1DWJM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. refined part 6: structure after a radiation dose of 54*10e15 photons/mm2
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
molecule tags Hydrolase
total genus 194
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwjM00
4PMNA 3AS2A 3CHEA 2YLLA 3A4WA 4W7VA 4RE4A 5E0FA 2E3ZA 4HMCA 4RE3A 2VZVA 3OLIA 4D1JA 3AXIA 5EFDA 3VD5A 2BY2A 1CNVA 1V02A 1UKPA 1W1YA 1UH2A 2VC9A 1GW1A 1ZBKA 2ZUWA 2WWDA 2OYMA 2XSAA 1Y7VA 2VCAA 3ZSSA 3CTTA 2E9LA 4ZEPA 1GPFA 4JFTA 4AZ6A 2HVMA 1JD7A 5FOOA 3MV01 1JZ3A 1RD6A 1TA3B 7TAAA 3M46A 3TTSA 4CVUA 1V3MA 4JKMA 3ZR6A 1JYWA 1JXJA 3II1A 3RDKA 2DT1A 1V03A 2OSWA 3RILA 1GVYA 1OINA 3WD3A 3ZO9A 3WY1A 4F79A 3B9AA 2J75A 2J74A 1JI2A 1JYXA 3UG4A 1TG7A 1C7TA 1BVZA 5E6YA 8CGTA 1E0WA 3BAXA 3GBDA 5HPOA 2BNJA 1SYTA 3VIJA 4AY1A 3WNMA 4S3JA 1LWJA 3MMUA 1D7FA 2WMFA 4ML4A 5A2BA 1EQCA 3OLGA 1UUQA 3SUUA 4QCEA 1N82A 1QI0A 3W53A 1LQ0A 4CKQA 3T0DA 3PZOA 5A8MA 1SR0A 2PC8A 8A3HA 3VX1A 5A8NA 2YA0A 1QI5A 3AIQA 3KE0A 1MWOA 4DM1A 4B16A 2WWCA 1M7XA 3VVGA 1FFQA 1QOXA 1W91A 2W62A 3N1AA 3MUZ1 4U2ZA 1GJUA 4AD5A 1E6ZA 4F9JA 2VX6A 2EPLX 5A6MA 2WK2A 1XSKA 9CGTA 4AISA 4XX6A 4Q7NA 2CYGA 2WCGA 2VX4A 3L4YA 3PZMA 4OBSA 2OSXA 4ATDA 3EMZA 2X0YA 2OWCA 1EDTA 2PWEA 2G41A 4MJ2A 3WD1A 4QCFA 1JZ8A 2D3NA 3JUGA 1H49A 4GQRA 2ZX8A 3NSXA 3D3AA 1H5VA 4L4OA 5A6SA 2J79A 3WNOA 4MAZA 2UY3A 3KWXA 4U5IA 4AW7A 5AC4A 1E3XA 1K9FA 3NYDA 1DWGM 2PF0A 4JIEA 1UR8A 5HBFA 5TD4A 4MAVA 3OIHA 4GO8A 4MNLA 5FCZA 4C7DA 1A3HA 2FGLA 3L2MA 3VU2A 2GJRA 4H7VA 5GNYA 4AIEA 5A1AA 2XUCA 4MJ4A 4D6DA 4F66A 2VVNA 4ATWA 3FHAA 2DT0A 5A2CA 4D6FA 1KWKA 2WHLA 1KQZA 3CHCA 4MPKA 2CITA 2E4TA 4PCSA 4PMXA 2J77A 1VFMA 4LYPA 3SCWA 1BLIA 1PZ2A 2D24A 3ARPA 4KH2A 1QBAA 4P8WA 1E43A 2XTKA 3CUJA 1L0PA 2YBTA 2YIHA 3AXXA 3OGVA 3CUIA 2WLZA 4CCCA 3PTKA 2OSYA 3W81A 3AIUA 2VRJA 1VEMA 4JHZA 3W37A 5A6AA 1ISXA 2J78A 4H8UA 4PMZA 1BAGA 2E0PA 2TAAA 2ZX7A 3B9EA 1E6RA 4W89A 1HNYA 5BRPA 4DWSC 4WSKA 3AMKA 1CGWA 4BQ2A 1XYFA 2J8FA 1OGGA 1Q6EA 1ISWA 1W9UA 4GIAA 3TA9A 1G94A 1D2KA 4WIWA 1US2A 3KEHA 1HKMA 5JIPA 1HXJA 4PMQA 1NOFA 2CIPA 3GM8A 4P8XA 3CZGA 3WF2A 3OG2A 2XFFA 5M03A 3N18A 2MANA 1MW3A 3SEPA 2BXYA 1UA3A 5D4YA 3WUEA 1UQYA 1ISVA 5AYIA 1LL6A 1E9LA 1VENA 4PRWA 4HMEA 5FL0A 1ODZA 4U3AA 1E5JA 5LA2A 1UOKA 1JIBA 4U5KA 4BF7A 2GJXA 1MFUA 3QHMA 3T2OA 1ITXA 3PZQA 1MQPA 1X1NA 2W91A 3W82A 1G1YA 3AMDA 4IISA 1H4PA 1KR1A 2UY4A 1UR4A 3AHTA 3CLWA 4JZ5A 4OJYA 5A6JA 2D3LA 3ARWA 3MO4A 2D22A 2ESCA 3WDRA 1KFWA 4UCFA 1R7OA 2D0GA 2ZUUA 4AD1A 4CU7A 4TTGA 1NWTA 3TONA 3VMOA 3SCTA 1E72M 2XFYA 3GNRA 3UETA 3ZM8A 1GQJA 4WK9A 1LL4A 3M7SA 2YLAA 3RM9A 1UD5A 1B3YA 1BYBA 3ARZA 3PZUA 2XGBA 1PPIA 2UWFA 3RM4A 1UKSA 1J11A 4P7LA 4AZBA 4MB5A 2Z1KA 3WDPP 1UD8A 3WEMA 5D9MA 3AJ7A 1HIZA 5CGMA 2QPSA 2W61A 4LPCA 5CXPA 3UG3A 4U33A 1GQIA 4D6HA 5M5DA 3AYSA 1EO7A 4HTYA 2J7DA 2Z1SA 1V02E 3BSGA 4TTUA 3EMCA 1BVNP 1HVQA 5BXTA 2BS9A 4W93A 3ZIZA 4H8HA 3CZJA 5A69A 4LQ1A 4AD0A 3WBEA 1B9ZA 2CPUA 4URIA 2J7EA 2WZEA 1OCQA 2O9RA 4CU8A 3SCVA 5CQ1A 2WKLA 3AZTA 4N0RA 2G8ZA 3WF3A 4UNIA 1YQ2A 2WVVA 2EPMX 1CXIA 1LF1A 1V3LA 3MU7A 1O7AA 1XCXA 4HPGA 1VIWA 3MSGA 1IT0A 2CETA 1OGSA 2EJ1A 3KL5A 4J3XA 3WH8A 3AS1A 1FP9A 1RP9A 2BY0A 3WQ5A 3VKKA 2A3EA 3IJ8A 2XM2A 2WW5A 4J28A 3HU7A 4JL1A 4OOUA 3RIKA 4UFJA 1BGGA 1UWQA 1IZKA 1WZMA 1XSIA 2BVDA 5HPCA 3VILA 2O9OA 2Y2WA 3AS3A 1W1PA 3ZJ8A 1MQQA 1NH6A 4DM2A 4C7GA 2OWWA 3U7VA 4DWSD 1G5AA 2EEXA 3WNNA 1AMYA 3CMJA 4EANA 4UQAA 1JYVA 1CLXA 1JFXA 1I75A 3EMQA 1V0KA 4TVDA 2NW0A 3KZSA 1EIBA 1KXVA 4MNJA 2Y5EA 1GORA 3G6MA 2XWEA 2QPUA 3DC0A 3WNLA 1C7SA 3VD4A 1WE5A 1KXQA 3APGA 4DWSB 2JIEA 2J8GA 1K9EA 1XH1A 2W66A 2WSKA 1FFRA 3WUGA 4AD4A 5I78A 1KWGA 4Q22A 3NDZA 2EPKX 5BCAA 3ARQA 1K6AA 2DIEA 5I24A 1MXGA 1JF5A 2WVVB 1BG4A 1CENA 4QAWA 2W67A 3WN6A 4BA0A 1XSJA 3VDHA 3RJXA 2WSPA 1JG9A 5D9PA 4AIUA 5CPQA 4D1IA 4E8CA 1C90A 3NSNA 3AIVA 4AZCA 1K9DA 2UY2A 1MW1A 4KRTA 4RL3A 4HZ7A 4UFMA 2YL8A 3EYPA 3HN3A 1UHVA 1L8NA 3CHDA 4GZEA 2J7HA 4AZIA 2NT1A 2E8YA 4W8BA 1DWIM 1HJQA 4PMUA 4B9ZA 3BSHA 3W29A 3K4DA 3UR8A 4GI6A 1OGBA 1BFNA 1QW8A 1HL8A 4CD7A 5IFTA 4UZSA 1C8YA 2GDUA 1V6YA 3TTOA 3ARYA 2JF6A 3AXHA 4XZWA 2C7FA 3T08A 3N12A 4PSRA 2YL6A 1GQKA 4HU0A 1V6UA 1UA7A 4PBGA 3W27A 1MXDA 4PSPA 4NSBA 2D0FA 1VFOA 3VUPA 1PX4A 1LLOA 5IFPA 3ECQA 1V3HA 4M24A 1WNOA 1EA9C 5CLTA 4GINA 3VOCA 4D72A 1EOKA 4QLKA 3A47A 3LPPA 1WDPA 4UQ9A 2ZUNA 3AMLA 1WP6A 5GPRA 2AAAA 2F61A 4UQDA 2G3NA 1E6XM 1JNDA 1W1TA 2DSZA 3WNPA 2DT3A 2IUZA 1B3VA 2PWGA 1HVXA 1B3XA 1GOMA 1MQRA 2D2OA 6TAAA 1UR0A 4PEEA 3DYPA 3UG5A 4FMVA 1NP2A 1UD2A 3SUTA 4E8DA 5DT7A 5E9AA 3N13A 3WQ6A 2JEQA 1E5NA 1V0MA 1CGTA 3LMYA 2E8ZA 4XZBA 2VCCA 3TOPA 3AFBA 1BYCA 1V3JA 1WZAA 3W25A 4K68A 1RP8A 2VURA 1VFUA 2VJXA 2GDVA 2Y8KA 4ZXOA 2JFEX 3FAWA 4CN4A 1PJ9A 3THCA 1E1EA 3W0KA 2WVSA 1TCMA 4CD4A 2XVPA 2DH3A 2G3IA 1CXKA 2YA1A 1W9XA 3LPGA 4HU8A 1C8QA 3L4WA 4XUYA 2WC4A 4HZ6A 4TVCA 4Z2JA 1HKIA 1WDQA 3QHOA 4N42A 1B3WA 3AZRA 2ZX9A 5I6SA 3PTQA 1WPCA 4B3KA 3UESA 1V0LA 3QHNA 3DHPA 1HJUA 1XGZA 4UQEA 3WDHA 3OB8A 3FXYA 4B3LA 2YDQA 3CMGA 4UOJA 4FK9A 2NSXA 1B1YA 4M56A 3W6MA 3WFLA 2X09A 3WH6A 2JALA 1E71M 1EDQA 3CHFA 2VOTA 2JF7A 4PMYA 4AYSA 1VJZA 4AEEA 1H3GA 3BH4A 3MUY1 1ZBVA 2WZIA 5KEZA 3WL0A 1JGIA 2W63A 3ALFA 2XVKA 2VO5A 4LGXA 1Q6FA 3J7HA 1E0XA 5JUVA 1TUXA 2V3FA 4B9YA 3E1F1 1CGVA 5LYRA 4UQCA 2CHOA 1PX3A 1H0GA 5IHRA 4X0VA 3OGRA 3WQ8A 1MW0A 1V6VA 1WKYA 2OYKA 3O2LA 3PZVA 3ARTA 2V3GA 1H0IA 1ODUA 3CO4A 3OLEA 2C8NA 4F9DA 1W2PA 5I3DA 4WLCA 2ZOXA 1E55A 1VB9A 1QNPA 4PTXA 1UWSA 3VGFA 2CHNA 1W9VA 4JCMA 1UKQA 1CGUA 2PBGA 4Z2LA 5ABFA 2VR4A 4YHEA 1WZLA 1UD4A 3PZIA 3VDCA 5I77A 2DSKA 1XH2A 3L2LA 2WHKA 1UR9A 7A3HA 2W4XA 4EAMA 1JZ6A 3TTQA 1J0JA 2EPOA 2PBOA 2DSVA 1WCGA 1M04A 5D9NA 4JAWA 5EFFA 3VD7A 2ZWZA 1QI2A 1EQPA 4JHOA 1W3LA 5FKYA 1Z32X 2FHFA 1UQZA 2J7GA 1NWSA 4TVUA 1IZJA 3AZSA 2G3JA 2VRKA 4EKJA 3GTNA 2WCSA 4P8UA 3VNYA 1BYAA 1JL8A 4UTFA 4M1RA 4OBRA 2YOCA 3DYMA 2Y24A 5ABEA 4ZFMA 5JBDA 2V38A 3PZTA 1VRXA 2FHBA 3ZMRA 2W5FA 3F5JA 2EPNA 1KBBA 3GDBA 3RJYA 3L4VA 1OB0A 5DO8A 2V5CA 4AEFA 4W88A 5LA0A 3IJ9A 4Z2IA 3BAIA 2FHCA 3VPLA 1HKJA 3CUGA 3S2CA 2DEPA 1BPLB 2A3AA 1HL9A 3AS0A 1GUVA 1CLVA 5IHSA 4HZ8A 1JNEA 1E4NA 4P7OA 4CD8A 4WKHA 3WUFA 3BCDA 2VCBA 1E6QM 2DGAA 4J3UA 1CIUA 4AZHA 2G4FA 2WLYA 5CPTA 2A3BA 1KQYA 5JBFA 4TX6A 3BGAA 3WEOA 3KL3A 1CECA 1VJSA 3WF0A 5GNZA 1V3KA 3NUKA 1XV8A 1JYNA 5I23A 4W86A 2BV9A 3M6DA 3ZJ6A 1PZ3A 2D20A 3DHUA 5I2UA 4L4PA 3HMCA 1CXEA 4A4AA 2WNWA 3MS8A 3OGSA 1FP8A 1TR1A 2YJQA 2J7CA 4UOZA 4AWEA 1J18A 4U31A 3FW6A 3L4XA 2QF8A 1VBUA 3GNPA 1R85A 4GO9A 4Z2GA 4YN5A 5BXPA 1W3JA 3MMWA 3WL1A 3WFZA 4FF5A 4D6JA 5E6ZA 1UH3A 4AIOA 1VFFA 1DWFM 2ZICA 1VAHA 3K8MA 4R27A 3WSUA 2WHMA 1R8LA 2J7BA 3SUWA 1V0NA 4AD3A 2DSWA 4J3VA 1UR2A 1ZU8A 3SCQA 5DMYA 4V2XA 3BMVA 4PTWA 3SURA 3GXIA 3VGEA 1AQMA 2VVSA 4Z2HA 1UD3A 2ZE0A 1GOQA 1LJYA 2ZWYA 3F4VA 1W2VA 3RMEA 4MNKA 4W8AA 2ZUSA 3EDJA 1UWTA 5A3HA 2CCRA 3VM7A 1JZ4A 2GJXB 2ZUVA 3AIRA 2GK1A 3VIHA 1UKOA 6CGTA 4V27A 1E15A 1LG2A 2WMIA 2WBKA 1VBRA 3EBVA 4OOZA 1OSEA 5A8OA 1NOWA 5FL1A 4MB1A 1GOOA 3VMPA 1EOMA 3VIKA 1EH9A 1UZ4A 3VINA 2QV4A 4R5EA 1HJWA 1M03A 5C70A 3WF1A 2WHJA 4PMOA 1ESWA 4CD5A 1WZKA 2CEQA 3FAXA 4JKKA 2VZTA 5KZ6A 1U2YA 3VDAA 4UFIA 1DEDA 5CG0A 3AROA 4GZJA 2F2HA 4DUVA 2J4GA 3SCNA 1KBKA 2VI0A 3WD4A 4ACYA 4QLJA 1OD8A 2BFGA 1B90A 2BVYA 2V5DA 3O6AA 3N15A 3N17A 5E70A 2V3EA 1P6WA 3B8SA 2YDSA 4W84A 2FH6A 1HJVA 2VT0A 3FY1A 3POHA 1HJSA 2BY3A 2XPKA 4NF7A 4DUWA 2CERA 1WB0A 4J3SA 1ISYA 3MV11 3L4TA 1EGZA 1YHTA 4D71A 2WM0A 3IJ7A 3FHQA 3VD9A 2QLYA 3ARRA 3W24A 1QHPA 4PYSA 3W4RA 1EDGA 1R86A 2DDXA 3ZQ9A 3O9NA 1UR1A 3ZR5A 2XG9A 4OUEA 4W7WA 1Q6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PMN A;  3AS2 A;  3CHE A;  2YLL A;  3A4W A;  4W7V A;  4RE4 A;  5E0F A;  2E3Z A;  4HMC A;  4RE3 A;  2VZV A;  3OLI A;  4D1J A;  3AXI A;  5EFD A;  3VD5 A;  2BY2 A;  1CNV A;  1V02 A;  1UKP A;  1W1Y A;  1UH2 A;  2VC9 A;  1GW1 A;  1ZBK A;  2ZUW A;  2WWD A;  2OYM A;  2XSA A;  1Y7V A;  2VCA A;  3ZSS A;  3CTT A;  2E9L A;  4ZEP A;  1GPF A;  4JFT A;  4AZ6 A;  2HVM A;  1JD7 A;  5FOO A;  3MV0 1;  1JZ3 A;  1RD6 A;  1TA3 B;  7TAA A;  3M46 A;  3TTS A;  4CVU A;  1V3M A;  4JKM A;  3ZR6 A;  1JYW A;  1JXJ A;  3II1 A;  3RDK A;  2DT1 A;  1V03 A;  2OSW A;  3RIL A;  1GVY A;  1OIN A;  3WD3 A;  3ZO9 A;  3WY1 A;  4F79 A;  3B9A A;  2J75 A;  2J74 A;  1JI2 A;  1JYX A;  3UG4 A;  1TG7 A;  1C7T A;  1BVZ A;  5E6Y A;  8CGT A;  1E0W A;  3BAX A;  3GBD A;  5HPO A;  2BNJ A;  1SYT A;  3VIJ A;  4AY1 A;  3WNM A;  4S3J A;  1LWJ A;  3MMU A;  1D7F A;  2WMF A;  4ML4 A;  5A2B A;  1EQC A;  3OLG A;  1UUQ A;  3SUU A;  4QCE A;  1N82 A;  1QI0 A;  3W53 A;  1LQ0 A;  4CKQ A;  3T0D A;  3PZO A;  5A8M A;  1SR0 A;  2PC8 A;  8A3H A;  3VX1 A;  5A8N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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