1DWIM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. part 5: structure after irradiation with 54.0*10e15 photons/mm2
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
molecule tags Hydrolase
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwiM00
1OGGA 2XGBA 2VCBA 3ARUA 4PEEA 4WKFA 4B15A 1GHRA 4J3VA 1J0YA 4D1IA 4FLOA 3WQVA 1D2KA 3PN8A 3WH7A 1UKOA 3CZKA 2AMGA 3IJ9A 3GXDA 1CXEA 1IV8A 1UOKA 1XD0A 5CZKA 4AD3A 4WKHA 4V27A 4PMDA 1JF6A 2Z1SA 4F79A 2ZUMA 3WL0A 2QMKA 1CDGA 3OGRA 4J7RA 1L8NA 2VNCA 1OB0A 3IAQA 1V3IA 3WDJA 4MPKA 4QCFA 2BHZA 4P8XA 1D7FA 1JXKA 1FOBA 2VO5A 1UR1A 3WEOA 3BAXA 3WDHA 1E15A 2JEQA 3ZT6A 1K6AA 3N12A 4U2YA 3MANA 1W2VA 2DIEA 1AMYA 1DWHM 4PBGA 1G9HA 4J3SA 1FFQA 1NWRA 5I2UA 4X0NA 3W81A 1TZ7A 1WZLA 2VC9A 2XG9A 3I3EA 1CXFA 4HTYA 3U7BA 4U5KA 2VX7A 5F7UA 3GTNA 1KR0A 2E9MA 1KGUA 2J8GA 3AS3A 2DSWA 1M04A 4N42A 2XVLA 1UYQA 1WKYA 3AHZA 2D23A 1W3HA 1QPKA 4AZCA 5TD4A 2V3DA 3ZJKA 4Z2LA 4HA3A 4AIEA 2ZXBA 2AOSA 1WZKA 5JBDA 3SEPA 1BGAA 4OOZA 1BF2A 1VJSA 4U2ZA 3UR7A 2FHFA 1FFRA 3U5YA 4UFMA 2GDVA 4FLRA 1FA2A 4P8WA 1CZ1A 4D72A 4OZOA 4CD5A 2BNJA 1U2YA 4CCCA 3QOMA 3WD3A 2VURA 2D0GA 3GZAA 1WDRA 4AIUA 3GNRA 3VIGA 4GO8A 4HP5A 3FNDA 1UR9A 1C8QA 2BS9A 4H41A 2EJ1A 5A8OA 1VJZA 3A47A 1B90A 1C93A 3LPOA 4PSPA 4AISA 4GXPA 1CGYA 2BHUA 2ZXAA 1QI3A 4FLSA 3N17A 3W37A 1GQJA 2YDSA 3GXIA 1JFHA 1WDPA 3RM9A 1V3HA 4PRWA 3VIKA 4AZIA 5I5RA 1H09A 3CBWA 5ECUA 3PZTA 2V5CA 3DHPA 3W82A 1UD2A 1F4AA 1A3HA 1B3VA 2W62A 2EBNA 3ZR6A 2UWFA 3HN3A 2WBKA 2GK1B 2WNWA 3NYDA 4QP0A 3CZEA 2ZUVA 4JFVA 4MDOA 1NWTA 1UH2A 2X09A 1W2PA 3AICA 2YOCA 4W7WA 5E0FA 2OWCA 3BCDA 2E40A 4J27A 3G6MA 2WLYA 1MQPA 1TE1A 1BYBA 1UZ1A 4MB4A 1UA3A 2OSYA 3AMGA 2J47A 2E4TA 1HNYA 5JIWA 1C8XA 3GDBA 1ISYA 2CPUA 2Y24A 2E9LA 1V0MA 4XZBA 4BS0A 1GW1A 3OLIA 2JF7A 1XSJA 2ZWZA 3VO0A 3K8LA 1Q6EA 3ZT7A 5D9PA 1GVYA 2NT1A 2PF0A 4BQ4A 1PEZA 3ZJ6A 1BSIA 3TONA 4DM2A 2CITA 4MB1A 2OLHA 2XVNA 4HPGA 4WK9A 3UR8A 1EDTA 2JF6A 1E4LA 1ZBCA 2WHKA 1WNOA 1XYFA 3ARQA 1NARA 2ZWYA 1UWIA 1R87A 4LPCA 5M5DA 2O9RA 4JKMA 4HA1A 3SUSA 1US3A 4AZHA 5AYBA 1E72M 1DP0A 2PBGA 4IPNB 1D3CA 4A3YA 4YHGA 4M24A 2WMJA 3AS0A 3W29A 2D20A 2VT0A 4DM1A 2J62A 3WEMA 4ATLA 1EXPA 4U31A 4PMQA 3VILA 1WZMA 4Y7EA 1QNSA 4GI8A 1HP4A 4ACZA 3PTQA 5E70A 1G94A 4FF5A 3MSGA 3FAXA 3HMCA 1HXJA 3W6LA 2ZX9A 3HJEA 1KR1A 4D6FA 1KB3A 4S3JA 2DQXA 1JD7A 1BG4A 5IXEA 2XFFA 3SCUA 1GZJA 4MDPA 1DWIM 3RDKA 3WDQA 4NRSA 2CERA 2CYGA 5BRPA 1UKPA 4AD5A 4CCDA 9CGTA 1OT2A 1QI2A 2WWDA 4E8DA 3ARSA 1HT6A 4LGXA 4GO9A 2VI0A 3UG3A 1LG1A 1W1PA 4UQCA 3T0AA 3SUWA 1VAHA 3WIJA 5DEZA 6A3HA 3ARTA 2YA0A 2GJPA 3VX1A 3WF3A 3AMCA 3ARRA 4U3CA 3VINA 3MU7A 3WEZA 3B9EA 4RE3A 1FHLA 3WH9A 2XJ7A 3ZIZA 2G3JA 3VMNA 3F5LA 1GQLA 1K9FA 5CXPA 5M3WA 2DH3A 2G41A 5IFPA 2B31A 3VGDA 2X0HA 5HBFA 3AISA 3CHCA 1C92A 1MXGA 3WD4A 1HJQA 2WZHA 4URIA 2EEXA 3IJ7A 1ZL1A 1DWAM 1WO2A 1CPUA 5CPSA 4AC1X 4AIOA 1GOWA 1TVPA 1MW0A 7A3HA 1HIZA 4M81A 1EHNA 3KEHA 5A6JA 1UR2A 3CUIA 1GOIA 1R85A 4AD1A 1NOUA 2WAGA 3PZQA 3WQ4A 2E9BA 2O9PA 2EPMX 1XH0A 2CKRA 3WF1A 2WZIA 3HU7A 2FGZA 3SCWA 2CBVA 3ZO9A 5BCAA 3MV11 2ZIDA 3CIVA 1F4HA 2ZOXA 5DMYA 2CHNA 3AROA 1XCWA 3VMPA 4TTUA 3FXYA 1E9LA 1E0XA 1EDGA 2WK2A 1XCXA 3WNKA 1QBBA 5HXMA 3UETA 5AC4A 1WCGA 5AYIA 3RM4A 1V0NA 4BF7A 3AZSA 1KXHA 1WDSA 4ATWA 4P7LA 1SR0A 2C7FA 2DSUA 4DUXA 1H41A 3CZJA 1V3JA 4D6JA 4KMQA 2BXZA 4AD2A 4MB3A 5JIPA 2X0YA 4PCSA 5HNNA 4LYPA 2CESA 3PZOA 4ZXOA 2EPOA 3L4WA 5BXRA 4EANA 1UD3A 3AI0A 1P6WA 3M07A 1W9BM 2C0HA 4H8HA 2FH8A 1M53A 3WSUA 3VTRA 3GNOA 4W85A 3POHA 4UQAA 4JKLA 4TUFA 2YA1A 3AIBA 3VMOA 2PB1A 3FHAA 2G3MA 4ZENA 3ZMRA 3TTSA 2PI6A 1NP2A 1LWJA 4F9JA 3SCQA 1ISWA 4V28A 4DWSC 3EDJA 5A94A 2J7GA 1HF6A 4M1RA 1V0KA 1J18A 1C3FA 4UQBA 1B30A 1OD0A 3GH7A 4IISA 4MNLA 1JNDA 3VGGA 1MW1A 1EOMA 4B9YA 3L4VA 2Y8KA 3IANA 4M80A 3PZMA 3SCNA 2XYLA 2ZX8A 2EPNA 4AYSA 1TFVA 1OCQA 3CUHA 2JE8A 3KL5A 5D9MA 3VD5A 4K68A 2D22A 3BAKA 1TMQA 4LYQA 1B2YA 4UR9A 1W9PA 3ARVA 1Q6GA 2XSAA 4JAWA 4CKQA 5GQBA 2QPUA 1UR0A 2O9TA 5E6ZA 3VIHA 4R27A 5A8PA 2CNCA 3N13A 4B3LA 2J79A 4MNJA 2WMKA 2WMFA 1JNEA 1HJXA 4MAVA 5IHSA 4MADA 3CUFA 2FHCA 3AMKA 2DSZA 3IAPA 3EDFA 3VVGA 3ZQ9A 4JCMA 1VFFA 1QNRA 5IHRA 3DC0A 3M7SA 3K8MA 3WBAA 1H0GA 1CEOA 5A6LA 3BAIA 3PZGA 1GOKA 1H11A 5E9AA 1UKQA 2DGAA 1JAEA 3VGHA 3CTTA 2WVUA 2WHJA 1UD5A 1KCLA 2OYLA 2G4FA 1CWYA 3WNMA 1TVNA 3GYCA 4H8UA 1WAWA 1CXIA 3F5KA 2CBIA 1RP9A 1HKKA 1J0IA 3VDHA 3CZ8A 1V6WA 3CMJA 3N04A 1EO5A 2WMGA 2YBUA 2OWWA 3PZNA 3AMLA 1B3XA 3N11A 1PX8A 4AZ6A 1R7AA 5FL1A 1J10A 3MUZ1 2WC3A 4F66A 2BFGA 5GNXA 3L2LA 1JDDA 1CGUA 3OZPA 3OLGA 4P8VA 2W67A 1G1YA 1UKTA 4L4OA 2ZX5A 4W86A 2J78A 1JAKA 1YHTA 5KEZA 3W38A 3N9KA 1W1TA 2F61A 5A2AA 5A8MA 4D6EA 2DT2A 4GZIA 1PZ3A 3APGA 1BYDA 1R86A 3UCQA 3ZSSA 3L4XA 3KL3A 1CXKA 5CSUA 4RE4A 1KXVA 3BLKA 4PMVA 2X2YA 4KH2A 1JGIA 1BVZA 5EB8A 1Y7VA 2EPKX 2A3EA 2CETA 4W7VA 2XVPA 3L2MA 4P7RA 1B1YA 1PJ9A 1AQ0A 2W63A 2BV9A 3L4TA 3NSNA 1V3KA 4WSJA 3A4WA 1VIWA 1E56A 3VIPA 2DSVA 1V08A 2DIJA 4W5ZA 1ISVA 2GK1A 1KQYA 1BVNP 1WE5A 1RH9A 3VD7A 1W9UA 2A3CA 1XH1A 4Q7NA 2VR5A 3WNNA 1J0JA 3A4XA 4QLLA 1U30A 3SIMA 2WWCA 1U33A 2GDUA 1V3LA 2Y4SA 4AY1A 1JZ5A 1CXLA 2XIBA 3W26A 4JFTA 3VDCA 2ZICA 1MYRA 3S2CA 1MQQA 3DYPA 1E3XA 2C8NA 5HPOA 4IPLA 4OBRA 2XSBA 3VNZA 3VD3A 4HMCA 1V0LA 2BHYA 4KRUA 4JCLA 3O2LA 3AQUA 1NWSA 3CZLA 2J4GA 1N82A 2GFTA 1OIFA 2WVSA 3EDKA 1XD1A 3AXHA 4JFUA 3WN6A 5D4YA 3DHUA 3THCA 3AMDA 3UG4A 2WXDM 3BAJA 1W3KA 1FH8A 3ARWA 1OGBA 3D3AA 2VVSA 1M01A 2YKKA 2OYKA 2EQDA 4YPJA 1AQHA 3W4RA 4H04A 5A8NA 4E8CA 1PAMA 2XM1A 1HVQA 1EQPA 1EH9A 3WUEA 5FD0A 1E0WA 4TVUA 3NDZA 4TVCA 4MB5A 2YLAA 3CH9A 3MUY1 3VOCA 2PWEA 5A6SA 1VRXA 1QVBA 4QLKA 1VEPA 4EK7A 1E5JA 1KXQA 2F8QA 3K46A 3PTKA 4W8LA 3SCPA 2E8YA 4C7FA 4KGJA 4ATDA 5D9NA 4LQ1A 1OIMA 2J7DA 4WKAA 1E3ZA 4GI6A 2ZUSA 2ZX7A 4HOZA 2WCSA 1BYCA 4MNKA 2QF8A 1CENA 4A4AA 4CGTA 4HPHA 1UUQA 2WZEA 1E70M 3FN9A 1HKIA 2QLYA 4PMUA 4HZ7A 3VKKA 5ABHA 2FGLA 1OINA 1W3JA 1B3ZA 1E0VA 3CZGA 3OBAA 2J8FA 5CPQA 3O6AA 4Q22A 4E2OA 2WCAA 4BQ2A 2TAAA 3D5HA 2EPLX 2WPGA 1I1XA 2DDXA 4PN2A 3QHOA 1E6SM 1V02E 4P7NA 1B31A 4EKJA 2Y5EA 3SCRA 4PMOA 4Z2GA 2J7CA 2XFYA 1XRVA 3ZSTA 1NWUA 4IUGA 4H7VA 4MAZA 2WVVA 1QI4A 4GINA 4UZUA 2WMIA 3K4DA 4JHZA 4GQRA 1BHGA 2VQUA 1SMAA 5LYRA 3VIMA 3RM8A 1ZU8A 4W93A 3WDIA 5C71A 4UFKA 3WKZA 1JF5A 1OBAA 4Z2KA 3AFBA 1Z32X 2DT3A 1CBGA 2V38A 4PMRA 2XUCA 4IM4A 2XVGA 4OBSA 4JL1A 2J77A 2QHAA 1JL8A 3WL1A 3U7VA 4GIAA 1LG2A 1DHKA 4LX4A 2GJRA 3MV01 2D3LA 4JFWA 3EDEA 4AZBA 2BY2A 1E4MM 4FLQA 3UG5A 3EMZA 3PZUA 3EMQA 5CG0A 1MFVA 5A69A 1HJUA 1DTUA 4HU8A 3IJ8A 1E6QM 1V6YA 2Z1KA 1K9EA 3WUGA 1EHAA 4QCEA 5CJ5A 5CGTA 2G8ZA 3AZTA 3WF2A 4UQEA 3WF0A 1GJUA 1E6NA 4JKKA 1TR1A 4W87A 2EO7A 2PBOA 4NI3A 3ZR5A 1J0ZA 4FMVA 1XHGA 2A3AA 2WSPA 1QNOA 2D0HA 2WVVB 4CD7A 4P7QA 2WMIB 2WYSA 3EBVA 1J0KA 3WDPP 1ITCA 1C7TA 4P7OA 4CCEA 2WBGA 3IK2A 4CVWA 3WH5A 1EA9C 2YLLA 2ZXDA 3NUKA 1O7AA 3MUIA 3QR3A 4WIWA 1IZJA 1MVYA 1PPIA 2ZUNA 5C8BB 2VX6A 4JL2A 4XX6A 5A6AA 1JYXA 2IUZA 1BPLB 1QOXA 3BAYA 3ARXA 3L4UA 1SMDA 5DFAA 4OIFA 4PYSA 5GNYA 2V5DA 3T0DA 1K9TA 1I1WA 1VEMA 3VM5A 3VGBA 4TX8A 1AQMA 1W3LA 1C91A 1E6XM 1WPCA 4BCEA 1KBBA 1WB0A 2W4XA 5DO8A 3WUFA 1VEOA 2GUYA 4FK9A 1CTNA 1E5NA 1EDQA 2D2OA 5BWFA 2WKGA 3AIQA 5E09A 2ESCA 2CKSA 2QMJA 3OB8A 3BLPX 4V2XA 2G3IA 3ZJ8A 2VRQA 3KWXA 4CU8A 3A6OA 4JZ5A 1EO7A 2E8ZA 1B0IA 1E4IA 4AD4A 4NF7A 5ABGA 1OSEA 2MANA 1B3WA 4W8AA 1UD4A 1W1YA 2YJQA 3ZT5A 5BYWA 3AHXA 4KGLA 2E3ZA 1E6RA 5BRQA 1E1FA 4AZGA 2HISA 3TTOA 2VVNA 1CLVA 5AC5A 5HOSA 2D3NA 3MS8A 5JBEA 4ZFMA 3VIFA 4UFIA 1CYGA 1CXHA 4AEFA 4BQ3A 2J7BA 1JZ4A 4OOUA 2A3BA 4XZWA 4UNIA 3BC9A 3FY1A 4GPNA 5I6SA 3GXFA 3OGSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OGG A;  2XGB A;  2VCB A;  3ARU A;  4PEE A;  4WKF A;  4B15 A;  1GHR A;  4J3V A;  1J0Y A;  4D1I A;  4FLO A;  3WQV A;  1D2K A;  3PN8 A;  3WH7 A;  1UKO A;  3CZK A;  2AMG A;  3IJ9 A;  3GXD A;  1CXE A;  1IV8 A;  1UOK A;  1XD0 A;  5CZK A;  4AD3 A;  4WKH A;  4V27 A;  4PMD A;  1JF6 A;  2Z1S A;  4F79 A;  2ZUM A;  3WL0 A;  2QMK A;  1CDG A;  3OGR A;  4J7R A;  1L8N A;  2VNC A;  1OB0 A;  3IAQ A;  1V3I A;  3WDJ A;  4MPK A;  4QCF A;  2BHZ A;  4P8X A;  1D7F A;  1JXK A;  1FOB A;  2VO5 A;  1UR1 A;  3WEO A;  3BAX A;  3WDH A;  1E15 A;  2JEQ A;  3ZT6 A;  1K6A A;  3N12 A;  4U2Y A;  3MAN A;  1W2V A;  2DIE A;  1AMY A;  1DWH M;  4PBG A;  1G9H A;  4J3S A;  1FFQ A;  1NWR A;  5I2U A;  4X0N A;  3W81 A;  1TZ7 A;  1WZL A;  2VC9 A;  2XG9 A;  3I3E A;  1CXF A;  4HTY A;  3U7B A;  4U5K A;  2VX7 A;  5F7U A;  3GTN A;  1KR0 A;  2E9M A;  1KGU A;  2J8G A;  3AS3 A;  2DSW A;  1M04 A;  4N42 A;  2XVL A;  1UYQ A;  1WKY A;  3AHZ A;  2D23 A;  1W3H A;  1QPK A;  4AZC A;  5TD4 A;  2V3D A;  3ZJK A;  4Z2L A;  4HA3 A;  4AIE A;  2ZXB A;  2AOS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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