1DWAM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. part 1: structure prior to irradiation
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwaM00
3L4VA 3WUFA 4ATDA 2D23A 1WDRA 4AD0A 4ZE5A 4NSBA 2WMKA 1JZ5A 1RP8A 3A4AA 1J0YA 1W9VA 2XUCA 1B30A 3WUGA 4JFSA 5CJ5A 3CZ8A 4QDMA 2FHBA 1E6SM 2J7BA 1SYTA 1UKOA 3ZT6A 5IFPA 3DYMA 3K1DA 3M7SA 1MW1A 2XVGA 4AEFA 4IUGA 1OSEA 3VIFA 4YHEA 2VVSA 4U2ZA 1PX3A 4S3KA 1G94A 2JFEX 3PZMA 3KE0A 3AZTA 2JF6A 3I3BA 4AC1X 5A6JA 2G8ZA 1ECEA 1V6VA 1EXPA 2XG9A 1IT0A 3APGA 1GJWA 4MTVA 4WSJA 4D6EA 2D3LA 3BAJA 1ITXA 3UCQA 3RIKA 3FAWA 3ALGA 1J01A 3OZPA 3WH5A 2J7EA 1HL9A 1KBKA 2BNJA 1W32A 3MMDA 5CGTA 1US3A 4J3WA 3T2PA 3WDPP 2W61A 2CPUA 4AZ5A 1WPCA 1C93A 4LYPA 2OYMA 3PZIA 1O6IA 3MS8A 3BC9A 1E4LA 1M01A 1SMDA 2YOCA 3UESA 4NF7A 4GZJA 2CKRA 2X1IA 1PJ9A 4PBGA 2AOSA 2DT1A 5KZ6A 4FLOA 4ZE4A 1E15A 2G4FA 2WPGA 1E6QM 3WD3A 3CBWA 5CPSA 3AYSA 2AAAA 4U33A 3VO0A 5D9PA 3IAPA 4HPGA 2YL6A 2XVLA 4FLSA 4AYSA 1W3KA 4GO9A 5IDIA 1QW8A 2ZUMA 4M56A 1HNYA 4P7QA 1C92A 2BHZA 2J7FA 4B16A 2WCSA 3T2OA 3LPPA 1GNXA 1XYZA 1MFUA 3HJEA 3F5JA 3HMCA 2CITA 2XVNA 3EMZA 1OGGA 3PZOA 4PMQA 3WQ6A 2FH8A 1VF8A 5C70A 2J25A 4PYSA 3W37A 1NWRA 1VJSA 4W8AA 3VMNA 1WCGA 1HKMA 2CESA 3A3HA 4MNMA 1Q6GA 3PZTA 4HA3A 5DT7A 5F7UA 5BYWA 2D22A 3ZJ7A 1KGUA 1GOMA 1HJWA 4UQCA 1LJYA 8CGTA 1C7TA 2Q8XA 1QNQA 3AHTA 1CXHA 4WKFA 4CN1A 3VGFA 4E8CA 1BHGA 4HTYA 3FNDA 5M03A 1H3GA 2WWCA 4GIAA 1LG1A 2VUYA 4WIWA 1GQKA 3OGRA 4H41A 2O9PA 2VZUA 3POCA 3O2LA 2V3GA 1GOIA 3DYOA 3ZMRA 4XZWA 3VDCA 1U30A 3CHEA 1YQ2A 3L4XA 2DSZA 3WF0A 2OLHA 1KBBA 3WD4A 3WMCA 4MNLA 2XJ7A 3ARVA 2OWCA 3O9NA 4ACZB 2D3NA 4Z2KA 3PN8A 3WUBA 3MANA 4AISA 1HP4A 2FHCA 3DYPA 1D3CA 3CMGA 1VBRA 2ZUUA 3TTOA 1JXJA 3L4YA 1CXFA 4DWSA 1NOFA 1EO5A 5I6SA 3CH9A 1FH8A 1UHVA 1V3IA 1E4IA 5GPRA 3RMEA 1HJSA 3SUVA 2E4TA 1QHZA 3DHUA 2G41A 1XCWA 3EMCA 3NSXA 5A69A 1SFSA 2V5CA 3CUHA 3QR3A 1W3LA 1WB0A 1GCYA 2VR4A 3NCOA 4W7VA 2E40A 3I3EA 1CIUA 2WK2A 1UOKA 2QPUA 4W89A 4D6HA 2YLAA 5JIPA 1RH9A 4IPLA 5A8OA 4DWSD 1VFOA 2O9RA 3GTNA 2Y24A 4W8BA 5D9NA 1B3XA 2VZSA 3AHYA 1UKSA 2C7FA 3N12A 3W6LA 3MUZ1 3MU7A 3BAXA 1H09A 5AYIA 2MANA 2ZX9A 3DECA 4AD5A 1OB0A 3GXMA 1UWIA 3K4DA 2UY2A 1E56A 4CUCA 4AZCB 2CBJA 4CN4A 1XV8A 1OCQA 3ZT7A 2D24A 4UTFA 1E5JA 3CZEA 3BMVA 5EFDA 5FOOA 1OT2A 1OGBA 5JIWA 3ZT5A 3CPUA 2E9BA 3PZ9A 3N9KA 1UA7A 3T0DA 2WXDM 3CUGA 5E6YA 4CD5A 4MADA 4JAWA 3W28A 3VGBA 2C0HA 3PZGA 4MB1A 1E0VA 1QI5A 1CXEA 1VFMA 2VX5A 4H04A 3CMJA 2WAGA 1BTCA 3UR8A 4XZBA 4AW7A 1G5AA 4J7RA 5E70A 4P7OA 2A3EA 4PMXA 2CEQA 1DP0A 1CGYA 2CBVA 4MJ2A 3SUWA 7CGTA 1BYCA 4GKLA 2WANA 4HA1A 1V6YA 1CENA 1EDGA 3QOKA 4H8VA 5I77A 5CLTA 1C8QA 3W24A 3VDAA 1HP5A 2WC7A 1QI2A 3OIHA 3WMBA 1LL6A 4PCSA 1UUQA 2OSYA 1C8XA 3ZJKA 5I78A 3WNPA 4AWEA 1J11A 3POHA 1B90A 3OLDA 4KWUA 1EDTA 3CZJA 1I1WA 1ISYA 1K9TA 2VX4A 3M6DA 4M24A 1OD0A 5D9OA 2YA1A 2D0HA 4PRWA 1OBAA 1GZJA 1UG6A 1W9XA 3WQ4A 1CTNA 4CCCA 2V3DA 3CTTA 1NH6A 2DIEA 3QHNA 1JZ4A 1V6UA 1FA2A 3EDEA 5JBEA 1X1NA 3B9AA 2X05A 4RE2A 4DWSC 1VB9A 2W62A 4UZSA 1BGAA 1UD2A 4D1JA 4W5ZA 4EE9A 1TA3B 4ATWA 4BZYA 5HDRA 1R86A 3SURA 2J77A 4DUXA 2D2OA 1J0ZA 4LXFA 1JZ3A 1XGZA 2EO7A 4P7RA 2J8GA 1GUVA 3BCDA 4E2OA 3ARRA 3THDA 2ZXBA 4MPKA 4CCEA 2J74A 4QLLA 1FH7A 2YDRA 5A95A 4MB3A 1CXKA 2EPNA 1G9HA 4AIUA 3CUFA 1X6NA 3ARYA 4P7NA 3ARWA 4W86A 1CLVA 1H4PA 3GH5A 2ZXAA 3VILA 1LG2A 3RM9A 3UETA 3BGAA 4U5IA 3KL3A 4J3TA 4MDPA 3VGGA 4D6JA 4PTXA 3VD3A 1E4MM 2D1ZA 1H5VA 2UY5A 2CNCA 1ZU8A 1H1NA 2Z1KA 1CGTA 4CU8A 5HBFA 2PWDA 5FCZA 4HMEA 3VMPA 3D3AA 3L4ZA 6TAAA 4AIEA 5JBFA 1LL7A 3OB8A 1BF2A 3W25A 2BY2A 1E40A 3PZUA 3SCOA 1HT6A 2ZWYA 3WF2A 1J10A 1QI3A 3WEZA 3QOMA 5A6KA 1G0CA 1UWUA 2WMFA 1TUXA 2BXZA 4BF7A 1NP0A 1W9UA 2GK1B 2FGZA 3K46A 2BHUA 3VTRA 3VIIA 3AXIA 3GXFA 4FLQA 3WNMA 3CZKA 1HKJA 1UR8A 4U5KA 1UKQA 2J8FA 4J3UA 3N04A 1C7SA 2VC9A 1I1XA 2WMIA 3T0AA 3CHDA 3T2QA 1NQ6A 5A6LA 2V3EA 3PZQA 3G6MA 1KCLA 3IANA 1NOWA 2XM2A 2W67A 1ZBKA 4MNKA 3N17A 1JZ7A 3WKZA 1VIWA 3VGDA 4HMDA 2IXUA 2WW5A 5M5DA 4XB3A 2BY0A 3FXYA 1W1VA 2X0YA 1QI4A 4D6DA 2A3HA 3SCSA 5GNYA 1QNRA 1E1FA 1F4AA 1Q6DA 3L2LA 1V02A 2DH3A 3I3DA 3N11A 2Z1SA 1XD1A 2J79A 2OSXA 1GJUA 2F8QA 3EDJA 3E1F1 2WSPA 5CSYA 4PMRA 1KR0A 1CLXA 4AD3A 3OLEA 4GXPA 1CZ1A 4ATLA 5AYBA 1KFWA 3VIOA 1KQZA 4IISA 2YL8A 1E6PA 3TTYA 3WFLA 5BXSA 2OYKA 4WLCA 4X9YA 1Q6CA 2C8NA 1GQJA 2GSJA 2VOTA 2VURA 4QAWA 3VD4A 2WHKA 4CD7A 2CETA 4HZ7A 4UQBA 5ABFB 1V0NA 4IM4A 4D72A 4M8UA 4TUFA 3W81A 4OUEA 4H2CA 3AHVA 2VI0A 3CHFA 1HJVA 1E43A 1DWFM 1OT1A 1P6WA 3OLIA 2W63A 2PWEA 1E3XA 1W1YA 4OBSA 4HOZA 4TXEA 1EGZA 3PBGA 4HZ6A 4A4AA 5ABHA 3SUTA 2ZUWA 1J0KA 1HJQA 1TMQA 3K8LA 1RD6A 1LQ0A 3TP4A 1TVNA 4UCFA 2XWDA 1WDQA 1UR4A 2B31A 2VR5A 3N1AA 2WB5A 3WQ5A 1B1YA 3VDBA 2UWFA 3WD0A 3GNRA 2XGBA 5D9MA 1E73M 4F9JA 1R7OA 1ISXA 1GOOA 1V3LA 1EQCA 2VT0A 2E3ZA 2ZUVA 5CG0A 1GQIA 3N15A 4PEEA 1H11A 3N13A 3S6TA 4W93A 2ZUSA 4UQDA 3A47A 3ZJ6A 2OYLA 7A3HA 1CEOA 3RCNA 1XCXA 1MVYA 3NDYA 3AI0A 1EHAA 4AZHA 2BHYA 4FMVA 5A6AA 3VOCA 3VNZA 1WNOA 4AMCA 1W3HA 4B15A 3FY1A 3NDZA 3PTQA 2WHLA 3LPOA 3ARZA 5CPTA 1QHPA 4R5EA 1PAMA 3AIRA 3MUIA 3VX0A 1CXIA 1GPFA 1FFQA 1EOKA 1OIFA 3MV01 2WCGA 3MUAA 5A6SA 1BYDA 3AROA 1E6ZA 4L4PA 1G01A 1WZMA 1DWGM 1W2VA 5I79A 1PZ2A 3O6AA 4D6FA 3GZAA 1JYVA 4TTGA 1PX8A 5C71A 4P8WA 1ESWA 1ZBWA 3K4AA 3F5LA 4J3VA 2CCRA 2GVYA 3CGTA 4F66A 1EQPA 3SCNA 1D2KA 4F8XA 3WY1A 5EFFA 1VBUA 5HPOA 4EKJA 1PPIA 1JAEA 3QHOA 4GO8A 3UEQA 4HU8A 3W38A 4AZCA 3L4WA 3BH4A 4GZEA 2DPEA 3W29A 5A8PA 4W87A 4CN6A 5CGMA 1E5NA 1VJZA 2BVTA 1K6AA 1JL8A 4UQEA 3T08A 1FP9A 5A2CA 1E6RA 4FK9A 2O92A 1UQYA 1MQPA 4AZGA 3THCA 5A2BA 3AHZA 1FOBA 2ZXDA 4C7DA 1V03A 4ZXOA 2HVMA 4LX4A 2WHJA 3VIHA 4CVUA 2XFRA 1KXTA 2CYGA 1J0HA 5FIPA 5ABEA 3ZSTA 3UG5A 1GOWA 1ZB5A 1F4HA 2PB1A 5E6ZA 4Z2JA 3VIKA 4UZUA 2BVYA 2XPKA 4CD4A 2DT2A 4GI6A 1B2YA 1MW3A 4S3JA 4AEEA 3VVGA 4FLRA 3RILA 4OKDA 1FHLA 1W91A 3ARPA 3WD1A 3SCPA 3WDIA 1KGWA 1J18A 5CXPA 3D5HA 4D1IA 1JD9A 4M82A 2OWWA 1V3JA 3ARXA 2DGAA 2ZICA 3ZSSA 1R7AA 4P8XA 2WLZA 1EA9C 3MMUA 4GI8A 4JCLA 2WSKA 4OBRA 3SIMA 1BG4A 1E0XA 4XX6A 1V08A 1B3ZA 1UR0A 5I24A 3LPGA 2Y5EA 4BS0A 3AFBA 4NZCA 1UQZA 1LL4A 1O7AA 1EDQA 3VM7A 3OBAA 2QV4A 3AXHA 5E0FA 2D0FA 2WBGA 3OA5A 1KGXA 3TOPA 1J12A 1JI1A 2DSUA 2VJXA 5HOSA 1Z32X 3KEHA 2YA2A 2G3JA 2OWXA 3AQUA 1CPUA 3WQWA 2XVKA 4HZ8A 3WMSA 2YBUA 3LPFA 3WEMA 2E0PA 1JZ8A 3WUEA 5LA1A 2XSBA 2IXVA 4H7VA 1BVZA 1CNVA 3AZSA 4HOXA 3WF4A 4X0VA 2E9LA 2EXOA 3WDQA 4D71A 3QHMA 3KZSA 4LYRA 5AY7A 3T0BA 1KWKA 1DWJM 4YPJA 5BRPA 1WZKA 3EDDA 4NRRA 3ZJ8A 1AMYA 1AQHA 3RJYA 3VINA 1JDAA 2ZX5A 4R27A 4DUVA 1E3ZA 3BAWA 5IXEA 1TFVA 1VEMA 2W91A 2VL4A 3ALFA 2YKKA 3FHAA 3AZRA 3AICA 1PZ3A 2QMKA 4OJYA 5KEZA 2G3MA 4U31A 2EBNA 5E0CA 5IHRA 2PWGA 3ARSA 4EANA 4D6GA 1BSIA 3LMYA 4UFHA 2VCAA 4ACYA 3AS3A 3EYPA 1V02E 4RL3A 3SCRA 2Y2WA 1GOKA 3GH4A 1B0IA 1JXKA 1PEZA 2A3AA 5CQ1A 5DMYA 3AISA 2DEPA 1FH9A 1KXQA 1E0WA 1MFVA 1HKKA 1NP2A 3VD7A 2WNWA 4AZ7A 4JKLA 4GPNA 1E6XM 3WBAA 1AQ0A 2WVTA 1H2JA 3AS2A 3WENA 2WVVB 1GQLA 4AZBA 2VZOA 4JFVA 3EDKA 1MW2A 4X0NA 2VRKA 3VIGA 2CKSA 2CHNA 1LF1A 4B3KA 1UR1A 1SMAA 1JDDA 5CSUA 2NT0A 3AIWA 1QW9A 4M80A 1JZ2A 2WZEA 3UG4A 3DC0A 1CGXA 2VVNA 1IV8A 4OOZA 3A6OA 4MB4A 2WC3A 3WFZA 3MSDA 5CLWA 1E70M 4MNJA 1J0JA 2DQXA 3WNLA 1W9BM 2X2YA 4LQ1A 1EOMA 3W53A 4JFUA 4PMOA 1S46A 3F5KA 1RP9A 3VGEA 4BQ4A 1GOQA 4DM2A 5LA0A 4JCMA 1CBGA 1OWQA 3OLGA 5EBAA 2JALA 3PZNA 3II1A 1DHKA 5CPQA 1WE5A 4AXNA 4AZ6A 1JIBA 1V0KA 2BVDA 2WVUA 4WSKA 4ZENA 2GJXB 3PZVA 4H8HA 1WKYA 4GI9A 1PIFA 3AIBA 4W7UA 2WVSA 3RO8A 2ZX7A 2ZUNA 3IAQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L4V A;  3WUF A;  4ATD A;  2D23 A;  1WDR A;  4AD0 A;  4ZE5 A;  4NSB A;  2WMK A;  1JZ5 A;  1RP8 A;  3A4A A;  1J0Y A;  1W9V A;  2XUC A;  1B30 A;  3WUG A;  4JFS A;  5CJ5 A;  3CZ8 A;  4QDM A;  2FHB A;  1E6S M;  2J7B A;  1SYT A;  1UKO A;  3ZT6 A;  5IFP A;  3DYM A;  3K1D A;  3M7S A;  1MW1 A;  2XVG A;  4AEF A;  4IUG A;  1OSE A;  3VIF A;  4YHE A;  2VVS A;  4U2Z A;  1PX3 A;  4S3K A;  1G94 A;  2JFE X;  3PZM A;  3KE0 A;  3AZT A;  2JF6 A;  3I3B A;  4AC1 X;  5A6J A;  2G8Z A;  1ECE A;  1V6V A;  1EXP A;  2XG9 A;  1IT0 A;  3APG A;  1GJW A;  4MTV A;  4WSJ A;  4D6E A;  2D3L A;  3BAJ A;  1ITX A;  3UCQ A;  3RIK A;  3FAW A;  3ALG A;  1J01 A;  3OZP A;  3WH5 A;  2J7E A;  1HL9 A;  1KBK A;  2BNJ A;  1W32 A;  3MMD A;  5CGT A;  1US3 A;  4J3W A;  3T2P A;  3WDP P;  2W61 A;  2CPU A;  4AZ5 A;  1WPC A;  1C93 A;  4LYP A;  2OYM A;  3PZI A;  1O6I A;  3MS8 A;  3BC9 A;  1E4L A;  1M01 A;  1SMD A;  2YOC A;  3UES A;  4NF7 A;  4GZJ A;  2CKR A;  2X1I A;  1PJ9 A;  4PBG A;  2AOS A;  2DT1 A;  5KZ6 A;  4FLO A;  4ZE4 A;  1E15 A;  2G4F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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