1DQXA

Crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase complexed to 6-hydroxyuridine 5'-phosphate (bmp)
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
267
structure length
267
Chain Sequence
MHKATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFEDRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLSTGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRRCGQQD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Anatomy of a proficient enzyme: the structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase in the presence and absence of a potential transition state analog.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 95
structure length 267
sequence length 267
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2000-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1dqxA00
2HSAA 2JK2A 3BK0A 3TU9A 2AQWA 1F76A 5D33A 4X2RA 3ATYA 1KM0A 1V7YA 1SFJA 3R13A 3M6YA 3HGSA 2B7PA 3PWAA 1SZNA 3NM3A 2B7QA 3EKZA 2OT0A 5LKYA 1A5BA 3FJ6A 1GEQA 3STCA 5A5WA 3LHWA 3W7LA 1M5WA 1WOBA 5L9FA 4FNSA 4IMCA 3LLFA 4BI6A 3EB2A 1AW2A 5LGXA 1P4CA 1HUVA 2V2HA 1NF7A 4DXVA 1K02A 3PULA 4LUJA 1N7KA 2ZFAA 3L68A 5AOUA 1EP3A 4O54A 4XWUA 1WA3A 4CNPA 4ZQCA 4AHQA 4OE7A 2ISVA 4JTTA 5CPMA 1V5XA 4DBEA 3MYPA 3NYZA 2ZRZA 1H1ZA 4I7VA 4Z0JA 1N8FA 4L4LA 5DCDA 3FJLA 1EUAA 4H3DA 3W7RA 3CIWA 4O57A 4EF8A 3MYOA 3LDVA 1OVDA 5D2VA 3W2NA 3ZR4A 3EWYA 2GVLA 3C2OA 3NQ2A 1DJNA 4I7WA 4RZ6A 1JCMP 3KFTA 4IJBA 1KTCA 3THQA 1H50A 1OF6A 3I7SA 4UTUA 3NQGA 3WJSA 3WJWA 4GNJA 2VEIA 4HKPA 1IXPA 3SGUA 2QJHA 1Q6RA 3C8FA 3NQAA 3WK1A 4LC8A 3LLDA 1XUZA 3N9SA 3PG8A 3PG9A 5HR7A 1X6UA 4MOZA 3O15A 1VS1A 3UWUA 3UYCA 1C8VA 4ZVJA 3TV8A 1I2OA 4DPPA 3RLUA 5TBOA 3L21A 1QOPA 3VI2A 2QCHA 4E0CA 3BLFA 1ZY9A 4DO6A 3SZ8A 4GUFA 1HL2A 1R46A 4NZJA 3MBDA 4XBSA 1GVQA 1DQWA 1SW7A 3GAYA 3W7MA 1VYPX 3L9CA 1SZEA 1EA0A 5DCEA 1H51A 4NUWA 4S2CA 5LSMA 3SJ3A 5IBXA 5I3FA 5CZ0A 4MVAA 3MHGA 2VOMA 3FA5A 1JUEA 3W1NA 1RQBA 3P60A 5BMWA 5HMSA 1T0OA 4KKXA 3S1WA 2JGQA 2FQIA 4I9AA 3NG3A 3CU2A 4HT3A 1P0NA 3P8IA 2PRMA 4Z08A 5F4WA 3SGZA 3LXCA 3TW7A 3M5XA 2FIQA 2H8ZA 1H7WA 2CW6A 4MLJA 3UPWA 3FLUA 4DBDA 3CIXA 5LGZA 3DZ1A 3P80A 3TMLA 2YYUA 1KA9F 4HNNA 4O1CA 3NPVA 3PUDA 1XCFA 3PSVA 1ZHAA 3UQNA 4H4IA 4EWND 4MYXA 4FNUA 4N9EA 3NOEA 3SECA 3QJAA 3W87A 2V2CA 2CLMA 2J9XA 4UFJA 3CTLA 1FCBA 2NUXA 4LTSA 4CCEA 3PUEA 1QO2A 2EPHA 4C1LA 1QWGA 3W7IA 5K4XA 3G18A 2R91A 2W0UA 4C1KA 1H1YA 4LVFA 3E12A 4UNLA 1OFBA 1TV7A 3DI1A 3CM4A 3QQ0A 1LYXA 1KM5A 2VFFA 3PB2A 4EIVA 3LXAA 1YPFA 1VCVA 4HN4A 5LNSA 1WXJA 1QPRA 4NNBA 5F2IA 1VYRA 1HFBA 1S5VA 1XBZA 2QCGA 1H61A 3EWZA 5BMXA 2QCNA 2V9DA 3LGEA 4Z1CA 4NJKA 5F1UA 4XUGA 3O16A 2QUVA 1A53A 2YPIA 1WV2A 1OG0A 2NX3A 3W7KA 1KFCA 3IVUA 2NX1A 4K36A 5U4NA 4JEQA 3USBA 5F2GA 3S1UA 3W88A 5U7SA 4RX0A 1B3OA 2Q3OA 2ZZ3A 1EUNA 1SFLA 2NXIA 3NPWA 4BWLA 2CZEA 1KFKA 3T55A 3UWVA 1GTHA 4FB7A 4UXDA 1R2TA 1TREA 5AHNA 5HULA 3S1XA 1FDZA 4UFHA 2Z6JA 2VEPA 4NVTA 4JDYA 2HS8A 2NLIA 4XTIA 1PV8A 4LY8A 3KHJA 3HQ1A 3OBKA 3IVTA 4QITA 4D2JA 1TTJA 4FIQA 5KMYA 2GJLA 2HMCA 3F4NA 2C19A 3NO5A 3GDKA 4M6VA 3T40A 4MIMA 1VCFA 3NQEA 3BW4A 4I7UA 3LI1A 1QDSA 4KFNA 3LCLA 1IIHA 2WNZA 3HG5A 4HNVA 1WBJA 3E9AA 4K8EA 1TV5A 3BLEA 1QPOA 3PBVA 3Q37A 5I3KA 5FF7A 1G4EA 1ICPA 2V30A 5F4SA 5G2IA 2XN0A 4LS1A 4AEOA 3TA6A 1TV8A 4UTKA 4IMFA 3U8GA 1J2WA 3P62A 1PCKA 5FF2A 1K8YA 3I65A 1FBAA 1JCJA 1A5AA 5HUPA 1RPXA 3DBPA 2QCEA 1G6CA 3QRHA 2P10A 3G1AA 1JULA 3PBUA 5HUOA 3L2IA 1Q6QA 1ZCOA 1IGSA 1C9DA 3W73A 1TTPA 1OABA 2WV8A 1W5PA 3BW3A 2CLOA 3HPZA 3M5YA 1TQXA 2ZA2A 4IWWA 4AWTA 1XBVA 5EA9A 1RZMA 3GYEA 3LRLA 4JNMA 1LOQA 6ALDA 1GTEA 1SZGA 5AYXA 2E5BA 4JTUA 4E38A 5FF4A 4UFIA 3MBFA 3MI6A 4FXRA 1B57A 1H7OA 3RU6A 1FXPA 2G97A 2PCQA 3A9IA 4N4PA 3DENA 3KX6A 4WOZA 6TIMA 3EWXA 2H6RA 3NAVA 3N34A 1IXNA 4M6QA 3ABOA 1KBJA 3LV5A 4DF2A 3G0UA 3GZ3A 2E09A 1OK4A 2V81A 3UNDA 2ZZ7A 3CPRA 1L9WA 3HIJA 1GOXA 1JJKA 3H53A 3P81A 5D30A 1R47A 2QJGA 3W1QA 2XN2A 1O5KA 1X7FA 3A5FA 3GKAA 2G95A 3Q94A 3W1PA 3OVRA 2VFDA 2ZTKA 3DI0A 3ELFA 4AMAA 4UTLA 4B5NA 1TMHA 4BI5A 3M7WA 4P2VA 4R7JA 4UIOA 1NAL1 3E0IA 1HO1A 5D38A 4IPIA 2ZA1A 1KBIA 3W71A 5AB3A 1TPFA 4EVZA 3V75A 1B9BA 3QMSA 4JTGA 3QSTA 5K4ZA 1RR2A 4UCGA 3LTSA 5KZMA 3N9RA 4M7SA 4R34A 2YZRA 5DY3A 1TJPA 4UR8A 5AYZA 2H3BA 2DZSA 2QR6A 4HSOA 4UTIA 3UY7A 2CLLA 3GX9A 4OV4A 3QM3A 2E5CA 4HPXA 3LHUA 4IXXA 1NFBA 1ZAJA 5HWJA 4S2BA 4YL2A 2Y61A 2Q3RA 4AWSA 5I3IA 3DFPA 1SQ7A 2BWGA 3CT7A 3W7QA 4DELA 1PL9A 5G2WA 1ZNNA 4K38A 2TSYA 4O1BA 3N19B 4K8HA 2H3DA 2GVGA 4KWWA 1LP6A 3LV6A 4GJ1A 2EF9A 1RVGA 4LWWA 1LTDA 3L67A 2E1DA 3VNDA 3EXTA 3L0KA 5I3JA 4O28A 1JRCA 3TAOA 2ZZ4A 4PL2A 3GXPA 2AAMA 3FYOA 3TUUA 5F1VA 3OVPA 2B0MA 2V5LA 3VE9A 2VKZG 3QQ1A 1BWKA 4LRTA 1ZENA 2YSWA 3G0XA 3W7HA 3O6DA 4CQ9A 4LOCA 3T4CA 1TO3A 2CLFA 4XTDA 1Q45A 4BI7A 5LNWA 2V2DA 1AW5A 2ATSA 3TXVA 1OK6A 3LI0A 4RV8A 2A85A 4HIBA 2GPTA 4M7TA 4ADSA 4OWGA 2R14A 1H7RA 1NF0A 1XUUA 2KZHA 5AN7A 2NXHA 5FEXA 4NXKA 5DLCA 3SFKA 4LVGA 2A7RA 1K7FA 3HF3A 4L4MA 3WK3A 1QFEA 1R2RA 5CKSA 4ONVA 5K7JA 2Y7GA 1DORA 1GG0A 1VLWA 3W1MA 3UD6A 4TIMA 4MKNA 4ORMA 2QJIA 5BRBA 1MO0A 2ZTJA 4O8RA 4Z1AA 1BTMA 1TYGA 1ME7A 1I2PA 3N3MA 3W7CA 4UTWA 4LS2A 4A22A 3EKLA 5FF0A 3SW6A 2X2GA 5MHBA 3QMTA 4GXMA 1JUBA 5BOOA 3NGJA 3PBWA 4IUOA 3HO8A 3TJLA 2DZXA 7TIMA 2RDUA 1W3NA 2ABBA 3GLCA 4E2DA 2HS6A 2OT1A 5C55A 1P5BA 3W7GA 5DELA 3F4WA 2GUUA 4AVFA 1GWJA 2E6AA 3GKFA 1OYAA 2W6RA 3U2OA 5H2ZA 1SPQA 1DL3A 4YXGA 3GR7A 4OGZA 3DKJA 3U6WA 4O12A 4OU1A 1PCWA 4UNKA 4LNYA 4JX6A 5CZTA 1TJRA 3GDMA 1TSIA 5C5YA 3THAA 3I7QA 3IIZA 4NJJA 2A2IA 2C13A 2CLHA 4N9BA 1YTKA 4CLMA 4U4MA 3TXZA 3O07A 2WNNA 3G8RA 1CI1A 2DORA 1GPWA 4JY8A 3V1PA 3NQ8A 4O18A 2ZBTA 2Y88A 2CZFA 3FFSA 5CGQA 3VFLA 2C15A 4JTFA 3LB0A 2WJZA 2V8ZA 3KRUA 1YPIA 2BXVA 3ZWTA 4IMGA 2PRLA 4PA8A 5IM51 4Y90A 1F2JA 1RQHA 3L5AA 1JCNA 3MP3A 4KFOA 1JCYA 4Z0SA 2X1RA 3HBLA 3IIOA 4IGHA 2DJXA 2QDGA 4ZQPA 3WK2A 3UXDA 3TCEA 1JCLA 5GVJA 3DFSA 4RLIA 5EYWA 4TX9A 3JRKA 2A0NA 3G3DA 1VCGA 1DJQA 2CLEA 3GNDA 4JTLA 2NUYA 3W76A 3WJZA 1OX4B 4HPJA 3STGA 2QUUA 1WOAA 2V82A 3DHFA 1N55A 5D2XA 4CNOA 5FEZA 4K37A 3W85A 5LHFA 1G4SA 3LX9A 3LCWA 2BSLA 5D37A 4PCFA 1KV5A 3NQFA 3TR2A 1K3UA 3AO0A 3S1VA 4BR1A 2ZA3A 5EY5A 4JYEA 2EHHA 3MHFA 1I8JA 5HNRA 3AJXA 1RV8A 2OX1A 4X22A 2ZRXA 5AHMA 2QF7A 3CWOX 3LTPA 4RR4A 2Y63A 1TRDA 5C2XA 2VEMA 4JS3A 5HWNA 1GVFA 1VYSX 2Z1BA 1XBXA 3GAKA 4M5PA 4N9CA 2PC4A 4JY9A 2DP3A 1EWEA 1KM1A 4K6AA 4UTJA 3BARA 2QCFA 1YXCA 2X1UA 3G24A 1A5CA 3P7YA 2VC6A 2FB3A 3KVKA 1LLWA 4LV9A 4PTNA 1NVMA 4UFLA 2FJKA 2C18A 2NWRA 2A1YA 1PS9A 3MUXA 3TSMA 3GDRA 2J9YA 1QAPA 3W1XA 3S5ZA 2C1HA 3M43A 1Y0EA 4LVAA 4M19A 4O4WA 1KM4A 3LBCA 3TFCA 4OHQA 4R33A 4YCOA 3P67A 3EX1A 3A5VA 4UMAA 3C2RA 2E5DA 2Y70A 3IRDA 3ABSA 2OJPA 5F2LA 1O95A 3UWZA 5AC8A 3G22A 4K39A 1XBYA 3STEA 1FDYA 3S9YA 1GVSA 5AHFA 2B7NA 5CZJA 2P0OA 3CEUA 1H5YA 5C54A 4AF0B 2ZZ1A 3N73A 3PAJA 4GC4A 2ISWA 1FWNA 4XZ9A 1WDWA 3MP5A 2C6QA 4POCA 4O14A 4KFPA 3I7RA 4LVBA 1LRNA 4ALDA 3C4UA 3GDLA 3M5ZA 1Z42A 2J24A 4MZ8A 4JN6A 3P84A 1W31A 3L5LA 3NPUA 3EEGA 1XFBA 2NX9A 4O15A 2A21A 2ZRVA 2C0AA 2DZWA 4QAIA 2DZPA 3IGSA 1FWSA 4UR7A 1VQTA 1FXQA 3MI3A 4FNRA 4RZ4A 1G7VA 1Z44A 1WQ5A 1EP1A 3M47A 1UBSA 4JDBA 3W86A 2Q8LA 5AC7A 2GQAA 5G1TA 1ZALA 1BWLA 2WPBA 4YWIA 2ZRYA 4O16A 3L0GA 2WSRA 2TMDA 1DBTA 3C2EA 2Y89A 3H54A 1NEYA 4LRSA 3R8RA 3LCFA 2H90A 2WQPA 4NNAA 2FDSA 3NL6A 3OG3A 2A6LA 3QH2A 1OFAA 3MW7A 1ZAIA 3MHUA 4JTJA 1GYNA 4FIRA 4WXYA 3NDOA 1JQVA 2B7OA 3NQ7A 3KVMA 2C3ZA 3G3MA 1XI3A 3W1TA 4WZHA 1VR6A 4N4QA 1G4TA 2VEKA 1QO5A 1VJIA 3M44A 3TQVA 4TMCA 4QISA 4MFDA 5L6UA 4AB4A 4H6KA 3KOFA 4NZFA 1NSJA 3P61A 1QNVA 1X8FA 3G8EA 3Q58A 3MP4A 3G1DA 4RXGA 4YLWA 3C0JA 1T96A 2RHGA 1RQEA 5K9DA 1EIXA 3KVJA 2UV8G 1AL8A 4DO4A 2YDAA 2Z6IA 3RNDA 4ICNA 3W7OA 5F2MA 2JKAA 1B4EA 3NR0A 2J9ZA 4MJZA 4MZYA 3O1NA 1EX5A 4PL1A 3G1XA 2JGYA 4MY1A 4JR5A 1KFJA 3BG3A 2QAPA 4GFSA 1O94A 4YMZA 2ZRWA 3R5EA 2QCDB 1JQXA 5HR6A 4Y96A 1JR1A 3K30A 3HPXA 5LNVA 2BLEA 2RKXA 4UTMA 3IGXA 3LRKA 2CZDA 1VLIA 3O6CA 3G1YA 3LOTA 5DBTA 3PM6A 1QMLA 4IMDA 3LCGA 4XKYB 1X1OA 5G2HA 4W9TA 1O60A 4N02A 5J5RA 3WJYA 3P82A 2QCLA 1H7NA 1F7BA 1W8SA 1Z48A 3LHZA 3R2GA 2FPYA 3DAQA 1FWTA 4AXKA 5KINA 3E49A 4CCDA 1K7EA 4O19A 4FO4A 5D2WA 1TTQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1FWW A;  1FCV A;  4WXZ A;  2OZ0 A;  5DBU A;  2E77 A;  4XKY A;  5TQL A;  2QDH A;  2QCC A;  1B4K A;  2RH9 A;  1W3I A;  2FB2 A;  1H7P A;  4WOQ A;  1W1Z A;  3STF A;  4Y6G A;  1TQJ A;  1AK5 A;  2B4G A;  5EMU A;  4LU0 A;  1MEH A;  1TPC 1;  3ZS4 A;  1I2N A;  3MMT A;  4DEF A;  4NX0 A;  4OV9 A;  3PY2 A;  1JVN A;  2D73 A;  3G1H A;  1KM2 A;  3W7P A;  2WKJ A;  4JIP A;  1TPU A;  1P0K A;  3LM7 A;  4N9D A;  2GQ8 A;  5G4W A;  2CFF A;  4WJE A;  2YGY A;  1DHP A;  4UFK A;  1GG1 A;  3SY5 A;  3W2L A;  3IIP A;  4IOT A;  1R30 A;  4MY8 A;  4NU7 A;  1R2S A;  4XBK A;  3FIG A;  1LOL A;  3G1F A;  2YFO A;  3HJZ A;  4JX4 A;  3BV4 A;  3UWQ A;  2VEL A;  4XQ6 A;  4LV4 A;  1AMK A;  3EWB X;  3PSW A;  1SZF A;  5K2Z A;  1SSG A;  4IX2 A;  3TKF A;  4Q33 A;  4PFM A;  3NQM A;  1AL7 A;  2AGK A;  3W2M A;  4GBU A;  5K9X A;  1KLZ A;  4WY0 A;  2ZZ2 A;  4NJG A;  4WQ6 A;  1F6K A;  1OFQ A;  1TPV A;  5D32 A;  1H62 A;  1I2Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HSA A;  3R7M A;  3FCP A;  3BK0 A;  4Y9O A;  2AQW A;  1F76 A;  5D33 A;  3CZG A;  2DSZ A;  1G0C A;  1FWJ C;  3M6Y A;  1TEL A;  5ENL A;  1KCZ A;  3NQB A;  2B7P A;  5HBF A;  3PWA A;  4DXK A;  3GW3 A;  2B7Q A;  1WZL A;  4XIS A;  3STC A;  4A05 A;  4GZJ A;  5GJM A;  4I9J A;  4O1F A;  2QGH A;  1UR0 A;  4HD5 A;  2WJD A;  5D4Y A;  3TYU A;  4DUO A;  2WJE A;  3LLF A;  3EB2 A;  5JVL A;  2A3B A;  3K5X A;  1P43 A;  3SSZ A;  1TWD A;  1J5S A;  2J8T A;  4FOK A;  2V38 A;  3N04 A;  3ALF A;  5AOU A;  3CIV A;  4XWU A;  1PAM A;  3UCD A;  3FHQ A;  2D2H A;  4GI9 A;  5CPM A;  2XZ9 A;  5GJN A;  4DBE A;  3ARW A;  3NYZ A;  2D2J A;  3M07 A;  3QGA C;  2ZRZ A;  1H1Z A;  3FJL A;  2ALR A;  3DCP A;  3W7R A;  4QCE A;  3CIW A;  3AC0 A;  4EF8 A;  4C7G A;  3W2N A;  5D2V A;  4GLE A;  3MSR A;  1DJN A;  1P0E A;  4UQA A;  4I7W A;  4RZ6 A;  4QS6 A;  3AIC A;  1KTC A;  2L5H A;  1E5J A;  3SUU A;  1OF6 A;  4UTU A;  3NQG A;  2ISF A;  4QE4 A;  4NP7 A;  4GX9 A;  4HKP A;  2WMF A;  1IXP A;  1VFS A;  4CEX C;  5IFT A;  3C8F A;  2OQY A;  2PDY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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