1E4I | Genus

Total Genus 177

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	177
sequence length	447
structure length	447
Chain Sequence	TIFQFPQDFMWGTATAAYQIEGAYQEDGRGLSIWDTFAHTPGKVFNGDNGNVACDSYHRYEEDIRLMKELGIRTYRFSVSWPRIFPNGDGEVNQKGLDYYHRVVDLLNDNGIEPFCTLYHWDLPQALQDAGGWGNRRTIQAFVQFAETMFREFHGKIQHWLTFNEPWCIAFLSNMLGVHAPGLTNLQTAIDVGHHLLVAHGLSVRRFRELGTSGQIGIAPNVSWAVPYSTSEEDKAACARTISLHSDWFLQPIYQGSYPQFLVDWFAEQGATVPIQDGDMDIIGEPIDMIGINYYSMSVNRFNPEAGFLQSEEINMGLPVTDIGWPVESRGLYEVLHYLQKYGNIDIYITENGACINDEVVNGKVQDDRRISYMQQHLVQVHRTIHDGLHVKGYMAWSLLDNFEWAEGYNMRFGMIHVDFRTQVRTPKQSYYWYRNVVSNNWLETRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__10223161765079425__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__10223161765079425__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1E4I/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__10223161765079425__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"10223161765079425","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1E4I/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__10223161765079425__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb030057ac4d0c13416bfc/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb030057ac4d0c13416bfc/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb030057ac4d0c13416bfc/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb030057ac4d0c13416bfc/pdb.gz): 554 ms

reading 447 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

447 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:446});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus polymyxa
publication title	Structural Basis of Increased Resistance to Thermal Denaturation Induced by Single Amino Acid Substitution in the Sequence of Beta-Glucosidase a from Bacillus Polymyxa. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-GLUCOSIDASE
total genus	177
structure length	447
sequence length	447
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2000-07-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1e4iA00

1ZL1A 3BAXA 1LWJA 3VIJA 1JI1A 3PZGA 1UUQA 1QNOA 2X09A 2ZUUA 5C8BB 5ABHA 4JFUA 2DSVA 2XPKA 1EO7A 3CO4A 3VIFA 2VI0A 3AZSA 2G8ZA 1HJUA 4CCDA 4M24A 2VR4A 2XGIA 1DWGM 2WVTA 1JXJA 4BQ3A 4M1RA 4D6JA 2J4GA 2YA2A 3MUAA 2WCAA 3F4VA 5GPRA 2A3BA 1E4NA 1JXKA 4U5KA 3D5HA 4YHGA 1GUVA 2BY2A 1HVXA 5DF0A 3QHNA 2OSWA 4PEEA 1VFUA 1M04A 4XZBA 2DSUA 2J7GA 5I78A 3OGSA 1QHPA 1GHRA 1NOFA 3F5JA 4X0VA 4UFHA 3UR7A 3VX1A 1CXKA 3AMLA 3NDZA 3SUUA 3CMJA 1PAMA 4D72A 1KQZA 5AY7A 1XC6A 2VOTA 4WLCA 2J7CA 1E0VA 5DT5A 3MUZ1 1LJYA 3AIVA 3QOMA 3WMSA 3GXFA 4GI6A 1EDQA 1E5NA 4PCTA 1FA2A 3CUGA 3DECA 4L4PA 3VDAA 1UD2A 3EDJA 4PUDA 4UQ9A 5BWFA 1J11A 3QHOA 4LYPA 4U5IA 2V3DA 1XH1A 3RM8A 3VDBA 3MKKA 4BCEA 3VIHA 1FH7A 3AMDA 3OGRA 2XSAA 1G1YA 3A4AA 1WDPA 2C8NA 3OA5A 1BYAA 1CGUA 5LYRA 1KBKA 2UY3A 3TOPA 4PMOA 1CYGA 2CERA 3VIPA 4GO8A 2QMJA 3OLIA 1JYWA 3T08A 3AS3A 3MS8A 2WVSA 1V02A 1EHNA 4AD3A 1B3ZA 1WE5A 1Q6FA 2DH3A 3VGEA 2VZOA 3K4DA 2YLAA 4AIUA 2YLLA 1BLIA 4U2YA 2EPNA 1HXJA 1W3HA 1MW3A 2ZWYA 1CTNA 3GZAA 2WM0A 3WIJA 2ZXQA 3T0AA 3RILA 5AC4A 3GNOA 3PZQA 2ZIDA 1PX4A 3CZKA 4ACYA 1HX0A 2Y8KA 3T2QA 5A8NA 5I24A 1R7OA 3RO8A 2ZUSA 5BCAA 1GJUA 5LA2A 1CXLA 2XUCA 1TVPA 5E6ZA 1XSIA 2VRJA 3WQ6A 1LL4A 1CLXA 2YIHA 2ZUVA 1Q4NX 1JZ3A 4W8AA 1GQJA 3IANA 1QI3A 2D3LA 4LYRA 2RGMA 3FXYA 3ZR6A 2YKKA 1SMDA 5M5DA 2J7HA 3AMKA 5LA1A 2WYSA 3AZTA 1XH0A 1X6LA 3A4XA 3ZT7A 4B3KA 1TUXA 5I77A 1A47A 5A6AA 3BGAA 2DT0A 1MYRA 1VRXA 2PBGA 2XG9A 3F5LA 1E9LA 1V3MA 3AXHA 2CESA 2BFGA 1EH9A 3AIUA 2Z1KA 4NRSA 2YL9A 5ABEA 3SCNA 1Y7VA 1OBAA 5TD4A 1E6SM 1JL8A 4AC1X 5F7UA 4UTFA 1UR4A 1BSIA 4XV0A 2JIEA 4JKMA 3AS1A 5IDIA 1PPIA 1U2YA 2XVGA 1JIBA 3M6DA 3II1A 2W61A 3N18A 2E9LA 2XFRA 3WD4A 5IXEA 3WSUA 3OBAA 4JHOA 1CGWA 1K9FA 1UD5A 2A3CA 2D1ZA 4B15A 2TAAA 4GQRA 2EPMX 1M53A 3UEQA 2E3ZA 5CSUA 1JG9A 4J3UA 2OWXA 1PX3A 1QW8A 4AZBA 3N04A 1DWJM 1LWHA 1OSEA 2J78A 4P8WA 4UZUA 2EQDA 1C92A 3EBVA 4UQCA 3W0KA 4CD8A 4JHZA 1Q6EA 4CCEA 2WMHA 2YBUA 3LPPA 1UG6A 3EDFA 2VQUA 1ESWA 2XVNA 2GJXA 2BHUA 1E3XA 3WNOA 4U2ZA 1MFVA 2JF7A 3KZSA 3VD5A 1HF6A 1JDDA 5FD0A 3VPLA 3UG4A 2VR5A 4D6HA 1JZ7A 5I23A 1BGAA 4F9JA 2E9MA 2XGBA 2D24A 2GUYA 3WQ4A 1OT1A 4R5EA 2VVNA 3FAWA 2CCRA 1EA9C 1V0MA 2CBUA 1QI0A 4J3WA 4AD5A 1E70M 4H2CA 2JEQA 4OBSA 5GNZA 1X1NA 4E8DA 3BMVA 3T0BA 3RJYA 3BMWA 4V27A 1QHZA 2WZIA 2WK2A 1VEMA 1HJSA 1VAHA 2VJXA 4KH2A 5A1AA 5LA0A 3WDJA 3VO0A 3RJXA 4BS0A 3SCWA 4TTUA 3ZT6A 1VENA 2W66A 1RP9A 1UH2A 1E6QM 2X0HA 4OIFA 1AQ0A 4Z2HA 1TFVA 4QCEA 1WNOA 5M3WA 2VRKA 2FGLA 4OKDA 2DSZA 4HA3A 3PZTA 1DWAM 3A4WA 4PUEA 4W8LA 3AISA 1FH9A 3CLWA 3W28A 1LL6A 1GW1A 1N82A 3KL0A 4PMDA 1V08A 4W88A 1J0ZA 1JDAA 2ZX5A 1G9HA 2WC7A 2DSKA 1CGVA 5A2BA 1KFWA 1CGYA 1W9UA 4DM1A 1HJQA 3QGVA 1CLVA 3NSMA 2W4XA 5DFAA 4KWUA 3GBDA 3TONA 4D6CA 3WEOA 3AOFA 5HNNA 4TUFA 3L4VA 3PZUA 1CENA 4MB4A 5BROA 2D22A 1YHTA 1VB9A 3W24A 5JIPA 1FH8A 4WKFA 5ABGA 2XHYA 1W2VA 4HMDA 5D9PA 2O92A 3T09A 3W4RA 4GI9A 4IUGA 2YA1A 1H0GA 1V6VA 6TAAA 2Y4SA 2VZSA 4M8UA 4WKAA 3EYPA 1B3VA 2E4TA 3CHFA 3MSDA 2NT0A 1LLOA 1MFUA 2EPKX 5C71A 1V0NA 4AZ5A 1U33A 2WMIA 4MNMA 3MUY1 1F4AA 1OD8A 2WSPA 1JNEA 2FDMA 3W6LA 1JZ5A 2O9OA 3MUIA 1V0KA 3QR3A 3W25A 2ZUTA 3EDKA 1BYCA 2OYKA 5A6MA 1FHLA 4HOZA 1VFMA 2JF6A 4D71A 3WELA 4IM4A 1UYQA 1GQKA 1UWSA 1C93A 3BSGA 3IAQA 4E2OA 6A3HA 1RPKA 4HZ7A 3MMWA 1G5AA 3WUEA 4JZ5A 5C70A 3WF0A 1OWQA 3B8SA 4CU6A 3IJ9A 3I3DA 4FMVA 1XH2A 3N1AA 1NOWA 2ZXAA 2QPUA 2YBTA 1HIZA 4FLQA 3VINA 2VC9A 1H5VA 3SCOA 1AMYA 3VIKA 1WZLA 1SMAA 3CUIA 3SCRA 5A8QA 1US3A 2XVLA 4LX4A 1GPFA 3N13A 1TA3A 2V3GA 1F4HA 4B9ZA 2WKGA 2V3FA 3SEPA 4D6IA 1HJWA 2WMJA 1QHOA 1U30A 1HKMA 4K68A 4BA0A 4GZEA 1UWTA 2CNCA 3AHVA 1QNRA 5JBFA 1GVYA 1RH9A 1HP4A 1O6IA 4AXNA 2J8GA 1NARA 1NQ6A 2CHNA 4F79A 1WDQA 3A6OA 5A8MA 3WL0A 3WENA 1BYBA 1KWGA 2ZUWA 4CN1A 3BAIA 1KWKA 1ISYA 3VNYA 3SUVA 3GXIA 1KXQA 1LG2A 1KGUA 3CZGA 1DEDA 5DO8A 3WNPA 2PI6A 2Y2WA 4HPGA 4MNJA 4Z2IA 4CD6A 1WZAA 2PF0A 3MV01 3UG3A 1PBGA 4OOZA 4MB5A 5CPQA 2WAGA 2EPLX 3VGDA 4QDMA 4QAWA 5A3HA 3VGFA 4JCMA 2DH2A 2G41A 1SR0A 3AZRA 1ITXA 1KXVA 2XYLA 2X2YA 4OJYA 5BRQA 1CGTA 4UOZA 1WO2A 1E55A 3PBGA 4MJ4A 1EDGA 2PB1A 2D23A 2XVKA 4P7OA 2ZUMA 2OLHA 3AI0A 2Q8XA 1V3KA 3GM8A 2E8ZA 1I75A 3AIBA 4FLRA 1TCMA 2W67A 4AIEA 1ZBWA 5I5RA 2OYLA 2J75A 2CXGA 1XHGA 4TX6A 1PIGA 1K9EA 2W62A 1BVNP 4UQAA 4A3YA 3CHDA 3SCUA 3VMPA 3HMCA 4CCCA 4ATLA 5A8OA 2DGAA 1ZBVA 5EMYA 1DWHM 2J25A 1W9DM 4X9YA 5A6LA 4HZ8A 5A69A 3HJEA 1G01A 1VJSA 2XFYA 3W38A 1NP2A 4DWSD 2BHYA 2A3AA 1JD9A 2DT3A 4M81A 3MSGA 4M80A 3WFZA 3OB8A 1K9DA 4WIWA 1NH6A 3NCOA 3VOCA 1LG1A 1E3ZA 3WNMA 5CLWA 4QP0A 1E0XA 2PWEA 3FAXA 5A95A 2BVYA 4MB3A 3ARYA 1W3KA 3LPGA 1MW2A 1W1PA 2WZEA 4JFVA 4C7FA 3ZJ8A 2X8RA 4PMNA 1UR1A 4UQBA 4H8UA 1W3JA 3AMGA 1KGXA 3WL1A 4JKKA 1W91A 5EB8A 3B9AA 2VL4A 2F8QA 1W9XA 1EOMA 4Q7NA 5BYWA 1AQMA 2XM2A 3VGBA 4QCFA 4CVUA 1LQ0A 1KXTA 3WH9A 4KRTA 1G0CA 3BCDA 2J7DA 4ACZA 2QF8A 2VRQA 1E6RA 4B3LA 4Y7EA 2VCAA 3W6MA 4CKQA 4FLOA 2VX6A 4PMQA 2ESCA 3NDYA 1UD4A 3PN8A 2ZXBA 3WUFA 1L8NA 1ZBKA 5ABFB 3F5KA 3I3EA 2J7BA 1BF2A 2VT0A 2WHMA 3E1F1 2J7FA 4AD0A 1QVBA 4PMRA 4CN4A 3U7VA 1DP0A 1J0YA 5HOSA 5EBAA 2EJ1A 3WNLA 2DIEA 1OINA 2DPEA 2J8FA 2CIPA 3CBWA 1GOQA 1OGSA 8CGTA 3K1DA 5D4YA 4ATWA 2FH8A 2X0YA 2WZHA 1C91A 4Z2JA 1V6WA 3M7SA 3TTSA 4RE4A 1ITCA 4CU7A 2VTFA 3CZLA 5FL1A 1V3HA 4D6FA 1H0IA 4AZ6A 3WQWA 1H4PA 3N17A 3K46A 5BXPA 1E15A 2VURA 2HISA 4DUXA 3SUTA 1TA3B 3GH7A 1HJXA 3WMBA 1OIFA 4W86A 2VNCA 5A6KA 3OLDA 4WSKA 4U31A 4UZSA 3S6TA 3WF3A 1BVZA 5I2UA 4PSRA 5D9OA 2VX5A 4HMCA 4PMYA 5DMYA 5EFFA 5GNXA 3NSXA 2OYMA 2WVVA 2V5DA 2Y24A 3QOKA 3THDA 4W5UA 1HN1A 3L4XA 3LPOA 1FP9A 4Z2GA 4MPKA 2AMGA 4IPNB 3L4YA 3I3BA 1JAKA 1UHVA 4FLSA 4W85A 1JYNA 1CIUA 2UWFA 4UFLA 3ARQA 3ZO9A 3VD9A 3AS2A 2BV9A 1GOMA 4S3KA 2D3NA 1HL8A 2CKSA 1B30A 1JD7A 1HKJA 5E09A 1HP5A 3U57A 3W82A 2HVMA 1NM9A 2G3JA 4AWEA 4CVWA 1RD6A 3CUFA 2NSXA 5CGMA 3VUPA 5KEZA 5A8PA 4JFTA 3KWXA 4TOQA 1V3LA 3WN6A 1J18A 3WH7A 2Y8VA 5I79A 2PWFA 1BHGA 4D1IA 1BGGA 3MV11 1UZ1A 2WMFA 3WQ8A 5E0FA 1DWFM 4U3AA 4UQEA 4MADA 1HVQA 2BVTA 4AZCA 4PTXA 3LMYA 4QLJA 4W5ZA 5I0DA 4IPLA 1UWQA 1V6XA 3TA9A 4YHEA 4DWSA 4HTYA 1C7SA 3B9EA 1W3LA 1FHDA 1GJWA 1H3GA 2XVPA 1TMQA 4UQDA 1JZ4A 2XWDA 7A3HA 1WZMA 1ZU8A 1R87A 1UQZA 4YN5A 3W37A 3N11A 3GTNA 1E5JA 1XYFA 5CG0A 1CXIA 1TZ7A 4MB1A 4D6EA 2BHZA 3EMZA 1W1YA 1UR9A 1B9ZA 1M7XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1E4IA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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