1BGAA

Beta-glucosidase a from bacillus polymyxa
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
447
structure length
447
Chain Sequence
TIFQFPQDFMWGTATAAYQIEGAYQEDGRGLSIWDTFAHTPGKVFNGDNGNVACDSYHRYEEDIRLMKELGIRTYRFSVSWPRIFPNGDGEVNQEGLDYYHRVVDLLNDNGIEPFCTLYHWDLPQALQDAGGWGNRRTIQAFVQFAETMFREFHGKIQHWLTFNEPWCIAFLSNMLGVHAPGLTNLQTAIDVGHHLLVAHGLSVRRFRELGTSGQIGIAPNVSWAVPYSTSEEDKAACARTISLHSDWFLQPIYQGSYPQFLVDWFAEQGATVPIQDGDMDIIGEPIDMIGINYYSMSVNRFNPEAGFLQSEEINMGLPVTDIGWPVESRGLYEVLHYLQKYGNIDIYITENGACINDEVVNGKVQDDRRISYMQQHLVQVHRTIHDGLHVKGYMAWSLLDNFEWAEGYNMRFGMIHVDFRTQVRTPKESYYWYRNVVSNNWLETRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of beta-glucosidase A from Bacillus polymyxa: insights into the catalytic activity in family 1 glycosyl hydrolases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
molecule tags Glycosidase
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 180
structure length 447
sequence length 447
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 1997-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1bgaA00
5CZKA 1B3WA 1G94A 2WSKA 2VZUA 1XV8A 5C70A 4PN2A 1VENA 3PBGA 2NSXA 1JGIA 1Q6FA 2VT0A 4P7OA 1OSEA 3W24A 1PIFA 2JIWA 1UR2A 3LPFA 1V0NA 5I79A 1ZBCA 1KQYA 2FH8A 2YLLA 3T2QA 1B3VA 1H4PA 2F8QA 3CZEA 2CCRA 3PZVA 4AIUA 2V3EA 1GONA 5BRPA 1HN1A 9CGTA 3HMCA 1LG1A 1R8LA 1WP6A 1CWYA 5DFAA 1GQKA 1WZMA 3VIFA 3VMOA 1R7OA 1W9PA 5F7UA 2PWEA 3LMYA 2X0HA 4NSBA 2J7DA 1FOBA 2WLYA 3DHPA 4W89A 2J8FA 3MUY1 4YN5A 3OGVA 4TOQA 4EKJA 1PAMA 5BXSA 1JYNA 1EO5A 4HZ6A 1H49A 3VGGA 1BAGA 4E8CA 1GOMA 1TR1A 4MTVA 1AQHA 1LWJA 5I24A 3B8SA 4UQBA 1PX4A 1EHNA 3VDCA 3UCQA 5I5RA 5A8OA 2JF7A 1R87A 2ZXQA 4JL1A 2WC3A 5E6ZA 3L2MA 2AOSA 3UERA 4HP5A 3F5LA 4W8AA 1HVQA 3MKKA 4KGLA 3AMLA 3RO8A 5IFPA 1TA3A 1OD8A 2Z1KA 1EGZA 2E3ZA 2G3JA 5LA2A 5DO8A 2QMJA 3GXMA 3UG3A 3U7BA 3WNMA 2YDSA 1D7FA 3DECA 4AZHA 4P8UA 3N1AA 1E6NA 3G6MA 2ZIDA 1KGXA 5AY7A 4AEFA 2A3HA 1XH0A 4DWSD 4W5ZA 4PCSA 3WFLA 3MMWA 5E0CA 1L8NA 6TAAA 1ZBVA 2VX7A 4P7RA 4U3CA 3W6LA 5HDRA 2PWDA 3VVGA 1PX8A 1LL7A 5EFDA 1VEMA 1EHAA 1V3JA 2DIJA 3CZGA 1JYVA 4IISA 3UESA 2WLZA 1V3MA 2JIEA 1NWSA 4ATWA 1WZAA 2EPMX 1B3XA 3IAPA 1C8YA 2XIIA 3M07A 4MJ4A 3L4XA 3NSNA 1NP0A 2ZX9A 3PZGA 2FH6A 1KBKA 2W92A 4BQ2A 3F5KA 3AIEA 2BNJA 3SUVA 4W84A 2DGAA 1JZ3A 1V6WA 1UKPA 4BQ5A 4UQAA 2X8RA 3DYMA 5BXTA 2G41A 3T08A 2D22A 4OBSA 3AZTA 2EPNA 2CBIA 3IJ7A 4ZE4A 1E0VA 3EDDA 4PMUA 3N11A 1DEDA 3AOFA 1WDRA 3VIMA 3NIYA 4MDOA 2BY3A 4YHEA 3ZJ7A 1S46A 1GVYA 3WQWA 2WBGA 2DT0A 4NZCA 1VEPA 1H3GA 2VQTA 4IPLA 5M5DA 4AD2A 5ABFB 2WMKA 1UR0A 2CHOA 4M29A 2DT1A 4UFKA 1CGXA 3AS2A 1OBAA 1V03A 2WZHA 4KGJA 1A47A 4GINA 3TTQA 1JDAA 8A3HA 5CPTA 1JXJA 4N0RA 1BGAA 4J28A 3CHEA 1HJXA 1W3HA 2C8NA 2E4TA 1RH9A 4JFSA 1MQQA 3RILA 2ZOXA 2DSZA 2O9OA 2VR5A 1TMQA 2Z1SA 4H2CA 3ZJ6A 1LG2A 1G9HA 3T0BA 4PMVA 2EQDA 4BQ4A 2XUCA 3WH7A 1ISXA 1XH1A 3L4ZA 4E2OA 3WDPP 1CXKA 2QMKA 3W28A 1NOWA 3AICA 3AXIA 3CBWA 4TXEA 4AIEA 3L4WA 1UZ1A 4U33A 2XTKA 2BHZA 1WZKA 2DSUA 2VR4A 1EOMA 3VIHA 3ZMRA 5A2CA 1HNYA 1QNOA 2WHKA 5ABGA 3A4XA 1C93A 1E72M 4UZUA 4H7VA 4P7NA 4AD5A 5M3WA 4GXPA 1E4MM 1H0GA 2BVDA 3NDYA 1FP9A 2EEXA 5JBFA 1NP2A 2JF6A 1Q4NX 2IUZA 3ZOAA 4AZCB 4AZ5A 1QI5A 3WSUA 4M82A 3MV01 4RE3A 3WD4A 4JFWA 1CXEA 1V0KA 3SCPA 4C7DA 1ZJAA 2PB1A 3VDHA 3CGTA 3N13A 3AIWA 3VD4A 4WSJA 3SUSA 1E4LA 4W8BA 2OWCA 2JEQA 2WXDM 2ZXBA 3IJ9A 2D3NA 3E1F1 3O9NA 1PPIA 4PMDA 3WNOA 2VC9A 4UFHA 3KWXA 4CCCA 1VAHA 1E56A 4PYSA 1DWGM 1UD2A 3CUGA 1BFNA 4CD7A 1X6NA 1GQLA 3VD5A 4CVUA 2WWCA 1US3A 3ARPA 1CLXA 1BLIA 1HL8A 4A3HA 1TUXA 2DEPA 3AHZA 3VUPA 1KGUA 3OLDA 1DWJM 1HT6A 4GQRA 1GNXA 1QNQA 4RE2A 1JDDA 3U5UA 3K46A 4TX8A 2OLHA 3PHAA 1HIZA 1ZBKA 1W3LA 4W7VA 3SCOA 3WEZA 2OYLA 3WF2A 3GXFA 3VX1A 4GZIA 1UWIA 4E4PA 1JI2A 3QOKA 4JFUA 1C8XA 2G3MA 2ZXAA 1J18A 1KBBA 4EANA 3VMPA 1KFWA 3ARRA 3UG5A 4H04A 5HPCA 3A6OA 3N18A 1JDCA 2JE8A 4D1JA 2D24A 5GNYA 3W37A 4Z2HA 5EBAA 3AYRA 3L4TA 2GJXB 3AHTA 1GVIA 1GHRA 4OOUA 2VCBA 5AYBA 3SIMA 1ECEA 1XGZA 1W9BM 2F61A 1ITCA 4AW7A 3ZQ9A 4RE4A 3VPLA 2OSYA 1W1PA 4C7GA 3T2PA 1BF2A 2VL4A 1WZLA 1KWGA 1JF5A 4M24A 5DT7A 3SCSA 2EO7A 2J74A 4HU0A 5GNZA 2D0HA 3WDJA 1JNEA 1UR1A 4D6JA 3A47A 3WD1A 1JYWA 3PZNA 2WNWA 3W0KA 1MW0A 1W32A 3WDIA 4AEEA 3B9EA 5CPQA 2OWXA 1HP4A 4CCDA 2WVVB 3L4VA 2GJPA 3CUJA 1OIMA 1PBGA 1C8QA 4PMYA 4KMQA 2Y4SA 3SCUA 2WC7A 3AMCA 1JNDA 2O9PA 3N17A 3WH5A 3ARYA 1EQPA 1B3YA 4AC1X 4J3WA 2ESCA 4LYQA 3KL5A 2WPGA 4PBGA 4CU6A 5M03A 2QHAA 4HOXA 3OZPA 4FK9A 5IDIA 2WCSA 1ISYA 5A8MA 3MSGA 4LPCA 1B30A 1MFVA 2DSKA 1HJQA 1QI3A 2WSPA 3PZIA 2MANA 2ZWZA 3M46A 1C92A 3GM8A 3VU2A 1QBAA 2TAAA 1VBRA 4UQ9A 1G0CA 1UH4A 1BVZA 4W87A 3VIOA 1QHOA 1VFOA 5A6BA 1W1VA 5ABHA 2JALA 1ESWA 3KE0A 3FN9A 4LQ1A 1E0XA 4ZXOA 3NCOA 4Z2GA 3O2LA 3RM9A 4D6IA 3WN6A 1H5VA 4W93A 2J7GA 3MUZ1 4UFMA 1ISWA 2Y8VA 3T0AA 5CLWA 1K9TA 4LYRA 5D9MA 3AIQA 4XUYA 5I78A 1DWIM 2YKKA 1OINA 2D2OA 4PCTA 3GZAA 4HA1A 1J0ZA 3W4RA 4EE9A 2DQXA 1UA3A 2WHJA 3W53A 1WDQA 3BAKA 3VGBA 3VM7A 5EFFA 1I1XA 2BS9A 2DIEA 4IUGA 4UR9A 3VGFA 2GUYA 3EDKA 3QHNA 1KCKA 1UWQA 4PTVA 5JBEA 2XVLA 1OGSA 4H8VA 4Y7EA 1IT0A 4CD8A 4XZBA 1W3JA 2CBUA 1E1FA 1NWUA 1H0IA 2WZIA 3VGDA 3F5JA 3SUWA 1GOIA 1ZB5A 1K6AA 1E4IA 1JI1A 1LQ0A 2BY0A 4XB3A 3SUTA 3K1DA 3GDBA 3ARUA 1NWRA 1VBUA 3WMCA 5I77A 3MUAA 4JFVA 4JAWA 4AD4A 1JZ8A 4MB5A 3WH9A 3IAQA 4HMCA 4YPJA 1GPFA 2UY4A 4XV0A 5I23A 4AZIA 2JEPA 4FF5A 1SMAA 1IZJA 3WNNA 1DWAM 3AZRA 3BCFA 4GZEA 2ZUSA 2XYLA 2PC8A 3FXYA 1JXKA 3VNYA 1E9LA 4WSKA 1EOKA 5FD0A 2WMJA 2W4XA 3UEQA 1QNSA 3OGSA 1CXFA 2WVUA 3ZJKA 4W5UA 3CUIA 2YA0A 1JFHA 2D23A 5E09A 2WW5A 3SCQA 4MADA 1V02A 1ISVA 5IHSA 3OIHA 1V02E 1UQYA 4PEEA 2OSXA 1DWFM 4KWUA 1UKSA 1CIUA 5BXRA 2XFFA 4PMRA 2ZUMA 2J7BA 1E3XA 4OZOA 1EH9A 5BYWA 2XWDA 3BAYA 1CXHA 2VX5A 3I3EA 3WF4A 3N15A 1UD8A 4PMXA 3RJXA 3WH6A 3BGAA 6CGTA 1J0JA 2CBVA 3II1A 2D1ZA 3VDBA 2W67A 1HJSA 3VIGA 4J3SA 2A3BA 4U3AA 2E40A 3F4VA 1G1YA 4Z2JA 1M01A 1MQRA 3QHOA 1E4NA 1J0KA 3RMEA 2YJQA 2VTFA 2W66A 2FHBA 1KGWA 5EB8A 3ECQA 3NUKA 3GNRA 2PBGA 4W86A 1PZ2A 1UWTA 4UNIA 2ZUUA 1SR0A 2Y24A 3CUHA 2E9LA 1M7XA 4AZ6A 4WIWA 2WM0A 3SUUA 3SCNA 5FIPA 2OSWA 3WUGA 1JZ2A 4WK9A 3T2OA 4F66A 1AQMA 1V6YA 5BCAA 2V3FA 4JKLA 3UR7A 2GK1A 2XSAA 2WCGA 2C7FA 1XHGA 1H1NA 4UZSA 4BA0A 1Z32X 3OG2A 2X05A 3ZSTA 2W91A 2PF0A 3WDRA 3WF3A 4LX4A 2WMGA 3N12A 1KXQA 1C7TA 3TTOA 1FA2A 2PWHA 1CENA 5I3DA 2WMFA 4OJYA 2VX4A 3RPMA 3ARSA 1GW1A 1J10A 4PTXA 4UFJA 4CU8A 1JL8A 1LJYA 1NQ6A 1OIFA 3KEHA 3NSMA 1TVNA 4BS0A 2DSWA 2YL5A 5A8PA 1ODZA 4MNMA 3VD9A 1XYZA 4QCEA 1VEOA 1WDPA 3WBEA 1HJVA 1E40A 3M7SA 4CKQA 1V3LA 2VJXA 1CGUA 3THCA 3WUFA 5A6SA 1F4AA 2XVNA 4FLRA 2WHMA 4WJXA 4D6HA 1JZ4A 3MV11 3WQVA 5LA1A 1DWHM 3OGRA 1OGBA 1NM9A 3ZO9A 2V3DA 4J3VA 4ZFMA 1VRXA 2OYKA 4GZJA 3EDJA 3KL3A 3ALFA 2WCAA 3BXWA 2GDUA 3M6DA 1TG7A 1Q6DA 4BF7A 1UH2A 1JYXA 2XG9A 1KR0A 2BHYA 1QI0A 4L4OA 4GPNA 5CSYA 3ARTA 2VZVA 4TVDA 1GJUA 2O9RA 2DPEA 4A3YA 1ISZA 2QLYA 2CKSA 1GOKA 3WIJA 4FLSA 3SCVA 2Y2WA 5D9NA 4PSRA 5CGMA 3GH4A 4JKKA 4U2ZA 2QPUA 4U2YA 1B9ZA 3O6AA 1UR4A 4FMVA 2E8ZA 5FOOA 2ZX6A 2ZUTA 3FNDA 1CEOA 5DF0A 1V6UA 4ATDA 1OCQA 1V0MA 1YHTA 5A2AA 1QPKA 4WKHA 4TUFA 3W81A 5CGTA 1HKKA 3GBDA 3I3BA 1E15A 2XFYA 1E5JA 1H2JA 3GTNA 4AD0A 1W1YA 4JKMA 5E70A 4Z2LA 3WMBA 5BRQA 3MMDA 1TFVA 3BCDA 2VRJA 3RJYA 4JHZA 2J25A 2Y8KA 4Q22A 3WL0A 4B3KA 1WNOA 3AHYA 2J7EA 4ACZA 5IXEA 4MB1A 4XX6A 1V3KA 4MNLA 1E1EA 1W3KA 1Q6CA 1J0YA 4ML4A 3CLWA 1E5NA 4A4AA 3D5HA 1O6IA 4GKLA 2WKLA 1OT2A 2CEQA 3CMGA 3MUIA 4JCLA 3VX0A 5JIPA 4WKAA 4R5EA 3RCNA 3WUBA 1R86A 4XZWA 3FHQA 1GZJA 3AHVA 5AC4A 1TA3B 1CXLA 3BSHA 2X09A 3AMDA 4HOWA 3WNKA 3ZT6A 3PZOA 3PZQA 5ABEA 1FH9A 4UOZA 5E6YA 4TX6A 3PZUA 3B9DA 3I3DA 1E0WA 4CGTA 4J7RA 2X0YA 3WELA 1E6SM 5ECUA 5JBDA 3A4WA 1RPKA 2J7HA 3ZT7A 1CXIA 1XCXA 3OBAA 3CPUA 2GFTA 2GK1B 4D71A 1H09A 3GXDA 4WF7A 1E55A 2XVPA 4OUEA 3W26A 5DEZA 3K8KA 2UWFA 4TTUA 2VX6A 2J75A 3RM8A 4D6EA 1UD5A 1GHSA 2GDVA 3ARZA 1UOKA 3AMKA 2QPSA 4ZENA 2EPLX 2ZX8A 1KB3A 3QGVA 1UUQA 1ZJBA 4AZGA 1K9DA 3BMVA 1QNPA 1E73M 4AZ7A 4MAZA 1R7AA 1QW9A 2ZXDA 1WE5A 4J27A 5A6MA 3SCWA 3OB8A 2WHLA 3T09A 2CESA 4BCEA 2WVTA 4HA4A 1WAWA 4OKDA 3CIVA 4HPHA 3ARQA 2X2YA 1OT1A 2CHNA 1H11A 1QI2A 3AS3A 4PRWA 3WDHA 4IPNB 5KZ6A 5I2UA 2BY2A 1MQPA 1JF6A 3ARWA 1LF1A 3WNLA 1EDTA 2XPKA 3VNZA 2IXVA 1XSIA 1L0PA 3WQ8A 1UD3A 3W82A 1EIBA 3LPPA 1V6XA 2VRKA 1E6ZA 3WD3A 4GI8A 2V5CA 1E6XM 4PMOA 5A6JA 5A6LA 3GNPA 1RP9A 3ALGA 4QLJA 5EMYA 3PZTA 4DWSC 1GCYA 1CDGA 2E9MA 3DYPA 1BYCA 3ZIZA 1GJWA 3B9AA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CZK A;  1B3W A;  1G94 A;  2WSK A;  2VZU A;  1XV8 A;  5C70 A;  4PN2 A;  1VEN A;  3PBG A;  2NSX A;  1JGI A;  1Q6F A;  2VT0 A;  4P7O A;  1OSE A;  3W24 A;  1PIF A;  2JIW A;  1UR2 A;  3LPF A;  1V0N A;  5I79 A;  1ZBC A;  1KQY A;  2FH8 A;  2YLL A;  3T2Q A;  1B3V A;  1H4P A;  2F8Q A;  3CZE A;  2CCR A;  3PZV A;  4AIU A;  2V3E A;  1GON A;  5BRP A;  1HN1 A;  9CGT A;  3HMC A;  1LG1 A;  1R8L A;  1WP6 A;  1CWY A;  5DFA A;  1GQK A;  1WZM A;  3VIF A;  3VMO A;  1R7O A;  1W9P A;  5F7U A;  2PWE A;  3LMY A;  2X0H A;  4NSB A;  2J7D A;  1FOB A;  2WLY A;  3DHP A;  4W89 A;  2J8F A;  3MUY 1;  4YN5 A;  3OGV A;  4TOQ A;  4EKJ A;  1PAM A;  5BXS A;  1JYN A;  1EO5 A;  4HZ6 A;  1H49 A;  3VGG A;  1BAG A;  4E8C A;  1GOM A;  1TR1 A;  4MTV A;  1AQH A;  1LWJ A;  5I24 A;  3B8S A;  4UQB A;  1PX4 A;  1EHN A;  3VDC A;  3UCQ A;  5I5R A;  5A8O A;  2JF7 A;  1R87 A;  2ZXQ A;  4JL1 A;  2WC3 A;  5E6Z A;  3L2M A;  2AOS A;  3UER A;  4HP5 A;  3F5L A;  4W8A A;  1HVQ A;  3MKK A;  4KGL A;  3AML A;  3RO8 A;  5IFP A;  1TA3 A;  1OD8 A;  2Z1K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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