1B31 | Genus

Total Genus 130

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	130
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	EASVSIDAKFKAHGKKYLGTIGDQYTLTKNTKNPAIIKADFGQLTPENSMKWDATEPNRGQFTFSGSDYLVNFAQSNGKLIRGHTLVWHSQLPGWVSSITDKNTLISVLKNHITTVMTRYKGKIYAWDVLNEIFNEDGSLRNSVFYNVIGEDYVRIAFETARSVDPNAKLYINDYNLDSAGYSKVNGMVSHVKKWLAAGIPIDGIGSQTHLGAGAGSAVAGALNALASAGTKEIAITELDIAGASSTDYVNVVNACLNQAKCVGITVWGVADPDSWRSSSSPLLFDGNYNPKAAYNAIANAL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__026824842823942__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__026824842823942__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1B31/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__026824842823942__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"026824842823942","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1B31/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__026824842823942__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfac25c23a75cd80531cf49/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfac25c23a75cd80531cf49/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfac25c23a75cd80531cf49/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfac25c23a75cd80531cf49/pdb.gz): 230 ms

reading 302 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

302 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:301});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Family 10 xylanase
publication title	Xylan binding subsite mapping in the xylanase from Penicillium simplicissimum using xylooligosaccharides as cryo-protectant. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (XYLANASE)
total genus	130
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1998-12-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1b31A00

3PTMA 3CZEA 2JIEA 4E2OA 3WUGA 4R27A 2JEQA 2FHFA 3TTQA 3GXMA 4CD7A 3L4WA 1PJ9A 5BWFA 4UFLA 1DWJM 1KXTA 4GQQA 3VDCA 2ZOXA 2ZUMA 3OZPA 1Z32X 2Y8VA 2J25A 1ECEA 3CZJA 1WDQA 1JDCA 1MFUA 1MQPA 1EIBA 2A3HA 1B3VA 2VJXA 2WBGA 4EKJA 4PYSA 2YA1A 1M53A 1HP4A 1UWQA 2BHYA 4HPHA 4WKAA 1V3IA 3WF4A 2WLZA 2WVTA 2XIIA 3OA5A 3LPOA 1E40A 5GNZA 2J79A 2OSXA 4A4AA 4HOWA 1TA3A 2ZXAA 5CGMA 1JI2A 4RE2A 4Q7NA 1Q6DA 3PZQA 5FD0A 1E5JA 5DEZA 2XGBA 3BMVA 1J11A 4GI8A 2ZE0A 4GZIA 1XGZA 4UQ9A 2JF6A 4KWUA 4WSKA 5E0FA 3BXWA 3WY1A 3AIUA 1KBBA 4E4PA 1C8YA 4MNJA 4CKQA 1JZ2A 4AD1A 1DTUA 1QNQA 1OT1A 2WZIA 3OGRA 3MMUA 1TZ7A 2Y5EA 1UWRA 2DT1A 4UFMA 1B9ZA 4JFUA 1VEPA 3BAIA 1TR1A 3DHPA 3PZNA 3BSGA 1E9LA 3WDRA 5FL1A 2WVUA 1WE5A 4PMNA 2QPSA 1H4PA 3N9KA 2WVVA 2BFGA 1US3A 4GPNA 3HMCA 3K1DA 1QOXA 1V02E 5A2BA 3WKZA 3GDBA 5FOOA 2YLLA 5I2UA 3EDDA 1AMYA 1E1FA 3WUBA 5JBFA 3DC0A 1EDQA 2JIWA 3CZKA 3PZOA 2C7FA 4BQ3A 2D0HA 3GXIA 1GHRA 1Q6CA 1GOMA 1QI5A 5I3DA 3GXFA 1UKPA 2PC8A 3CO4A 3B9DA 5C71A 4IPLA 4TX8A 4HZ7A 1QW8A 3GH5A 1GW1A 4AZGA 3F5JA 4PMYA 3WEMA 5A1AA 2B31A 3VIKA 3AS2A 3SCUA 5BXSA 3L4ZA 4TVUA 2WHKA 4QFUA 3MUZ1 3ZQ9A 3VGFA 4TVCA 1LG1A 2FGLA 3VD9A 1TG7A 3VPLA 4LGXA 1EHAA 1K9EA 4W87A 2NT1A 3ARZA 1YHTA 3I3BA 2E3ZA 2VVSA 2Y8KA 5EFFA 1EOMA 2YA2A 2ZWZA 1EDGA 3TONA 3ZSTA 5LA1A 3PBGA 1JZ6A 3UR7A 3ZIZA 3SUTA 4KRTA 1SYTA 4PTWA 4B9YA 2XFRA 4P7NA 2BVYA 3EYPA 4J3VA 5HXMA 2WSPA 4PTMA 4M56A 2OSWA 2QMJA 4BZYA 2PB1A 2DH3A 2QLYA 4WK9A 1PIFA 3T2OA 2WMIA 4C7DA 2WK2A 2ZUNA 1HKJA 1HT6A 6A3HA 1C91A 2J62A 3GH4A 2JEPA 3CZGA 1PPIA 2ZIDA 2W92A 2X2YA 3VM7A 1VFFA 4PMOA 2CYGA 4AYSA 2GSJA 2J7HA 2VTFA 1CWYA 1CBGA 1J0YA 1FOBA 3HU7A 1WDSA 1BG9A 5JUVA 1E6SM 2F2HA 3MV01 5IFTA 2Y4SA 5A94A 4CUCA 5D9OA 4TTUA 1W9PA 2FGZA 1FH7A 1E71M 1B3YA 1IZKA 1CGYA 3OBAA 3QHMA 1J12A 1NQ6A 2WZHA 4GI6A 1E3ZA 1WDRA 5E6ZA 4HPGA 3VD4A 2XFFA 3FHAA 1Q6EA 1OGSA 2GK1A 2WNWA 3L4TA 2WWCA 1UZ4A 5E0CA 4LYQA 4F66A 1FP9A 4OBRA 3MUAA 2O9TA 2YL6A 3VGEA 2EPKX 3VD5A 1NP0A 4CCEA 1G0CA 4KMQA 2W66A 3AZRA 5DT5A 1ZS2A 3ARPA 2DSVA 3W27A 2JALA 2XVKA 3WQ6A 2XGIA 2VOTA 3WQ5A 8A3HA 1E4NA 1NWUA 3WUFA 2VX4A 1UHVA 2J7FA 4JKLA 3PZUA 3E1F1 2D2OA 1FHLA 1M01A 3AMDA 3WENA 4FLRA 2BS9A 4XZBA 1JZ3A 4ML4A 3F5KA 3AS0A 4J3WA 1GONA 5EB8A 4RL3A 5ECUA 1UR4A 3SCSA 1ISYA 3LPFA 3ARRA 4M1RA 4J28A 2EJ1A 4PUDA 1JGIA 1HKIA 1E3XA 3CMGA 4S3JA 2XHYA 3U5UA 1QNPA 2G3IA 1OT2A 3K8MA 1QBBA 1ZL1A 3MANA 2O9PA 1H49A 3IK2A 4CGTA 3S6TA 4Y7EA 1D3CA 4PSRA 4F79A 5AC4A 3BCDA 1V08A 3CUHA 2VZTA 1OCQA 1UD6A 1DWHM 2VR5A 1CXLA 2YDRA 2E4TA 3VIGA 2VRJA 4UZUA 4D71A 3WD4A 3AIBA 5DT7A 3AIWA 1VJSA 2GJPA 1LWHA 5ABEA 1EHNA 2O92A 5KZ6A 4WKFA 4PSPA 2FHCA 3WQ4A 4D1IA 3BGAA 1GHSA 1E70M 3WN6A 2FHBA 1JZ5A 5D8ZA 1LG2A 1UD5A 4A3HA 4B3LA 1KBKA 1QBAA 3WNNA 4AZIA 1XSKA 1V03A 1C90A 3FNDA 3VUPA 1E0XA 1BHGA 1ZJBA 3AIQA 1UQYA 1JDDA 1MW2A 5I77A 4PTVA 2BY3A 1H2JA 5C8BB 3VD3A 3SCTA 3D3AA 1JNDA 3N18A 1DEDA 1K9TA 1C93A 2GJXB 3O6AA 2VX5A 3VMOA 4WIWA 1WKYA 2WKGA 3KZSA 4PMRA 1DWAM 1J9YA 4A3YA 1JFXA 1C8QA 1UR8A 1KGUA 3MSDA 3MV11 3SUVA 4M82A 5DFAA 1D7FA 1OD8A 1VEMA 3UG4A 3BAJA 2ZUUA 3VTRA 2D22A 3AJ7A 3KE0A 3PTKA 1NWRA 5D4YA 1FH9A 3VM5A 3IAQA 1DWGM 4Z2KA 4W7UA 4QDMA 3AZSA 1GJUA 4H8HA 7TAAA 1MVYA 3WDIA 4D6CA 1PX4A 4P7QA 4EE9A 4M8UA 3TA9A 5JBEA 1G1YA 2WKLA 2XSAA 2VZUA 1A3HA 2YOCA 4H41A 3PZTA 4DWSD 3VDBA 2OWCA 5DMYA 4XUYA 1KQZA 1JZ7A 2AAAA 1E56A 4L4OA 4AEEA 2XG9A 4BS0A 2WANA 1HP5A 1G9HA 1D2KA 4AZCB 5ABFB 1E0VA 4PEEA 2EPLX 2GFTA 2QHAA 2WHLA 1C3FA 2WCSA 3EMCA 4BA0A 3GNOA 3I3EA 3RDKA 1PBGA 1EA9C 4MAZA 4V28A 2V5DA 2RGMA 2A3BA 1LF1A 1Q6GA 5D8WA 1G5AA 5CSUA 3WD2A 2G3MA 1V0NA 3BC9A 2FDMA 1ITXA 3W0KA 4PCSA 1BSIA 1B3XA 1HNYA 1A47A 4NRSA 3VILA 1ODUA 4P8WA 4HMCA 3DYMA 1CGVA 4EANA 4J3SA 1WAWA 5EFDA 1V6UA 1CECA 1M04A 4P8VA 2YBUA 1UQZA 4BQ4A 4OUEA 2OYMA 2QV4A 2YL8A 3CBWA 3THCA 2DH2A 2F8QA 4HOZA 1G94A 4W7WA 2VR4A 2PWFA 3AMGA 3AS1A 1RP9A 1W2VA 1CXHA 1W1YA 2E8YA 4KRUA 4RE3A 2XJ7A 2J7GA 2ZX8A 3VX1A 3QHOA 4NI3A 2W67A 1TUXA 2V3EA 3VINA 1H09A 4UTFA 4EK7A 1IV8A 3T09A 4B9ZA 4CN1A 4N42A 4HMDA 3AXIA 3GM8A 2DQXA 3TOPA 4R5EA 4QLKA 1O6IA 1UH4A 2X09A 3G6LA 4C7FA 2YL9A 3WMCA 1W32A 1CTNA 4LPCA 4X0NA 2VZVA 1PZ2A 2DSKA 5AYIA 1E6ZA 3PZVA 4CN4A 2WHMA 1L0PA 1WZKA 4X9YA 5CQ1A 5GNXA 1JF6A 4BCEA 4U3CA 2G3NA 1PAMA 1BYAA 6TAAA 3RJXA 3O2LA 1U30A 3SCPA 1BQCA 4KH2A 4W84A 4TUFA 3MS8A 4M29A 1UWUA 1KWKA 1ODZA 1JDAA 2GUYA 3CHDA 3WELA 1W91A 3AMKA 5LA0A 1OGGA 2W91A 1CXEA 1XCXA 5I5RA 2E9MA 4OZOA 1GOIA 3W37A 2XVNA 1VBRA 1AQMA 1TVPA 3CHFA 3SCWA 3FAXA 4AD3A 2NT0A 4P7LA 4L4PA 1HJVA 4D6FA 4ZFMA 4UQBA 2JFEX 3ZR5A 4D6IA 4JFSA 3MMWA 4MJ4A 1B0IA 1TFVA 3T2QA 2E0PA 1XYZA 4HTYA 1XH0A 1GPFA 3AIEA 4WF7A 3AI0A 2J75A 4JCLA 3A4WA 1LL4A 3WNKA 1GQIA 2CBJA 4MDOA 1V6VA 1ZBVA 2PBGA 1JIBA 2EXOA 1BAGA 1PX3A 4HA4A 4E8DA 4D1JA 2DDXA 3OZOA 1E4MM 4MB1A 1US2A 4UFKA 2W4XA 3W81A 5A6LA 2WB5A 5FCZA 5A2CA 5I23A 2Y2WA 4UCFA 4JFWA 5IDIA 2XWDA 3CGTA 3FY1A 1Q4NX 4P7OA 2QMKA 1J0IA 2V38A 3FAWA 4HU0A 1KQYA 3BLKA 3KL0A 1B30A 4GI9A 4D6HA 4F9JA 2CKSA 1KXVA 1RD6A 1I1WA 1CNVA 1CZ1A 2VCAA 5BXRA 4ZENA 3W28A 4PMUA 1MQRA 4AZ5A 1RPKA 3WH7A 2GDVA 2VMFA 1UA3A 3II1A 2BY0A 2AMGA 3NSNA 3LPGA 1GQJA 4HZ6A 1GNXA 1BGGA 1U33A 4HA3A 3AS3A 4J7RA 2CKRA 2VRKA 4TXEA 3HJEA 3F4VA 1J0HA 2W63A 4AC1X 1W9BM 3ALGA 3RPMA 1HVXA 4DWSB 7CGTA 1QI2A 2CCRA 3T08A 1CYGA 1CGWA 3ZT5A 5HPOA 2VZOA 4CU7A 4QLJA 4TVDA 1LL6A 1EQPA 1W2PA 4YHGA 4AWEA 1E6XM 2NW0A 5CPTA 4DUWA 2J8FA 3EDFA 3QOKA 1J10A 5CPQA 5FL0A 1VENA 2FH6A 4E8CA 4K68A 1VB9A 5E6YA 2WVSA 3WH9A 2Z1KA 3VNZA 3GBEA 3WUEA 2VO5A 3ZJKA 4Z2LA 1DWFM 2PWDA 4URIA 4ZXLA 5C70A 5A95A 2YJQA 5JIPA 1CXIA 1JYNA 1W9VA 2BVTA 4HZ8A 4UFIA 3RJYA 4F8XA 1HJXA 3RO8A 2A3EA 5GPRA 3A47A 3THDA 5F7UA 4D6EA 5DO8A 2WVVB 3DECA 3WEOA 5A2AA 1EDTA 2DIJA 3W53A 3AHYA 3VIPA 1UD2A 2OWWA 2OLHA 2EBNA 3AXXA 4AIOA 1FH8A 1K9FA 4U2ZA 2VX6A 1QNSA 4H8UA 1V0LA 3GYCA 2ZX6A 2IXUA 2VL4A 3WD0A 1E4LA 1WB0A 1C7SA 3VGBA 4B3KA 2J78A 1ZBWA 3L4VA 5CSYA 1E6RA 3UG5A 1NH6A 4PMDA 2WC4A 3BSHA 5AY7A 2UY2A 1VFMA 5KEZA 1QPKA 4H7VA 3A6OA 4CD8A 4TOQA 4DM2A 1ZB5A 2EPMX 1HF6A 2D3NA 2EO7A 1R7OA 3N13A 3AMLA 3OGSA 4B16A 2J77A 2J74A 4PBGA 4H8VA 1UWSA 3K46A 4JKKA 4W89A 5A6AA 3JUGA 1V6WA 2VNCA 1UKOA 4ZE5A 3VO0A 4DUXA 1E1EA 2WYSA 2EPNA 2VT0A 1XH1A 2C8NA 3AROA 4JL1A 4JAWA 3VGHA 4CU6A 2PWEA 4PTXA 3AYSA 1NWTA 1XRVA 3D5HA 1PEZA 3RCNA 3IJ7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1B31A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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