1BYA | Genus

Total Genus 177

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	177
sequence length	491
structure length	491
Chain Sequence	SNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLFQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPRIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNAKPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Crystal structures of soybean beta-amylase reacted with beta-maltose and maltal: active site components and their apparent roles in catalysis. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase(o-glycosyl)
source organism	Glycine max
molecule keywords	BETA-AMYLASE
total genus	177
structure length	491
sequence length	491
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	1994-01-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1byaA00

3WEOA 5JBDA 2O9PA 1HNYA 2PC8A 1UZ1A 1RP8A 4MDPA 2DH2A 4W85A 1UUQA 2VRJA 5E6ZA 3WQ6A 4A3HA 4CCCA 4P8UA 1J0YA 1CXHA 4JAWA 3GZAA 2VZOA 1DWJM 3UERA 4JFWA 2CBUA 4UFJA 4BCEA 2CKRA 2G41A 5E70A 5A69A 1XYFA 4J3UA 4TVCA 1W1PA 1R87A 1DTUA 2E9LA 5A6SA 2OLHA 1EQPA 1CEOA 3CTTA 5DT5A 2QPSA 4AISA 3GBEA 3OBAA 4XX6A 2WM0A 3EDKA 3GYCA 3RILA 3WD1A 3BCDA 3FHAA 4W93A 3BAKA 3N11A 5D8ZA 3GXIA 3L4WA 4W8BA 3VDAA 4WSKA 1E1FA 3PZIA 3PZMA 1V3HA 4P8VA 3ARRA 2JF6A 3EDJA 1JXKA 4YHEA 3GNPA 2X0HA 1HKJA 2V38A 4FK9A 4OIFA 3AZTA 2Y5EA 3T08A 1EIBA 3K4AA 2JALA 1BG9A 4JFSA 1NOWA 4PMUA 1IV8A 1Y7VA 4AIUA 3MANA 1UR9A 2GJXA 4D6CA 5BXRA 1PZ2A 4CD7A 3CIVA 3TTSA 3PTKA 3VO0A 1JD9A 2X8RA 4LXFA 4CVWA 1HL9A 1WDPA 2DGAA 4BQ3A 3ZOAA 3WUBA 5DT7A 4HA4A 2CESA 3CZLA 1AQ0A 1QNOA 1YHTA 3WH7A 2XVPA 2BY0A 3AXXA 4M1RA 1H5VA 2CPUA 1ISYA 5FD0A 4AZBA 1W9PA 2FH6A 2YL5A 2J75A 4UQEA 5BWFA 4UQ9A 4LYRA 3PZOA 4J3SA 7TAAA 4AZ6A 4TOQA 1CWYA 2BHZA 4HP5A 4MJ2A 2WVVA 2WAGA 4HZ6A 2CNCA 4D72A 4JKMA 1SR0A 2J47A 3L4ZA 1I1WA 1BLIA 1FP8A 2W4XA 1HXJA 3SCQA 4DUVA 3SCNA 5IFTA 1AQHA 1KQZA 3W27A 5ABHA 1ISZA 1PEZA 5AC4A 1CLVA 2ZIDA 4UQBA 1G0CA 1V6YA 1GPFA 2VURA 5DMYA 1EO5A 1MQQA 4PN2A 4QCEA 2CIPA 2F61A 2VCCA 1C91A 1GOIA 1XH2A 4B3KA 1JG9A 1UKQA 4TUFA 4P7OA 1QBAA 3W4RA 2WHKA 3VMPA 1LQ0A 1NWRA 3N1AA 4GI6A 2ZX9A 3W6MA 3AJ7A 3LPGA 3NSNA 4UOQA 2XSAA 2XUCA 2GSJA 2CETA 2OWCA 3W24A 3VNYA 3ZIZA 4UCFA 1TMQA 4RE3A 3AS0A 1HJVA 2WLZA 2E0PA 2VT0A 1ZBCA 3AMKA 4M81A 1B9ZA 1UKPA 4HA3A 5D4YA 3U5YA 1VENA 1E5NA 3BSGA 3CGTA 1IZJA 1MWOA 3M07A 2PB1A 2VZTA 2D2OA 1W32A 1VFMA 2GUYA 4BF7A 3AHZA 2DSWA 4ACYA 1HX0A 3ARPA 2Y8VA 4ZENA 2NW0A 1EHAA 3VIKA 2O92A 4PMDA 1E6ZA 1BYAA 3NCOA 4JZ5A 1G1YA 3W0KA 3AROA 2JE8A 1CNVA 1W3LA 1QBBA 1GQIA 2VC9A 1DEDA 1H2JA 1B0IA 3ARVA 4JFTA 1H09A 2ZICA 5FOOA 4GIAA 4BQ2A 1JZ8A 2DT0A 1FH7A 3PZ9A 2VR5A 3MUIA 2WMFA 2XVLA 3WH9A 1BVNP 4JFVA 4MB1A 3SCTA 2OWWA 3L4TA 3VM5A 1FH8A 1NH6A 2XWEA 3AFBA 1GOQA 4HMEA 2JEPA 1W9VA 2ZX5A 5FIPA 3GDBA 1BSIA 4PBGA 5CQ1A 1JNDA 4RE4A 3MU7A 4LQ1A 2JEQA 4OJYA 4UNIA 5IHSA 1FFRA 2WB5A 3L4VA 4B9ZA 4GO8A 4GQRA 4ML4A 1DWGM 3GH7A 1L0PA 2J25A 3KL3A 5A2BA 3VGBA 3L2MA 4JKKA 3OGSA 4B16A 7CGTA 1Q6GA 1D3CA 3OB8A 2X0YA 4GZIA 5EB8A 2VRKA 1PX8A 3W81A 2ZUTA 2XG9A 4D6HA 1LJYA 5EBAA 4W7VA 4ZFMA 3I3EA 3VIOA 3LPPA 2X09A 1HT6A 4DWSA 1EDTA 2DDXA 1GONA 3PHAA 4OOUA 2V3FA 1W2VA 3BAYA 4WLCA 2DEPA 3OZOA 4D6JA 3EDFA 3LPOA 1OIFA 2WYSA 4WSJA 4TX8A 2W62A 2NT0A 2XJ7A 1OCQA 2BNJA 2J7EA 3AI0A 3HJEA 2WHLA 4W8AA 1LF1A 3WD0A 2GJRA 3PZQA 1LLOA 1K6AA 1PIFA 5GNYA 3UG3A 4PCSA 2ESCA 3WIJA 4C7DA 5LA0A 1BYBA 5ECUA 1JL8A 1QHPA 1VJZA 1NM9A 2WZEA 3T0BA 3KEHA 1GHRA 2G3NA 3RIKA 2C7FA 3WF2A 1WKYA 1VAHA 3GXMA 1QW9A 3VUPA 2BXYA 2ZWYA 3AHVA 3MUZ1 3ALFA 1E9LA 5JUVA 1CZ1A 1PX4A 4MB5A 5GNZA 4PMOA 2WW5A 3CUHA 4E8CA 4ZXLA 3GH5A 1MVYA 1GQKA 1E4LA 3W26A 3GNRA 1J0IA 2YOCA 4TVDA 1UD4A 2DT2A 2ZX7A 1HVXA 5A6AA 3DHPA 1LL6A 4FLRA 4AY1A 3W25A 1B1YA 3RO8A 1E56A 5M17A 3VM7A 1J0JA 4TXEA 5HPOA 2DIEA 3AISA 5BRQA 3NDYA 2BY2A 1E6QM 1NQ6A 3VGEA 2WVUA 3L4UA 3BGAA 2QHAA 3WENA 3CUFA 3ZO9A 4JKLA 4QDMA 5BXTA 4UQDA 4MPKA 2VVSA 4Z2GA 4JIEA 1V3JA 1V03A 1M03A 3SCSA 1V3KA 1C7SA 1VIWA 1JGIA 2J7BA 2VZVA 5I6SA 2WLYA 1H11A 3FY1A 4EANA 1XD0A 2Z1SA 4XZBA 4H7VA 1MXGA 1KXHA 1HJWA 1R85A 1H0IA 2WC3A 1R8LA 2WKGA 5LA1A 4OZOA 1UOKA 3QHMA 3RJXA 2AOSA 2JFEX 3WFLA 1Q6CA 4ATWA 1QHZA 1U30A 1C93A 3EMCA 3ZR5A 3POHA 3CLWA 4BS0A 2WZIA 5CG0A 4UFKA 4NRRA 1AVAA 2UY4A 1BTCA 3DYOA 1DP0A 1V02A 3ZJ6A 3L4XA 3BC9A 1ZB5A 1CPUA 4MNKA 3VILA 2AMGA 2GDUA 2ZUWA 5FKYA 2GJXB 3SCOA 2YL9A 1QNPA 4AD5A 3WNOA 1EOMA 2ZXDA 3G6LA 1GZJA 4J3WA 4UOJA 2W91A 1TE1A 4JCLA 4HTYA 1UWTA 3BAXA 1UR0A 4E8DA 1N82A 5ABEA 3PZVA 3WEZA 2GJPA 1IZKA 3F5JA 1BHGA 2EPMX 3AS2A 3ARYA 1UA3A 1BFNA 2X05A 4AD0A 1TZ7A 2ZXAA 3POCA 4F79A 2D3NA 1MFUA 4UOZA 2BXZA 8CGTA 3WL0A 3L2LA 4H8VA 3VU2A 4HOZA 3A6OA 2NSXA 1ITXA 3VGDA 4MB4A 1D7FA 1WP6A 4PMNA 2D0FA 4HU8A 3W38A 3T09A 1KBBA 1BPLB 3VD9A 1CIUA 2XSBA 3GXFA 1W1VA 2BV9A 2Y4SA 5AY7A 4UR9A 3EDDA 5E09A 4M80A 2WVVB 2VOTA 2PWHA 1OIMA 3AIVA 3BH4A 3QHNA 1C90A 1BF2A 1SFSA 1AQMA 1VEPA 3AXIA 2DIJA 3F5KA 4IISA 1XCWA 1KWGA 2BVDA 1E70M 4CD6A 2CHOA 3N17A 2DSVA 1K9DA 1H4PA 1VB9A 4J27A 1C3FA 1UD2A 3WDJA 3MSDA 4KWUA 3RM4A 3GXDA 3WDIA 1UQZA 3SUTA 3SEPA 4AEFA 1W91A 1NWUA 3PZUA 3BMVA 3TTQA 4CU7A 3O9NA 9CGTA 1E55A 1HN1A 1W3HA 4V28A 2VX4A 2W63A 4EK7A 1HIZA 4CD8A 1ODZA 4J3VA 2DSKA 3MV11 2TAAA 2EEXA 2WANA 3OG2A 1TCMA 5F7UA 3EMQA 4JCMA 1O7AA 2ZOXA 1MQPA 1PBGA 4H8HA 3VVGA 3ZJ8A 4KMQA 1OINA 3FW6A 4OUEA 3QGVA 2OYMA 4LX4A 5A2CA 4D6FA 1OD0A 1KR1A 2W66A 5A1AA 1G94A 4GQQA 4F9JA 4TTUA 3W37A 2EPKX 5JIPA 2EPLX 4GZEA 3GH4A 3THDA 3VD3A 2YL6A 1ZJAA 1ZL1A 3SCPA 2OYKA 1FOBA 1WZMA 1XRVA 1JI2A 4P7NA 1UWSA 1CXFA 3ARTA 1EHNA 4HPGA 2ZXQA 2CKSA 5HNNA 1VEMA 1XH1A 5I23A 1B31A 3F4VA 5I5RA 3UETA 1YQ2A 4C7FA 2YL8A 5HPCA 2FHCA 3AICA 2DSUA 3OGRA 1ITCA 4OBRA 3D3AA 1VFUA 2CXGA 3WF0A 3UCQA 4QCFA 1G9HA 1V3IA 1RP9A 4J3XA 1GOOA 3OGVA 3JUGA 4FF5A 2OYLA 1X6NA 2WNWA 4P7QA 3ZT7A 1JZ2A 4HMCA 2D0HA 4D6EA 2FGZA 1PAMA 1JF5A 1CGXA 1ISXA 1JF6A 2RGMA 4AZIA 1UR1A 3M6DA 2WC7A 1SYTA 1UD6A 3ARQA 1HKKA 3DC0A 3WUEA 4GI8A 3WBAA 3WQWA 1Q6DA 3DECA 4FLQA 4K68A 3ALGA 3CHDA 4YPJA 5C71A 2F8QA 4AD4A 2HVMA 3K1DA 1WDQA 3MUY1 1BYCA 4N0RA 2UY5A 3IK2A 1E1EA 5LA2A 3LMYA 2J8FA 2IXUA 2EPOA 2WSKA 2WKLA 4XV0A 3FXYA 1H1NA 3DYMA 3QOKA 1EQCA 1ISVA 1JDDA 3KL5A 1OGGA 1VFFA 2FDMA 3RCNA 2WHMA 2RGLA 4NRSA 3UEQA 4DWSB 4V27A 1FP9A 1HKIA 2V3DA 1B3YA 4CN1A 2XHYA 2WPGA 4AC1X 3CZJA 5A8PA 4AD3A 2YDQA 3WDQA 2WC4A 2OSXA 2BFGA 1HJQA 4U2YA 3BXWA 1UWQA 4J7RA 4D6GA 3NUKA 3MS8A 3WF1A 2XVNA 2YJQA 3WY1A 2G4FA 1GOMA 5A6BD 2BS9A 3WL1A 4BQ4A 2VZSA 3UR8A 1OSEA 3ZT5A 4DM1A 1ZU8A 3AMDA 2HISA 1TFVA 4XB3A 2XFYA 5D9OA 1K9EA 2WBKA 3SCRA 2ZWZA 4PMVA 4WKHA 2VX7A 2XIBA 2WWDA 3VPLA 1NWTA 3W28A 1QHOA 2BHUA 2NT1A 4CVUA 3WKZA 1KCLA 2MANA 1JFXA 3AZSA 2QV4A 1JIBA 1XGZA 3OLEA 1ZJBA 2YDSA 2V3GA 4FLOA 3W6LA 1E0VA 1LG1A 3B9EA 2YLAA 1ECEA 2ZUUA 4WJXA 2PWEA 4W5ZA 1CYGA 1V08A 2D0GA 3VDCA 1JYVA 1VF8A 1V6UA 3BMWA 4H8UA 2E40A 3B9DA 5A6KA 2J7GA 3ZT6A 2VVNA 4EKJA 1J11A 1C7TA 2GK1A 1QW8A 3II1A 4AD2A 5A95A 3NJ3A 3AS3A 4EE9A 3VKKA 4UFLA 4PMQA 3BAIA 2ZX8A 2X1IA 3U57A 5A8NA 1GOWA 1GORA 1B30A 1V6VA 4R5EA 4Z2IA 2YIHA 3HMCA 4NSBA 2A3CA 5DF0A 3U5UA 2BVYA 4U2ZA 4MAZA 4ZE5A 4M56A 5AC5A 3WDPP 1CLXA 3AYRA 1EXPA 1GVIA 2BHYA 1SMDA 3F5LA 4Q22A 5A8MA 1QI4A 3RMEA 4P7LA 4CD5A 5EFDA 1M04A 1PJ9A 2VRQA 1JFHA 3I3BA 2J8GA 2CEQA 1QI0A 4L4PA 3WH8A 4E2OA 5I78A 1J0KA 1IT0A 5KZ6A 1E0XA 2DSZA 3FAWA 4PTMA 1CXIA 2F2HA 2BY3A 4CUCA 2CHNA 4AMCA 4V2XA 4QLJA 3PZNA 1P6WA 1VBRA 4KGLA 3OIHA 1MW3A 1CBGA 4MNMA 4E4PA 1C8XA 5AYBA 4PRWA 4CCEA 1ZS2A 5HDRA 3ZSTA 3NSXA 1CGWA 3UESA 5TD4A 3VX1A 2VO5A 2V5DA 5AYIA 2D3LA 3EMZA 5CLTA 4YN5A 3WD4A 4FLSA 1TG7A 5DEZA 1UH3A 2A3HA 3UG5A 3WUGA 2WSPA 1UH4A 6A3HA 3QHOA 1NOUA 1J9YA 4OBSA 1TUXA 4Q7NA 2XM2A 5ABGA 3N15A 5CSYA 3T0DA 4PTXA 2WWCA 1UD5A 1E5JA 2YA0A 3WQ8A 4W7UA 4AWEA 2VL4A 3WMCA 2XGIA 3N18A 2VZUA 3VIIA 1J18A 1S46A 3K8LA 2W67A 3WSUA 1ISWA 1EH9A 1LG2A 1JZ5A 2IXVA 4GPNA 2G8ZA 1LWHA 3ARSA 4M29A 5I3DA 2XPKA 3QOMA 2PWFA 1KBKA 3TONA 1PIGA 4HZ7A 2EXOA 2CERA 1Q6FA 4PMRA 1J10A 4S3JA 2ZXBA 4FMVA 1UQYA 4U5IA 3TTOA 1H0GA 4RL3A 5A2AA 1MQRA 2UY3A 1XCXA 5A8QA 4OKDA 2VMFA 4U3CA 1Z32X 5BCAA 1UR2A 1QNRA 3IJ7A 4JHOA 5ABFA 1DWIM 5I0DA 3T2OA 1TA3A 3ZQ9A 1JZ4A 1JI1A 2VX5A 4PSRA 2D23A 4AZ5A 1W3JA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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