1E6QM

Myrosinase from sinapis alba with the bound transition state analogue gluco-tetrazole
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQSFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High Resolution X-Ray Crystallography Shows that Ascorbate is a Cofactor for Myrosinase and Substitutes for the Function of the Catalytic Base
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
molecule tags Hydrolase
total genus 196
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 2000-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1e6qM00
1UWTA 4E4PA 1ISWA 1JYNA 2CXGA 4ZEPA 1VFMA 3N13A 4PTVA 3VIKA 2D22A 1WB0A 2QPSA 2XVNA 4DUWA 1BYAA 1MVYA 2ZXQA 3O2LA 2V5CA 3WEZA 3VGBA 5A6BD 1EOMA 4FF5A 4UFIA 1NARA 3T09A 1GOOA 1MW1A 2BY0A 4A4AA 4U5KA 1Q6GA 2WCSA 2A3EA 5I79A 1BPLB 1JDAA 1S46A 4PMZA 2D3NA 2D20A 2XGBA 4NRRA 1C3FA 1NQ6A 4PMRA 3CMJA 2DT0A 3PZMA 5GNZA 3K8KA 1CIUA 1A47A 3L4UA 4ZE5A 1HP4A 1TG7A 2CBUA 1VFUA 3WN6A 3W81A 4WKHA 1PJ9A 1WZKA 4XB3A 1W32A 3PTKA 1M7XA 4E8DA 1DTUA 3CMGA 3WD2A 1C7SA 2E9MA 2WWCA 4PYSA 1G9HA 2J7BA 5BWFA 3VIOA 2WMGA 1DP0A 4UFKA 4W89A 3OLGA 3FHQA 3T08A 1GOKA 3ZJ6A 2XVLA 4CD5A 3ARRA 4Z2IA 1PEZA 1D7FA 2VJXA 3VGFA 2GJXA 2QV4A 1UD4A 4AD5A 1RP8A 4HP5A 3RIKA 1TVPA 1G01A 4TXEA 1B3XA 1Q4NX 5FKYA 4PMVA 3SUSA 2WK2A 3WQ5A 3HJEA 4MJ2A 1NOWA 1MFUA 3WELA 5D8ZA 1UUQA 1PX3A 4AISA 3NCOA 4LYQA 2YLLA 3WF2A 5CQ1A 3CIVA 1OD0A 1XHGA 2J74A 2GFTA 1ZB5A 5BXPA 1FFRA 3WNMA 1ZL1A 3T0AA 5I5RA 1KBBA 2XJ7A 1TE1A 1W1PA 3OA5A 3CZEA 1B9ZA 3FY1A 5C70A 2VX6A 4B9ZA 3CGTA 3WBAA 4JL2A 2ZICA 2W62A 5BXTA 4EKJA 4JAWA 4B3KA 1L0PA 3WNLA 4HZ7A 2IUZA 1W9BM 8A3HA 1GOWA 2V3DA 2WCAA 5A8OA 1E6PA 2UY5A 2CPUA 1JI1A 1WZLA 1PPIA 4AD2A 4TVCA 2NT0A 1KGXA 1JD9A 1SMAA 2X09A 2XM1A 3MANA 4OUEA 4M80A 1H0IA 1CTNA 4D6CA 1OM0A 3KWXA 2XUCA 1AVAA 2WB5A 2WZIA 1XH1A 5C71A 5JBDA 2CCRA 1W9UA 3VGHA 1E40A 4J3SA 1HN1A 2DH3A 3EDDA 1MYRA 4HMCA 2UWFA 2WXDM 1BVZA 4P7NA 1XV8A 1B3VA 1HNYA 3ARPA 5E70A 4A3YA 1NP2A 1EGZA 1XC6A 2X05A 3WDJA 2WANA 4HPGA 4LYRA 2BFGA 1VBUA 4PCTA 3ZQ9A 1UOKA 5A8MA 3WDHA 2GUYA 3WNNA 4EE9A 2W5FA 1H2JA 3PN8A 1JGIA 2A3HA 3RILA 3VTRA 4D71A 4PMOA 3T2PA 3F5LA 3APGA 5A6SA 2Y24A 2YDSA 3W24A 1OGBA 1HKIA 1FA2A 1GPFA 3SUWA 5IFPA 1TVNA 2EBNA 3GTNA 3MSDA 3OBAA 1J0ZA 3CTTA 4LQ1A 2WMIB 1IZJA 4WJXA 1MW2A 1BGGA 3ARYA 4ZXLA 4BQ2A 4PN2A 1O6IA 5I78A 1W9PA 1W91A 4OZOA 3ARTA 1UR8A 5A6LA 1C91A 4UFHA 1E6RA 3K8LA 3PZNA 2VQTA 1VF8A 4AZGA 3SIMA 4MNLA 1LQ0A 1ISXA 2ZUWA 3CUHA 1CEOA 2EO7A 4LX4A 4TUFA 1FFQA 3A4XA 4JHOA 1EHAA 1V0MA 3CUJA 4F79A 1E56A 1UH2A 3VILA 1JAKA 4WSJA 1FH7A 1HVQA 5EFFA 2FHBA 1I75A 4RE4A 5BXSA 3W53A 3BAYA 1JFXA 5IXEA 2J7GA 1KR1A 1EDGA 3DC0A 4BQ4A 1KXHA 4HMDA 3WD1A 4WKFA 5ABGA 1CXFA 2A3AA 1OGSA 2VZUA 3VMOA 3SEPA 1GUVA 1NOFA 4DWSD 5E6ZA 4H8UA 5D9NA 4PSPA 1LJYA 1KB3A 1QOXA 1LL4A 1VEMA 4MTVA 1TFVA 1GORA 3ALGA 3DYPA 1E6XM 1D2KA 4GO8A 4D6GA 4ZE4A 1B90A 5A2CA 4AXNA 3AICA 4QLJA 3T0BA 1CENA 4JKLA 5ABFA 1EQCA 2XIIA 1E0XA 1HJQA 3PHAA 1UR2A 1UD5A 2VVNA 1M01A 1ITXA 1QNOA 3K4AA 3WMSA 3NIYA 3EDFA 4CUCA 3DHPA 3PBGA 1GZJA 5AYIA 4UOZA 4UQAA 4RE2A 3RM4A 1E4IA 2VT0A 1KGUA 3WUGA 5A3HA 1XSKA 5I3DA 1YHTA 4WKAA 1WP6A 4BS0A 1WAWA 2VRJA 2D3LA 4YN5A 3WUEA 1R87A 3AIRA 4OBRA 1GQLA 4JFWA 4C7GA 1VEOA 3BAIA 5LA1A 5M5DA 1ZBCA 1E3ZA 3TTYA 1TUXA 3CZ8A 1CGXA 3IAQA 4HMEA 1EXPA 4R27A 2VOTA 1KWKA 4W88A 2D0FA 1CLXA 1NWSA 4OBSA 3VO0A 3VM5A 3B9DA 2ZUTA 4AEFA 1Q6EA 1VJSA 1FOBA 1Q6CA 1GOQA 5A8PA 4UQBA 1UZ4A 3IK2A 5EBAA 5DMYA 4HA4A 4M8UA 4W5UA 4GI8A 3B9AA 3EBVA 3BAXA 1KBKA 2UY4A 4HOZA 2YDQA 5BCAA 3CUFA 4K68A 2DSVA 5EFDA 3ALFA 1QHOA 4ATLA 4HPHA 1JF5A 1HVXA 2QHAA 2W63A 4B9YA 2EPOA 5DT7A 1WNOA 3MS8A 3M07A 4QDMA 1K9FA 4AZ6A 1W3KA 3OGSA 1RPKA 1H11A 4H41A 5CJ5A 3W4RA 3UR7A 2VURA 3GNPA 1DEDA 3AMDA 1CGYA 2YL8A 4GIAA 4OKDA 3ARXA 3MUIA 1UKPA 2MANA 4H04A 3CUIA 6A3HA 3VD3A 2G41A 4W8LA 1EH9A 5BRQA 3VDAA 3W26A 4WSKA 1E15A 3PZOA 3GM8A 3QR3A 4D1JA 1DHKA 4Z2GA 5A95A 1B3WA 2J79A 5A1AA 5BXRA 1E6QM 1TR1A 2V5DA 3HU7A 3OG2A 3NSMA 1MQRA 4BQ5A 3II1A 1DWIM 4ZFMA 1PIFA 1B30A 5EB8A 2ZOXA 1UD6A 3IJ8A 3WQ6A 1EA9C 4WK9A 3PZUA 4FLSA 3RJYA 1PBGA 3MUY1 4MADA 5HOSA 4DM2A 3EMQA 2D0GA 3AZRA 3FW6A 1JNEA 3AIBA 4XUYA 1R8LA 3PZGA 4Y7EA 2BXZA 3IAPA 4PEEA 4JL1A 4TVDA 4Z2JA 3CBWA 3EDJA 3ECQA 3VX0A 3UG4A 3WH6A 3AOFA 1EO7A 1Q6FA 3L4XA 4ACZB 2A3CA 2ZXBA 4CU8A 1GVYA 5FIPA 1W9DM 4AZHA 3VD4A 1CZ1A 4CD4A 1OINA 1V3MA 1RD6A 2XFRA 4ACYA 4UFMA 1UQYA 4Z2HA 2Y2WA 4PTXA 3WFLA 2JEPA 4WF7A 3T0DA 1X6LA 1C8XA 4F9JA 4MB3A 2WBGA 2PWHA 1AQMA 4JZ5A 2EEXA 2QLYA 2BS9A 3KL3A 1BYDA 4AZBA 1E71M 4CN4A 1UWRA 2X1IA 4WIWA 3ZOAA 4CCEA 5A94A 2C8NA 3SCWA 4U31A 5LA0A 3I3DA 2CNCA 1C92A 4DUXA 1H3GA 4KWUA 1JZ4A 1V03A 4OJYA 1LG2A 3QHNA 4KRUA 1CXEA 2XSBA 3AS0A 2ZX7A 3LPGA 2BHYA 2FH8A 2VMFA 2E8YA 1V3IA 4LPCA 3EMZA 4IM4A 4AIOA 1UQZA 2J62A 1V6YA 1WCGA 2DGAA 3GXDA 4QCEA 1EHNA 3A47A 3LMYA 2Q8XA 2ZX5A 4NI3A 3T2OA 3WENA 3SCPA 3ZT6A 2Y8VA 3THDA 1R86A 3RPMA 2JALA 1JXKA 3AMGA 1LL7A 1M04A 4AZ7A 5ABHA 2VRKA 1W2PA 1W1VA 3POCA 3VNYA 1EO5A 2O9RA 1UWUA 3CO4A 2DQXA 4TX6A 1W2VA 4OOUA 4CVUA 1V6VA 2AOSA 3WY1A 3L2LA 3IJ9A 2AMGA 3MMUA 2JIWA 4GZJA 1NWUA 4GKLA 5DEZA 1RH9A 1ZS2A 1WE5A 3PTQA 2BHZA 4M81A 2J77A 2ZX8A 5AYBA 3EMCA 3TP4A 2OYMA 2CETA 2RGMA 2EPLX 1Z32X 2GK1B 2WZEA 3UG5A 3GNRA 4FMVA 1WZAA 1LL6A 1I1WA 1VB9A 4UR9A 1VFOA 4HTYA 1WDPA 5EMYA 1E6ZA 4PSRA 1KCLA 2WKLA 4U2YA 4PMYA 5DT5A 4H2CA 4N42A 2ZX9A 1GJUA 3RMEA 3AIVA 4CN6A 3CPUA 4CCDA 4U3AA 1J0YA 2WYSA 2F61A 2WHMA 1KR0A 2GSJA 4J3XA 1QNSA 1GVIA 3DHUA 4B16A 2WC7A 1VRXA 3S2CA 4U5IA 2G3MA 2UY3A 1AQHA 2W61A 4AD1A 1CXKA 4EAMA 5HNNA 2QMKA 5A6BA 3K46A 3PZ9A 2NW0A 1Q6DA 2BY1A 1ECEA 1JXJA 3BLKA 2BXYA 4J28A 1UWIA 2W66A 3VINA 4P7LA 1K9EA 1C90A 4GINA 3J7HA 4D1IA 1VIWA 1D3CA 3D5HA 4M29A 2WVTA 2WKGA 5HDRA 1V3HA 5IHRA 1E6NA 4QLKA 2JFEX 1HL9A 2XTKA 5E6YA 1XD0A 4JKMA 4AZIA 3VGGA 3K4DA 1BVNP 3F5JA 4CU6A 1HKJA 5CPQA 3ZSTA 1LG1A 4V28A 1CGWA 2E9BA 2Y4SA 3FHAA 1EDTA 1GQIA 5A8NA 2YIHA 2W67A 5HPOA 4IPNB 3VIHA 5BYWA 3GH7A 2YBUA 3AZSA 1SFSA 3NSNA 2VNCA 2WAGA 1J0HA 3WEMA 1WKYA 1C8QA 4HZ8A 1XGZA 1HKMA 1ODUA 2QPUA 1E55A 3GH5A 1GOMA 5GPRA 1HJVA 5GNYA 2J75A 1GW1A 4KMQA 1LLOA 1V02A 3VNZA 2J8FA 1R7AA 4UQEA 1ISYA 1TA3A 2XVKA 3OLEA 1RP9A 1V6UA 3SCRA 4RE3A 1LF1A 5D8WA 2CBIA 1XH0A 3N12A 2VZOA 1U2YA 4CD6A 4PRWA 4PUDA 1V0NA 4BZYA 1MW0A 1XYFA 2PWEA 3WNKA 1F4HA 2HVMA 5A69A 1M03A 1DWGM 3IJ7A 1QI2A 2WW5A 4MDOA 2VQUA 2PC8A 3N1AA 5DO8A 4AW7A 1A3HA 3CH9A 1PX4A 4QAWA 3BXWA 3GXMA 1JFHA 4UZSA 3GXIA 1J01A 3OZOA 1J12A 2WCGA 4XX6A 5HPCA 3WQ8A 1V3JA 5HBFA 2VCCA 3AXIA 1QVBA 4CGTA 1KFWA 2O9PA 3ZM8A 3DECA 4OIFA 2YA1A 1VFFA 3D3AA 1BQCA 1UZ1A 2V3EA 1E4LA 2FDMA 1E73M 3MKKA 7TAAA 5CG0A 2Z1SA 2JE8A 4YPJA 3L4VA 4GQQA 5CPTA 2WC4A 4FLRA 3RM9A 2WVUA 1V6WA 2RGLA 1JG9A 2PB1A 2WZHA 2DT2A 3SCVA 3WNOA 5AC5A 3N04A 2CKRA 2F2HA 1H4PA 5I77A 2D0HA 4BQ3A 1HL8A 1G94A 3VUPA 1NP0A 2OSYA 1DWJM 3BGAA 4C7FA 2VX5A 3EDEA 3VD7A 4E8CA 2Z1KA 4QFUA 3TTSA 3NYDA 2NT1A 2BVYA 3DYMA 3GYCA 1OT1A 4CN1A 4MB4A 2EQDA 2DT3A 3KL0A 5D4YA 2ZWYA 3VIIA 2B31A 5A2BA 1MW3A 2WHKA 4YHEA 4UOJA 2YDRA 4X9YA 1HJUA 1J0KA 3WDRA 2YL5A 5F7UA 1HIZA 4BCEA 2JIEA 3KEHA 1OBAA 1PZ2A 4W7VA 2WVVA 2XWEA 3QGVA 1FHDA 4JFSA 2V38A 1FP8A 1QI4A 4X0VA 2YJQA 1BAGA 3WQWA 3VDCA 3N17A 1V6XA 4AZCA 4D6HA 3U7VA 5A6JA 1JYXA 4P7RA 4HU8A 1EOKA 3ZJ8A 4WLCA 1GHSA 4TOQA 3QHMA 1OSEA 1OIMA 3L4WA 3ARZA 1B3YA 2ZUSA 1AQ0A 2DIEA 1ZBWA 3WQ4A 4AEEA 1OIFA 2ZXDA 4JIEA 1DWAM 3BMWA 3F5KA 3AHZA 3CZGA 3ARQA 3WIJA 1XD1A 1PIGA 5I6SA 2XG9A 2XIBA 3E1F1 2YA2A 5E09A 1OT2A 2E8ZA 1E5JA 2BHUA 3EYPA 3CLWA 3FAXA 2EPNA 1ZBVA 2ZUUA 2OWXA 4H8VA 4JFUA 3W25A 3WUFA 1TCMA 1K6AA 3F4VA 5JBEA 5M3WA 2PBOA 1OWQA 2J7FA 3A4AA 1BYBA 1E6SM 3MUZ1 3VDBA 3N11A 3M7SA 1ISVA 4MAZA 1GHRA 1JL8A 1GNXA 2ESCA 2G3NA 1N82A 3FNDA 1ISZA 4HOXA 2A3BA 3GXFA 2EPMX 4FLOA 1CPUA 4DWSC 4MNMA 4Q7NA 5CSYA 2VC9A 1X6NA 7A3HA 2O92A 4R5EA 4DWSA 1ZBKA 5KZ6A 4C7DA 1EQPA 4JFTA 3RM8A 1B3ZA 3WF1A 4L4PA 4TVUA 2FGZA 2PF0A 1J10A 2Y5EA 1I1XA 4P8UA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UWT A;  4E4P A;  1ISW A;  1JYN A;  2CXG A;  4ZEP A;  1VFM A;  3N13 A;  4PTV A;  3VIK A;  2D22 A;  1WB0 A;  2QPS A;  2XVN A;  4DUW A;  1BYA A;  1MVY A;  2ZXQ A;  3O2L A;  2V5C A;  3WEZ A;  3VGB A;  5A6B D;  1EOM A;  4FF5 A;  4UFI A;  1NAR A;  3T09 A;  1GOO A;  1MW1 A;  2BY0 A;  4A4A A;  4U5K A;  1Q6G A;  2WCS A;  2A3E A;  5I79 A;  1BPL B;  1JDA A;  1S46 A;  4PMZ A;  2D3N A;  2D20 A;  2XGB A;  4NRR A;  1C3F A;  1NQ6 A;  4PMR A;  3CMJ A;  2DT0 A;  3PZM A;  5GNZ A;  3K8K A;  1CIU A;  1A47 A;  3L4U A;  4ZE5 A;  1HP4 A;  1TG7 A;  2CBU A;  1VFU A;  3WN6 A;  3W81 A;  4WKH A;  1PJ9 A;  1WZK A;  4XB3 A;  1W32 A;  3PTK A;  1M7X A;  4E8D A;  1DTU A;  3CMG A;  3WD2 A;  1C7S A;  2E9M A;  2WWC A;  4PYS A;  1G9H A;  2J7B A;  5BWF A;  3VIO A;  2WMG A;  1DP0 A;  4UFK A;  4W89 A;  3OLG A;  3FHQ A;  3T08 A;  1GOK A;  3ZJ6 A;  2XVL A;  4CD5 A;  3ARR A;  4Z2I A;  1PEZ A;  1D7F A;  2VJX A;  3VGF A;  2GJX A;  2QV4 A;  1UD4 A;  4AD5 A;  1RP8 A;  4HP5 A;  3RIK A;  1TVP A;  1G01 A;  4TXE A;  1B3X A;  1Q4N X;  5FKY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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