1E6XM

Myrosinase from sinapis alba with a bound transition state analogue,d-glucono-1,5-lactone
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQSFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High Resolution X-Ray Crystallography Shows that Ascorbate is a Cofactor for Myrosinase and Substitutes for the Function of the Catalytic Base
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
molecule tags Hydrolase
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 2000-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1e6xM00
4GO9A 1AVAA 1BFNA 1F4HA 5CPQA 1DWAM 3TONA 3CUGA 1BYBA 1KXTA 1EH9A 3RPMA 1TG7A 8A3HA 3WNNA 1J0KA 5JBEA 3T2PA 2CBUA 4AMCA 1QBAA 4H04A 1I75A 1OM0A 1GJWA 1OIMA 3MUAA 3VIKA 1H3GA 1SYTA 4NZCA 3ZIZA 1C3FA 1KQYA 1E40A 2RGMA 1KCKA 4KGJA 3BXWA 2VRQA 3WF3A 3E1F1 1OBAA 5FL0A 4CVWA 3CLWA 4MTVA 5E09A 1JG9A 1E5NA 2J7DA 1HJUA 3T0DA 3IK2A 2W63A 4D1IA 2WC7A 4X0VA 3WF2A 2F61A 2V5CA 3B8SA 4Q7NA 1CLVA 3PN8A 3WEZA 4F9DA 4U5KA 5A8PA 3EMCA 1FP9A 4ZXLA 1NARA 3VIFA 2BY1A 3VKKA 1J10A 1H0IA 4J3UA 1GJUA 1H11A 2J75A 5BXPA 3RCNA 3UESA 4UOZA 5HPCA 2YBUA 2XWDA 5JBFA 1E1FA 2D20A 2XYLA 2PWDA 2VR5A 2X8RA 3AS1A 4JHOA 2WAGA 2ZX6A 1KWKA 4S3JA 4LYQA 1OCQA 5ABHA 3EDFA 4U31A 3SCOA 4KWUA 4IPLA 1DWGM 3GTNA 4CKQA 3WH8A 3WDRA 5GNYA 1IV8A 3U7BA 5DT5A 3UG5A 2UY2A 2J4GA 2DH3A 2YL9A 3QHMA 2VO5A 3WNMA 3GH7A 5CPSA 5IXEA 4JFUA 3NIYA 3A4AA 2W61A 1JAEA 3VDBA 1EDTA 1YHTA 4W7UA 4UQ9A 5EBAA 3VM7A 3PBGA 3GXMA 4M82A 5I78A 2GDVA 2D0GA 1PPIA 4RL3A 4W85A 1BYAA 1TVNA 2G3NA 2J78A 1MFVA 3IAQA 1KR0A 3IAPA 3ZSTA 2VRJA 4W5ZA 5M17A 1NOFA 2DSUA 5BCAA 3WUFA 4UQBA 2J7CA 4U2ZA 3W82A 2YJQA 4P7RA 1G5AA 4LPCA 4PBGA 3FHAA 1RP8A 2ZWYA 3AYRA 1BF2A 5D9OA 3KWXA 4BF7A 1DEDA 4LYRA 4PYSA 5BXTA 1NWTA 1RH9A 2GJXB 3GXDA 1MQPA 2ZE0A 4W8AA 3WD0A 3WBEA 3CZLA 3OIHA 1V02A 2WHJA 2WB5A 3N18A 1JAKA 1SR0A 1GVYA 3BAYA 1BLIA 3VMOA 1QPKA 2OLHA 1XV8A 2WCGA 5A8OA 4GIAA 1V0MA 4D6DA 5GNXA 4S3KA 1HJSA 2Y8VA 2ZXQA 4J3XA 2CBJA 3T2QA 4WKAA 3VNYA 4UFHA 1JF5A 3HU7A 5EFFA 1XD0A 3NSNA 1KBBA 2X0HA 3AIRA 3QHNA 4JL1A 3ZJKA 1VBUA 3L4XA 2WVTA 4W84A 3EMZA 3QGVA 1ZB5A 2D22A 5GPRA 4L4OA 2D0FA 2G3MA 5ABFA 3VD3A 4AWEA 2XFYA 2G4FA 2XIBA 3N9KA 1UKQA 3PZOA 3AIEA 3NSMA 3ARUA 2WSPA 4AD1A 1E56A 3SUVA 1UOKA 3AFBA 3OLGA 1R8LA 4DM1A 1JL8A 1UWRA 2QLYA 1H41A 2V3EA 3WQ5A 1A3HA 1BGGA 3DHUA 1J11A 1R85A 3GBEA 4J27A 4WIWA 2WKLA 1QVBA 4YHEA 2DPEA 4GINA 3BAJA 3WH9A 9CGTA 1E4IA 4PSPA 3TTQA 2JE8A 1KWGA 3N15A 1NOWA 1MVYA 2YIHA 3ARYA 2XUCA 1ISVA 3G6LA 5M5DA 3CUFA 3QR3A 4LXFA 1CNVA 4H41A 3PZTA 3AMGA 3G6MA 3QOKA 1E3XA 1E6RA 4MAZA 5HPOA 3MANA 4OJYA 4GI6A 2VC9A 1AQHA 3AIBA 3D3AA 5HXMA 3VMNA 1UA7A 2ESCA 3LPGA 4E8DA 5D9MA 3EMQA 4ACZA 2CBIA 3BMVA 3VU2A 3W81A 1NP0A 4WK9A 4UFJA 3NUKA 1DWIM 1W9PA 5DO8A 1KGWA 4B3KA 5D9PA 1H09A 1B3VA 2TAAA 4UOQA 4HMCA 2VJXA 3DYOA 1K9EA 4AD0A 2D23A 1TUXA 4XUYA 1V0KA 3W25A 1FHDA 3W28A 1C7TA 2VZVA 4BA0A 3U5UA 4HA1A 5E70A 1B3ZA 3CGTA 4AEEA 1UD3A 2XWEA 5EB8A 1ISYA 5M03A 5AY7A 4D6GA 1GPFA 3HMCA 4F8XA 1D2KA 1C93A 2QPUA 4DUVA 3O6AA 2DGAA 2OWWA 2DQXA 1GORA 3WQWA 3AIWA 3WL0A 3CHCA 2VQTA 2G8ZA 1W9UA 1HJWA 2WVVA 4IISA 1E0VA 1M7XA 4XZWA 1ZJBA 1UD2A 4AD5A 1GVIA 1WCGA 4ZE5A 1BVNP 4GZIA 4EAMA 2WMFA 4D6HA 2XVKA 3PTKA 3ARZA 3CHDA 3SCQA 1Q6CA 4CD4A 2YLAA 2PWHA 3BLKA 2CPUA 2HVMA 3BH4A 4MB4A 2DDXA 1E43A 2UY3A 2ZUVA 4HOZA 4N42A 3AMDA 3W37A 3AHXA 1KXVA 1S46A 1ZS2A 3W27A 2V3DA 4OUEA 2XFRA 2BNJA 4UQAA 1JFHA 1X6LA 1J0HA 1MXDA 1CENA 2ZUMA 3WEMA 1B9ZA 2W92A 3IJ9A 5BXSA 5CPTA 1W2VA 1V6VA 3I3DA 3FN9A 1JD7A 3LMYA 3IANA 4UFKA 1O7AA 1JZ7A 3VD5A 1E0WA 2CIPA 3BSHA 3EDKA 2GK1A 5A6JA 1V0NA 4QCEA 3VGBA 4WF7A 1US2A 5ABFB 1HL9A 4AD3A 3T0AA 1H4PA 1HL8A 2C0HA 2DSZA 4EANA 1CBGA 4V28A 3O2LA 2VZTA 1PJ9A 1UQZA 1E6SM 1PIGA 3KL0A 1MFUA 3VNZA 2VOTA 1PX8A 1UWUA 3TP4A 1J0JA 2DIJA 2WK2A 4J3TA 4F66A 3N1AA 3UR8A 2CNCA 4PCSA 5I79A 2V5DA 1DWFM 2FH6A 1DHKA 1E4MM 1M53A 2GJRA 1KXHA 4W8BA 3CBWA 3WN6A 3OZOA 4A4AA 2BVTA 2J62A 1BYDA 2NT0A 1W9XA 4MNMA 3WH6A 2CESA 4QAWA 3VD7A 1CXIA 3ZM8A 3BSGA 1B1YA 3SUSA 4DWSC 4RE2A 4P8XA 1OD0A 3A3HA 3K4DA 3AOFA 5DFAA 2VX7A 5D4YA 1PX3A 2D24A 5C71A 1WZKA 1E4NA 1GHSA 4TTGA 4QCFA 4CD5A 3ZSSA 3L4ZA 4JIEA 1WAWA 4W86A 1MW1A 3MUIA 1R7AA 1BG4A 1U33A 5I6SA 2EPMX 5DT7A 5CSYA 2OYLA 1VFMA 1XH0A 3WH5A 4XV0A 5A2AA 2FH8A 2ZX5A 3VM5A 1V0LA 2W62A 2WCAA 3EDDA 3KE0A 4HP5A 4P8VA 3RJYA 3TTOA 4AZGA 1UR0A 1UWIA 3GBDA 4ZENA 5ABEA 2E40A 4RE4A 1UKOA 4U2YA 4DWSD 3UG4A 1QOXA 1BQCA 2CKSA 4D6FA 4Z2LA 1JZ2A 3CHEA 1VEOA 4UQDA 2EJ1A 5CLTA 4CGTA 5KEZA 1UWSA 4NI3A 1UQYA 2UWFA 2PWGA 1WDPA 4RE3A 1TA3A 3VIMA 4W89A 3ZJ6A 4ML4A 2WLYA 1UD5A 2WVVB 2D0HA 3FNDA 4AZBA 5I5RA 1EDGA 1JIBA 3RM8A 3GM8A 1G94A 1AQ0A 3A6OA 3VDAA 2DH2A 1ODZA 1XH2A 1UUQA 4H8VA 4OOZA 4OKDA 3LPOA 3SEPA 1CWYA 2B31A 4JFVA 1JDDA 4TVCA 3TTSA 2XVGA 1FHLA 1W1PA 4TUFA 4L4PA 4W8LA 4LQ1A 4MPKA 3WL1A 3A4XA 1GQIA 1CECA 2E9LA 4OZOA 4H8HA 4IM4A 1VBRA 4P8WA 4AIOA 3BC9A 4HZ8A 3LPFA 1OINA 2E8ZA 1ISWA 1QHPA 4GXPA 2JIWA 2PBGA 3RJXA 5CGTA 1EXPA 1E6QM 3W53A 3ZR5A 3VIGA 1JXKA 2MANA 2XVLA 5I2UA 1QNRA 1GONA 1W9BM 3ARXA 3SUTA 1C91A 2ZUTA 1UZ1A 4B9ZA 1V3HA 4EK7A 5A6MA 5F7UA 3K46A 2XVPA 4B3LA 2IXUA 4D6EA 5I77A 5CGMA 2GK1B 1V6UA 1FH9A 4Z2KA 1W1VA 3VIHA 1KXQA 2WM0A 2ZIDA 2EQDA 1LWHA 2VCCA 1TE1A 1M04A 2YA0A 4PMXA 2YKKA 3AIUA 1W9DM 1V6XA 4XZBA 4XX6A 4XB3A 4PEEA 3B9EA 1EQCA 4Y7EA 1UR9A 2WPGA 3BLPX 3VVGA 1W3HA 4CU8A 1WKYA 1X6NA 1ZU8A 1QNPA 1XHGA 1DP0A 3BCFA 1UYQA 3BCDA 3MMDA 3MMWA 4AZIA 1GHRA 3W26A 3AHZA 3KL3A 4GKLA 3K1DA 4ZE4A 3GXIA 2UY4A 1WPCA 1V6WA 1XSIA 4JHZA 3ZR6A 1V3KA 3AISA 3WUBA 3WFZA 5DF0A 3GH4A 2Y2WA 1HXJA 3WMCA 4F79A 1J12A 1V08A 3QHOA 2J25A 5BXRA 1ZJAA 3CTTA 4MNKA 4J3SA 1E6NA 1QI0A 3AI0A 3T2OA 3CZJA 4OBRA 1HVQA 1OB0A 2W5FA 4P7OA 2WMGA 3N17A 2JFEX 1PBGA 1PEZA 3WD4A 1ODUA 5A8MA 2F8QA 2AOSA 2VUYA 4HTYA 4JAWA 5IHSA 4C7FA 2O9TA 1E73M 1UH2A 4FLQA 2JEQA 5D8WA 1L8NA 1JD9A 1TFVA 3ZT7A 4AD4A 4TX6A 1ZBKA 5CQ1A 3AXHA 4CN1A 4ZFMA 1HP4A 3WD2A 2VL4A 3VIPA 2XM1A 1LL6A 2BY3A 2DT1A 4Z2JA 5AC5A 1UH4A 2CITA 2WHLA 3ZJ8A 3DECA 1TA3B 1CDGA 4UR9A 4HU0A 1VB9A 1B3WA 3AHTA 3N13A 5FIPA 1V3JA 1A47A 3DYMA 3F5JA 2XGBA 3WENA 1WE5A 5BRQA 4D72A 5EFDA 1XSJA 4UNIA 3AQUA 1UD4A 3MV11 2G3JA 2Y8KA 3W38A 1WO2A 5TD4A 1TZ7A 5C8BB 1GQKA 3CZGA 4NRRA 3AYSA 4H2CA 3OLEA 1JFXA 2VX6A 4PSRA 1DWHM 1P6WA 1BPLB 2BVDA 2XTKA 3I3EA 5JIWA 4JFSA 4MDOA 3EBVA 2F2HA 2E9MA 3M07A 1W2PA 3SUUA 4TOQA 2XM2A 1C90A 4AEFA 1CEOA 1DTUA 2OWXA 1UG6A 1ZBCA 1VFOA 1IZJA 1B2YA 2J47A 4UZSA 3OA5A 1GCYA 1H5VA 3POCA 4CD8A 1BSIA 5I23A 2VI0A 1B31A 3PZGA 4BCEA 4CVUA 1Z32X 4P7QA 1JZ8A 2G3IA 2VX5A 3K4AA 4JCLA 3BAKA 4PMQA 2W4XA 4HZ6A 2O92A 1IZKA 2EEXA 2QMKA 2A3AA 5LA0A 4K68A 5CJ5A 4AC1X 1LG2A 4ACYA 1VIWA 4PMRA 1M01A 5A2BA 4JKMA 3POHA 4M56A 3WF4A 1W3KA 1Q6GA 2D1ZA 1QI2A 1FFRA 3PZNA 4JL2A 2GSJA 1CLXA 1QNOA 1EOMA 5GQBA 3VUPA 2PF0A 3KL5A 1J9YA 2WZIA 2ZUSA 4D1JA 1FFQA 2PWFA 2WWDA 4QDMA 1J18A 1TR1A 3VD4A 2X05A 1UR8A 3WSUA 4JFWA 1C8YA 4PTWA 3ZT6A 2FDMA 2WZEA 2CBVA 5BWFA 3L4WA 1NM9A 2ZUWA 3MSDA 1XRVA 5HDRA 2ZICA 1WP6A 4LYPA 3WNOA 2J74A 4PMUA 1ESWA 2FGLA 1B30A 1BHGA 1QI5A 5AC4A 4PUDA 2BY2A 1E9LA 1VFUA 1UHVA 4PMYA 1HN1A 3NSXA 1BYCA 3WMSA 1SMAA 1VRXA 1MWOA 1HKJA 2WCSA 3CZ8A 3WDJA 1HP5A 3HJEA 3RIKA 4D6JA 7TAAA 4CN4A 4A3HA 1FH7A 4BQ2A 1Q6EA 3WNLA 2BY0A 3WKZA 1ITCA 1OT2A 3SUWA 1HJVA 1K9FA 1WZAA 2ZX7A 4ATDA 1JI1A 3NDYA 1EHAA 4JKKA 3VGFA 1HKIA 3AS2A 1H1NA 1UA3A 3W6LA 3RM4A 2BVYA 4P7NA 3KEHA 4A3YA 3AMLA 2UY5A 1PZ2A 5CSUA 5LA1A 4KRUA 4AZCA 3ARVA 5A6SA 5KZ6A 4DWSA 1JDAA 4PN2A 3L4UA 3AS3A 3BGAA 4AD2A 2CERA 1OGBA 4KGLA 6A3HA 5IDIA 3VINA 2WZHA 1B3XA 3ARQA 2IUZA 3BAXA 1CZ1A 5A6BA 1WNOA 4PMVA 3RO8A 1J0YA 2CHNA 3W4RA 1KQZA 1KGUA 4UFLA 3PZIA 3UCQA 2AAAA 4FMVA 1IT0A 4GI8A 2VQUA 1V3IA 4AIUA 1WDSA 3A4WA 4H8UA 1VF8A 1WB0A 3AXIA 1XH1A 1GQJA 2QF8A 4JCMA 5A2CA 4D6CA 4F9JA 1GOOA 4CCDA 6TAAA 4HPHA 1LF1A 1E6XM 3AJ7A 1JZ5A 1GZJA 2WHMA 4WSJA 2GVYA 4MJ4A 2E9BA 1FP8A 4UFMA 4AXNA 1KB3A 4U3CA 4MJ2A 2ZUUA 1UKPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GO9 A;  1AVA A;  1BFN A;  1F4H A;  5CPQ A;  1DWA M;  3TON A;  3CUG A;  1BYB A;  1KXT A;  1EH9 A;  3RPM A;  1TG7 A;  8A3H A;  3WNN A;  1J0K A;  5JBE A;  3T2P A;  2CBU A;  4AMC A;  1QBA A;  4H04 A;  1I75 A;  1OM0 A;  1GJW A;  1OIM A;  3MUA A;  3VIK A;  1H3G A;  1SYT A;  4NZC A;  3ZIZ A;  1C3F A;  1KQY A;  1E40 A;  2RGM A;  1KCK A;  4KGJ A;  3BXW A;  2VRQ A;  3WF3 A;  3E1F 1;  1OBA A;  5FL0 A;  4CVW A;  3CLW A;  4MTV A;  5E09 A;  1JG9 A;  1E5N A;  2J7D A;  1HJU A;  3T0D A;  3IK2 A;  2W63 A;  4D1I A;  2WC7 A;  4X0V A;  3WF2 A;  2F61 A;  2V5C A;  3B8S A;  4Q7N A;  1CLV A;  3PN8 A;  3WEZ A;  4F9D A;  4U5K A;  5A8P A;  3EMC A;  1FP9 A;  4ZXL A;  1NAR A;  3VIF A;  2BY1 A;  3VKK A;  1J10 A;  1H0I A;  4J3U A;  1GJU A;  1H11 A;  2J75 A;  5BXP A;  3RCN A;  3UES A;  4UOZ A;  5HPC A;  2YBU A;  2XWD A;  5JBF A;  1E1F A;  2D20 A;  2XYL A;  2PWD A;  2VR5 A;  2X8R A;  3AS1 A;  4JHO A;  2WAG A;  2ZX6 A;  1KWK A;  4S3J A;  4LYQ A;  1OCQ A;  5ABH A;  3EDF A;  4U31 A;  3SCO A;  4KWU A;  4IPL A;  1DWG M;  3GTN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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