1B3W | Genus

Total Genus 128

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	EASVSIDAKFKAHGKKYLGTIGDQYTLTKNTKNPAIIKADFGQLTPENSMKWDATEPNRGQFTFSGSDYLVNFAQSNGKLIRGHTLVWHSQLPGWVSSITDKNTLISVLKNHITTVMTRYKGKIYAWDVLNEIFNEDGSLRNSVFYNVIGEDYVRIAFETARSVDPNAKLYINDYNLDSAGYSKVNGMVSHVKKWLAAGIPIDGIGSQTHLGAGAGSAVAGALNALASAGTKEIAITELDIAGASSTDYVNVVNACLNQAKCVGITVWGVADPDSWRSSSSPLLFDGNYNPKAAYNAIANAL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__70896036995941__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__70896036995941__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1B3W/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__70896036995941__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"70896036995941","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1B3W/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__70896036995941__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfac2e223a75cd80531cf6b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfac2e223a75cd80531cf6b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfac2e223a75cd80531cf6b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfac2e223a75cd80531cf6b/pdb.gz): 509 ms

reading 302 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

302 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 37 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:301});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Family 10 xylanase
publication title	Xylan binding subsite mapping in the xylanase from Penicillium simplicissimum using xylooligosaccharides as cryo-protectant. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (XYLANASE)
total genus	128
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1998-12-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1b3wA00

1R86A 3N11A 1LQ0A 3CTTA 1UWRA 2W66A 2GJXA 2DSUA 5A6BD 1GVIA 1V3HA 3BMVA 1J0ZA 1GNXA 3PZOA 3A3HA 2WMHA 5GQBA 3BAKA 4D6IA 4W86A 3KL3A 4JFSA 3VX0A 1I1WA 2X1IA 3VIJA 1JDAA 3SCUA 1VIWA 3UETA 3VD9A 4B15A 2XHYA 1UWQA 3AIWA 1CLXA 2Y2WA 3AYRA 4PTWA 3MMWA 2FH8A 1E3ZA 3SCPA 2ZXQA 1QVBA 3WF4A 1D3CA 3BGAA 1WDRA 3EMQA 5D9NA 1M7XA 4URIA 1HKMA 4AYSA 1B3WA 4UFIA 1WZLA 1CIUA 2V3GA 4FLOA 3POCA 4NRRA 2XTKA 1EO7A 1KXVA 1C8YA 3EMZA 1GOOA 4OOZA 3VIFA 1E1EA 1UR1A 2VZOA 3PZIA 2WHLA 4AY1A 2BXYA 2G3MA 1IT0A 1E4NA 4V27A 1AQHA 1FFRA 3SUUA 2QPUA 1W2VA 2PC8A 4GIAA 4HPGA 3GTNA 3GXFA 4JFTA 2OSYA 1WKYA 3ZIZA 1X6LA 4UNIA 1GW1A 4F8XA 2X8RA 1X6NA 1XYZA 4M81A 5EB8A 1HJWA 3BLPX 3BAIA 1JF6A 1OD0A 2VZUA 3OLGA 5IHRA 1UR0A 5FL0A 2DIEA 2JEQA 4CGTA 1HT6A 2WNWA 3CUIA 4R27A 3BC9A 1H4PA 2VUYA 4UQDA 2E9BA 5C8BB 3CZ8A 4XZBA 5CPTA 3CHDA 4JFUA 2VZVA 4NZCA 5ABFA 1MQPA 2G4FA 4ZXLA 4GZJA 5A6BA 2XSBA 2JIWA 3DC0A 4PTMA 3L4ZA 3GH7A 2MANA 5LYRA 1MXDA 4LGXA 2PWGA 2D23A 5D9OA 1OIMA 3WKZA 2VRQA 1J0JA 5EFFA 1E71M 2OWCA 3ZMRA 2UY4A 1GQLA 3N12A 4D6DA 4W8LA 4BZYA 4JHOA 1KCKA 1BVNP 3J7HA 4IUGA 1DWFM 4H04A 2J74A 4D6EA 3LPOA 2XFYA 3NSXA 1UA3A 3IJ7A 1JYWA 1KFWA 1KXHA 1GORA 1W91A 3WF1A 3WH7A 5A8NA 1C90A 2QV4A 1G01A 2UY3A 2Y24A 1CGUA 4WIWA 1XCWA 1ECEA 4RE2A 1QI0A 3WSUA 1E43A 2XWEA 2VL4A 3SUTA 3ARRA 1QW8A 3OB8A 1E4MM 1UZ1A 1H11A 4WKHA 3W27A 1MFVA 2XVNA 4MTVA 1BG4A 3PZQA 4OIFA 3VMOA 3L4VA 5CSUA 1E6XM 1OBAA 1J0HA 1KB3A 3W6LA 5GNZA 3S6TA 2WB5A 2VRJA 3MMUA 3A4WA 1XSIA 2XJ7A 1VENA 4D71A 1E1FA 4ML4A 2E9MA 3ZQ9A 1EDTA 3WY1A 3N1AA 1UR9A 1RD6A 1V3LA 2VZTA 3HU7A 4FK9A 2E9LA 2QLYA 3WDRA 4PSRA 2DPEA 3G6MA 3O9NA 2DDXA 1CPUA 2YLAA 3VIOA 2XFRA 1BF2A 3CUJA 5JBEA 1GJWA 3UG3A 5CLWA 3GNRA 1UD8A 4QCEA 1H0IA 2DSZA 4LYPA 1ZBVA 4JFVA 1H41A 2X2YA 3W82A 5JUVA 5FCZA 5FIPA 3KWXA 3QHOA 4GQQA 1UH4A 3DYPA 3VGEA 3WF2A 1UKPA 4WSJA 3QHNA 4FLRA 3K4DA 1BTCA 1BHGA 1C8QA 2VQUA 1W32A 1C8XA 4BQ5A 5GNYA 1ITCA 1E5JA 1GQIA 1BYAA 1M04A 4CUCA 1HL8A 3MSDA 3M07A 4TVDA 2AAAA 1PBGA 1Q4NX 1HJXA 1MW2A 2WVVB 3NDYA 3PZGA 3MUIA 4M82A 3T2QA 1N82A 4BS0A 4H41A 5JBFA 3T2PA 1O6IA 4AZIA 1XC6A 3T08A 2XIBA 5KEZA 2WVUA 1PIFA 3WD2A 2BFGA 3TTQA 1YQ2A 1ODZA 4W7UA 1JFXA 1W9BM 4H2CA 4V28A 2DSVA 1PIGA 5FD0A 2J7DA 3VKKA 2VX4A 3MSGA 3ARXA 3ZT7A 4KGJA 4XX6A 4CKQA 5BYWA 3VDAA 3F5LA 3IJ8A 1EOKA 1GOWA 1XH2A 1XH1A 2WHMA 4WF7A 3EMCA 1GHSA 3ARZA 2CESA 3AIRA 1FH9A 3GNOA 1JDCA 1OGSA 2XSAA 3ZR6A 1DWHM 3GH4A 2W67A 4QLKA 3VDHA 4C7FA 3EYPA 2YIHA 5DEZA 4KRTA 1PJ9A 1GONA 2WKLA 3GBEA 2O92A 1UHVA 1C7TA 2J8GA 1WAWA 3WUBA 3U7BA 5I6SA 3EDFA 3MKKA 5A6JA 1E6NA 1GPFA 4GZIA 1JFHA 3MO4A 1PEZA 5A3HA 1BYDA 1OGGA 3VIMA 1J0KA 1H1NA 1CGWA 1CXIA 4M56A 2E0PA 5A8PA 4P8XA 2UY2A 5CPSA 1LLOA 3FNDA 3NSNA 4L4PA 2XWDA 1QNQA 3AS3A 5CZKA 4DWSC 1US3A 1HX0A 2A3HA 3UR8A 5CJ5A 1VB9A 1EOMA 4WSKA 3CGTA 3GM8A 4MADA 1X1NA 4PMZA 2WWDA 1Z32X 5HNNA 2WZIA 2G41A 4W84A 2WSPA 2YBUA 1VFOA 1PPIA 1JDDA 3CPUA 2WW5A 3EBVA 3WN6A 1HF6A 1ISVA 1ZB5A 3IAPA 2UY5A 1ZL1A 5CGMA 3CUGA 1OINA 2IUZA 1LL7A 2V38A 3A4XA 3VDCA 3AS1A 4S3JA 5BXTA 2AMGA 2YOCA 4HU8A 1GQKA 4YHEA 4HU0A 4TUFA 1R87A 2A3EA 2J7HA 3WNMA 4L4OA 3ARSA 3VX1A 1GOKA 4AD1A 1JZ7A 2GDVA 2WSKA 4GZEA 2FGZA 4CVWA 1B0IA 4UFKA 2OWWA 3T0DA 5A6AA 1C7SA 5HOSA 3UG4A 2XVKA 4BQ3A 2D24A 3WQ5A 3SIMA 3II1A 5D8WA 2BHUA 3AICA 3VGGA 1QBAA 2XYLA 2GJRA 3ZSSA 5GPRA 3VGFA 2J4GA 2BY0A 4BQ4A 1KGWA 3AIBA 1OM0A 3TTYA 5I78A 1UWSA 1KQYA 2VURA 2OYKA 1CENA 4PCSA 2WC4A 4JCMA 3SCOA 1MW1A 5CSYA 1BSIA 2ZX5A 5HPCA 2Q8XA 1RH9A 2E8YA 1Q6EA 2W63A 1YHTA 1HN1A 5M5DA 2QHAA 1BGAA 1V6VA 3VTRA 3AFBA 2EPKX 4PN2A 3PTMA 4HA4A 1J0IA 2YL6A 1F4AA 3HJEA 3OZOA 2Y5EA 2ZX9A 1ZBWA 1KR0A 1E73M 1G94A 4Z2JA 3W4RA 5A6SA 3WFLA 4JCLA 1OT2A 1FA2A 4W5ZA 2O9PA 1TA3A 1B3XA 2D0GA 2ZUVA 4J3TA 4BCEA 3MUAA 1OIFA 2J75A 1UD3A 3DYMA 3CMJA 5LA0A 1HP5A 3WDIA 3AS2A 1R85A 4MB5A 3PZTA 2E40A 3U5UA 1CNVA 1NP2A 1XSJA 1SR0A 5D4YA 1WZAA 4MDPA 4F9JA 4TXEA 4UFJA 5C71A 4ZEPA 1B1YA 2YA2A 4CU8A 2VJXA 3HN3A 4ZFMA 1LL4A 4W87A 6A3HA 3WQWA 2DT2A 3THCA 2WWCA 3K8KA 4XUYA 2DH3A 5I2UA 2WMFA 1XGZA 5IXEA 2WHKA 1GUVA 4M80A 3VNZA 4DUWA 4PMXA 4F79A 5DMYA 4IM4A 1HJQA 1VEOA 4UFLA 1UD4A 1H5VA 2WLZA 4AD2A 5I23A 4PRWA 2XIIA 4AIEA 1KBBA 1EGZA 4ZXOA 2OLHA 3CUFA 4PTVA 1EO5A 3SCTA 1CXEA 1CGYA 1QNRA 1NP0A 5CGTA 4LQ1A 4HZ6A 2PWEA 2YKKA 3L4TA 4MB4A 3N9KA 3WNNA 3B9DA 2F8QA 2D22A 1B31A 4P7LA 1UWUA 3TONA 1DEDA 1IV8A 5E9AA 4HZ8A 3BCDA 3RCNA 3RILA 2X0YA 5A94A 3W53A 1UA7A 1VFUA 1J0YA 4CCCA 5A2BA 1WB0A 1TE1A 4OJYA 1KBKA 4TVCA 1EDGA 2PWFA 5AYBA 1WDPA 1B90A 1KQZA 3U5YA 1K9DA 3T2OA 3K46A 1DTUA 3B8SA 2DT3A 4XV0A 1J12A 4AZBA 1M01A 3MV11 1FP9A 3ARWA 3CO4A 1M03A 3BXWA 4JZ5A 2W62A 1QHPA 1HIZA 2NT1A 2G8ZA 2J25A 1ISWA 1FHDA 4J27A 4PMDA 3FXYA 1BYCA 4W5UA 3OLIA 2BS9A 3UCQA 2CHOA 1UWIA 2CKSA 2G3JA 3M7SA 4B3KA 3BSGA 1E6RA 3BH4A 5E6YA 3AS0A 1UD5A 5D8ZA 2J77A 2BXZA 3POHA 1E4IA 3ARVA 4KRUA 5E70A 1DWAM 4JL2A 1XCXA 5A95A 3ZJ8A 1E0XA 2WMIB 5A8OA 1OSEA 3OA5A 1AVAA 3WELA 1ZS2A 4PMRA 3N04A 2J8FA 4AXNA 1QI2A 2ZWYA 1JYNA 1KWGA 4HMCA 3CZKA 4PUDA 1ZBCA 1CBGA 5HPOA 4UOZA 3K1DA 4X9YA 1JXKA 1E72M 1QHZA 3U57A 2CBIA 2FGLA 5A69A 1CXFA 1XV8A 1KCLA 4P7QA 5BROA 2WLYA 3ZOAA 3TA9A 4ATWA 3AIVA 1UUQA 4QCFA 3WIJA 1V6UA 1WZKA 3F5KA 1JAEA 2ZXBA 2YL5A 1JZ4A 3OBAA 1QHOA 2GFTA 1UR4A 1MWOA 4B9ZA 1WP6A 9CGTA 4JFWA 1LG1A 1Q6GA 4JKKA 2WK2A 1V6YA 4A4AA 3PTKA 1SMDA 1ITXA 1E3XA 1TFVA 5D9PA 4AIOA 4UOQA 3RM9A 2G3NA 2DEPA 2BHZA 2PBOA 3WF0A 1GVYA 2VO5A 3N13A 3VU2A 4DUXA 1G5AA 1LF1A 3SCNA 2XUCA 4P8UA 3AMCA 3AIQA 1W3JA 1L8NA 1V6XA 5ABEA 1IZKA 1XRVA 4ZE4A 2X05A 2A3BA 5JIWA 3VD4A 4UQEA 3CH9A 1XD1A 3WH8A 4UFMA 2WVVA 4UQCA 1PZ3A 1M53A 4CD5A 3PN8A 2ZUTA 1UOKA 3FN9A 4LXFA 4ZE5A 2Z1KA 1W1PA 1V3KA 1XHGA 2E3ZA 3WUFA 3L4YA 4MDOA 4TOQA 2J78A 4PBGA 3FAWA 3VGHA 4FF5A 2J7BA 1NARA 2WXDM 2V5DA 5HDRA 2CNCA 4D6CA 3WQ4A 4OBSA 3WMSA 1D2KA 3SCRA 1PX4A 3KL5A 1TMQA 1E4LA 1GQJA 4WLCA 2Y8VA 4AEFA 2QMKA 5I79A 3W38A 2NSXA 2BHYA 1WPCA 1MQQA 1QNOA 4UQBA 1VBRA 3T09A 1QNSA 2XFFA 3SCWA 3ZJKA 1JG9A 1JYVA 5CPQA 2XVPA 4ACZB 3PBGA 4BQ2A 4YPJA 3OGRA 2VOTA 3PZUA 3RO8A 3WEMA 3RPMA 2WC7A 5AC5A 1TR1A 1B30A 4Z2IA 5BXRA 1VFMA 2WZHA 2WZEA 1ODUA 4YHGA 4P8WA 2YDSA 3EDJA 1LL6A 2C8NA 4Q7NA 2WAGA 1UH2A 4NF7A 3RM4A 2ZUMA 1DP0A 1B3YA 3CUHA 4MAVA 2Z1SA 4HPHA 3APGA 1VAHA 4WKAA 4QLJA 1V6WA 2JALA 4ATDA 4GI8A 1AMYA 4J3WA 3CBWA 4DUVA 3BAXA 4BF7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3ZO9 A;  4P7R A;  3L2L A;  3SCV A;  3ARQ A;  3F5J A;  1TA3 B;  4W7W A;  3GXM A;  3L4X A;  1Q6C A;  3G6L A;  4M29 A;  2ZX8 A;  3MV0 1;  3N18 A;  4UZU A;  2JF7 A;  4U3C A;  3AHY A;  3NYD A;  2FHB A;  2OYM A;  4HA1 A;  3AHX A;  5A6K A;  3WBE A;  1VJZ A;  3OIH A;  1E6P A;  4HZ7 A;  3WNP A;  3WH9 A;  3GBD A;  2WVT A;  3CZG A;  3W25 A;  4U3A A;  5LA2 A;  3BCF A;  1JZ8 A;  4QFU A;  5EMY A;  3RDK A;  1AQM A;  3TTS A;  3FHA A;  1TVN A;  4DM2 A;  2BVT A;  4OKD A;  2YJQ A;  3WH5 A;  4HTY A;  1O7A A;  3L2M A;  4YN5 A;  4B9Y A;  4D6H A;  1U30 A;  2XM2 A;  1ISX A;  1HJS A;  5F7U A;  2PBG A;  1RP8 A;  3W37 A;  1JIB A;  2DT1 A;  4PMN A;  4W88 A;  3RME A;  1J10 A;  5BWF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2EGZ A;  3N11 A;  1LQ0 A;  5CH9 A;  2GVE A;  5C2G A;  1UWR A;  2W66 A;  3ZWT A;  3BMV A;  3LV6 A;  3M0V A;  2PDM A;  1E9Y B;  1XFB A;  3S5O A;  3BAK A;  3NPW A;  4QSH A;  1KFE A;  2RAG A;  3CUX A;  4JFS A;  4ZO7 A;  3SCU A;  3WML A;  4OV9 A;  3DDM A;  4DZA A;  3RRX A;  5PTD A;  2XHY A;  3ONB A;  1KRA C;  2HVN A;  5CZT A;  1CLX A;  4OE7 A;  3AYR A;  2GQ8 A;  3HBL A;  3MMW A;  2FH8 A;  3SCP A;  2ZXQ A;  3OQE A;  2NV9 A;  3C61 A;  3NGF A;  2OZT A;  1QXL A;  3N4A A;  1M7X A;  4URI A;  1HKM A;  1B3W A;  1WZL A;  1CIU A;  3TR2 A;  4GYK A;  3LY0 A;  3WBY A;  2V3G A;  4K1G A;  3PFR A;  3G1R A;  2ATM A;  4NZ3 A;  1UP0 A;  2XTK A;  3I7R A;  1EO7 A;  3NQM A;  3Q65 A;  1X39 A;  3BOX A;  1YYA A;  4TO8 A;  4WR3 A;  3PZI A;  2DUZ A;  4A8R A;  3QPY A;  3LRK A;  3BLE A;  2BXY A;  1ZAL A;  1DJN A;  3W1Q A;  4V27 A;  4XZ9 A;  2PC8 A;  4GIA A;  3R0D A;  4JFT A;  3NQG A;  5LXX A;  4XAY A;  1SW7 A;  4ZB0 A;  4UNI A;  1GW1 A;  2YZ5 A;  1Z41 A;  1X6N A;  1OZM A;  1RQB A;  1V79 A;  4M81 A;  3JZU A;  1HJW A;  3BLP X; 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1B3WA

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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