1BYB | Genus

Total Genus 175

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	175
sequence length	490
structure length	490
Chain Sequence	SNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLFQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPRIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNAKPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Crystal structures of soybean beta-amylase reacted with beta-maltose and maltal: active site components and their apparent roles in catalysis. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase(o-glycosyl)
source organism	Glycine max
molecule keywords	BETA-AMYLASE
total genus	175
structure length	490
sequence length	490
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	1994-01-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1bybA00

3WDHA 1B0IA 3CMGA 1BG9A 2VUYA 3QHMA 3UG5A 3GBDA 2O9PA 3J7HA 3VD5A 2WZIA 1M04A 1S46A 3WN6A 1AVAA 2ESCA 1ECEA 1XH0A 2WPGA 5D8ZA 3RJXA 4B3KA 5A8OA 3WF3A 1E4IA 3GXDA 3WL0A 3APGA 2DH3A 2V3DA 4P8UA 4D6JA 3F4VA 2PB1A 1JDDA 1HN1A 1K9EA 4W7VA 1ZJAA 1ZBWA 3AS3A 1SMAA 1C91A 1E4NA 2ZX5A 1OD0A 1UHVA 5D4YA 3WH8A 4BZYA 1BTCA 1NOUA 3CZEA 2DSVA 1TMQA 3CZJA 4GZJA 3W4RA 4D1IA 1KR0A 2YL6A 1C8YA 3FAWA 1E0XA 5ABHA 1E6RA 2WHKA 2JF7A 2V3EA 3AOFA 4LYPA 3VIOA 4AWEA 2QMKA 1FH8A 2JIEA 2ZUUA 2YLAA 7A3HA 2ZWZA 3U57A 4PTVA 3S6TA 4MNMA 4DM1A 1DTUA 5HDRA 2VQTA 1OD8A 4GQQA 1E4LA 3WD3A 3SUSA 3TA9A 2V38A 1CGTA 4D6HA 1BG4A 3SIMA 3VGHA 2WSKA 2VZSA 2XSBA 3T2QA 3ALGA 2D22A 4NRRA 5BXRA 1CGXA 1V0MA 3UETA 2E9BA 2BHUA 4H2CA 3A6OA 2GJRA 1WAWA 1RPKA 3NSNA 1QNSA 2OSWA 1V0NA 2X1IA 3VGFA 3ZT7A 1QI0A 1V02A 1W32A 4V2XA 3I3BA 4GI8A 3L4TA 1ZBCA 3T0AA 3PHAA 2EPKX 2XWDA 2WVUA 1B31A 3FW6A 3WQ6A 1H09A 4W85A 3A3HA 3N04A 1UZ1A 2WMJA 4S3KA 6A3HA 1BHGA 1UD3A 5CSUA 4PN2A 1ITXA 2X05A 3W25A 2E8ZA 1UKOA 3WNPA 4QLLA 1WO2A 4B9YA 4M29A 5D9NA 1KXVA 2C7FA 1WE5A 4GI6A 3BAWA 3WD0A 3OLDA 3CUGA 1FOBA 4YPJA 5AY7A 1E9LA 1HNYA 3ARVA 1W9PA 1G0CA 4IUGA 1W9UA 4MDOA 2D1ZA 3MV01 3RM4A 4P7OA 3RILA 1H11A 2E8YA 2WBGA 1ISXA 1UG6A 2ZX7A 2GJPA 1E56A 4KRUA 3PZMA 3MMUA 3WBEA 3WH7A 1OGSA 2J62A 4J28A 4UFJA 4GXPA 1JZ3A 2QPSA 5ECUA 2YIHA 3CO4A 1CLXA 3L4YA 2PF0A 4W86A 1CLVA 2BVYA 1UKTA 2D0HA 1QBBA 1E1EA 1WDSA 2Z1KA 4UOZA 1A47A 1E55A 2BV9A 4HOWA 4JAWA 3N17A 5FL1A 1CBGA 1QI4A 4OIFA 3VGBA 1BFNA 1AQMA 1H1NA 2F2HA 1UUQA 3PZUA 1RH9A 3BSGA 2G3MA 2IUZA 2WHJA 3WD4A 3WH5A 1GOIA 3MV11 1OB0A 2GFTA 4FMVA 1GZJA 3VO0A 2VX6A 3AZTA 5CPTA 2CBUA 3CUHA 4N42A 4Z2JA 1PX3A 2VZVA 2G3IA 3GDBA 2E9LA 4PCTA 5A95A 3LMYA 4OBRA 1BVZA 1ISVA 4H41A 1QNOA 5IFTA 2V5CA 1E6SM 1SMDA 4D6GA 3WY1A 5CZKA 3SCQA 4W7UA 1AQHA 1Q4NX 2J7HA 3IAPA 1XGZA 3NDZA 5HPCA 3VIIA 3U5YA 1UA7A 2BXZA 4CU6A 1KCLA 1E0WA 3MKKA 4MAZA 1OGGA 3GZAA 1XD0A 3WUEA 1VF8A 3BC9A 4GPNA 2C8NA 3WDJA 1GVIA 3W29A 2VR5A 1GQIA 3GM8A 5JBDA 1JNEA 3A4XA 1MFUA 1QOXA 2BY0A 2BHYA 2OLHA 5GNZA 5C8BB 3N12A 4D71A 2D3NA 3CIVA 2A3CA 5KZ6A 1DWJM 3VIMA 4CD5A 4MJ4A 4R27A 3PN8A 2CESA 3M07A 1V6YA 4CN6A 5GQBA 5BCAA 4ZENA 1E72M 2B31A 2XVLA 5LA1A 3FY1A 3VDAA 3WH9A 3UCQA 1VEMA 2A3BA 4FLOA 3WMSA 4LQ1A 1X1NA 4QLKA 1B90A 1QHPA 5BYWA 1BYCA 2WMHA 1HX0A 4W84A 2XM1A 3W38A 3EDEA 3NIYA 3AFBA 1ODUA 4J27A 1UZ4A 5A6SA 1TVPA 2CBIA 4HP5A 4AZGA 2PWFA 3UG4A 4JL1A 1XCWA 3A4WA 2CXGA 4HPGA 1X6LA 4UOQA 4TVCA 3T2PA 4ZEPA 2ZICA 4UR9A 4JFTA 1BYAA 2CITA 3WSUA 1GOMA 1C8XA 3M6DA 4AY1A 4J3SA 3WNMA 2Z1SA 3DYMA 1A3HA 1UH3A 3VINA 5DT7A 1B3YA 4V27A 3LPFA 4D72A 4RE3A 3IJ8A 4QCFA 4UCFA 2ZUNA 4HZ8A 3ARYA 3WDIA 3WDPP 3SCOA 4PSPA 3QOKA 2WSPA 3VVGA 4AD3A 1J0JA 4HMEA 3ARUA 4Q7NA 3SCPA 1JI2A 1GORA 2XYLA 3EBVA 1J0HA 1UWSA 5HXMA 2W62A 2YA1A 4WLCA 1BAGA 3W37A 5I3DA 1B2YA 1KXQA 2DT1A 4P8XA 4F9DA 2J25A 2YA2A 3T0DA 4HU8A 3WDQA 1US2A 3S2CA 1HVXA 4WF7A 1V6UA 3OIHA 2VT0A 4JCMA 2CBJA 2FH8A 1WPCA 3EMZA 2NW0A 3HU7A 4ATDA 1Q6CA 4PMQA 5AYBA 4DUVA 2V3GA 5CLWA 2DT2A 1JI1A 3RO8A 4J3TA 3FN9A 3NYDA 4BQ2A 5JUVA 4AEEA 1LJYA 5AC4A 1HL9A 1HP5A 3OB8A 1W9XA 2FGLA 3BCFA 1LG2A 1UH2A 3AI0A 3KL5A 1K6AA 4MNLA 5E6ZA 4RE2A 3B9AA 1KBKA 3CTTA 5CGTA 8CGTA 1JFXA 4WKFA 5IXEA 1PEZA 4P7NA 4MADA 4J3WA 4GQRA 5IHRA 1CGUA 3M46A 3TTQA 3GXIA 4A4AA 4UFLA 1ISWA 2EQDA 2DSUA 4OUEA 5IDIA 1PIFA 2HVMA 4B15A 4LGXA 4BS0A 4W8BA 3U5UA 1K9TA 1JZ5A 3WUBA 3VD7A 2E40A 1WDRA 3PTQA 2PWEA 3VNZA 1HJXA 1GHRA 1KCKA 3GH7A 1AMYA 1CZ1A 1J18A 5CPSA 1GOWA 4URIA 4XUYA 5ABFB 4MNJA 4B9ZA 3II1A 3VOCA 1EDQA 3TOPA 4PMYA 5I79A 2DT3A 2ZUWA 1W3HA 1MQQA 4UZUA 4PBGA 1W1TA 1PX8A 4GO8A 1DWFM 1HJVA 3AJ7A 1PAMA 1OIMA 2CIPA 3GBEA 1FA2A 1E43A 4MB1A 1EOKA 1VFOA 3WQ4A 5A69A 3SCVA 5ABFA 1I1XA 1HKIA 3POHA 2YJQA 1VENA 1JL8A 3AXHA 3SCUA 3B9DA 1OM0A 4U5IA 1KGWA 2VMFA 1MQPA 5CG0A 1TR1A 2YL8A 2X8RA 3EYPA 3MSDA 2GSJA 2YL5A 4L4OA 2VL4A 3ZJ8A 5A6BD 4UFMA 3VUPA 1JDAA 1V6XA 4AZBA 3AHYA 1OT2A 1RP9A 1JD9A 3POCA 2DSKA 3WQVA 1D7FA 4UFKA 3SUTA 3RDKA 4V28A 4U3AA 2XIIA 1DWGM 1QVBA 5CGMA 1ZBVA 4PUEA 1WP6A 3WNOA 3AIBA 3G6LA 1VEOA 1PX4A 4U5KA 1SR0A 4PMXA 2VOTA 5LA2A 1E3ZA 1OWQA 1UOKA 1VFFA 2VZTA 3ZOAA 1XRVA 1F4HA 4ATWA 5A6LA 1UWIA 3K46A 1C8QA 4AD0A 2YOCA 3AYSA 2EPOA 2J77A 1FP9A 1QHOA 2PWDA 1E1FA 1UR1A 3ZT5A 3PTMA 4Z2IA 4ZFMA 1W2PA 1C3FA 1CNVA 1JNDA 1QNRA 4NZCA 3A47A 1TUXA 2A3AA 2PI6A 1W1VA 2Y24A 3SCRA 2WZEA 3KE0A 1OSEA 4UFIA 3W53A 3BAKA 1K9DA 1V03A 3EDDA 2XM2A 1UR0A 2WC4A 3AMLA 1UWTA 3T09A 2WK2A 1H3GA 2J7GA 3WNKA 4IM4A 4HA4A 5DEZA 2GDUA 4JFVA 1GOKA 4CU8A 2W61A 2BVTA 2UY4A 3ZQ9A 5BXTA 3ZMRA 4F8XA 1KR1A 3SCWA 1EHAA 3QHOA 4CVWA 1NOWA 2YA0A 1RD6A 4F79A 1DHKA 3WQ8A 1B9ZA 3WMBA 1NQ6A 2XG9A 4HMDA 4W8AA 2F61A 3BMVA 4LYRA 4A3YA 1XV8A 3K4AA 5DO8A 2DIJA 1IT0A 2UWFA 3AXXA 1TVNA 1LF1A 1W3JA 1EH9A 2QV4A 1E3XA 3MUIA 1R7OA 1HJUA 2O9OA 1M01A 1QI2A 4WSKA 3NJ3A 4PMOA 3VM5A 2X2YA 4TTUA 3BMWA 2DGAA 1JG9A 4QLJA 2J4GA 5E09A 2JF6A 1XYZA 1J10A 1V0LA 4HZ6A 1WNOA 1HJQA 5FCZA 4JHZA 1KWKA 3ZJ7A 2D23A 4DWSB 1TA3B 1US3A 3VIFA 1U30A 1E6ZA 3AIVA 1E5JA 3DYPA 4PMVA 4LYQA 4Z2HA 4XV0A 1SFSA 1QW8A 2WM0A 1GW1A 3CZLA 5DT5A 1I75A 2JFEX 4PTMA 1EA9C 1RP8A 3ARSA 1WZMA 4DWSA 1TA3A 1EQCA 8A3HA 3UG3A 2A3EA 3SUVA 1JD7A 1F4AA 4D6IA 1QPKA 2G3NA 5A8QA 2BXYA 2PC8A 3PZQA 4UFHA 3BAJA 4ZXLA 4H8VA 1JYWA 1ITCA 4ZXOA 1MXGA 3RCNA 3RPMA 5M17A 3HJEA 4WJXA 4C7FA 2O92A 4W88A 3THCA 1V0KA 3VIJA 5CXPA 3CHCA 2ZXDA 3EMCA 1BGAA 3AROA 4FLSA 3IJ7A 2DIEA 4JFWA 1KQZA 5I24A 3AMCA 4W89A 2WAGA 1U33A 3UERA 1B3ZA 5LYRA 2FHFA 1CTNA 4PTWA 4U2YA 3I3EA 4Z2LA 4P7RA 1CXLA 2W66A 3SUWA 4E2OA 4P7QA 1J9YA 1V3JA 2XGIA 3GH5A 3VGEA 2JEQA 1HT6A 4B3LA 3QR3A 3K4DA 1E6NA 1UQZA 3AHVA 2JALA 3VIGA 1WDPA 2EPMX 1J01A 3OZPA 4U33A 4J3UA 4W93A 2ZUSA 1MW3A 1GQKA 2VNCA 4JL2A 3WNNA 2DH2A 3OG2A 1W9DM 1SYTA 1HJSA 2E4TA 3W6LA 4JHOA 5HOSA 1GCYA 1V6VA 2W67A 1J0IA 2OYKA 4TOQA 3CZKA 5A2AA 4YHEA 2XVGA 2E0PA 1J12A 1H41A 3F5LA 1Q6EA 1NH6A 3ZR6A 1JZ2A 4MJ2A 1J0ZA 2WNWA 4Y7EA 1NWSA 2XVNA 1FH9A 4EE9A 2WWDA 1VJZA 1EDTA 2GVYA 1KFWA 3ARXA 4W8LA 1H0IA 3WEOA 4D6EA 1K9FA 3WF2A 1BQCA 4WKHA 5EFFA 2OWWA 2QLYA 1VRXA 2CPUA 3L4VA 2XVKA 2VZUA 3W27A 1LG1A 2CEQA 1G94A 2FDMA 2ZUVA 3L4XA 4KWUA 3VX0A 3B8SA 4QDMA 2UY2A 4CCDA 3VNYA 2W5FA 1WCGA 3NDYA 1DWAM 4K68A 2CHNA 3TONA 4CGTA 1GNXA 4ACYA 2J74A 1Q6FA 4NI3A 1VEPA 1W9VA 2W4XA 4RE4A 5FKYA 2BVDA 1HIZA 2OWCA 4E8CA 2YDRA 1E15A 5DMYA 1PPIA 2J8GA 2VCAA 4AEFA 2D0GA 3UR8A 1W1PA 4TTGA 3OLIA 1LL4A 3THDA 3ARPA 1W2VA 2G41A 5A6BA 3AIQA 3MUY1 3IANA 1FFQA 2VC9A 3MU7A 1LQ0A 2VJXA 4NRSA 1Q6DA 5D9OA 4J7RA 1Y7VA 7TAAA 1KXTA 1V6WA 3PZNA 3BH4A 4W5ZA 2GUYA 1V3IA 4DWSD 1UWRA 1QBAA 4F66A 4PMNA 3W6MA 3HMCA 3K8MA 3LPOA 4PMDA 3L2LA 2EPLX 2WVVB 2JEPA 1E0VA 2XGBA 1Z32X 4PSRA 2PBGA 4IISA 2BHZA 5D8WA 3ZJ6A 3WQWA 1VIWA 2VTFA 3OLGA 4E4PA 4ZE4A 4P8VA 5I2UA 1QNQA 3W81A 1VFUA 3SEPA 2O9RA 4Z2KA 2J7BA 1G1YA 3MSGA 1UD6A 4RL3A 2WVVA 4AW7A 2VI0A 1HXJA 2BNJA 1XH2A 1XH1A 1R85A 3MUZ1 4P8WA 4GKLA 3VPLA 4X9YA 5A94A 1H0GA 1JXKA 1JZ8A 4AZ5A 1B3XA 3NSMA 2J7CA 1TCMA 3UR7A 4CVUA 2XVPA 1W9BM 4CD8A 3WIJA 1JYVA 3OA5A 4CU7A 2V3FA 4E8DA 1KQYA 4CKQA 3ECQA 3GXFA 5A8PA 1C7TA 4KRTA 3DC0A 3PZVA 2ZXAA 3VTRA 2D20A 5DF0A 3E1F1 1NWRA 3WF1A 2E3ZA 4R5EA 4GZIA 3EDKA 5I23A 4U3CA 4UQ9A 3WEZA 1CXEA 2WKGA 3AXIA 2ZUTA 3DECA 5D9MA 3QOMA 4D6CA 2VX5A 2VVSA 1ZU8A 2GDVA 4OOZA 1OIFA 4BQ3A 2WW5A 4WIWA 1JYNA 3JUGA 1EXPA 2J7EA 1OCQA 4AZ6A 1WKYA 1ZB5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1ISZ A;  3G6M A;  5I77 A;  1VBU A;  4JKL A;  1UQY A;  4X0V A;  2YL9 A;  3AZS A;  3OGR A;  1E73 M;  3N18 A;  1NAR A;  3NCO A;  1H4P A;  4QFU A;  1UD8 A;  4YHG A;  5BRO A;  4AIE A;  3PZG A;  3WKZ A;  5M03 A;  2YBT A;  2DDX A;  3WEN A;  1I1W A;  4GI9 A;  5I78 A;  1PBG A;  3T08 A;  4C7D A;  5LA0 A;  2VR4 A;  3UES A;  3IAQ A;  1E4M M;  4KGL A;  4HTY A;  4UQE A;  2CHO A;  4XB3 A;  3PZ9 A;  4MPK A;  1P6W A;  4AD4 A;  3VMP A;  4HA1 A;  1M53 A;  3D5H A;  3N9K A;  2XHY A;  5EB8 A;  1GON A;  4UZS A;  1J11 A;  5IHS A;  1W1Y A;  3EDJ A;  1UD5 A;  5GPR A;  3RJY A;  1Q6G A;  3AHZ A;  1KXH A;  4H8H A;  4Z2G A;  2J79 A;  1MW1 A;  4GO9 A;  2HIS A;  1X6N A;  3CHF A;  4M81 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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