1BTMA

Triosephosphate isomerase (tim) complexed with 2-phosphoglycolic acid
Total Genus 91

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
RKPIIAGNWKMHKTLAEAVQFVEDVKGHVPPADEVISVVCAPFLFLDRLVQAADGTDLKIGAQTMHFADQGAYTGEVSPVMLKDLGVTYVILGHSERRQMFAETDETVNKKVLAAFTRGLIPIICCGESLEEREAGQTNAVVASQVEKALAGLTPEQVKQAVIAYEPIWAIGTGKSSTPEDANSVCGHIRSVVSRLFGPEAAEAIRIQYGGSVKPDNIRDFLAQQQIDGPLVGGASLEPASFLQLVEAGRH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (31-34)S1 (4-8)S7 (206-209)TIV1 (9-12)S2 (36-41)3H3 (234-236)AH4 (95-101)AH1 (15-26)AH2 (46-53)TIV3 (32-35)3H1 (43-45)S3 (58-62)TII1 (53-56)TII2 (73-76)S5 (121-126)AH5 (105-117)AH7 (137-150)TII3 (150-153)S6 (162-165)AH6 (130-135)AH9 (179-197)AH8 (155-159)AH10 (199-204)TIV6 (210-213)3H2 (168-170)TII4 (170-173)S8 (231-232)AH11 (217-223)TI3 (224-227)AH12 (239-250)TIV2 (26-29)S4 (89-92)TIV4 (68-71)TI2 (214-217)TIV5 (91-94)AH3 (79-85)Updating...
connected with : NaN
publication title Crystal structure of recombinant triosephosphate isomerase from Bacillus stearothermophilus. An analysis of potential thermostability factors in six isomerases with known three-dimensional structures points to the importance of hydrophobic interactions.
pubmed rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Geobacillus stearothermophilus
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 91
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1995-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1btmA00
3G1AA 1IF2A 5I3KA 3HB9A 3CHVA 2NUWA 4IGHA 5AHEA 5I3GA 4S2BA 1LBMA 3ELFA 1RQHA 5A5WA 1ONRA 4XKYB 1VR6A 3BV4A 4RXGA 3R12A 2CLKA 1FCQA 4GNJA 2QCDB 1OF8A 1H62A 4PCFA 3FYPA 5HR6A 1FWTA 1FBAA 4ORIA 1L6YA 5J5DA 4GRSA 3BVJA 3G18A 1DQXA 4NXSA 3S9YA 3NQVA 3MP4A 3BGGA 3MUXA 1TIMA 1R2SA 4FO4A 3TIMA 1OFBA 2GVLA 3W7RA 1NFBA 1KA9F 1TPVA 3E9AA 1KM6A 2V2DA 3STFA 3DH7A 1I2RA 3QW3A 3UZ5A 3PUDA 2WKJA 2C13A 2ATSA 4KWWA 2NV2A 3AO0A 1LORA 2NX3A 3QJAA 5AYZA 1GOXA 5H91A 5C54A 2ZA2A 1RZMA 1DORA 3W7IA 1RQBA 3W86A 5D02A 1XDMA 1O94A 3MWAA 4DELA 2A7NA 4LW7A 1VJIA 2BX7A 1H7RA 3W7DA 1I8JA 5KZDA 4OWGA 3IEBA 4GUGA 5L6UA 2NLIA 1F7BA 4UNKA 1H7PA 4K8EA 3P84A 3QZEA 1K8YA 1G4PA 2VFFA 3HQ1A 4RZ5A 3TX9A 1GZGA 1JRBA 1FDJA 4Q33A 2YR1A 3TW7A 4M7TA 4N9DA 1PCWA 3L21A 3Q2DA 3FOKA 3SGZA 3EEGA 3DHDA 5TBOA 1NAL1 2ZTKA 3G1YA 3SFKA 4HNUA 3W85A 3WJZA 4GXMA 4EVZA 2VEKA 4WZHA 3SJ3A 3G3MA 1PVNA 3PY2A 3PBWA 4E2BA 1T96A 4FNSA 3P5YA 5DXYA 4DPQA 1R2RA 1YXDA 3BGJA 4C1LA 1OX6A 1WOBA 4YMZA 1CW2A 3S8HA 4AWTA 1PV8A 1IXPA 3TH6A 4RV8A 5CSRA 1YTEA 2Y63A 4DF2A 4LOCA 4AMAA 1EEPA 4E38A 1LM1A 2B4GA 4E0CA 4M6VA 1QFEA 4RJEA 4UFKA 3W1LA 4A29A 5F4SA 1IXQA 3TFCA 4HSOA 4EF8A 1O5KA 1XBVA 5K9CA 3TK7A 2A6NA 3S42A 1F5ZA 4TO8A 3CTLA 5LHEA 5LNVA 3B06A 3R89A 3UXDA 1O60A 2CLHA 2LLEA 3CLMA 4UTKA 1FWSA 3T4CA 1NF7A 4IPJA 3EWXA 2YW4A 3TE9A 4M7SA 1LBFA 2C0AA 1SZGA 2QAFA 4JYFA 3B0UX 4B5NA 1Z44A 2JGYA 1H1ZA 1AW5A 1IGSA 4UR8A 1TB3A 2V5BA 3UPBA 1XBXA 1OG0A 3TMLA 1PHQA 2VOMA 2NXHA 2Y85A 3P8JA 2I1OA 1SQ7A 5FF7A 3W2UA 1QPRA 1D3GA 4I7WA 2YX0A 3V1PA 3W76A 2Y70A 2VELA 1U83A 4UTUA 2YGYA 3C0JA 4MFDA 2CZDA 1TPB1 4K36A 1SPQA 3QQ1A 4O15A 4JIQA 4EOUA 1JUBA 1NVMA 2QCGA 1K8XA 1VGAA 3NPWA 2R94A 5J5RA 3TC7A 3B8DA 4N2YA 2GUUA 2EGZA 3W7QA 2CWNA 3BLIA 2CU0A 2NX1A 3NOEA 4UC5A 5LNSA 3INPA 5C6MA 4O28A 2DZUA 3A23A 4CLMA 5TIMA 1A5BA 5D09A 4ZQNA 2FQIA 3MI3A 4OGZA 1GTEA 2BSLA 3U6WA 4WJEA 4XBKA 4D2JA 2X2GA 2ZA3A 3M43A 3LCGA 1LYXA 1JCYA 1W54A 3QW4B 1W5PA 4H4IA 3M44A 3HG4A 5E0KA 4IX2A 4DBDA 4LNYA 2CZEA 4FNQA 2YYUA 4UMCA 1KM1A 1YXYA 4YWIA 3PC0A 3SGUA 5K4XA 4FNTA 3I6RA 1LRQA 3FLUA 3C6CA 2IQTA 3QC3A 5HUPA 4UXDA 5ABTA 4AWUA 1K8ZA 3PUOA 4AH7A 2FFCA 1T8XA 2ZRYA 3KVKA 3GDMA 1UBSA 3RK8A 3NM1A 2QF7A 1A50A 3LX9A 3LCXA 2QDHA 1HO4A 3G8EA 1EUAA 1X1ZA 4AEOA 5AHMA 1EP2A 3BW4A 5I3FA 2D73A 2WV8A 1P0KA 1VRDA 3GR8A 4ALDA 4MIMA 4OE7A 2ZRZA 3HG3A 2YFNA 4ICNA 2BLEA 3O16A 5KSWA 1FCVA 2J24A 5FF0A 3I7SA 2ZRVA 5AHLA 1SZNA 1TJPA 5K9XA 2WSYA 3KVMA 4X22A 4A21A 2ZCGA 4KKXA 5FF4A 5CG7A 3LHVA 2QEZA 4O53A 3W1MA 3I68A 3W1AA 5AC8A 5SWUA 5AC7A 3W1RA 2OCZA 1FDYA 3O06A 3LI1A 3VKJA 4EIVA 3K30A 1UUOA 4BK9A 1RD5A 4MZ1A 4LT9A 1VPXA 3FKKA 3LHWA 2OT1A 3NNTA 3SIZA 1OFAA 4WQ6A 2E5CA 2WOQA 1KFKA 3MP3A 3G1XA 4UTTA 5CKSA 3P7YA 3L5LA 3QEZA 1TTJA 4O1CA 3CB8A 3O6CA 1GYLA 2C15A 2AGKA 4DF1A 2DZSA 3NL3A 2BWGA 1IIGA 3GXNA 5BNKA 1XUZA 1LROA 3OHIA 1ML1A 3G0SA 1V7YA 3EXSA 2GJNA 5F4XA 2P10A 3HF3A 3SECA 5CPMA 1PCKA 4GC4A 2X30A 1KBIA 1VYPX 2Y7FA 4QISA 3STEA 2VFDA 4N9CA 1OFOA 3WK2A 3TA6A 3W84A 3P60A 1H60A 4WOZA 4UFIA 1P4CA 5G2WA 3AJXA 3W2LA 1F6KA 4N6FA 1K7XA 3L0KA 3IIPA 1WOAA 2RKXA 1L6WA 2Q3OA 3FJLA 5DXXA 4FX6M 2WO5A 4FEZA 4UTTC 4IMEA 1L9WA 1SO4A 3BG5A 3NZ1A 3NG3A 4O14A 4DEFA 2RDUA 2Z2UA 3TFXA 1MEIA 2JKAA 3GAYA 4MFEA 3IGXA 3N9SA 2Y89A 3G1SA 3FKRA 4PA8A 3NR0A 4WUIA 3I7QA 3BLFA 2VFHA 3TSBA 2W6RA 3CIXA 5BOOA 1LDCA 3M5VA 4JN6A 5K4ZA 3L9CA 4ONVA 1X1OA 1G67A 1SZFA 3CC1A 3EKLA 4N6EA 4UFJA 4FHAA 4HKPA 1W5NA 3WK1A 3M16A 1OX5A 1TMHA 5CGQA 3C3NA 3S1XA 4CCEA 4ZMGA 4LC8A 4LS0A 4UTMA 1TQJA 3TCEA 3M7WA 3HG2A 3TNOA 5D2VA 3M47A 4A22A 1YTDA 3ZWSA 1NSJA 1TRIA 5D2WA 2C16A 3W3OA 3QMTA 3NL5A 3EWZA 1ZENA 4IQLA 3NQDA 3DFQA 3G22A 1MO0A 3LV5A 1WV2A 1JCLA 2YPIA 3O6YX 4LVAA 2H8ZA 3G1DA 3OIXA 3E96A 3TJXA 3KVJA 5HULA 2E6DA 3KRSA 3LHUA 1W1ZA 4RR4A 4NJKA 4DO4A 4MY1A 4CQAA 3NM3A 1HG3A 2BTMA 1MEHA 1LOSA 3IIVA 4BR1A 2GJLA 2Y7DA 3NPUA 2V5LA 5K2ZA 1FUYA 5DBTA 1OYCA 1JCNA 4JTEA 4R7JA 4Y6GA 3S0CA 2Z0IA 3EB2A 1GWJA 2CW6A 1TTIA 4ADUA 4ORMA 2E09A 2ZFAA 5D33A 2EAWA 3V75A 1R46A 1EP3A 3NQFA 1KBJA 3BARA 1VCVA 3EXRA 3LTYA 3F4NA 3OVQA 4I9AA 3G8RA 3UYCA 3RU6A 1THFD 1LBLA 3CEUA 1B4EA 3LCHA 3H53A 1XBYA 4UMBA 1WDWA 4O10A 4Z0SA 3L0NA 2V9DA 4NXKA 1TSIA 1PS9A 3N2XA 3G1HA 5CSSA 3PM6A 1QNVA 1ME7A 3B05A 1A5AA 3N14A 1ICSA 2TRSA 3S1UA 4Q4KA 3L66A 2QCHA 3FS2A 4WXZA 3GYEA 2NXGA 4O54A 2EKCA 4NVTA 1H7WA 2FDSA 3PULA 4O18A 3CQ0A 3WJSA 1ME8A 3E0IA 1GVSA 3BLEA 4BI5A 1L6SA 4UTHA 2A1YA 4ZQOA 1LP6A 4FNRA 4IOTA 3RLVA 4YXGA 2RHGA 5D32A 5DCBA 4IX0A 3LB0A 1DOSA 4LVDA 2J9XA 1YPIA 2Y61A 3W7JA 2HS6A 2VEIA 3NAVA 1P1XA 3CEPA 4Y9AA 1HFBA 4JDYA 4RKAA 4NZJA 2ZZ4A 2CLMA 5AYYA 3HGRA 4JTTA 3TSMA 4AVFA 4FX8A 1QOQA 1OFRA 2RDWA 1H50A 4JNMA 1YDVA 3T7VA 3OBKA 3ABSA 2XN0A 3HGOA 3IV3A 1UB3A 3P82A 2HSAA 5AFDA 3TQ0A 1GT8A 1MXSA 3KRZA 2ZTJA 2ALDA 3DBPA 1F2JA 2FPTA 1GYNA 3G0UA 4AHQA 3W73A 1LZOA 3DI1A 2H3BA 1AW1A 4QJ1A 1QOPA 2W79A 2WNZA 4Z08A 1FDZA 3CWOX 4L4LA 1ZCOA 4HIBA 3C2VA 2DJLA 4WOQA 1Q6RA 1MZHA 3GIYA 2DZXA 2WPBA 4GUIA 3DKLA 3UPWA 1SW3A 3DKJA 2EHHA 3NPXA 4BI7A 2FTPA 1SW0A 3A9IA 2J88A 3UWWA 3P67A 2H8XA 1M5WA 3MHFA 4RZ4A 5E1QA 3W2KA 5TQLA 4RCXA 1ICQA 3QYQA 2X1TA 4RZ6A 5LGXA 3UWYA 1KFEA 3I7RA 5EL1A 4JX5A 1VCGA 3L0GA 2JKPA 3DU0A 5HUOA 3LLFA 1LRNA 1XDLA 2YSWA 4AF0B 3LCIA 4YCOA 3WK0A 4PTNA 4WY0A 5EYWA 1ZJIA 1I2QA 1M6JA 2O7SA 1H51A 4UTWC 3GLCA 3NQ6A 3NQ8A 4XKYA 4HT3A 1OFPA 5DELA 5EY5A 3QQ0A 1Q3NA 1TRDA 4NNAA 4O57A 1DJNA 3MHGA 2R91A 3VE7A 3MBFA 3W1NA 1WQ5A 4CQ9A 2V30A 1B57A 4IXXA 3UNDA 2PC4A 3L2IA 4LUIA 5DLCA 1A5SA 4QNWA 3NQ2A 1V5XA 2Z6JA 2F84A 1H1YA 3IGUA 2FJKA 2PRMA 4P61A 3F4WA 3DENA 5CZJA 1O5XA 3TAOA 2CLFA 3IIXA 1KM4A 2CZ5A 3LI0A 2QCFA 2OX1A 1TPDA 5LNRA 2PE4A 3HO8A 5HJLA 4GBUA 1SFJA 3P8IA 3M0ZA 3W7KA 4AXKA 4GJ1A 1LOLA 3IVSA 4K38A 3TR2A 1SO6A 1HTIA 2QCLA 1OX4B 1X8FA 4LV4A 3S5NA 8TIMA 4FB7A 2A85A 4ZQRA 3TKFA 1C9DA 4MY9A 4MJZA 3DFSA 3PS7A 2V0TA 2FPVA 1ALDA 1GTHA 2VKZG 1VQTA 3SZ8A 5CPOA 2NWSA 4ZQPA 4N9EA 5D38A 3LHYA 4ML9A 3UZJA 5AHIA 4O16A 1QPOA 4L4MA 1WX0A 3GKAA 1F73A 1F76A 1C8VA 3W87A 2QCNA 5FEZA 3UWQA 5HWMA 4U28A 4IJBA 1TV7A 3CPRA 3S5YA 3KRUA 2NWRA 1KM0A 2G95A 2QCMA 1QO5A 3IIZA 3HOJA 2P0OA 3YPIA 5U4NA 4O0ZA 2V82A 2VFIA 2QJIA 4WY0B 2VC6A 4M5PA 5AYXA 1OYBA 2VEMA 4W9TA 1XI3A 4U4MA 3LCWA 3W7PA 3G3DA 5AHNA 3RNDA 1TPH1 4DPPA 3T78A 4LRTA 1EX5A 4Z1DA 1TQXA 3P81A 1XL9A 3UY7A 2ZRUA 2X1RA 3TUUA 1WAUA 3B0PA 1YDNA 1M7PA 1FY6A 3W7CA 3NVTA 3G0XA 3MW7A 4OV9A 5DCDA 2V8ZA 2G97A 3R2GA 3QSTA 3GDRA 4NJHA 3CT7A 3SR7A 1VZWA 5LHFA 1B4KA 3DFOA 1IIHA 4CNOA 1YLVA 2YW3A 3EWWA 3TDFA 1OYAA 5IBXC 1G7VA 1OHLA 2QUTA 3L5AA 1OK4A 2C19A 5T26A 4AWSA 1S3HA 4BI6A 3DFTA 3PAJA 2A7PA 4O1DA 3ATZA 4N4QA 1SFLA 2A21A 3O15A 1SO5A 4IMDA 3GNNA 3DI0A 3UWUA 5AB3A 2PURA 1JUKA 3TQVA 4G1KA 1BKSA 1JCMP 4JX4A 2TSYA 3JS3A 3W75A 3WJWA 4BFAA 4IPIA 3ATYA 4LWWA 5D04C 3W1QA 4HPXA 4QQ3A 1DJQA 1GJPA 4IMGA 3W07A 4FNUA 1QPQA 4NNBA 2E6YA 5DY3A 3ZS4A 1WXJA 2FPYA 3Q94A 4NU7A 4K7VA 3W1PA 4TMCA 2QUVA 4JY9A 2DP3A 4QITA 1DQWA 1SZEA 2HTMA 3O6DA 2E5BA 1KFLA 5FI8A 3DZ1A 3C52A 5LZLA 4PODA 3TC6A 3A22A 3FIGA 1NEYA 1DKWA 1EB3A 1OJXA 3EX3A 1Z48A 3GDKA 3QRHA 2UV8G 2YYTA 1L2UA 2B7QA 1UCWA 3TW6A 1W3IA 3QPYA 5F2MA 3BG9A 3PBVA 1LOQA 4K8HA 2HS8A 1PL9A 3IVTA 3M5YA 1I2OA 4POCA 3LBMA 2WJZA 1KFJA 4HNVA 3A24A 2V81A 2BZNA 1ZHAA 1JQVA 2JBMA 1QO2A 1OVDA 1WA3A 2WNQA 3DAQA 3HG5A 4LS1A 2GQ9A 2I9EA 4K6AA 1AMKA 1QR7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IF2 A;  3HB9 A;  5AC5 A;  4M82 A;  3VC6 A;  3B8V A;  2ALR A;  1R3R A;  2E67 A;  2CLK A;  2WB5 A;  1AUS L;  1RBL A;  4TX6 A;  1OF8 A;  1VFU A;  2BVT A;  5HR6 A;  2AMG A;  1V03 A;  1FBA A;  4ORI A;  3P2V A;  1H3G A;  5M2F X;  2VNC A;  3KL3 A;  3S9Y A;  1QI5 A;  3AIB A;  3MP4 A;  3BGG A;  3MUX A;  1WNO A;  3C0Q A;  5DMY A;  3DCP A;  4MKS A;  1KM6 A;  1BWV A;  1O6I A;  1ISV A;  3FXG A;  5I7G A;  1LOR A;  2NX3 A;  2MNR A;  5A6A A;  5H91 A;  5C54 A;  3GC4 A;  1LWJ A;  2DEP A;  5D02 A;  4KER A;  4DEL A;  1Y8B A;  4LW7 A;  5KZ6 A;  3T9P A;  5KZD A;  2E3Z A;  2NLI A;  2GGH A;  4H41 A;  7ODC A;  4HHH A;  2G0W A;  1Q8A A;  3HQ1 A;  1JRB A;  4Q33 A;  1W9U A;  4K1G A;  1BLI A;  3TW7 A;  1XLM A;  1R5Y A;  3Q2D A;  4HZ8 A;  4LX4 A;  4AY1 A;  3G1Y A;  3PPG A;  1HF6 A;  2EPM X;  2VEK A;  2VL4 A;  4WZH A;  3PBW A;  3KOZ A;  3P5Y A;  4DPQ A;  3H26 A;  4HTY A;  3AXI A;  1R2R A;  5CJM A;  1K6W A;  1OX6 A;  1WOB A;  4ZXL A;  1CW2 A;  4XZB A;  1XS2 A;  4AWT A;  4GOA A;  3XIN A;  1T41 A;  3FDK A;  1PV8 A;  3B40 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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