1B3Y | Genus

Total Genus 127

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	EASVSIDAKFKAHGKKYLGTIGDQYTLTKNTKNPAIIKADFGQLTPENSMKWDATEPNRGQFTFSGSDYLVNFAQSNGKLIRGHTLVWHSQLPGWVSSITDKNTLISVLKNHITTVMTRYKGKIYAWDVLNEIFNEDGSLRNSVFYNVIGEDYVRIAFETARSVDPNAKLYINDYNLDSAGYSKVNGMVSHVKKWLAAGIPIDGIGSQTHLGAGAGSAVAGALNALASAGTKEIAITELDIAGASSTDYVNVVNACLNQAKCVGITVWGVADPDSWRSSSSPLLFDGNYNPKAAYNAIANAL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__50080332622516__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__50080332622516__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1B3Y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__50080332622516__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"50080332622516","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1B3Y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__50080332622516__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfac2341ee69d252bad9b3e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfac2341ee69d252bad9b3e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfac2341ee69d252bad9b3e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfac2341ee69d252bad9b3e/pdb.gz): 437 ms

reading 302 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

302 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:301});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Family 10 xylanase
publication title	Xylan binding subsite mapping in the xylanase from Penicillium simplicissimum using xylooligosaccharides as cryo-protectant. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (XYLANASE)
total genus	127
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1998-12-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1b3yA00

3GNOA 5A8MA 1OINA 3S2CA 2XYLA 3SUUA 1JAEA 3VIKA 3N9KA 3SCRA 1ODZA 2BY2A 3CGTA 2WYSA 3K4AA 4KMQA 4RE2A 1GOMA 2EPMX 1HJVA 1XD1A 3UCQA 3EBVA 1UWUA 5BXRA 3VGHA 3L4WA 5C8BB 4TTGA 1R85A 2BV9A 1VEOA 3AMCA 4KWUA 1UKSA 5F7UA 2XTKA 3WIJA 2WZEA 2VRJA 3ZMRA 1ODUA 3OLIA 1BPLB 4LX4A 2IXVA 3GXDA 3PTQA 2XM2A 2GFTA 1AQHA 3QHNA 3VD3A 5JUVA 4W5ZA 3WDHA 4BQ2A 3ALGA 2VZSA 2YA0A 4HP5A 1KXVA 2XHYA 3ARQA 4LXFA 1UH4A 5C70A 7TAAA 3M46A 1WDSA 1B30A 3S6TA 3NSMA 4U3CA 2J7BA 1PZ2A 1CXKA 1V0KA 3WEOA 2OYLA 4ZXLA 1E9LA 3TTSA 1M03A 3O6AA 3WY1A 1KFWA 2FHBA 3K46A 5HOSA 4BCEA 1WDRA 1EHNA 1W1TA 3FHAA 4AZHA 2PC8A 4PCSA 1J11A 4J3TA 4E2OA 1HJUA 1WZAA 4XV0A 1V6YA 3BAKA 1WZLA 1E0WA 3SCPA 4IPLA 5CGMA 1HKMA 4PEEA 4B3LA 3GZAA 3AROA 2EEXA 1ISVA 3TOPA 1OIFA 4FLQA 1C8YA 1UOKA 3AMDA 3CIVA 3VDBA 2XJ7A 1E5JA 4V27A 3U5YA 1WB0A 4N42A 5TD4A 3SEPA 5JBFA 5ABEA 1XV8A 2W5FA 4R5EA 2ZUUA 2YKKA 3L4XA 5CSUA 2PF0A 4MB5A 3NJ3A 1H4PA 1UQYA 2D0GA 1MWOA 1XSKA 4U31A 3AHYA 4MNJA 3W0KA 3WD0A 3VIFA 4M1RA 5HBFA 5FL0A 2W66A 1FH7A 4HU8A 1K9TA 3GTNA 5FIPA 4QP0A 1NP0A 1OCQA 3SCOA 4D6IA 2JIWA 5CPQA 2FDMA 3AHXA 3OLDA 7A3HA 3AHZA 5GNZA 1V0MA 3BMWA 2Y8VA 3SCVA 3WNPA 1BGGA 1LLOA 3WFLA 2DSUA 2QMJA 2YL8A 1H49A 4S3KA 4MPKA 1S46A 4J3XA 2G3JA 2OYMA 3BLKA 2VZTA 5CZKA 1EIBA 4J3SA 1BSIA 2WKGA 2WMIA 2D1ZA 1HIZA 4MDOA 4J3WA 2WPGA 1FP8A 3L4VA 5CGTA 1HKIA 3WMSA 2NT1A 2AAAA 4U3AA 1M04A 3WFZA 3KWXA 2FGZA 1JZ4A 2VL4A 1KQYA 4M24A 1JF6A 4U33A 1DWGM 4GINA 2EPLX 1JYXA 2OWWA 4ZE4A 4KGJA 4M56A 4CD7A 3EDJA 2F8QA 2X1IA 2WHJA 2BY0A 3AZRA 1UR8A 3SIMA 2GK1A 1KWGA 3ARZA 4GZJA 2XGBA 2UY5A 1GOKA 4JAWA 4Q22A 3VX0A 1E73M 4N0RA 1NWUA 2WMFA 4PMNA 1NWSA 1E56A 4TVCA 1YQ2A 1WDPA 4UFJA 5I2UA 3ZJ7A 1UH3A 5DT5A 1GQIA 1K9EA 1JYVA 3NSXA 2D20A 1GQJA 3VIGA 4P8VA 3ARWA 3WD1A 4D6DA 4OOUA 1CTNA 4IPNB 3RPMA 6TAAA 1VFUA 2VRKA 5CSYA 5AC5A 4XX6A 1J0JA 2Y24A 1E6NA 1CGWA 5E0CA 4H04A 1ZJBA 4ZENA 1X6LA 3J7HA 3WD3A 3MUY1 5A8NA 3NDZA 4BS0A 4H8HA 2CBIA 4M81A 1XRVA 2EBNA 2CBVA 2JALA 3UG3A 3HU7A 5A3HA 3W81A 2X2YA 1CLVA 3AMKA 4P8UA 3N13A 2BXZA 1UKTA 2EPNA 1QBAA 4NSBA 2XPKA 3B9EA 5M17A 5A69A 4MJ4A 4UOZA 2W61A 1B3XA 2WLYA 4PBGA 1NOWA 4UFHA 5FOOA 1VFOA 1CGYA 2A3BA 4CD6A 1UH2A 5FKYA 4P7LA 5I23A 3ALFA 1B9ZA 1J0YA 3WNLA 1XHGA 1EDTA 4Z2IA 3A4XA 3PZGA 3KL5A 1Q4NX 2DT1A 2J8FA 3AIUA 1XH1A 3PZ9A 3OLEA 1V3IA 2YBUA 4QAWA 3MUZ1 5A2BA 3WUEA 3B9AA 3B8SA 2QHAA 3AICA 5AY7A 1U30A 1GJWA 2D0HA 1I1XA 2CETA 3N17A 5E0FA 1QW9A 1W9DM 1W3KA 1GOQA 4JKLA 3VD4A 3U7VA 4U5IA 1UKPA 1UD2A 4CCEA 1WZMA 3N18A 3BAWA 1V6WA 2WHMA 3HN3A 4CVUA 3AMGA 4D6JA 3CZLA 3WDRA 1UD3A 1V6VA 4QLJA 4P7OA 1QI2A 2D2OA 3CMJA 3U7BA 3KL0A 1KXHA 2A3EA 3T2QA 3GBDA 4CCCA 4BQ4A 1W2VA 4UOQA 1UKQA 5M5DA 4GZEA 4ZEPA 3W29A 1HJQA 2EJ1A 2WK2A 4S3JA 4UFIA 1V3JA 3WUBA 4NZCA 1W9PA 1WO2A 4AWEA 1V3KA 3MV11 1PAMA 2J75A 3GH7A 3ZT6A 2D22A 2PI6A 1JIBA 4PSRA 2OWXA 4W88A 2Z1KA 1VJZA 1GVYA 3EDKA 1VBUA 3WMBA 3WNNA 4PYSA 1BYCA 2IXUA 5DMYA 1OT2A 3K1DA 3T0BA 2FHFA 1H11A 2DH3A 3NYDA 4CGTA 3WH6A 3WDJA 4F9JA 4OKDA 4YPJA 3MKKA 1GORA 3BXWA 2WVSA 3AS3A 1FH9A 3WUGA 3UG5A 4UQ9A 2BY3A 2WANA 4X9YA 2IUZA 3A4AA 2ZICA 5GNXA 3AFBA 3AS0A 2CERA 1OSEA 2GK1B 1E3XA 2PWDA 3W82A 1EOKA 4CD4A 3GNRA 1UWIA 3ARPA 3L2MA 4LPCA 2E40A 3SURA 4AYSA 4AZGA 1SFSA 4UR9A 3WQ6A 4W7VA 2G41A 2BS9A 2DSVA 1XSIA 1JGIA 3RDKA 5D4YA 1D7FA 1F4HA 3W6LA 3RO8A 3GH5A 4J28A 4ATLA 4TVDA 1W3LA 3PZMA 2O9RA 5LA2A 2GJPA 3WNOA 3G6LA 5EB8A 2BY1A 1ZBKA 3WF1A 2J79A 2BHUA 3POCA 4ML4A 4TXEA 4V2XA 1QI4A 4HPGA 2D3NA 4IUGA 1TE1A 3EYPA 3MMWA 3QHMA 1DEDA 3A4WA 3N15A 4ACYA 4P7NA 5BROA 4JFUA 2DT3A 1HJWA 5JBEA 5D8ZA 5A8QA 1JZ8A 1QI0A 3VPLA 3CZGA 1W3HA 1J9YA 3VX1A 1PZ3A 1E43A 1CXLA 1CXIA 4PTVA 2WBKA 1U33A 3PHAA 1VIWA 3CUIA 5GQBA 4WKHA 1EDGA 5LA0A 4AD1A 3W28A 4FLOA 1MQRA 2EO7A 1KCLA 3AHVA 4HMDA 2D23A 4W8AA 4XB3A 4PMDA 5IHRA 1W1YA 5A6BA 1SR0A 2PWFA 3ZT5A 1ZU8A 4AC1X 3EDFA 1R87A 1UYQA 2ZUSA 2FH8A 2J7HA 3RM9A 3WUFA 1KBKA 4DWSD 1KQZA 4GO8A 4OJYA 1UR1A 3N12A 5E6ZA 2GJRA 1G0CA 5A6AA 1RP8A 3WF4A 1AQ0A 1ZL1A 3VGDA 2DSKA 2J77A 3TONA 3WH8A 2YDSA 3L4UA 2J74A 1JAKA 2ZUTA 4QDMA 1EA9C 1E71M 3RJYA 3CZKA 1PEZA 3GBEA 4J3VA 2B31A 4GI6A 3ARYA 5IHSA 2PWEA 2PB1A 4AD3A 4H7VA 1G9HA 1GNXA 2WZHA 4D6GA 4XUYA 5M03A 3VGFA 1UWTA 2WBGA 8A3HA 3UG4A 1JXKA 3ZSTA 2BHZA 2WMKA 1EQCA 1R7AA 1HL9A 3AI0A 4MB4A 4MAVA 4WIWA 2CNCA 5A6SA 2GDUA 1CLXA 4HPHA 4FLRA 3U5UA 4OOZA 1C92A 1FHLA 4CVWA 3SUSA 1BYDA 3VUPA 3VDAA 2JIEA 3WQ5A 4HTYA 1ZJAA 2BVYA 2JFEX 1E1FA 1E6PA 1V08A 4Z2JA 4TVUA 3CBWA 4JL2A 1OGBA 3QR3A 3PZIA 2JE8A 1BTCA 4NRRA 3GDBA 5D9MA 3CLWA 1L0PA 1Q6CA 3BAIA 2JF6A 1MW0A 2W91A 1V0LA 3NCOA 2XWDA 2ZE0A 1SYTA 3VGGA 2YJQA 2DIJA 2DH2A 4M80A 5CXPA 2CITA 1QI3A 1VB9A 1GUVA 1MVYA 1ITXA 1OGGA 1JG9A 3CHFA 1H1NA 5DT7A 2JEQA 3VKKA 3AIWA 5LYRA 3GM8A 2WWDA 2VX4A 1C93A 1G1YA 1EHAA 1D3CA 1K9FA 1QNQA 1GOWA 3M6DA 3JUGA 4V28A 4YHEA 1BYAA 3BSGA 1B3ZA 1V02A 4ZFMA 4D71A 1E4MM 3AOFA 3F5LA 2G8ZA 3GXIA 4MADA 2VQUA 3NDYA 3OB8A 3BC9A 1KBBA 3LPFA 1HX0A 5I79A 1GW1A 2AMGA 3VNYA 4WKAA 3OZPA 4PTWA 1XCWA 2Y5EA 1ZB5A 4D6HA 1PX8A 3VO0A 1GOOA 1CXEA 4ATDA 3WL1A 3MSGA 4BF7A 3DYPA 3BCFA 2J7FA 4ZXOA 3I3EA 2O9PA 2WB5A 1A47A 2VX5A 3ZOAA 2O92A 1BAGA 1BQCA 3RCNA 3ZQ9A 3W24A 4DUXA 1BYBA 2V3DA 3DC0A 4Y7EA 3A3HA 1GONA 1XH2A 3WN6A 2WWCA 3WDPP 2WHKA 1E1EA 2V5DA 3AISA 1FOBA 1CGUA 3AQUA 3TTQA 1G01A 1E6XM 2UY3A 4PMZA 4IISA 3CTTA 1RPKA 2WVVA 3WNKA 1CWYA 2J4GA 5ABFA 4F8XA 3IJ8A 1L8NA 3ARUA 1MFUA 4DUWA 1MFVA 3POHA 1CECA 1VFFA 2J78A 3N04A 3A6OA 3ZSSA 3W53A 4AIEA 3WQ8A 3WL0A 2V38A 3L4TA 1JFXA 3TP4A 1W2PA 5DF0A 3OZOA 1DWFM 1V0NA 4OZOA 1LG1A 1F4AA 2XSAA 1FP9A 4BZYA 4UTFA 1B3YA 3QGVA 2PBGA 3VM5A 2O9OA 1QPKA 5HPCA 4KRUA 3FY1A 4PTMA 2WKLA 4AZBA 2G3NA 2VT0A 3KL3A 3FAWA 4EE9A 2BHYA 3WF0A 3W38A 3ZJ8A 5DO8A 3FNDA 4CKQA 3GXFA 3AJ7A 1JYNA 2A3AA 3TA9A 4GO9A 3WEZA 3UETA 1DWJM 1QI5A 1UZ4A 5A6JA 3BAJA 2GUYA 4AZCB 1KXTA 3MANA 3LPOA 1BG4A 4WJXA 4AY1A 2BXYA 3VVGA 3PZNA 2VZUA 1E4NA 1UWSA 4ACZA 1GOIA 3SCQA 1HN1A 6CGTA 2EPOA 1OBAA 3TTOA 4JFTA 4Z2GA 4AZ7A 4D72A 2XSBA 2DPEA 1UUQA 4H8VA 5A6MA 5M3WA 2OSWA 3CUGA 3OGRA 4P7QA 4F9DA 5I5RA 2DGAA 1VAHA 1V02E 3VGBA 1K9DA 4UOJA 3T08A 1UG6A 5DFAA 1HVXA 3VMNA 4FLSA 2XVKA 2XFYA 2ZX8A 4B9ZA 4AZ6A 5EFFA 1LJYA 1HXJA 2WXDM 4AEFA 3ARSA 3LPPA 4HU0A 2FGLA 5JBDA 3VILA 3WEMA 5E6YA 1C91A 4D1IA 5AYBA 3ARXA 5A94A 2YA2A 2ZUVA 4RL3A 4B3KA 5ABGA 1FFQA 3W6MA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3BLP X;  5BRP A;  1PBG A;  1EO5 A;  1QBB A;  1BG9 A;  3WSU A;  3HJE A;  3ARV A;  1V03 A;  3DYO A;  3QOK A;  3CH9 A;  1WDQ A;  2E3Z A;  1GJU A;  2E8Z A;  5E09 A;  5I3D A;  3SUT A;  2XFF A;  4J27 A;  1LL6 A;  4QLL A;  3DHU A;  1JD9 A;  3SCW A;  2CHN A;  1NQ6 A;  4U2Y A;  2XGI A;  3MUI A;  1ISX A;  3ZJK A;  5JIW A;  3UR8 A;  1OD8 A;  1JXJ A;  4AZI A;  1OD0 A;  1UQZ A;  1JDD A;  2YIH A;  4D6F A;  1CNV A;  3CUH A;  1EH9 A;  2DQX A;  3GYC A;  3GNP A;  1EO7 A;  2YBT A;  4D6C A;  1J18 A;  2YOC A;  3ZIZ A;  4W8B A;  1PIF A;  1X1N A;  4W86 A;  9CGT A;  1J12 A;  2J62 A;  1ZBW A;  4CD8 A;  4W93 A;  3VNZ A;  4MJ2 A;  3ART A;  3O9N A;  4PSP A;  3ZO9 A;  1YHT A;  1KGU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HK1 A;  5CC7 A;  4GIE A;  3SUU A;  3N29 A;  3NZP A;  4RNI A;  3VIK A;  4ZR8 A;  3SCR A;  1ODZ A;  3DFQ A;  4LS1 A;  2WYS A;  2PZN A;  5LKY A;  1GOM A;  4HU3 A;  3B4Y A;  1R3S A;  4HMN A;  3G1Y A;  5EKY A;  1ZY9 A;  5AHI A;  1UWU A;  4GZ7 A;  4O28 A;  4YVV A;  1AZ2 A;  1R85 A;  2BV9 A;  2E77 A;  5F2G A;  3SN1 A;  3ONC A;  2JKE A;  1FHV A;  3ZMR A;  4HK5 A;  1FWW A;  5C9W A;  5JUV A;  1XLJ A;  3ITX A;  1H7O A;  4KFN A;  2GSH A;  4IIB A;  1O12 A;  5C70 A;  3M46 A;  3EWB X;  4XTD A;  3S6T A;  3VFC A;  1FUY A;  3R25 A;  4RW3 A;  4U3C A;  2J7B A;  2QUU A;  3GG0 A;  3LG3 A;  4OT7 A;  1PL9 A;  1E9L A;  3TX9 A;  4B92 A;  1ZNN A;  2H90 A;  3KBN A;  4O11 A;  1KLY A;  3HO8 A;  3VC6 A;  3UA4 A;  1O1Z A;  1J11 A;  3UCC A;  4PUN A;  1WZA A;  5HIN A;  3BAK A;  1WZL A;  5I07 A;  1E0W A;  2V69 A;  1VLW A;  4OWG A;  4XZI A;  1XX1 A;  4AC7 C;  4IPL A;  5CGM A;  1YDV A;  3GZA A;  1EYE A;  3LQG A;  4FLQ A;  2NVC A;  2GQ3 A;  3AMD A;  3V1H A;  1KFL A;  2V82 A;  3U5Y A;  3KTC A;  4S2C A;  4AYG A;  3RX3 A;  1XV8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1B3YA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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