1D3G | Genus

Total Genus 138

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	138
sequence length	367
structure length	360
Chain Sequence	MATGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5032202076440351__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5032202076440351__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1D3G/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5032202076440351__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5032202076440351","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1D3G/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5032202076440351__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structures of human dihydroorotate dehydrogenase in complex with antiproliferative agents. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
total genus	138
structure length	360
sequence length	367
ec nomenclature	ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date	1999-09-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1d3gA00

3LLFA 4LU0A 1M7OA 1YTDA 3GR8A 4HT3A 4HNVA 2V8ZA 4OQVA 3M5ZA 1I2OA 4FNQA 1PV8A 3W07A 3LXAA 2CLKA 4H3DA 1AW5A 5D2YA 1JUBA 3HG5A 4KFNA 5LNVA 4JIQA 1C29A 1HUVA 1OVDA 2ZCGA 3BW2A 1P0NA 3NQCA 2CLEA 1RQBA 3CIXA 2HTMA 3LB0A 5G5IA 1B57A 3Q58A 3QQ1A 3RMJA 1OK4A 2PURA 4RXFA 3W73A 4RR4A 1UASA 3DU0A 4LVBA 2NXIA 3MUXA 3PF3A 3LTYA 3OEXA 5LNSA 1JUKA 2CWNA 3QW3A 4DQWA 3B8DA 2JKPA 4DXVA 1UB3A 4EF8A 3BG9A 3KVLA 3UPBA 2WKJA 1QR7A 5LHFA 4OHQA 1GVSA 1YTEA 4JIPA 1LDCA 1G4EA 3LDVA 4TU1A 3HGOA 1KM2A 4BWLC 4MUZA 2BSLA 5I3GA 3CU2A 1XUUA 4LWWA 4K39A 5CPOA 1OFAA 5AOUA 5FF0A 2DZTA 1MO0A 1FCUA 2PCQA 4OGZA 5DCDA 3W2MA 3MBFA 4XWUA 4HNNA 3O6CA 1I2RA 3KXQA 1WV2A 3EXSA 2Y88A 4UTWA 1SW3A 1H7PA 4TIMA 1P1XA 2BLEA 3S42A 2LLEA 3NL5A 2RKXA 3MO7A 2BXVA 3L5MA 3M6YA 4M7SA 2X2GA 3W7HA 2DJXA 2QCCA 1FY6A 5KMYA 3DFSA 3THAA 1ALDA 3W88A 2WNQA 1AG1O 1GVOA 5FF7A 3N9SA 1TPUA 3LI0A 3QF0A 3YPIA 3BG5A 2VKZG 1DJNA 1IXOA 1QWGA 5CZSA 3NPUA 3S8HA 4RZ6A 1FDJA 1PVNA 2JKAA 3LCHA 2WSQA 5LGXA 2Z6IA 4KWWA 4UFKA 2FPTA 4E2DA 1I2PA 1TV8A 2Y85A 3PUEA 2VFIA 2VFGA 3FOKA 4HNTA 3L0KA 4FNSA 1M6JA 1SQ7A 2ISWA 3LHYA 2YYTA 4NXKA 4AEOA 1EA0A 4NQ1A 4IMDA 1OHLA 3IGUA 3PBWA 1ZAJA 3LHTA 3BGJA 1TPVA 3RK8A 5HR6A 1H1ZA 2CZ5A 3I7SA 4GUIA 3H55A 2EF9A 3EX2A 3S6DA 1VPXA 1VH7A 2ISVA 1NF0A 3SECA 3ATYA 2E6DA 1X8FA 1VLWA 2Y61A 3WJZA 2Y70A 2ZZ6A 3EX6A 4XTDA 1F6PA 3W3OA 4NXSA 3SFKA 4O8RA 1AL7A 2G97A 4P2VA 5HWNA 3DFQA 4RV8A 2W0UA 3S5NA 3O1NA 1KM0A 5CGQA 4LW7A 1LBFA 1LCOA 1QAPA 3IVUA 3SGZA 4DELA 2R14A 4GUJA 2OT0A 1R46A 1K7EA 2ZTJA 1FWNA 3TW6A 3OG3A 2NWRA 2OMAA 1DL3A 2CLHA 3O6YX 1DOSA 2GOUA 4BF9A 1H7NA 4M19A 1TPC1 1CW2A 4O1BA 5U7SA 3MP3A 4H4IA 4IGHA 2FFCA 4CQ8A 5HR7A 2J24A 3IEBA 1NSJA 2HS6A 4QQ3A 4HIBA 5G2HA 2ZYFA 3C0JA 4NU7A 3LHVA 3NQ8A 4MKNA 3HGSA 3QRHA 4ZL1A 4XKYB 5F4WA 2BZNA 5H91A 2OZ0A 3PSWA 3TX9A 4U4MA 3FJLA 2TPSA 5F4XA 3W7RA 4QAIA 5G1TA 1GEQA 3MMTA 4DBDA 3G1YA 1TPWA 4JTGA 4NJIA 2EKCA 4N6EA 2XFWA 1JCXA 2TSYA 2ZQ0A 4MVAA 1DQWA 2GJLA 3TE9A 4Q33A 2IQTA 3P5ZA 1Q6RA 4AMAA 4WY0F 4OWGA 5CSRA 3BGGA 5EYWA 2QCDB 3W2JA 1OJXA 4FNTA 5DCEA 5CG7A 5BNKA 2YPIA 4Q32A 1EIXA 5G2IA 4X2RA 4O4WA 3LHUA 3W2UA 1SU5A 4LTSA 1GJPA 3G1AA 2FTPA 3B05A 1KM6A 5HMSA 3GXTA 2GJNA 2QCMA 5HNRA 4IXXA 4AWSA 1ZFJA 1WOAA 2GVJA 3UWQA 4AHQA 3DH7A 1FCQA 5LGZA 5D2TA 4AXKA 1KLZA 3DAQA 4S1FA 3W84A 1FBAA 1IXQA 1G69A 5D37A 4UTKA 4IMFA 1JCNA 3BW3A 1L2UA 1ZHAA 2P0OA 3NNTA 3QEZA 4CCEA 3OHIA 4TMBA 3E12A 3SGUA 5DN1A 3CWOX 2WJZA 2YX0A 4I7WA 1GWJA 3INPA 2ZZ7A 2RHGA 1W5MA 4NT0A 1SW7A 2NUWA 5KZMA 1EWDA 2C16A 3G1SA 4Z1BA 3DHFA 5HWMA 1EP3A 3PBYA 1ME7A 4K38A 2QCHA 2NV1A 3BLFA 3GDRA 1XKYA 3P80A 2EHHA 4UTUA 3AJXA 3LOTA 3G22A 3TXZA 3VCRA 1AMKA 1K02A 1TRDA 3UY8A 1EP1A 3P67A 3EX1A 1KFKA 4Y9AA 4O4VA 2Z1BA 1A53A 4JEQA 1VR6A 4LVFA 3HB9A 5KITA 4N9DA 3IIPA 5G4EA 1O5XA 1KM3A 4JTLA 1SFJA 3SY5A 3ZWTA 1F6KA 1J4EA 1EUAA 2E6FA 3PB2A 3ATZA 3IV3A 3TH6A 1SW0A 3LCXA 3W76A 3A24A 1YTKA 1O60A 3LI1A 3TW7A 5AC8A 1QO2A 1BWKA 1PL9A 1TMHA 1FUYA 3KOFA 3P8IA 4NJJA 3L0NA 1EP2A 4Z1CA 1TPDA 4JDYA 3LCFA 3E02A 2ZZ5A 1SO5A 2DZUA 4W9TA 1WBHA 1OX4B 5DCBA 3HQ1A 2QUTA 3B4UA 1JCYA 3O15A 2V82A 3ZR4A 2E5DA 5K4ZA 1M7PA 4HPJA 3STCA 3MP4A 4JX4A 2VFFA 3NZ1A 4MY9A 2RDUA 1VLIA 2Y63A 3STGA 3GB6A 3BO9A 4RZ5A 4DO5A 3OBKA 2ZFAA 1W8SA 1NEYA 4UFMA 3W2LA 1LBLA 3NL3A 3W86A 3SR7A 3LM7A 3H54A 2A6LA 3TMLA 5CSSA 3G18A 3BG3A 4FIQA 2E1DA 4NNBA 3WK3A 3CT7A 3P62A 1GTHA 4UMAA 4AHPA 4PA8A 3ZS4A 2C3ZA 3MJYA 5DELA 2QJIA 4N9CA 5LSMA 3LLDA 3O07A 2ZA1A 3HJZA 1GZGA 4PL1A 1EEPA 2X1UA 1HO1A 2YFOA 5K4XA 4I7UA 4QSHA 3ZWSA 5AHLA 1XC4A 3BLIA 3CB8A 1SO6A 2HMCA 5KZDA 1VS1A 1KM5A 4BFAA 5F4SA 5LNUA 3CPRA 4O12A 3DI0A 3KFTA 1OFDA 3STFA 1H51A 3DFNA 4IOTA 2JBMA 5D32A 3TROA 1AW1A 3VI2A 3T7VA 4HSOA 5D04C 4UTHA 1ME8A 3TXVA 3A22A 3TMQA 2CU0A 3GAKA 4BWLA 3A23A 1QMLA 2C13A 4NUWA 4O19A 5AHEA 2A0NA 2CLIA 5T26A 1FWRA 2YZRA 2TYSA 1H7XA 5I3FA 3HMJG 3E49A 5CZJA 3B03A 3FLUA 4K8EA 5A8GA 3ELFA 2ZRUA 4XTIA 3PBUA 3TSDA 4K8HA 2JKEA 3UXDA 2V81A 4RKAA 3IIZA 2J9YA 5C55A 3QFEA 2WQPA 1NFBA 2QCDA 1O95A 1K7FA 3NOEA 4UFIA 4HPXA 1KFLA 2GVLA 4QM1A 5AHNA 1XUZA 4RK8A 3N34A 1MXSA 3AO0A 2YW3A 1Z41A 2A21A 1NVMA 2H8XA 1MZHA 5D02A 2H6RA 3HBLA 2JGQA 4IMEA 4NNAA 1K03A 2C6QA 2QAPA 3O6DA 3ABRA 1OF8A 1W3TA 2Y7DA 2Y7GA 3GDLA 2C14A 3M5YA 4GRSA 3OIXA 3R8RA 3M9YA 5HJLA 4JTUA 4AF0B 4KKXA 3BPWA 3TFCA 1OYAA 4UNKA 2NXHA 3PUDA 2E5BA 4ZQPA 5C2XA 4YL2A 2QCEA 3N19B 4O11A 3M43A 4O14A 5J5DA 4MJZA 4O0ZA 1H1YA 5EL1A 3NR0A 1SZEA 3S5ZA 3KHJA 2A5HA 1LTDA 1F2JA 1WDWA 2CZDA 1Y0EA 3WK2A 4DO4A 1LOSA 4UC5A 4JTEA 1SZFA 2VFHA 4IX2A 4JXCA 4MFDA 3BARA 1TTQA 5AHFA 1ICQA 2EAWA 5F1UA 3L5AA 1CI1A 1XM3A 4MY1A 2A7RA 5AC7A 3DHDA 1R30A 4LNYA 3GAYA 1TO3A 4PCFA 3GDKA 3KRZA 1RPXA 1ML1A 2Y89A 4I7VA 2Q3RA 4M5PA 5DLCA 3WK1A 5DXXA 4N6FA 3SW6A 4N02A 4G1KA 3IRDA 2CZFA 3MWAA 4RLIA 1L6YA 1VHCA 4AVFA 3W1XA 4UFJA 5KTLA 3TC6A 1RV8A 4DF1A 1I2QA 2GUUA 3W75A 4HHPA 3TAOA 4O50A 4DPQA 4NVTA 1PHWA 3TAKA 3DXIA 5IM51 2F7FA 4O10A 4N4QA 2FQIA 4PL2A 4LS1A 3NQFA 2QCFA 1ICPA 1FCBA 3W1NA 5K3VA 1BWLA 3LTPA 4S2BA 2DZVA 2RDTA 4JTHA 1SZNA 1VJIA 1QNVA 1JVNA 5LNWA 5C54A 1OX4A 3TQ0A 4NJKA 2B4GA 2FIQA 2QDGA 1VZWA 4JD4A 1TYGA 3W1RA 4JYDA 5E93A 1XBZA 1MEHA 1LBMA 4ONVA 2E77A 1TV7A 1QDSA 4NX0A 4N2YA 2EPHA 4UFLA 2A7PA 4LVGA 4MZYA 1SSGA 3EWWA 4I9AA 3SI9A 1YXCA 2ZRXA 1H7OA 5DBUA 3KRUA 3W1MA 1G4PA 1ADOA 1W1ZA 4KFOA 2R91A 2YW4A 4A3UA 2C0AA 3MP5A 3FEMA 3SSJA 3B0VC 3TKFA 5EPDA 1DVJA 2VC6A 5FF3A 2ZA3A 3B04A 4A29A 3I7QA 1OF6A 2CLLA 3C56A 3CEUA 3G3MA 4DEFA 1LRTA 3S5YA 3C2VA 1SR9A 2UV8G 4DO6A 3FFSA 1B4EA 1I2NA 3FKKA 2ZRZA 3LCIA 4PTNA 3G1DA 3EB2A 3WK0A 4ZQOA 1OFRA 4FNRA 5F2GA 2VEKA 3KVMA 5AC6A 4JTIA 2QCNA 4BR1A 4WX2A 5HQEA 4RCXA 3TSBA 2Y7EA 1K8XA 3C2OA 2QEZA 3SJ3A 3I7RA 2WV8A 3O8AA 3VFLA 3NXFA 1F76A 4A21A 3HG3A 3TDFA 5CKSA 1JUEA 4LRTA 4KFPA 5TIMA 1KM1A 5EA9A 5BW6A 4LC8A 3P82A 2X30A 1VCFA 3UWZA 5LZLA 4BK9A 5AYXA 3VE7A 3TU9A 1JRBA 1H61A 3NAVA 2DU2A 3P61A 4R34A 2RH9A 4TO8A 2ATSA 4MYAA 2B7PA 2X1RA 1DBTA 4IX0A 4O52A 3K30A 5F2MA 2NX1A 3JR2A 1X7FA 3GDTA 4O17A 3DENA 3PBVA 2I9EA 4EF9A 1TB3A 2YYUA 3W1AA 3CIWA 1QOPA 2FJKA 1TQJA 4MLJA 2QUUA 5HULA 2WSRA 4Z08A 2P1FA 3NQMA 1F74A 3H53A 3FJ6A 4O53A 1N55A 4CNPA 2ZRVA 5HWJA 2XN2A 2QCLA 3W7EA 3WJWA 3ABOA 3MYPA 4O54A 4A2SA 3G1FA 5H2ZA 3EX3A 1VYRA 4JTTA 5EKYA 3W1QA 1DKWA 3O05A 4ADUA 2CLFA 4LVAA 3W1LA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1D3GA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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