1DWGM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal: part 3 structure after irradiation with 18.2*10e15 photons/mm2.
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
molecule tags Hydrolase
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwgM00
2BFGA 2DIJA 1F4AA 3WQVA 2Y4SA 1NQ6A 4ATWA 3PZQA 1XH0A 3L2LA 3OBAA 3IANA 3CHEA 1RP8A 3GNRA 2QPSA 4UOZA 4AXNA 2XIBA 3OA5A 4LQ1A 1DTUA 3EMZA 4UQ9A 2FDMA 1IT0A 2WB5A 1GNXA 4W87A 1B3ZA 4B9YA 2OYLA 4L4PA 4UFLA 2VL4A 4GIAA 1GHRA 1OGGA 1WDSA 4W5ZA 1WE5A 3IAQA 1PX3A 2QMJA 2DSVA 2X09A 4U3CA 5GNXA 4YHEA 4AZ7A 3MANA 5E6ZA 4D1IA 4PCTA 1UKPA 1Q6EA 1TVNA 2C7FA 4CN6A 5I23A 3DYPA 1DWIM 1FFQA 2XSAA 1VEPA 3WNPA 1K9FA 2CKSA 3UESA 3AQUA 4Y7EA 1A47A 1GVIA 4PTXA 3TOPA 1CTNA 3QOKA 4CCDA 1CGTA 4LPCA 4JKLA 2YL9A 1G5AA 2DEPA 3WSUA 4B16A 1ISZA 1JD7A 1KXQA 3SURA 2CPUA 1KWKA 1OGBA 3UCQA 1TA3B 1CYGA 1WDQA 3L4WA 4BZYA 4M56A 1QI4A 2YDQA 2XFYA 2XVLA 3WL0A 3EDEA 2J8GA 2WMJA 2WCGA 5IHSA 1E56A 3W0KA 4DUXA 5HBFA 1H3GA 3EMQA 1WZMA 8A3HA 2G3NA 2X0HA 2OWXA 5A6BA 4D71A 1EO5A 2IXUA 5F7UA 4HU0A 4TVCA 3U7VA 1HJVA 3WFLA 2VTFA 1UH4A 1HKJA 1NP2A 2WC3A 4Z2HA 4NRSA 4JKMA 2Q8XA 4PMZA 4QLKA 2GJXB 1BLIA 1G9HA 2DGAA 3FN9A 1HXJA 3RO8A 3FNDA 2GK1B 5D9PA 3W6MA 3A6OA 1JYVA 5CLWA 4AMCA 1EHAA 4AYSA 1C90A 3WEOA 4AZGA 3N04A 2V5DA 1JG9A 4ZXLA 5IDIA 1PJ9A 2G8ZA 1VJSA 3QOMA 4D6DA 4M1RA 2ZX9A 2E9BA 2X05A 4UZUA 4MB1A 3S6TA 1R87A 2ZXQA 1ECEA 3WF3A 2VVSA 2D2OA 4IPLA 1J11A 1RH9A 5IFTA 1MW1A 3UG4A 1MW0A 1JZ2A 4M81A 3RM8A 3N17A 4QCFA 3VIFA 3GBDA 2QHAA 1E6XM 1CWYA 3PBGA 2WVVA 3ARSA 3DHUA 3U7BA 4GQRA 4UZSA 4PRWA 3BLPX 5EFDA 1HL8A 1ZL1A 3SEPA 1MXGA 1BF2A 3I3BA 1C91A 5GQBA 3WH5A 1M03A 1X1NA 2CNCA 1TFVA 1DWJM 4HMCA 3WDHA 4CUCA 2JEQA 1DP0A 5ABFA 3CMJA 2W62A 3CZGA 2J7GA 2NW0A 1JZ8A 3SUVA 2OSWA 4JIEA 4V27A 3AYRA 1PIGA 4KGJA 1MXDA 3GH7A 4AEFA 1E5NA 1NH6A 1NOUA 3K46A 2FHBA 1WPCA 2ZUVA 4PN2A 2PB1A 1TVPA 4AD0A 3T2OA 1Q6FA 3VGDA 2BXZA 3ZJ7A 1V0NA 2D20A 3AZRA 3VMOA 2XM2A 2ZX6A 1EO7A 2GUYA 4U2ZA 4ML4A 3L4TA 2WHKA 3OGVA 2JIWA 3VMNA 1UR8A 4P8VA 3VGGA 1MW3A 2V3FA 4MADA 2UY2A 1E73M 1KXTA 1UWQA 4WLCA 4JFWA 1V6YA 3M6DA 3OLEA 5D9OA 2OSYA 4WKFA 3GH4A 3T0AA 1I1XA 1OT1A 5A95A 1JGIA 2V3DA 2VX7A 2ZE0A 3CHCA 2VZUA 1GPFA 2WMFA 3APGA 4ZE5A 1H4PA 4N42A 3POCA 5JBEA 3J7HA 3HJEA 3WD3A 4HTYA 3HMCA 1KCLA 5JBDA 4BQ2A 1XSKA 1X6LA 5BWFA 2XM1A 2CCRA 1UA3A 4HZ8A 1KGUA 3MUY1 3WENA 3QHOA 3WQ6A 1LG2A 2OWWA 3L4XA 4H2CA 1B2YA 2JFEX 4HMDA 4MNMA 1E43A 3ZQ9A 1UWTA 1UR1A 1E72M 2CBJA 2WC4A 2YJQA 3FW6A 2VX6A 2PWFA 3W37A 2YLAA 1XD1A 3SCPA 4CVWA 2X1IA 1HKIA 2YBTA 1LJYA 4YN5A 4HOZA 1Q4NX 2WVSA 3WD0A 3THCA 3MMUA 4NI3A 3WBAA 4RE2A 4AIEA 4FLQA 2E9MA 3PZVA 3AS1A 1CLXA 3HU7A 2E40A 3CHDA 2Y24A 1E6RA 1EDTA 3W24A 4V28A 5A8MA 3WNOA 1KGWA 4W5UA 4AWEA 3EBVA 3EDFA 1SYTA 3W25A 3JUGA 1UH2A 5IXEA 1FP8A 1UG6A 1MFVA 3B9EA 2FH6A 1I1WA 1E55A 2GFTA 3WIJA 4DWSA 3T2QA 1DWAM 1UKTA 4W8LA 2VJXA 2D23A 3BGAA 3CUFA 3NSXA 4MAZA 1BYBA 4J3TA 1BSIA 1W32A 2V3EA 1EOMA 4MB3A 1CIUA 3NUKA 1JZ3A 2QMKA 1BYAA 2WZHA 2WCAA 1NOWA 4CD6A 3VIGA 7TAAA 3AFBA 1UQZA 2WPGA 4Q22A 4JL2A 3WH7A 4JKKA 6TAAA 1WB0A 1V3JA 4D1JA 3CZEA 1B31A 4HA3A 1XSIA 3AIBA 2CESA 4P8UA 3UEQA 5CPSA 1UD2A 2GDUA 3DECA 5JIPA 1R7AA 5TD4A 2XPKA 2G4FA 4LYRA 5I77A 3LPOA 1QI2A 2D24A 1VEMA 1PBGA 2W66A 2XIIA 2ZWYA 1FH9A 3RJXA 2ZUWA 1NOFA 1VIWA 4GO8A 2ZUMA 3U5UA 1JAKA 3K8KA 3LPFA 4B3KA 3GNOA 4K68A 2JALA 1CXLA 4OKDA 5AY7A 1OT2A 1BVNP 4F8XA 3KWXA 4GZEA 4CCCA 2GJRA 3AHZA 2YBUA 3FHAA 1TMQA 2V38A 3S2CA 2E8ZA 2VQUA 3VDAA 1ODZA 1M01A 2YL6A 2X8RA 5CSUA 1H0IA 3ZOAA 3IJ7A 4D6IA 2J75A 3VIMA 1JAEA 1E9LA 1EXPA 3OLIA 3WNKA 3ARUA 1EOKA 4GI9A 2OSXA 4QFUA 1VBUA 5DT5A 1WZLA 1E3XA 2EPOA 1V6VA 4WSJA 1JZ6A 4M80A 3F5JA 2O9RA 2WMIB 3AMGA 3QHNA 2VVNA 3UR7A 3AS0A 5BCAA 2GSJA 2EO7A 3MUZ1 5ABHA 4J3SA 1E6ZA 1H1NA 4W93A 3M46A 3AZTA 3ECQA 1H11A 6CGTA 4KH2A 1UR9A 3EYPA 1C8QA 1JFXA 2V3GA 1IV8A 4MNJA 3NIYA 1FHDA 3SCWA 3N15A 3ALGA 2VCCA 5CGMA 3WQ5A 1WCGA 5BXRA 1CZ1A 4P7OA 1ISXA 2WBGA 2WMHA 4UOQA 1GOOA 3CBWA 2CHNA 4MB5A 4PSPA 2XGBA 2JEPA 1P6WA 2CIPA 3WUGA 4IISA 1J0ZA 3PZIA 4AY1A 1BGAA 1LLOA 2YL8A 2JIEA 2ZICA 2UY4A 2WVTA 3B9AA 4H8VA 3AZSA 1YQ2A 1JDDA 4JHOA 1ISYA 4P8WA 2VCBA 1PX8A 4P7RA 4TUFA 3ZJ8A 5AC5A 4TOQA 1W1TA 4FMVA 2J7BA 3BAJA 4B15A 2J47A 3GH5A 3FAXA 2GK1A 5C71A 4W86A 4RE3A 3BAWA 1J9YA 1HJXA 4PMQA 2YA1A 3VIOA 1ZBKA 3BH4A 3WL1A 5HXMA 4LXFA 3CMGA 2ZUNA 5EB8A 3AJ7A 5A6LA 1HJUA 4PMYA 3AMLA 1GUVA 2V5CA 5D9NA 1MW2A 5I24A 4CN4A 3VDHA 1W3HA 2EXOA 2IUZA 2WYSA 1QBAA 1KFWA 3VPLA 1WP6A 4S3KA 3WFZA 5D8ZA 2RGMA 4HOWA 4CD4A 1OGSA 2WSPA 4XB3A 1UYQA 1CGYA 2CETA 2J77A 1EIBA 5A8OA 5A8QA 1B3VA 4U5KA 3NSMA 1VF8A 1EDGA 3WDIA 1XYZA 3AS2A 4TTUA 4MJ4A 5JBFA 4PUDA 3SCVA 2D1ZA 2Y5EA 4FK9A 4PTVA 1LL4A 2WHMA 2GDVA 3WUFA 1WKYA 1ODUA 4WKAA 3W27A 5AYBA 3WF1A 5A6SA 3OIHA 1TCMA 3AHXA 2F8QA 4UFHA 3B9DA 4MDPA 3SUTA 3VIKA 4TVDA 2XWDA 1BHGA 4P7QA 5I6SA 4W7WA 4URIA 3GM8A 2BY0A 3LPGA 4W7UA 3D3AA 2BNJA 1ITXA 2YA2A 3VNYA 3VD3A 1PZ2A 4PUEA 3CHFA 4NRRA 1UD8A 2W5FA 1BTCA 1GQJA 1J12A 5AC4A 3RILA 5KZ6A 2DSZA 3MV11 4LX4A 5FL1A 1W9BM 4Q7NA 4W85A 1K6AA 4JAWA 3CUHA 4U2YA 2EPMX 1UWIA 5A6JA 3PTMA 2WHJA 4J7RA 4GO9A 1OD8A 3BXWA 3AXIA 1IZJA 4N0RA 1WDRA 2VUYA 2O9OA 7A3HA 3VD7A 2J78A 1CXIA 1RPKA 4ZE4A 1HVQA 2BVDA 1JZ4A 3W53A 3PN8A 2PF0A 3ZIZA 3W38A 1KGXA 4UFIA 3O9NA 4PSRA 3VM5A 3CZKA 3BCDA 2E8YA 5CGTA 3PZUA 1OINA 5CPQA 4L4OA 1KXVA 1V3LA 4KRUA 3OLDA 1H5VA 1WO2A 4H41A 4TX6A 1KQYA 3OZOA 3ZSSA 4HMEA 1UUQA 3AS3A 2QF8A 4JCLA 4M82A 2PC8A 2ZUUA 1CECA 2WXDM 1B0IA 3HN3A 1E70M 1UKOA 5CG0A 2WHLA 4UQBA 3CUJA 3PTKA 1B3WA 3MKKA 2WVUA 5I78A 3NCOA 2VMFA 1R86A 3ARWA 4DUWA 3E1F1 1QW9A 5DFAA 4U5IA 2VZTA 5E70A 3GDBA 5A2BA 1W9PA 5E0CA 1V02E 1CLVA 1TE1A 3MUIA 3SCNA 3N1AA 3VVGA 2DH3A 4AEEA 1XYFA 2JF6A 9CGTA 3OGSA 4KRTA 5I5RA 1JXJA 2XUCA 2EQDA 1W3KA 5C8BB 3GBEA 2ZIDA 1Z32X 1H2JA 4QCEA 3II1A 4AD2A 1J0KA 1E6SM 2CITA 2WK2A 1E0XA 1TUXA 1MFUA 2BV9A 1UWRA 2YDSA 3VMPA 5EBAA 1UD5A 4MPKA 4CU8A 3MS8A 3BMVA 1XC6A 1FH7A 4BF7A 5GNZA 1M53A 1AVAA 4AIOA 4TX8A 1HL9A 2VT0A 2YA0A 4FLRA 4WF7A 1J0IA 4U31A 3WNNA 2CKRA 3WMSA 8CGTA 1XH1A 1X6NA 3AIQA 3ZSTA 3GXDA 1OD0A 4B9ZA 1S46A 1V03A 4XV0A 4AIUA 2X0YA 2XTKA 3A4WA 5HDRA 2O9TA 2XVPA 2XVNA 1JF6A 4JCMA 2XGIA 1G01A 2G3MA 3VOCA 3ARPA 4UQAA 2WKGA 3VU2A 3CH9A 3L4ZA 3VGFA 4PMNA 4PMUA 3G6MA 3VIPA 1JF5A 1LQ0A 4M8UA 4HU8A 1JL8A 1KXHA 3BMWA 5LA2A 5DO8A 5D8WA 2CBIA 1UWSA 2FGZA 3VO0A 3VDCA 3OB8A 1QW8A 1ZB5A 3SCOA 3WUBA 4GI6A 2G41A 5IFPA 3PHAA 3W29A 2WWCA 1XD0A 1JYNA 4F66A 3KL0A 2PWGA 3T0BA 1HP5A 3ARYA 1NWTA 1ZS2A 1GVYA 4D6GA 1E6PA 3NSNA 3AXXA 2UY5A 1JYWA 3RIKA 4F9DA 1XSJA 1SMAA 1J0JA 4R27A 3K1DA 2EPNA 1C7TA 1W9UA 1E40A 4CCEA 2XVGA 5FCZA 5BRPA 4A4AA 3VTRA 2ZX5A 4D72A 1OM0A 3F5LA 1E4NA 1UHVA 2XSBA 5M03A 3NJ3A 5BXTA 1V3KA 4UQCA 4EKJA 3ARXA 1U2YA 4AD3A 4WJXA 2YL5A 3SUSA 3WUEA 3PZNA 1CPUA 3A3HA 3VGEA 4R5EA 1QNSA 3WMBA 5M3WA 4F9JA 2BHYA 1W2PA 1JYXA 3K4DA 2XFRA 1KR1A 3F5KA 1R7OA 3AICA 3ALFA 2WM0A 3GYCA 2QV4A 1AQHA 3EDJA 4JFUA 1C3FA 4NSBA 3WQ8A 1JI1A 4AD5A 4QLJA 1ZU8A 1CEOA 1GOIA 1FP9A 4MDOA 3UERA 5AYIA 4UFKA 1E6QM 2CYGA 2JF7A 3CO4A 1U30A 3ZMRA 4D6JA 1JNEA 2DSKA 1OSEA 1E71M 1LG1A 3PTQA 5E6YA 1FFRA 3O2LA 3VD5A 1XCWA 2ZXAA 2VR4A 1V6WA 5BXSA 4HP5A 1SMDA 2WCSA 1WZAA 3CUGA 3GXFA 2VURA 4H8UA 4MAVA 3ARTA 4PBGA 5IHRA 1O7AA 5CXPA 2FGLA 1UQYA 4PEEA 1PIFA 2FHCA 3LMYA 5A6MA 1WZKA 1OBAA 4AZCA 3CPUA 3K8LA 2NT0A 3WMCA 4AZHA 2D22A 1JDAA 1NWUA 1GOQA 1V6UA 2NSXA 3WY1A 3ZM8A 2NT1A 2W92A 5C70A 3KL3A 3WF4A 3AISA 4BQ4A 4PMOA 4UTFA 2OYKA 1UZ4A 1MQPA 2ZUSA 4UQDA 1UR0A 2X2YA 3GXMA 1HKKA 1C93A 1J10A 2G3IA 2VZVA 1UD6A 3IAPA 3W28A 2YOCA 2J79A 2W63A 2BVYA 3AIUA 1QOXA 1B3YA 1QI3A 1W3LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BFG A;  2DIJ A;  1F4A A;  3WQV A;  2Y4S A;  1NQ6 A;  4ATW A;  3PZQ A;  1XH0 A;  3L2L A;  3OBA A;  3IAN A;  3CHE A;  1RP8 A;  3GNR A;  2QPS A;  4UOZ A;  4AXN A;  2XIB A;  3OA5 A;  4LQ1 A;  1DTU A;  3EMZ A;  4UQ9 A;  2FDM A;  1IT0 A;  2WB5 A;  1GNX A;  4W87 A;  1B3Z A;  4B9Y A;  2OYL A;  4L4P A;  4UFL A;  2VL4 A;  4GIA A;  1GHR A;  1OGG A;  1WDS A;  4W5Z A;  1WE5 A;  3IAQ A;  1PX3 A;  2QMJ A;  2DSV A;  2X09 A;  4U3C A;  5GNX A;  4YHE A;  4AZ7 A;  3MAN A;  5E6Z A;  4D1I A;  4PCT A;  1UKP A;  1Q6E A;  1TVN A;  2C7F A;  4CN6 A;  5I23 A;  3DYP A;  1DWI M;  1FFQ A;  2XSA A;  1VEP A;  3WNP A;  1K9F A;  2CKS A;  3UES A;  3AQU A;  4Y7E A;  1A47 A;  1GVI A;  4PTX A;  3TOP A;  1CTN A;  3QOK A;  4CCD A;  1CGT A;  4LPC A;  4JKL A;  2YL9 A;  1G5A A;  2DEP A;  3WSU A;  4B16 A;  1ISZ A;  1JD7 A;  1KXQ A;  3SUR A;  2CPU A;  1KWK A;  1OGB A;  3UCQ A;  1TA3 B;  1CYG A;  1WDQ A;  3L4W A;  4BZY A;  4M56 A;  1QI4 A;  2YDQ A;  2XFY A;  2XVL A;  3WL0 A;  3EDE A;  2J8G A;  2WMJ A;  2WCG A;  5IHS A;  1E56 A;  3W0K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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