1AW1 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	RHPVVMGNWKLNGSKEMVVDLLNGLNAELEGVTGVDVAVAPPALFVDLAERTLTEAGSAIILGAQNTDLNNSGAFTGDMSPAMLKEFGATHIIIGHSERREYHAESDEFVAKKFAFLKENGLTPVLCIGESDAQNEAGETMAVCARQLDAVINTQGVEALEGAIIAYEPIWAIGTGKAATAEDAQRIHAQIRAHIAEKSEAVAKNVVIQYGGSVKPENAAAYFAQPDIDGALVGGAALDAKSFAAIAKAAAEAKA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Triose-phosphate isomerase (TIM) of the psychrophilic bacterium Vibrio marinus. Kinetic and structural properties. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Moritella marina
total genus	91
structure length	255
sequence length	255
chains with identical sequence	B, D, E, G, H, J, K
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1997-10-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1aw1A00

4EF8A 1GVOA 3W1LA 2O7QA 4I7WA 3TV8A 3NM1A 3LB0A 4MY1A 3G1XA 1OF8A 4IXXA 2Y70A 4JEQA 2WSRA 3NPUA 4MFEA 2V30A 3QFEA 2HS6A 1R2TA 3UZ5A 3S1XA 3C8FA 3M16A 3IIOA 4FO4A 4O14A 4WQ6A 1SFLA 3LV5A 3QYQA 5D2WA 4HIBA 1NF7A 3PBYA 3ZWTA 5H91A 3HGSA 4LV4A 4NJGA 1KFEA 3H55A 4PCFA 2B7QA 4K38A 4UTLA 3CT7A 1TPDA 3TJXA 5D09A 4JD4A 4M6QA 3HPZA 4LVBA 1OFDA 4CCDA 1RZMA 1G4SA 3NO5A 1H62A 4ONVA 4CCEA 1GZGA 2Y62A 4BI5A 1THFD 1I8JA 1Z48A 3QMTA 3W7DA 3FKRA 3QSTA 4X22A 2Y7EA 7TIMA 3PY2A 5KZMA 3F03K 3FYOA 3W7PA 3ZWSA 3EWXA 4AHQA 3F4WA 1DVJA 1H7XA 3WJYA 1H61A 2R8WA 4B5NA 2VFDA 3RNDA 1WOAA 3IVTA 3NZ1A 1GQNA 3UPBA 4UTWA 2LLEA 4EIVA 1VHCA 3EXTA 3Q58A 2NUWA 1OFPA 3G0XA 5BRBA 1KM5A 3PG8A 4RZ6A 3L2IA 3ATYA 4QITA 4UFMA 3UY8A 5D05A 4DF0A 3W83A 3N34A 1XC4A 5EMUA 1LROA 1LM1A 2YFOA 3TFXA 4CNOA 1X7FA 1R30A 1GVFA 4RK8A 4WY0A 2NXGA 1S5TA 2OT1A 2ZZ4A 4GUFA 4JTKA 3EB2A 1WBHA 3PBVA 4UFIA 1ZCOA 5CZSA 4WOQA 4HNVA 2NLIA 3NM3A 1TIMA 4IQLA 3PUEA 3W3OA 1QPQA 4K7YA 4UTJA 4NQ1A 1PS9A 3DXIA 2WO5A 3PUDA 4N6FA 4FX7A 3B0VC 2QCFA 4KFPA 3HIJA 4LOCA 4QJ1A 3WK0A 4M6VA 3Q94A 2VKZG 1M5WA 2ZA3A 3W7HA 1D9EA 3CWNA 1TREA 1FQ0A 5HQEA 2CZDA 3S1VA 4N9EA 3KVMA 4FNRA 1KTBA 4AMAA 2CWNA 4LC8A 5HUPA 1TMHA 1OHLA 3CB8A 1JCJA 1QO5A 3DHFA 3TC6A 4FXSA 1AW2A 3NNTA 2CLEA 1N55A 3MHUA 5I3FA 1GG0A 3BPWA 4MYXA 1JJKA 4A22A 3S5OA 4Y9AA 3O06A 1TRDA 1IIGA 4GXMA 1FWTA 1OFRA 3NL3A 1QAPA 5EYWA 3EEGA 2E6YA 4O53A 2YXGA 2ZRZA 3U2OA 3DFNA 2G96A 4GUHA 3GKFA 5I3GA 4NXSA 3G1SA 4JR5A 3SR7A 3LRLA 4UMCA 1VRDA 1W5OA 1TPWA 3P61A 1TTIA 1LTDA 3EX2A 4K37A 4Q32A 5CSRA 1JULA 4OU1A 5DCEA 2Z2UA 4MOZA 5AC6A 1SU5A 3BVJA 3IVUA 3ABSA 4JTLA 2X30A 5MHBA 3W1MA 4E2BA 5E0KA 3CU2A 4Y90A 1ZHAA 3L67A 4K39A 4IXHA 4K6AA 4KFNA 4DBDA 4UTWC 3I6RA 1DOSA 3UY7A 2ZTJA 1W5QA 4ZL1A 1VCVA 1H1ZA 4DPQA 1GYLA 4N2YA 4RZ4A 1YTKA 4DF1A 3HOJA 1ADOA 1W56A 4HNNA 1CW2A 5LSMA 3MP5A 3GAKA 2C16A 2QCGA 2YYUA 1HTIA 1RQHA 2WKJA 1A50A 4IUOA 1NF0A 4C1LA 3ZS4A 2C6QA 4ZQPA 1X1ZA 2VEIA 2A21A 1VR6A 5CZ0A 3SECA 2ZZ6A 1DQXA 3PUOA 3VI2A 1JQXA 5D2VA 4ZQOA 3NA8A 1W5NA 3OIXA 3ZFHA 1X6UA 1L2UA 2GQ8A 2WSQA 4AWTA 3DFSA 2VEPA 4NXKA 1KM0A 4O13A 4O4VA 1LOLA 1B57A 1WDWA 3L66A 2Y89A 4FNQA 3CLMA 5D2XA 2QCDB 5F2MA 3MJYA 1QR7A 3QSRA 5AHFA 2ZA2A 4MZ8A 3DH7A 1J2WA 3IRDA 2TYSA 5I3HA 2P1FA 2ISWA 3GK0A 3HB9A 4LV9A 5D38A 2HTMA 4WD0A 1M7OA 1PE1A 3QMSA 4AWSA 1XM3A 2PRMA 1U5JA 5DXYA 1LCOA 1VQTA 2VC6A 4PL2A 1AW1A 1EX5A 4UC5A 2DU2A 3QQ1A 1FWSA 5HR7A 4ORIA 1D3HA 1B4EA 4IMGA 3C2EA 2G95A 1TJPA 3DKJA 5DELA 3C3NA 1FCBA 2JK2A 2YW4A 3KVKA 1XUUA 2NV2A 3NZRA 4LVDA 4LT9A 2QDGA 5TQLA 2WOQA 2EKCA 5D32A 3FEMA 4TO8A 3SGZA 3W88A 3I68A 4UMBA 3W9ZA 2A1YA 3L68A 3USBA 2QF7A 1OX4A 5D2TA 1OX6A 1TV7A 3MI6A 3B06A 3S8HA 4JTFA 3GXNA 5D37A 1N8FA 1W3NA 4Y8FA 1RV8A 3QJAA 2YPIA 5BMXA 1L6YA 3TJLA 1SQ7A 3C2FA 1W5MA 4O11A 3MP3A 2A7NA 1MSSA 3G1DA 4E2DA 2WNNA 3M5YA 4CQ9A 3WJSA 2WNZA 4LC6A 2CU0A 3P60A 1OFAA 1I2NA 4WOZA 4Z08A 2NUXA 4C1KA 2ZRVA 5CKSA 1FX6A 5D2YA 3HQ1A 3W2NA 5A8GA 1AK5A 5K9CA 3MBDA 1BWKA 1I2RA 5D04C 2GVJA 3W7EA 1ZAHA 1F5ZA 1PHQA 3CHVA 4Q33A 5C55A 1VYRA 2YDAA 3BK0A 4JTSA 3S5NA 3TX9A 2DZXA 4E0CA 5K3VA 3FFSA 2OMAA 1IXOA 3CEUA 1F73A 4O54A 4AB4A 1JCNA 2C3ZA 4O1CA 3CQ0A 5TIMA 4JXCA 1BTMA 1XKYA 3LCGA 3LCXA 2Y7DA 2FFCA 1XCFA 4IGHA 1X1OA 4H4IA 2V2CA 4KFOA 3M44A 4R33A 2C19A 3L5MA 4R7JA 4A29A 4NUWA 3PF3A 1YPFA 4M7TA 3U6WA 1T8XA 3BW2A 3M43A 3DFPA 5G2HA 5ABTA 3R2GA 3BG3A 3E9AA 4NVTA 2XN2A 1L9WA 1W3TA 1K03A 5SWUA 3G1YA 2ZDRA 3KAOA 3G3MA 1YXYA 3AJXA 3UWQA 4DF2A 3LCFA 2Y63A 8TIMA 2BTMA 5F1UA 4HNTA 1OVDA 3V75A 3M7WA 3NQMA 1OJXA 3E49A 5J5DA 1KLYA 4LY8A 5U4NA 3PVFA 3HG3A 3D0CA 4X2RA 2X16A 1GVSA 2JGQA 4I9AA 5F4WA 4LWWA 3VE9A 4ADTA 4D2JA 4OHQA 3W85A 2IQTA 3LOTA 1M7PA 1OYAA 1JRCA 2FTPA 3EXSA 2BXVA 3M5VA 4GE8A 1H7WA 1QPRA 2NV1A 4DO6A 4I7VA 1EP1A 1UUOA 3W2JA 2HMCA 1ZY9A 4DEFA 1DJNA 4JTJA 3P8IA 1PCKA 2RFGA 2X1SA 2QCLA 3W22A 1F6PA 2E6AA 1SZNA 2JKAA 1GWJA 3SY5A 2XN0A 4K8HA 3BGGA 2ZRYA 3HBLA 2A6NA 1OK6A 5J5RA 4IOTA 1PL9A 2E5BA 5G2WA 3W1TA 5CSSA 2A2IA 3M41A 3KVJA 3O8AA 3DFTA 3Q37A 4WXZA 3TXZA 3B0PA 1ZNNA 2AAMA 1TPEA 3I7SA 4U4MA 3EWUA 4BF9A 1JVNA 4JTTA 3BLFA 3TUUA 4AWUA 5K4XA 2DZPA 2GUUA 2V2DA 2ALDA 1XBZA 1BEUA 2UV8G 2ISVA 4M7SA 2W6RA 2QAPA 4RR4A 3T7VA 1I2QA 3KX6A 1QNVA 4XKYA 3W1NA 5G5IA 4GUIA 1HUVA 3UWZA 3NL5A 3PBWA 3W7OA 4LNYA 3TE9A 4JNMA 3MBFA 5K9DA 1G4PA 1Q6QA 2O7SA 3GDLA 4FXRA 3STEA 1SW7A 4OQVA 1XDLA 4S2BA 1JCXA 1BWLA 1RPXA 4Y6GA 2P10A 3JS3A 1EIXA 5AHLA 1BKSA 4YCOA 1SSDA 1K3UA 4H6KA 2YSWA 3NPXA 4POCA 3P8JA 1B4KA 4BI7A 4RCXA 5DXXA 2ZTKA 2FQIA 1LOSA 4MLRA 3NG3A 1MO0A 2YYTA 5H2ZA 3PG9A 4ZQRA 3UQNA 4M5PA 1TCDA 4JTUA 5FESA 3W7QA 4ZVJA 4RV8A 1NEYA 3WK3A 1OG0A 2J9XA 3DENA 4JTGA 1LBFA 2NXHA 5DBUA 1LRQA 3A5VA 3QH2A 5FEPA 3GNNA 2ZZ5A 3QF0A 4S2CA 3R89A 4OE7A 1W37A 3L21A 4JIPA 3NOEA 3W7JA 3LHZA 1SO5A 4X9SA 3W1XA 1DQWA 1FY6A 1TV8A 1VZWA 4MZ1A 2Y6ZA 1VLWA 3C56A 1A5SA 4Z0JA 4A21A 3FKKA 1LLZA 1Z42A 1O5KA 4LU0A 1CX9A 3NXFA 2NWRA 2X1RA 4JTHA 2Y88A 3GVGA 1AL8A 1T99A 3GAYA 4XWUA 1NVMA 3W74A 1LBMA 1VGAA 4FIQA 1SSGA 2BZNA 3HGRA 4FX6M 4PEKA 3MHGA 3S1UA 3FA5A 3UWWA 3W23A 1F74A 2CLLA 2EAWA 3GXTA 4O57A 1TTPA 4RX0A 4EVZA 1D3GA 1P0KA 3O05A 3PSWA 2PE4A 2NX1A 4NX5A 1JCYA 4RKAA 1HFBA 4JYEA 3KVLA 4A2RA 1GJPA 3BGJA 3UWVA 4UCGA 4AF0A 1O5XA 5BOOA 3TMQA 4XQ6A 3BV4A 3W1UA 5G1YA 2RDTA 3W70A 4NNCA 4J9JA 3A5FA 2Z1BA 2A6LA 1XUZA 4UR8A 4CNNA 3TSDA 1HO1A 3THAA 3LI1A 3M5XA 5C2XA 4N4PA 1YLVA 1WA3A 2TPSA 5DY3A 2Z6IA 1SR9A 3O6CA 1G67A 1OFBA 3I7QA 1JUBA 1KM6A 3FIGA 4EOUA 4HSNA 1G4EA 3P5ZA 3UZJA 1XBYA 1GT8A 4WY0F 1TRIA 1W31A 4TR9A 4NT0A 1YTDA 1YXDA 2Y85A 3RMJA 1KV8A 1T96A 2EF9A 1OF6A 1SFJA 2V2HA 4M19A 4LRSA 3IVSA 4DQWA 2FIQA 4ALDA 3B05A 3INPA 3T40A 2DJLA 2DZUA 4CLMA 3UD6A 1IXNA 4L4MA 1NAL1 1EP3A 4JYFA 3KHJA 5AC7A 1FCQA 3IIPA 4IMEA 2QJGA 1MXSA 5HR6A 3GDKA 5KINA 1W3IA 2YW3A 3H53A 1JR1A 3OHIA 3I65A 3W7IA 4JX4A 3P80A 4IPJA 3GLCA 1G4TA 4OWGA 5CPMA 5BMWA 3TNOA 3EWBX 3ATZA 1FDJA 1KFBA 5LNWA 3LHWA 4O52A 1C29A 1VLIA 3W1AA 4FF7A 1GTHA 3PAJA 3MW7A 1GVQA 3B8DA 4IX2A 4ICNA 4Z1BA 1T0OA 3DHDA 4Z1CA 2ABAA 3E02A 5K4ZA 4GBUA 1G6CA 5I3IA 3TA6A 2EPHA 2DZVA 1W5PA 5D33A 2ATSA 5EPDA 2DJXA 2VFHA 3LHUA 1SW3A 3T4CA 1IXPA 1QPNA 1H7PA 2DORA 2J6XA 1O60A 4MUZA 4N9BA 1K7EA 5EL1A 4RJEA 3ABQA 3QPZA 2B7OA 2JKEA 1RVGA 3G8RA 3NL2A 3NPVA 4PFMA 4OGZA 5LGZA 3IIZA 3MUXA 3W1QA 5LNSA 1FCUA 1EWDA 4K8EA 4LRTA 4MFDA 1QPOA 4FEZA 5LGXA 3L9CA 1B9BA 1DV7A 3SSJA 1I4NA 2G5WA 1A5AA 2WJZA 1S5VA 5DN1A 3A21A 4MZYA 4NNBA 1AW5A 1G7VA 2FJKA 3EKLA 1ME8A 3NQFA 3A24A 4AHPA 4UR7A 1ML1A 3W84A 1U83A 1SW0A 2BX7A 1B3OA 1ZENA 4MKNA 2XFWA 1QMLA 4O0KA 5FEWA 1IGSA 2PCQA 3TH6A 3RLVA 4IMFA 3NYZA 3EKZA 1GG1A 2FDSA 3Q2DA 4MLJA 4FNSA 4UFHA 4CCCA 2ZQ0A 5I3KA 5KTLA 1I45A 4UFLA 4PODA 5BW6A 3OG3A 2E77A 1MEWA 1FWWA 3W7LA 5A5WA 3B4UA 3P67A 1NFBA 1SUXA 2DP3A 2BSLA 1DBTA 3IIVA 3LGEA 5AHEA 1VYPX 2ISSA 3TAKA 4IJBA 3M9YA 3PSVA 2E6DA 3L0NA 3N19B 4XBSA 3LV6A 4UTIA 2F7FA 5IM51 3LHVA 1PIIA 4O8RA 4UMAA 2CZFA 3W86A 3M5ZA 5HUOA 1SZFA 3LM7A 3PR2A 4IWWA 4MJMA 1G69A 3NQ7A 2H90A 3PWAA 2WQPA 5CG7A 2GQ9A 3IV3A 2C14A 5G1TA 1OABA 2FLIA 4AEOA 2E6FA 3OVRA 1XBXA 2C15A 4GC4A 4JYDA 3IGUA 1ME7A 1HO4A 2DZWA 3R8RA 1TPC1 2GPTA 4WUIA 3VCRA 3LX9A 2VEKA 1FWNA 4P61A 4KWWA 2AQWA 5E93A 2P0OA 2ZZ1A 2H8XA 3PS7A 2YFNA 3WFAA 2CZ5A 3PM6A 2NX3A 2WV8A 3N73A 4QIUA 2BWGA 1TTQA 4Z1AA 1LRNA 1AL7A 1XL9A 2C1HA 1N7KA 1I2PA 3CIWA 4GRSA 3O6DA 1TPUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1AW1A

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