1DWAM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. part 1: structure prior to irradiation
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
molecule tags Hydrolase
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwaM00
4RE4A 1CGUA 3W0KA 1PBGA 2JEPA 2ZUWA 1B1YA 4UQ9A 1KR0A 3NDYA 3ARWA 3SCTA 4H2CA 3FHQA 3MKKA 4L4OA 5CQ1A 3NSNA 5HXMA 5A6SA 1E72M 3IANA 3WL1A 4AD5A 2WXDM 4XB3A 2VL4A 1CDGA 2ZX8A 2JALA 3I3DA 4AWEA 2FDMA 1OT2A 4HMCA 1H49A 2Y4SA 3KL3A 1BHGA 5A6BA 3BAIA 3RPMA 4W87A 1LLOA 1G5AA 2F8QA 3FW6A 1EHNA 1V6VA 1GUVA 3UG3A 1CIUA 2DSKA 3KEHA 1TA3A 3DECA 5CGTA 2FHBA 1UWQA 1DWIM 3WSUA 4YHEA 3VVGA 4DUXA 2DIEA 2D3NA 2V5DA 1WO2A 3WD3A 1HN1A 3WNKA 2AAAA 2D23A 3VOCA 2YJQA 4B15A 3CMJA 4W8LA 1CXLA 3SEPA 1C92A 1FHLA 2VOTA 4J3WA 3RM4A 3WDRA 5CPQA 4TVCA 1UZ4A 2VR4A 5EFDA 1LJYA 5IXEA 1ISXA 2A3BA 2G3IA 2CCRA 2AOSA 1NOWA 4XX6A 2A3AA 4WF7A 3WFLA 1CYGA 2X0YA 1X6NA 2YA2A 2WNWA 1BVNP 2CBIA 1GHSA 2WK2A 2CERA 2JIEA 4PSRA 4S3JA 1I75A 1MW2A 3NSMA 3N9KA 4W8BA 4LYRA 3AXIA 2D1ZA 1J11A 1ZBKA 1VAHA 2DT1A 1JL8A 5C8BB 3U5YA 1GVIA 2O92A 3BAWA 2RGMA 2WMGA 3WNOA 4MPKA 1BYAA 3WNNA 5JBFA 1MQQA 3AXXA 3F5JA 4Q7NA 1UH4A 3ARPA 2XFYA 3ZIZA 1ISVA 1JDDA 3F4VA 3IJ7A 2J77A 4DUVA 1UWIA 4UOZA 4XZWA 4BQ2A 1GCYA 2E8YA 1OINA 1V02A 4D72A 1UR8A 4HA3A 1GHRA 1UKSA 4AD0A 2Y24A 2CITA 1NARA 1PX4A 1HVXA 1E5NA 4TX6A 3CUJA 5CXPA 1D2KA 6CGTA 3O6AA 1VENA 2UWFA 4PMZA 5GNZA 1YQ2A 2QMJA 2G41A 1TG7A 4AIEA 1UR9A 1W1VA 3IK2A 5I77A 4D6DA 4M8UA 2CNCA 4C7DA 4HOXA 1LF1A 2D0GA 1PIGA 1DEDA 2JFEX 2JEQA 1BGGA 4MB1A 4MAZA 4GI6A 3SUVA 1V08A 5A8OA 1QI0A 1V0LA 1K9DA 4CD8A 2G3JA 3EMCA 4HOWA 5IHSA 2BNJA 3W82A 2WZEA 2GJXB 1V3LA 4AY1A 4PMUA 4E8DA 1VJSA 2ZXBA 1JXKA 4E2OA 1WDQA 1LG2A 2F2HA 4D6GA 1VEMA 1SYTA 5AC4A 1WZLA 1UHVA 2C0HA 5A1AA 1BPLB 3NUKA 4PSPA 4YPJA 1UR1A 2VTFA 3NCOA 2YA1A 5JIWA 4GKLA 2WAGA 2XUCA 5CLTA 4HA4A 1AVAA 4V2XA 4AZ6A 5C71A 1B9ZA 4UQAA 3VX0A 3HN3A 2CXGA 7TAAA 2YKKA 2EO7A 4QLJA 3CUFA 4ZFMA 3RILA 2E0PA 4OOUA 3EYPA 3AZRA 3GH7A 3VD7A 2UY4A 2YIHA 1UD3A 1E6RA 5BXTA 2XJ7A 2VCAA 2BY0A 4AD1A 3N1AA 2NT0A 2WM0A 4M24A 4CU7A 4P8WA 3FHAA 2W67A 1VBUA 4AZGA 3WF0A 5GQBA 2DH3A 1E4LA 2VT0A 4D1IA 3WNMA 1EOKA 4NRSA 2HVMA 1QNSA 4U3CA 5BRQA 1E0VA 1K9TA 3RJYA 1Q4NX 1VIWA 2UY5A 1MYRA 1NQ6A 4W5UA 1QNRA 5CPTA 1PX3A 3WQ4A 5D9MA 1K9EA 5E09A 3VIMA 3ZJ6A 4EAMA 1E6PA 4WSKA 2XSBA 5I23A 2ZX6A 4AZ7A 4UQBA 1G9HA 1RP9A 3CUGA 4Z2LA 3MUZ1 4WK9A 1UKQA 1JZ5A 2WMIA 4PTWA 1FH8A 1NOFA 2GUYA 1EOMA 2YDRA 4JKKA 3VGBA 2F61A 1V3HA 4MJ4A 2X09A 3FN9A 3IAPA 3PZIA 1JF5A 1NH6A 1V6UA 3AMLA 5A6MA 4P7OA 3GM8A 5A95A 4PN2A 5KZ6A 3BH4A 3T2OA 3EDJA 4HOZA 1MW1A 2A3HA 3IAQA 4XV0A 1B90A 1QOXA 1U2YA 2VX4A 1CWYA 3WY1A 4MNLA 1QI5A 1UWUA 3EBVA 1YHTA 4ACZB 3I3EA 1BFNA 4WKFA 2E8ZA 3AMKA 3AIQA 2WVVA 2GJPA 4BQ4A 1CECA 3VD5A 3AHZA 1R8LA 3W6MA 4IPNB 2ZOXA 3T2QA 3A47A 4K68A 2YBUA 1Q6FA 1W3HA 2Z1SA 3PBGA 3D5HA 2ZXAA 3VU2A 3AISA 2OSYA 2PWDA 3EMQA 1CXEA 2XIIA 3WH5A 3THDA 3AZSA 2YLAA 3VINA 5BXSA 4JL1A 1XSKA 5DEZA 3T2PA 4PYSA 1TA3B 1W32A 3WF4A 2XFRA 1W9XA 1M53A 4AXNA 3WQ5A 2ZX5A 4UZSA 4UFMA 2EBNA 1JDCA 1XC6A 3L2LA 3AS0A 3TTOA 1GOOA 3CZLA 3ARQA 3AZTA 2D0FA 1RD6A 1ZU8A 3QHNA 4CN1A 2O9PA 5D9PA 1E6XM 1G1YA 4BCEA 4PBGA 3CPUA 4HMEA 2PC8A 3VM7A 2WC4A 2WBGA 2WW5A 4WIWA 5BROA 3UG5A 4MTVA 2UY2A 2DDXA 2O9OA 3AHXA 4HPGA 3AQUA 4ATDA 1JD7A 1NWTA 1LWJA 2VZSA 5A6JA 4MB3A 4PTMA 1BG9A 1EO5A 3AYSA 1EO7A 3WDQA 4QDMA 2J25A 2VCBA 3GH5A 1JFHA 1EH9A 1NM9A 3CHFA 3WQ6A 1EGZA 1ZBWA 3K8LA 3DYMA 3VGDA 1GQJA 2QMKA 3ARYA 2J78A 1GQIA 3VDCA 3AROA 4JKLA 4W8AA 3VIKA 1QW8A 4KGJA 3U5UA 1GW1A 1K9FA 4R5EA 1KB3A 1OIFA 4UFLA 1BYBA 4X0VA 1KXTA 1V02E 2XGIA 1R86A 1KXQA 3KZSA 1XSIA 1X6LA 3O9NA 2FGLA 2EPMX 2X8RA 3VTRA 5TD4A 3AS3A 4CUCA 1HT6A 2WWCA 3POHA 4J28A 1B3ZA 1Q6CA 4LQ1A 1JD9A 3PZGA 2E4TA 1V6XA 2J7CA 1KGUA 1XSJA 2WWDA 3OGSA 4PMVA 4FLQA 2B31A 3GNPA 5KEZA 1JZ8A 3PTKA 1ZL1A 2RGLA 4TVDA 1V3IA 1G01A 4MNMA 4MNKA 4UFKA 3MMUA 1HL8A 2QLYA 2J47A 1QI2A 2JE8A 1H4PA 1J0KA 8CGTA 5E6ZA 1WKYA 5ECUA 4Z2JA 2BY1A 2ZE0A 5DO8A 2GVYA 1V0MA 4U3AA 4M29A 4UQCA 1E0WA 1NP2A 2WLZA 1KCLA 3VD4A 3DHPA 3CZJA 3NSXA 4B9YA 4D6IA 1CBGA 4WJXA 1J18A 2YDQA 3HMCA 3PZ9A 4HA1A 3KL0A 4GINA 4X0NA 2IUZA 1C93A 5A6BD 1MXDA 1HL9A 3L4XA 1KR1A 5FCZA 3GNOA 1WZMA 5A6LA 1VFOA 1GJUA 5FOOA 3WH7A 1XD1A 3W53A 4CD5A 1SFSA 1Q6DA 1IT0A 1CGYA 3VNYA 3UG4A 1CGXA 1VFMA 1FH9A 2BVTA 3LPPA 4JHOA 1NWRA 4GI8A 1E70M 1A3HA 5D9NA 2J7FA 5DFAA 3II1A 4BF7A 4HZ6A 1WP6A 1VJZA 1HJXA 4E4PA 2QHAA 3WFZA 2G3NA 3VUPA 1W2VA 9CGTA 3AJ7A 5I5RA 1BGAA 4FK9A 1TFVA 3UCQA 2WCSA 3MV01 1MW0A 4JFWA 5F7UA 4U5IA 3T08A 4J27A 4IM4A 4KH2A 5I3DA 4Q22A 2YL9A 1E73M 3ZT5A 4Y7EA 1OD0A 1H0GA 1IV8A 1D3CA 1ITXA 5D8ZA 5JBEA 1QHOA 2DH2A 3MMDA 5JUVA 2BFGA 1I1WA 1WNOA 3J7HA 4TXEA 1GOMA 1HVQA 3EDFA 3N13A 5BCAA 1JAKA 1E56A 4YHGA 2ZX9A 3ARUA 4LYQA 1KBBA 5A3HA 2GK1A 1HNYA 1JDAA 4A4AA 3SCSA 2VO5A 2XWEA 4N42A 1UUQA 2WZIA 3CZGA 3FY1A 1J10A 1A47A 2C7FA 2W61A 5LA1A 5IDIA 3PZVA 1U33A 4DWSD 1UQZA 4ZE5A 1CTNA 1RPKA 3RM8A 4WLCA 1V3MA 3WD4A 3TONA 1E6SM 2ZUVA 2C8NA 3M6DA 3VMNA 3ALFA 5A6AA 4CVUA 4F9DA 3IJ8A 1UD6A 2D3LA 1JI2A 2EXOA 3W4RA 1B0IA 3WUBA 2OSWA 1UKTA 1C7TA 2QPSA 3N12A 1WPCA 1CENA 1IZJA 4U33A 2PF0A 2XVGA 5E9AA 1BG4A 2ESCA 1FP9A 1HP4A 3EDDA 4NRRA 3AYRA 4PMNA 1XRVA 3G6MA 3E1F1 3VMPA 3NYDA 4P7LA 3VKKA 1BVZA 1CGTA 3WMCA 2V5CA 5FIPA 4PMOA 2PB1A 4D6EA 2VRKA 2WMFA 4ZXOA 4LYPA 3PZQA 5IHRA 1UR2A 4NI3A 4AMCA 4AEEA 3BAKA 2ZWZA 4PEEA 4DWSA 3SCOA 1OIMA 4UZUA 3BLKA 3A6OA 3CIVA 4U31A 2YDSA 4Z2HA 3LPGA 3PZOA 4FLOA 3AMDA 1GOKA 3VDBA 3MANA 3VIPA 4P7QA 4W7VA 3UETA 3ARTA 5JIPA 4P8VA 5I79A 5A69A 2X05A 3W38A 1JGIA 1CPUA 3AIWA 2OYLA 6TAAA 2XTKA 1CZ1A 2D0HA 1MWOA 4MADA 1WZKA 3ZSSA 4UCFA 3RO8A 3EDKA 2VJXA 1PJ9A 2WC3A 3WIJA 4IUGA 1W9DM 4IISA 3M7SA 1B30A 1MQPA 5ABFA 1QBAA 4ACYA 4EK7A 1XD0A 2VC9A 4FF5A 4W5ZA 3ARZA 1UQYA 4ATLA 1UD8A 2WHLA 3ZJ8A 3W81A 2YBTA 4IPLA 2G3MA 5GPRA 2NW0A 4UTFA 3VNZA 5CLWA 1SR0A 4OOZA 5E70A 4E8CA 1W1PA 1E1EA 2YLLA 3WQVA 4C7GA 2VR5A 4AZCA 3JUGA 2CBVA 2UY3A 3OZOA 5A8NA 4WKAA 3AHVA 4TTGA 3VGEA 4AISA 3S6TA 3VIIA 2WYSA 1W9PA 4NZCA 1UD5A 1QNPA 3GH4A 4AIUA 4W93A 4BZYA 1LQ0A 4NF7A 5HBFA 1UG6A 2DQXA 2J74A 4UFIA 4JCLA 1VEOA 3WD2A 4OKDA 2O9RA 2ZX7A 1EDQA 3AIEA 1GJWA 1RP8A 1C8YA 2CPUA 2VNCA 1E6ZA 3BSHA 4CKQA 1WAWA 2CIPA 2WC7A 3PHAA 2PWEA 2XGBA 1R87A 4H8VA 4JFSA 1H5VA 2BHZA 1HXJA 1LWHA 1US2A 4J3UA 1BSIA 2XG9A 2WZHA 4L4PA 3LPOA 1W3LA 4HZ7A 3N15A 4PMRA 2D2OA 4NSBA 4PMQA 3SCPA 3B9DA 4HPHA 4H41A 2J79A 5BXRA 1VFUA 3WDIA 4UOJA 3K8MA 2VVNA 1Z32X 3POCA 2DEPA 2VRJA 4BS0A 4CCCA 1BTCA 1J0HA 3BXWA 1V6WA 4QCFA 3DC0A 2D24A 1RH9A 3AI0A 3ARVA 3GZAA 4GO9A 3ALGA 4U2YA 3WEOA 2W4XA 3WD1A 5FKYA 1CLVA 3AIRA 1H2JA 2VQUA 1W3JA 3A4WA 4JZ5A 5ABGA 4JIEA 3WEMA 3ARRA 4CVWA 5A6KA 4C7FA 2J4GA 4BQ3A 3OLEA 1SMDA 1MFVA 2PBOA 3WDJA 3SCQA 1DTUA 2BHYA 2W5FA 4LGXA 2WVTA 2OLHA 4W88A 2XYLA 4XZBA 1W2PA 1PAMA 3GXIA 2FH6A 2Y5EA 1MW3A 1DWGM 1TVNA 1CGWA 1VF8A 3CO4A 3B8SA 2E9BA 2D20A 3HU7A 1WDRA 3SURA 2BY3A 1EQPA 3MUIA 5DT5A 4B3LA 4CN4A 5E6YA 4UOQA 1DWAM 1XCWA 5M03A 1C7SA 1C8QA 1DP0A 3WH6A 4PRWA 1KWGA 4JL2A 2WHJA 4QCEA 1S46A 5JBDA 3CBWA 4CD7A 4RL3A 2CKSA 2ZICA 4R27A 1L0PA 1O7AA 2OWCA 1W3KA 3AIUA 4D1JA 1HKMA 2YL8A 5M3WA 1GOIA 4PUEA 3FAXA 2GJRA 2XHYA 1J0ZA 3T0BA 2VUYA 4AD4A 1F4HA 1I1XA 1TMQA 4JKMA 1AQMA 4OBRA 5AC5A 3AIBA 3MMWA 5E0CA 4AW7A 3PTQA 5LA2A 3W6LA 3AFBA 1TR1A 4W85A 3T09A 3K1DA 3GBDA 3WDHA 4MB4A 4M80A 1J12A 2ZUMA 3W24A 4DWSB 3G6LA 2WKGA 1BAGA 3KL5A 3KE0A 1H1NA 4HU0A 2ZXDA 3WF1A 3TTYA 3VGHA 1EQCA 1CXIA 1W1YA 3L4UA 1W1TA 1UD4A 2MANA 3WEZA 1ESWA 4ZEPA 3AS2A 2A3EA 4OJYA 5AYBA 3L2MA 4A3HA 5D8WA 3OGVA 4W7WA 1SMAA 4EANA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RE4 A;  1CGU A;  3W0K A;  1PBG A;  2JEP A;  2ZUW A;  1B1Y A;  4UQ9 A;  1KR0 A;  3NDY A;  3ARW A;  3SCT A;  4H2C A;  3FHQ A;  3MKK A;  4L4O A;  5CQ1 A;  3NSN A;  5HXM A;  5A6S A;  1E72 M;  3IAN A;  3WL1 A;  4AD5 A;  2WXD M;  4XB3 A;  2VL4 A;  1CDG A;  2ZX8 A;  2JAL A;  3I3D A;  4AWE A;  2FDM A;  1OT2 A;  4HMC A;  1H49 A;  2Y4S A;  3KL3 A;  1BHG A;  5A6B A;  3BAI A;  3RPM A;  4W87 A;  1LLO A;  1G5A A;  2F8Q A;  3FW6 A;  1EHN A;  1V6V A;  1GUV A;  3UG3 A;  1CIU A;  2DSK A;  3KEH A;  1TA3 A;  3DEC A;  5CGT A;  2FHB A;  1UWQ A;  1DWI M;  3WSU A;  4YHE A;  3VVG A;  4DUX A;  2DIE A;  2D3N A;  2V5D A;  1WO2 A;  3WD3 A;  1HN1 A;  3WNK A;  2AAA A;  2D23 A;  3VOC A;  2YJQ A;  4B15 A;  3CMJ A;  4W8L A;  1CXL A;  3SEP A;  1C92 A;  1FHL A;  2VOT A;  4J3W A;  3RM4 A;  3WDR A;  5CPQ A;  4TVC A;  1UZ4 A;  2VR4 A;  5EFD A;  1LJY A;  5IXE A;  1ISX A;  2A3B A;  2G3I A;  2CCR A;  2AOS A;  1NOW A;  4XX6 A;  2A3A A;  4WF7 A;  3WFL A;  1CYG A;  2X0Y A;  1X6N A;  2YA2 A;  2WNW A;  1BVN P;  2CBI A;  1GHS A;  2WK2 A;  2CER A;  2JIE A;  4PSR A;  4S3J A;  1I75 A;  1MW2 A;  3NSM A;  3N9K A;  4W8B A;  4LYR A;  3AXI A;  2D1Z A;  1J11 A;  1ZBK A;  1VAH A;  2DT1 A;  1JL8 A;  5C8B B;  3U5Y A;  1GVI A;  2O92 A;  3BAW A;  2RGM A;  2WMG A;  3WNO A;  4MPK A;  1BYA A;  3WNN A;  5JBF A;  1MQQ A;  3AXX A;  3F5J A;  4Q7N A;  1UH4 A;  3ARP A;  2XFY A;  3ZIZ A;  1ISV A;  1JDD A;  3F4V A;  3IJ7 A;  2J77 A;  4DUV A;  1UWI A;  4UOZ A;  4XZW A;  4BQ2 A;  1GCY A;  2E8Y A;  1OIN A;  1V02 A;  4D72 A;  1UR8 A;  4HA3 A;  1GHR A;  1UKS A;  4AD0 A;  2Y24 A;  2CIT A;  1NAR A;  1PX4 A;  1HVX A;  1E5N A;  4TX6 A;  3CUJ A;  5CXP A;  1D2K A;  6CGT A;  3O6A A;  1VEN A;  2UWF A;  4PMZ A;  5GNZ A;  1YQ2 A;  2QMJ A;  2G41 A;  1TG7 A;  4AIE A;  1UR9 A;  1W1V A;  3IK2 A;  5I77 A;  4D6D A;  4M8U A;  2CNC A;  4C7D A;  4HOX A;  1LF1 A;  2D0G A;  1PIG A;  1DED A;  2JFE X;  2JEQ A;  1BGG A;  4MB1 A;  4MAZ A;  4GI6 A;  3SUV A;  1V08 A;  5A8O A;  1QI0 A;  1V0L A;  1K9D A;  4CD8 A;  2G3J A;  3EMC A;  4HOW A;  5IHS A;  2BNJ A;  3W82 A;  2WZE A;  2GJX B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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