1E6QM

Myrosinase from sinapis alba with the bound transition state analogue gluco-tetrazole
Total Genus 196
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQSFISP
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
publication title High Resolution X-Ray Crystallography Shows that Ascorbate is a Cofactor for Myrosinase and Substitutes for the Function of the Catalytic Base
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
total genus 196
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 2000-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1e6qM00
4IPLA 1PX4A 2J47A 1GW1A 2ZX8A 1DWIM 3T2QA 7TAAA 2V3DA 1BHGA 4S3KA 2WNWA 1UOKA 3WD0A 2PB1A 1UWQA 1XSJA 3VGHA 4JFWA 1CIUA 3G6MA 5A3HA 2VZOA 4D71A 1J9YA 3K4DA 1B3ZA 3II1A 3U5YA 1PX3A 5FD0A 1C91A 1BG4A 1CWYA 4W7UA 1RH9A 2E40A 2XPKA 4CN1A 4PUEA 3DHUA 4CUCA 4W8BA 3HN3A 5I2UA 4U2YA 4MB1A 1KR1A 1VEPA 5BXPA 3PZIA 3QOMA 1LWHA 1W32A 2WW5A 1Q6GA 2X05A 4B3LA 5ABEA 3KL5A 1JZ6A 2BNJA 3VX0A 2X2YA 2J7FA 4UR9A 2W61A 2OSWA 3VILA 1BVZA 3ZJKA 2XTKA 3CHFA 4PMYA 1R86A 2ZICA 3TTYA 4KGJA 2XUCA 1WZKA 1NWRA 4V2XA 2OWXA 1WAWA 2EPKX 4WLCA 3VD4A 3T2OA 4CD5A 1UR9A 1UZ1A 1V0LA 3O9NA 3UG3A 2ZX6A 4EAMA 1EDGA 5FKYA 1CTNA 5IFTA 4B15A 1ZJBA 5GNXA 1GOOA 2PWEA 2YKKA 4CVUA 3WKZA 2ZX9A 4JL1A 2VURA 3AJ7A 2VVNA 4H8HA 4C7GA 3VD5A 1UWTA 3WFLA 4ATWA 1B0IA 2XIBA 1I1XA 4GI9A 4E2OA 3WUFA 4D6CA 3I3BA 4UFIA 2D2OA 3WD3A 1E72M 3WNPA 3A6OA 1E6PA 2YBUA 2XVGA 2DT1A 5ABFA 4HA4A 4Z2LA 1VFOA 2GFTA 2BY1A 3VIIA 5CPTA 4CD7A 1E6SM 1HJUA 4HP5A 5DT5A 4QP0A 1TG7A 1MXDA 3A3HA 3BAYA 4JZ5A 3I3DA 3MMWA 1LL4A 1UKQA 3UG4A 4JCMA 2FDMA 3KZSA 2F2HA 2DH2A 1FHDA 2GJRA 1WO2A 4YN5A 1EIBA 5HDRA 1W9XA 4BF7A 1CXIA 5IHSA 2VR4A 2PF0A 4PCSA 3CUGA 3UG5A 3QOKA 4PMVA 3WH9A 3LPOA 4GI6A 4U5IA 4LQ1A 4OOUA 3QHMA 4UOZA 4U3AA 5BRPA 3OLIA 4U5KA 3RILA 1UR0A 2TAAA 3ARYA 3WMBA 4DUWA 4LPCA 3WMCA 1KXVA 1G01A 4AIUA 1Y7VA 4J7RA 4PTMA 2PWHA 4B9ZA 4NRSA 1WKYA 2YA1A 1GVIA 2EJ1A 1E6QM 5HOSA 2WKGA 3NJ3A 3AIQA 3TONA 4AD5A 3WH7A 1OB0A 3VDHA 1UWSA 1XYZA 4HZ8A 4TX8A 2YDQA 3RM9A 4GIAA 3SCQA 4MB4A 2Y8KA 3ARPA 3GTNA 3VUPA 1JI1A 4Z2GA 4JHOA 1V3HA 1HKMA 1UKTA 4MTVA 3WDHA 2QHAA 3PZUA 3G6LA 3WQ8A 1ZBVA 4GO9A 4ML4A 2VZUA 4PCTA 2ZOXA 4CKQA 1DTUA 1UQYA 4H7VA 3WQWA 3VMNA 4KMQA 4UQ9A 4AWEA 1YHTA 2CPUA 3GNPA 2WVSA 2BS9A 2UY5A 3LPFA 2ZUNA 1TE1A 2VT0A 3AS1A 4TXEA 5CLWA 3L4VA 4BCEA 1QBAA 2DQXA 3FHAA 4XUYA 2NSXA 1ISYA 1OCQA 1H49A 1WP6A 5D9MA 1H1NA 4MB3A 1OSEA 3WF0A 2EPLX 1FH8A 1K6AA 3HJEA 1G94A 2X09A 4Q7NA 3U5UA 1LG2A 1J0KA 2G3MA 2WC3A 2ZE0A 3VD3A 3N1AA 3AMKA 3O6AA 4W86A 5HBFA 2RGMA 3SIMA 3VIMA 2CITA 3L4YA 3NDYA 2YL8A 4HOWA 4S3JA 4EANA 3CZLA 4QDMA 4W84A 1QPKA 2A3HA 1XGZA 1OIMA 5A6JA 5FL1A 1IT0A 1HP5A 4IPNB 4BA0A 1SMDA 4P7LA 2FHFA 2D22A 3MKKA 3U7VA 1HIZA 4HU8A 1ODZA 4TTUA 3ZT5A 3BLPX 4JIEA 2VQTA 3SCWA 3NSNA 2DSZA 3N12A 3N15A 4QAWA 2CESA 3OGSA 3WMSA 2CBJA 2C7FA 1DWGM 2Y2WA 3SCTA 1MW0A 1E55A 2F61A 1ZJAA 1KQYA 5C70A 3EDDA 5IXEA 1C8QA 1ECEA 2FH8A 3GH4A 3S2CA 2A3BA 2DT2A 3SUUA 1CXEA 2X8RA 3BC9A 1E1FA 5FL0A 1V0NA 5CGMA 2FH6A 1QHOA 3AMCA 3GXIA 3ZR6A 2OLHA 3BAXA 1LJYA 3B9DA 1HX0A 1HL8A 1HVQA 3ARUA 4W8AA 2WMHA 1Q6FA 1ISZA 4TOQA 4FLQA 5AYIA 3POCA 3WDIA 2WSKA 1GONA 1JZ8A 4PMNA 4TVDA 1UA7A 3SEPA 4D1JA 4DUXA 2HVMA 3N13A 3APGA 1B3WA 4NRRA 1EDQA 2J7BA 3MUZ1 1JIBA 3PHAA 4UOQA 4WKHA 3UESA 1KFWA 1XH2A 1OGBA 3WF2A 1GOWA 2MANA 4ZXOA 1YQ2A 5A6MA 1ITCA 1TVNA 4QLLA 4R27A 2VCAA 4AD2A 1HJXA 2CKSA 2JFEX 4W88A 3CLWA 1JXJA 3BAKA 5E70A 4BQ5A 2CCRA 1WDRA 2XVPA 2JEQA 4UTFA 3K4AA 5CXPA 1XH1A 3CZ8A 1H0IA 5JIPA 4B16A 3BXWA 2IUZA 3PN8A 1MYRA 1NM9A 2GJXB 1LLOA 3RIKA 3T08A 4P8XA 3WQ4A 3IJ9A 3L4TA 4JFUA 1AVAA 3S6TA 2E0PA 4CCEA 3AICA 3F5LA 3WELA 1K9EA 5I79A 3AQUA 3VMOA 2EQDA 4DWSB 2WANA 2B31A 2CBIA 3WSUA 2J7CA 1L8NA 4GQQA 3TP4A 2CNCA 4AMCA 3L2LA 2D3LA 4E8DA 1EQPA 2YL9A 2WBKA 3EMCA 2WK2A 4CD6A 1B90A 4DWSD 4PUDA 4P7RA 4UFLA 2G8ZA 1DP0A 2BY3A 1QW8A 3W37A 4AEFA 1AQ0A 3WNLA 2EPMX 4W7WA 4AZCA 5DEZA 4MB5A 4LYPA 1Q6DA 7CGTA 4Q22A 1W1PA 1MW3A 3WY1A 3ARVA 4ATLA 2J4GA 3K46A 2AAAA 2XM1A 3WQ6A 4U33A 2D24A 2DSWA 3OA5A 1CDGA 2GJPA 3AIBA 2O9RA 5GQBA 2XHYA 1QI3A 3ZIZA 4LYRA 1CZ1A 1VJSA 1E5JA 3L4XA 2PWFA 1CGUA 4QLJA 2W92A 3VGGA 5A6LA 2D1ZA 4BS0A 2DPEA 1MXGA 4GXPA 5BRQA 1R87A 1F4AA 1QOXA 3A4AA 4W87A 1V0KA 2XFYA 2XSBA 4PSRA 5A8NA 1E73M 4CVWA 3CGTA 1E6ZA 1WE5A 4YPJA 1VENA 1DHKA 3W6MA 2JALA 3W53A 5CJ5A 4YHEA 1H0GA 1M04A 5FIPA 3VIJA 1K9DA 3GDBA 1EXPA 1MQQA 3GYCA 4LGXA 1V6XA 5TD4A 1FFRA 4L4PA 4UFHA 1DWJM 4UQAA 2UY4A 1OINA 4NZCA 4W85A 3FHQA 4URIA 2WKLA 3AIRA 1KQZA 3WUGA 4E4PA 2WLYA 2J62A 1V6WA 3NSXA 1ZU8A 1JYNA 2VZTA 4PMDA 1E5NA 5IDIA 1R7OA 1OT2A 3DECA 5A2CA 4MADA 1JAKA 3VOCA 3KE0A 1NQ6A 3WEZA 1XV8A 4J3WA 1JFHA 2BXYA 2EPOA 1QI0A 3GBDA 2YA0A 2PBOA 1H09A 1E70M 3AMGA 3CZGA 2OYLA 3WEOA 2E4TA 1GPFA 1WB0A 2EBNA 1JDDA 5DFAA 4HMCA 4WKAA 1EQCA 1OBAA 3M07A 1E43A 1QHPA 3AMLA 1NWTA 2WHKA 1I75A 1VEOA 3WBAA 3PZOA 5BWFA 1JZ2A 4P7NA 3WNNA 1KR0A 2J8GA 1J0HA 3WQVA 3AI0A 1DWAM 1HKIA 1UKOA 1MW2A 1B31A 1HVXA 1V08A 2EPNA 5KZ6A 3DYOA 3HMCA 3WBEA 1CGVA 3IK2A 4NI3A 2DGAA 3W26A 1ESWA 1NH6A 1C93A 3ECQA 5CPSA 2WVVB 4AXNA 2VQUA 1C8YA 2JF7A 4DUVA 3PBGA 1H2JA 4HOXA 5BXSA 3UERA 3VIHA 4JL2A 4ZE5A 1WZMA 5E6ZA 3THCA 3OBAA 2VX5A 2VNCA 4OIFA 4F9DA 1RPKA 3CHDA 3K8MA 5EMYA 1ZBCA 1VAHA 4D6FA 3T0DA 3JUGA 4MAVA 3FW6A 4HPGA 1UD3A 1K9TA 3FY1A 2J75A 1EO7A 1HNYA 2YA2A 1VB9A 3OGRA 1KGWA 1HF6A 2QV4A 1H4PA 3ARZA 2NT1A 4HU0A 3N9KA 3U7BA 5EFDA 5BCAA 3SCOA 1QW9A 1XCWA 4AZ7A 4KWUA 3AXIA 2JF6A 5C8BB 3BCDA 1D3CA 4HTYA 1B1YA 3AXHA 3F5KA 2PBGA 5I23A 4UFJA 1OGGA 1ZS2A 2WMKA 1E9LA 1VRXA 4TUFA 2J8FA 3VVGA 3BAJA 1G0CA 3OLEA 2DIJA 4HOZA 3GXMA 1GQIA 1FHLA 2UWFA 4K68A 3LPPA 5A8PA 5E0FA 1EO5A 1TA3B 2ZWYA 5D9NA 4DWSC 3W28A 4FK9A 4GI8A 2WBGA 2C8NA 1CLXA 3WFZA 4ATDA 3QR3A 4QCFA 1V6UA 1SR0A 1NOWA 2ZXBA 3TA9A 1E6RA 2FGLA 3RMEA 2VOTA 3CH9A 4UOJA 5I6SA 3EYPA 5JBEA 4UNIA 1B3VA 4FLOA 4M8UA 3ZJ8A 5BYWA 3LMYA 1C3FA 4WSJA 3AHXA 1EH9A 1JYXA 1QBBA 3T2PA 5AYBA 4MDPA 4D6IA 1C7TA 1C8XA 3KWXA 1Q4NX 2XM2A 3D3AA 3B8SA 1ISXA 1CXFA 4KRUA 1EA9C 4YHGA 4LYQA 1TFVA 3VU2A 2CBVA 3M6DA 2CXGA 3VTRA 3TTSA 1VBUA 2ZXQA 1JXKA 4IISA 4P8VA 5A6AA 1B30A 3VD7A 1UR2A 2VJXA 3RM4A 5I5RA 1XC6A 3AS0A 4OBSA 2JEPA 3ZMRA 3OZOA 5LYRA 4CD8A 5CQ1A 3BSGA 1WPCA 3ARRA 1US2A 2DIEA 4AD4A 3UCQA 1CECA 2ZUTA 3EMQA 2J7EA 1N82A 2V38A 4L4OA 4W93A 3AOFA 3CHCA 1UA3A 2OYMA 5D8ZA 1GNXA 1NP2A 5ABHA 1JI2A 2BHUA 4HMEA 3THDA 1J0ZA 3BH4A 2PI6A 3OLGA 3VPLA 1E3ZA 3GNRA 2J7DA 2VTFA 3SUVA 2DT0A 4UQBA 4OOZA 5CG0A 1CNVA 3WH5A 2G3NA 4ACZB 1W1VA 2E8ZA 3CUJA 4BQ4A 4WSKA 3UEQA 4JKKA 4XZWA 1B3XA 3WD1A 4J3XA 1CEOA 4OJYA 2ZXAA 3OGVA 1E0XA 4M82A 1JD9A 4ZEPA 2VO5A 3MSDA 3CIVA 1J18A 4FLSA 1UR1A 1UH3A 3VKKA 3W81A 2WCAA 4GKLA 1UYQA 1ZB5A 4UQCA 4ZFMA 1W9VA 1W3JA 4JAWA 3UR8A 1U33A 2QMJA 4PTVA 3SCNA 3RPMA 1PJ9A 2WYSA 1RD6A 4WK9A 3WENA 1V3LA 3AMDA 1BTCA 3WIJA 5JUVA 1UQZA 1AQMA 1O7AA 1US3A 4V28A 3T09A 3PZTA 2O9PA 1FOBA 1JFXA 3FAWA 4HMDA 2GVYA 5E6YA 1HJWA 4FF5A 3NYDA 3W4RA 3A4WA 4HZ7A 5IFPA 2XGBA 1G1YA 5A6BD 2DT3A 5EB8A 3M46A 1UD4A 2JE8A 2WCGA 2QF8A 2E8YA 3HU7A 1GOMA 1Q6CA 1V6YA 4MAZA 5A8OA 3AHTA 1UUQA 3UETA 3PZNA 1LL6A 1S46A 2XVNA 1XD1A 3BLKA 2Y24A 4GPNA 5AC5A 3POHA 4AZ5A 1FH9A 2QLYA 2O9OA 1E4NA 4Z2JA 1E56A 2G3JA 4IM4A 4PMXA 1XSIA 2WMIB 2W91A 5F7UA 4HZ6A 2BV9A 2V3EA 4J27A 4Z2KA 3VDCA 1JNEA 4RE2A 2ZUSA 4AIOA 1KCLA 2VX6A 1ODUA 1RP9A 4PSPA 4WKFA 5JBDA 3MS8A 2Y5EA 2VRQA 4UFMA 3VIKA 1UWIA 1JNDA 2O9TA 3ARWA 5CSYA 4RE3A 1ZL1A 4MNKA 3VIGA 4D1IA 3ZR5A 3AIWA 4E8CA 3M7SA 4D6DA 3VIOA 4BQ3A 2WSPA 5DF0A 5HPCA 1H3GA 1SYTA 3GNOA 2DSVA 1MWOA 4A3YA 3PTMA 3ZT6A 1BPLB 1WDPA 4PMUA 5I77A 1EDTA 3EBVA 4ZENA 1NWUA 4N0RA 1WZAA 1HT6A 1OGSA 5A6BA 4P8UA 3LPGA 5I24A 1W9BM 3E1F1 3CPUA 5M03A 3IJ7A 2GK1B 2ZIDA 1V3IA 1NOUA 1NP0A 1GORA 1GHRA 2W67A 3ALFA 2WMGA 2CKRA 4GINA 3AIVA 2XYLA 3AHVA 2ZX5A 2ESCA 3WDQA 2W5FA 3TOPA 3VD9A 1EHNA 1AQHA 3A47A 3FXYA 3AZRA 2BHYA 1XSKA 2WC7A 5D9PA 3WEMA 1J11A 3N04A 1V0MA 1D2KA 4PYSA 2EO7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IPL A;  1PX4 A;  2J47 A;  1GW1 A;  2ZX8 A;  1DWI M;  3T2Q A;  7TAA A;  2V3D A;  1BHG A;  4S3K A;  2WNW A;  1UOK A;  3WD0 A;  2PB1 A;  1UWQ A;  1XSJ A;  3VGH A;  4JFW A;  1CIU A;  3G6M A;  5A3H A;  2VZO A;  4D71 A;  1J9Y A;  3K4D A;  1B3Z A;  3II1 A;  3U5Y A;  1PX3 A;  5FD0 A;  1C91 A;  1BG4 A;  1CWY A;  4W7U A;  1RH9 A;  2E40 A;  2XPK A;  4CN1 A;  4PUE A;  3DHU A;  4CUC A;  4W8B A;  3HN3 A;  5I2U A;  4U2Y A;  4MB1 A;  1KR1 A;  1VEP A;  5BXP A;  3PZI A;  3QOM A;  1LWH A;  1W32 A;  2WW5 A;  1Q6G A;  2X05 A;  4B3L A;  5ABE A;  3KL5 A;  1JZ6 A;  2BNJ A;  3VX0 A;  2X2Y A;  2J7F A;  4UR9 A;  2W61 A;  2OSW A;  3VIL A;  1BVZ A;  3ZJK A;  2XTK A;  3CHF A;  4PMY A;  1R86 A;  2ZIC A;  3TTY A;  4KGJ A;  2XUC A;  1WZK A;  1NWR A;  4V2X A;  2OWX A;  1WAW A;  2EPK X;  4WLC A;  3VD4 A;  3T2O A;  4CD5 A;  1UR9 A;  1UZ1 A;  1V0L A;  3O9N A;  3UG3 A;  2ZX6 A;  4EAM A;  1EDG A;  5FKY A;  1CTN A;  5IFT A;  4B15 A;  1ZJB A;  5GNX A;  1GOO A;  2PWE A;  2YKK A;  4CVU A;  3WKZ A;  2ZX9 A;  4JL1 A;  2VUR A;  3AJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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