1DV7 | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
sequence length	221
structure length	212
Chain Sequence	RSRRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7421697326128016__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7421697326128016__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1DV7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7421697326128016__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7421697326128016","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1DV7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7421697326128016__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfafa787c74734b24997de2/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfafa787c74734b24997de2/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfafa787c74734b24997de2/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfafa787c74734b24997de2/pdb.gz): 471 ms

reading 212 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

212 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:211});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Electrostatic stress in catalysis: structure and mechanism of the enzyme orotidine monophosphate decarboxylase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
total genus	74
structure length	212
sequence length	221
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2000-01-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1dv7A00

4FNTA 1OFOA 2ZRYA 4JYEA 2Z2UA 1YDNA 3NL3A 1SW0A 5CZJA 2H90A 4LU0A 3UWWA 1EP3A 5FEWA 1TQJA 5G5IA 1TPDA 1TRDA 1WA3A 4UFKA 3M1ZA 3AJXA 1SW7A 1F76A 2A4AA 3KRSA 1YYAA 3W7GA 1ME7A 4Z1AA 4MUZA 3W9ZA 4IMCA 1OF6A 4GBUA 3W88A 4XTIA 5D09A 3O06A 4TU1A 3TCEA 3GR8A 2BSLA 4UTTC 3TIMA 1W5PA 4K38A 1OYCA 1OX6A 3B4UA 3C6CA 1L2UA 4LC8A 1O5XA 4IJBA 1JRBA 1TMHA 3S1WA 1TPC1 3M43A 3SECA 3NQDA 1VHNA 3I7QA 2C14A 3LHVA 5DCBA 5DCDA 3NL2A 4LOCA 3F1QA 3HG4A 3MWAA 4EVZA 3I7SA 5AHNA 3FFSA 2ZRUA 1RV8A 3I6RA 3RK8A 2NX1A 3B04A 4FF7A 3DFNA 4A2SA 2BWGA 1LP6A 5DY3A 4RZ4A 1S5VA 5DN1A 5TIMA 4N6FA 1OFBA 3S5ZA 2VFGA 3QMRA 3G3DA 1QR7A 4FXRA 4C1KA 4NJIA 3NL6A 1OX5A 3RMJA 4RLIA 1JUEA 1W3TA 1W56A 2NUWA 3KHJA 3W72A 1K7EA 4UFHA 1NSJA 1PL9A 4JICA 2Q8LA 3HGOA 2WNQA 1LZOA 4ZQPA 1R46A 4IMGA 4FNQA 4CQ8A 3TH6A 2GJLA 4X22A 3TE9A 1ADOA 3DU0A 4XTDA 1EX5A 1SSDA 1P0KA 2ABBA 3STEA 5KTLA 5G2IA 3WJSA 3R8RA 3NQ8A 1LBFA 3VI2A 1XDMA 4O50A 4O14A 1OYAA 2DJLA 4O0ZA 2V9DA 5J5RA 3M5YA 4N4PA 2HSAA 4GFSA 3W7EA 4M19A 3SY5A 5AB3A 3NAVA 3QSTA 1GEQA 4IPIA 2J6XA 3W7RA 2TYSA 1OK4A 1OYBA 4DELA 3CHVA 2NLIA 2ABAA 5K3VA 2ISVA 4Y8FA 1HO4A 1F74A 4O1AA 2OCZA 2LLEA 5I3IA 1HO1A 3GDLA 2EPHA 2DZPA 4K7YA 1W37A 2RDTA 1V7YA 5LGZA 1KTNA 1FDZA 3LI0A 3A9IA 2E09A 1O5KA 3RF9A 1H7OA 5G2WA 3W7QA 5FESA 3SFKA 3TC7A 4OT7A 2QCMA 1LROA 4JIQA 3C2EA 4G1KA 4JY8A 2ISWA 4IUOA 4MVAA 3M44A 2C13A 5FF3A 2FB3A 5L9FA 3G22A 2PRHA 3PUEA 3CEPA 3W6YA 1HFBA 4QQ3A 3H53A 3VNDA 5F2LA 3Q2DA 2VFHA 1TV8A 3P62A 4HSOA 1ZAHA 2VEKA 4QIUA 1N7KA 4UTMA 5E0KA 3NVTA 5DCEA 5G1TA 2CLFA 5HINA 1D3GA 1GVQA 2IQTA 3O6CA 1RR2A 4NJHA 4S2BA 1VC4A 1I45A 2E5DA 1NEYA 2QCDA 2V30A 1FY6A 1FCBA 2Y63A 1KFCA 2HS6A 2A7NA 1T96A 5HWJA 5D37A 1OFDA 3SGZA 3W7KA 3G1YA 1JCJA 3E49A 1Y0EA 4LVGA 4MIMA 4DO6A 3OVRA 1K3UA 3DKJA 1R2RA 2A7RA 2RDUA 3NL5A 5CGQA 3GXPA 5CSRA 3S8HA 3O16A 3G24A 3W7JA 5A5WA 3LOTA 4LUJA 2JGYA 5H2ZA 1KLZA 1OVDA 4PODA 5CKSA 3QQ1A 3NNTA 4L4LA 5AC7A 4XBKA 3UXAA 4MYAA 3L0KA 3LX9A 1H7NA 2B7PA 2CWNA 4X3ZA 2ZA1A 3W76A 1M6JA 3MI6A 4ZQNA 3T40A 2Y85A 4KKXA 4JN6A 3DBPA 4JXCA 5D33A 3VCRA 1E51A 3PC0A 1H62A 4O57A 4A3UA 3E9AA 1U83A 2Y7GA 3DH7A 5HWNA 5DY2A 1GQNA 2V82A 1QWGA 1EUAA 2BLEA 5MHBA 3TV8A 1BTMA 4JTJA 3GDMA 1XXXA 2ZYFA 5BW6A 1L6YA 4JTGA 2QUUA 4TMBA 1VGAA 2ISSA 2Y7EA 4I9AA 3PBYA 2Y7FA 3SGUA 4LTSA 1GJPA 2DZWA 3F4NA 3W7PA 1WOAA 2HMCA 1PCWA 2PE4A 1QO2A 3A22A 2GVGA 3MI2A 4ORIA 4UTWA 1UUOA 1NFBA 3STCA 1XBYA 1KTBA 1UBSA 1W5NA 4GNJA 1I2PA 1Z41A 2C3ZA 2E5BA 2XN1A 3LXCA 4X9SA 3YPIA 5D32A 1G67A 4AXKA 2YGYA 2CZEA 2ZZ7A 1OX4B 4K8EA 3L5AA 5K2ZA 1KM2A 2ZRWA 4XQ6A 3OHIA 3W7OA 1X7FA 4RKAA 3B05A 1FXQA 5FI8A 4BWLA 3SR7A 3PY2A 4O11A 2VEPA 4GUHA 1TPVA 3M6YA 1BWKA 4PCFA 3UY8A 1KM6A 2C0AA 2FDSA 2QKFA 2RDWA 4IWWA 4AMAA 4HKPA 4PC8A 3TAOA 1XBVA 2NUXA 5T26A 1KV8A 5HUOA 3RU6A 1C9DA 2WO5A 4O1CA 2AQWA 1GZGA 4O4WA 3QPYA 4KWWA 4Y6GA 2NXIA 4JD4A 3NQFA 3LTSA 3UWYA 1O94A 3R2GA 4GUJA 1VS1A 5K9DA 3LCFA 3M5VA 1AMKA 3M0ZA 3L2IA 3N73A 5LNRA 1XM3A 1OG0A 4LWWA 1RD5A 3N9RA 2F84A 3NQVA 3A21A 1WX0A 4AWTA 5LSMA 1TPB1 4CNPA 3THQA 1AL8A 1R47A 4NU7A 4M6QA 2DU2A 4UUIA 4LRTA 3BW3A 1R2SA 4HNTA 1LM1A 1PIIA 2ZZ5A 4HNVA 1SR9A 3A23A 2B4GA 2QCHA 4DBEA 1B4EA 4IPJA 1KLYA 3G8EA 1H51A 4AHPA 1F6KA 4UR7A 3TQVA 3QEZA 1EUNA 4QJ1A 4MYXA 3EEGA 3TJXA 1JJKA 3UNDA 1K8YA 1UUMA 3EKLA 4JGDA 4N9DA 1LYXA 1VJIA 3V75A 1LOQA 3UY7A 2DJXA 1O4UA 1FDJA 3D0CA 2VFFA 1S5TA 3P84A 3M41A 5GVJA 3L9CA 1RZMA 1W3IA 2H3BA 2A5HA 4O28A 4JTKA 3C2FA 3O05A 3LGEA 2YFNA 4JX5A 1SQ7A 2CFFA 2PRMA 3L5LA 4M6PA 4FNSA 4GUGA 4PL1A 1LRQA 3O6DA 4GWEA 1PHWA 4WQ6A 3NOEA 2FIQA 2ATSA 3RLVA 1K8ZA 4K8HA 3EWBX 5D2VA 1SFJA 3IGUA 1H7WA 5I3HA 3IRDA 4WY0B 3N19B 3IIPA 4OU1A 5D38A 4UTJA 1JCNA 4XKYB 3OBKA 4IQLA 4OV4A 1CX9A 3QF0A 3CM4A 4XUGA 2TRSA 2HTMA 1SO6A 4CCEA 4UTTA 4TO8A 2HS8A 4NJKA 1VCGA 4NNAA 1YXCA 3ZWTA 1LBMA 2EKCA 3ZFHA 2QF7A 3P5YA 2WV8A 2QCGA 4UXDA 3GYEA 3M9YA 2R8WA 4AB4A 3TU9A 2G95A 5HNRA 2W79A 4RJEA 3GXTA 4Y9AA 1TPH1 2V5BA 4JNMA 1KFLA 3ATZA 1VCVA 2TMDA 2JKAA 3G1SA 3H55A 2Q8ZA 2OT0A 4N9EA 4ADSA 3ELFA 4MY8A 2ZZ1A 5F4SA 5F1VA 4BF9A 4ZZ9A 4FIQA 4GUFA 3LXBA 1TPFA 3S42A 3GAKA 3BVJA 4CNNA 1Q6QA 2NX9A 4LC6A 2VKZG 5FEZA 1KV5A 1YXYA 3N9SA 1QFEA 5AC8A 3HG3A 1XKYA 4K36A 4NZFA 4EOUA 4JTUA 2WKJA 1GG1A 2CLHA 4FX8A 2CLMA 4UNLA 5LGXA 5E1QA 1XUUA 1JCLA 3LI1A 3THAA 4Q32A 2KZHA 5G1YA 5HQEA 3IVUA 4BI7A 3KVKA 3HBLA 4IX0A 1G69A 2C15A 2A85A 3PM6A 4P2VA 4KFPA 2V2DA 3W2JA 1TREA 1GT8A 1AW1A 4FX7A 1MEHA 3QW4B 1LRTA 3LERA 3C4UA 3R89A 2YFOA 2QCEA 2DZVA 1LOSA 3A24A 3LDVA 1DVJA 3W7IA 7TIMA 1QPQA 4ZQOA 3OEXA 1H7RA 4OHQA 1TPWA 1WYIA 2J9XA 4GE8A 2OMAA 3SIZA 4R7JA 3NR0A 3OIXA 3EX6A 3TX9A 3LLFA 2C6QA 3HG5A 1H7PA 3JS3A 4AF0B 4BR1A 4QM1A 3NG3A 1T0OA 4M7TA 4U4MA 2Y6ZA 4UFLA 3BK0A 1VYRA 1DHPA 3IIZA 3M16A 1KFEA 4IXHA 1I2RA 2NX3A 1W5QA 3EXTA 4RZ6A 4JYFA 2JK2A 2FQIA 3UZJA 3S5YA 1YLVA 3BO9A 4MJMA 3HMJG 4NX5A 4RV8A 1UCWA 1I8JA 3NQAA 1FX6A 1TTJA 4WD0A 4ADUA 3NM1A 1GYNA 4IMFA 3FKRA 1VZWA 3TMLA 2CLIA 2C16A 4MPQA 5F1UA 4RX0A 4MLRA 3CWNA 3R12A 4JTLA 2ZTKA 1DBTA 1XDLA 4WX2A 1QMLA 3O1NA 3C2RA 3EB2A 1DQWA 1SU5A 3KVLA 4O13A 3TQKA 2O7QA 3NQ2A 3WFAA 3P61A 3SJ3A 2VC6A 1HL2A 5L6UA 3GK0A 4FNUA 3S1XA 1N8FA 1TSIA 4WXZA 5CZ0A 3MHGA 3CWOX 5TBOA 1OFQA 4FXSA 2Y70A 1MXSA 1VCFA 3PR2A 4YLWA 1X8FA 4I7WA 1YTEA 4QNEA 1S3HA 2GQ8A 3W1MA 3IGXA 3GZ3A 3DHFA 4IGHA 1U5JA 3P67A 2H6RA 1P4CA 1L6SA 4WOQA 3OVQA 3ABSA 4K39A 3EX2A 3T7VA 4LVDA 2E6AA 5LHEA 3OG3A 5CPOA 3W74A 2BZNA 1TV5A 1F5ZA 1DJNA 3PBVA 2B0MA 1H7XA 2YSWA 2FB2A 1KW1A 1JUBA 2G97A 3RLUA 2E1DA 4CCDA 2CLOA 3LHUA 4MZ8A 2H3DA 5CG7A 2R14A 3U2OA 3A5VA 1NF0A 1SO5A 4MY9A 3W1TA 3BG5A 1IXNA 3MW7A 3W23A 1MSSA 4RCXA 2V8ZA 3PBWA 1VH7A 4M6VA 4ZQCA 1GVOA 5C54A 3W1NA 3NM3A 1TV7A 5D2XA 3JRKA 3G8RA 1SSGA 1G4SA 1H61A 3W7NA 4QISA 1L9WA 3IVTA 4R34A 4JTTA 3FLUA 4JDBA 3TW7A 3MBDA 4OQVA 3DHDA 3S9YA 3TFXA 3LB0A 4KWVA 3QZEA 5AFDA 3W75A 4HPJA 2G96A 3FA5A 3CT7A 1T99A 1LTDA 3TMQA 5FF7A 3C56A 3P8IA 4Z1DA 3BARA 3W85A 3DKLA 4FNRA 1OABA 3HGJA 3KRUA 3CIXA 2NV1A 3BGGA 2Q3RA 3L68A 4O54A 4UMAA 5AHLA 1GVRA 1I4NA 2QCCA 4RXGA 5I3FA 4CQ9A 3HGRA 4W9TA 2QJHA 5TQLA 1H63A 3ABRA 1TCDA 1GG0A 1G4TA 2A6LA 2EAWA 3CEUA 3N34A 1ZY9A 3HJZA 4N6EA 3FKKA 5HMSA 1QDSA 2RKXA 4B5NA 2WOQA 2R91A 1JQVA 3W70A 4DQWA 1W5MA 4MOZA 2NUYA 5AHIA 1FBAA 4Z0SA 2ATMA 3LCGA 5CZTA 5FF4A 3G0UA 3LTPA 2RHGA 1GYLA 3ZR4A 2H8ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1DV7A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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