1E70 | Genus

Total Genus 195

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	195
sequence length	499
structure length	499
Chain Sequence	EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQSFISP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	High Resolution X-Ray Crystallography Shows that Ascorbate is a Cofactor for Myrosinase and Substitutes for the Function of the Catalytic Base pubmed doi rcsb
molecule keywords	MYROSINASE MA1
molecule tags	Hydrolase
total genus	195
structure length	499
sequence length	499
ec nomenclature	ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date	2000-08-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
M	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1e70M00

2YLAA 4U2YA 5BRPA 1NWRA 1LLOA 3VMOA 1SFSA 4E4PA 1QNRA 2WMHA 1JFHA 4QCFA 1OCQA 2YIHA 4HMDA 5DFAA 1K9TA 2BHZA 2Y8VA 5D9NA 3AICA 4GINA 2WHJA 1B3YA 3WH9A 2WVVB 3GBDA 4LGXA 1UD2A 2BY1A 1EQCA 3VIMA 1ZBKA 1C91A 2W61A 4A4AA 2WHKA 4EANA 3BCDA 2W91A 3U5UA 3PZNA 1E4MM 1FFRA 2VCAA 3ZO9A 1TFVA 4ATDA 2OSWA 3VO0A 4LPCA 4AZCA 2FHCA 5E0CA 5JBFA 1ODZA 1UR9A 1BSIA 4XZWA 1K9EA 3CTTA 3WUEA 4W5UA 3WDRA 4GKLA 2QHAA 1OSEA 1V02A 3VNYA 4HZ7A 3N17A 1VJSA 4BQ3A 1US3A 3WD3A 1UWIA 1US2A 2X0YA 2CHOA 3W81A 1LG1A 3WF4A 4PUDA 1GOOA 1GHRA 1ZJAA 4L4OA 2GDVA 3O9NA 3OGSA 4H2CA 4PRWA 3W25A 2J7HA 3VD9A 5D8WA 3T0BA 3PZUA 4BQ2A 1JYXA 3W53A 4MB3A 3VIKA 3K4DA 1UR4A 4U33A 1JL8A 1JZ7A 2CHNA 1BG9A 4AZ7A 2AMGA 1E5JA 3AQUA 3QHOA 1EGZA 3A4AA 4AZ5A 1JZ5A 1NH6A 5BXSA 3N1AA 1MXDA 1UR0A 4AY1A 4GQRA 3AMDA 3BCFA 3UG4A 5DEZA 1IT0A 1FFQA 2G4FA 2E40A 1JYNA 4D6CA 3W29A 2C0HA 5GPRA 4B3LA 1UD8A 3N18A 2D22A 1KR1A 4NZCA 1HF6A 2CPUA 2CNCA 3GH5A 3IAPA 2BNJA 2GJXB 3SURA 4P7LA 4W84A 4AZHA 5LA2A 1EO7A 1H11A 5A6BA 3RPMA 4E8CA 2GK1A 3GH7A 4UOZA 1E56A 2J74A 2V5DA 3A4XA 2UY5A 3EDJA 4P7OA 3VU2A 1UR2A 2A3BA 1EDQA 3RO8A 1NWTA 2V5CA 1B3ZA 1BHGA 1HJSA 3WQVA 2FHFA 5EMYA 3WF3A 2ZXDA 1V0LA 1B1YA 3EBVA 2D3NA 3GDBA 4DWSC 4ZXLA 4ACZB 3S2CA 4Z2JA 1H4PA 3PBGA 3RJXA 1I1WA 4LXFA 1WP6A 4PTWA 2Q8XA 1Q6CA 3K1DA 5EFDA 3RMEA 4X0VA 1J01A 3EDKA 3BAWA 2DIJA 4TVUA 4Z2KA 3AMLA 4UQCA 1F4AA 2XIIA 2V38A 2UY4A 5FOOA 3UESA 4M81A 4CN1A 1WO2A 1V0NA 1UH4A 3BH4A 3FW6A 1KWKA 1H5VA 2W4XA 4PSRA 3AIWA 1NM9A 3II1A 2J78A 5BRQA 4OBRA 2EEXA 3BXWA 5LA0A 1HKJA 2WPGA 4JL1A 3ARVA 1V08A 1QNOA 3ZIZA 1HP5A 4HTYA 5A6LA 2VC9A 1JD7A 2DSUA 2WAGA 2DT0A 1UKTA 3AXIA 4GO9A 1XSKA 4AZBA 1J11A 3MSDA 3CUFA 1J9YA 1QHOA 3LPGA 3DECA 3GXIA 5EBAA 4F66A 4XV0A 5EB8A 2VUYA 4W8LA 4WSKA 1ZB5A 1LL6A 5A8OA 4UFIA 2ZWZA 3CHCA 1DTUA 5CGTA 1V3HA 2O9RA 2CKRA 4H8UA 2J7CA 3BLKA 4CN4A 4W5ZA 3WD0A 3WD2A 3UERA 1XH1A 4FLSA 1GJUA 3N12A 5IFPA 5CXPA 2O9TA 1UKPA 1J0KA 4Q7NA 5CPTA 4AEFA 2J62A 2VZUA 2ZUVA 3PN8A 1W9XA 1EHNA 2ZX6A 4CCDA 1BGAA 1MQRA 3IJ7A 1PZ3A 4GZIA 3OLIA 1HKMA 4J3VA 4GI6A 4AC1X 4RE4A 1QNSA 2WMIA 3ARRA 3ZM8A 4XUYA 1UWQA 1HJVA 3CO4A 1O7AA 5I6SA 3BAXA 4PMOA 4CD5A 3POCA 2W92A 4J28A 5E6ZA 1NP0A 4L4PA 2ZUTA 3EMQA 5FD0A 3AS1A 1H0GA 1GJWA 2IXUA 4OOUA 4UZUA 2OLHA 2E8ZA 4JZ5A 4MAZA 1V3MA 1EA9C 3CMJA 3VKKA 3NSXA 5DO8A 1LJYA 1JIBA 1B90A 4JHZA 4CGTA 4CN6A 1GVIA 1HJUA 1VFOA 2ESCA 2UY2A 4URIA 4HA3A 1UOKA 3RCNA 2OYLA 1PPIA 2WANA 1IZJA 5LA1A 1PIFA 4JCLA 4MB1A 5I2UA 4A3YA 3SCSA 2XFFA 3GH4A 4AD5A 1XD1A 2AOSA 4JFWA 2DSWA 1GOIA 1CDGA 2D3LA 2PBOA 4IPNB 3K46A 3VGHA 1WE5A 3MU7A 1LL7A 1L0PA 3TTSA 3QHNA 1XCWA 1V3IA 1X1NA 4P7NA 5JBEA 1YQ2A 4NRSA 4PTMA 3FAXA 4IISA 5E09A 5IXEA 2OYMA 1AMYA 4J3XA 4W87A 4P8VA 2EPLX 3WUGA 1JI1A 1UZ4A 3NIYA 4D72A 1OD8A 5HNNA 1DP0A 5DT5A 3CUHA 3WQ5A 4MNKA 3DYPA 1J0YA 1CNVA 3AOFA 1R8LA 3CMGA 3MMUA 1C3FA 8A3HA 2FHBA 4NI3A 3WH6A 4KGLA 3CHFA 3PTKA 2G3NA 3BMWA 2PWFA 3WQ4A 2WVVA 2XTKA 1EHAA 2PWHA 3PZMA 4N42A 5IFTA 4UQ9A 2E8YA 1UYQA 3F5KA 3L4ZA 1UKQA 3AJ7A 4S3KA 1W91A 4DWSA 4AD1A 5BCAA 4CVWA 4PUEA 3SUWA 2V3EA 3ZQ9A 1HKIA 1HXJA 1QI3A 4J3WA 2O9OA 7CGTA 3WELA 2D23A 2JEQA 5M3WA 1B30A 3K8LA 3UG3A 2BFGA 3T08A 5FCZA 1WB0A 3SEPA 2WVSA 1Q4NX 4BA0A 3WEZA 1W32A 1BVZA 3BSHA 4J27A 4UQDA 4EKJA 1KCLA 4U2ZA 3KL5A 3OIHA 4UOJA 1RP9A 3VDHA 2WCGA 4HZ6A 5I23A 4M24A 5A2CA 4U5IA 1HX0A 6TAAA 2IXVA 3WH5A 3SCQA 3W24A 1W3JA 4HPGA 1OBAA 5IDIA 4DM2A 1UKSA 3KEHA 4DM1A 5I0DA 3CPUA 2YL8A 4MPKA 4UR9A 1EQPA 3ZJ8A 1CXFA 4JHOA 4P7QA 3VDCA 2VX4A 2JF7A 3AIVA 3EDEA 5A8QA 2G8ZA 3FHQA 5GNXA 5CQ1A 5A8NA 2VI0A 3AHZA 5CSYA 1QI5A 1V03A 2WWCA 2G3JA 5A2BA 1KBKA 2EJ1A 3ZJKA 4ZXOA 2WXDM 2E3ZA 5I3DA 3VDBA 2YOCA 4JKLA 2OWCA 2ZX8A 4UOQA 2GJXA 4TTGA 3N9KA 2VNCA 3M7SA 2XFYA 2VVSA 4TXEA 4W86A 1E9LA 3WFZA 3HN3A 1KGUA 2VZTA 1WKYA 4IPLA 4OIFA 3ZJ7A 4QLJA 1C8QA 2FGLA 1CTNA 2CBVA 1JD9A 4PN2A 4GI9A 1CLXA 2J79A 1A47A 2EPNA 1EH9A 1PX4A 2Y5EA 3CZKA 3L4WA 1QHPA 2ZX7A 1PEZA 3ARWA 1XH2A 1ZS2A 3N11A 2VT0A 2XGIA 2BHUA 5JIPA 4QLLA 2VX5A 2F2HA 1CEOA 3WDJA 2J8FA 1E6XM 2WLZA 1ISYA 1OM0A 2MANA 3CHDA 3TTOA 4ZE5A 5ABHA 3ZR6A 1HP4A 5A6AA 4J3UA 5AY7A 1G94A 1E6SM 4AWEA 3WUFA 3CZGA 2VX7A 4P7RA 1JFXA 3SCUA 2BXZA 5LYRA 3M46A 3AXXA 5C71A 5I78A 4MAVA 1EOMA 2WK2A 2A3AA 2VJXA 3BC9A 4LYRA 1TE1A 3PHAA 3CLWA 1VF8A 5A1AA 1Y7VA 2WM0A 3OG2A 1ISXA 4AYSA 4PMXA 2W67A 3BMVA 2BHYA 2DT1A 3G6LA 2O9PA 2WNWA 4H7VA 2XGBA 4GXPA 4KWUA 1W1PA 3N04A 1VEPA 4C7DA 1JF5A 2YA1A 3F5JA 2DQXA 3AIBA 1J10A 1VIWA 3NDZA 4UCFA 2CESA 1B3XA 2PBGA 5IHSA 4W8AA 1CZ1A 3RIKA 1H1NA 4BZYA 3EDFA 4DUXA 1FHDA 4B9ZA 1GQLA 4UFLA 4V2XA 1TA3A 3GNRA 2E4TA 3U57A 3W6MA 1SMAA 4TVCA 5ABFB 5A6KA 4J7RA 1CWYA 4MB4A 1BGGA 4U3CA 2V3GA 2JIEA 4DUWA 7TAAA 4M82A 4F8XA 1TUXA 3NSMA 4U5KA 3SCPA 2BVDA 3SUVA 3GTNA 1E55A 3OLEA 2C7FA 4ATLA 7A3HA 1J0ZA 2DH3A 1D2KA 4DUVA 3MUY1 2GVYA 4HOWA 1CGTA 3K8MA 2WSKA 3NCOA 1QBAA 3TTQA 2VL4A 1BYDA 3EMCA 4ATWA 1KR0A 3IANA 1UR8A 4PTVA 1W1TA 2J8GA 1Q6FA 5C8BB 4PSPA 5JIWA 2IUZA 3NUKA 2CERA 1GOWA 4UFKA 1YHTA 4PCTA 2XYLA 4X0NA 2X1IA 1W9DM 1CGVA 3HJEA 3QGVA 1W1VA 1B9ZA 3VMPA 1KGXA 4PCSA 4QLKA 4HA4A 5GQBA 3B9EA 2AAAA 3T2PA 3UR8A 3RJYA 1ZBWA 4B3KA 3SCOA 2XHYA 5E9AA 5TD4A 1CXHA 3W6LA 4PMRA 1KQYA 1A3HA 2W62A 1EOKA 3WMBA 5I77A 1HJQA 3BAIA 3D3AA 4X9YA 4EAMA 1E3XA 1DEDA 3S6TA 4UZSA 1LWHA 2XVKA 3AYSA 5A94A 3M6DA 1XCXA 3WNKA 1XD0A 2WBKA 4PMZA 2YA0A 2Z1SA 2DSVA 2JF6A 3F5LA 2V3DA 4TX6A 3VIFA 4BQ4A 4D6IA 2NT1A 1EDTA 2CETA 4LQ1A 1GQJA 3FAWA 3QR3A 2W63A 2G3MA 4UNIA 1DWAM 3GNPA 1DHKA 1ECEA 3I3DA 4D6HA 4CUCA 2VQTA 2XJ7A 3UEQA 1JZ3A 4P8WA 5I5RA 5DF0A 4CVUA 1AQMA 1H2JA 1UWRA 1W9UA 1E1EA 2WWDA 1FA2A 1TR1A 2JFEX 3AIQA 2VO5A 1QI0A 2F61A 1E6ZA 1B2YA 4NF7A 1OIMA 4CD6A 2RGMA 3WNLA 4MJ2A 5HBFA 1ITXA 1J12A 1O6IA 3BAKA 1E1FA 2DT2A 1LG2A 3N15A 3EYPA 4GIAA 4D6FA 2EPMX 3AIRA 1XGZA 3MV11 1DWIM 1P6WA 3E1F1 1JZ2A 1CGUA 3AZTA 4ZEPA 3WNPA 2WMGA 2ZOXA 4M29A 1VBUA 4ZENA 3ARXA 9CGTA 1VAHA 2NT0A 2J7GA 4D6EA 5JUVA 1KFWA 1GZJA 2XUCA 4AW7A 3UG5A 2UWFA 4JFVA 4D6JA 1GOMA 1FP8A 3VTRA 5CGMA 3CZLA 1OGSA 1XSIA 4MTVA 4WK9A 5AYIA 2X09A 3VINA 1J18A 3W26A 4U31A 1ISZA 2VTFA 4QP0A 4CCEA 4D1IA 3KL3A 3MS8A 1UUQA 3VGDA 3WEMA 2XWDA 2FH8A 1UA3A 1MYRA 1PX8A 2YL9A 4F9JA 2OWWA 4TOQA 1I1XA 4BS0A 4YN5A 4WIWA 3W27A 5KZ6A 1QBBA 2TAAA 1PBGA 4OZOA 3VUPA 3GBEA 2VX6A 3L4TA 2YBTA 4AD3A 3PZ9A 3GZAA 1S46A 1U33A 1MW3A 4JL2A 5A6SA 1RP8A 2J25A 3PZVA 4B16A 4UQBA 3VVGA 2X05A 2XSBA 1JYWA 3ZT6A 3WSUA 3APGA 2DEPA 3SCWA 2J7BA 4D1JA 4M56A 5BXPA 4Y7EA 4D71A 3UR7A 1C8XA 1CPUA 5BXRA 5IHRA 3LPPA 1PJ9A 2Y2WA 3VIHA 1CGYA 4PMYA 1K6AA 4XX6A 1V3LA 3VDAA 3GNOA 3VNZA 3W28A 3PTQA 3KZSA 3FN9A 3KE0A 1BYCA 4JKMA 2XIBA 3SCTA 1B3VA 1GCYA 3EDDA 2EBNA 4WJXA 1G1YA 4NSBA 1J0IA 3WNNA 3RM9A 3CZJA 3PZOA 2GDUA 2QPSA 2D0HA 4W89A 3I3BA 2WVTA 4RL3A 1BYAA 3J7HA 3CHEA 4ML4A 2CEQA 3LPOA 1C90A 1WDRA 3GXFA 3QOMA 5E6YA 1V6VA 1DWGM 4FLQA 5D9PA 1EXPA 2G41A 1WNOA 1W9BM 4R5EA 1GW1A 1VJZA 2CKSA 1NOUA 2WYSA 1OB0A 2PWGA 1JDCA 1UH3A 1MW1A 3B8SA 2WMJA 3K8KA 1GVYA 4HU8A 4MDOA 1OINA 3I3EA 1Z32X 1I75A 4EE9A 4E8DA 3VOCA 1TZ7A 5D9OA 4EK7A 3BLPX 4JFTA 3TONA 4B15A 1CECA 4PTXA 4Z2IA 1VFFA 3CBWA 3CZEA 1R86A 1JZ8A 2VVNA 1M03A 2CIPA 1CBGA 1WZAA 2WCSA 2YL6A 4HZ8A 4TX8A 3LPFA 5A8PA 1V3JA 4J3TA 4W8BA 2WZIA 1UD5A 3W0KA 4M1RA 3FXYA 1TMQA 4P8XA 2YDSA 3EMZA 5HXMA 1DWJM 2OSXA 3IK2A 4B9YA 1CXEA 1GQIA 2QF8A 2ZE0A 1WAWA 2HISA 2VCCA 2VZOA 4HOXA 2BXYA 4PMUA 1JYVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1KGW A;  3ARS A;  5I79 A;  5AYB A;  4J3S A;  3AFB A;  1MFV A;  1NOW A;  3IJ8 A;  1QW9 A;  1FP9 A;  2EPK X;  4AEE A;  4MNJ A;  2CBJ A;  1W2P A;  3DHU A;  3NYD A;  1PX3 A;  2C8N A;  1W9P A;  3WQ8 A;  2XVP A;  4AD4 A;  3AMC A;  3WDQ A;  3ARY A;  3DYO A;  6CGT A;  1VB9 A;  4FLR A;  3OGV A;  1WZK A;  1JXK A;  3K4A A;  2CCR A;  5FIP A;  4WKH A;  1CIU A;  1GOQ A;  3WEO A;  1V6Y A;  1W2V A;  4GI8 A;  2EXO A;  4V28 A;  3T09 A;  1E6P A;  3MUA A;  3TA9 A;  1V0M A;  1UH2 A;  1CGX A;  3PZG A;  2GJR A;  1WZL A;  5BWF A;  1KCK A;  1UQZ A;  4AZG A;  3SUT A;  1E6N A;  5A6M A;  3WD4 A;  1Q6E A;  1VEN A;  5E0F A;  1E5N A;  4FF5 A;  5CLT A;  2WC7 A;  1E4L A;  2WVU A;  1VFU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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1E70M

Total Genus

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