1BTMA

Triosephosphate isomerase (tim) complexed with 2-phosphoglycolic acid
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
RKPIIAGNWKMHKTLAEAVQFVEDVKGHVPPADEVISVVCAPFLFLDRLVQAADGTDLKIGAQTMHFADQGAYTGEVSPVMLKDLGVTYVILGHSERRQMFAETDETVNKKVLAAFTRGLIPIICCGESLEEREAGQTNAVVASQVEKALAGLTPEQVKQAVIAYEPIWAIGTGKSSTPEDANSVCGHIRSVVSRLFGPEAAEAIRIQYGGSVKPDNIRDFLAQQQIDGPLVGGASLEPASFLQLVEAGRH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of recombinant triosephosphate isomerase from Bacillus stearothermophilus. An analysis of potential thermostability factors in six isomerases with known three-dimensional structures points to the importance of hydrophobic interactions.
pubmed rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Geobacillus stearothermophilus
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 91
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1995-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1btmA00
3UWVA 2YW3A 2VELA 3G1SA 5F4SA 1LLWA 5BNKA 2HS6A 1EP2A 2RFGA 2NUWA 2P10A 4M7SA 2FLIA 2QCCA 1VGAA 2B0MA 4NXKA 2Z6JA 2ZRVA 1M7PA 3I7SA 2YYTA 1FBAA 4IWWA 1OFRA 3TMQA 6ALDA 2WNQA 3W84A 3KFTA 4BI5A 3LXAA 4QQ3A 3W1QA 5AHFA 4N4PA 1SFJA 3FLUA 3L2IA 1MO0A 5D03A 4A22A 4WY0F 5DCEA 3W7MA 1SO3A 4O11A 4A29A 5I3KA 1FDYA 3M7WA 3EXSA 1IF2A 3W2LA 2C18A 3T55A 4BR1A 3W7DA 3BG9A 1TB3A 3W1XA 1EB3A 4FX7A 2GVLA 2EF9A 3S1XA 2V5LA 1TSIA 4DF0A 1QDSA 5CZTA 5D32A 4LU0A 1QMLA 2F7FA 4QISA 1QOQA 2CZEA 5CGQA 1OFEA 4IMCA 1HFBA 4NZFA 3HG4A 1YTKA 1GTEA 3IVTA 1W31A 3LV6A 3STCA 4UIOA 4HNVA 3E9AA 4FNRA 4AHOA 3EWZA 4RR4A 2QUUA 3L5AA 3SSJA 3NXFA 1WBHA 3O8AA 1L6WA 3PUEA 5KTLA 4JTHA 3G0SA 1LOSA 3EB2A 1JR1A 3KRZA 3PSWA 4GNJA 1PL9A 1P1XA 2WKJA 3O63A 2JKPA 2R94A 2DP3A 5AB3A 4PL1A 2Q3OA 4ONVA 4GUHA 1XBXA 1GVRA 3LB0A 4CCEA 5DN1A 1EX5A 4MIMA 5F2MA 1BWKA 1L6YA 3N2MA 5HR7A 3MBDA 3MYOA 2RDTA 4GC4A 3QC3A 5EBUA 1YPFA 3LBMA 1LBLA 1LLZA 4JYFA 2V2HA 3M5XA 4NNAA 4OE7A 3C52A 3NL5A 3W1UA 1YDNA 5BMXA 3W2NA 2NUXA 2NXIA 3PF3A 3QSTA 1YXDA 2KZHA 4NNCA 1JRCA 1SW7A 3P74A 3EKZA 4FNTA 3NQCA 1DJNA 1TPC1 3F4NA 3W88A 3MHGA 4JY9A 2NLIA 2ZZ4A 2DZXA 2GQ9A 3I7QA 4D2JA 5F2GA 3DFOA 4LY8A 4XKYA 4EIVA 4O57A 2Y6ZA 3O06A 3W83A 2A6LA 3NG3A 4AHPA 4O52A 4LRSA 2QCDA 3DKLA 1KTBA 3W9ZA 4FIQA 4FX8A 4YCOA 4BFAA 2J9ZA 4O28A 4WD0A 1EWDA 5AC8A 1G7VA 3W7OA 1SQ7A 1PV8A 4MZ1A 4MZYA 3BG3A 3A5FA 2ZRUA 3W75A 5BOOA 4MJZA 1H1YA 5F1VA 3M9YA 3TJXA 5AFDA 2WQPA 3EWYA 3BW4A 3BV4A 5C6MA 4FXRA 1VS1A 1GYNA 4N6EA 3BLIA 4I7WA 3G1AA 3NL2A 4JX6A 2X1SA 4UCGA 1YXYA 4GWEA 3W7IA 4O16A 2A0NA 4N9DA 1KM6A 3NQ2A 4EWND 4OHQA 3P84A 3QFEA 3TNOA 2VC6A 2IQTA 1X6UA 4UTTA 3ZWSA 3C3NA 3HB9A 2FPTA 2W6RA 4HPXA 3GDRA 5IBXA 4MY8A 1JUBA 1A50A 3W73A 1OG0A 5HINA 1TPH1 1PCWA 1J2WA 2V81A 1G4PA 4E2DA 5EL1A 3DENA 5D37A 4NX5A 5DCBA 3MYPA 1YPIA 3O16A 3W70A 4O4WA 5KZEA 1TPWA 1K7FA 1AW2A 4C1LA 1XI3A 5G5IA 4JD4A 3P80A 4OU1A 2WSQA 5HWNA 3USBA 1PHWA 3HGOA 4JX5A 1T8XA 5FEZA 2QR6A 4JS3A 3C2EA 1K3UA 1GYLA 2ZQ0A 2Z0IA 1O4UA 2VFDA 4UTUA 1QAPA 1J4EA 4AVFA 1LOQA 2VEKA 3SZ8A 2Y7EA 4EF8A 3CEPA 1LTDA 4QIUA 2E6AA 3W7GA 5SWUA 2PCQA 4O1CA 2NXGA 4DEFA 1G4SA 4JTJA 4UFHA 4HNNA 5G2WA 4MKNA 1QPNA 5FEXA 4NNBA 5GVJA 3W1AA 2NWSA 3R5EA 3NDOA 1GG1A 3W07A 3M41A 4TX9A 3LTPA 5KZMA 2QJHA 3O07A 3G8EA 2FTPA 3NVTA 2QF7A 4JGDA 5T26A 1RZMA 2VEMA 5DY3A 3W7JA 2YPIA 3LHZA 3W2JA 1EP3A 4DO5A 1DHPA 2ISVA 1XCFA 1VYSX 2W0UA 5EY5A 1XM3A 3FKRA 4AAJA 4MVAA 1H5YA 1I2PA 3G22A 3B06A 1FDZA 1TQXA 2A7NA 1IXQA 5AHMA 3EXTA 4HIBA 1TTJA 4S2BA 4UFMA 3ATZA 4K7YA 4FNQA 3C2FA 2H6RA 3T4CA 1BKSA 1ZFJA 3GZ3A 5K4ZA 4S1FA 4O4VA 1WQ5A 4PC8A 1SUXA 3NPVA 5TIMA 3TQKA 4O14A 4KFNA 3PS7A 4GRSA 1HO1A 5HMSA 3STGA 3LLFA 4Y9AA 2ZDRA 2WJZA 3T78A 4Z1BA 1TPFA 1F6PA 4FIRA 1HO4A 1RR2A 1G4TA 4KFPA 3PVFA 3TW6A 5TQLA 5I3HA 1P0KA 2QCLA 5HUPA 4NT0A 1YXCA 3S5OA 3O05A 1XDLA 3DI0A 3QMTA 1WA3A 2NZLA 1W5PA 1FCBA 1SZEA 5D2WA 3PG8A 2Q8LA 4MYXA 2YXGA 4N9BA 2GVJA 1NVMA 5DBTA 4QNWA 8TIMA 4EF9A 2BLEA 3TV8A 1W3NA 5EMUA 1LM1A 3L21A 4GFSA 3WK2A 1KM4A 4AB4A 5HNRA 5AHEA 3SECA 2YFOA 1Q45A 1VC4A 1F76A 5I3IA 3W7NA 4XWUA 4FB7A 2X30A 3GXPA 1X8FA 3HQ1A 3C0JA 1XFBA 1NF7A 4ML9A 4LS2A 1A5AA 3PM6A 3GNNA 3U2OA 3V75A 4HPJA 3DKJA 1VH7A 1VPXA 3TSMA 3QF0A 1VCVA 3LBCA 3LM7A 2H3DA 3U8GA 1EPXA 4P61A 4TMCA 1W8SA 3UD6A 5C5YA 1VCGA 2ZZ2A 4DELA 4RXFA 1VCFA 5G4EA 2QUTA 3WJSA 2YDAA 5CPMA 3QSRA 4LTSA 4H4IA 2GVGA 4U4MA 5D2YA 3T40A 4DF1A 1KFEA 2QAFA 1FUYA 4CQAA 1DORA 1YDVA 4HNUA 3S42A 4NJIA 3LCLA 2PC4A 3OVPA 4LVBA 4R7JA 3QQ1A 4IX0A 2X16A 1JQXA 3BARA 4AF0B 4EVZA 5FF7A 3DFSA 1LYXA 4LW7A 4NUWA 4NJKA 1PE1A 3V1PA 1FX6A 3FEMA 3L67A 1D3HA 3N73A 2Q3RA 4O19A 1H60A 2X1RA 1RPXA 3EX4A 3OG3A 3HF3A 1ICSA 3W87A 4GUFA 1S5WA 3NPWA 5I3JA 4UFLA 3BGJA 4FHAA 4LVDA 1R2TA 4R53A 4DXVA 1LRNA 3LLDA 5A5WA 2FQIA 3UWUA 1X1ZA 4IXHA 4XUGA 4HHPA 2B7NA 6TIMA 4FNSA 2A1YA 3RU6A 3TXZA 3UPBA 1OK4A 3M5YA 1SZFA 1IXOA 1FWTA 2CZDA 4ZL1A 4X2RA 1DL3A 2CFFA 4DBDA 1PIIA 3MI3A 1A5SA 4XTDA 1I45A 4LRTA 2OT0A 3B05A 1NEYA 4WUIA 3R13A 2GQ8A 4IMDA 2NV2A 3QQ0A 4QJ1A 3UPWA 2C14A 1H7WA 4UNLA 5D02A 2PE4A 5FI8A 3TW7A 4I9AA 4MY9A 3W2MA 2ZZ3A 2JGQA 3PUDA 5E1QA 4WXZA 2CLMA 1LBMA 3HOJA 3G1VA 3IVUA 4RXGA 3N14A 1NSJA 4RCXA 4BK9A 1ZJIA 4K37A 4FEZA 4ZMGA 1K7XA 3S1UA 5KMYA 5DLCA 2B7PA 1JRBA 4PA8A 4YMZA 4UTTC 2G97A 3QMRA 5CSSA 2G96A 2HMCA 2QCFA 2V9DA 3W7RA 4CNPA 5I3FA 5C55A 4UTHA 1W5QA 5J5DA 2QCEA 3NM1A 3TC6A 4CCCA 3O6YX 3SI9A 1WOBA 3TCEA 4WX2A 4ZQPA 4DBEA 3DXIA 3IIOA 3C2VA 4XZ9A 3NQGA 1FCQA 5KITA 1TPUA 1LROA 3OHIA 3ZS4A 3NPXA 3IIPA 1FY6A 3JR2A 1Z48A 3INPA 2WNNA 3PBVA 3LDVA 4KWWA 5D05A 1F6KA 3BG5A 1KTCA 1MEIA 3M6YA 3NL3A 4O10A 4DQWA 4PH6A 3GK0A 4K38A 4MYAA 3NQAA 2CZFA 2XN0A 2WSRA 3DFNA 4O54A 1SR9A 3C8FA 3M16A 5D38A 4LUJA 5DELA 2I1OA 3G3DA 3HIJA 1M7OA 3MHUA 1OFDA 3L5MA 2ZRWA 2R14A 3PBYA 3SJ3A 3T7VA 4IMEA 2ABBA 2J24A 2ZTJA 1YDOA 1F2JA 4MLRA 2CLEA 4M6VA 3GNDA 3GVGA 3NO5A 1VR6A 3S5YA 1QPQA 3W71A 4CQ9A 2TYSA 1TPDA 1FXQA 2TMDA 3H53A 5L9FA 1C8VA 1EP1A 2CLHA 3NPUA 3BW3A 5AC6A 1VYRA 1PVNA 1I2NA 2Y85A 3GB6A 3CC1A 5AYYA 2CLOA 3W7LA 3FKKA 3G1HA 3E0IA 1MXSA 1WBJA 4FX6M 1GQNA 1G7UA 5KINA 3NA8A 2GOUA 2PRMA 4PCFA 4HSNA 4I7UA 4QITA 2V2CA 2Y62A 3G3MA 4FNPA 4JTKA 4WY0A 1B57A 3HMJG 3MHFA 3L0NA 2ZA3A 3WJWA 3S5NA 1W0MA 1RQHA 2DJXA 4QNEA 5AYXA 1AG1O 2PRHA 3NGJA 2PRLA 3GR8A 3IGXA 2X2GA 1IGSA 2DORA 5D2XA 3E02A 4RZ6A 4UTWC 1OABA 5F4WA 4Z0JA 3ATYA 3W1MA 1OX5A 4WZHA 3HO8A 4ZQCA 1K7EA 5J5RA 1VJIA 1HTIA 1HG3A 3CLMA 3PUOA 1TPVA 1N8FA 1OK6A 3EWBX 4XKYB 1RQBA 1SZGA 3VE7A 1TRIA 5FF4A 1PCKA 3IIXA 3CQ0A 3L5LA 3P7YA 4LOCA 3QW3A 4GE8A 3KAOA 5U7SA 1U83A 1TV8A 2HTMA 1FWSA 2TRSA 2JKEA 3LCXA 2QCDB 3TKFA 1FWNA 1O5KA 3WJXA 3UNDA 5AN7A 3WFAA 3E49A 2FPVA 2QCNA 1Q6QA 3FYPA 3NOEA 4GUJA 4NQ1A 1W3TA 3O1NA 1QPRA 5AOUA 3L9CA 1UCWA 4AWTA 4O1BA 5K4XA 2DJLA 3NEVA 5LNSA 3DH7A 4ICNA 3M43A 2NV1A 1ZALA 3GAKA 3KRUA 2FFCA 1GPWA 1XBYA 1TO3A 3W86A 2QDGA 3QEZA 3C56A 1S5TA 4CLMA 1H63A 3MP3A 1IIGA 3SIZA 2QKFA 4NXSA 3W22A 4QSHA 1BEUA 3BK0A 4LVFA 1UBSA 1K8XA 4NX0A 3IIZA 4YL2A 4M6PA 3L66A 4XBSA 1KLYA 2P1FA 1Q3NA 4JTGA 3UWYA 3FA5A 3B0PA 3P5YA 4MOZA 1TQJA 3FJLA 4M6QA 3RK8A 3NNTA 3LXBA 3IEBA 3EWWA 1V7YA 1W1ZA 1XBVA 2AAMA 1QNVA 4M19A 4DO6A 2X1UA 4JTEA 1YADA 4KWVA 1B3OA 4PODA 3LCIA 1WDWA 3BVJA 4JTLA 3L68A 2F84A 3NR0A 1ZAIA 1AL7A 4LV4A 3GYEA 4UTKA 4Y8FA 3SGZA 1KM3A 2W79A 3JS3A 2B7OA 3L0GA 3RF9A 1RVGA 1EUNA 1Y0EA 1TJRA 3PBUA 1C29A 1JCYA 1GVQA 5HR6A 2EHHA 2ALDA 4UTLA 2A6NA 1RD5A 2OMAA 3EEGA 3LI0A 1GVSA 1YYAA 1XUZA 1DJQA 2XN2A 3RLVA 1QCWA 3EX1A 2BXVA 1XDMA 4O18A 2ZRXA 4K6AA 1AL8A 1GG0A 3A24A 2FPYA 1GVFA 1GZGA 3SR7A 2O7QA 5D04C 3FJ6A 4LC6A 4Z0SA 1AK5A 5H91A 1DKWA 4N02A 3JRKA 3BW2A 2CLFA 1ZY9A 5LHFA 3DFQA 1B4KA 3ANYA 3VI2A 5F4XA 3L65A 2D73A 4P2VA 2V30A 3O15A 4JR5A 1F73A 4Q4KA 1DQWA 1SO6A 3NL6A 3ZFHA 2RHGA 2YR1A 3N19B 3WK0A 3W1RA 1X1OA 1KV8A 4UMCA 3D0CA 1TV7A 1JUKA 3PR2A 4RV8A 2B4GA 1LZOA 1G69A 4U28A 5HJLA 1KFKA 3SY5A 3MMTA 5F2LA 4O0KA 4E2BA 5LNUA 1OFOA 1SW0A 3CWNA 4JEQA 2FIQA 1CX9A 2E5DA 4K8HA 1GJPA 2J6XA 3LHWA 3QZEA 2AQWA 4JTSA 3LX9A 4YWIA 2CZ5A 2DU2A 3A22A 4Y96A 3HG5A 3HG3A 3LCFA 5DXXA 2E6YA 3PAJA 1P4CA 2BWGA 5G2IA 4O8RA 2WNZA 1L9WA 3LHVA 3UYCA 4R33A 3TE9A 4LC8A 4X22A 3UXAA 3HPXA 4EOUA 3MJYA 4JDBA 2ABAA 4Q32A 1R46A 3U6WA 2JBMA 4LNYA 2ZCGA 3I65A 4RZ4A 5EKYA 3WK1A 4BF9A 4NJJA 4JICA 2QDHA 1F7BA 4E0CA 5FEWA 1JUEA 1XKYA 1I2RA 1OF6A 4UTWA 3GXNA 4O0ZA 1V5XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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