1DWFM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. part 2: structure after irradiation with 9.1*10e15 photons/mm2
Total Genus 197
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwfM00
4TVDA 1GQKA 1VJZA 2EO7A 1QNPA 3WBAA 1PAMA 1EDGA 1OD8A 2DH3A 2J7BA 1E0XA 2UY3A 1DTUA 2IXVA 1HJXA 2O9RA 3L4YA 4CD7A 1ISXA 1LL6A 3O6AA 2JEPA 2PF0A 2CYGA 2CBIA 1V03A 1ODUA 3N12A 1XD1A 1M01A 5E9AA 2DIJA 2OSXA 2XFYA 1TE1A 3NYDA 3VIIA 3K46A 2WMIA 3O2LA 3PZUA 4EK7A 4PMOA 4UOJA 1QHZA 2XM1A 1BPLB 4UTFA 4OOZA 1OBAA 4AW7A 4W7WA 5A95A 4CU8A 1UR1A 2ZX8A 1HT6A 3L4TA 5I3DA 1K6AA 4W7VA 5A8NA 1E15A 1VEOA 3EDDA 3MS8A 5A2AA 1UD6A 4P7NA 4PEEA 1ZB5A 3IAPA 1UD2A 1VIWA 5IXEA 2PWGA 3FY1A 1AVAA 1WZAA 3VNZA 4TVCA 5M3WA 4F9DA 1CGUA 3VIJA 3FAXA 2ZUUA 1K9DA 2E0PA 4HA3A 4Z2JA 4U31A 2XG9A 1JYVA 5I79A 1R7OA 3VILA 1QNRA 1XH0A 1V0LA 2WLZA 4MDPA 1DWGM 1UKQA 3LPOA 4UQDA 5KEZA 1JI2A 4H8UA 5CGMA 5FCZA 3NIYA 3PN8A 1UG6A 2IUZA 3WF1A 1JL8A 4M80A 1ECEA 4E8DA 2GUYA 2DSUA 2OYKA 3VMNA 4IISA 1E0WA 4LGXA 1BG9A 1FFRA 1JGIA 4U2ZA 4AD4A 3CTTA 5FL0A 3GBEA 1UA3A 3WIJA 5CZKA 2YBUA 1LL4A 4CCCA 4XZBA 1A47A 3GXDA 1BVZA 1QNQA 4AZCA 3BCFA 2DQXA 1G1YA 1Z32X 1HKMA 3ZSSA 2VTFA 2ZUMA 4BZYA 1XCXA 4PTVA 1O7AA 2DSKA 3DYOA 4UCFA 1E70M 1V3JA 1C8YA 2GJRA 3AXHA 2X2YA 1IZJA 4J3WA 4KRUA 1W32A 4HZ8A 4B16A 4BS0A 4DUWA 1BFNA 5A6KA 1KXHA 5EFFA 3W28A 1RP8A 3L2LA 2DGAA 3BSGA 2XVNA 3FXYA 3ZR5A 2DSWA 2VL4A 3GYCA 3QOMA 3W37A 1BG4A 2YDRA 4XV0A 4JL2A 4C7FA 3EYPA 2ZUTA 2XGBA 4LYQA 3N11A 3DC0A 5LA1A 2J25A 4D6JA 5AYBA 4CCDA 2CHOA 3WL0A 4P7LA 1HKJA 3DECA 1B90A 3AIQA 2VX5A 2XHYA 1E4NA 2D3LA 4CVWA 4TXEA 4ZXLA 5BXRA 1E9LA 3B9EA 3WDPP 4JZ5A 1UR9A 2WHJA 3VDBA 5IDIA 4QCEA 4ZFMA 1VFFA 3IAQA 3KZSA 1V3IA 2UWFA 4U3AA 3VD7A 4ML4A 4U2YA 2EPLX 4UFIA 3WD1A 4AZ7A 1VBUA 5CPQA 1V02A 2WXDM 1E6NA 3GM8A 1TUXA 1GQLA 1NM9A 4MNKA 1W1TA 2YL6A 1I1WA 1E4IA 5LYRA 1QW9A 1FFQA 4CD6A 4PRWA 1G9HA 3F5LA 1HP5A 2J79A 3T0DA 1WPCA 2XWDA 4L4PA 4D71A 2QPUA 4GZEA 1JXKA 3U57A 5HOSA 4JHOA 1HX0A 1JZ6A 2G4FA 3RIKA 4GO9A 1J0IA 1OGBA 2WHKA 3AHYA 4U5KA 1QBBA 3W38A 4JIEA 4E4PA 3N18A 1UR0A 1C91A 1EO7A 3M6DA 3PTMA 4HP5A 1CEOA 2WK2A 1GW1A 3ARVA 4U5IA 8CGTA 1ISZA 2CBVA 1UZ4A 3BMWA 2OYLA 3BSHA 2OSWA 4CCEA 1DP0A 3AIEA 3PZNA 4JCLA 4QAWA 2VJXA 2XGIA 4HA1A 3UG5A 1NWTA 5A6JA 2J8FA 5CQ1A 3THDA 1CGXA 1V0KA 2WNWA 3GBDA 3SUTA 2W67A 2WB5A 2WCSA 4EKJA 2YA1A 2D2OA 4TVUA 5LA2A 2EPOA 4AZIA 3VD4A 2J8GA 2D22A 3MUY1 4Z2IA 1BHGA 2F2HA 4AIOA 3AIRA 4LYPA 3SCNA 3K8MA 4YPJA 3A6OA 3WFLA 3BAJA 4GINA 4EE9A 3AJ7A 1SMAA 4AZ5A 5IFTA 4HPGA 3VUPA 4MAVA 2VUYA 1JD7A 2J7DA 2OYMA 3E1F1 5D8ZA 4TX6A 1UWUA 1B31A 3WH7A 3LPPA 3ZQ9A 3SURA 5IHRA 1TFVA 1JYWA 1EQCA 3ARTA 2WKLA 2YOCA 1KCKA 4IPNB 1UD5A 1J0ZA 1ISYA 4U3CA 1H11A 3WEOA 1CBGA 1J9YA 1X6NA 4UOZA 2ZOXA 4GQRA 4BA0A 2NT1A 2IXUA 3ARSA 2G3NA 3EBVA 4OJYA 3WDIA 1JZ5A 3M7SA 3OZOA 5AY7A 4UQBA 1J11A 2DDXA 1JFHA 1UOKA 3OZPA 2E4TA 3NSXA 1V6WA 1Q6EA 1NARA 1UH2A 1H0IA 1YQ2A 2PBOA 1K9FA 4WLCA 1XCWA 3HJEA 4AC1X 1C93A 1HJQA 3VM7A 2YL5A 1BLIA 3AMCA 1UH4A 9CGTA 3WDJA 4HMDA 3WELA 4AISA 4D1JA 3AHTA 1B0IA 3WD4A 4GO8A 1F4AA 1DWFM 4LX4A 2V3FA 3AHXA 7A3HA 1UKOA 5D8WA 1ZU8A 4WKAA 2O9TA 1FP9A 1GOQA 2X0YA 4ATWA 4H41A 1VB9A 1EH9A 3D3AA 5DT7A 1JF6A 2VCCA 1E6XM 1HL8A 1P6WA 2TAAA 3VIGA 1PX3A 3AMLA 3F5JA 1ZBWA 4PMQA 3CBWA 1MW2A 2HVMA 3VINA 1XSJA 3S2CA 1MFUA 3WFZA 3W6LA 1SFSA 1CWYA 2YL8A 1QPKA 4DWSC 4PTMA 2Y8KA 2WMHA 1HNYA 4D6FA 2JE8A 1VEMA 3VDAA 4CKQA 2CKRA 2J4GA 1I1XA 4MAZA 1XGZA 1CYGA 3ZIZA 1CGVA 4IM4A 1UQYA 1X1NA 5ABFA 4HU8A 3UG3A 3EMZA 3UERA 1CTNA 4M8UA 5A8QA 1FOBA 2D0FA 2VI0A 3VD3A 2PWFA 2BY2A 3GTNA 3WNOA 5I2UA 4MTVA 1G0CA 3B9AA 3BXWA 4H04A 1AMYA 2ZXDA 4CD8A 6TAAA 1W9UA 3AS3A 1UZ1A 2B31A 2FHBA 3AIBA 3CH9A 1N82A 1E5NA 3T2PA 3MKKA 4HU0A 3W81A 5BROA 2ZX9A 4W8LA 3DHUA 3AMDA 2EBNA 2ZE0A 2VCBA 6CGTA 1B30A 2EPNA 2GDVA 3RM4A 4TUFA 3WF4A 4H2CA 3VIFA 2XM2A 4WSKA 3WD3A 3WNNA 3UESA 3MUAA 4DM2A 1OM0A 1E72M 3ZOAA 4D6HA 3W0KA 4UR9A 4MNJA 2DH2A 3KL3A 1CDGA 4CD4A 2QF8A 1E56A 2CPUA 3JUGA 3D5HA 3PZQA 5HBFA 3ZM8A 3WKZA 4AD0A 1F4HA 3PZ9A 3SEPA 2G41A 4M81A 3A4XA 3I3BA 2HISA 5LA0A 3HMCA 3BLKA 1WAWA 4CUCA 2X1IA 4JFTA 1J01A 3OLGA 4DWSD 1M04A 2D20A 4GI9A 3T09A 1VJSA 3OGSA 2W92A 3L2MA 1V3KA 4BCEA 7CGTA 3CUJA 5GQBA 1E6RA 1WNOA 1BAGA 4JAWA 3NSNA 2BFGA 2V3EA 4NRRA 4CN6A 2OSYA 4V28A 4Y7EA 1RD6A 4P8VA 1GNXA 4CGTA 3WN6A 4JCMA 1WO2A 3SUVA 2A3BA 1BTCA 5A6SA 5DMYA 2Y2WA 3AYSA 3VIMA 1R87A 1PZ2A 4D72A 1FH7A 4PN2A 3VIKA 4H8HA 4OIFA 5A6BA 1W1PA 2ZX7A 5E6YA 1WDSA 4QCFA 4AMCA 1WP6A 2WC3A 3W27A 1FH9A 1CLXA 1CECA 1QNSA 3VIPA 2J78A 3EDKA 1E6ZA 5E09A 3WEMA 5C71A 1UR8A 2VX4A 1HVXA 2WPGA 3QHMA 3WUGA 1UH3A 2E40A 3K8LA 1JZ2A 1BYDA 2Q8XA 1AQHA 1JZ3A 4AEEA 3WQ8A 1NWUA 2FHCA 4LPCA 1ZJAA 4HPHA 2BHUA 1AQMA 3RJYA 3DHPA 7TAAA 2WHLA 1W2VA 2JF7A 1QI2A 3WH8A 3KL5A 1XYZA 4D6EA 4J3VA 4D6CA 1GHSA 3OB8A 5C8BB 3ZJKA 1V3MA 3OIHA 2DSZA 3POHA 1G94A 2D0GA 3S6TA 1B9ZA 2NT0A 4OUEA 4X0VA 2W61A 2ZICA 2QMJA 2CNCA 1ITCA 4HOZA 2CEQA 1E43A 3WQ4A 3L4XA 2VZSA 5CLTA 1H5VA 2DPEA 3L4VA 5FOOA 1KWKA 4ZE5A 3AROA 1E1FA 3WD0A 3IK2A 1KFWA 2WMJA 1VFMA 4B9YA 1PX4A 2A3AA 1VFOA 1H3GA 1WDPA 3CZGA 3WNMA 3ECQA 4E2OA 2PC8A 4P7RA 1HJSA 4AEFA 3ZT6A 3LPGA 3VD5A 2VX6A 1NWRA 2VCAA 1BYAA 1EA9C 3AMKA 3TP4A 3CGTA 4ZXOA 1ZL1A 1G5AA 1NWSA 1V6YA 5ABGA 1KXQA 2E3ZA 2WYSA 1TR1A 2V5CA 3ZJ8A 2F8QA 3BGAA 1E71M 3BCDA 1QNOA 3WNKA 4Z2LA 2W66A 1CZ1A 3SCWA 5E0FA 1WB0A 4PMXA 2VZTA 2DSVA 3AS1A 3DYPA 2WVVB 1FP8A 3RPMA 2AOSA 4X9YA 4BF7A 1NOWA 5BYWA 2C0HA 3WUFA 2GK1B 3AICA 4W5UA 4OZOA 1TA3B 3PTQA 1PX8A 1NQ6A 2WSKA 3ZSTA 2WWDA 4C7GA 1MFVA 3AZSA 3IANA 5ABEA 1EGZA 3QGVA 4BQ3A 3WF3A 2E9MA 4WSJA 4A3HA 3WH6A 3WDRA 3CUGA 1R8LA 1XH1A 4UFKA 2WCGA 4ZE4A 4ACZB 1RH9A 3KE0A 2G3JA 5CPSA 1J0YA 3CHDA 1JZ7A 2VNCA 5M17A 1L0PA 1KR0A 1A3HA 5I6SA 2CCRA 5EBAA 1R85A 4WKHA 2C7FA 2X0HA 1E3XA 1ISVA 3I3EA 5BXSA 3SCUA 5M5DA 2RGLA 3VDCA 3EMCA 3WF2A 4CU7A 4W86A 1J0KA 1W9XA 2ZXAA 5BCAA 4U33A 3BAYA 1OT1A 4AD3A 1WDQA 2UY2A 1C7SA 3WMSA 3VGEA 5HPOA 4N42A 3POCA 1XYFA 2J74A 4PTWA 1UKTA 2NSXA 1LG1A 3CO4A 4MB5A 4OBSA 4QLKA 3L4ZA 1M53A 2DT2A 3MMDA 5BRPA 2OWCA 2RGMA 1XRVA 4PBGA 4F66A 1J18A 1DHKA 4JKMA 1X6LA 3O9NA 3VDHA 4JKLA 2UY4A 2EJ1A 5A6AA 3THCA 4AY1A 5HDRA 1TMQA 2CBJA 1E6QM 3IJ8A 1JD9A 2ZUSA 3RILA 3TOPA 2WMKA 4XUYA 2CBUA 2AAAA 1AQ0A 4QP0A 3BAIA 1V6XA 3T0AA 3W53A 3BH4A 1JDCA 3PZTA 4PMVA 4WKFA 3DYMA 1CNVA 1VF8A 2XVPA 1W1VA 4JL1A 2CESA 1XHGA 3U5YA 1EHAA 1HJUA 1QOXA 2J75A 1MW3A 1GZJA 4J3TA 1UQZA 2E9BA 3RO8A 3B9DA 4W89A 4R27A 2J7FA 4OOUA 1FHLA 1D2KA 3VKKA 2XVGA 1WE5A 4HA4A 3ZMRA 1UKSA 3SUUA 3GNPA 5A3HA 1GCYA 2FGLA 1B3ZA 3SCRA 1DWJM 3W24A 1MW1A 5I23A 5KZ6A 1WDRA 5D9MA 2X05A 3AYRA 2BNJA 3UR7A 3WENA 1Q6DA 2WKGA 3VO0A 1SYTA 5JBDA 1H1NA 2XUCA 2EEXA 3CLWA 2DIEA 5EMYA 3MSDA 1OT2A 2YLLA 4XZWA 1MQQA 4MJ2A 2G3IA 1H4PA 2WLYA 4P8UA 1YHTA 1GQIA 1E4MM 4RE2A 2ZWYA 3LPFA 1MXGA 3VOCA 2WAGA 1MQRA 4DWSB 3VM5A 4H8VA 2XPKA 4UZUA 4AD1A 3WMCA 2O9OA 4NF7A 3MV01 1BVNP 1OB0A 2Z1SA 4UFLA 2GVYA 3N15A 3NSMA 3U7BA 2A3EA 4P8WA 1UWTA 3NCOA 4D6IA 1H2JA 3KL0A 3J7HA 1B3XA 5ABHA 3MMWA 4W7UA 1R7AA 1M7XA 3W6MA 1IV8A 1V0MA 2BVTA 1D3CA 2XVLA 4Z2KA 1Q6CA 2X09A 4GPNA 2CIPA 5A8PA 4AD2A 3N17A 3OLIA 2D24A 5I78A 1UYQA 3QOKA 1W1YA 2EQDA 1HIZA 1GOWA 3VX1A 4Q22A 4RL3A 4W88A 4UNIA 4PSPA 2OWWA 3TTYA 3F4VA 5JBFA 1C8XA 5FD0A 3AI0A 4PMNA 1ODZA 5D9NA 4JFVA 4F79A 4W93A 3CHFA 3SUWA 4NSBA 1BYBA 4UQAA 1JYXA 5BXPA 2DT3A 5A8OA 4PUDA 2QPSA 2AMGA 5AC5A 1B1YA 3EDEA 1V08A 4M24A 3VMPA 1SR0A 1EHNA 5AC4A 1ITXA 3CMJA 3L4UA 4MB1A 4P8XA 2VR4A 1BF2A 1J10A 1JDDA 1OD0A 2F61A 2WM0A 1VBRA 2QMKA 1KR1A 1V02E 1OINA 3II1A 5A1AA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TVD A;  1GQK A;  1VJZ A;  2EO7 A;  1QNP A;  3WBA A;  1PAM A;  1EDG A;  1OD8 A;  2DH3 A;  2J7B A;  1E0X A;  2UY3 A;  1DTU A;  2IXV A;  1HJX A;  2O9R A;  3L4Y A;  4CD7 A;  1ISX A;  1LL6 A;  3O6A A;  2JEP A;  2PF0 A;  2CYG A;  2CBI A;  1V03 A;  1ODU A;  3N12 A;  1XD1 A;  1M01 A;  5E9A A;  2DIJ A;  2OSX A;  2XFY A;  1TE1 A;  3NYD A;  3VII A;  3K46 A;  2WMI A;  3O2L A;  3PZU A;  4EK7 A;  4PMO A;  4UOJ A;  1QHZ A;  2XM1 A;  1BPL B;  4UTF A;  4OOZ A;  1OBA A;  4AW7 A;  4W7W A;  5A95 A;  4CU8 A;  1UR1 A;  2ZX8 A;  1HT6 A;  3L4T A;  5I3D A;  1K6A A;  4W7V A;  5A8N A;  1E15 A;  1VEO A;  3EDD A;  3MS8 A;  5A2A A;  1UD6 A;  4P7N A;  4PEE A;  1ZB5 A;  3IAP A;  1UD2 A;  1VIW A;  5IXE A;  2PWG A;  3FY1 A;  1AVA A;  1WZA A;  3VNZ A;  4TVC A;  5M3W A;  4F9D A;  1CGU A;  3VIJ A;  3FAX A;  2ZUU A;  1K9D A;  2E0P A;  4HA3 A;  4Z2J A;  4U31 A;  2XG9 A;  1JYV A;  5I79 A;  1R7O A;  3VIL A;  1QNR A;  1XH0 A;  1V0L A;  2WLZ A;  4MDP A;  1DWG M;  1UKQ A;  3LPO A;  4UQD A;  5KEZ A;  1JI2 A;  4H8U A;  5CGM A;  5FCZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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