1DWHM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. part 4: structure after irradiation with 27.2*10e15 photons/mm2
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwhM00
1EHNA 3UR8A 5BWFA 4LYPA 1VIWA 2CITA 4MJ4A 3WH8A 3CHEA 1US3A 4X0VA 4AD0A 3DHUA 4BZYA 4CN6A 2CKSA 3PZIA 2OWXA 3F5KA 1MW0A 3SEPA 3RM8A 5D9OA 1GOMA 5CSUA 4GPNA 1E6QM 3WY1A 3PZGA 3MUIA 4KRUA 5A6JA 1BLIA 3W82A 4PMDA 1AQHA 3NDYA 2AMGA 4J3XA 3CUHA 2VQUA 4PSRA 4OBSA 3ARUA 3ARRA 4XB3A 1HP5A 3MV11 5IHSA 4A3YA 2ZXQA 3KZSA 2VZOA 4GZJA 2QMJA 1CLXA 5BYWA 1E6XM 1VB9A 2X0HA 2XJ7A 3T08A 2O92A 3CTTA 4H8HA 4Z2GA 4ACZA 3L4VA 3SUWA 5BRPA 3PTQA 2PWDA 2XHYA 5A2CA 2JEPA 5GQBA 4HOWA 5AYBA 4P8WA 4UFKA 3VVGA 2WANA 3OLIA 1EXPA 1ODUA 4CD8A 3VMOA 2YA2A 2WPGA 4U2ZA 1UR8A 2XFFA 4OIFA 1SFSA 3VIHA 4M24A 1NWUA 4D6IA 5M03A 5FKYA 2BS9A 4EKJA 4W7UA 3SCSA 4QP0A 2V3FA 3AHYA 4TVUA 4JFTA 1WPCA 4P7OA 4AIEA 3DYOA 1NQ6A 1LWJA 4E4PA 1W3JA 4UFHA 1E40A 1PAMA 1EHAA 2F2HA 1ITXA 2X05A 5GNZA 3MSDA 1KWGA 1JYXA 2FHFA 3AISA 2GJXA 4DUXA 1XYFA 1CYGA 2UWFA 2YDQA 4TOQA 5A8OA 2VCCA 5FOOA 4V28A 2WHKA 2XSBA 1E6ZA 1DTUA 1E5JA 3AHZA 2VX6A 3QGVA 5A6LA 2WHJA 2YIHA 3APGA 2BY1A 2DSWA 3U7VA 3S2CA 2WMGA 1WP6A 1TVNA 5EB8A 3WNKA 5E0CA 2G3IA 1FFRA 4NRSA 4WKHA 2QV4A 2WVTA 3THDA 4GQRA 4W88A 5C8BB 4RE4A 2NSXA 1J0KA 1UZ1A 1CGVA 1VRXA 2G3JA 2PWHA 4W84A 1K9FA 2XIIA 3MMDA 4HZ8A 1J0YA 2JEQA 3GXIA 2BVDA 1BYBA 1DWAM 1UD6A 1B3YA 2EXOA 3NIYA 2Q8XA 4M56A 1GOOA 3BAJA 2OYKA 2D1ZA 3WDIA 2VURA 4AC1X 3F4VA 3L2LA 1JD7A 3VIMA 1UA7A 3ECQA 2WK2A 3BAWA 1GHSA 4H8UA 3I3DA 3VD7A 4C7DA 1FH8A 2YKKA 4UFMA 1ZJAA 3WDJA 3EYPA 3D3AA 1QNPA 2X0YA 1PPIA 1WDSA 1XYZA 1V3KA 4WKAA 4R27A 4MDOA 2ZUVA 6A3HA 2DEPA 2XPKA 4D6JA 3GH5A 4TX8A 3UR7A 1CIUA 2G3MA 3NSXA 3AMGA 4JKLA 1MXGA 1ZJBA 3UG5A 2ZE0A 2XVNA 1AQMA 2AOSA 1OINA 2WB5A 3I3BA 5CGTA 3CUJA 4PBGA 3W27A 2WSPA 3DYMA 4YPJA 1J0JA 4GI9A 1E1FA 2QPUA 2ZXDA 3U57A 3TTYA 4B3KA 2VTFA 1KR0A 1E4IA 4BF7A 2J25A 2VX5A 2WKGA 2E8YA 5IFTA 5M5DA 5FIPA 4HOXA 1UD8A 2DT3A 3A6OA 1CENA 4D1IA 3RMEA 3BC9A 1CGWA 3EDEA 1BQCA 1TFVA 3ARTA 2J62A 5BXSA 2WWDA 3RIKA 3AIQA 1R86A 3EDDA 3WNPA 1E43A 2ZWZA 3WDRA 4V2XA 4WIWA 2W91A 3VD4A 2ZUSA 1UR2A 1ESWA 2WBKA 3UG3A 4JFVA 5LA0A 2CCRA 5A95A 2GUYA 2GK1A 4M82A 1Z32X 3SUSA 3GXMA 5M3WA 5HDRA 2C7FA 3W53A 3PTMA 4AEFA 3POHA 1WKYA 4PCSA 1PIGA 5A3HA 4V27A 4N0RA 1UWTA 1PX3A 4F9JA 1HKJA 1MYRA 2PBOA 2NT0A 4PMNA 5A8MA 3BCDA 3KL0A 5C70A 1UH3A 3VO0A 3A4WA 4AZ5A 5I79A 1HJVA 1M53A 3W4RA 4Q7NA 3VNZA 2B31A 4JCMA 6TAAA 4J3WA 1W91A 3GBEA 1H3GA 4LYQA 1BG4A 3VIFA 1HVXA 4AD5A 1V3IA 1LQ0A 3GH4A 1QOXA 1Q6EA 3VIGA 3WFLA 5GPRA 3WUFA 3ZJ8A 4BQ5A 3VTRA 4ZEPA 4DM1A 1PEZA 3VM7A 4ZXLA 1J11A 3RJYA 3T2QA 5A8NA 2QF8A 1VFFA 1NM9A 4AW7A 3GYCA 5A6BA 4CKQA 3ZR5A 2WMKA 3CBWA 4TUFA 3RM4A 2O9TA 3QOKA 4PMOA 1U33A 3A4AA 3CPUA 3ZSSA 2XTKA 3VD3A 4HA1A 2FGLA 5HXMA 1XHGA 2EPMX 1IZJA 2D3LA 3AHXA 4U3CA 3BLPX 4AZ7A 5JBEA 5CG0A 5A94A 4PTWA 2YL5A 4Z2LA 3WQVA 1UWRA 4AYSA 1E72M 1VAHA 5A2BA 2WC3A 4PRWA 1NP0A 5A6AA 3VX0A 1BTCA 2QMKA 3LPPA 3WEOA 2XM1A 2A3CA 3CZ8A 4GKLA 2DIJA 2ZX8A 1UKQA 1QI4A 1GOIA 3NSMA 1UKSA 3ZO9A 3N1AA 3L4XA 3J7HA 4AD4A 6CGTA 1W9XA 3SCOA 1FHLA 1H0IA 1E0WA 1W3KA 1JZ4A 4J3UA 3O2LA 2OYMA 1DWHM 5DFAA 5E6YA 4M1RA 4F9DA 2Y8VA 1E6RA 1DWIM 3K8MA 4HA3A 5LA2A 4B16A 2WXDM 3GNRA 3ZMRA 2D22A 2XUCA 4ZENA 3CGTA 1HXJA 2E0PA 3RM9A 2DPEA 3WBEA 4UFLA 2V5DA 3OZOA 4URIA 3AIUA 1EOMA 3IANA 2J7EA 4LXFA 1TG7A 4WF7A 1W2VA 1ISYA 3MKKA 4QCFA 5D9MA 4HPGA 3PHAA 1ZBCA 1C93A 4FMVA 1KXQA 1W1TA 3CHFA 3QHNA 2X2YA 3VGBA 1KCLA 1H11A 3AQUA 4GQQA 1QBBA 2GFTA 1FA2A 2VMFA 1C92A 1UWQA 1C7SA 1SMDA 1N82A 4PMYA 2BY2A 1BPLB 2V38A 1E4NA 2DT1A 2WHLA 4NF7A 2EPOA 1CTNA 3AIEA 2J7HA 1E9LA 1E5NA 2D0HA 2UY3A 2DSKA 1WO2A 4L4PA 1XRVA 1J10A 3KWXA 4H7VA 4CCDA 4W85A 2VX4A 1UD2A 3ARXA 1KXVA 4MTVA 3TTOA 1G9HA 2D0GA 2E8ZA 2A3EA 1UWIA 2G41A 2DIEA 2PI6A 2BHZA 7TAAA 3IAQA 3K8KA 1JZ8A 4P7RA 3NUKA 4EANA 2OSXA 4ACZB 3SCNA 3WNOA 3VMNA 2BNJA 1TUXA 4JHZA 4M8UA 1EDGA 4CD7A 4D6DA 2CERA 3AMCA 2VCAA 3IK2A 4UQDA 1XD0A 1UD4A 1A3HA 1E15A 2UY5A 5AY7A 5I0DA 3KEHA 3JUGA 3AS0A 3RCNA 1JXKA 4WSKA 5C71A 4PMXA 1GJUA 2XM2A 1K9EA 3WF0A 3OA5A 3AXHA 1LG2A 3A47A 3AXXA 4Y7EA 2WM0A 1UHVA 2F61A 1WAWA 1BYAA 5ABEA 4ZE5A 5JBFA 1QHZA 1GQJA 1MXDA 1CXEA 4HZ7A 1W9UA 5TD4A 4JAWA 2ZX9A 2RGLA 1J0ZA 2YLAA 3LPGA 1HKKA 2J7DA 4TTUA 1D2KA 1OB0A 1H2JA 2XGBA 2J47A 4DUWA 2ZOXA 2ZUUA 1JFXA 2ESCA 2WLYA 1JL8A 2XVPA 2W67A 2CXGA 3T0DA 2GJXB 4DWSA 3QHOA 2XGIA 4TVCA 4MB4A 4F8XA 1JAKA 1JNEA 4PEEA 3LMYA 2EO7A 5ABGA 3FAXA 1CEOA 1LL7A 3D5HA 4HMEA 3ZOAA 1R7AA 1GZJA 1UH4A 3AMDA 1GCYA 3SCRA 1FH9A 4S3KA 2PF0A 5D9PA 1GHRA 2J7BA 2WYSA 3MS8A 4JFWA 4RE3A 4BCEA 3SUTA 2WAGA 3THCA 2VZTA 3W28A 1M7XA 1TE1A 1NWRA 1VJSA 3CZJA 1JF6A 1G1YA 2E40A 4ZE4A 1RP9A 2Y5EA 5DEZA 2W63A 1D3CA 3L4UA 3OB8A 1CXIA 3W26A 4PN2A 2WMJA 5AC5A 1V0MA 4C7FA 4L4OA 1KB3A 1E6NA 3UEQA 4ACYA 3WN6A 1EDQA 3AIBA 2G3NA 2J78A 2PWEA 4NRRA 1D7FA 2XSAA 1U30A 4J28A 5I78A 1EH9A 1C8XA 1FP8A 1X6NA 3SIMA 2F8QA 2XWDA 5D4YA 3ZJ6A 4WJXA 3PZOA 1V02E 4D72A 3GXFA 4XUYA 4EE9A 3BGAA 3BH4A 4W86A 4K68A 3VGEA 1JZ2A 1B1YA 2WNWA 3L4WA 3K4DA 3U5YA 4A4AA 1TZ7A 1GVYA 4AXNA 3TOPA 4IISA 2BY0A 3W81A 3CUGA 4PMQA 1G01A 1EO7A 1KXTA 1Q6FA 5D8WA 4MAVA 3VD5A 3N17A 4YHGA 4KRTA 1EQPA 2XWEA 2YL8A 2VRKA 3TTQA 1UWSA 3UG4A 1XCXA 3FY1A 5I6SA 1MQRA 3POCA 2PWGA 4OBRA 1M01A 1EDTA 2GJPA 3E1F1 1NWTA 1O6IA 2O9PA 5DO8A 1WZAA 2XG9A 3MV01 4EK7A 5E09A 1IT0A 3SUUA 4B3LA 4QFUA 1KGUA 2VR5A 4GZEA 2XFRA 5A6MA 2D3NA 3WH6A 3UESA 4BQ4A 1ISXA 2XVLA 3W6MA 3ZR6A 1MVYA 1JZ6A 2ZX5A 2XIBA 5IHRA 1GPFA 4HTYA 1J9YA 3U5UA 4U3AA 1RP8A 1HT6A 1US2A 5HOSA 1QBAA 7CGTA 2GK1B 3CZGA 1E56A 3TP4A 1JI1A 3NSNA 1MW3A 1S46A 3AXIA 3SCPA 2VVSA 5CZKA 5I5RA 1XSKA 3VGDA 1G94A 3CLWA 1E1EA 1C90A 2EQDA 1UR1A 4H41A 1CLVA 1OWQA 4BQ2A 2EPKX 4CN4A 3EMZA 3CZKA 1JNDA 3EMQA 3HJEA 3EMCA 4HP5A 4DUVA 1CBGA 1I1XA 4BA0A 1Q4NX 2WHMA 3AHVA 4PMVA 3WQWA 3VD9A 1DEDA 4AISA 2VC9A 3MSGA 3II1A 4P7QA 3WDPP 4UCFA 4U31A 3IJ9A 3FNDA 3WD3A 4P8UA 5EFDA 2D0FA 3PTKA 5CLTA 3W29A 5KZ6A 1FH7A 2J4GA 2GSJA 2NT1A 3T09A 3N13A 3NDZA 3WF4A 2VJXA 1JDDA 1J18A 3G6LA 3WD2A 4F66A 3FN9A 3BSGA 1AMYA 4OOUA 1NARA 4UFIA 1J01A 1B3WA 2DDXA 5KEZA 2FGZA 2JALA 5E9AA 1HKMA 3BLKA 5JBDA 1PIFA 1RPKA 2EPNA 5I2UA 2VR4A 1E3XA 3QHMA 3B9DA 2Y24A 4AD3A 1R7OA 4J7RA 2FHBA 2J7GA 2IXVA 2J79A 3KL5A 3IJ7A 3RDKA 3HN3A 1V6WA 2DSUA 3ALFA 3G6MA 5HNNA 3EDFA 5LA1A 2DSVA 3WQ4A 1JYVA 1OT1A 3CIVA 1JDAA 4PYSA 3F5JA 2J8GA 3VINA 4MB1A 3B9EA 1EQCA 3A4XA 4M81A 4Z2JA 4IPLA 3BAXA 1KFWA 4XV0A 3VGGA 2CNCA 1LL4A 1W9DM 1UA3A 5I77A 1JYNA 2ZXBA 3GTNA 3K4AA 5LYRA 2ZUWA 1R87A 4ZXOA 1E4MM 3MMUA 4Z2IA 5CLWA 2QHAA 1BHGA 2OWCA 2W61A 2W62A 2FHCA 2YL9A 2DT2A 4D6EA 2JF6A 3AIVA 1H41A 4D6HA 4EAMA 1OIMA 4HA4A 4AZ6A 3LPOA 5F7UA 5BCAA 5CSYA 3AFBA 4GO8A 3ARWA 4E8DA 1BGGA 3MUY1 4U5IA 2CYGA 3OIHA 1W1VA 1LJYA 4HMDA 5A6SA 2VO5A 5DT7A 2WVVB 4KH2A 4QAWA 2CETA 1KBBA 3PBGA 3WQ6A 3GXDA 3N11A 3CUFA 4TTGA 2RGMA 3MUZ1 3WENA 1E70M 2FH8A 5FCZA 4AZHA 2IUZA 4IPNB 2BVYA 1TA3B 1V3HA 4FLQA 1W32A 2OYLA 1WZMA 1CGUA 1W9VA 4BS0A 3MO4A 4GIAA 1PZ3A 3PZTA 3AYRA 1LG1A 2WC4A 3KE0A 5FD0A 4ZFMA 2Y2WA 3WEZA 4S3JA 1HF6A 3VIKA 2CKRA 4GI6A 1IV8A 1EO5A 3L4ZA 5A6KA 4W7VA 5A69A 2WC7A 1V0KA 1MWOA 2FDMA 4B9ZA 4CUCA 2Y8KA 1HP4A 4OOZA 1BAGA 1V0NA 1QHPA 4QCEA 5CGMA 1J12A 3NCOA 3CH9A 3VIOA 4LX4A 3VGFA 4AD1A 2JFEX 1AVAA 3NJ3A 4J3VA 4TXEA 2WSKA 2DH3A 1Q6DA 1UG6A 4AIOA 2G4FA 3AICA 1TMQA 3ARQA 5CQ1A 4PSPA 1HIZA 3SCVA 4HZ6A 3VIJA 4FLSA 3WD4A 1EIBA 1B90A 1PZ2A 3FAWA 5A6BD 2DT0A 2V3DA 4UQBA 3PZNA 4MAZA 1V6YA 3PZVA 5E70A 3OZPA 5BRQA 1CECA 1MQQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EHN A;  3UR8 A;  5BWF A;  4LYP A;  1VIW A;  2CIT A;  4MJ4 A;  3WH8 A;  3CHE A;  1US3 A;  4X0V A;  4AD0 A;  3DHU A;  4BZY A;  4CN6 A;  2CKS A;  3PZI A;  2OWX A;  3F5K A;  1MW0 A;  3SEP A;  3RM8 A;  5D9O A;  1GOM A;  5CSU A;  4GPN A;  1E6Q M;  3WY1 A;  3PZG A;  3MUI A;  4KRU A;  5A6J A;  1BLI A;  3W82 A;  4PMD A;  1AQH A;  3NDY A;  2AMG A;  4J3X A;  3CUH A;  2VQU A;  4PSR A;  4OBS A;  3ARU A;  3ARR A;  4XB3 A;  1HP5 A;  3MV1 1;  5IHS A;  4A3Y A;  2ZXQ A;  3KZS A;  2VZO A;  4GZJ A;  2QMJ A;  1CLX A;  5BYW A;  1E6X M;  1VB9 A;  2X0H A;  2XJ7 A;  3T08 A;  2O92 A;  3CTT A;  4H8H A;  4Z2G A;  4ACZ A;  3L4V A;  3SUW A;  5BRP A;  3PTQ A;  2PWD A;  2XHY A;  5A2C A;  2JEP A;  5GQB A;  4HOW A;  5AYB A;  4P8W A;  4UFK A;  3VVG A;  2WAN A;  3OLI A;  1EXP A;  1ODU A;  4CD8 A;  3VMO A;  2YA2 A;  2WPG A;  4U2Z A;  1UR8 A;  2XFF A;  4OIF A;  1SFS A;  3VIH A;  4M24 A;  1NWU A;  4D6I A;  5M03 A;  5FKY A;  2BS9 A;  4EKJ A;  4W7U A;  3SCS A;  4QP0 A;  2V3F A;  3AHY A;  4TVU A;  4JFT A;  1WPC A;  4P7O A;  4AIE A;  3DYO A;  1NQ6 A;  1LWJ A;  4E4P A;  1W3J A;  4UFH A;  1E40 A;  1PAM A;  1EHA A;  2F2H A;  1ITX A;  2X05 A;  5GNZ A;  3MSD A;  1KWG A;  1JYX A;  2FHF A;  3AIS A;  2GJX A;  4DUX A;  1XYF A;  1CYG A;  2UWF A;  2YDQ A;  4TOQ A;  5A8O A;  2VCC A;  5FOO A;  4V28 A;  2WHK A;  2XSB A;  1E6Z A;  1DTU A;  1E5J A;  3AHZ A;  2VX6 A;  3QGV A;  5A6L A;  2WHJ A;  2YIH A;  3APG A;  2BY1 A;  2DSW A;  3U7V A;  3S2C A;  2WMG A;  1WP6 A;  1TVN A;  5EB8 A;  3WNK A;  5E0C A;  2G3I A;  1FFR A;  4NRS A;  4WKH A;  2QV4 A;  2WVT A;  3THD A;  4GQR A;  4W88 A;  5C8B B;  4RE4 A;  2NSX A;  1J0K A;  1UZ1 A;  1CGV A;  1VRX A;  2G3J A;  2PWH A;  4W84 A;  1K9F A;  2XII A;  3MMD A;  4HZ8 A;  1J0Y A;  2JEQ A;  3GXI A;  2BVD A;  1BYB A;  1DWA M;  1UD6 A;  1B3Y A;  2EXO A;  3NIY A;  2Q8X A;  4M56 A;  1GOO A;  3BAJ A;  2OYK A;  2D1Z A;  3WDI A;  2VUR A;  4AC1 X;  3F4V A;  3L2L A;  1JD7 A;  3VIM A;  1UA7 A;  3ECQ A;  2WK2 A;  3BAW A;  1GHS A;  4H8U A;  3I3D A;  3VD7 A;  4C7D A;  1FH8 A;  2YKK A;  4UFM A;  1ZJA A;  3WDJ A;  3EYP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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