1BTMA

Triosephosphate isomerase (tim) complexed with 2-phosphoglycolic acid
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
RKPIIAGNWKMHKTLAEAVQFVEDVKGHVPPADEVISVVCAPFLFLDRLVQAADGTDLKIGAQTMHFADQGAYTGEVSPVMLKDLGVTYVILGHSERRQMFAETDETVNKKVLAAFTRGLIPIICCGESLEEREAGQTNAVVASQVEKALAGLTPEQVKQAVIAYEPIWAIGTGKSSTPEDANSVCGHIRSVVSRLFGPEAAEAIRIQYGGSVKPDNIRDFLAQQQIDGPLVGGASLEPASFLQLVEAGRH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Geobacillus stearothermophilus
publication title Crystal structure of recombinant triosephosphate isomerase from Bacillus stearothermophilus. An analysis of potential thermostability factors in six isomerases with known three-dimensional structures points to the importance of hydrophobic interactions.
pubmed rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 91
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1995-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1btmA00
3LGEA 5LKYA 1JQXA 4LS0A 2GUUA 3TJLA 1KW1A 4AXKA 1XBXA 2A2IA 2DZXA 4BWLC 4LVAA 4K7YA 3VCRA 3P60A 5J5DA 2OX1A 4YL2A 3O15A 3SGUA 2I1OA 3W2NA 3UNDA 5F2MA 4BI5A 1L9WA 1M5WA 1NFBA 1M6JA 1I2RA 3L5LA 2A0NA 3RNDA 3FIGA 4JD4A 1BWKA 4PH6A 1L2UA 2FB3A 5E1QA 3I68A 1A5SA 1GT8A 3MYOA 4OBTA 4ORIA 3SSJA 5AFDA 2C13A 1H61A 2RKXA 1TJPA 1VCVA 3LRKA 3CWNA 4ML9A 3IIOA 2TSYA 3QPYA 4TO8A 1FY6A 5HWNA 5G2HA 4NJGA 1VR6A 5G2WA 4QNEA 2QUTA 1N7KA 3OBKA 3W2KA 4R33A 1SSGA 4MUZA 1QFEA 4GRSA 3B03A 3KRZA 3I7QA 4O50A 3TSDA 5D03A 1NSJA 3V1PA 1OFBA 4H6KA 4JTKA 2Y7GA 1KM1A 3MI3A 1TRIA 3IEBA 3LERA 4MVAA 3MHGA 2PCQA 1H60A 4K38A 1H1ZA 3HPZA 1WAUA 2A7RA 2DJXA 1G4EA 3W7CA 5F4XA 2WNNA 4LS1A 3TA6A 5I3FA 5C55A 5C54A 4X9SA 3P5ZA 3HGJA 4NU7A 2X30A 1H7WA 5G2IA 3WJYA 4PL2A 1J2WA 3QW4B 4XKYB 3LCXA 1BEUA 3NYZA 5A5WA 3JR2A 5KITA 3M6YA 4S2CA 4TIMA 1G4SA 3EXTA 4MY9A 3NR0A 3S42A 1L6SA 5J5RA 4WUIA 5LHFA 1EP3A 3R89A 4JX6A 2DU2A 3P74A 1LOSA 3DFNA 4JTGA 4ALDA 3LTSA 1HUVA 4WD0A 1FCBA 3IVSA 5HUOA 4E2BA 2GJLA 4HKPA 4TR9A 1K7EA 1H5YA 5AN7A 5HQEA 4ORMA 1VRDA 1VYRA 3KVKA 3O6DA 3W7MA 1YTKA 1H62A 5G5IA 2PRMA 3U8GA 3WJSA 1H7NA 3EXRA 3WJZA 4O54A 5I3HA 3NL3A 5LZLA 3QEZA 2R94A 3KXQA 4IOTA 4KFOA 5CPNA 2XN1A 3GDLA 1WV2A 1XFBA 3MJYA 3ABRA 1KM2A 1XDLA 1VJIA 3B8DA 5KMYA 2G96A 4RR4A 1VZWA 2TYSA 5D32A 4GE8A 5G1TA 5L9FA 1LP6A 2Y70A 4JTSA 5H2ZA 1YTEA 2YZRA 3QSTA 5G1YA 4IMFA 3TC7A 4IXXA 4MPQA 3OVPA 4UTLA 2O7QA 1KFKA 3P84A 3DKLA 4LVBA 2VKZG 2YCEA 1G4TA 3GYEA 5K9CA 2A6LA 5FF0A 1H1YA 4JTHA 3T55A 4E2DA 3TNOA 1QOQA 1TO3A 1LBLA 3P5YA 4O4WA 4O19A 2Y62A 4IX2A 5K2ZA 1THFD 2TPSA 3C4UA 3FYOA 3QMSA 1Q6OA 5EKYA 5FEPA 3U6WA 2J6XA 4HSNA 4YCPA 3LCWA 3TIMA 3NQ6A 3MP3A 2LLEA 5HWJA 3S1UA 3F03K 4W9TA 2Y89A 1FDZA 2WSQA 3UQNA 4WXYA 2A7PA 3CHVA 3EX1A 4MJZA 1AL8A 4IUOA 1Z42A 3BGJA 3L2IA 4FEZA 1GJPA 1U83A 4ZQPA 5KZMA 3INPA 5TQLA 3BW3A 3QC3A 4RJEA 2VEIA 4N2YA 3R5EA 5D2XA 1E51A 3Q58A 4OU1A 1QDSA 3EWBX 4UTTC 3CB8A 1WBJA 5DN1A 4JYDA 2X1SA 3QQ0A 5SWUA 3W85A 1ZJIA 1D9EA 1F7BA 3G0XA 3CTLA 2H90A 5CGQA 2QCLA 4WY0A 3TMQA 1I4NA 3T40A 5FI8A 3P61A 3KVMA 3QYQA 5EYWA 4RLIA 1VHCA 1B3OA 4LW7A 1JULA 5D38A 3TMLA 2H8ZA 2WO5A 3O07A 5HINA 3W7QA 1A5AA 2FFCA 5I3IA 2V5BA 1WDWA 2XN0A 5FESA 2QAFA 5FF3A 4FXRA 3ATYA 4J9JA 5EY5A 1W3NA 4JTTA 1OF8A 5E0KA 4NVTA 4CCCA 5FF4A 1LTDA 2YX0A 1OHLA 2UV8G 5CZJA 3G22A 3LCHA 1NEYA 1M7OA 1TMHA 3MI2A 5D2TA 2CLLA 4UNLA 1XXXA 3HG4A 2XN2A 2YXGA 3G1YA 4FX8A 1QPOA 1DKWA 2Y61A 2E5DA 2B7NA 4NJIA 1EX5A 4X22A 2X1TA 1MEHA 3QSRA 2V2HA 4WX2A 2DZTA 3W1AA 3PUOA 3PWAA 3NQ7A 3PG8A 4R7JA 4LC8A 4I7UA 3IVTA 5F2LA 5C5YA 1CX9A 3W1QA 1GWJA 5HUPA 5MHBA 3STEA 3S5NA 1HO4A 4XBSA 2QEZA 4UMAA 4GWEA 3QRHA 4A2SA 3TQ0A 4DELA 1LLWA 3W07A 4Z08A 3NM3A 4ADUA 3NQFA 4QNWA 3P67A 3UPBA 5AOUA 2P10A 3BLEA 1FWWA 1B9BA 3T78A 1RV8A 2JK2A 3IIXA 2ZZ2A 3E9AA 3ZS4A 3VI2A 5T26A 1Q6LA 3QFEA 1UJPA 3W23A 3RFAA 5KZEA 3ABSA 4GBUA 3RLUA 2Q8ZA 4Y90A 3UZ5A 1K03A 4A21A 3W1UA 2J27A 3UY8A 1B4EA 3SFKA 1AW2A 3W74A 3QW3A 2J88A 3CIXA 4LY8A 4K6AA 1T0OA 1JUBA 4LUJA 2ZZ3A 3M44A 1JJKA 4UTWA 3B0VC 3DFSA 1VC4A 3PBYA 1F2JA 2YSWA 4WJEA 3W1LA 3NQ8A 4GXMA 3O63A 3L0NA 2ISSA 3TAOA 4JDYA 1GVQA 1OYAA 3I65A 3NM1A 4Q33A 3L5MA 4MY1A 2IQTA 3HF3A 2B0MA 2CZEA 1K3UA 2ZYFA 1QR7A 1TTQA 4MIMA 3L68A 4ADTA 1IGSA 2Y85A 3FJ6A 3G1SA 3LCLA 3L66A 2X2GA 3NQ2A 1VYPX 2YR1A 1LBFA 3NNTA 4LRSA 2JGQA 1Q6QA 4HNNA 4DXVA 4S1FA 2E77A 1JCJA 1SPQA 4Z0JA 4WOQA 1VCFA 4UTKA 1FQ0A 1H7RA 2B7PA 3CT7A 4UFJA 2RDTA 3WJWA 1XBYA 1X7FA 2GVJA 4N4PA 1KM6A 2A21A 1OK6A 3A5FA 1LOLA 1XC4A 2NUXA 4XKYA 3HG5A 2QCMA 1OX5A 2WNQA 3GDRA 5F1VA 3IV3A 3QQ1A 1P0NA 4Y9AA 3JRKA 2VFHA 1YYAA 1TPWA 2DZPA 4DPPA 3ZWSA 3UWVA 5HNRA 1SW0A 1TTPA 3EB2A 2VFDA 5EPDA 4PEKA 1OYCA 4OGZA 2YPIA 3C2FA 1VGAA 4XZ9A 5AC8A 3PUEA 5D33A 1EP2A 3LBCA 2FPTA 1C29A 2WPBA 5CPOA 2CWNA 3MP5A 7TIMA 4NXKA 4XWUA 5K9XA 4NT0A 4UCGA 1LLZA 3W83A 4Z0SA 1NVMA 1XUZA 4HIBA 4CCDA 1FCVA 3FEMA 3C52A 2YFOA 3HOJA 2W79A 3G18A 3LXBA 3G1AA 3N3MA 3PS7A 3OG3A 3W7DA 3C3NA 2V5LA 4PTNA 4YCOA 1PHQA 2BSLA 3GKAA 3ZWTA 4IPIA 3UWYA 1FDJA 5EMUA 1J4EA 1GTHA 1FUYA 4NXSA 3N2MA 1TJRA 1TQJA 1GVRA 3S0CA 4OWGA 1DHPA 3NQVA 4UMBA 4AWTA 5I3KA 3BPWA 3RLVA 1G67A 3S9YA 4BR1A 2ISWA 1OABA 1RQHA 3SZ8A 3W7HA 3NPUA 1ADOA 4M7SA 5BW6A 3PC0A 4EF9A 1WYIA 1XBZA 1ZFJA 3NXFA 2FTPA 2QCNA 3LB0A 4M6VA 1IXNA 1NF7A 2FLIA 1NAL1 1LORA 1MO0A 1TPVA 1ZHAA 2ZRZA 4MY8A 1TQXA 3O8AA 1S5VA 3HPXA 3CEUA 3NPXA 3PULA 4Y96A 3HGOA 1DVJA 3KAOA 3GR7A 3LCGA 1QO5A 3SR7A 1JCLA 3G0SA 4MZYA 3N2XA 3EXSA 4S2BA 3JS3A 1LRQA 3OVRA 3GX9A 2WKJA 3C56A 8TIMA 2XFWA 1H63A 4AVFA 4EIVA 3C61A 1C9DA 2Y7EA 3W71A 3TAKA 4O10A 3P82A 4ZQRA 5C2XA 5TIMA 3P80A 3E0IA 4JGDA 4PA8A 5F4WA 1EUAA 3I7RA 2ZRXA 1NF0A 1IIGA 1I8JA 3S1XA 4U28A 1XI3A 2J9YA 2E09A 1TPB1 2GVGA 3IGSA 3B0UX 4X3ZA 3EEGA 4GJ1A 3T7VA 5CPMA 2BTMA 4N6FA 4NNCA 2CZDA 3BG9A 3TQVA 5C6MA 2YW4A 2ATMA 4Z1CA 4Z1AA 4O12A 3OVQA 2C19A 1Y0EA 1SR9A 2ISVA 3CEPA 5U7SA 2CLKA 1J5TA 1JRCA 4CNNA 4JTUA 2X16A 3STCA 4BF9A 4JICA 3W7NA 3O6YX 3DFOA 4RX0A 3B0PA 1UCWA 1F74A 2ZRYA 3TROA 1F76A 2Q3OA 4LVDA 3G3MA 3OHIA 2ZA3A 2TRSA 1FX6A 5LNVA 3BLFA 1QCWA 2BX7A 3CQ0A 3BG3A 3KHJA 2VEKA 3W1PA 3WK2A 4UR7A 2YFNA 3P62A 2QCEA 3GXTA 1RQBA 4NX0A 3PB2A 1RD5A 4K8HA 1FWTA 3W7IA 2HMCA 3VE9A 1UUOA 3R13A 4CNOA 3EWWA 4JNMA 1TB3A 4LTSA 3H53A 3QPZA 3W7OA 3KX6A 2ZTJA 3TR2A 2CZFA 4ZVJA 4WZHA 2C16A 3BGGA 3WK1A 1I2PA 5DBUA 2NXIA 1N8FA 3R8RA 1SO4A 2DZSA 3TK7A 5D02A 5K9DA 1OFEA 3FJLA 3SECA 3CLMA 4K37A 1SZGA 1TYGA 3MMTA 3KVLA 5HR7A 1QOPA 2R8WA 4O8RA 1DJNA 2PRLA 5HR6A 4BK9A 4YWIA 3GAYA 5HWMA 1ML1A 1XUUA 2GOUA 3HPSA 2FJKA 2WNZA 3PF3A 5G4EA 2ZZ7A 2CLEA 2QDHA 2ZDRA 4Y8FA 4DF2A 1ALDA 4JTLA 2NX1A 3BVJA 3F1QA 3EX4A 1VLWA 4OV9A 1FCQA 4LRTA 3DZ1A 4BI7A 1P4CA 2D73A 3GDMA 3TCEA 1G69A 3SI9A 5LSMA 1K7FA 1TPFA 1ONRA 4C1LA 5K4XA 1YPFA 4M6QA 5E93A 2ZBTA 3IGXA 3P81A 4JTIA 3M5YA 2GQAA 3NA8A 2HS8A 4MZ1A 2YW3A 4DQWA 2EKCA 3HGRA 3TV8A 1DJQA 1H51A 4HNVA 5A8GA 5IBXC 3ABQA 5L6UA 2VXNA 4AHQA 5AHFA 4ZQOA 4HNUA 4XTIA 3N9SA 4DEFA 2OCZA 3R12A 3NEVA 4L4LA 4JR5A 4LUIA 1YXYA 2QCDB 3TSMA 5LNSA 5F2IA 3LRLA 3W1RA 4CLMA 1KTNA 4DF0A 1RZMA 1TV5A 5D05A 3EWYA 1O60A 4MYAA 5D2YA 5F4SA 1A5BA 4JDBA 5AHEA 4O15A 3STFA 2AGKA 3C0JA 3LHVA 4O18A 2VC6A 4MLRA 2P1FA 2DZVA 4IMEA 2CLIA 5AYZA 1CW2A 3BV4A 4GUIA 4LU0A 4LWWA 3GNDA 4LC6A 1YPIA 2Q3RA 2NUWA 4CQ9A 4YLWA 4IXHA 4N9DA 1LOQA 3EX6A 5CG7A 1X1OA 1O95A 3THQA 4YXGA 5CZSA 3PBVA 1OFOA 2ATSA 5AB3A 1SZNA 2VFIA 5LGXA 1SZEA 4MYXA 4IMGA 4B5NA 4A2RA 1OFAA 2FPVA 2C0AA 1W5NA 4FB7A 1LCOA 3TSBA 3L67A 2QCCA 1GYNA 4WOZA 2W6RA 5GVJA 3RMJA 3SGZA 2J24A 3ATZA 4JXCA 4AH7A 1SZFA 1M7PA 2JKPA 2QF7A 1KFCA 3C2EA 2E5CA 1ZAHA 2EPHA 4OQVA 3UY7A 3DU0A 3IIVA 1VPXA 1EIXA 1PHWA 3Q2DA 3GNNA 4O57A 4Z1DA 1EEPA 4EWND 1F5ZA 1HL2A 3LCFA 1QMLA 3UXDA 3TW7A 1QWGA 3C2OA 2WV8A 1W5PA 3R2GA 4M6PA 3TXZA 3WK3A 5DY2A 1FWRA 1DOSA 4JYFA 4BWLA 1JCMP 2V9DA 1X8FA 3ZFHA 4D2JA 1YDNA 3THAA 3S1VA 5LNWA 4FX6M 4FNQA 2HS6A 2ABBA 4PCFA 4OHQA 1OF6A 1UUMA 5LNUA 3FOKA 1GVFA 3IIZA 4IQLA 3GDKA 2NX3A 1TREA 4EF8A 1RQEA 1KM4A 2BWGA 4N4QA 3W1NA 4RZ5A 6TIMA 5FEXA 1YDOA 4N9CA 3C2VA 2X1RA 1KTBA 4GUFA 5BNKA 4IMDA 1WBHA 1A5CA 3O06A 4FIRA 1P5BA 1ZY9A 2JGYA 4UTUA 2BZNA 1ME9A 1QNVA 3LI1A 3V75A 1SFJA 1OFDA 1AG1O 1FCUA 4PL1A 5FEZA 1FWNA 1W8SA 2WSYA 3L65A 1QAPA 2OMAA 2WJZA 2V2DA 4DPQA 2GVLA 4A3UA 3A5VA 1OX4A 3PBWA 4Q32A 1H50A 4NZFA 4TX9A 2A7NA 1LDCA 3CPRA 3W2UA 1KM3A 4LV4A 1EWEA 3E02A 1KLYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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