1B3VA

Xylanase from penicillium simplicissimum, complex with xylose
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
EASVSIDAKFKAHGKKYLGTIGDQYTLTKNTKNPAIIKADFGQLTPENSMKWDATEPNRGQFTFSGSDYLVNFAQSNGKLIRGHTLVWHSQLPGWVSSITDKNTLISVLKNHITTVMTRYKGKIYAWDVLNEIFNEDGSLRNSVFYNVIGEDYVRIAFETARSVDPNAKLYINDYNLDSAGYSKVNGMVSHVKKWLAAGIPIDGIGSQTHLGAGAGSAVAGALNALASAGTKEIAITELDIAGASSTDYVNVVNACLNQAKCVGITVWGVADPDSWRSSSSPLLFDGNYNPKAAYNAIANAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Family 10 xylanase
publication title Xylan binding subsite mapping in the xylanase from Penicillium simplicissimum using xylooligosaccharides as cryo-protectant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (XYLANASE)
total genus 126
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 1998-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1b3vA00
2XM2A 2GUYA 2EPNA 4AZCA 1NQ6A 2VI0A 4EKJA 2Z1SA 1JXKA 1B90A 1JI1A 5I79A 2VURA 1C90A 2WC3A 1TFVA 4P8VA 1WO2A 5M17A 1UUQA 5A8PA 2WKGA 1H09A 2JEPA 4TUFA 4P8UA 3TOPA 1KWKA 2CBIA 4F8XA 1B3YA 3RJYA 1V0MA 4UOQA 2EPLX 4AZBA 4AD0A 1UG6A 3FW6A 3ARVA 9CGTA 1XSIA 4CU6A 2W4XA 3A47A 4ACYA 5A2CA 4UQEA 1UR9A 1BHGA 4FLOA 1I75A 5D9PA 4CCCA 4U31A 1HVXA 3B9DA 4E8CA 4V27A 5IFTA 2VC9A 1KB3A 2FHBA 3UEQA 4J7RA 2VCBA 5EFDA 2ZWZA 3L4TA 1W1VA 1ZU8A 3W25A 3BCDA 4V2XA 1F4AA 1HL8A 2JEQA 1KWGA 2ZICA 3T2OA 3GTNA 1GUVA 1J0YA 5CXPA 1BLIA 1XYZA 1KR0A 4NRRA 1BF2A 1UH3A 2VX4A 2DSWA 1TA3B 3I3DA 4ZXOA 4WJXA 5I24A 1E1EA 2WBGA 3ARRA 1MW2A 3VVGA 3L2LA 3FXYA 5A3HA 5A6SA 4KGLA 2X2YA 1V02E 4IPLA 5EBAA 3CGTA 4MADA 1GQIA 1ZL1A 4B3KA 2A3AA 1GZJA 1H1NA 3WNNA 4P7NA 4MJ2A 3EBVA 3N12A 2W92A 4AD3A 4D6EA 1KGWA 1NWTA 2PB1A 1EQCA 1K6AA 3ALFA 3UESA 3FHAA 1V3KA 2WZIA 2F61A 1LL6A 4FK9A 4BQ2A 4J3TA 2ZXDA 5CGTA 2W67A 2ZXBA 4BQ3A 1JF5A 2BFGA 1VJZA 3KZSA 4BQ4A 4AD1A 1X6LA 5EFFA 3BAYA 5BXSA 3CZGA 1Q6CA 2IXUA 3W27A 5C70A 4B16A 1XRVA 1OM0A 4D6FA 4Z2GA 1JL8A 1UR8A 3QGVA 4OJYA 3WUBA 1GHRA 1DEDA 3VIPA 1FH9A 2J62A 4GKLA 3CO4A 2J7GA 2VRJA 2GSJA 3WDQA 4H7VA 5EMYA 3UETA 1KCKA 3WEMA 5BXTA 3ZM8A 3T08A 1VENA 3CLWA 1EO7A 2J7FA 3SCOA 1TR1A 1HKIA 4W86A 3A3HA 3K8KA 2DT0A 2AOSA 3AICA 4PMRA 5DT7A 3BAXA 4PMVA 1C7SA 1J01A 3BCFA 3SCPA 2ZWYA 2D0HA 1HF6A 4F79A 3WEZA 3HJEA 3WN6A 1GPFA 1L0PA 3MMWA 3BLPX 1WCGA 4DWSA 2WVVA 2A3HA 1DWHM 4PBGA 5GNZA 2WZEA 3ALGA 4UQBA 4JKKA 3RDKA 3WDPP 1CDGA 3W26A 4CGTA 4KGJA 2WK2A 2O9PA 3AIUA 5HPOA 1LWHA 4U2YA 3A6OA 1I1WA 3GNPA 1SFSA 1QI0A 2D0FA 5I77A 1CPUA 1ITCA 3ARPA 4FLSA 1W9XA 4HZ6A 4CN1A 4XZWA 3U5UA 2YIHA 3PZIA 4GINA 3FAXA 1FP8A 4AZIA 1JAKA 3RPMA 3GBDA 1LL7A 3W0KA 2WVUA 2BHUA 1BFNA 1WZLA 2V5DA 4D6JA 1KGXA 3EMQA 2D3NA 3RM9A 3PZNA 1O7AA 1HJWA 2O9TA 4MNLA 2VX6A 1WP6A 3TP4A 4LYRA 1QNSA 4M29A 3K46A 3CMGA 2GDUA 1J9YA 3CZ8A 3TONA 4URIA 5FCZA 1GQKA 1W3JA 2QPUA 3KWXA 2AAAA 2UY4A 2WMIB 4GO8A 1EDGA 4PTVA 5ECUA 1N82A 1UA7A 1HVQA 1V3IA 1JFHA 2G41A 2XGBA 4GQRA 1GW1A 1W2PA 3AZSA 3VD4A 1MFVA 3CBWA 4GI8A 1VBRA 2VJXA 1M53A 3APGA 2V3GA 3WQWA 3CUIA 1BVNP 1GJWA 4C7FA 3FY1A 2BXYA 1BPLB 1GOOA 1UR0A 2E3ZA 2XWDA 1PIGA 4ZENA 2J77A 4KRTA 5C71A 3RM4A 5A6AA 1DP0A 3AHYA 1CXIA 1HJVA 2WLYA 2J7HA 2J7DA 1ISZA 3ZT5A 1CXLA 4OOUA 1RH9A 5AC4A 3VX0A 3AHZA 3U57A 4KH2A 4OKDA 3T2PA 2E8ZA 2PWEA 3ECQA 3PHAA 4DUWA 4UQDA 1HNYA 2HISA 1HT6A 2WHMA 5A6BA 3ZSSA 2ZUTA 1KR1A 2D22A 1UYQA 1G94A 3WBEA 5ABFB 3VOCA 2WKLA 5AYBA 2AMGA 3WQ4A 3KL5A 3W6MA 5I5RA 1DWGM 4W8LA 1CECA 5JBEA 5BRPA 1ISWA 3GBEA 8CGTA 2NT0A 2BY2A 3S2CA 5CPQA 4S3JA 2G3IA 4UQ9A 1H4PA 4HZ7A 1LWJA 2YA0A 3HN3A 3RM8A 1B3WA 2DPEA 1XSKA 3VD3A 2VR5A 4U33A 2JE8A 5CPTA 2YJQA 1V3LA 1H11A 4H8VA 1GHSA 3WD1A 1A3HA 2WSPA 1V6WA 4DUXA 2DQXA 1GOQA 4JHZA 2X8RA 5I78A 1E9LA 2O9OA 1VEOA 1E73M 4WKAA 5M3WA 4JZ5A 1LG2A 4TOQA 3FHQA 1TVPA 4WLCA 3MO4A 2O92A 3CZJA 3VINA 3W82A 2FHCA 2CYGA 5BXRA 1NARA 3QHOA 4W8AA 1TZ7A 4P8WA 2OYLA 2MANA 3B9EA 1C91A 1K9FA 4BCEA 1UWIA 2EBNA 2A3BA 2F2HA 1UKOA 2WMJA 2JIEA 2CKRA 3OLEA 4P8XA 1MYRA 4IISA 2W61A 3GZAA 1UQZA 1MW3A 2OSWA 1PIFA 1PX3A 2J8GA 3VIHA 2ZUVA 4IPNB 3SUWA 2VX7A 2OWXA 1ZS2A 3CUHA 3OLIA 2D20A 3MANA 1NH6A 1ISXA 3VD5A 1RD6A 2A3CA 1ISYA 3QHMA 1E6PA 1NP2A 1TVNA 1QNOA 4L4OA 1E6RA 2WMFA 5FL1A 1XYFA 1XSJA 2CESA 3AHXA 1GVYA 5AC5A 2CHOA 1WNOA 2BNJA 3OZPA 1LF1A 1UD8A 2VO5A 5AYIA 3DHPA 2W91A 1B3ZA 1W32A 5HBFA 1CGUA 5HNNA 2J7BA 2XVNA 4R5EA 1UWSA 1KXHA 2J25A 2O9RA 5CG0A 4W93A 3T2QA 3VGBA 4AIOA 4UZUA 1JYWA 1S46A 2PWDA 3OIHA 4UFLA 1B3VA 1H2JA 2IXVA 3ZSTA 4GI9A 3I3EA 4TXEA 3VNZA 2JFEX 3AISA 3M7SA 2ZXAA 4ATWA 3DYPA 5D4YA 2ESCA 5GNYA 1OT1A 2CETA 1ZBKA 1NOFA 1UD5A 2ZX5A 3WH6A 3MUIA 1JNDA 2GK1A 1HKJA 1W3HA 1B2YA 3EDEA 3WUFA 1XHGA 1GJUA 1UOKA 3CPUA 2PBGA 3J7HA 3K4AA 5FL0A 1UA3A 4CD4A 1CGTA 4PCSA 3WMSA 3CHDA 4HPGA 1O6IA 1K9TA 3JUGA 5A1AA 4MB4A 1OWQA 4Z2JA 1E3XA 1AQHA 5CQ1A 3AYRA 2Y8KA 4XX6A 1K9EA 5IXEA 1BQCA 3ARYA 1MW1A 2EPOA 1JDAA 3M07A 1JD7A 4B9ZA 1F4HA 3AFBA 3NDZA 4P7RA 1FH7A 2OSYA 4HP5A 2OYKA 3TTSA 1GOMA 1CGYA 1XGZA 4CD5A 2VVNA 2YL9A 3BSGA 1UZ4A 4FLQA 3L2MA 1WZAA 3WKZA 1KXQA 2E0PA 2D0GA 4UFMA 1E70M 1R86A 3KE0A 4XUYA 1OD8A 4AEFA 3NSMA 2FH8A 4HU0A 2WMHA 2C8NA 4J28A 3ZQ9A 3VO0A 3MV01 3WH9A 5C8BB 1EXPA 2OWCA 5IHSA 1DWJM 1I1XA 1UWQA 4UR9A 3OZOA 1FHDA 4Z2IA 2X09A 4LYPA 3WF0A 1FP9A 1J10A 4B9YA 3TA9A 3N9KA 4ACZA 3U7VA 4NSBA 2YL6A 1HN1A 1XD0A 3ZJ6A 2ZX9A 3RJXA 2EEXA 1MQPA 1NM9A 1W9UA 4PEEA 3AIRA 5BCAA 4AIUA 2B31A 4HTYA 1CYGA 4DM2A 1KBKA 1OGBA 4H04A 2YDRA 3K8MA 5D8WA 1U30A 2J8FA 3WD4A 4S3KA 1E6XM 2BHYA 1G5AA 1B1YA 1US2A 1XC6A 1EH9A 1V0KA 4H2CA 2CBJA 2XSAA 3GNOA 4AIEA 1C7TA 1TUXA 4MNMA 1MXGA 1V08A 1JYVA 3MUAA 1XD1A 3IANA 3ZMRA 3W38A 1FHLA 4HZ8A 2WYSA 7A3HA 3SUUA 1ITXA 4E2OA 4HOWA 4M56A 3B9AA 4PMNA 3AIQA 4GO9A 1PJ9A 3WBAA 5E0CA 2GJXA 1NOWA 1W1PA 4W87A 1KFWA 1E6QM 3AS3A 1V3JA 1G01A 3VGFA 5A95A 3UR8A 2OYMA 1QNPA 4AW7A 1JG9A 4L4PA 2DSVA 2QF8A 4V28A 2G8ZA 1W9DM 4JCMA 1YQ2A 1KXTA 1OT2A 1WZMA 1UZ1A 4D6HA 3AMGA 2WB5A 2VZOA 4PMXA 4KWUA 3BAIA 4WF7A 1GOWA 4PN2A 1TG7A 4CUCA 4GQQA 3VM7A 1D7FA 3WDRA 1R7OA 4CKQA 2UY2A 1J11A 1E71M 2XVKA 3VIJA 3VTRA 1BAGA 4UFJA 4BZYA 3AROA 4PTMA 1Q6EA 3WDIA 4AZ5A 3VNYA 4U2ZA 4ATLA 1E6NA 3D5HA 2CBUA 3AJ7A 2PI6A 1VRXA 3EYPA 1JFXA 3NDYA 3WMCA 4K68A 3UERA 4W85A 1EOMA 2QMKA 2F8QA 3VDBA 1CEOA 2DEPA 4XV0A 3ZO9A 5I23A 2ZX8A 1QNRA 4ZE5A 2ZE0A 4BA0A 1V0LA 5TD4A 2YA1A 4MAZA 3GM8A 1E0WA 5DMYA 4J3WA 2FH6A 4M1RA 4J3SA 2CEQA 2C7FA 2ZUNA 1ZB5A 1E5JA 4GI6A 1KQZA 3RMEA 4HA4A 3AI0A 1HKKA 3EDJA 4DUVA 1HJXA 2XYLA 2EJ1A 3TTOA 4UTFA 1UKTA 1JAEA 3ARXA 3FAWA 5I0DA 4RE4A 2GFTA 1CGVA 5M03A 2WWDA 3A4XA 4ATDA 3MKKA 3POCA 4B3LA 5HPCA 5D9MA 3ZJKA 4PUEA 1Q6GA 4OOZA 4AZ6A 2WW5A 4OBRA 4MDPA 4J3XA 2WXDM 4J3VA 3POHA 4TVCA 4DWSC 3WELA 3IJ8A 2X1IA 5JBDA 2J7EA 3LPOA 3ZIZA 1AVAA 5CSUA 2ZUWA 4W5UA 5BXPA 4AZCB 1R85A 2XVPA 2BY0A 3CIVA 3QOMA 3L4WA 3UR7A 3PZVA 1H41A 4MAVA 1QNQA 5F7UA 1PBGA 4MDOA 1OGGA 4AEEA 1AMYA 1IT0A 2WM0A 4JL1A 2D23A 3CHEA 4PCTA 4LPCA 2XWEA 5LA2A 1M04A 1PEZA 2WLZA 3VIKA 1M7XA 1US3A 2PF0A 1UKPA 5E9AA 4KRUA 2HVMA 1JZ8A 3AMKA 4JFSA 6A3HA 3BLKA 3L4VA 2J47A 4HU8A 4AYSA 2DT3A 5IHRA 4OUEA 2ZUMA 1J12A 1YHTA 3NUKA 1C92A 2WHLA 1H5VA 4CN6A 2WWCA 5DT5A 4E4PA 3OGVA 2WZHA 1WPCA 2XUCA 5CLTA 1BYBA 1R7AA 4C7DA 5BRQA 1UH4A 3RO8A 4PMYA 2DH2A 3E1F1 3EMZA 1HP4A 1VFOA 2WSKA 1G0CA 2JIWA 4DWSD 5DFAA 3KL3A 3AIBA 4XB3A 2XFRA 1VFFA 4JCLA 1EDTA 1CXKA 5A2AA 3WDHA 3ZR6A 4E8DA 5IFPA 1A47A 5BWFA 2CXGA 4JAWA 3AQUA 3MMUA 4EANA 3A4WA 5A2BA 4JKLA 1UHVA 3N15A 2WMKA 1EQPA 4N0RA 4AC1X 3AXIA 4AZGA 1CIUA 3PZGA 3FN9A 3SCNA 4FMVA 4H8UA 4U5IA 3BGAA 2ZUSA 3SCVA 4UQCA 1ESWA 1W1YA 3GXMA 3W28A 4CD6A 2W66A 3ARUA 3O2LA 1V6UA 4H41A 2IUZA 1CLXA 3GXIA 4HMEA 1SYTA 2XIBA 7CGTA 4Y7EA 3G6LA 1J18A 2J7CA 3N04A 1PZ2A 1UQYA 1CTNA 4HOXA 1JXJA 1VBUA 1MVYA 2W63A 3WQ8A 4TTUA 4F9DA 1GONA 1QI5A 1U33A 2VZUA 4D71A 2BVTA 3M46A 1E5NA 2DSKA 1XH1A 5CLWA 3WH7A 4MTVA 4AMCA 1V3HA 2ZX6A 1OIMA 3O9NA 2GVYA 4J3UA 2VT0A 1JZ3A 4J27A 2YDQA 4W8BA 2NT1A 2WCAA 4AZHA 1KGUA 1QBBA 4JFUA 1PPIA 1QHZA 1GOIA 3NJ3A 2PWGA 4JKMA 1QPKA 3VUPA 3CZEA 1JGIA 1LQ0A 2BS9A 4D6CA 4CD7A 1OD0A 1C93A 2WAGA 3HU7A 4JFTA 1UKQA 5A8OA 1CNVA 2D2OA 3PTKA 5E70A 3AMLA 5A8NA 3T0DA 5FKYA 3ZOAA 3ZJ7A 5CJ5A 1LL4A 1B31A 4QLLA 1IZKA 3AIVA 3VPLA 4AD5A 3AS0A 2OSXA 3AIWA 5EB8A 2ZX7A 2XVGA 1PAMA 1M03A 2VRQA 2Y4SA 4W89A 3WIJA 3PTMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XM2 A;  2GUY A;  2EPN A;  4AZC A;  1NQ6 A;  2VI0 A;  4EKJ A;  2Z1S A;  1JXK A;  1B90 A;  1JI1 A;  5I79 A;  2VUR A;  1C90 A;  2WC3 A;  1TFV A;  4P8V A;  1WO2 A;  5M17 A;  1UUQ A;  5A8P A;  2WKG A;  1H09 A;  2JEP A;  4TUF A;  4P8U A;  3TOP A;  1KWK A;  2CBI A;  4F8X A;  1B3Y A;  3RJY A;  1V0M A;  4UOQ A;  2EPL X;  4AZB A;  4AD0 A;  1UG6 A;  3FW6 A;  3ARV A;  9CGT A;  1XSI A;  4CU6 A;  2W4X A;  3A47 A;  4ACY A;  5A2C A;  4UQE A;  1UR9 A;  1BHG A;  4FLO A;  1I75 A;  5D9P A;  4CCC A;  4U31 A;  1HVX A;  3B9D A;  4E8C A;  4V27 A;  5IFT A;  2VC9 A;  1KB3 A;  2FHB A;  3UEQ A;  4J7R A;  2VCB A;  5EFD A;  2ZWZ A;  3L4T A;  1W1V A;  1ZU8 A;  3W25 A;  3BCD A;  4V2X A;  1F4A A;  1HL8 A;  2JEQ A;  1KWG A;  2ZIC A;  3T2O A;  3GTN A;  1GUV A;  1J0Y A;  5CXP A;  1BLI A;  1XYZ A;  1KR0 A;  4NRR A;  1BF2 A;  1UH3 A;  2VX4 A;  2DSW A;  1TA3 B;  3I3D A;  4ZXO A;  4WJX A;  5I24 A;  1E1E A;  2WBG A;  3ARR A;  1MW2 A;  3VVG A;  3L2L A;  3FXY A;  5A3H A;  5A6S A;  4KGL A;  2X2Y A;  1V02 E;  4IPL A;  5EBA A;  3CGT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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