1AW1 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	RHPVVMGNWKLNGSKEMVVDLLNGLNAELEGVTGVDVAVAPPALFVDLAERTLTEAGSAIILGAQNTDLNNSGAFTGDMSPAMLKEFGATHIIIGHSERREYHAESDEFVAKKFAFLKENGLTPVLCIGESDAQNEAGETMAVCARQLDAVINTQGVEALEGAIIAYEPIWAIGTGKAATAEDAQRIHAQIRAHIAEKSEAVAKNVVIQYGGSVKPENAAAYFAQPDIDGALVGGAALDAKSFAAIAKAAAEAKA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Triose-phosphate isomerase (TIM) of the psychrophilic bacterium Vibrio marinus. Kinetic and structural properties. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Moritella marina
total genus	91
structure length	255
sequence length	255
chains with identical sequence	B, D, E, G, H, J, K
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1997-10-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1aw1A00

5DXXA 1RD5A 1TJRA 1O4UA 2OJPA 3EWYA 1QR7A 1JCJA 1A5SA 3KAOA 2ALDA 1IF2A 2J27A 3B8DA 3JR2A 3DZ1A 4M5PA 1ZJIA 3R13A 3C56A 3EX4A 1KM2A 2V30A 4XKYB 3W7CA 2QDHA 4UTUA 2QR6A 3KRUA 3DENA 2RDTA 1VLIA 2RDWA 3WJWA 1TREA 4PFMA 1LDCA 5J5DA 2C6QA 3CHVA 1IXPA 1WV2A 1H61A 1FWSA 3HG3A 3Q58A 1FBAA 4N4QA 2A21A 2RH9A 4MUZA 5F2MA 1SFLA 2JKEA 4GUFA 4IX0A 2YW4A 4GXMA 3TNOA 3G1YA 4NJHA 1FWRA 2QCNA 3P61A 3BLEA 4U28A 4IXXA 1SUXA 2A85A 3VE9A 3RLVA 3M5ZA 2V2DA 5AHNA 4NXKA 1BWKA 1D3HA 3LHZA 3QF0A 1KM5A 1YDOA 2W0UA 3QQ0A 4FHAA 3BW4A 3T4CA 4E2DA 1W5QA 2FDSA 4I9AA 4JTEA 2P0OA 3TE9A 3T55A 4IMGA 4E2BA 2GOUA 3MMTA 3NXFA 1D3GA 1SFJA 5CZJA 2DZPA 2NXHA 1XDMA 4O52A 1A50A 3RFAA 1DL3A 4BI6A 4Y6GA 3NL6A 3WJSA 4E0CA 2X1TA 3TH6A 4EOUA 3DHFA 5K9DA 1MEWA 3NPVA 4UTKA 4BK9A 4JEQA 3TDFA 3UXDA 3HPZA 1OFEA 4I7WA 3QMRA 1J5TA 2J24A 3GDRA 2VKZG 3NQ2A 3LXAA 3TQKA 1PV8A 2NX1A 4DF2A 5U4NA 1QPRA 3SFKA 1H5YA 3NL2A 4LS1A 2ZFAA 2CLLA 3GB6A 3O8AA 4RLIA 3FKRA 4WOZA 4O14A 5KZDA 5K3VA 5K4ZA 3HBLA 1ME8A 2E5BA 4NNAA 3LHVA 2OZ0A 3KVJA 2WV8A 1LRTA 2Q8ZA 5FEZA 3O16A 3LRKA 3UPWA 1GVFA 2YW3A 4MKNA 1U83A 1XXXA 3PBYA 4BWLA 3NQ8A 2QCDB 4O1AA 3NZRA 2VEPA 3O6YX 1TPEA 2JGQA 6ALDA 5D05A 3NPUA 3IIOA 4IPIA 3LDVA 3GK0A 4FEZA 4FX7A 5AOUA 4O8RA 3MBDA 4PC8A 1XDLA 3O15A 3N2XA 1H7WA 4JICA 4NUWA 1KFEA 4FIQA 1OVDA 1CX9A 5E0KA 3FYPA 2C14A 1KFKA 4A2RA 3SR7A 2E68A 3BLIA 2YCEA 4N9EA 4N9BA 5AYZA 4JDYA 1DVJA 4ORIA 1EWEA 3ZWTA 1OABA 2YYUA 4HNNA 4FB7A 1YPFA 3DFQA 4DF1A 1FCQA 5HMSA 4DQWA 3GX9A 3E02A 1X8FA 4JDBA 3GXPA 1LORA 3M43A 1R47A 3O07A 1AMKA 3PULA 3AO0A 3NM1A 3G24A 5AC6A 1U5JA 1QMLA 3F4WA 2ZA3A 4O18A 1SZFA 1KV5A 2NX3A 2QEZA 4NNBA 4UFIA 2NUWA 4RZ5A 1QFEA 3QH2A 3K30A 5HWNA 4GUIA 4RCXA 3N14A 4JTSA 3T78A 3IGUA 4JN6A 1NF7A 4MFDA 1O5KA 3PF3A 3SSJA 5G5IA 3R2GA 1GTHA 2QF7A 3UY8A 5HINA 1CI1A 2ZA2A 5D2YA 3EWZA 3NM3A 3FJLA 2C19A 2HTMA 4OBTA 4DBEA 1TQJA 5KMYA 4WJEA 1KW1A 3H53A 3GDLA 5BMXA 3LCFA 3PUOA 5D09A 2NUXA 3CEPA 1JCYA 3G0SA 3W87A 2PC4A 4N02A 4IMDA 3TSBA 3A24A 1XI3A 4MLJA 2ZZ4A 1SSGA 3C6CA 1TPUA 4LS2A 4EF9A 4AHOA 5I3FA 4NU7A 3DFPA 4TMBA 4DELA 1XUZA 4R53A 4IWWA 1OFQA 2C15A 3KOFA 3IVUA 4CNOA 4JTLA 3PC0A 3MHFA 2ZRYA 2YDAA 1SZEA 3ZFHA 4WZHA 1SW3A 4TR9A 2I9EA 4OV4A 3LOTA 1QPQA 1XUUA 1XM3A 3MI3A 2GVGA 4POCA 1QCWA 3MWAA 1GTEA 1WA3A 5FEWA 4WX2A 2BSLA 1VQTA 1OX4A 4JTFA 3EKZA 2DORA 4ADTA 3C4UA 1R30A 2KZHA 3M41A 1G4PA 3M16A 2E5CA 4ZVJA 2ZBTA 3UWUA 3W1XA 1A5BA 2DZUA 3UPBA 3UZ5A 2WJZA 5F4WA 4Z0SA 3L9CA 4AWTA 5G1YA 3FLUA 1ZENA 4Y8FA 2X1SA 3R8RA 4O57A 3MHUA 3TXZA 3L68A 3ELFA 3EWUA 2G5WA 1FCVA 3KVMA 1XCFA 1F7BA 3W86A 3LHWA 3SECA 3L0KA 3PR2A 3NDOA 4O28A 2X16A 2D73A 1KFLA 1WBHA 1F6KA 1JCXA 1TPB1 1H51A 3HPXA 1WX0A 4DO6A 2QUUA 3M47A 2CLHA 1QOPA 1FY6A 2ZYFA 1TTQA 5D38A 3FOKA 1LZOA 2Y62A 3M1ZA 2Y88A 3HGRA 3V1PA 3S1VA 2A7PA 5DELA 3AJXA 3LCWA 3N9SA 3OVQA 1LOSA 5KITA 4Z1DA 2QCCA 1S3HA 4QJ1A 1RQEA 1F05A 3S1UA 2YFNA 5G4EA 5F2LA 4JNMA 3RNDA 5HR7A 4RX0A 3TQVA 3ANYA 2YZRA 4TU1A 2ATMA 2FPTA 2WO5A 5CSSA 3B0UX 3TQ0A 3DHDA 3IVTA 3C3NA 4BI7A 4MZ1A 4JR5A 1JUEA 5DCDA 1LBFA 5MHBA 5FF3A 5DCEA 5D04C 5AFDA 4O13A 4O16A 2E5DA 5FF2A 3IIZA 1OK6A 4FNSA 2A7NA 2C3ZA 1OJXA 2B7QA 4O1BA 4FXSA 1MXSA 3NQGA 5CZTA 3C2EA 4CLMA 4N9DA 1OYBA 3KRSA 3WJYA 3O1NA 5CPMA 2V2HA 3B03A 4OU1A 2V5BA 3BG3A 2ISWA 4P2VA 1YXCA 2XN0A 3B05A 3PBUA 4RZ4A 3BGGA 3LXBA 1ICPA 1ZHAA 3G3MA 3UWWA 3IVSA 3JS3A 2QUTA 2ZZ3A 1VH7A 2ZRVA 4FX8A 3TK7A 1G7VA 2NXIA 4AF0A 3W85A 1D9EA 1T0OA 4AVFA 3DFSA 2RHGA 4MZYA 2A0NA 5F2GA 3LI0A 1GVSA 4AB4A 2B7OA 3NZ1A 1GT8A 3Q37A 3W84A 2NZLA 1W56A 4IOTA 3WK1A 1IIGA 2FPVA 3PB2A 2F84A 3SGUA 1TIMA 1W5NA 2EAWA 5AYXA 1G69A 2VFDA 1DKWA 2CWNA 3RU6A 4M6PA 2B7NA 3M6YA 3E12A 4ZQOA 2YFOA 1X6UA 4IJBA 4CCEA 4HNTA 5DN1A 3OVPA 4IGHA 2GQAA 4RXFA 3JRKA 1OFOA 1EWDA 3PUEA 3UWVA 3W71A 3A5VA 1TB3A 4BF9A 4YL2A 4XTDA 4FNPA 1K8XA 5T26A 3LHYA 1TJPA 2ZCGA 3S5NA 1ALDA 2V0TA 4O19A 4HSOA 1W5OA 4JYEA 4MY9A 1VRDA 2EPHA 2TYSA 4LUIA 2YSWA 3BARA 3C52A 3IGSA 1S5WA 3T44A 3R5EA 3S8HA 3CIXA 1N8FA 1YLVA 4UUIA 3PSVA 3W2MA 3A5FA 3GXTA 1EIXA 1R2RA 3DKJA 4OQVA 2X2GA 2ZA1A 4KWWA 2FB2A 4DPPA 4EWND 3HOJA 3HPSA 4JTHA 5EL1A 5CZ0A 3G0XA 3D0CA 4WUIA 1JUKA 3MP5A 3TW7A 4HN4A 4CCDA 1TPVA 2ATSA 4LY8A 3DAQA 5AHFA 2DU2A 3NNTA 3G1XA 3P80A 4HHPA 3PM6A 4ML9A 4HNUA 2VEKA 1QPNA 4QAIA 4O1DA 3LHTA 1KA9F 4LC6A 5HUOA 3L2IA 3FYOA 4LVDA 4MZ8A 5FEXA 4UMBA 3E9AA 1R2TA 3TMLA 1I2PA 1TV7A 2WPBA 2QCHA 4JGDA 4XBKA 3W7EA 4M19A 1F76A 5HQEA 1QO5A 3BGJA 4MPQA 3ABRA 2OX1A 2DZXA 2H3BA 1FX6A 4QSHA 4Q32A 3W72A 1QDSA 1QOQA 3NO5A 2W6RA 3NG3A 2CLIA 1I2NA 3B06A 1KBIA 2A4AA 2A1YA 4O54A 4ZQNA 1RQHA 3ZWSA 1Z42A 2AGKA 1F73A 3W7QA 3LRMA 2RFGA 4HNVA 4A2SA 1QO2A 4JS3A 4YLWA 3WK3A 3W73A 4LRSA 2BWGA 1P5BA 3FIGA 4RJEA 3VI2A 5HR6A 2WNZA 1F74A 3TX9A 1ZAIA 3LV5A 3F03K 3S5ZA 1XFBA 2VEIA 5AC7A 3W1AA 2HSAA 3MUXA 4ZQCA 3BLFA 1T96A 4MJMA 1WBJA 3QMTA 5I3HA 1ONRA 5D02A 2A6NA 1LM1A 4O12A 3R12A 1SU5A 4QIUA 3G18A 3NPWA 3P8JA 5F2IA 1P4CA 4HSNA 1IXOA 3BW2A 4O1CA 3PVFA 1IGSA 4UTHA 1XL9A 3TC6A 4YCPA 4RXGA 3VKJA 4UTLA 4MVAA 4S2CA 1G4TA 1JVNA 3MYOA 3H55A 3F4NA 2FJKA 3P5YA 1Y0EA 5D33A 2PURA 1ICQA 3LX9A 3LCHA 3STFA 3P5ZA 2GPTA 1T99A 2F7FA 3TUUA 3C2VA 1NVMA 3INPA 1OFDA 4K8HA 2Z0IA 1ZCOA 4R33A 1K7FA 3NQDA 2NLIA 2NUYA 3HMJG 3W9ZA 4HPXA 1LBLA 4UTIA 4TIMA 1OK4A 1W37A 4X3ZA 1V5XA 4U4MA 3PY2A 2GVLA 4B5NA 3PB0A 5K4XA 5AYYA 1F2JA 4LVFA 3TXVA 1JUBA 1Q6OA 1H7PA 2Z2UA 4UFJA 3NOEA 3UXAA 3OBKA 3T40A 4AH7A 1K3UA 4LUJA 3O6DA 2HMCA 4HIBA 1W3IA 4Z0JA 4KFOA 3HJZA 4Y9AA 2VELA 2CU0A 3CB8A 3EB2A 3L67A 1Q45A 3W6YA 5J5RA 3C0JA 1ME7A 4O0KA 5D32A 3W75A 1G67A 1YPIA 3SY5A 3GAYA 1VYSX 2B0MA 4RR4A 2WKJA 4MJZA 3QPZA 1B57A 1W54A 5KSWA 1HO4A 3EX1A 4I7VA 1SO3A 5CPOA 5D37A 4JXCA 1GVRA 3P62A 4S1FA 1YTDA 1MZHA 3HG2A 3E0IA 3W7IA 2FLIA 5H2ZA 1DBTA 1EEPA 1G7UA 1FDZA 2CZEA 1KTNA 4UCGA 1QWGA 4AF0B 2Y89A 2WQPA 5LHFA 1UJPA 4GFSA 3ABSA 3QJAA 2PRLA 1DHPA 2Y85A 3VE7A 4NX5A 2QCLA 3IEBA 4ZL1A 3QW3A 1EPXA 1WDWA 3CWOX 2NX9A 2PCQA 5BNKA 1OG0A 3QEZA 3LV6A 3O63A 3HO8A 4X2RA 2DP3A 3W1TA 4Y96A 1THFD 4R7JA 2RDUA 3MO7A 1TPH1 3W2KA 5DBUA 1I8JA 5AHMA 1SZGA 4J9JA 1MEHA 4LVAA 3LTSA 2VFEA 2WNNA 1H7RA 2NXGA 3W1MA 4FX6M 2PRHA 4LOCA 5HJLA 4GC4A 2ZZ2A 1N7KA 3TC7A 1SW7A 3C2FA 5AC8A 1LTDA 3I7SA 2VXNA 5K2ZA 4BWLC 5EYWA 1GJPA 5A8GA 1K7EA 1VS1A 3PS7A 1QPOA 5TIMA 3QPYA 1H60A 2JKAA 4XBSA 1OFRA 3TMQA 4PL1A 4GE8A 3NEVA 1AW1A 1MEIA 5GVJA 2B4GA 1JRCA 1JQVA 4DXVA 4FIRA 4NJJA 1B4EA 5DY3A 3W7LA 4Z1CA 1XKYA 2VENA 4ALDA 2YPIA 1KV8A 1OF6A 3G1HA 4FNUA 1TV8A 3RLUA 3MP3A 3TFCA 3PWAA 3TKFA 3BK0A 1A53A 4A21A 1PVNA 3GAKA 3YPIA 4GNJA 3W3OA 4IMFA 3QFEA 3W1NA 3L66A 3UWZA 5DXYA 5LGZA 5LGXA 2NV1A 4OGZA 3C61A 1XBZA 4JY9A 4WY0A 3M7WA 5HULA 3P7YA 3CT7A 2JKPA 3HGOA 4CQ8A 1F6PA 2CLOA 4O0ZA 3PSWA 1A5AA 1C9DA 1VHCA 2QCGA 2Y61A 4NT0A 4JTJA 1EP3A 4RK8A 1VZWA 3IRDA 5D03A 3R89A 1EX5A 5LSMA 1GVQA 1H1YA 5EBUA 4UFKA 1XBXA 4UC5A 2V82A 4NVTA 1IIHA 3W83A 4O15A 1Z41A 3V75A 1H7XA 1W3NA 5EMUA 2ISVA 2YX0A 3NGJA 1WOBA 1Z48A 1I2QA 3GDTA 4PCFA 3DBPA 3USBA 1EUNA 2I1OA 1PCKA 1X7FA 1L2UA 3BVJA 5EKYA 4GWEA 5EPDA 3OIXA 3QSRA 2TSYA 4AHPA 3W1UA 3W7PA 2GUUA 4JX6A 1ML1A 2BTMA 3W2UA 4XKYA 3G1DA 3SW6A 1EP1A 3L21A 4NNCA 2JK2A 3PUDA 3G1SA 3EXRA 4FXRA 1C29A 4UFLA 3G22A 1DORA 3N19B 1O94A 4AEOA 3M5YA 4N6EA 2BX7A 3NPXA 2GJLA 3I7QA 4A29A 1XBYA 4ORMA 3NQAA 3I65A 2X1RA 5CZSA 3BG9A 4JTKA 4XZ9A 3NA8A 5LZLA 1X1OA 5C2XA 3FA5A 4ZQRA 3TROA 4NQ1A 4N4PA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1AW1A

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