1BYC | Genus

Total Genus 180

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	180
sequence length	490
structure length	490
Chain Sequence	SNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLFQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPRIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNAKPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Crystal structures of soybean beta-amylase reacted with beta-maltose and maltal: active site components and their apparent roles in catalysis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-AMYLASE
molecule tags	Hydrolase(o-glycosyl)
source organism	Glycine max
total genus	180
structure length	490
sequence length	490
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	1994-01-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1bycA00

3WL0A 4E2OA 1HKMA 3CZLA 2WVUA 3K46A 1J11A 4RE2A 2GK1B 3BMVA 2JEPA 2VRJA 4CGTA 1CENA 2F61A 3VGEA 1Q6EA 1UR1A 4PTWA 5JBEA 1BGGA 5JIWA 2WVTA 3PZQA 1EGZA 3W37A 4NI3A 1W1VA 2E4TA 5ABEA 2EBNA 2RGLA 4ATLA 1QNRA 2PF0A 4PYSA 4D1IA 1ZJAA 4H7VA 1UR8A 1NOWA 1E0VA 1E6PA 5LYRA 2DT3A 2VO5A 5D9PA 4HOZA 1W3HA 2V3FA 1VRXA 4QLJA 3K8LA 1ZU8A 3U57A 1GW1A 1FHDA 5A8OA 1GJWA 1N82A 1Z32X 2OWCA 1IV8A 1BQCA 2QLYA 4BA0A 4UFLA 4ACZA 1TVNA 1FA2A 3I3EA 3ZOAA 3KL3A 4CU6A 1C7TA 3UCQA 1EQPA 2BHZA 4H04A 5HPOA 4M81A 2O9PA 3AICA 2VCAA 4V2XA 4JL1A 1UD3A 1CXFA 3WUEA 4M82A 4LGXA 4KRUA 3THDA 2FH8A 3WEZA 4OUEA 2E0PA 1E55A 2G3JA 2WHJA 4OBSA 4AY1A 3PZNA 1GQJA 1EHNA 2JIEA 2RGMA 2VZTA 1EDTA 3WD2A 4GO9A 3GDBA 5I6SA 4GIAA 1EH9A 3AQUA 4P8VA 1E4IA 2CESA 3EMZA 3MUY1 2ZE0A 4AZ6A 4E4PA 5BRPA 1V6VA 5BCAA 2ZUNA 3OLIA 3AMLA 3VD9A 2WAGA 4EE9A 3RM9A 4PMXA 2YA1A 3FAWA 1D2KA 4UQEA 8A3HA 4LX4A 2JFEX 1PIFA 2WM0A 4F79A 1QW8A 2XVGA 2WK2A 5DMYA 4MNLA 4UQDA 4BQ4A 6TAAA 3NCOA 2VUYA 3SUUA 3W27A 1OB0A 4CN4A 4ML4A 3SCSA 4D71A 1F4HA 3SCVA 5CQ1A 1JIBA 4AMCA 1XD1A 3CHDA 2JF7A 3DYPA 5JUVA 3VD7A 3WFZA 1G9HA 1E43A 1ZJBA 2WC7A 4F9DA 4RE4A 2MANA 4M24A 1KGUA 2OSXA 1CIUA 3VIPA 1EXPA 2DSKA 2WZHA 1GORA 3CUHA 3L4YA 5GNYA 1H41A 1UR9A 4Q7NA 1GOIA 4ZXLA 5I77A 3QGVA 1JF5A 4CD6A 1XD0A 3VVGA 2ZICA 5GPRA 3AXIA 3W38A 4OBRA 2JALA 2CBVA 1UA3A 2EPOA 4LXFA 1J0KA 3ZJ7A 1JG9A 2VC9A 2WBKA 1HJXA 3ZJ8A 4AZCB 2G4FA 4JIEA 1DWJM 1NARA 3WQ6A 5BXRA 3HMCA 3WQ8A 4QP0A 5ABFB 4HA1A 3VX0A 3SUWA 2DSWA 3VINA 1CTNA 1V0KA 3CUJA 4DWSA 1V0NA 4ZENA 3ZM8A 3N17A 4W84A 1E70M 1TE1A 4JKMA 3WQWA 4D6FA 3GH4A 2D3NA 1AQHA 4E8CA 5ECUA 3T08A 3L4WA 2E40A 5D4YA 3NUKA 1ZBVA 1FH9A 5CG0A 1QI2A 1ZBCA 4JZ5A 2XGBA 1E1EA 2WYSA 4AIEA 3AMGA 3VDCA 4X0NA 5C71A 4OKDA 5F7UA 3PHAA 4AD1A 1VEMA 1GUVA 1B90A 4UFJA 3VMOA 3AS0A 5C8BB 2VOTA 2VVSA 3KL0A 3OIHA 4PMZA 3ZR6A 1WO2A 4KGJA 4UCFA 1FP8A 5BROA 4HMDA 3KL5A 3L4UA 4D6CA 2PWGA 1C8XA 1WE5A 5I79A 4HZ8A 3GTNA 3VGHA 1E3XA 3QOKA 3FAXA 3ZQ9A 1D7FA 2DT0A 2GSJA 3BAJA 1PX4A 4FF5A 7A3HA 1BF2A 2Y5EA 1HJUA 1CNVA 3ALGA 2D1ZA 2VVNA 2J74A 1J10A 1JZ4A 4JFVA 4HZ6A 2GVYA 1WB0A 3SCQA 1OSEA 1UOKA 3D3AA 2YL8A 4MNKA 2D22A 1J01A 1UD2A 3WDRA 2J79A 4DUXA 2JIWA 1O7AA 1JFHA 1KBKA 3VMNA 3MKKA 4MB4A 4OOZA 4QCEA 1H11A 3OZPA 5M03A 4BQ3A 5AYBA 4Z2KA 1MWOA 3CMJA 4AZ7A 3CZGA 4PSRA 2UY3A 2XM2A 1C8YA 3EDFA 4WJXA 4U5KA 5E9AA 2VRQA 1K6AA 2CHOA 1DWFM 1JD7A 4W93A 2WC3A 1UYQA 5CGMA 3AXXA 3M6DA 3WNPA 4BCEA 2X0YA 2XIBA 3A4XA 2J8FA 5HXMA 1PX3A 5FCZA 1TFVA 1XYFA 1FH7A 4AEFA 2WNWA 5IDIA 1E40A 2O9TA 4AXNA 5BYWA 1B3VA 3BLKA 1W9VA 3GYCA 4TVDA 1JNEA 1KXHA 3AFBA 3PZTA 1H09A 3ZJKA 2CERA 1BYBA 2DQXA 4UOQA 3AI0A 1KGXA 3VIMA 1W9PA 5E0CA 5AY7A 1C7SA 5I78A 1RP8A 2F8QA 4EAMA 3KWXA 2V38A 3I3DA 3F5LA 3B8SA 1LQ0A 1HVQA 3EDJA 4UFKA 1UWRA 2ZUUA 3ARPA 5GNZA 3T2PA 3AIWA 2J25A 2V5DA 3TTQA 1AVAA 3CH9A 5A6JA 4JKKA 3LPFA 1Q6CA 1XGZA 2WMJA 3ARXA 1LWHA 5I3DA 3OGVA 1BLIA 1NWSA 4U3AA 4AD2A 1L0PA 3WMBA 3NYDA 4DUWA 3CHEA 4DM1A 1W3KA 3SCRA 4J3UA 2BVYA 3OZOA 3VD3A 3ARYA 1GPFA 1BVNP 3VTRA 1C92A 3W25A 1RH9A 5I23A 1LF1A 2ZWZA 5CPTA 1H5VA 2XSAA 3AIBA 3WH8A 2J78A 3SCPA 3BC9A 2ZUTA 1ISZA 4UZSA 1X6LA 3A4AA 4J3VA 1QI3A 5E0FA 4QFUA 1GZJA 4MAZA 1A47A 4MADA 5A6BA 2J7EA 3ZO9A 1F4AA 4JKLA 1IT0A 1E6QM 1UR0A 1GQLA 1BHGA 1UKTA 2ZUSA 2VX4A 1FHLA 1TA3B 3WUGA 2BXZA 2WZIA 3SCWA 5A6SA 1UKSA 4X0VA 4D6JA 2EPKX 4A3YA 1EIBA 1PX8A 5BXSA 2WZEA 3NSMA 4IM4A 2XG9A 2X8RA 4B16A 4KWUA 5D9OA 2V3DA 1E4MM 1CPUA 3RDKA 4HA3A 1ZBWA 1JYXA 1DP0A 2GJXB 5EBAA 5A6KA 4E8DA 1OT1A 4TOQA 2PBOA 4QCFA 1XH1A 2J7DA 4J3WA 4AZ5A 3W53A 1J12A 3WBEA 2UY5A 3TP4A 4UNIA 1VBRA 3LPOA 1MYRA 1SR0A 4NRRA 1OD8A 2VR5A 4UQCA 1XH2A 3UETA 5A8NA 3DHPA 4AZHA 3OB8A 3N04A 5M3WA 1V3IA 5FOOA 4D6GA 1BFNA 1KR0A 4M80A 2YBTA 2ZXAA 1WDQA 1J0ZA 2BY3A 3KZSA 1NM9A 3O2LA 3ZMRA 4URIA 1MQPA 1CECA 1UH3A 2BVDA 1E73M 4FLQA 4MDPA 4KGLA 1WZKA 1H0GA 2CBJA 2VURA 1NOFA 3K4DA 1E71M 4ATWA 1HN1A 3AIEA 2XVNA 4OZOA 4C7FA 1V6YA 1AQMA 3UR7A 5C70A 4JHZA 3L4TA 4GZEA 2X1IA 4GINA 1MW3A 1CGYA 3BLPX 3GNOA 3VGDA 2VQUA 2O9OA 1AQ0A 1KQYA 5D9MA 1OIFA 5HNNA 4ACZB 1KXVA 3QHOA 1CGTA 2VTFA 1JF6A 1VAHA 3WNKA 3QHNA 4F66A 3PZ9A 2OWXA 4FLRA 1CLVA 1NOUA 2DPEA 1VEOA 1R85A 5E6ZA 4B9YA 5FL0A 1E6XM 1TZ7A 2Y8KA 5E70A 4CU7A 3QR3A 3RM8A 2ZX9A 1CGUA 1E5JA 1W32A 2D20A 1UKOA 3SEPA 1UQZA 3ZT5A 1E15A 3AROA 1E5NA 4CU8A 3N1AA 1XSKA 2D24A 1VIWA 4W89A 1NH6A 3AJ7A 4UR9A 1ZL1A 1DEDA 1UUQA 4MAVA 4HOXA 1BYDA 2Y2WA 2ESCA 4W5UA 1UWSA 2G3NA 1RD6A 3AYSA 1CXKA 5IHSA 1MVYA 4UQBA 2BFGA 3QHMA 2C0HA 1G5AA 1UD4A 4M8UA 4BZYA 1PJ9A 3DC0A 5A6MA 1BTCA 2WCGA 3VMPA 3CUIA 1CEOA 3CTTA 4LPCA 5IFTA 2EJ1A 1G01A 1V6WA 3WEMA 1GONA 5A2AA 4UFMA 4Z2JA 2J7CA 4TX8A 1M01A 1BSIA 4B3KA 3VIJA 3O6AA 1NWRA 2GJRA 2CBUA 4H8VA 4B9ZA 5I0DA 5LA0A 5BXPA 4EKJA 3WF2A 5E09A 2QPSA 2DT1A 3VM7A 4MPKA 2ZXQA 1W9XA 2BXYA 2YL6A 1I1XA 5I24A 1GHRA 3WEOA 2WC4A 3BAIA 1W9UA 3POHA 4YPJA 3EMCA 4KRTA 1G94A 1TG7A 5M5DA 1HXJA 4W87A 3BH4A 2Y8VA 3AIVA 3AZRA 5D8ZA 3W6LA 3VGGA 4H8UA 4HMEA 2WB5A 1US2A 5KEZA 2QHAA 4CN6A 3MV01 1LL4A 3ZSSA 2C8NA 2QV4A 3ZT6A 2J62A 2VX5A 4DM2A 3GH5A 5LA2A 3VOCA 1WP6A 3II1A 3BSHA 4MB1A 2ZXBA 2AOSA 1VB9A 2E9LA 3W28A 2FHFA 1UH4A 1JZ5A 3WL1A 1C91A 4U33A 4V28A 3G6LA 2YDSA 3CGTA 3OBAA 4NF7A 4WK9A 1E6RA 2VX6A 5D9NA 4XUYA 2XFRA 1UA7A 1MXDA 1MFVA 3APGA 4W8AA 3CUFA 1M7XA 3WQ4A 1PPIA 4C7DA 5FL1A 2Y4SA 4DWSB 1KFWA 2W66A 2YOCA 3SIMA 4PMVA 1ITXA 8CGTA 1VJZA 1WZLA 4TUFA 5A6AA 9CGTA 1OM0A 1L8NA 1QBAA 2YL5A 5BWFA 4MJ4A 3RCNA 1JNDA 3T09A 1MFUA 3MMUA 3L4VA 2WMKA 1WZMA 1EDGA 4J3XA 1GOMA 5DT7A 1KXTA 2J7GA 2WXDM 1OCQA 7TAAA 4HMCA 1DTUA 3RPMA 2W91A 4MNMA 3FY1A 1PIGA 4D6HA 3F4VA 3WN6A 1R7OA 3W24A 2W4XA 3S6TA 5I5RA 2X2YA 4MNJA 4D72A 3UR8A 3NJ3A 5AC5A 1GQKA 1JAKA 1U2YA 3W26A 3VIKA 3AMCA 2W62A 1C3FA 4PMQA 1BVZA 5M17A 4CD4A 3LPGA 3NDZA 3T0DA 4YHEA 3DYMA 3WD1A 4V27A 4AWEA 3N15A 1JL8A 3O9NA 1FOBA 2J75A 1RP9A 1QOXA 3KE0A 2WMGA 4IPLA 2VT0A 1B9ZA 1US3A 1W2PA 4U2ZA 3CHFA 1R8LA 2JE8A 3DHUA 4L4OA 1KCKA 4KMQA 1FH8A 3BSGA 4U3CA 3TOPA 3VM5A 4UOZA 2J47A 4MB5A 3OLGA 2W5FA 1HJSA 4UFHA 2OWWA 3AIUA 1E1FA 2CITA 2EPLX 2VMFA 3CZJA 1VFOA 3AOFA 2VCBA 3RJXA 3WF3A 1I75A 4F9JA 4QLLA 4GI6A 2ZUMA 3PZGA 4W85A 1SFSA 3SUSA 3A47A 3WDQA 4TX6A 1VF8A 1KQZA 1JZ8A 2OLHA 3GXMA 3VIOA 1MW1A 1Q4NX 1QHZA 3ARSA 4PMDA 3ARTA 2ZX8A 1CWYA 1JXKA 2WHLA 3VGBA 3BAYA 3T2QA 1ISWA 1EO5A 1JZ3A 2BY1A 1JI1A 5GNXA 1E0XA 5A6LA 2HVMA 4CCEA 1UWQA 2OYLA 3L2MA 4MJ2A 3MUIA 2V3GA 1E6SM 1J0JA 4WLCA 1ECEA 1K9TA 1QPKA 4GKLA 3PZOA 3IJ9A 4PN2A 4U2YA 1W1PA 2VX7A 3SURA 1HIZA 4OIFA 1PZ2A 3F5KA 5CLWA 2CNCA 4DWSC 1E3ZA 2WANA 4ZE4A 1QW9A 1WDRA 2E8ZA 3U5UA 3L4ZA 4AD5A 1J18A 1H0IA 3VU2A 1MXGA 2B31A 1B31A 3WF1A 4HU0A 1CXLA 4S3KA 2J7HA 3CZ8A 2DGAA 3B9DA 1WDSA 3VGFA 4H41A 4PUEA 1S46A 1UD8A 3OGRA 4U5IA 1LL6A 4WSJA 4NRSA 1LG2A 1KWGA 1V02A 3PZIA 4J28A 4W7WA 2GDVA 2Z1SA 2WVVB 2A3EA 1IZJA 3IJ7A 1Q6FA 3GNPA 4D1JA 1EOMA 1R86A 3CZEA 3AZTA 4GI9A 4GZIA 1ZB5A 5HPCA 2BS9A 1K9EA 2YBUA 5CLTA 3TONA 3E1F1 1W3JA 1UD5A 3SCOA 3WNMA 1GVIA 2O9RA 2VL4A 1LJYA 6A3HA 4AD0A 1C93A 2IXUA 2WHKA 5LA1A 1GOKA 2BVTA 1XCWA 2GUYA 4JFTA 2XM1A 4WSKA 3WDIA 2XSBA 2CBIA 1VJSA 4PRWA 3W6MA 2CEQA 2W63A 3VDBA 3LMYA 2FDMA 1B3WA 1B3XA 1NP0A 1UR4A 5AC4A 2FHBA 1HP4A 5DT5A 5JBFA 1B1YA 1ESWA 2XWEA 1H4PA 3N12A 2BNJA 4M1RA 1V3JA 5A8MA 3AHYA 1R87A 2BHUA 3UG4A 3WH9A 4LQ1A 1J0YA 3TTSA 3U5YA 2WCSA 4FMVA 1E56A 1EA9C 2WVVA 2A3AA 3SCNA 4D6DA 3PZMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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