1BGGA

Glucosidase a from bacillus polymyxa complexed with gluconate
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
447
structure length
447
Chain Sequence
TIFQFPQDFMWGTATAAYQIEGAYQEDGRGLSIWDTFAHTPGKVFNGDNGNVACDSYHRYEEDIRLMKELGIRTYRFSVSWPRIFPNGDGEVNQEGLDYYHRVVDLLNDNGIEPFCTLYHWDLPQALQDAGGWGNRRTIQAFVQFAETMFREFHGKIQHWLTFNEPWCIAFLSNMLGVHAPGLTNLQTAIDVGHHLLVAHGLSVRRFRELGTSGQIGIAPNVSWAVPYSTSEEDKAACARTISLHSDWFLQPIYQGSYPQFLVDWFAEQGATVPIQDGDMDIIGEPIDMIGINYYSMSVNRFNPEAGFLQSEEINMGLPVTDIGWPVESRGLYEVLHYLQKYGNIDIYITENGACINDEVVNGKVQDDRRISYMQQHLVQVHRTIHDGLHVKGYMAWSLLDNFEWAEGYNMRFGMIHVDFRTQVRTPKESYYWYRNVVSNNWLETRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of beta-glucosidase A from Bacillus polymyxa: insights into the catalytic activity in family 1 glycosyl hydrolases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Family 1 beta-glucosidase complex
source organism Paenibacillus polymyxa
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 175
structure length 447
sequence length 447
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 1997-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1bggA00
4MNKA 3QHNA 2E40A 2YBUA 3VD4A 1E71M 1FH8A 1UWSA 3SCNA 1V6WA 1PIFA 4LYQA 3AIRA 2W5FA 3WD3A 2E8YA 2WMIA 1V0MA 5D9PA 1MW1A 2XWEA 3TTOA 4M81A 3N9KA 3SCQA 3TTYA 3JUGA 1QI4A 4M29A 4GI8A 1RD6A 3U5YA 1UOKA 1W2VA 4CVUA 1H3GA 2MANA 4OKDA 1W9UA 3DC0A 3WEOA 2G41A 3BMVA 1JNDA 5A2BA 1V0NA 1MQPA 3EMQA 3N04A 3VMNA 2VO5A 4P7RA 3VD5A 1H11A 5JBDA 1QVBA 2CERA 2WSKA 1JYNA 1JZ7A 3U7BA 2GJXB 3CHFA 3W82A 2PWHA 1PZ3A 1NP0A 5CLTA 3FHAA 4NRRA 4PMZA 3WQ8A 3GXDA 4UQ9A 2D0HA 2Y8KA 1UKPA 3K4AA 5I0DA 4CD8A 1BGGA 3WDJA 1V6XA 1JIBA 3ALGA 4X0VA 1BG4A 5D9OA 2VR5A 2GJXA 2O9TA 2D1ZA 2XPKA 2VX6A 4AC1X 4H8HA 1J01A 3IANA 3KL3A 4FLSA 4KGJA 2FDMA 4YHEA 2ZE0A 3RJXA 3ZR5A 3NSMA 1JI2A 4D72A 1Z32X 1NQ6A 1EDTA 3AROA 2VZVA 3AXXA 4IPNB 2VCBA 3AJ7A 4J28A 1W3LA 1FFRA 1XYZA 2XTKA 1JL8A 3OB8A 1UR4A 4Z2GA 4NSBA 1WNOA 4H41A 1J0JA 3SUUA 1JNEA 4DWSD 1WE5A 6CGTA 4N0RA 2VCAA 4HPHA 5FCZA 4M24A 1WB0A 5M3WA 2V3EA 4C7FA 2W91A 1CLXA 2WXDM 1KCLA 4AZ7A 5HDRA 3MMWA 1EO7A 4W7UA 1QNRA 2PB1A 1PZ2A 2HISA 1EO5A 6A3HA 4U5IA 3F4VA 1V6UA 5E0FA 3K8MA 2WK2A 1QBBA 1GNXA 3APGA 3NYDA 1I1WA 2XM2A 4A3YA 3WH5A 4GKLA 2D3NA 3AXHA 5ABFB 2V5CA 4UZUA 4AD0A 3BAIA 2YKKA 2E3ZA 4LYRA 1OT1A 1ECEA 3VUPA 5JIWA 3N15A 3WSUA 4TUFA 1E56A 3QGVA 5ABFA 1JZ6A 3WH7A 3AZSA 1MVYA 5A6LA 2EXOA 4EAMA 1V3MA 4C7GA 1LWJA 2O9OA 4R5EA 1MW2A 1E6NA 5CZKA 5A6BD 4XV0A 4ZXLA 3ZMRA 1KR1A 5I77A 1HJSA 1QOXA 5D8WA 3BH4A 1C8XA 3L4XA 5BXSA 2WCSA 4FMVA 2G3NA 3G6MA 2WW5A 2ZWZA 4CCCA 1ITCA 1V6YA 2D3LA 1ZJAA 1MWOA 3NSXA 2RGMA 3ARXA 3W25A 4ATDA 3KZSA 4WSKA 1MW3A 3L4ZA 5JUVA 2BHZA 4MDOA 1JG9A 2VR4A 1MFUA 1C7TA 1KXHA 4V2XA 3PTQA 2JFEX 1UG6A 2XGBA 5JBFA 2EO7A 3AS2A 3CH9A 1OIMA 4QCFA 1U30A 3CMGA 2FGZA 3SEPA 3LMYA 4DUVA 1TA3A 3ARZA 4ATLA 1I1XA 3WNLA 1UD2A 4OBSA 4M1RA 3SCPA 3NSNA 3WDQA 3ARYA 2OWWA 4CN1A 1H0IA 2PWEA 1TVPA 3CBWA 3WL1A 4BQ4A 1JZ3A 3GBDA 4HA1A 5A6KA 1OWQA 4QCEA 2CBJA 2QV4A 1WKYA 5FD0A 4PMVA 3ZIZA 2WSPA 2NSXA 2X0YA 2DT1A 2G8ZA 3VX0A 1B3YA 2GJPA 2Y5EA 1WDSA 4E2OA 1KFWA 5ECUA 1VJSA 4UTFA 1HVQA 1KR0A 3K4DA 3WUEA 1E43A 5HOSA 5DT5A 5CXPA 4GI6A 3A4AA 1VENA 4U3CA 2XFFA 2CHNA 1V02E 6TAAA 2XVGA 4KH2A 5A69A 5GPRA 4JCMA 2WMJA 1HN1A 3E1F1 5CPQA 4AZ5A 5A1AA 5A2AA 3CO4A 1V08A 1UD5A 4AIEA 1RP9A 3A4WA 3SCTA 2ZXQA 1HP5A 5DEZA 3MUIA 3AIEA 1E6XM 2WC3A 4AD3A 2ZUTA 1UWIA 3CGTA 4Q7NA 1W3HA 1E1FA 1MQQA 4QLJA 2QLYA 3U7VA 1WDRA 4GQRA 3SCRA 1UH4A 4WJXA 2J7GA 1X6NA 1LF1A 1KBKA 2J62A 4ATWA 4DWSC 1XH1A 3AMKA 3F5KA 2XYLA 3AS1A 5I24A 4GPNA 3WNNA 4L4PA 1NWRA 5LA2A 1E3XA 1NOFA 3HJEA 5EFDA 2OSYA 2YL6A 4KGLA 1AQHA 2B31A 3FAWA 4GI9A 3LPGA 3AIWA 3WQ6A 1R86A 3FHQA 4HMCA 4AWEA 4AZGA 3THCA 3EDDA 3ZJKA 4HMDA 4AYSA 2CCRA 3T2QA 4QAWA 4U33A 3B9EA 5E6YA 4AW7A 3PZTA 1ZB5A 4MB4A 1E40A 3WEZA 4F79A 1DWFM 1BLIA 5LA0A 1HKMA 5GNZA 1EDQA 3OLEA 2QPUA 3HMCA 2BY3A 1J11A 5CPTA 4P8UA 1JYWA 2VX5A 1J18A 4AEFA 1BFNA 1E3ZA 2GSJA 1FHDA 2C7FA 1WZLA 2DIEA 3O9NA 3AHYA 4HOXA 1W9BM 4PMOA 4OOZA 1OD8A 4PTVA 3GXMA 1GZJA 1EOMA 1DTUA 1X6LA 3BAWA 3MMUA 1KGWA 3QOKA 4QLKA 2JE8A 2Y2WA 2WVSA 5A6MA 4NZCA 1JGIA 3MO4A 3HN3A 1BVZA 1CIUA 1QHOA 1UZ4A 3T0AA 3BXWA 1JD9A 1B9ZA 3UERA 3GYCA 4AMCA 1BYBA 3L4YA 4UOJA 5DMYA 1QPKA 5A94A 2V3DA 2GDUA 3SURA 1A47A 1E5NA 1BVNP 3CZEA 3TTQA 1B3XA 2V3GA 3QOMA 1KXQA 3WQ5A 1TE1A 1TFVA 5FIPA 3UR7A 4RL3A 1HF6A 1GOWA 4QLLA 2WKLA 3GNRA 3VNYA 1W9XA 1TR1A 2CKSA 1UH3A 3CUGA 1IZKA 3WFZA 3VVGA 1HL8A 2EPNA 3GXIA 3WH8A 4R27A 2DT2A 2WANA 3VOCA 1QI3A 3AIUA 2J79A 1K9DA 3O2LA 1NWSA 3VILA 2YL9A 1KB3A 1SMDA 2EPKX 4QFUA 1TCMA 2YOCA 1V0KA 3WNMA 1V3HA 4P7QA 4P7LA 1XSJA 1LLOA 2WZHA 3ZO9A 3VM5A 2OSWA 4KRUA 2CKRA 4D6GA 2O92A 1GORA 1VF8A 1GQJA 3MUY1 4MJ2A 1I75A 4MAVA 3VD3A 4GIAA 2PWFA 1DWGM 1WPCA 2J77A 2WHMA 4WIWA 2Y24A 1UKSA 3ARRA 1XHGA 3GBEA 3PZOA 3A3HA 3WDRA 3OA5A 3RDKA 3AS3A 1E73M 1JF5A 2IXUA 2O9RA 2W62A 1FFQA 3OBAA 1EXPA 1GQLA 2J7FA 1XH0A 1OSEA 2VQTA 1JDCA 7A3HA 2J25A 4Z2LA 3AIBA 4MADA 2BXYA 1CXIA 1JD7A 3GNPA 4RE3A 3PZMA 5I23A 3L2MA 1GQIA 2VCCA 2D20A 1B3WA 1G94A 5E6ZA 4BF7A 1OB0A 5D9NA 4HA4A 2VX4A 4PMRA 4CD7A 1HIZA 1H41A 3BSHA 4EE9A 3MS8A 3WD4A 5CGTA 1UR0A 3W28A 4CN6A 3IK2A 4Z2HA 1C91A 3RJYA 1VFOA 5ABHA 3MANA 1BYAA 4N42A 3WENA 4BQ3A 1OCQA 2ZX6A 2WHJA 2XGIA 3IAQA 3WUFA 4E4PA 3WF3A 1CLVA 3TOPA 5AYIA 3VIKA 3B9AA 5KEZA 3I3DA 1E4LA 3GH5A 1U33A 3KWXA 2BXZA 2ZX7A 1M01A 1US3A 2VUYA 1KQZA 1WO2A 2GDVA 5BYWA 2UY2A 4H8VA 4OUEA 3VGEA 8CGTA 3A6OA 2GJRA 4NI3A 1E0WA 1MYRA 4UR9A 3WMSA 1UUQA 2J7EA 2J8GA 5IHRA 5A6BA 3W27A 1E5JA 2D0FA 3J7HA 1B0IA 5FKYA 3ARSA 3AZTA 1E6ZA 3L4UA 1TG7A 1JFXA 2VJXA 1BGAA 3DHUA 4UFMA 1V3IA 2YL8A 3NDZA 1XGZA 3EDFA 3AYSA 3T0DA 3CZKA 2E8ZA 4K68A 3HU7A 4J27A 2DEPA 1DWIM 2XIIA 1CXLA 5GNXA 1PAMA 1SFSA 2QMKA 3WMCA 4AISA 2CPUA 5ABGA 4XZWA 3DECA 1H49A 3AMCA 5M03A 2ZX9A 4UNIA 1US2A 1KBBA 1E0VA 4PN2A 2UY4A 3GNOA 1JF6A 4ACZB 5A3HA 2CBIA 2OYMA 4IUGA 4P7NA 4MPKA 5D8ZA 4RE2A 2JEPA 2UY3A 3THDA 2NT1A 1BHGA 4H8UA 2XM1A 2WMGA 2WAGA 5ABEA 2XVPA 4PRWA 4W8BA 4LPCA 4ACZA 3VX1A 4J3VA 4ZE4A 3W37A 4HTYA 1QI5A 2WLYA 4V27A 3DHPA 1UKTA 1K9TA 5CPSA 1R7AA 2XSAA 5AYBA 4JHOA 4TVCA 4AZBA 3CPUA 5I2UA 1WDQA 3CMJA 2WVTA 3W4RA 1E72M 1X1NA 1PJ9A 4B16A 3POCA 4UQCA 2YA2A 4TVUA 2UY5A 5FL0A 1QNPA 1AQ0A 3AS0A 4IPLA 4HP5A 3W81A 2YLLA 3PHAA 4PMYA 4XZBA 4BCEA 4D6DA 5F7UA 1DHKA 5EB8A 3S2CA 2F2HA 4URIA 2DT0A 1AQMA 2E9MA 2E9BA 3A4XA 4W8LA 3EBVA 2CIPA 2WMHA 4UFKA 1EHAA 4MNLA 3ARVA 4UOZA 5C8BB 4Z2KA 1LL4A 2WBKA 3VU2A 1BSIA 2X05A 4NRSA 2XVKA 5E0CA 1HVXA 4TXEA 1E6QM 4S3JA 1OGSA 2J47A 4U31A 1XRVA 5AY7A 1W3JA 3TONA 3LPFA 4D1JA 1JFHA 1CPUA 4E8CA 1YQ2A 2G3MA 5DF0A 1CENA 1OGBA 4B9ZA 3IJ7A 2VMFA 4WSJA 3FW6A 2WCAA 2YDRA 3EDJA 4AZCB 2WMKA 4YPJA 4UFHA 4J3WA 4D6IA 1B3ZA 2GK1B 2VZSA 3AXIA 4AZCA 2J4GA 1JYXA 3PTMA 3RIKA 2EPLX 1TA3B 2D22A 3PTKA 3CZ8A 5C71A 1O7AA 3WDHA 3F5JA 1C8QA 1VBRA 1SR0A 2GK1A 2PBGA 5EMYA 2WPGA 4U5KA 1JZ2A 1KWGA 1WZKA 3N11A 4J3TA 1RP8A 4GZJA 5I79A 4D1IA 1CGXA 3IAPA 1GOKA 3MUAA 2G4FA 1BPLB 5I78A 1UD6A 3PZNA 3B9DA 3N12A 3W29A 4ZE5A 3VGBA 3TA9A 5BXRA 4MNMA 3ZT5A 4DM2A 1L8NA 3KL5A 4B15A 5I5RA 4GZIA 3ZJ6A 1N82A 3UEQA 4PMDA 2XVLA 2WWDA 2WBGA 2DPEA 1QI2A 4J3UA 2PF0A 3AFBA 2PC8A 1HKIA 4MB5A 1GCYA 1LWHA 1CXKA 3WBEA 4TOQA 2DH3A 2OLHA 4A4AA 3SUTA 3VTRA 4M8UA 5EFFA 1ISZA 2TAAA 4HOZA 3AHXA 4AY1A 3ZM8A 1Q6DA 1NWTA 1CGWA 4B3KA 3BAYA 1UKOA 2DSWA 4CU8A 1IZJA 3K1DA 3WF4A 3N18A 3W6MA 3PZQA 3T09A 1KGUA 3VMOA 4ZENA 3II1A 1UR8A 2X2YA 4WKAA 4JIEA 1VEPA 4HZ8A 3WDIA 1XYFA 1B31A 4JKMA 1R87A 1C90A 2BHUA 4MB1A 4UFIA 3LPOA 3VDBA 3VO0A 2W66A 3WD0A 5A6AA 1TUXA 3N13A 1V0LA 1GPFA 5E9AA 4D6JA 1UKQA 5M17A 1UD3A 1UHVA 2OYKA 2VC9A 1LG1A 3PZGA 4RE4A 1W9DM 5BWFA 3DYMA 3VD9A 3W6LA 4W7VA 1J0KA 1Q4NX 2WZIA 3SUVA 2BY0A 2XG9A 3SUSA 1EOKA 2J7HA 4PTMA 2EPMX 3ZT7A 3M46A 4P8WA 4ACYA 3L4WA 2CETA 3SCWA 3MU7A 2VZOA 4JFVA 2J78A 1MW0A 1GQKA 1XCXA 2X09A 3ZR6A 4CKQA 3EYPA 1WZAA 2O9PA 3QHMA 3FXYA 4Q22A 3WMBA 3L4TA 4OJYA 3T08A 4PSRA 1MFVA 3RPMA 3AMLA 1EA9C 3PZIA 4CN4A 4W5ZA 3KL0A 3F5LA 3WF1A 3WUGA 2CBUA 1ISVA 3W0KA 2WHLA 4AD2A 2D0GA 2JF6A 1UWQA 1FOBA 1K9EA 2BNJA 4GXPA 5GNYA 4MJ4A 1E4MM 1HL9A 2WM0A 3VIHA 1KCKA 3U5UA 2IXVA 1FH9A 4MB3A 4D6FA 1ZBCA 1V6VA 5CLWA 1HJVA 4V28A 5I6SA 3OGRA 5DT7A 2OWCA 4W85A 1UR1A 3WEMA 1W1PA 1VRXA 2EBNA 4YN5A 2BVTA 4GO8A 3ARQA 1W1TA 2PWGA 3OLGA 1TMQA 1GVYA 4W5UA 1CGVA 4TX8A 1W32A 4IM4A 2DT3A 3VIGA 4KRTA 4ZXOA 2WYSA 5GQBA 5LYRA 2DSZA 4PTXA 1DP0A 3WF0A 3AMGA 2YDQA 3EMCA 3BCDA 1P6WA 3W26A 3AIQA 3EMZA 3QHOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MNK A;  3QHN A;  2E40 A;  2YBU A;  3VD4 A;  1E71 M;  1FH8 A;  1UWS A;  3SCN A;  1V6W A;  1PIF A;  4LYQ A;  3AIR A;  2W5F A;  3WD3 A;  2E8Y A;  2WMI A;  1V0M A;  5D9P A;  1MW1 A;  2XWE A;  3TTO A;  4M81 A;  3N9K A;  3SCQ A;  3TTY A;  3JUG A;  1QI4 A;  4M29 A;  4GI8 A;  1RD6 A;  3U5Y A;  1UOK A;  1W2V A;  4CVU A;  1H3G A;  2MAN A;  4OKD A;  1W9U A;  3DC0 A;  3WEO A;  2G41 A;  3BMV A;  1JND A;  5A2B A;  1V0N A;  1MQP A;  3EMQ A;  3N04 A;  3VMN A;  2VO5 A;  4P7R A;  3VD5 A;  1H11 A;  5JBD A;  1QVB A;  2CER A;  2WSK A;  1JYN A;  1JZ7 A;  3U7B A;  2GJX B;  3CHF A;  3W82 A;  2PWH A;  1PZ3 A;  1NP0 A;  5CLT A;  3FHA A;  4NRR A;  4PMZ A;  3WQ8 A;  3GXD A;  4UQ9 A;  2D0H A;  2Y8K A;  1UKP A;  3K4A A;  5I0D A;  4CD8 A;  1BGG A;  3WDJ A;  1V6X A;  1JIB A;  3ALG A;  4X0V A;  1BG4 A;  5D9O A;  2VR5 A;  2GJX A;  2O9T A;  2D1Z A;  2XPK A;  2VX6 A;  4AC1 X;  4H8H A;  1J01 A;  3IAN A;  3KL3 A;  4FLS A;  4KGJ A;  2FDM A;  4YHE A;  2ZE0 A;  3RJX A;  3ZR5 A;  3NSM A;  1JI2 A;  4D72 A;  1Z32 X;  1NQ6 A;  1EDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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