 2VZOA 2E67A 3W0KA 3VIIA 3A4WA 2X2YA 1OD0A 4JIEA 3AROA 4JCLA 3WH7A 3HFTA 2DSVA 3KL5A 2GJRA 3OLIA 3AQUA 1E73M 4AZBA 5KEZA 4U31A 4BA0A 5DT7A 3TTQA 3ZSTA 4CGTA 4CCDA 3VUPA 1B1YA 1E5NA 1FFRA 1WZKA 2A3HA 2C1GA 2QLYA 4UOJA 3UR8A 3PBGA 5HOSA 1C7SA 4Z2KA 4IISA 3VDCA 1ITXA 1JXKA 3W53A 8A3HA 4QLJA 4Q22A 5BCAA 2DFAA 1C3FA 2ZX9A 2DSZA 1OWQA 1UH4A 2AAAA 2D0FA 2D3NA 4JKLA 3EMZA 2D3LA 3HMCA 1BGGA 2GVYA 4UTFA 2WSKA 1EA9C 1CLXA 1AQ0A 1E6XM 4UFHA 2J8FA 3PZGA 3IANA 1ISZA 4AD2A 2YDSA 3L4WA 4KGJA 1NWSA 3THDA 2VRJA 2D23A 3TTOA 2YDRA 4AISA 2RGLA 3K46A 3AHYA 4HZ7A 3LMYA 2DSKA 3VTRA 1WDRA 4M8UA 1C8XA 3KEHA 1KQZA 1GVYA 1HNYA 3KZSA 5FD0A 2XTKA 2YL8A 1K6AA 1MYRA 5GPRA 3WDRA 4H7VA 4Z2GA 3BXWA 3AXIA 4UQBA 5HPOA 3WD3A 1GCYA 1QBAA 3SEPA 1UR8A 2W92A 3DHPA 4QDMA 5AYBA 1QNOA 1B2YA 4QAWA 5DO8A 1HX0A 5CLWA 1BPLB 4CUCA 3ARRA 3APGA 3ARZA 4W5ZA 5CPSA 3B9EA 1UWSA 1J01A 2GSJA 2G3NA 1HN1A 2XIIA 2J75A 3L4TA 3FN9A 2E9MA 2J62A 1MW3A 1QNQA 1UR2A 5A8NA 1H1NA 3K1DA 5BRPA 2EO7A 1W9UA 1IV8A 1H3GA 1TZ7A 2CCRA 3I3BA 3IAQA 7CGTA 4PMYA 1TA3B 2J7GA 5C71A 5CPTA 3N18A 2QMKA 4LQ1A 3FXYA 1I1XA 1EDGA 1W1B1 2IXUA 3WF4A 3ZMRA 1J0JA 4WSKA 3WEZA 3WNLA 4JHZA 1HL9A 2ZUWA 1QI3A 2ZWYA 1HJQA 5A3HA 1TR1A 1ESWA 1CBGA 1KWKA 3ARYA 3KL3A 3W37A 3F5KA 4NZ3A 3CZKA 4NZCA 2WHJA 3OG2A 4JFUA 1HKKA 3DYMA 3K4AA 1XD0A 4QLKA 4B9ZA 4CD5A 1OGGA 2C0HA 4JFVA 1HJUA 4GXPA 2WW5A 4OOZA 3MV01 3M6DA 2WCSA 2EJ1A 2WK2A 3BSGA 3WQVA 5HXMA 2WCAA 4UNIA 3ZO9A 1X1NA 3BAJA 2CETA 2X8RA 1E4IA 5DF0A 2D2OA 4AMCA 3AYRA 2W3ZA 4JKKA 3WD0A 1G0CA 2WZEA 3ALFA 3G6MA 2XVNA 4P8VA 1LL7A 4UZSA 2VRKA 4H2CA 1J0YA 4PMQA 3IJ9A 2OYKA 3OBAA 3WUBA 3SIMA 3SCOA 4WKAA 1GONA 1GQLA 4WIWA 3W26A 5HNNA 4F8XA 1OCQA 1W1A1 4ML4A 1JAEA 3MMUA 4BZYA 6CGTA 1XD1A 1UKSA 2PF0A 2WZIA 4IPNB 3MSDA 1WO2A 1A47A 3N1AA 5I2UA 2HISA 4D71A 3GNRA 1MQRA 3DHUA 5I0DA 1VFUA 3OGRA 5ABFB 4PRWA 4AZGA 2F2HA 2CHNA 3EDKA 1XC6A 2X05A 1V03A 3L4ZA 1PAMA 4CU8A 1U33A 1LG1A 1KCLA 3AIBA 3CH9A 3D5HA 4AIOA 4RE2A 3TOPA 4BCEA 3THCA 1UH3A 1GOKA 4J27A 3WH6A 1R85A 4LPCA 3T2QA 1V02A 2ZX7A 1JYWA 1UZ4A 2VTFA 1ZJBA 2W4XA 3EMQA 2OYMA 4D1JA 2J7FA 1R7OA 4GI8A 1JG9A 4LY4A 3ZIZA 4H8VA 4GZEA 2XGIA 1WDSA 2WC7A 3KE0A 3WF2A 3L2MA 1EOKA 4W7UA 5DFAA 4L4OA 1C8YA 1EO5A 1C91A 1KXVA 2GK1B 2DT2A 3BC9A 3NDZA 1HL8A 4MB3A 1KR0A 4OUIA 1CIUA 1V0NA 2DPEA 2VNCA 5CQ1A 5IFTA 2DH3A 3CLWA 5JBEA 4BQ2A 1VBUA 3RDKA 1E1EA 1UR1A 2CYGA 3U7BA 3T0DA 1E43A 1V3JA 4UQCA 3SCTA 1BG9A 3VMOA 1J0IA 1QVBA 2FHCA 3AHZA 3AS1A 4W7VA 3CL6A 4KRUA 1WDPA 5E09A 1QNPA 4JKMA 3GDBA 1XSKA 2NT0A 2WCGA 3RMEA 3IK2A 4MAVA 8CGTA 5JMUA 2GDVA 3UR7A 2WMJA 4IM4A 1DP0A 2BS9A 3POHA 2Y8VA 3AMGA 3EMCA 2I5IA 2YKKA 5LA0A 1VEOA 4WF7A 3RJXA 1OGSA 3WY1A 2J7EA 2OWXA 4MDOA 1CNVA 2XVKA 2ZUVA 1CDGA 1E6QM 1BG4A 1LLOA 3AYSA 4UZUA 3UG3A 1D7FA 2O92A 1RP9A 2VCCA 4AD0A 3EYPA 2WKGA 3PZ9A 4JFWA 1V0LA 1MFVA 1UYQA 3ZQ9A 4MTVA 4Q7NA 3MS8A 1QI0A 2WMKA 1WZMA 3GXIA 1FFQA 2TAAA 4MDPA 5A6AA 1BFNA 3ARUA 3CO4A 2CKRA 6A3HA 1R86A 3CUJA 1J11A 4DWSA 3LPFA 4CCCA 2XGBA 4AEFA 1EHAA 5I24A 2G41A 1HP4A 2FGLA 2J7DA 1PIGA 4EANA 1ZBCA 1XH1A 3MUY1 4AZ5A 2ZUUA 3W29A 1SR0A 4AD1A 4CVUA 1NARA 1WNOA 4HA4A 4M82A 1XSJA 4UFKA 5EMYA 4M1RA 4M29A 4Z2IA 2GJXB 3WD2A 5GNYA 1QI2A 5CGMA 2WZHA 1S46A 1JDAA 1H41A 3AIUA 1NM9A 4LXFA 3NSNA 4WK9A 1H0IA 1W17A 3RM4A 3UCQA 1JFHA 1UD2A 2J78A 3RIKA 2ESCA 4HD5A 2BY3A 2E9LA 4PEEA 4PMVA 3WUFA 1NOFA 4PMNA 2FDMA 1OIMA 1JZ4A 5LA1A 3VIHA 1PBGA 1EXPA 1V6VA 3ZM8A 2VC9A 2EXOA 2YDQA 2CC0A 4MNKA 2WVSA 1C93A 1WPCA 4AZ7A 1JZ5A 4AW7A 4PMZA 2FH8A 3VMPA 2WNWA 3BAXA 3NYDA 7TAAA 3GNOA 4MJ2A 5D9MA 5AY7A 2ZE0A 3ZJKA 1HJWA 1LL6A 1EDQA 3VD4A 1DEDA 4CD6A 1V3IA 4MB5A 2J7HA 1OM0A 2J13A 2NLYA 1QNSA 3WDQA 4BQ5A 5DMYA 1EH9A 3NUKA 1XW8A 2VR5A 3AXXA 2DT0A 4XV0A 5I23A 3N04A 3O9NA 1XSIA 4W86A 1B3WA 1HJSA 5A1AA 3WNNA 5M03A 2PI6A 3SUSA 4CN4A 4PUEA 3W27A 4U5KA 2J8GA 5BXPA 4GPNA 4R5EA 1VBRA 4GINA 3ZOAA 1JYXA 5HDRA 4UFIA 4C7FA 2VOTA 5I79A 4KMQA 2V5CA 1VIWA 3WBEA 2UY5A 3W38A 2QV5A 1GHRA 5DT5A 1OD8A 1J12A 1QNRA 4IPLA 1E70M 4AWEA 2VZUA 1E6SM 3VIGA 3FHAA 3WX7A 1CGUA 3EDDA 2C71A 1YHTA 2XFRA 3WUEA 4UFLA 3TP4A 2XSAA 3I3EA 1B3ZA 3N11A 1H2JA 3OIHA 3U57A 1QHOA 4PTWA 1JZ6A 5D9OA 4V2XA 3CBWA 1XGZA 4MNJA 4W87A 5EFFA 3WMSA 1Q6EA 3FHQA 4P7RA 1UOKA 3AIRA 1FH9A 1J10A 2BNJA 1MQQA 2V38A 3BAIA 3MANA 1E55A 1LJYA 3CUHA 2XVPA 1PEZA 3B8SA 3WQ8A 5KZ6A 1BF2A 1PPIA 2E8ZA 3B9DA 1EOMA 1GJUA 1W3KA 1PJ9A 3CL8A 1XH0A 3WF3A 4TX8A 3T2OA 5A2BA 4OKDA 2EPKX 2AOSA 2YBTA 2D0HA 2YLLA 1JI1A 1OIFA 3PTKA 3QHMA 3WF1A 1KXTA 2WXDM 4F79A 3II1A 4JFSA 1KBKA 1UQYA 3ZJ6A 3OZOA 4PTXA 5A6KA 5A69A 2PB1A 3RJYA 4J28A 3L4XA 4BF7A 2YLAA 1Z32X 4OBSA 3M46A 2WBGA 3WH5A 1Y7VA 2WKLA 1UHVA 5FCZA 2QMJA 1TVNA 4HP5A 1V0KA 3I3DA 5CXPA 1XH2A 5M5DA 2ZXBA 2WB5A 4RL3A 4ACYA 2GDUA 4WKFA 5IHRA 1I75A 3AZSA 3AISA 1BYCA 5CGTA 3GBDA 3WMBA 5IDIA 1DWJM 1PX3A 1E71M 3W24A 2VX7A 1BVZA 1UWRA 3PZQA 5BWFA 1L8NA 1VFMA 1VRXA 1MFUA 1E3ZA 3U5YA 2XWEA 1HKJA 1W1VA 2W67A 4H04A 1BYDA 4X0NA 3AS2A 3L4VA 3VIKA 1IT0A 2IUZA 1XYFA 3GXMA 4PBGA 1KFWA 4J3WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AEE A;  1UKO A;  4M81 A;  3POC A;  2D20 A;  3SCN A;  4UQ9 A;  4J7R A;  1BVN P;  3NSM A;  4UCF A;  1R8L A;  1W32 A;  1ECE A;  4TVU A;  1C7T A;  2A3C A;  3ALG A;  2CBI A;  4AZH A;  1BAG A;  1EDT A;  4FLQ A;  4ZXO A;  1GPF A;  4ACZ B;  4XX6 A;  1KR1 A;  3QGV A;  2PWE A;  2CPU A;  1FP9 A;  3S6O A;  2CIP A;  1CEC A;  1UA7 A;  4UQA A;  2ZWZ A;  2B31 A;  2QHA A;  1IZK A;  4DWS D;  3GNP A;  2VL4 A;  4PUD A;  2WC4 A;  4QFU A;  3SCS A;  3CUG A;  4CKQ A;  1NP0 A;  2YIH A;  4B9Y A;  4PTM A;  1Q4N X;  1B0I A;  1CGY A;  4URI A;  5EFD A;  3WEM A;  1XV8 A;  4QP0 A;  1JF6 A;  2VX5 A;  2WC3 A;  1BYB A;  2D1Z A;  2DDX A;  1AMY A;  3T0A A;  4CD4 A;  4U10 A;  5A6B A;  1RP8 A;  4V33 A;  1NQ6 A;  4K68 A;  2BFG A;  3ARQ A;  1ISW A;  1JL8 A;  3WH8 A;  1BSI A;  1G94 A;  2A3E A;  4P8X A;  2YA2 A;  2NSX A;  1DWA M;  4W8A A;  1HVX A;  3WD4 A;  4CD8 A;  3VOC A;  2V5D A;  4U2Z A;  3UER A;  1JF5 A;  3CHD A;  2VO5 A;  2Y8K A;  3WDH A;  2J25 A;  2ZIC A;  2GFT A;  2UY3 A;  1A3H A;  2XVL A;  1E40 A;  2AMG A;  1SFS A;  1EO7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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