1AMKA

Leishmania mexicana triose phosphate isomerase
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
SAKPQPIAAANWKCNGTTASIEKLVQVFNEHTISHDVQCVVAPTFVHIPLVQAKLRNPKYVISAENAIAKSGAFTGEVSMPILKDIGVHWVILGHSERRTYYGETDEIVAQKVSEACKQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTSAIAAKLTKDAWNQVVLAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEVHLLLRKWVSENIGTDVAAKLRILYGGSVNAANAATLYAKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and mutagenesis studies of leishmania triosephosphate isomerase: a point mutation can convert a mesophilic enzyme into a superstable enzyme without losing catalytic power.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Gluconeogenesis
source organism Leishmania mexicana
total genus 91
structure length 250
sequence length 250
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1997-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1amkA00
3N9RA 3NQAA 5AHMA 4S2CA 4O11A 1N7KA 2W6RA 1AW1A 3UZJA 3LBCA 4QSHA 3GNDA 1DHPA 4UFMA 4JTTA 1NFBA 2C13A 5I3KA 1GOXA 2CLLA 3OVRA 3QQ1A 2V81A 2YW3A 3M43A 2GJNA 4OGZA 2B7PA 4GUGA 2X1SA 4FXRA 1TV7A 3DI0A 4HNVA 1B4EA 3W85A 2EKCA 1HTIA 3JS3A 3W88A 3B04A 3CHVA 1UCWA 4J9JA 4GJ1A 3UPBA 2PC4A 4EOUA 1WDWA 1JCLA 3LTSA 3E0IA 1KA9F 1P1XA 3W2MA 5C54A 4KFNA 1TTQA 3TSMA 5CPLA 4O57A 2GPTA 1SW7A 1RD5A 4UMAA 1VYRA 4WY0A 1TJRA 2QJGA 1KM2A 5F4SA 2J9XA 3HG2A 3VNDA 3L65A 2NV2A 3DFNA 1LOSA 3PB0A 1AW5A 1IF2A 2ZCGA 4NZFA 5EY5A 3L68A 5L6UA 4MFDA 4FB7A 3NEVA 2RH9A 1D9EA 5EA9A 3W7CA 3MHGA 4MOZA 1TV5A 2FLIA 1OFQA 1VCFA 4B5NA 4LC8A 2ZA2A 3L5MA 3THQA 4JYEA 3LV6A 4ZMGA 2H8XA 1FQ0A 3H53A 1FXPA 4I9AA 2ZRZA 3M9YA 2TYSA 1OX5A 1LRTA 3W74A 4UCGA 2OMAA 3WK2A 3N9SA 2EPHA 4O4VA 4JYDA 2EGZA 5EYWA 2WV8A 3N34A 3USBA 1VYPX 1ZHAA 1FXQA 4IPJA 5F4XA 2HS6A 3MP4A 1J4EA 3HGOA 3MP5A 3B03A 3OHIA 2FPVA 1YDNA 2GQAA 2E5DA 4K37A 2GVJA 3TH6A 3DFPA 2Y88A 1K7EA 2DU2A 4OQVA 5LGXA 2X2GA 4RCXA 3ABOA 4LS0A 3Q37A 3O6YX 4JTUA 2EHHA 1FWTA 3PSWA 3SSJA 3SR7A 5E0KA 2DJLA 1LBMA 4A22A 2C3ZA 2CZFA 2QDGA 1K7XA 3DFTA 3TDFA 1TRIA 2DZWA 4FNQA 2QUVA 2OCZA 1JQVA 3G8EA 1TB3A 5K9CA 4H6KA 5DY3A 2ZTKA 5LNVA 3PULA 3C3NA 5F2MA 4UTTA 1H63A 1JRBA 5KTLA 4AHQA 1QWGA 2R8WA 4RX0A 3CPRA 3UWYA 4GUJA 1XBZA 2BXVA 3SIZA 2PRHA 3BPWA 4WX2A 2QCEA 3G3MA 5AC6A 1OG0A 2A0NA 4O14A 3S6DA 1LYXA 4Z1CA 4UNLA 1TREA 2NLIA 3TXZA 5HWMA 4Z0JA 3OG3A 3HB9A 4WOQA 2ABAA 3BK0A 1N55A 3QM3A 2NX1A 1YTDA 3EWUA 5H91A 1GTHA 2YR1A 3R13A 4GE8A 2QAPA 1MZHA 1SUXA 4JDYA 3ZS4A 2NUWA 1KBIA 4RR4A 3R8RA 4R33A 4AWUA 1DBTA 2CU0A 4GNJA 4YWIA 3NQVA 3DU0A 1SFJA 3F4WA 4IXXA 1TIMA 5KZMA 1YDOA 3QMRA 4M7TA 4JICA 3K30A 3A5VA 2FPYA 3IRDA 3TNOA 2QCHA 3KX6A 3LI1A 1JJKA 2HSAA 4A2RA 3LHVA 4HSOA 4JX4A 3WK3A 4E2BA 1EEPA 3KVMA 3W1QA 5HR7A 1TTJA 1KFLA 2ZZ5A 2OZ0A 2QAFA 3M5VA 5CZ0A 4WY0B 4DXVA 1VHCA 4NXSA 2A5HA 1QPRA 3GXPA 2GUUA 4ALDA 2Y70A 5CPOA 2ZRUA 4PTNA 3W72A 5IBXC 4WOZA 2VEIA 3PC0A 1JUBA 3TR2A 2CLFA 1SO4A 3LXCA 2YDAA 3Q58A 3QC3A 3GK0A 2ZDRA 3DFQA 4N4QA 5C2XA 3IIOA 1DOSA 2NUXA 1ZAJA 5D09A 3FYOA 2CZEA 4EF9A 5G1YA 4H4IA 3OVPA 3DXIA 2O7SA 3C2EA 3M16A 3SZ8A 1S3HA 1U83A 1MSSA 3E12A 5FEXA 4LRSA 3MI6A 2A1YA 1D3HA 3IVUA 3CM4A 5HJLA 1O94A 2E09A 1ZAIA 1DJQA 3STFA 1ME7A 3GXNA 1I45A 4ORMA 2C18A 4MPQA 4BR1A 1VH7A 5C55A 3P74A 2VENA 4MLRA 3W1XA 4NU7A 1Q6RA 4ADUA 3ATYA 3MJYA 5AHLA 2RDWA 4Q32A 1HFBA 1GVQA 2RDTA 5F2IA 3L0GA 4UTKA 4K8EA 4CQ9A 1GG1A 1A5AA 2QCNA 3SGUA 3HBLA 3W7KA 1RR2A 3S5YA 4BFAA 4CQAA 3W76A 2Y89A 3DFOA 3GX9A 1XCFA 1LOQA 3QF0A 4N2YA 4WY0F 3H54A 1OFEA 2V0TA 4QAIA 4O4WA 3C4UA 5D05A 4MJZA 5AHFA 3IVTA 2QCMA 1FWNA 1WQ5A 4NJGA 1G67A 3TQKA 1OFDA 4FEZA 2E1DA 3CEUA 3QFEA 1FBAA 3CQ0A 3OIXA 4Z0SA 3U6WA 1IXPA 5FF2A 1XI3A 1R2RA 1TMHA 4ICNA 1E51A 4AHPA 3TW6A 4RJEA 4AB4A 1FWWA 1K02A 1X1OA 3TSBA 2ZZ7A 4Z08A 3Q2DA 3QMTA 3LCLA 3NDOA 4JTFA 3P5ZA 4XKYB 4JEQA 1KM0A 3P60A 1KFEA 1OX6A 4A29A 4AF0A 2WSYA 4DF0A 4RK8A 3PUDA 4RV8A 3W2LA 2QCCA 5J5DA 1V5XA 1H7NA 4ZQRA 3KHJA 1IXOA 2J9ZA 3HOJA 4TU1A 2WSQA 3UXDA 1VR6A 1RQEA 4DBEA 3T7VA 2O7QA 3G18A 1WA3A 4IGHA 3Q94A 4LRTA 2E6DA 3S5OA 3G0SA 3I68A 3AO0A 4MLJA 4K6AA 2Y7GA 3MBDA 2QJIA 4MFEA 4JTKA 4AHOA 3I7SA 2VKZG 4ZZ9A 2JGQA 2OJPA 1PS9A 1T99A 3E96A 3S5ZA 3QPYA 2Y61A 3TC7A 4O28A 3W7GA 5LNWA 1MEHA 3I6RA 4MZ8A 2YX0A 1XM3A 3W2NA 4AAJA 5D37A 3QH2A 2YW4A 4QNEA 6TIMA 4O13A 3LXBA 3EKZA 1KW1A 1EWDA 3NXFA 4ZVJA 4ADTA 4D2JA 3W73A 5ABTA 1JUKA 5H2ZA 3TX9A 2OT1A 2WNNA 2QCFA 4O19A 5A5WA 3TKFA 2D73A 4O1AA 1VHNA 4I7WA 3MW7A 2C16A 1S5VA 1W5MA 3LBMA 3UYCA 4GUIA 4GUFA 3M1ZA 3TAOA 4ZQMA 1I4NA 2CZDA 1GT8A 4O12A 1D3GA 1R2TA 5AHNA 2QCDB 3W6YA 1B3OA 5D2WA 1Z44A 1LCOA 1O4UA 4UTUA 1J5TA 2NX3A 4N6FA 3QYQA 3LXAA 1UUOA 3DZ1A 4LVAA 3QW4B 2QF7A 3T44A 1T96A 1LZOA 4OE7A 4O1BA 1TPWA 4W9TA 2BX7A 1AW2A 4FIQA 1JRCA 1YTKA 1G6CA 5CPMA 1KM5A 1OFAA 1P0NA 1O5XA 4DF2A 5AYZA 1G69A 3O8AA 4K36A 4Y8FA 2GQ8A 3QJAA 2ZRYA 5MHBA 3EWBX 3EWZA 4LU0A 1DL3A 3UWWA 1W1ZA 1QDSA 4RZ6A 3EWYA 4Z1BA 3OBKA 4I7VA 4NNBA 1G7UA 5HR6A 1F76A 5KZEA 1EB3A 1K03A 2VEPA 3QEZA 2Y6ZA 4CCCA 4AMAA 3UWUA 4JS3A 1VJIA 2WNZA 2Q3RA 3M5ZA 5D38A 2FB2A 2VFFA 4LNYA 3W2UA 5BMXA 5K4XA 3O6DA 3TAKA 3UWZA 5HUOA 1Y0EA 2YZRA 5D2TA 3ZWTA 4JGDA 1AG1O 4X2RA 4YLWA 1QO2A 2VOMA 2ZZ1A 4HIBA 4RXGA 1OX4B 1FUYA 4YCPA 1LRQA 4DO5A 4FNPA 1F73A 1MEWA 4AEOA 1JULA 2G96A 3S5NA 2TPSA 2P0OA 3M44A 3T40A 3FKRA 4DF1A 3PUOA 1M6JA 1JUEA 1QO5A 4LS1A 1BWLA 4Q4KA 3PBWA 4DPQA 4WD0A 5TQLA 4U28A 3ELFA 4Y9AA 3EXTA 3W7NA 5G4WA 1I8JA 5KMYA 1Q6LA 3L9CA 3W22A 2CLIA 3IIPA 2LLEA 1XUUA 5GVJA 4LC6A 1Q3NA 3LERA 1XBXA 3R2GA 1OYCA 4FNUA 4XQ6A 2AQWA 3C2OA 4NXKA 5EBUA 1PE1A 3NL3A 4XWUA 4BI7A 3DAQA 1C9DA 5DCEA 2PRMA 3LLFA 1XUZA 3KRSA 4FX6M 4JD4A 3MP3A 4O1DA 1X7FA 3P8IA 3S1WA 1LDCA 2ZTJA 4KWVA 4PEKA 4R53A 3M0ZA 1QFEA 2X1UA 4JTIA 1G4EA 1OFBA 3P8JA 4KWWA 4Y6GA 3C56A 4PC8A 1DJNA 4QISA 3ANYA 2VFIA 3W23A 5EPDA 1TV8A 1AL7A 5G2IA 1B9BA 4LV9A 1I2RA 4RKAA 5I3HA 4FX8A 3M5XA 1R30A 2I14A 1PCKA 4N9EA 1A50A 3SY5A 4G1KA 4MZYA 3LOTA 3TW7A 4NVTA 3W7OA 5G5IA 4IMGA 1O5KA 2PRLA 3LRKA 2EF9A 4RXFA 1Q6OA 4UFHA 3W07A 1SO6A 3L21A 2PE4A 3BV4A 2V5BA 2XN1A 4XUGA 3LCWA 2ABBA 4YXGA 2V2DA 1ME8A 4WXZA 5F2LA 3U2OA 1UBSA 1VLIA 4DBDA 3OVQA 2BZNA 4GRSA 5G2HA 5D03A 3NQFA 4NJIA 4JIPA 1TPB1 1YXCA 4KFOA 2QR6A 5D2XA 2E5BA 1FWRA 1XDMA 4TIMA 4QQ3A 3FFSA 5SWUA 3F1QA 1LM1A 3G1SA 5D2YA 4PL1A 1TO3A 3INPA 3SJ3A 3HIJA 3A24A 2YSWA 5CGQA 3W7QA 4M6VA 3A9IA 1KLYA 1OJXA 3W7LA 1GYLA 2HMCA 3STCA 1TSIA 4YCOA 1FCQA 3L66A 2C1HA 1TPUA 4JXCA 3HGRA 5DY2A 4MUZA 3NPXA 3M5YA 1F6PA 2Y63A 3LCXA 1UB3A 3KRUA 3TCEA 2OT0A 3W71A 2Q8ZA 1H51A 3NQ2A 3TFCA 2V30A 5AB3A 3L67A 4CNOA 3FKKA 4M7SA 1W31A 2DJXA 4N9BA 4UFLA 4CNNA 3QSRA 2QEZA 4N4PA 1LOLA 1LP6A 1EP1A 2CLMA 3TJLA 1OK4A 2GJLA 1A53A 3KRZA 3LTPA 1FDJA 3QW3A 2CLEA 1VZWA 2B7OA 2KZHA 1FCBA 2YFOA 3PUEA 5BMWA 4M6PA 3IV3A 2IQTA 4WZHA 4PH6A 1SO3A 1A5SA 4JY9A 4XKYA 4UIOA 4X22A 5T26A 3S9YA 5HUPA 4O1CA 1A5CA 2ATSA 4HT3A 3D0CA 2X1TA 3UNDA 1WX0A 3RU6A 5C5YA 2JKPA 1OYAA 1SW0A 4MY8A 2J24A 1X8FA 4LTSA 2ZZ2A 2HS8A 1EP2A 3NZ1A 4H3DA 3G1FA 3B8DA 2E6YA 3PBYA 3WJWA 4LUJA 2A21A 1S5WA 4E2DA 2A7RA 1TPDA 2C0AA 4LVGA 3FJLA 2FDSA 1KFJA 5I3JA 4FO4A 1IIHA 4JTEA 4MIMA 5DCBA 4EVZA 4N02A 5HNRA 5BNKA 2HTMA 1SZNA 3B0VC 4NQ1A 1HUVA 4S2BA 1IIGA 2E6FA 3IIVA 5TIMA 2FJKA 5K2ZA 3PM6A 1S5TA 4L4LA 4DQWA 4NUWA 4JTLA 1DQWA 2QDHA 1KBJA 1JCMP 1AL8A 1W54A 4A3UA 3NG3A 1W37A 3QRHA 4UTLA 1ADOA 1Q6QA 3MUXA 1W3IA 1KTCA 3W7HA 5KSWA 2VXNA 3L5LA 3P7YA 5LZLA 1I2QA 2YYUA 3MHUA 1IXNA 4OV9A 3WK1A 2CWNA 3TIMA 3C0JA 3M47A 4O17A 5J5RA 4OV4A 3RF9A 3EXRA 4FIRA 2NWRA 2NX9A 1TPVA 3MI3A 4WXYA 1XBVA 2FQIA 3T55A 1PL9A 3BG3A 1QNVA 1WOBA 1NSJA 1W3NA 4GC4A 3HO8A 5G4EA 3NO5A 1SPQA 1PV8A 1G7VA 1TTPA 4JTJA 1C29A 5AC7A 4O10A 5K9XA 2V8ZA 4CLMA 1EUAA 2ZQ0A 2F7FA 3CIXA 2QCDA 4WUIA 5F2GA 3GAYA 3C8FA 2DZPA 3BLFA 2J27A 3WK0A 1J2WA 3HQ1A 3P67A 1VQTA 2BSLA 2DZUA 1XC4A 3CIWA 5KZDA 2GVLA 2R14A 4K39A 3NZRA 5DXXA 1YPFA 4IXHA 3BGJA 1W56A 3EWXA 3N3MA 3BLIA 3LLDA 5DN1A 2V5LA 3KFTA 1VLWA 1WV2A 2PURA 4IMEA 3W7PA 1B57A 3NQ7A 4IX2A 4JTGA 2YPIA 4LVDA 3S42A 4GUHA 4HSNA 2RHGA 1PVNA 1H1YA 3LV5A 2X16A 3DH7A 3NQDA 2Y7DA 4JR5A 4Z1DA 4HNTA 2CLHA 4LOCA 1OK6A 4RLIA 1ALDA 4O16A 4QIUA 3TROA 1L2UA 3G1HA 4IMCA 2WO5A 1UASA 3MYPA 4OU1A 1FCVA 1VS1A 3P61A 5LNUA 2XN0A 3CB8A 1M5WA 3NQMA 4UTMA 4K7YA 4UTWC 3QMSA 4XZ9A 3FYPA 5D33A 1N8FA 1THFD 3WJYA 2R91A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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