1E0X | Genus

Total Genus 128

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	309
structure length	309
Chain Sequence	AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGRLSDSTYTSIAGREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSSADRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSALRQAMIDHINGVMAHYKGKIVQWDVVNEAFADGSSGARRDSNLQRSGNDWIEVAFRTARAADPSAKLCYNDYNVENWTWAKTQAMYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGAPASTYANVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDSDSWRSEQTPLLFNNDGSKKAAYTAVLDALNGGDSSEPP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9257249615779486__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9257249615779486__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1E0X/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9257249615779486__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9257249615779486","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1E0X/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9257249615779486__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptomyces lividans
publication title	Substrate Specificity in Glycoside Hydrolase Family 10. Structural and Kinetic Analysis of the Streptomyces Lividans Xylanase 10A pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
total genus	128
structure length	309
sequence length	309
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2000-04-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1e0xA00

4XB3A 4CD5A 5CXPA 2Y8KA 2BVYA 1W1VA 3TTQA 2YA2A 5I23A 3N9KA 1EDQA 3S2CA 3WQ5A 4PMQA 1W9PA 1GUVA 5CSUA 2VZUA 2C0HA 2XFFA 5M03A 2PWGA 3KWXA 1U2YA 4GZEA 4RE2A 3CUGA 5GNYA 4H41A 3AS1A 4FLSA 1PX4A 1XCXA 2D3NA 5IDIA 4U33A 1GJUA 4AZIA 1KBKA 3MV11 5E09A 4EAMA 1W1TA 1E0VA 2CIPA 4AWEA 1CBGA 1E6QM 3NCOA 5JBFA 2WYSA 1H0GA 4AD2A 1D2KA 5IXEA 1O7AA 3VGDA 5A2AA 5HXMA 4W87A 3ARXA 2VCAA 2V3EA 2YBTA 1EDGA 5FKYA 1VF8A 3MS8A 4Z2JA 4BCEA 5BXPA 1KBBA 2W66A 4CUCA 5GQBA 4AZGA 2YDRA 3L4XA 1H5VA 3AS3A 4KH2A 1HF6A 1B0IA 4U5KA 1UWQA 5BROA 4HMCA 1HVXA 2XPKA 2VURA 1MW3A 1BLIA 3AZRA 3GZAA 3BLKA 3EMQA 1CGXA 3T09A 3SCNA 1XD0A 1UR1A 3ARQA 2B31A 3WDPP 1M04A 3OLDA 2WXDM 1JDCA 3AZSA 1UQYA 2XGIA 3PTKA 3OZPA 1Q6FA 4OUEA 3WELA 2WCSA 4UQ9A 2WB5A 4A3YA 2DQXA 1RD6A 1W3KA 1DWFM 3L4WA 1L0PA 4B15A 1XH2A 3N13A 1CTNA 1SMAA 4Z2IA 5I6SA 2QMJA 1JAKA 4OIFA 3AFBA 1ISXA 1MFUA 5A6KA 3LMYA 3W24A 3DYMA 3O6AA 4HMDA 3ZIZA 2WWCA 1QI4A 5E9AA 5E6YA 2O9RA 4KMQA 3U7VA 1E6SM 1KWKA 5IFTA 2YOCA 4QCFA 2ZUWA 4P7RA 4CCDA 1BSIA 1WZLA 4AD3A 1YHTA 4JL1A 1V03A 4D6JA 1BF2A 3AJ7A 6TAAA 1WO2A 1UKTA 3VGHA 4OBSA 5E0CA 4JKLA 3WQ8A 2D0FA 1VJSA 3WDQA 1LL4A 5LYRA 2BXZA 2PWHA 5AY7A 1CEOA 1V3HA 2VZOA 2J7DA 5JUVA 3GNPA 3CHDA 4PSPA 2EBNA 2J7HA 1QW9A 3UR8A 1JI2A 3VNYA 4F66A 3AROA 2VZVA 1E71M 3GBEA 1ZB5A 4UQBA 3BMVA 4XX6A 5BWFA 1BPLB 1WZAA 3GDBA 3FAXA 2BV9A 1UKPA 1AVAA 4LPCA 3AZTA 3VDBA 4FMVA 4JHZA 4U2YA 1ODZA 3ARTA 1MW1A 3CUJA 2AAAA 1GHRA 3THDA 1CGTA 2CXGA 3UETA 3A6OA 3ZR6A 1MQPA 5LA1A 4KRUA 2BHUA 2VZSA 3U7BA 5KZ6A 1GW1A 1JFHA 2F2HA 2WANA 1NOUA 2YDSA 1FOBA 2V3DA 3TOPA 1KXHA 5I77A 1QNOA 1M03A 1UOKA 4ZE5A 1KQYA 3EDFA 1W3HA 1XH1A 2GJPA 1UWIA 3UG3A 4HA3A 5AC4A 2WHMA 2UY5A 1HJSA 4AZHA 3POHA 4CD6A 2VX5A 3WF2A 2J77A 1HIZA 1CXHA 3WF0A 3APGA 1VBUA 1CXEA 2WW5A 1LF1A 4M29A 1MYRA 5CG0A 4Z2LA 4H8UA 3BGAA 4ACYA 4D1JA 3MUZ1 5CLWA 4WKAA 1ESWA 1ISZA 1MW0A 4W85A 1J12A 3EDJA 1E70M 1GORA 3MUY1 3WEZA 2VL4A 4ZE4A 4E8DA 1HP5A 3PZOA 2Y4SA 1DWJM 1SR0A 2WWDA 4PRWA 1UG6A 1GNXA 4XZBA 5HBFA 1UD4A 4HPHA 2J62A 2W5FA 5GPRA 4KWUA 3SUUA 1B3VA 1LLOA 4MDPA 5HPCA 2D2OA 2XUCA 2W4XA 3CHCA 3VOCA 2X2YA 3W4RA 1UKOA 4TVCA 1IV8A 7A3HA 1D3CA 2ZX7A 3WIJA 4W8AA 5CGMA 4NI3A 3KEHA 3CMGA 3CZEA 3CTTA 3SCUA 1B9ZA 3PN8A 4S3JA 3VGBA 3A47A 1W9XA 1MQRA 1CDGA 5M17A 3WF3A 2DGAA 5CZKA 3IAPA 1C92A 4IM4A 1HP4A 3AIRA 3MMWA 4PMOA 3PBGA 3ARUA 3WDIA 2XYLA 2VNCA 4HZ8A 5CPSA 3RMEA 2BY0A 3CZJA 3TONA 1EQPA 4GZIA 4QLLA 1TE1A 2G3NA 1KR1A 3SUWA 2VC9A 2VT0A 4BF7A 3GXFA 5I0DA 4TX8A 1HX0A 1JXJA 4N42A 5DMYA 1JIBA 3RDKA 4JCMA 3KE0A 4MB1A 1Q6EA 2J79A 1CYGA 2DIJA 1J0KA 5A6SA 1VEMA 4PMXA 3VTRA 4U3CA 3ARVA 2J25A 5D9NA 1ZU8A 5A2BA 2YA0A 2E4TA 5IFPA 1UKSA 1JYWA 3OGRA 1OD8A 2CYGA 4J3XA 1R87A 2A3EA 1HJVA 4UFMA 3PHAA 4B9YA 1B3WA 1G1YA 3IJ9A 2UY4A 1ECEA 3NDYA 4EK7A 1LL7A 1KWGA 4GINA 1WZKA 4U3AA 1IZKA 4C7FA 3VM5A 2OWWA 2CBJA 4FLRA 2WMGA 3W53A 1OCQA 4MDOA 3CIVA 1NP0A 3ARWA 2EPOA 3WUBA 3K8KA 3CZKA 1FHDA 2DT3A 3AICA 1W91A 1B31A 1TZ7A 4AC1X 4JKKA 2BXYA 4PN2A 4NRSA 2Y8VA 1JZ5A 3W6LA 4C7DA 1E43A 1UUQA 1OWQA 3A4AA 1KFWA 4W89A 5A6MA 1HN1A 1KCKA 1OIMA 4UFHA 1MXGA 3WBAA 3VILA 4ATWA 3T2PA 5A6LA 3OZOA 4GQQA 1E4MM 3BCFA 5BRQA 2ZOXA 1K6AA 1Z32X 2VZTA 2JEQA 1JD9A 4MJ2A 2WSPA 4UNIA 2J7BA 2OLHA 2WMJA 3GBDA 1UH3A 4JFVA 3WMCA 1VAHA 4JFTA 2QV4A 5BRPA 3U5UA 3W27A 3EMCA 3CO4A 1EOKA 3I3EA 1JL8A 5GNZA 2G8ZA 2O9OA 4QDMA 1RP9A 1L8NA 3AYSA 1DWAM 1F4HA 1GOOA 2WK2A 3U57A 2EO7A 4TVDA 1ISVA 4MADA 2WHLA 1GQLA 2VCCA 1C93A 3VGEA 1E1FA 3L4TA 3VO0A 2D3LA 4GO8A 1FFRA 1E6NA 1BG4A 3VIFA 8CGTA 3VINA 2DSKA 4AEFA 5TD4A 3M46A 2OYLA 5E70A 2CBIA 3B9AA 1I75A 4AZBA 2BNJA 2CITA 1ZJAA 2YDQA 4J7RA 1CWYA 4AIOA 3N04A 2PWEA 4H2CA 3GNOA 4E2OA 2OSXA 3VD3A 4GXPA 3N18A 3FAWA 2WC7A 5BXSA 1GZJA 5C70A 3OG2A 5D9PA 4IISA 4EANA 2EPLX 3FHAA 2DDXA 3VIHA 3RM9A 3BXWA 4JIEA 2PWFA 4M80A 1ZBWA 3VIKA 3CBWA 4YPJA 3WQWA 4JZ5A 4GO9A 4RL3A 1UH4A 1FFQA 2GDUA 3NSXA 2V38A 2YBUA 2J75A 4GIAA 3L2MA 2WVVA 3WNLA 1PIGA 3IJ7A 1BFNA 5ABEA 1MQQA 1N82A 4H7VA 3WH7A 3K8LA 3CHFA 4AY1A 1E6PA 1EHAA 2WKLA 1E4LA 1PX8A 3MMDA 4FF5A 3QOKA 5EFDA 4CU6A 4PMZA 1WZMA 2XVPA 3RM8A 4HOZA 2UY2A 4PSRA 1JZ2A 4P7OA 3SUVA 5CSYA 5CPQA 3BAYA 3AMCA 4DM1A 3UCQA 2J4GA 1CGUA 2ZXDA 1I1XA 2ZUTA 3NYDA 6CGTA 2WZEA 1KGXA 4GZJA 1C7TA 4F79A 2CBUA 1F4AA 2G4FA 1CGYA 2VR4A 4V28A 1AQ0A 1OB0A 1PZ3A 1H09A 3HU7A 3SCTA 1AQHA 4U5IA 3VIIA 1CGVA 3CZGA 4PMYA 4HU8A 1E4IA 3AXHA 1W3JA 5A2CA 1DHKA 1EQCA 3THCA 2Z1SA 3AXXA 3B8SA 5HNNA 3SCQA 1ITXA 3MU7A 2WZHA 2MANA 4GQRA 5AYIA 3UG4A 3VMPA 2WLZA 4D71A 1CXKA 2WCGA 1QHOA 2WMFA 2XM2A 1TG7A 1PBGA 3VD9A 2EPKX 1WNOA 3K8MA 2HISA 1TA3A 4J3UA 4MB4A 3WUFA 4NSBA 3MSGA 2VVSA 3TP4A 3UESA 5DFAA 1C8YA 1NARA 1VFMA 2CKRA 2PC8A 1TA3B 1EO5A 4FLQA 4ZXOA 4OOUA 3WY1A 1C3FA 1FH8A 2XFRA 2V3GA 4PEEA 3VX0A 1C8XA 3SCRA 4JFSA 3WKZA 2D0GA 1X1NA 4HA4A 2YL6A 3VD5A 4YHEA 2O9PA 3W28A 4UQEA 2ZIDA 4JL2A 3IK2A 2VUYA 2E9BA 3WUGA 5A8NA 1V0NA 1R7OA 2VOTA 3AMLA 3MUIA 4AD1A 3SCPA 1V0KA 4MB5A 1E0WA 4PBGA 4CU8A 1E3ZA 2D23A 2YIHA 1M01A 8A3HA 1HKIA 5C8BB 3ALFA 2VMFA 1HXJA 2XG9A 4PUDA 4CGTA 2ZXQA 1NP2A 2G41A 3ARYA 3GH5A 2ZWYA 1GVIA 3MANA 3LPFA 1GPFA 4CVUA 5I2UA 1VIWA 1FA2A 3SCOA 1NWSA 3K1DA 1PAMA 3ZT5A 3W0KA 1LWHA 4NF7A 3AS2A 2X8RA 1XHGA 4UFKA 4F8XA 2GDVA 4UFIA 3PZQA 3SUSA 1JZ4A 2EEXA 1UHVA 3LPOA 2F61A 4JHOA 1XSKA 2X05A 4E4PA 1GQKA 4CD7A 4PCTA 4CN4A 2HVMA 2XVGA 5F7UA 1CGWA 3M6DA 1UWRA 3OLIA 1BGAA 4DM2A 1E1EA 1J01A 2WC4A 1W2PA 2RGLA 4HZ7A 4JAWA 4H8HA 4UZSA 1GOKA 1W9BM 1EH9A 4PTXA 2XVNA 2E3ZA 1BVNP 1J0YA 1OGSA 3RJYA 4TVUA 1RH9A 1TMQA 2XWDA 4JKMA 1CPUA 2ZXAA 1EDTA 1H4PA 4CD8A 4D6FA 2WNWA 1PZ2A 3A4XA 2FHFA 3L4UA 3E1F1 1FH7A 1UR4A 4AMCA 1MW2A 2W92A 4A4AA 5FOOA 2YLLA 4BQ2A 1V6XA 4DUVA 3MV01 2XGBA 3LPPA 2W62A 2RGMA 3FHQA 2VTFA 1B2YA 1BAGA 1B1YA 1E6ZA 1JD7A 4OJYA 3G6LA 1RPKA 4DWSA 5A8QA 4GKLA 4Q22A 5EBAA 4HP5A 1M53A 4DWSB 3PZNA 3AXIA 3F5JA 2BY3A 1JG9A 3WNKA 1MFVA 3NIYA 2VRKA 3NSNA 1BG9A 3VDHA 2WLYA 1V02A 1EHNA 5CQ1A 3QOMA 1QNSA 1VFFA 3ZR5A 3T0AA 5A3HA 4GI6A 2UWFA 3DYOA 1OIFA 1E3XA 2WSKA 4LX4A 4DWSD 1KGUA 1PPIA 1VRXA 3VIGA 1V6VA 3FY1A 3K4DA 5A95A 5ABFA 1YQ2A 3WD1A 3SCWA 3BAXA 4UQAA 4A3HA 1DWGM 3AMDA 4J3SA 4R5EA 3ZT7A 4ZXLA 2D20A 2WVTA 3FNDA 1CNVA 5ABFB 1EA9C 3ZJ6A 2NSXA 4UOQA 3AS0A 4OBRA 5A94A 3VIJA 3MMUA 1V6WA 1CLXA 1TCMA 3AYRA 1H11A 3AIEA 1VFOA 3NSMA 2ZUNA 1SMDA 4QCEA 1OGGA 3RO8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5DT5 A;  3WD2 A;  2XII A;  3RCN A;  4AW7 A;  4WLC A;  2OWC A;  2XFY A;  1UH2 A;  1JYN A;  4BS0 A;  5D4Y A;  2G3J A;  1W9V A;  4R27 A;  4PMV A;  2J47 A;  2Y2W A;  1WAW A;  1CZ1 A;  1QBA A;  1KXV A;  3T2O A;  3WH9 A;  2J7E A;  3A3H A;  4W8B A;  3W26 A;  1H0I A;  3VMO A;  1S46 A;  2X1I A;  3SUR A;  3TTY A;  4B3K A;  1U30 A;  3F5K A;  1TR1 A;  3BH4 A;  3WL1 A;  4DUW A;  5ABH A;  1XYF A;  3ARS A;  1AQM A;  4MJ4 A;  2EJ1 A;  3CUF A;  3RM4 A;  2VRJ A;  2WVV B;  1UD8 A;  1B3Z A;  2WAG A;  2J7C A;  4HZ6 A;  3D5H A;  4XZW A;  2CKS A;  3ARR A;  1SFS A;  2ZUS A;  3I3D A;  5IHR A;  3W29 A;  7CGT A;  4TXE A;  1H41 A;  2Q8X A;  1K9D A;  4M81 A;  3QHO A;  1V3I A;  2A3B A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1E0XA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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