1BYBA

Crystal structures of soybean beta-amylase reacted with beta-maltose and maltal: active site components and their apparent role in catalysis
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
SNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLFQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPRIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNAKPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Glycine max
publication title Crystal structures of soybean beta-amylase reacted with beta-maltose and maltal: active site components and their apparent roles in catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-AMYLASE
total genus 175
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 1994-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1bybA00
3NDZA 3AZSA 3D5HA 2WKGA 5A8MA 4YN5A 5A69A 4NRRA 3GH4A 1RPKA 2BHYA 3WQ8A 3SCRA 1UR2A 3I3BA 3AFBA 1ZB5A 1JG9A 1TVNA 1PJ9A 1WCGA 1C7SA 1DEDA 1J01A 3W38A 5A2BA 1E3ZA 2GK1A 1BF2A 2X2YA 3BAYA 1A47A 2WMHA 3MANA 1HN1A 3PZNA 1NWUA 2WHMA 4QLLA 4MB4A 2JF6A 1NARA 1EQPA 4WKHA 4HA3A 3ARSA 3PZMA 4UQBA 2OLHA 1JYVA 2WVVB 2WHJA 2WVSA 2WLZA 1W3HA 2WC7A 3SUVA 4B16A 1HJSA 3N17A 1J0ZA 1PX4A 2ZXAA 1W1TA 1PEZA 1VFMA 2X05A 3ZSTA 1UWSA 4N0RA 2AMGA 3ALGA 3EBVA 2ESCA 4J3SA 4DWSB 2ZUUA 2Z1SA 1D2KA 4UZSA 1TE1A 3THDA 1FH8A 2C8NA 3SUTA 3ZJ6A 1V0MA 3FN9A 4QAWA 3G6LA 1C8QA 2W66A 4ACZB 2CBIA 1Q6CA 3WD4A 2BY1A 4R27A 3ZIZA 1XD0A 3IK2A 1LG1A 1E4IA 4AZGA 4BQ3A 2EJ1A 3IAPA 4YHGA 4M56A 1C92A 4JFVA 3GH7A 5FKYA 1UOKA 2A3AA 3GM8A 3OLIA 5A95A 3WQVA 1A3HA 2D1ZA 2QF8A 5I3DA 3EYPA 1KR0A 4DWSC 2YDRA 4WF7A 2O9OA 3VMNA 5ABFA 3T0AA 1BYBA 3UG5A 3CTTA 3GXIA 1TA3B 4FK9A 4ACYA 2G41A 1CPUA 1I75A 2J7HA 1VENA 3ECQA 4QCFA 3UR7A 3AXXA 2V3EA 4J3WA 3MU7A 4PMZA 1V6WA 4NF7A 1XH0A 1UKOA 3AS0A 1KCKA 4GO9A 4WJXA 5M5DA 2YL5A 4PBGA 4PTVA 4OUEA 4Z2LA 4U5IA 2E8YA 3VM7A 1ODUA 3F5JA 4TVCA 3CMJA 3WL0A 3WDQA 5A6KA 2FHBA 4A3HA 1CXFA 4LQ1A 3WF3A 1KB3A 3WF0A 3W0KA 4LYPA 1W9BM 3A4XA 3AMLA 4ZXOA 3PTKA 3SCWA 1V02A 3RJYA 4ATLA 1OINA 5I23A 3W28A 1W32A 3OLDA 3TTOA 1V3MA 1NOUA 1NQ6A 1JXKA 2D23A 3KL5A 4HZ8A 2EPNA 2CCRA 1JNDA 3CGTA 3VGGA 5M03A 3OZOA 5A6BA 6TAAA 1H11A 3ARXA 4PSRA 2QV4A 1QW8A 5IDIA 1W91A 4JHZA 1HVQA 1KFWA 2HISA 1XH1A 1E5NA 3BGAA 4D6GA 3N11A 2E8ZA 1ITXA 4AY1A 4X0VA 3MSGA 4WKFA 3PZOA 2FHCA 2PBOA 1H09A 3AIQA 5D9NA 5FCZA 1QOXA 3MMUA 1Q6DA 1J11A 1W9PA 2YOCA 5A6BD 2VR4A 4UQCA 1RD6A 2WKLA 1NH6A 2ZUWA 4CVWA 3AIBA 2CPUA 4CU7A 3GNRA 1CWYA 1V0NA 3VUPA 1AMYA 4PSPA 3W24A 1CXIA 2J7EA 2C7FA 1XHGA 2BVTA 2JEPA 2IXVA 4W89A 1EOKA 1UHVA 2BY2A 1QNOA 3POCA 3OZPA 3W26A 1WZLA 3W81A 4M81A 3WELA 2JE8A 2WHKA 3BAIA 1XRVA 3PZGA 5CSYA 3GXMA 4NI3A 3TP4A 5HPOA 4QLKA 2PI6A 4PTXA 3VX1A 3L4WA 3WBAA 3WF4A 4HMCA 1HVXA 1QBAA 1OSEA 1UD3A 1GQIA 3AQUA 2WAGA 1E6QM 1KR1A 2CKSA 1M04A 1GZJA 3VIIA 3WDRA 3WQ6A 4DWSD 2EPMX 5LYRA 2YLAA 3DC0A 1LWJA 3MMWA 2XG9A 1B90A 1UKSA 2WBKA 4KRTA 4TXEA 3RPMA 3W53A 1H49A 1E56A 1QBBA 1EDGA 1GCYA 1ITCA 3GBEA 4GI8A 1J0IA 1HIZA 2DSUA 2E3ZA 2MANA 4W85A 1BQCA 4TX8A 4LGXA 2GJRA 1CGVA 5FL0A 3OA5A 5E6YA 4JKMA 4PUEA 3MS8A 2CEQA 2DGAA 2CESA 3N13A 8CGTA 3SUWA 2WANA 1CXKA 3CBWA 3OB8A 1JYWA 1UA7A 1GQKA 2XFFA 1ZJAA 2OYMA 3VKKA 7TAAA 4W93A 3WNOA 3AI0A 1SMDA 3BMWA 5A6AA 1UWUA 1FOBA 4PMQA 1V3HA 4AD2A 4RE2A 2VZSA 1I1WA 1J0JA 3HN3A 1QNQA 2VNCA 4L4PA 4W5ZA 1E4LA 4P7NA 4UQDA 1UD5A 3I3EA 3ARZA 3ZO9A 4D6HA 2J79A 2E9MA 3BLKA 2CITA 4JZ5A 2YDSA 1B3YA 1E3XA 2FGZA 2WPGA 3WMCA 1ZBKA 3FW6A 1JZ8A 4HA1A 2WSKA 4B15A 5I5RA 3OGRA 2UY3A 1HJXA 3ZMRA 3FHQA 2GUYA 3CUHA 5EB8A 1KGUA 2RGLA 2XFYA 3VDHA 5A8QA 1LF1A 2JFEX 5CGTA 5I24A 4AZCB 4AMCA 2E40A 4UFMA 2ZX6A 3WUEA 4U5KA 3VIGA 3SCOA 4AZHA 4LYRA 4HTYA 3VD3A 3WD0A 5DFAA 4A3YA 2XYLA 1U2YA 1KXVA 4D6IA 4B3KA 3ARTA 3AMDA 2QPSA 3ALFA 3T2PA 5BROA 2J62A 3WH9A 1V3KA 3WQ4A 7A3HA 3S2CA 2F2HA 2D20A 1F4AA 2Q8XA 5D4YA 1AQHA 4Z2KA 5C70A 2W92A 2F8QA 2GK1B 3GDBA 5IHRA 1EQCA 2WXDM 1DWHM 1GORA 1PAMA 1H41A 2VTFA 4GO8A 1B31A 3AZTA 1E0XA 3FY1A 3T0BA 4UTFA 2WWCA 3ZR5A 4PMYA 1EDTA 4MJ2A 3AYRA 3AS1A 2YA0A 4OBRA 1EH9A 1UZ4A 2W63A 3ARPA 3WEZA 3CZEA 4W84A 2ZUTA 6CGTA 1QI5A 3PTMA 3L4TA 3VU2A 4CCCA 2JIEA 4URIA 3UETA 1KXTA 1HKIA 1MW1A 1NM9A 2VC9A 4FLOA 4D1IA 3CUGA 1KWKA 4LYQA 3MMDA 4C7DA 2UY4A 5AC4A 9CGTA 1MW2A 2OSWA 4AD3A 2DSWA 2DT1A 1U33A 3CHEA 5CPTA 4B9ZA 5DMYA 4V2XA 4ZE4A 2JIWA 2CXGA 4M24A 1RP8A 5LA0A 4CCDA 3OLGA 8A3HA 1JAKA 3BAKA 2VI0A 3QHMA 1H4PA 2BVDA 1GOQA 1BGGA 2OWXA 3FAXA 1X6NA 4Z2HA 2WCSA 2CBVA 4AISA 2VUYA 4E8CA 3HMCA 3F4VA 3T08A 4AYSA 2DT0A 3WBEA 4MJ4A 1FP8A 1QHZA 4X9YA 1JFHA 3VD9A 2QLYA 1V0LA 4UFIA 5E70A 1EDQA 3VIPA 5BXRA 5ABFB 1E6NA 4BCEA 4XZWA 4AC1X 4ZFMA 4RE3A 1UKTA 2EPLX 1CTNA 1HP5A 5KZ6A 4NSBA 5BYWA 4CGTA 1JZ5A 2QMKA 4CU8A 2DDXA 3MV11 1D3CA 3L4YA 2ZX5A 2YKKA 3PN8A 2CBJA 1W2PA 1E4NA 4EAMA 4TTGA 3NSMA 2AOSA 2CETA 4F8XA 4U31A 4WIWA 4TX6A 3CH9A 1BHGA 2FH8A 1WE5A 1IV8A 2DIJA 1P6WA 5I2UA 4KWUA 1E1EA 3WFLA 4P8XA 1WDSA 2E0PA 1BG4A 1TUXA 4A4AA 2IXUA 3CHDA 5GNXA 1XC6A 2VX4A 4P7QA 2G3IA 4H04A 2UWFA 2O92A 3PHAA 1PX8A 2W67A 1E6ZA 3SURA 3EMCA 3ZM8A 5FD0A 4PMDA 5CLTA 4OBSA 3AIWA 4UFKA 3WMSA 1E0WA 4UNIA 2V38A 1UKQA 2VX5A 3VM5A 4D6JA 2DPEA 2XGIA 1UZ1A 5AC5A 3EDKA 3ZT5A 2X0YA 3AOFA 2XGBA 2X1IA 1E6RA 4L4OA 4WK9A 1JYXA 1V0KA 2ZXDA 3U57A 1BYCA 1QW9A 2D3LA 1CGXA 4CN4A 3K46A 4ATDA 4V27A 3AXIA 1OB0A 3SEPA 1GVYA 2G3NA 1FHLA 4BS0A 2BY0A 1H0GA 4GINA 2W91A 1RP9A 3U7VA 1C91A 4XZBA 3AMGA 3BAJA 2YA2A 1C3FA 3FHAA 2CHOA 4PEEA 1HJUA 4BQ5A 3B9EA 2VQTA 4HZ6A 3ZT6A 1KBKA 4HOXA 1UH2A 3PZIA 1VB9A 1K9DA 2CIPA 3BCDA 2A3CA 3WQWA 1G94A 1MFVA 1S46A 1OGBA 2AAAA 2XVGA 3DHPA 4QCEA 2YL8A 2WK2A 2JEQA 2OSXA 4NZCA 2OYLA 3TTSA 5GNYA 1GJUA 5D8ZA 1JL8A 1GQJA 3UCQA 4DUXA 5D8WA 3OGVA 1EGZA 2BV9A 2Y8KA 4U2ZA 3B9DA 4D1JA 3IJ9A 3WL1A 1XGZA 4EK7A 1VIWA 3NYDA 1GW1A 1W3LA 5DO8A 1YQ2A 1UUQA 5E0CA 1HJWA 4ZXLA 1JXJA 2C0HA 1IZKA 1MQPA 5KEZA 2Y5EA 5EBAA 4CD5A 2BHZA 4E2OA 4JFSA 4MNMA 3EMZA 1E4MM 1W9XA 2XIIA 3O6AA 4UQEA 2ZE0A 4M80A 4UFHA 3WDHA 2PWHA 4Q7NA 1E70M 2NT1A 3VDBA 4S3KA 4C7FA 2B31A 1HX0A 2EQDA 3A4AA 4MDPA 4RE4A 3RM9A 2WM0A 2BHUA 4J3TA 4H8HA 2YDQA 1CBGA 2DT2A 2E9LA 5A6SA 3WUBA 1HL9A 1E6PA 1E40A 3DYPA 5F7UA 1ECEA 4FLRA 3SCVA 2PWGA 1WZMA 4AIEA 1UWTA 2NSXA 1G01A 1G5AA 4P7LA 4OIFA 4GIAA 3ARYA 4IM4A 4IPNB 2V5DA 4AW7A 2ZXQA 1UD8A 5BXTA 3G6MA 1HP4A 5CZKA 2ZUVA 1IT0A 4V28A 2EXOA 3TOPA 4B3LA 2ZX7A 1QPKA 1HJVA 2VVSA 4F66A 3UG4A 4PN2A 1W1VA 3WH6A 4N42A 4DM2A 4P7OA 3N18A 4MDOA 3OG2A 1C93A 4JCMA 3WEOA 3AHVA 1J0HA 1W9UA 3DYOA 4DUWA 3VMOA 4CCEA 5JIWA 1VBRA 3ARRA 3TONA 4J3XA 1ISYA 2WNWA 1O7AA 5A3HA 4W88A 2EEXA 3F5LA 1NP2A 4AZ6A 3A4WA 1XCWA 3MUZ1 4HPHA 2A3BA 5LA2A 3K1DA 5ABHA 4UZUA 2WLYA 3WD2A 4BZYA 4WSKA 1KXQA 2D22A 3AISA 1W3JA 2VQUA 5TD4A 5C8BB 1CDGA 2XFRA 4ZENA 2ZUNA 3VIJA 1NWTA 2J47A 3KL0A 1PX3A 1JGIA 2VCAA 2FDMA 3VILA 4CUCA 2VX7A 2O9TA 1JZ2A 3GXFA 3WN6A 2VVNA 3MUAA 4UOJA 4PMRA 4H7VA 5BXSA 3WNKA 4CD7A 1E73M 5JUVA 1BSIA 4GI6A 3VGEA 5CJ5A 2FHFA 1W1YA 4P8VA 2XSBA 3DECA 3VIOA 5A1AA 4GPNA 1EXPA 2OSYA 1KCLA 1UH4A 2WZIA 1US2A 3FXYA 3VIMA 4UQAA 3WEMA 4PRWA 1PZ3A 1VEPA 1GPFA 5GNZA 3AIEA 4JHOA 3WNLA 3THCA 3QR3A 2VZOA 2WVUA 4JFTA 4U33A 2J77A 1WB0A 3VGFA 4HOWA 4AD0A 5DT5A 4HU8A 1OD8A 4X0NA 1JZ6A 5DEZA 3TA9A 2G4FA 1E9LA 2Y4SA 3IAQA 1PIGA 4BA0A 5E6ZA 3APGA 2WYSA 3QOKA 1K9EA 1PPIA 4UFJA 4TUFA 1WNOA 1ODZA 4UCFA 4RL3A 5D9MA 3RDKA 5HPCA 4PMOA 4H8VA 1E1FA 1MQRA 3WH8A 4PUDA 1JF5A 1LL7A 2UY5A 3QOMA 1E6XM 1OD0A 4PCTA 3CIVA 5DF0A 2PWDA 2ZUMA 3VNZA 1K9FA 1UD2A 4M82A 4F9JA 5AYBA 1UWRA 1J18A 3RIKA 2V3FA 3NUKA 2J7DA 1F4HA 1C90A 3ZOAA 5E0FA 2ZIDA 3T0DA 1VF8A 1EO5A 4W86A 3OBAA 3N15A 4CN6A 4H41A 4AZ7A 1KGXA 4U3AA 2VR5A 1R7AA 1UQZA 1NP0A 4W7UA 1GNXA 3M07A 4MAZA 3O2LA 4KRUA 2YBUA 1WDQA 3AMCA 1UR4A 4FLQA 1ZS2A 5HDRA 3W29A 4CD4A 3GNPA 1IZJA 1DWFM 2WZHA 1UD6A 1JNEA 3B8SA 2BXZA 2D24A 3QHOA 4JKLA 1JIBA 1ISVA 2EPKX 4M29A 2XIBA 3ZSSA 4HMEA 3CHCA 1Q4NX 1TG7A 5BXPA 4KMQA 4W87A 4UOZA 4QFUA 3AHXA 2OYKA 1ISWA 3A47A 1QHPA 3KWXA 4HU0A 3MV01 3WNPA 4E8DA 1MW3A 3PZ9A 2CNCA 1B3XA 5A6JA 2CERA 1CXHA 1NOWA 1W9DM 2D0FA 1FH7A 1GOIA 2W4XA 1ZBVA 3MUIA 3SCQA 2A3EA 3NSXA 1DWJM 2XM2A 4JL1A 1CZ1A 2WMKA 4WLCA 1QI0A 3FNDA 2W61A 4ATWA 4EANA 1GONA 1UR0A 1JI2A 1QI4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NDZ A;  3AZS A;  3D5H A;  2WKG A;  5A8M A;  4YN5 A;  5A69 A;  4NRR A;  3GH4 A;  1RPK A;  2BHY A;  3WQ8 A;  3SCR A;  1UR2 A;  3I3B A;  3AFB A;  1ZB5 A;  1JG9 A;  1TVN A;  1PJ9 A;  1WCG A;  1C7S A;  1DED A;  1J01 A;  3W38 A;  5A2B A;  1E3Z A;  2GK1 A;  1BF2 A;  2X2Y A;  3BAY A;  1A47 A;  2WMH A;  3MAN A;  1HN1 A;  3PZN A;  1NWU A;  2WHM A;  4QLL A;  4MB4 A;  2JF6 A;  1NAR A;  1EQP A;  4WKH A;  4HA3 A;  3ARS A;  3PZM A;  4UQB A;  2OLH A;  1JYV A;  2WVV B;  2WHJ A;  2WVS A;  2WLZ A;  1W3H A;  2WC7 A;  3SUV A;  4B16 A;  1HJS A;  3N17 A;  1J0Z A;  1PX4 A;  2ZXA A;  1W1T A;  1PEZ A;  1VFM A;  2X05 A;  3ZST A;  1UWS A;  4N0R A;  2AMG A;  3ALG A;  3EBV A;  2ESC A;  4J3S A;  4DWS B;  2ZUU A;  2Z1S A;  1D2K A;  4UZS A;  1TE1 A;  3THD A;  1FH8 A;  2C8N A;  3SUT A;  3ZJ6 A;  1V0M A;  3FN9 A;  4QAW A;  3G6L A;  1C8Q A;  2W66 A;  4ACZ B;  2CBI A;  1Q6C A;  3WD4 A;  2BY1 A;  4R27 A;  3ZIZ A;  1XD0 A;  3IK2 A;  1LG1 A;  1E4I A;  4AZG A;  4BQ3 A;  2EJ1 A;  3IAP A;  4YHG A;  4M56 A;  1C92 A;  4JFV A;  3GH7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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