1B30 | Genus

Total Genus 129

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	129
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	EASVSIDAKFKAHGKKYLGTIGDQYTLTKNTKNPAIIKADFGQLTPENSMKWDATEPNRGQFTFSGSDYLVNFAQSNGKLIRGHTLVWHSQLPGWVSSITDKNTLISVLKNHITTVMTRYKGKIYAWDVLNEIFNEDGSLRNSVFYNVIGEDYVRIAFETARSVDPNAKLYINDYNLDSAGYSKVNGMVSHVKKWLAAGIPIDGIGSQTHLGAGAGSAVAGALNALASAGTKEIAITELDIAGASSTDYVNVVNACLNQAKCVGITVWGVADPDSWRSSSSPLLFDGNYNPKAAYNAIANAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Xylan binding subsite mapping in the xylanase from Penicillium simplicissimum using xylooligosaccharides as cryo-protectant. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (XYLANASE)
molecule tags	Family 10 xylanase
total genus	129
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1998-12-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1b30A00

1F4HA 4HTYA 4MJ2A 3EYPA 2FHCA 2QPSA 1NP0A 3IJ9A 4CGTA 2GSJA 4EE9A 5I6SA 2CCRA 2WMIA 2BXYA 5A2AA 3WH5A 2WM0A 1I75A 3AIWA 4BA0A 1ISWA 1WDRA 1E1FA 3SUTA 1GQJA 3AISA 1H5VA 2J7EA 2VZOA 1EDTA 2EXOA 4CUCA 1H1NA 2XGBA 5IHRA 1HJUA 3SUUA 3WF4A 3D5HA 1QI5A 3ZSSA 1JDDA 2DGAA 1UA3A 2JEPA 4CD6A 3KL5A 4JFSA 2D0GA 4M81A 1GZJA 3AHYA 3QOKA 5A6JA 5KZ6A 3WUGA 1JXKA 2CBJA 4X9YA 2PBOA 2Y2WA 5D9PA 1QBBA 1SR0A 4J3TA 1LF1A 1SMDA 1UD4A 5FL0A 4UOZA 4AYSA 4P8UA 5CLWA 4AEEA 1W2PA 1E55A 3CHFA 3OG2A 1QNPA 1EGZA 4FLSA 4KGJA 4DWSD 4YHGA 1GQKA 2XFRA 2XFYA 1C90A 2EPMX 1UWSA 4B16A 2C7FA 2QMKA 1B3ZA 1E9LA 1ISYA 1V3JA 3WEOA 4F79A 5JUVA 4HOXA 1B2YA 4PUEA 3BSHA 2YIHA 2J8GA 4B9ZA 4RL3A 1HX0A 3VDBA 1R85A 1UR0A 3CMJA 1ESWA 2GJRA 3MANA 2ESCA 2XIBA 1W1VA 4R27A 3BLPX 1TZ7A 2VZSA 3L4TA 1CXFA 2VRQA 1HP5A 2CHNA 2PC8A 4M29A 1CGUA 3GXDA 3OLGA 1WZLA 4PMXA 4W7WA 1UWRA 1BGGA 3BCDA 2VC9A 4PSPA 2W63A 1XC6A 1OSEA 1XSKA 1JZ5A 1GJUA 3WH7A 2WAGA 4J3UA 2NT1A 1ITXA 2YDQA 4BQ3A 2FDMA 3BC9A 3FAXA 5CPQA 2WHLA 1GQLA 5TD4A 1W9VA 4UR9A 4W8BA 4ZXOA 3T08A 3K4AA 2CNCA 4E8DA 1G01A 3A6OA 1RPKA 3DC0A 5EFFA 3ARXA 5BYWA 4W85A 1GW1A 4HU0A 3K8KA 1WCGA 4FLQA 4E2OA 3HU7A 2DT2A 4CU8A 3AS2A 3VD4A 3GZAA 3UESA 4A4AA 1CXIA 2J78A 1V6UA 1W1TA 1H49A 1OCQA 4DWSB 1E0VA 3AS3A 3BAXA 2XHYA 1PX4A 4NF7A 3AXIA 1JYVA 1D3CA 4UQEA 4AZCA 4WKAA 5DT7A 2CEQA 2BHYA 3POHA 1K9DA 1VJSA 5D9MA 3W28A 3PTMA 1E6NA 5CLTA 4DUVA 4W89A 1QNQA 2CXGA 3WNMA 5E6ZA 2W67A 1DHKA 3W4RA 1KFWA 3WUBA 5A3HA 4D71A 5A94A 5I23A 1ZU8A 3CZGA 2CHOA 5HDRA 1FOBA 4JKLA 5FKYA 1JNEA 4TXEA 1EOMA 1R86A 4QCFA 4H41A 4OKDA 3VIMA 1HVQA 1OT2A 3PZMA 3WD3A 3CUFA 3CZLA 4E4PA 1UUQA 1ZJAA 4OJYA 3NSXA 5JBFA 1KGWA 2ZWYA 1RP9A 2UWFA 2E3ZA 3OGVA 2Y24A 4W5UA 1M53A 4MB5A 1AQHA 1KR0A 1CBGA 3WL1A 4AZHA 1XHGA 3K4DA 5I5RA 2X8RA 1MQQA 2QMJA 1HJQA 1FFQA 3BAKA 5JBEA 2JFEX 1UKPA 3CHCA 2WMJA 2J79A 2V38A 2JE8A 1RP8A 4UFIA 2CPUA 1DEDA 2A3HA 2F61A 2CERA 3MUY1 3I3DA 3TOPA 3SCPA 1BYDA 1HKKA 1W2VA 3AIEA 4UTFA 1MWOA 2VCBA 1V02E 1B3YA 1W9DM 3VIGA 3WQ8A 4WSKA 1LG2A 3SUSA 4PTWA 4U2YA 1XH0A 2WNWA 2BFGA 1I1XA 1HKMA 3T0DA 2VX6A 4AD3A 5A6KA 1HT6A 5ABFB 4EKJA 2ZE0A 2VZVA 4QCEA 1Q6CA 3U7VA 1FP9A 2WYSA 2EO7A 3ZOAA 3CZ8A 2VCAA 4XZBA 4J28A 4LPCA 3WL0A 1H0IA 1JL8A 4B9YA 1NOFA 3RJXA 4QAWA 1W3JA 4UFLA 1F4AA 3WEMA 2Z1SA 2YA1A 1JNDA 1Y7VA 4J7RA 2IXVA 1E56A 5A8OA 1V3LA 2JF7A 4TX8A 5A6LA 1VFUA 3W26A 3W0KA 1V0NA 1JIBA 2UY4A 3WD0A 5GQBA 5GNZA 3PZOA 1H41A 2ZX5A 2GVYA 5DO8A 3PTQA 5FCZA 3L4UA 1R8LA 4X0VA 2E9BA 4U3CA 1UR9A 2WC3A 2WCSA 5HNNA 4BQ2A 2F8QA 4WF7A 3IJ8A 2DH2A 2OSYA 1EQCA 1H2JA 4V2XA 3ALGA 5HOSA 3U5YA 1E6ZA 1UR8A 2E4TA 1CXEA 4GPNA 4TOQA 1BFNA 5CPTA 5C8BB 1UKOA 4CCDA 2A3EA 4AZ7A 2X05A 5CGMA 3NJ3A 1C8QA 1VFFA 1W91A 1QNOA 3MO4A 2BY1A 2CKRA 5FOOA 3II1A 4HA3A 1V3HA 4HA4A 1W3LA 3TA9A 4MNJA 1BGAA 2DPEA 1J0YA 2J75A 4DUXA 1W1PA 2XYLA 3QHOA 4MB3A 5DMYA 3MUZ1 1BAGA 3CTTA 3WF1A 1UH4A 1E15A 2GDUA 3GM8A 1M03A 2E9LA 4CU6A 3G6MA 3AI0A 1GONA 2GK1B 2J25A 1PIFA 3GH7A 4J3VA 1Q4NX 3ZJKA 3UG3A 5I2UA 3EMZA 3EDFA 3LPFA 2VZTA 3AJ7A 4KMQA 5KEZA 2WHJA 1VEMA 1ISZA 3FHAA 2PWDA 2BXZA 2Y8VA 4KH2A 3WDRA 2VJXA 2WZIA 4IUGA 4MAVA 1B30A 2XJ7A 3KZSA 3WH8A 4GQQA 1B3WA 5A1AA 2C0HA 3N13A 1V0MA 2WZEA 1TA3A 3W6LA 1K6AA 2WSKA 1EOKA 4UCFA 1OBAA 5AC4A 1MFVA 4MADA 4UFJA 2X09A 1X6LA 1QI3A 3UCQA 2DSUA 3B9DA 3BGAA 5LA1A 2YBUA 4Z2JA 3BAYA 3VOCA 2E40A 1G0CA 1NP2A 3GXIA 4AD0A 4HU8A 2D1ZA 1MW3A 1RH9A 2E8ZA 4Z2GA 1ZBVA 5EBAA 1CGVA 1PAMA 2WMKA 3GNRA 4UZUA 1XSIA 5IXEA 3AMGA 1CDGA 1V6WA 1QBAA 1JFHA 3LPPA 2D24A 3D3AA 3TTOA 5A69A 4HA1A 1OB0A 5DFAA 3BSGA 2IXUA 2UY3A 3UR7A 4GXPA 5M3WA 4Z2HA 1VBRA 4MNMA 3AZSA 3MUAA 1EA9C 5A95A 4PMUA 3VU2A 3OIHA 2G4FA 1DWIM 3VGHA 2D20A 4ZE5A 5CQ1A 4D72A 1VFMA 2WC7A 1JD9A 5A2BA 2PWHA 4AW7A 3SEPA 2XVGA 1GORA 1GOQA 4LYRA 4PMZA 2IUZA 3ARPA 2BVTA 2ZUVA 3GBDA 3AHVA 4CVWA 4F66A 1UWTA 2B31A 2EBNA 4PMDA 3WNOA 3N12A 4LQ1A 4H8UA 2AAAA 5BRQA 1JD7A 2VX7A 3AFBA 1ISXA 4NI3A 3VILA 1ZS2A 3CZJA 1JXJA 4V28A 5A6SA 3M07A 2J74A 2J7BA 4HMEA 5CPSA 4KRUA 4U3AA 3ZT6A 1HJSA 1EDGA 3SUVA 1TE1A 4W88A 1C92A 3JUGA 4MAZA 1JI2A 1BTCA 2AOSA 2OWXA 1G94A 3L4YA 1W32A 3WBAA 1Q6FA 4U31A 2J7CA 4ZENA 2ZX6A 1O7AA 2EPOA 4W5ZA 5BCAA 2DEPA 2QHAA 2XM2A 1EHNA 3ZMRA 2NSXA 3TONA 3WENA 2FH6A 4R5EA 4IISA 1MW0A 1TMQA 4PMYA 5D9OA 3VMPA 3WSUA 1XCXA 2GDVA 4AZCB 1UQZA 1WE5A 1GOKA 3M46A 1UD6A 3ALFA 2ZX8A 1HKIA 1R7OA 2FH8A 3BAIA 3ECQA 2CESA 1MQPA 3WF0A 3W38A 2VQUA 4BS0A 1US3A 1UH3A 2DIEA 5AC5A 5I77A 3EDEA 1E3XA 3RILA 2DIJA 3PZUA 1PZ3A 1UD5A 5E70A 3WF3A 1Z32X 4P7QA 1GJWA 1TR1A 1K9TA 4PMOA 1V6VA 1BQCA 2RGMA 3RM4A 3VMOA 1VJZA 1WPCA 4M1RA 4PEEA 4W7UA 3RMEA 1W3KA 2X0YA 2ZUUA 4N0RA 4NRRA 4PTXA 1EIBA 1E4NA 2J7GA 3L4WA 4AWEA 2W5FA 1KCKA 3L4VA 3SCQA 2VMFA 2CBIA 1MXDA 1VFOA 3WQ4A 1OGBA 3RPMA 3BAWA 1CTNA 3AIRA 3IJ7A 3BCFA 3VX1A 4FMVA 1BYBA 4XB3A 5LYRA 5I3DA 1BSIA 3WD1A 1DTUA 3AYSA 1KXHA 1CIUA 4YN5A 3N18A 1B3XA 4URIA 1XV8A 4RE3A 1CWYA 1HL8A 1VIWA 1ITCA 3NDZA 3WNPA 4HOWA 1ZB5A 4W7VA 1EO7A 1W3HA 4KGLA 1PEZA 1E0XA 4P7RA 1E5NA 3OLDA 3MMWA 5CG0A 3EDDA 1PBGA 1FP8A 3WDIA 2OSXA 4H04A 3WUFA 3RDKA 4AIEA 2VVSA 4AIOA 1BVZA 5D8WA 5BROA 2Y5EA 3WNLA 5HBFA 4CD4A 2VR4A 2XWDA 2WVTA 4QLJA 2WBKA 5LA2A 1H0GA 2XFFA 7CGTA 5FL1A 2YDRA 4BQ4A 1BHGA 2GJXA 3NSNA 4ACZB 4PN2A 1O6IA 4EK7A 1CGTA 1E3ZA 3AQUA 4TX6A 2A3CA 3ARZA 3ZM8A 2WK2A 1NWUA 2PF0A 4LX4A 1KBKA 1G9HA 1J0HA 2WW5A 1U33A 4OIFA 4H2CA 2Y4SA 2ZICA 5D4YA 2VUYA 4UQBA 4GZJA 4PTMA 4TTUA 1BG9A 3T0BA 1XCWA 3SUWA 2VO5A 1B3VA 2D22A 2WKLA 1YHTA 4CVUA 4UQAA 2O92A 2XWEA 1KGUA 2YL6A 3W24A 1LL6A 1E40A 4TVDA 5DT5A 1EQPA 3CO4A 3N9KA 4DWSC 2WVSA 3OLIA 1BLIA 3RIKA 1CGYA 1JAKA 3AMCA 4AZGA 3T2OA 1WDPA 2QLYA 3A47A 3WIJA 4CU7A 2EPKX 1UD3A 5E09A 3GXFA 4JZ5A 4H8HA 3O6AA 1ISVA 4OOUA 1HVXA 5IFTA 3CUGA 2YL5A 4BCEA 3QHMA 1HP4A 2BY0A 4LGXA 1UQYA 3WDQA 1KXQA 4JCMA 4L4OA 1BYAA 1KGXA 4JIEA 1GQIA 4U33A 3PTKA 3QGVA 4ATLA 5ABEA 1V3KA 3OGRA 1C8YA 4U5IA 3THDA 2DT1A 3PZNA 3W29A 3BH4A 2G3NA 4GINA 5CXPA 4ATWA 1VENA 1OD0A 3VM7A 4WKHA 1WDSA 1B9ZA 3AYRA 5GPRA 1WO2A 4JL1A 3WEZA 2J4GA 2WWCA 2VX4A 3A4WA 3ARQA 3HN3A 2WHMA 3G6LA 1JDAA 4GKLA 2EJ1A 3KEHA 3SIMA 3E1F1 2BS9A 4CD5A 2QV4A 1QVBA 5A8QA 5F7UA 3B8SA 1WZAA 4AZ6A 2WXDM 4PSRA 1MYRA 3ZT7A 1CXLA 1NWRA 4C7FA 1CLVA 1ODZA 2OLHA 1NARA 3SCSA 3L4ZA 3AMKA 2WC4A 3AICA 1ZL1A 3AIQA 1UD2A 4IPLA 3WQ5A 1VAHA 5A6BD 1KWGA 4PMVA 1U30A 2Z1KA 3AXXA 1HKJA 4PBGA 1DWHM 4WIWA 1ZBWA 5DF0A 1VB9A 5C70A 2XSAA 2D0FA 3CUHA 3VDAA 2G8ZA 1AQ0A 1XSJA 3VVGA 2YL8A 4EAMA 1HJXA 4AZBA 3DYPA 3VNYA 4PCSA 2E9MA 3W53A 1W1YA 4X0NA 2X0HA 1JAEA 2DSZA 1VEPA 3IAPA 1NOWA 4XX6A 1OGSA 3VIHA 2ZWZA 3WD4A 4UFHA 4ZFMA 2PWGA 4GQRA 1JYWA 1E6RA 4D6JA 1FHDA 4MPKA 2PWEA 4D6FA 1LG1A 2HVMA 1NH6A 1J0IA 3KWXA 4JAWA 3ZSTA 3QOMA 1J12A 3ARRA 5FD0A 1E1EA 2XTKA 5CJ5A 1JZ6A 2YLAA 1TG7A 3F4VA 3WH9A 3WDPP 3CLWA 3UEQA 4QP0A 1C7TA 1E5JA 3F5JA 3POCA 5E0CA 1AMYA 4QFUA 4JL2A 4AZ5A 2XM1A 3FN9A 4W86A 4D6GA 4L4PA 5D9NA 5CZKA 1UR1A 4WJXA 1BYCA 3N17A 3CHDA 3N11A 2E8YA 2CITA 4UQCA 2VI0A 4KWUA 1B0IA 2WPGA 1WDQA 3M7SA 3WF2A 1LQ0A 1KXVA 4B3KA 4K68A 4P8XA 3QR3A 1WNOA 1E6XM 1L0PA 4M56A 1IV8A 2G3IA 4CKQA 3W37A 2WB5A 1E43A 1XH1A 3ZQ9A 3VIPA 5JIWA 1FH8A 4HMDA 3VUPA 2WLYA 3I3EA 2BY2A 3SCNA 2YA0A 4MNLA 1UH2A 2PWFA 1JZ7A 3AROA 3BMVA 3NYDA 3MV11 4W84A 1FH9A 5D8ZA 2Y8KA 1QHPA 1XYFA 4QLLA 2RGLA 3PZQA 2V3EA 4W8AA 2O9PA 3MV01 1A47A 2J7FA 2V3DA 2AMGA 5EFDA 1J0KA 5JIPA 3AOFA 4XUYA 3ZR5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1B30A

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Chord Diagram

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