1E6XM

Myrosinase from sinapis alba with a bound transition state analogue,d-glucono-1,5-lactone
Total Genus 197
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQSFISP
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title High Resolution X-Ray Crystallography Shows that Ascorbate is a Cofactor for Myrosinase and Substitutes for the Function of the Catalytic Base
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 2000-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1e6xM00
1UWRA 4ZXLA 1BYCA 2FHBA 1E6ZA 1UQYA 3W26A 3UR8A 2VT0A 2QPSA 1WZMA 2VX7A 2DIEA 3WNKA 2W62A 3CUJA 2NT0A 2Q8XA 4WLCA 3RM4A 4MTVA 3L2MA 3WQ4A 1G5AA 2WZIA 4AZCB 3ZMRA 1MW3A 1GOQA 1QW9A 3LPOA 4TVDA 5GNYA 1OGBA 4GI8A 3WEZA 1KXHA 3ZSSA 4ACYA 1QNRA 4MB1A 1H3GA 2W67A 4RE3A 4JCLA 4X0VA 3RMEA 1MXDA 1E0VA 4W87A 2Y24A 4DWSC 3RJYA 1KGXA 5DMYA 2PWEA 5I23A 4AZHA 2J7DA 2WVVA 1E6QM 2DSKA 3AZRA 5I24A 1FFRA 4X0NA 4FLSA 4MB3A 1QI4A 1SMDA 2J7BA 1M04A 4UFKA 3WH5A 3CGTA 1VEPA 4C7DA 2QPUA 1GOKA 2W91A 3VGHA 3PZVA 4PMYA 2D2OA 4QLLA 2VRKA 2CHNA 2OYLA 3WNMA 1HNYA 3MUAA 5FD0A 1W32A 1XSIA 1XH0A 4OOZA 4CD5A 3PZNA 1EOMA 4FMVA 1VAHA 1UR1A 1CGYA 1UKQA 1H2JA 1CTNA 3W82A 2VURA 4D6IA 1B3YA 1GUVA 1TVNA 1UD2A 1AQ0A 1JZ7A 4TVUA 3GH4A 3CUHA 1WE5A 3CZLA 2NW0A 3VU2A 4LYPA 2X0HA 3MMUA 3B9EA 4NRRA 4GINA 3WF2A 4TXEA 2XFYA 1CLVA 2XHYA 1W1YA 2XSBA 1FFQA 4CD6A 3B8SA 3WBAA 3CHCA 3N12A 1HJXA 3VPLA 2Y2WA 4UOQA 3WF1A 4F79A 1JZ2A 1JDCA 1F4HA 3SUWA 2CKSA 3ZT5A 3OLIA 5D9MA 9CGTA 5A8OA 1UR0A 3QGVA 4HP5A 3TTOA 3BAIA 3N17A 2CITA 1E4MM 1J18A 1LG1A 4PRWA 1UWUA 1PEZA 4CCCA 4FLOA 3CUFA 1LL7A 4FLRA 1W1TA 1XD0A 5A6BA 1KCLA 3T0AA 2BVYA 4BS0A 1V0LA 3FN9A 3DHUA 1CEOA 1SYTA 4UQCA 4B9YA 4LX4A 2ZUWA 1GQLA 2CXGA 6TAAA 5EFDA 3GBDA 3T0DA 1WDRA 2A3AA 2WVTA 1J10A 4HMCA 1KGUA 1KXVA 1JXKA 4KMQA 3AI0A 4JKMA 1IZJA 1UA7A 1QI5A 3MO4A 4PEEA 1CXEA 4K68A 2DT2A 2Y4SA 3G6MA 3SCTA 4OOUA 2VNCA 3MMDA 1JI1A 5A8NA 1HJQA 5AYIA 4UOZA 3LPFA 3RJXA 4ATDA 3ZM8A 2HVMA 5E0FA 1EO7A 3AS2A 3ZOAA 5I2UA 4HZ7A 1HKIA 4GKLA 4PTVA 3AIBA 3UETA 1P6WA 2XSAA 4PMDA 4H8VA 5JBDA 5DO8A 2WPGA 1BHGA 4DM1A 3WQ5A 2PB1A 1OSEA 2CBVA 3GH5A 1B3WA 4WKHA 2XIIA 2WVVB 5E0CA 1EDQA 2YLLA 4EANA 1E6RA 1W9BM 5M3WA 4WJXA 1ZBCA 1CYGA 3N04A 1F4AA 5BXSA 3VD9A 3VO0A 3CMJA 4W7UA 4D6EA 4UQEA 2ZE0A 3WQVA 5FIPA 3WIJA 1H11A 2XTKA 3AMCA 3WMBA 5D9PA 3MANA 1UKOA 3A6OA 2CBIA 3FHQA 4WF7A 3PZGA 3ARZA 1MFVA 5E6ZA 1O6IA 3WQ6A 3OB8A 4U2YA 3HN3A 1OD0A 1GJWA 4E8DA 1I1XA 2D24A 4F9JA 4UQBA 2O92A 5AC5A 1BAGA 5BWFA 1NOWA 3GYCA 2YDRA 3VIGA 2YBTA 1JNEA 3I3BA 2VOTA 1HXJA 3QHNA 4QLJA 3PZUA 5AC4A 4PTXA 2XVLA 3BAKA 1KXTA 3WNNA 2J7GA 4FK9A 1CGTA 1R86A 3WDPP 3VD7A 1UH3A 2BS9A 5HPCA 3AMLA 1QW8A 2PWDA 1R85A 2WNWA 4AD1A 4J7RA 1XGZA 1FH7A 4W8BA 3MMWA 2YL8A 3FXYA 4AW7A 1GVIA 2XIBA 4OIFA 3U5UA 3SEPA 2E3ZA 3G6LA 3GXIA 2E9MA 1OCQA 3GM8A 1C7SA 3O6AA 2VCCA 3VIPA 3ARRA 1V3JA 4HOXA 1KQYA 1VBRA 1B1YA 5CSUA 2XVNA 3AZTA 1V6YA 1XSKA 1B3VA 3BAXA 4PMZA 2DSVA 5CLWA 3SCRA 1SMAA 1JZ4A 1KR1A 4P8UA 3LMYA 1E1EA 1QI0A 3WQWA 4AMCA 4JZ5A 2VZTA 3GXDA 4AD4A 1UR4A 1XV8A 2WVUA 1C8QA 4F8XA 3WH6A 1G9HA 2WW5A 1ESWA 5A8QA 3PN8A 5DFAA 1IV8A 3BGAA 3RIKA 1XCWA 2DQXA 3VMNA 1ISYA 5DEZA 4CN6A 1GQIA 1WKYA 1JG9A 1E3ZA 5D4YA 5LA2A 3CZKA 3GXFA 3NCOA 1EDTA 4P7LA 2VZSA 2WXDM 1J01A 5ABHA 4XB3A 2CIPA 5GPRA 4ML4A 1GHRA 4YHGA 1QI3A 4D71A 3WL1A 4M1RA 1DWJM 4HMDA 2PBGA 4R27A 2C0HA 1DWGM 1JYWA 1VRXA 4D1JA 3BCDA 3RCNA 3BXWA 1KBBA 4CN4A 2E0PA 4J3SA 5I5RA 3TP4A 5JBFA 3ARXA 2V3GA 4AZCA 4PYSA 1E6NA 4URIA 1NP2A 4RE4A 2FHCA 5I79A 1X6LA 3WMSA 1L0PA 1N82A 4AY1A 1NM9A 4BQ3A 1H1NA 2DH2A 3ARYA 3UEQA 5HNNA 3TOPA 1BF2A 5CPQA 3WQ8A 3CZEA 4UCFA 1V3MA 4D6HA 4W93A 4EKJA 2WMKA 2PI6A 4H2CA 1B31A 3NSNA 3A3HA 5CPTA 2YLAA 4DUWA 5A2CA 3RM9A 4CVUA 2IXVA 3OLGA 4Q7NA 2BY3A 4U33A 4Z2KA 3W81A 1ZL1A 1VFOA 2Y5EA 3CHDA 3DC0A 4DWSA 1K9FA 3II1A 1PIGA 4CCEA 1ODUA 2ZX8A 3AIVA 3AIQA 4U3AA 1WZAA 1EH9A 4AD3A 4JHZA 4MB5A 2ZUTA 3CZJA 1ODZA 4AEFA 3POHA 1DEDA 3TONA 2OSYA 3DHPA 1UKPA 3FAXA 4PTWA 1VFUA 4PSRA 1HVXA 4W86A 3AOFA 3AFBA 4U5KA 1BVZA 1RP9A 1VBUA 2CETA 2UY2A 4ZE5A 1CBGA 4TTUA 3VKKA 2J7HA 4AD0A 1FHDA 1E70M 1J11A 4PUEA 3GH7A 3RM8A 3A4AA 5A6AA 5IHSA 1GORA 3VIMA 4HOZA 3ZJ7A 3ECQA 1LF1A 3WENA 1B3XA 5DF0A 1VJZA 3IK2A 3SCUA 2TAAA 1MQPA 2VC9A 3IAPA 4AWEA 4LGXA 4Z2JA 4OZOA 1QNSA 2YL5A 5EBAA 2WMHA 3AIRA 2BHYA 5I78A 3CLWA 3KZSA 5E6YA 4UFLA 2RGLA 4GO9A 3T0BA 4MNJA 1CNVA 4D6GA 3VINA 5A95A 3WFZA 1UA3A 4MAVA 4PUDA 1ITXA 2VCAA 1J0JA 4QCEA 4NSBA 1WCGA 4HA1A 5IFTA 1UD8A 3CZ8A 1ECEA 3CO4A 1ZJBA 2F8QA 3WUFA 3VGDA 3GXMA 2Z1SA 3WN6A 1V6XA 4QDMA 1Q6CA 4EE9A 3ZJKA 1HVQA 2BY0A 2OSWA 1C93A 4HTYA 1UD6A 3EMQA 2XVGA 5FCZA 1PAMA 3UR7A 1UQZA 1KR0A 1K9DA 2F61A 2VRQA 3OA5A 1K9EA 2BFGA 2XYLA 3WDJA 3GBEA 3ARUA 1OBAA 2CERA 2GJXA 2XJ7A 4PN2A 4LQ1A 3L4VA 4UFMA 4WIWA 4AZ5A 1QVBA 2V3DA 5D9NA 4UNIA 3IJ7A 3WD2A 1I1WA 3AXXA 1GVYA 3K8MA 2VZUA 3S6TA 2BY1A 3B9AA 4B16A 1NARA 2V38A 1B90A 2A3EA 2WMGA 2EPNA 2GUYA 1JDDA 4W7WA 1CGWA 2XPKA 1QNOA 1UZ4A 1XHGA 3T08A 4ATLA 1UR2A 3CPUA 1E55A 3AXHA 1GHSA 5A6LA 3DECA 2GSJA 5AY7A 1Y7VA 4JKKA 1V02A 2VL4A 4DWSB 4WSKA 1WPCA 4J3TA 3M6DA 4KRUA 1SR0A 1M03A 5IDIA 2WMFA 4JFUA 2YJQA 3VD3A 2VMFA 3WSUA 4J3WA 1TG7A 3VD5A 1VIWA 1BVNP 4B15A 4PSPA 5EMYA 1HP4A 3NYDA 3AHXA 1UUQA 3GNPA 4NI3A 1E56A 2Y8VA 5AYBA 3UERA 1XSJA 2J7EA 2A3CA 2BXYA 2JIWA 1BGGA 1AMYA 3MS8A 5C71A 1HX0A 2XM1A 5I77A 1EQPA 5BROA 5ABGA 2GDUA 3UG5A 1V3KA 3AS0A 1CPUA 2WVSA 3T09A 3WUGA 2WM0A 4ZENA 3T2QA 3HU7A 2D0HA 2QMJA 4HU8A 3AHTA 4PMRA 2ZUMA 2CCRA 3TTSA 1UD4A 4B9ZA 1QHOA 4E8CA 1R7OA 1JXJA 3WDQA 4IISA 3WFLA 2W66A 5E09A 3PTKA 1GOIA 1V3LA 3L4ZA 3VDHA 2XVPA 3NSXA 4N0RA 2J4GA 2YA2A 2G3MA 1CENA 1H09A 4UTFA 1PBGA 1M53A 4CD7A 3N15A 1KQZA 3CHEA 1W2PA 3L4YA 1BG4A 1W9DM 5C8BB 3VVGA 2YDSA 2DH3A 3ARVA 4PBGA 3BAYA 4RL3A 4ZFMA 4GZIA 4D72A 1OGSA 1QBAA 1V02E 1XD1A 1PX4A 1EHAA 3ZR5A 3VGEA 3GNRA 3B9DA 3UG3A 1J12A 3VTRA 1NWRA 1JD9A 5A6BD 1D2KA 3VX1A 4AYSA 3EDEA 4BQ4A 3FHAA 4W5UA 2WBKA 1JAEA 1KFWA 1GJUA 5CJ5A 1IT0A 1XCXA 4ZEPA 2GJXB 2WCAA 1OD8A 4MNLA 4ATWA 3WDRA 5CPSA 1E73M 5A2AA 2CYGA 1JZ3A 1B2YA 3EMZA 1TUXA 2WHMA 2XG9A 2JALA 4P7NA 3F4VA 1LL6A 5LA1A 2XUCA 4CUCA 2BXZA 1SFSA 5ECUA 5A6MA 3PZQA 1HKJA 1HP5A 2VVSA 4UQ9A 3SURA 3WNOA 3AROA 2D20A 3CTTA 1BSIA 1UWTA 1MW2A 1MWOA 2X1IA 3AHYA 1WZLA 2JEPA 2EPOA 1PJ9A 4YPJA 4W88A 3CHFA 2IUZA 3NDYA 4AC1X 3BAJA 2YL6A 1KWKA 1E15A 3VDBA 2D0FA 3AS1A 2QMKA 3K4DA 2WHKA 4J3UA 4H41A 2ZWZA 4J3VA 3KL0A 3AMGA 3WF3A 3BSHA 1BG9A 4UZUA 4EK7A 4MPKA 4LPCA 4CKQA 1O7AA 1EDGA 1K9TA 3FAWA 1IZKA 1H0GA 1GZJA 1KGWA 2WANA 1DHKA 2VO5A 1JF6A 2EPLX 1GQJA 2XVKA 3EDDA 4B3KA 2PBOA 4JKLA 2ESCA 4UOJA 2CNCA 4UQDA 1JD7A 1WDQA 2BVDA 4H8HA 4JAWA 1E4IA 1W2VA 3WD3A 5A94A 1V03A 4W84A 4KWUA 4S3KA 1VFMA 3MKKA 3BMVA 2W92A 4AZ7A 1OB0A 4E2OA 1JI2A 3VIKA 6CGTA 4KGJA 1VF8A 2J7CA 3GDBA 4CGTA 1VEMA 2GJPA 2J8GA 1LWJA 3VNZA 2ZXAA 2G4FA 1J0YA 5CG0A 4KGLA 3MV01 1CIUA 4GI6A 5BXPA 5BXRA 1GONA 3FW6A 3RO8A 3SUTA 2BV9A 4E4PA 3BCFA 1NH6A 2ZUSA 1E0XA 1KB3A 3RDKA 3VX0A 1HJVA 2WLYA 2MANA 2WAGA 3U7VA 2G3IA 4W8AA 3N11A 5M5DA 1US2A 1JDAA 3VIHA 2VQTA 4NF7A 2C7FA 1GW1A 1H49A 5BRPA 1U33A 4EAMA 1AQMA 4TX6A 2CPUA 5I3DA 3MUIA 2W63A 1UKSA 2JIEA 5F7UA 5CGTA 1RD6A 5C70A 2XM2A 3N1AA 4A3YA 1Q4NX 2WK2A 1WO2A 3IAQA 4D1IA 2NT1A 2EEXA 3K8LA 2V3FA 3WKZA 2OLHA 4AIUA 4NRSA 1W3JA 2XWEA 1PPIA 3A4XA 4CCDA 1LLOA 1R8LA 2OWWA 3T2OA 3AHVA 5A69A 3F5KA 1QBBA 1CWYA 1Q6DA 1CGUA 1FHLA 1E6XM 4P8WA 5KZ6A 3WD4A 3WNPA 4A4AA 2J79A 1J0HA 1UH4A 7TAAA 1RPKA 3WD0A 4BF7A 4RE2A 4M82A 8CGTA 1UKTA 1QHZA 1W1VA 3ARQA 4L4PA 4V27A 4D6FA 3PZTA 4AD5A 1H0IA 1E9LA 1OGGA 5I0DA 1GOOA 4M81A 4C7GA 2WMIB 4Z2IA 1V6VA 1MQRA 4DUXA 3W6MA 2PWGA 2J7FA 4PMNA 2OWCA 4KH2A 1BQCA 1UOKA 1E40A 1WNOA 3O9NA 1FH9A 2DT3A 3AJ7A 2NSXA 2WC3A 2VX4A 3W25A 1VJSA 3NJ3A 5A1AA 4GZJA 1MW0A 1UD3A 2X0YA 3AIUA 3VDCA 4V28A 2WWDA 4PMVA 4PMUA 2YKKA 4W5ZA 3M07A 1W3KA 3ZR6A 4CU7A 2VX6A 2JF6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UWR A;  4ZXL A;  1BYC A;  2FHB A;  1E6Z A;  1UQY A;  3W26 A;  3UR8 A;  2VT0 A;  2QPS A;  1WZM A;  2VX7 A;  2DIE A;  3WNK A;  2W62 A;  3CUJ A;  2NT0 A;  2Q8X A;  4WLC A;  3RM4 A;  4MTV A;  3L2M A;  3WQ4 A;  1G5A A;  2WZI A;  4AZC B;  3ZMR A;  1MW3 A;  1GOQ A;  1QW9 A;  3LPO A;  4TVD A;  5GNY A;  1OGB A;  4GI8 A;  3WEZ A;  1KXH A;  3ZSS A;  4ACY A;  1QNR A;  4MB1 A;  1H3G A;  2W67 A;  4RE3 A;  4JCL A;  4X0V A;  3RME A;  1MXD A;  1E0V A;  4W87 A;  2Y24 A;  4DWS C;  3RJY A;  1KGX A;  5DMY A;  2PWE A;  5I23 A;  4AZH A;  2J7D A;  2WVV A;  1E6Q M;  2DSK A;  3AZR A;  5I24 A;  1FFR A;  4X0N A;  4FLS A;  4MB3 A;  1QI4 A;  1SMD A;  2J7B A;  1M04 A;  4UFK A;  3WH5 A;  3CGT A;  1VEP A;  4C7D A;  2QPU A;  1GOK A;  2W91 A;  3VGH A;  3PZV A;  4PMY A;  2D2O A;  4QLL A;  2VRK A;  2CHN A;  2OYL A;  3WNM A;  1HNY A;  3MUA A;  5FD0 A;  1W32 A;  1XSI A;  1XH0 A;  4OOZ A;  4CD5 A;  3PZN A;  1EOM A;  4FMV A;  1VAH A;  1UR1 A;  1CGY A;  1UKQ A;  1H2J A;  1CTN A;  3W82 A;  2VUR A;  4D6I A;  1B3Y A;  1GUV A;  1TVN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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