1DWFM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. part 2: structure after irradiation with 9.1*10e15 photons/mm2
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
molecule tags Hydrolase
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwfM00
2DT1A 4JFSA 1OGGA 2Q8XA 1ISZA 3ARVA 4UQAA 1GQKA 1LWHA 3TA9A 4W84A 3WEOA 2PWHA 4D6IA 1CLVA 4JIEA 2WLZA 5A2CA 4DUXA 2YJQA 1MQRA 3VDCA 3POCA 3VM5A 3ZT6A 1BPLB 5CSUA 1TA3B 4PSRA 2CHOA 3ZJ8A 3UR7A 3CHEA 1OWQA 4HMEA 3CMJA 2CESA 1C7SA 2YIHA 4MNKA 1JL8A 3L4XA 3OA5A 1W3KA 4UQDA 1GCYA 2V3EA 2ZUUA 3DHUA 1E4NA 5CG0A 5D8WA 1JI2A 2CIPA 2GFTA 3AHXA 3N17A 1V3KA 3WENA 3DYOA 3BCFA 3N04A 3AI0A 4CVUA 3OZOA 3OLIA 1HJXA 1WDPA 1WDRA 4H7VA 1C7TA 4PMNA 2GJXA 5IFTA 3E1F1 5CJ5A 3WFZA 1C8YA 4AD2A 4WSKA 1FA2A 1WZAA 1KXTA 1WZMA 4GZJA 3CUFA 3GDBA 1UWRA 1CPUA 4V27A 4PUEA 3OG2A 1KQZA 3VIMA 7A3HA 2HVMA 4U2ZA 1TVPA 1H2JA 2PWEA 4AZ7A 4W8BA 4UOQA 3VX0A 1B0IA 1GZJA 3AYRA 5C8BB 1KXHA 3M07A 2VVSA 1KXVA 4H04A 4ZE4A 1VEOA 4J3UA 3BCDA 1WB0A 2GK1B 3BC9A 2WMJA 1KGWA 4RE3A 1JZ8A 3NUKA 1C8QA 7TAAA 1HVXA 2VX4A 2VZVA 1ZBVA 4RE2A 1KB3A 2EO7A 3A47A 2VQTA 2CKSA 4KMQA 4WJXA 3CHCA 3O6AA 1CWYA 2Z1SA 4NRRA 1UR9A 1QI3A 4HZ7A 4JZ5A 2EXOA 1MVYA 5LYRA 5A6KA 3O2LA 3WQVA 1CGUA 4YHEA 3RJYA 2DIJA 2VZUA 3OGSA 1U30A 3U7BA 1OGBA 3ARUA 1SYTA 4UZUA 3BAWA 3THDA 3HMCA 3BSHA 1W32A 4E8DA 2O9RA 3LPGA 5GNZA 3WH9A 3UG4A 1WZKA 3D5HA 1R7AA 2PBGA 3MUZ1 2ZXBA 3NYDA 3WNKA 5CPQA 4AIOA 2VZTA 3LPOA 4JFUA 4N42A 4H8HA 5GNYA 4JFVA 1XH1A 1M01A 1X1NA 3FNDA 1JYVA 1E6QM 1ZJBA 4Y7EA 2Z1KA 1DEDA 1JD9A 3EBVA 4LYRA 1B1YA 2J8GA 3VD3A 4UFJA 3TONA 5E0CA 2GJXB 5KEZA 3RM4A 2DSZA 1B3WA 4JL1A 1VB9A 5I5RA 1MXGA 3NSXA 4UNIA 2WCGA 3K8KA 3CTTA 3ZO9A 4MAZA 3B8SA 2NT0A 5A6LA 3IAPA 3GH4A 4JFTA 3MMUA 4Z2GA 1B30A 3QHNA 4AISA 1RH9A 3WF1A 3CGTA 3FXYA 4Z2LA 5C70A 3N18A 1QHOA 3HN3A 1MYRA 1GQIA 3WQ4A 1TZ7A 4FLQA 1V6WA 3MUIA 2BHZA 2ZXQA 4D6EA 1HL8A 4KRUA 1KFWA 5DF0A 1B2YA 3AIUA 4BQ5A 1W9UA 1CGXA 4TVDA 4QAWA 4EAMA 1CXEA 3VIKA 3KZSA 1OGSA 3CBWA 4R5EA 3T2QA 2XTKA 3ARQA 2A3CA 2AAAA 3RPMA 1FH7A 1HKIA 4KWUA 1B90A 3CLWA 4RL3A 5A6JA 3PZIA 1G1YA 1UOKA 2FGZA 4AD0A 2PWFA 1K9FA 5D9OA 1CXKA 4HA4A 2CETA 2EPLX 3PZTA 3VX1A 4P8VA 3VINA 3F4VA 2WANA 4PMDA 5IHSA 5BWFA 1CENA 4GO9A 3I3BA 2YL6A 1JYWA 1R85A 3DECA 4CN4A 1PBGA 2WC7A 1NOFA 3TTSA 1FH8A 3IJ8A 1QBBA 3AXHA 4GI9A 1UD8A 3HU7A 2V5DA 1W3LA 4ATWA 2DQXA 5CPTA 3WH5A 1W9XA 2BHYA 3WQ8A 2WBKA 2WWCA 4EE9A 1JZ7A 1UHVA 4LGXA 4PMXA 3W26A 5KZ6A 1V3MA 1G94A 2XWEA 3ARSA 1KCKA 1CECA 5CZKA 1MFVA 3T2PA 1EO7A 2GSJA 2BY2A 4J27A 2XYLA 2X05A 4J7RA 4QP0A 2F8QA 1DWIM 4L4OA 5A8QA 1E6XM 1H11A 1DP0A 4GI6A 3WQWA 4IUGA 1UH4A 3AS0A 4OBRA 2ZICA 1V08A 3T0BA 1CIUA 2Y5EA 3M7SA 3DYMA 4X0VA 1BAGA 1V6UA 1OM0A 3PZGA 3AZSA 3ZM8A 2WPGA 2JE8A 5E70A 1UWTA 3NSNA 1CGTA 4TX8A 3WF4A 1CLXA 2V5CA 1WP6A 3CUIA 1B9ZA 2ZUNA 4LXFA 2VJXA 3FHQA 4UOJA 4JKKA 4BA0A 5CSYA 4D71A 4W5ZA 4DWSD 2TAAA 1LL6A 4LYQA 4CU6A 4Q22A 2Y2WA 1P6WA 4ZENA 2D23A 2OYKA 2VRJA 3MMWA 1Q6CA 1X6NA 3A4XA 1PIGA 3UR8A 1UKQA 1K9TA 1Q6EA 4QCFA 3OB8A 4F66A 3U7VA 4TVUA 1B3ZA 2E40A 2JEQA 3GNOA 5CQ1A 1J0HA 4Z2HA 4AZ6A 4OBSA 1GONA 5AYBA 5I24A 1BGAA 3CUJA 4PCSA 1CBGA 3WD2A 1EOMA 2F2HA 1R8LA 2WHMA 9CGTA 2AMGA 4HMDA 4PBGA 3WELA 2ZUMA 1E6SM 5D4YA 5IDIA 5A6BD 3CUHA 5BCAA 2BVTA 1EIBA 3BXWA 4WKAA 2XFFA 3AIWA 3WD4A 1CGVA 3HJEA 1NWRA 2IUZA 5DEZA 4NI3A 3VNYA 4EK7A 1WPCA 2J74A 4PTXA 2PB1A 1KGUA 1LG1A 4PMQA 1PPIA 3VPLA 1M03A 1D7FA 1KWGA 1V0NA 4MPKA 1E1EA 1XH0A 2VMFA 4W87A 3W82A 3ZMRA 5HOSA 1HVQA 4OOUA 3VO0A 1DWGM 1ISXA 3AIEA 1ITXA 1E6RA 1HN1A 3ARPA 3AIBA 2ZUSA 5F7UA 1JZ5A 2D3NA 4D6GA 1WDSA 1CNVA 1NWSA 4WKHA 3AS1A 4J3SA 5CLWA 3VUPA 1E55A 3VIHA 4M29A 2WSPA 3CHFA 2B31A 2CBJA 3W24A 2Y24A 1MW0A 3ZJKA 2VI0A 3AYSA 2WVVA 4GINA 1UZ1A 4TOQA 3PTQA 5GPRA 1MXDA 1DWAM 3W4RA 4AMCA 4BQ3A 1PX4A 3OGVA 3SCVA 1J0ZA 3WFLA 3L4TA 2EJ1A 2G3NA 3CHDA 1J9YA 2VZSA 4F9JA 3APGA 5E6YA 1JZ3A 2YOCA 4PYSA 2JF6A 1TUXA 4BS0A 4MB5A 4HA3A 3SCNA 4AZIA 1BQCA 5A8OA 1EHNA 2D3LA 2OYLA 2J25A 1WNOA 2WC4A 4FLOA 2WM0A 1PX8A 3RO8A 2YDSA 3F5KA 3VNZA 4PMZA 2X0YA 4U3AA 1GNXA 1NWUA 3VGFA 5FL0A 3G6LA 2FHFA 2XFRA 1R86A 3QHOA 4M8UA 4UQCA 1UKOA 3KL5A 3U5UA 5A1AA 2ESCA 1SMDA 2RGMA 3W6LA 1UD2A 1W91A 4V2XA 5FKYA 4AD3A 3JUGA 1FFRA 3VKKA 1TMQA 2J7FA 4KH2A 1XD0A 1NQ6A 4WK9A 5ABEA 3AQUA 2DIEA 3GH7A 1J18A 3ARWA 2WZHA 1N82A 4CU8A 4ZE5A 5A6AA 1HX0A 3SCSA 1OINA 4A4AA 5LA0A 4GPNA 4B3KA 1W1YA 3W6MA 1W1TA 2O9TA 3FN9A 2E3ZA 2YKKA 1BYAA 1F4HA 3AHVA 2WMGA 4PN2A 4F79A 3GH5A 3FY1A 4QFUA 2CEQA 1BF2A 4CKQA 2E0PA 3VD5A 1BSIA 2CNCA 4B9YA 4HPGA 4AEFA 2XG9A 4N0RA 1JDDA 7CGTA 1K9EA 5GQBA 1I75A 5D9MA 5A94A 3GNPA 2CPUA 2BXYA 1BHGA 3BH4A 2CBVA 2VVNA 4GQRA 4JCLA 1MW1A 2WAGA 3CUGA 3ZJ7A 1GJWA 3KWXA 2J79A 1E6ZA 1E6PA 1TVNA 2WYSA 3OIHA 4JL2A 3OLGA 1TCMA 1RP8A 1FH9A 4J3VA 1DWFM 5D9NA 3L4YA 4W93A 1QPKA 5HPCA 2W66A 1ISVA 5A2BA 2XVNA 6A3HA 1IZKA 3KE0A 4LX4A 2EEXA 1A3HA 3GM8A 2DSKA 3WBEA 3BAXA 5A8NA 1QNOA 2ZX8A 4LQ1A 1F4AA 4P7RA 4W5UA 2OYMA 3WUFA 2WZEA 1KBBA 5IXEA 5FCZA 2BY0A 1B3VA 4OKDA 5M17A 2XM2A 4S3KA 1AQMA 2WVUA 1W9BM 2D2OA 1WE5A 1AVAA 3WKZA 2W4XA 3N11A 1PJ9A 3AS2A 4CCEA 4B3LA 1XV8A 1Q6GA 3VMNA 4B9ZA 4XB3A 4HMCA 1LG2A 3BLKA 4URIA 1KWKA 5IHRA 3GXIA 4MDPA 3RM9A 3PZVA 5AYIA 4UQEA 3AIRA 3IANA 1OD8A 1UYQA 1ZBCA 4XUYA 4A3YA 5BROA 1FP8A 2G8ZA 2FHCA 2DT0A 3BMVA 3AMDA 4QLKA 3EDJA 1KCLA 1V03A 4U3CA 5JIPA 2CXGA 4BZYA 5HXMA 3CZJA 5CGMA 3WD0A 2WMHA 3VDBA 3QR3A 1GUVA 2DT2A 1Z32X 1DWJM 1QW8A 3MSGA 3ECQA 4U5IA 4IPNB 4PTMA 1OB0A 4P7NA 1G0CA 1JF5A 3AMLA 3OLEA 3SUUA 3UG3A 2J7GA 1V6YA 5A69A 1JXJA 1KBKA 2O9PA 3GTNA 3WUGA 3MU7A 3MO4A 1GOIA 2HISA 3MSDA 1CDGA 4WF7A 1KQYA 1HJSA 1OT1A 2G41A 3GXMA 2WMKA 3CPUA 4ML4A 2CBUA 2VO5A 1O7AA 4TTGA 2WKGA 2V38A 2ZXDA 1JZ2A 1UR0A 1NP2A 1NOWA 3EMCA 2ZE0A 3VTRA 1ZU8A 5AY7A 5A6MA 3QOMA 2CKRA 3L4WA 3VGGA 1OIFA 4AD1A 4CD7A 1VEPA 4TTUA 5A2AA 1HKKA 1WDQA 3D3AA 1UWSA 4M56A 1K9DA 3CZKA 3FW6A 3AHZA 2WCSA 2C7FA 3TTOA 2GJPA 1H5VA 5ABHA 1E56A 1E72M 5I3DA 1EXPA 4BQ2A 1VRXA 2XJ7A 2ZX7A 2CBIA 2FHBA 2XSBA 1E4MM 2OWXA 4AZ5A 1OCQA 1WKYA 2WKLA 8CGTA 2WMIA 1PZ2A 2UY4A 1QNQA 2O9OA 2VCCA 1VBRA 3KEHA 1LWJA 5I77A 3QGVA 2J7DA 3AJ7A 1WO2A 4MB1A 1UKSA 1JNEA 4M80A 2WVSA 2X09A 3EMQA 3AISA 1FP9A 2WHJA 3SUSA 4V28A 3MS8A 1E3ZA 3PZQA 5LA1A 4HPHA 1E15A 2XVPA 2DPEA 4AIUA 3ZQ9A 3WDIA 4HU0A 2Y4SA 5I0DA 4GZEA 3VIJA 3WSUA 3SCWA 4CUCA 2ZX6A 1JGIA 2WZIA 3VOCA 4UQ9A 4FLRA 1G5AA 4AD4A 4EANA 3N9KA 5I78A 1EQPA 1J12A 5I6SA 2ZUWA 2EPKX 2VC9A 2OSXA 4DUVA 3AOFA 3SUVA 1H09A 2VR5A 3W0KA 3W53A 1W3JA 1MQQA 1W9PA 4YN5A 3WDPP 4MB4A 2YA0A 4YHGA 4B16A 2WBGA 3CZ8A 2PI6A 5FD0A 4JKMA 1XD1A 2ZWYA 1E43A 3ALFA 1HF6A 4H41A 2ZXAA 1C92A 2O92A 1J10A 1FHDA 5JBEA 5FIPA 3FAWA 1W9VA 3SCOA 4AW7A 1BTCA 2VZOA 2J7BA 2XPKA 1E5JA 2BVYA 1KR1A 2J47A 3SURA 4ZFMA 2E9BA 1JNDA 1XRVA 2BNJA 1J01A 4JHZA 4PUDA 1V3HA 1BYDA 3A4AA 4U5KA 1RD6A 3WDRA 1GOKA 4AYSA 2WHKA 3AXIA 1ODZA 1HIZA 3FHAA 1FHLA 3GBEA 2XIIA 3KL3A 4CD4A 1UA7A 1E4LA 4AC1X 2QMKA 2BS9A 3WNOA 3MANA 4HP5A 4HZ8A 4AZGA 3L2MA 3N12A 3WQ6A 1IZJA 4HTYA 3THCA 4EKJA 3AZTA 1E6NA 4D6CA 1UA3A 2WMIB 3G6MA 3TP4A 3OGRA 3DC0A 3RIKA 1WZLA 1BFNA 5EB8A 1MW3A 1UD6A 3ZSSA 2FDMA 3LPPA 5ABFA 1ZL1A 1E70M 1EA9C 1QI5A 3B9EA 2MANA 2GDUA 3WH7A 2YA1A 4AWEA 3CO4A 5CLTA 4AY1A 1JIBA 1LL4A 2X0HA 4K68A 4QLJA 1ECEA 3W37A 2A3EA 3PTMA 4ZXLA 4KRTA 3T09A 1XSIA 2E9LA 2CERA 1C93A 3U5YA 2D22A 1BYBA 3I3EA 4AIEA 5CPSA 2BXZA 1E0VA 1LL7A 1PX3A 5TD4A 1DTUA 1HKJA 3TTYA 2VR4A 3SCPA 4KGJA 4CN1A 3RM8A 5DO8A 2EPOA 3VIGA 3EDDA 3K46A 1MWOA 3PN8A 4J3XA 4MB3A 5DMYA 1QI0A 1VEMA 1UQZA 4MNLA 3WH6A 2UY2A 1QW9A 4TVCA 4W8AA 5HNNA 3ZT7A 1V3JA 4CGTA 4WKFA 2XIBA 2V3GA 1VFFA 1GOOA 3WD3A 2QPSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DT1 A;  4JFS A;  1OGG A;  2Q8X A;  1ISZ A;  3ARV A;  4UQA A;  1GQK A;  1LWH A;  3TA9 A;  4W84 A;  3WEO A;  2PWH A;  4D6I A;  1CLV A;  4JIE A;  2WLZ A;  5A2C A;  4DUX A;  2YJQ A;  1MQR A;  3VDC A;  3POC A;  3VM5 A;  3ZT6 A;  1BPL B;  5CSU A;  1TA3 B;  4PSR A;  2CHO A;  3ZJ8 A;  3UR7 A;  3CHE A;  1OWQ A;  4HME A;  3CMJ A;  2CES A;  1C7S A;  2YIH A;  4MNK A;  1JL8 A;  3L4X A;  3OA5 A;  1W3K A;  4UQD A;  1GCY A;  2V3E A;  2ZUU A;  3DHU A;  1E4N A;  5CG0 A;  5D8W A;  1JI2 A;  2CIP A;  2GFT A;  3AHX A;  3N17 A;  1V3K A;  3WEN A;  3DYO A;  3BCF A;  3N04 A;  3AI0 A;  4CVU A;  3OZO A;  3OLI A;  1HJX A;  1WDP A;  1WDR A;  4H7V A;  1C7T A;  4PMN A;  2GJX A;  5IFT A;  3E1F 1;  5CJ5 A;  3WFZ A;  1C8Y A;  4AD2 A;  4WSK A;  1FA2 A;  1WZA A;  1KXT A;  1WZM A;  4GZJ A;  3CUF A;  3GDB A;  1UWR A;  1CPU A;  4V27 A;  4PUE A;  3OG2 A;  1KQZ A;  3VIM A;  7A3H A;  2HVM A;  4U2Z A;  1TVP A;  1H2J A;  2PWE A;  4AZ7 A;  4W8B A;  4UOQ A;  3VX0 A;  1B0I A;  1GZJ A;  3AYR A;  5C8B B;  1KXH A;  3M07 A;  2VVS A;  1KXV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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