1C90 | Genus

Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	265
structure length	265
Chain Sequence	KQGPTSVAYVEVNNNSMLNVGKYTLADGGGNAFDVAVIFAANINYDTGTKTAYLHFNENVQRVLDNAVTQIRPLQQQGIKVLLSVLGNHQGAGFANFPSQQAASAFAKQLSDAVAKYGLDGVDFDDQYAEYGNNGTAQPNDSSFVHLVTALRANMPDKIISLYNIGPAASRLSYGGVDVSDKFDYAWNPYYGTWQVPGIALPKAQLSPAAVEIGRTSRSTVADLARRTVDEGYGVYLTYNLDGGDRTADVSAFTRELYGSEAVRT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__35101308486245486__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__35101308486245486__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1C90/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__35101308486245486__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"35101308486245486","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1C90/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__35101308486245486__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfad6dbe346b1957a0b623a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfad6dbe346b1957a0b623a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfad6dbe346b1957a0b623a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfad6dbe346b1957a0b623a/pdb.gz): 1504 ms

reading 265 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

265 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:264});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptomyces plicatus
publication title	Mutations of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H active site residues Assp130 and Glu132: activities and conformations. pubmed rcsb
molecule keywords	ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H
total genus	95
structure length	265
sequence length	265
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.96: Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase.
pdb deposition date	1999-07-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1c90A00

4LYPA 5BXPA 1TVNA 1NWTA 1PZ2A 1OD0A 5I79A 4BQ2A 2IXUA 3T2QA 3VDAA 3ZR5A 3ARTA 2A3HA 1QBAA 2DSZA 4QLJA 2J7GA 3WQ6A 3WD0A 2WMJA 2XPKA 5AYIA 1UZ1A 4FLOA 1B2YA 1E4LA 5A8NA 2JEPA 2J74A 4MB5A 3B9DA 4W8AA 2WZEA 4AZ7A 4UTFA 4M82A 5CGTA 1HP4A 1E6SM 1VFMA 1XSJA 2XIIA 1B31A 1JI1A 3ZT7A 2VVSA 3ZMRA 1QW8A 1CZ1A 1BSIA 3O2LA 2NW0A 3GNOA 4PUDA 1GOOA 2WSPA 3WUBA 5CPSA 2JEQA 3L4VA 2G41A 5A2AA 2E4TA 2VJXA 2O9PA 1CWYA 1W1YA 8CGTA 4UFLA 4BQ5A 1W9BM 1JZ3A 2X0HA 1B30A 4V2XA 1JZ4A 2DH2A 3IK2A 4V28A 3U7BA 4QAWA 1WB0A 5DFAA 2D3NA 2E9LA 4Z2LA 3VIPA 1QPKA 5CXPA 1B3WA 2VT0A 1MW0A 3ZJKA 4CU8A 2E0PA 4AY1A 5F7UA 1WCGA 3WL1A 3AHVA 3N11A 4EAMA 3LMYA 3WD3A 3WUGA 4Z2GA 5D9PA 1VIWA 3VIHA 4UFHA 1GOQA 3SCQA 3VNZA 3NSMA 2QPSA 4NF7A 2RGMA 1XGZA 6A3HA 4E4PA 4IISA 5CQ1A 1R85A 1OM0A 4OOZA 1B3VA 1PZ3A 1NARA 4E2OA 2F2HA 2F8QA 3NIYA 1IZJA 4P7RA 3VX0A 4UQEA 2BY3A 1V6UA 1O6IA 3GXFA 1US3A 4D6JA 1AMYA 4W8BA 4CD4A 1VF8A 2YDSA 2VQUA 3VTRA 3E1F1 4CCCA 3BH4A 1M7XA 1UR0A 1TFVA 2UY2A 4D71A 4GI6A 3AXIA 1LL4A 4M8UA 4AD3A 2V3DA 5IXEA 2WHKA 4OOUA 4AZCB 2XVNA 3POHA 2ZUNA 1WZAA 2XFRA 4WJXA 1KGXA 5I77A 3L4YA 3WDHA 5GPRA 1KQYA 3VIFA 1J11A 4IUGA 2J62A 2EPOA 2V5DA 1HKMA 3VIGA 4PMOA 1CIUA 4J3WA 3TOPA 4OUEA 1QI0A 4ZFMA 1CGXA 4ACZA 2NT1A 4WKHA 1XH2A 1UOKA 1UD8A 3PZMA 1OINA 1Q6FA 5M03A 2WCAA 4LYRA 1UWUA 3AFBA 4HMCA 4HP5A 3SUVA 4D1IA 3AZSA 4GXPA 1XV8A 4N0RA 4B16A 3SIMA 2XSAA 4AD1A 3WN6A 4LGXA 3UCQA 3BAKA 1JG9A 4PCTA 5HPOA 1NOWA 2Q8XA 3M6DA 4XUYA 3CMJA 4CD8A 3AMLA 1CEOA 3FAXA 1B3XA 4LX4A 1J0JA 2XHYA 3GH5A 1XC6A 2EPKX 5C71A 4EE9A 4JFUA 5A8PA 1BTCA 1QVBA 3WNPA 1MXDA 3G6MA 3VD7A 1V6XA 4UOQA 2CNCA 2CHNA 2D0HA 4IPNB 4E8DA 2ZE0A 1OB0A 1J9YA 2E40A 2CITA 1HJSA 5AYBA 3CBWA 2JIEA 4AZGA 2E9BA 5E0FA 4TXEA 3K8MA 3WEMA 4AZHA 3SCUA 1KCLA 2V5CA 4S3KA 4KGJA 1K9FA 4MJ4A 1CENA 1D2KA 1EA9C 1QOXA 4B15A 1E0VA 4U2ZA 5ABFB 1QW9A 4OKDA 1E15A 1HP5A 5BXTA 4ZENA 4FF5A 4JL1A 3W4RA 4KRTA 1IV8A 2V3FA 4X9YA 1OBAA 3OB8A 3WH7A 1JYXA 3WH8A 1PAMA 8A3HA 1RP8A 3IAQA 2PF0A 3WNMA 1MW2A 3BSHA 1EGZA 3AIVA 4AEEA 1WKYA 3VIJA 1QBBA 4ZE5A 3RO8A 1W1PA 3ZT6A 1ZS2A 1E6PA 1E9LA 2DGAA 1CGVA 1HKKA 1VFUA 3WMBA 4QLLA 1ZU8A 1RH9A 4ML4A 1U33A 1OGBA 3IJ7A 5IHSA 3QHMA 2XG9A 4AIUA 1Q6CA 4GQQA 1JXKA 5EMYA 5GQBA 2CBIA 2VR5A 1I75A 4AIOA 5A3HA 2BXYA 1F4HA 2G4FA 1HNYA 1PPIA 1JDAA 1PBGA 5JBDA 4WIWA 3TA9A 2XSBA 3KL5A 1BVZA 1E6NA 2DIEA 1JXJA 1V3IA 4MJ2A 3AXHA 5DMYA 4BZYA 1BPLB 3BMWA 6TAAA 2WMFA 2XIBA 1JDDA 5BXRA 2ZX7A 4TTUA 3PHAA 4FMVA 2GVYA 4Z2JA 3ECQA 3N04A 3WD1A 2DSUA 4W84A 4JKLA 3N15A 3SUUA 3WQ5A 3T0BA 3KZSA 4AZCA 2VURA 2FDMA 3WSUA 1GVYA 3RDKA 2GFTA 2D22A 4AD4A 1CLVA 2YA1A 4U3AA 3MSGA 4C7GA 1G1YA 1XH1A 2J25A 5E9AA 4F79A 1Q6GA 1UD2A 4XB3A 9CGTA 2JF7A 2CETA 2BNJA 4ZEPA 2UWFA 2XFFA 2XVGA 1ISVA 3GXMA 2Z1KA 2J8GA 1CDGA 1UD5A 5I24A 2J7EA 2ZX8A 3WDPP 5CSUA 3BXWA 2ZUUA 2ZXBA 3AIWA 2EJ1A 2G3JA 1UD6A 1V08A 5A8MA 1DHKA 4JFSA 4P7LA 4UFKA 4KGLA 1BVNP 2PWFA 2YLAA 4W5ZA 2YL8A 1VRXA 3W28A 1VEMA 2YBTA 3U57A 1CXFA 4CCDA 1JIBA 5CJ5A 2CEQA 1H5VA 3W24A 2A3CA 5FKYA 4FLQA 2RGLA 1ECEA 1V0KA 1JFHA 4PSRA 4MADA 4CGTA 1XH0A 4P7OA 1WZMA 1VJZA 4WLCA 1VB9A 4UFIA 1YQ2A 3W38A 1FP9A 4D72A 3QHOA 4W7UA 3D3AA 1HJQA 4RE2A 3VMPA 4ZXOA 3SUWA 2BV9A 5LA1A 1JD7A 4UZUA 3EDFA 4GINA 4JZ5A 3LPPA 1K9DA 2FH8A 2YL9A 3TP4A 4PTVA 5ABEA 1W91A 1E4MM 3KWXA 2CBUA 1WO2A 4J3VA 3LPFA 5I3DA 2PBGA 2EPLX 3AHYA 1E71M 4AZIA 1E0XA 4OIFA 2E3ZA 1UKSA 1MVYA 1BG9A 3VUPA 1ITCA 1CXIA 2W63A 3D5HA 3MKKA 1J0YA 1HKJA 3A4AA 3QR3A 5E6YA 2CERA 3UG4A 2VRJA 4PRWA 1UH4A 1TCMA 4U31A 1M03A 3TTYA 3CZKA 2XM1A 4D1JA 4IPLA 3SEPA 1J10A 2IXVA 2CIPA 3AHTA 1C8QA 3O6AA 1Z32X 1EO5A 2DSVA 2J79A 4H41A 3T2PA 2YDRA 1XD0A 1MQQA 4PTWA 1VBRA 3VPLA 1C91A 4R5EA 1HIZA 1LG2A 1W9PA 3M07A 4XZBA 3WNLA 1ZBWA 1ZBVA 1KB3A 4W89A 4D6EA 2FHFA 5D9MA 3KL0A 3S6TA 3ARQA 1OWQA 3GBDA 4M29A 2YA2A 1W32A 4U33A 1GHSA 5IFPA 1TA3B 4PN2A 4CN6A 2WBGA 4Q7NA 4CVUA 3PBGA 4ACYA 3SCSA 1BGAA 2DSWA 4NSBA 3CPUA 5D8ZA 2UY5A 3GDBA 3WY1A 4GO9A 5A6KA 3VGGA 3CZEA 3DYOA 3AYSA 3DC0A 4Z2KA 2D2OA 3BAIA 4JCMA 4KRUA 2VZSA 2OWCA 2FHBA 4E8CA 2YA0A 2C7FA 3PTMA 2WB5A 2WMIB 3CZGA 3PZOA 3OLGA 3ZSTA 2G8ZA 3SCNA 4ATDA 2PWHA 2FGLA 1EH9A 3VIMA 3T2OA 1LL7A 3GH7A 1GORA 1C7SA 2J8FA 1JNDA 1WDQA 3NCOA 2ZOXA 3OZOA 5LA2A 1UKOA 1BFNA 3WQ4A 3AMCA 3WD2A 3II1A 1ODUA 3UEQA 2W4XA 1H3GA 1NM9A 2YL6A 2CESA 4EK7A 2ESCA 2X0YA 1NWRA 2DT2A 3VD4A 2CBJA 2Y8VA 3NYDA 3WF0A 3BLPX 4P7QA 1US2A 3AZTA 1FFRA 4MAVA 1DWIM 3NDYA 4PYSA 1E72M 3WF2A 3MS8A 2DIJA 5DEZA 3MSDA 1ODZA 2VX5A 2QMKA 3L4WA 3FW6A 1MQRA 1JAEA 3MU7A 2CXGA 5CSYA 5D9OA 4BA0A 5JBFA 3KL3A 5I6SA 5A6MA 4HPGA 4MB4A 4QP0A 1KGWA 1UYQA 2QPUA 3KE0A 3MUZ1 4H8UA 5BXSA 4W93A 3WUFA 2D23A 2WVVA 5I0DA 3WELA 3M46A 4H8HA 3F5JA 2WMKA 3L4TA 1HVXA 4JHZA 2WCSA 4NI3A 1BYAA 5BRPA 2XVPA 3EDKA 2G3NA 4OBRA 2WSKA 1CPUA 4GZEA 2WLYA 3N1AA 4DWSD 5IDIA 2VCBA 3J7HA 1E6QM 3IAPA 1OIMA 4C7DA 3SCVA 2Y24A 2W66A 3POCA 1JZ5A 4XZWA 4TX8A 3FHAA 3AHXA 4W7VA 1VJSA 2FH6A 1HJXA 1GUVA 2A3EA 1G0CA 1CTNA 4B3KA 2OLHA 4HPHA 1G5AA 4K68A 3T08A 2GJXB 2A3BA 1KR0A 2VZTA 3L4ZA 2ZX5A 4QDMA 2XWEA 3QGVA 2OSXA 2X05A 4OBSA 2O9RA 2WZIA 3VD3A 1MWOA 3VX1A 1WNOA 1NWUA 2JE8A 1QNOA 1PIGA 3EMZA 1E73M 1QNPA 3RM8A 3VDCA 3WENA 1W9UA 4GQRA 1V6VA 4YN5A 4DWSC 4MNLA 3B9AA 1LLOA 4WF7A 4NRRA 3CZLA 1UD4A 4A4AA 1FOBA 1LJYA 3CMGA 4NZCA 1HN1A 5AC5A 3RCNA 3AS1A 1GQKA 1JZ2A 2J7DA 1UA7A 2VTFA 1CXKA 3WQ8A 1UR8A 3JUGA 4CU7A 3WD4A 3N18A 3TTQA 2GDUA 1R8LA 2DT3A 4MB1A 1VAHA 1OGSA 4CN4A 1GOIA 1W1VA 5DF0A 2QMJA 1UH3A 4HZ7A 1B1YA 3W0KA 2WNWA 1GVIA 2WMIA 2AAAA 4XX6A 4MNJA 2YBUA 1J0HA 1XCXA 4MAZA 1H41A 1KCKA 2OYMA 5AC4A 2O9TA 1OT1A 1V3HA 1UWSA 4H8VA 4J7RA 1M53A 2NSXA 5FCZA 1DEDA 2J78A 4HMDA 3TONA 5E09A 3RPMA 1AQ0A 1XCWA 1JD9A 1QHZA 4DUVA 2WHJA 4J28A 1QNRA 1R7AA 1XYZA 1N82A 3OGSA 3FAWA 2XJ7A 4MNMA 2DSKA 5M17A 1ZBKA 2D3LA 3L4XA 1EXPA 3ARUA 1NP0A 2D24A 1DTUA 3ZR6A 1XSKA 3WH6A 3VGHA 3PZTA 4DWSB 3K4AA 1E3XA 1E43A 1OD8A 2EPNA 4GZJA 4CU6A 4A3HA 2VL4A 2QF8A 4PEEA 3RMEA 3ARXA 1BQCA 2YL5A 4AXNA 2PC8A 3U7VA 1DP0A 4DUWA 1E5NA 3AMDA 2WC4A 1J12A 4B3LA 5D9NA 3N12A 4F8XA 1BHGA 2AOSA 1EIBA 4U3CA 1CGWA 2E8ZA 1VEPA 4AISA 3W37A 3AIUA 3GXIA 1TUXA 3O9NA 4AD0A 2VOTA 4UR9A 4BQ4A 3A4XA 3GNRA 3HN3A 3VD9A 3WF4A 2GK1B 5JBEA 2GJPA 3VOCA 4U5KA 1E1EA 2XUCA 4B9ZA 1HT6A 1V3MA 1V02E 3N13A 3M7SA 1CECA 3OA5A 3A3HA 2VI0A 4P8VA 4P7NA 3EMCA 1TVPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1C90A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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