1EDT | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	265
structure length	265
Chain Sequence	KQGPTSVAYVEVNNNSMLNVGKYTLADGGGNAFDVAVIFAANINYDTGTKTAYLHFNENVQRVLDNAVTQIRPLQQQGIKVLLSVLGNHQGAGFANFPSQQAASAFAKQLSDAVAKYGLDGVDFDDEYAEYGNNGTAQPNDSSFVHLVTALRANMPDKIISLYNIGPAASRLSYGGVDVSDKFDYAWNPYYGTWQVPGIALPKAQLSPAAVEIGRTSRSTVADLARRTVDEGYGVYLTYNLDGGDRTADVSAFTRELYGSEAVRT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H at 1.9 A resolution: active-site geometry and substrate recognition. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H, ENDO H
molecule tags	Hydrolase (glucosidase)
source organism	Streptomyces plicatus
total genus	88
structure length	265
sequence length	265
ec nomenclature	ec 3.2.1.96: Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase.
pdb deposition date	1995-03-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1edtA00

2GUYA 2ZWZA 3UR7A 2V3EA 1UOKA 4J27A 2C7FA 3WD2A 1UWIA 1BYAA 1TA3A 3MUY1 4LPCA 5FL1A 3MV01 4CGTA 2GDUA 4BF7A 4E4PA 4W93A 1CGVA 3VGGA 1PIGA 1J10A 3IJ8A 2XFRA 3F5LA 4M82A 2D24A 3WDQA 5AC5A 4KWUA 2J7HA 3ZSTA 4MB5A 4GQRA 1JAKA 2EO7A 2V5CA 3GTNA 1CNVA 1J18A 3WFZA 4FLRA 3W53A 1GQKA 4U3AA 5EFFA 4HA3A 1HX0A 3AHVA 4J7RA 3VOCA 1ISYA 3VIGA 1JZ8A 3F5JA 3W27A 1H0GA 3EDJA 1PBGA 1E70M 4NF7A 5BCAA 5M03A 5CPSA 2GVYA 2YIHA 4AD2A 3BAXA 5E6ZA 5JBFA 4GO9A 4XX6A 4TX6A 2X8RA 3HN3A 5KZ6A 1CGUA 3T09A 2W63A 2XVPA 4GZIA 2WANA 1EOMA 3WF0A 2PWEA 3MUZ1 5CLTA 1OM0A 3BCDA 5BXPA 4DUWA 2VX6A 2OSXA 3WSUA 4ATWA 3L4YA 2E9BA 5HPOA 3WH5A 2ZXDA 7A3HA 4EE9A 3B9EA 3OLDA 1QI0A 3PN8A 2V3DA 3ZJ7A 3N13A 1U30A 4D6EA 4JCMA 1K9EA 2VX4A 4MJ4A 1HNYA 2XVNA 1N82A 3W6MA 4LXFA 5ABGA 2E0PA 3DHUA 1RPKA 2J8GA 2BVDA 2WHMA 1W1PA 1E3XA 2Y8KA 2WVSA 4W85A 1E4IA 3SCRA 2E8ZA 4U2YA 2ZX7A 1G5AA 1KXHA 1UR2A 2C8NA 1W3HA 3PZNA 4ML4A 1QNSA 4PMYA 3VNZA 2VX5A 5A6MA 1W3LA 4XV0A 4U5IA 3IANA 5A6LA 3EBVA 1E6SM 4FLOA 3WNLA 1WZAA 1U33A 2XIBA 2QF8A 1W9PA 3VKKA 3VU2A 3CUHA 2EEXA 2CKRA 1C8QA 5CJ5A 1JZ6A 3DECA 1VBRA 2VZVA 1J0HA 4HMEA 2EPMX 4PMDA 4U5KA 2PBOA 2BHUA 1D2KA 1OBAA 2J79A 3AIWA 2GFTA 3LPGA 1JYVA 1MXDA 1PZ2A 1QPKA 1NQ6A 1UKOA 2O9RA 1WE5A 3KZSA 1F4AA 2J8FA 1UR8A 2BY0A 2A3BA 4PMNA 4GIAA 4EAMA 3VDHA 5CSUA 1UWTA 1JFHA 3NSNA 3GXIA 2ZUNA 2BHZA 1ESWA 4B9YA 1E5NA 1JXJA 1UD6A 5M17A 2B31A 3AISA 2ZE0A 1XCWA 4W7UA 4J28A 4J3XA 3THDA 1IT0A 1PX4A 1GQIA 2RGLA 1KQYA 1BG9A 3CBWA 2AAAA 3BLPX 3PZMA 2D22A 3WNPA 1TFVA 5DMYA 4D6HA 3AXXA 3E1F1 4M8UA 4LYQA 1UH2A 4CCCA 4RE3A 3AMDA 3BAYA 4OIFA 1EA9C 4ATDA 2DPEA 2Y24A 4PUEA 3WDHA 4AD5A 4W88A 3CTTA 4HZ8A 4AZIA 1WNOA 3WD1A 3MU7A 2E9MA 4Z2GA 3VMPA 3WL0A 5A8QA 3L4VA 4HPGA 1V6YA 2CYGA 3WFLA 2DEPA 1ZJAA 3KE0A 1ODZA 5CGMA 2XSAA 4DWSB 3WMCA 2BY2A 1J0KA 1MQPA 3WDRA 4J3WA 3SEPA 1HT6A 2VMFA 2FHCA 2ZUVA 1NOFA 3A3HA 1UWSA 4J3TA 1UD3A 1MW2A 3WD0A 3VIKA 2UY4A 1GOIA 5I5RA 4X0NA 4KGLA 4J3SA 3VIIA 4P7LA 1MXGA 3TA9A 2VVSA 1R87A 1E56A 1S46A 1X1NA 4TVCA 1GOMA 3QR3A 5F7UA 1AQMA 1V02E 1GOWA 1NWSA 2WMJA 1IZJA 3K46A 2WWDA 4ZE4A 2YA1A 1US2A 1JI2A 2W66A 3KL0A 3W24A 3NDZA 1UKSA 3L4TA 1NWTA 5JIWA 2D3NA 2WVTA 2IUZA 1PJ9A 3ARVA 3QOMA 1FOBA 4JFWA 1Y7VA 3TP4A 4UZUA 1QW9A 3CUFA 2NT0A 2CEQA 4JFSA 1RP8A 3WH8A 3OGVA 3AHZA 4JHZA 1D3CA 4QDMA 3VM7A 2J75A 1X6NA 2YA2A 1ZBVA 3VNYA 2WWCA 4WSJA 2VJXA 1KGUA 2J7DA 4PMZA 4H8VA 5EB8A 4M81A 1H41A 1B0IA 4GPNA 3IK2A 2CHOA 2WCAA 3PZUA 3HU7A 3IAQA 1J9YA 5HPCA 2ZUWA 4UQEA 2WC7A 1W1YA 1K9FA 5IXEA 3WEMA 5JBEA 1V02A 3EMZA 1E0WA 3LPFA 2ESCA 3ZR5A 3B8SA 1EGZA 1V3IA 3DC0A 1C92A 2CBUA 3K8MA 1DEDA 3MMWA 4PSPA 1IZKA 3ZT6A 1H11A 4HA4A 4ACYA 3CUJA 4MDPA 5BXTA 1B3YA 2VZUA 1C91A 4L4OA 1UD4A 3W26A 3ZR6A 1EDQA 3VIOA 3BLKA 2GK1A 2FHBA 3LMYA 3SCSA 3WMBA 3VVGA 4UQBA 4FLQA 3VGFA 3VMOA 4D6DA 5D9OA 2ZICA 3W81A 1MVYA 1E1EA 2HVMA 5D8WA 3WNOA 2VL4A 1QI2A 3ZOAA 4MNKA 5E70A 4AIEA 1PPIA 2EPOA 2X1IA 3ZJ6A 1R7AA 4W8BA 4PBGA 5EBAA 1W1TA 4JFTA 3SURA 2W62A 1ZBWA 1JNDA 3W4RA 4D6JA 1XH1A 4TOQA 3AXIA 1V3HA 4A3HA 2GDVA 4PMQA 2WBGA 4CVWA 4RL3A 3VIMA 1CXEA 2XG9A 4YN5A 3GBDA 5HNNA 3AHTA 2F2HA 1UQZA 1CXFA 4V27A 3EDEA 3BC9A 5DFAA 5M5DA 2V38A 5HXMA 4DM1A 2E40A 2GJXB 3U57A 1QHOA 3POHA 2JEPA 4CKQA 2DDXA 1F4HA 1QW8A 1W9XA 4MAVA 2DT3A 1PZ3A 3BSHA 3QHNA 3WY1A 4DM2A 4B3LA 2YL5A 3MANA 1EQCA 1FA2A 1E43A 3AS3A 4DUVA 1VJZA 4MPKA 4AYSA 1AVAA 1B2YA 4WKHA 1CGYA 3KL3A 3U7BA 3II1A 3MSDA 2VQTA 3WF3A 1YQ2A 2YDQA 4TX8A 3WEOA 1W9DM 2J7FA 2VX7A 4ZENA 3VO0A 1CWYA 1KCKA 3AQUA 1UKQA 5BROA 1MYRA 1C8XA 2XVGA 1QNQA 1LL6A 4QFUA 5JIPA 3ALGA 3DYMA 5C70A 1JD7A 2ZXBA 2XHYA 4Z2LA 4MNJA 2ZUMA 2WLZA 1PX3A 4YHEA 2WMFA 3AJ7A 4P8XA 4A4AA 3N15A 1ZS2A 1E0VA 1JIBA 3WH7A 2DIJA 3AHXA 1GJWA 2ZUTA 2WCSA 3W29A 2NT1A 4PTMA 1GOOA 4H2CA 5I24A 2VUYA 3WUFA 4QLLA 3NIYA 4CUCA 3MKKA 1VBUA 1KGXA 1Q6EA 5AYIA 1M7XA 4CD6A 2DT0A 5I0DA 4ZE5A 5HDRA 1GCYA 1W9VA 3UCQA 4JCLA 3T0AA 4CCDA 5ABHA 3ARQA 4MJ2A 2EXOA 1CGTA 5E09A 3ECQA 4KRUA 4DUXA 3KEHA 1CBGA 2CERA 4OKDA 3NSXA 1E6RA 1PEZA 3CZGA 1KGWA 1JYNA 1LG1A 3T0DA 4AD0A 2VCCA 4GO8A 4H8HA 3UG5A 5A8MA 5ABFB 3CZJA 3TOPA 2OWCA 3PZ9A 4ACZA 1PX8A 2MANA 1GPFA 3AXHA 4B3KA 4HOXA 1CXHA 5I6SA 1XD0A 1FFRA 1GVYA 3AZTA 2XM1A 4JZ5A 2PWGA 4N0RA 4CN1A 1O6IA 5CLWA 1HXJA 4GINA 3U5YA 1XV8A 2G3NA 4TTUA 4PMXA 3PZIA 3W38A 3SCPA 5C71A 4J3UA 1HKMA 1UA3A 4KH2A 3OBAA 3VIHA 2WM0A 1RD6A 4W8AA 2EPLX 1MW3A 4YHGA 4PTXA 3ARZA 4TUFA 3WNMA 3SCQA 4PMRA 2ZOXA 1KWKA 1V3LA 1VFUA 5D4YA 3L4ZA 3GH5A 3PZGA 1NP2A 3CH9A 1EXPA 5D8ZA 1LLOA 5GNXA 2WAGA 3PZQA 1CXKA 3ARTA 1UKPA 1CPUA 1UD8A 2XYLA 5I79A 2ZXAA 4MAZA 1ITCA 1Q4NX 1XD1A 3AIQA 4LYPA 2J78A 3VINA 1FHDA 2Y8VA 2GSJA 2DIEA 1DWGM 1WO2A 1JAEA 5DF0A 4F66A 1L8NA 4XZWA 2YA0A 1GVIA 2VZOA 3OZOA 3CZKA 3AZSA 1R85A 5A6KA 3CHCA 1UHVA 1JYXA 1E6NA 1NWUA 2G41A 5A2BA 4D72A 3NDYA 5BXRA 1YHTA 1V0NA 4F9JA 3GNRA 1EHAA 2CIPA 1FH9A 1I1XA 4S3KA 3ZJKA 3WBEA 4AY1A 2QHAA 1JXKA 3L4XA 4FF5A 4H41A 4W89A 1TA3B 4E8DA 4MB1A 1QBBA 2D3LA 1EO7A 4OZOA 4D71A 1HJSA 1QBAA 2Z1SA 1KXTA 1DP0A 4HMCA 4CVUA 2CETA 4ZXLA 5FD0A 2PB1A 1C90A 1K6AA 2DSUA 4B16A 3OLGA 4NRRA 1ZL1A 3NJ3A 3EYPA 4P7OA 2ZX5A 4BCEA 1LL7A 3AHYA 3W82A 4PCTA 1GJUA 2DH3A 1HF6A 3DYOA 3HJEA 2ZX9A 1R7OA 3CMGA 1RP9A 1GW1A 1UD5A 2JIWA 1QNPA 2XFYA 5A3HA 1DTUA 4UCFA 3FNDA 3MSGA 1QI3A 1W9UA 3N11A 3CMJA 2XFFA 4QCEA 3UETA 1TCMA 4NI3A 2ZX8A 2V5DA 4IPNB 5ECUA 3WF2A 3FXYA 4NRSA 1HJVA 1UH4A 1JZ4A 4OUEA 2JE8A 4MNMA 1E71M 3RM9A 2UY5A 2WXDM 1I1WA 1KXVA 1ITXA 4CU6A 5A69A 4UFIA 1CLXA 1P6WA 4GI9A 4D1JA 5M3WA 1VAHA 4R5EA 4UFHA 5CG0A 2BNJA 2JALA 1ECEA 2VNCA 4PEEA 4WKFA 3ARXA 3ZMRA 1HVQA 1C7SA 1NWRA 4UFMA 4OOUA 3WF4A 5LA0A 2O9TA 1ZJBA 1XRVA 4W8LA 1VEPA 1V6VA 3N18A 3SCWA 1FHLA 2VCAA 4JAWA 3AMCA 3T2OA 3GNPA 3VGEA 5EMYA 2OYMA 2YL9A 4P7QA 4AD1A 3APGA 4BQ4A 3WDIA 3IAPA 3BAWA 1HJQA 5D9NA 3VMNA 2QMJA 2OWXA 2PWHA 4CD5A 2GJPA 3CPUA 5D9PA 3WQVA 2A3HA 5A8OA 4OBRA 4CD8A 3SCVA 1KXQA 1E73M 2CITA 1WAWA 1ISXA 4HU0A 1V03A 1E0XA 3BH4A 5I2UA 2CCRA 2UWFA 3CZLA 1W91A 2ZUSA 2GJRA 3ZT5A 4AEFA 2E3ZA 3ARSA 4IUGA 3I3DA 3EDFA 4MADA 5E6YA 3WELA 1V6XA 4PMUA 5FKYA 1FP8A 2CBJA 5FOOA 3O2LA 3ARWA 4PMOA 1V08A 3BMVA 4N42A 2J7EA 3GXMA 3SCTA 2Y5EA 1HJUA 2VVNA 4P8UA 5DT7A 2Y4SA 3ZJ8A 4XUYA 3A4WA 4WSKA 1CEOA 2E4TA 4UQDA 4BQ3A 2DT1A 2A3EA 9CGTA 1DWFM 6CGTA 5A6AA 1OGBA 1UZ1A 2BY1A 4KMQA 2W67A 4PCSA 3KL5A 4PYSA 2WYSA 1K9DA 2EJ1A 2DSVA 1UWUA 3M6DA 1BVNP 1WZLA 4KGJA 3BAKA 3OGRA 3POCA 3UESA 2XJ7A 1ZB5A 1NOWA 3A4XA 1XSJA 1UUQA 3OA5A 4ZFMA 3N1AA 3WQ5A 1MWOA 1UR9A 4AIOA 3BAIA 2XWDA 3L4WA 3W28A 3VX1A 1NOUA 3CHFA 1B30A 2YBUA 2WMKA 5ABEA 2FDMA 2VC9A 4P7NA 2J25A 2WHKA 4QLKA 1FH8A 3RJXA 4XB3A 2BFGA 1MW1A 1OGSA 1TZ7A 2CXGA 3BCFA 2CBVA 4TVDA 3CZ8A 3RDKA 4QLJA 1BYDA 3T0BA 4UOQA 2VZSA 4RE4A 1ISWA 3K8LA 5E9AA 5GNZA 1OD0A 2QMKA 1WKYA 4L4PA 4D6FA 1NM9A 4D6CA 1HIZA 4TXEA 3AIUA 5LA2A 4M24A 1BG4A 3B9AA 2W5FA 4UFJA 5FCZA 1CENA 2YKKA 2WMIA 4H04A 1JZ3A 3OLIA 3OB8A 2XVKA 3NUKA 4CN4A 4UOZA 2WVVA 3CZEA 1PIFA 1BGGA 3ZSSA 2G3IA 3GH4A 3G6MA 2YDSA 1JDDA 4AZCA 6TAAA 2WHJA 3N9KA 4UTFA 2X05A 2XUCA 1I75A 2CKSA 3WN6A 2DSKA 2WKGA 2OWWA 4CN6A 2VOTA 3RPMA 4AZ7A 1JD9A 3RJYA 1BHGA 1XHGA 3ARYA 3RILA 4W7WA 3FHAA 3DYPA 4QAWA 3SCOA 1BVZA 1KB3A 1XC6A 1W2PA 3AIEA 1US3A 3S2CA 4AZ5A 1C93A 1LJYA 1X6LA 3UG4A 1QNOA 2GK1B 1G1YA 1LWJA 3WUBA 5A1AA 5A6JA 1TG7A 5LA1A 1XGZA 3VD9A 3A6OA 2FHFA 1JL8A 1O7AA 2CHNA 1TR1A 2XIIA 1GZJA 1V3JA 2W61A 3TTSA 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2VZTA 4UZSA 2QLYA 1NH6A 4FK9A 4OBSA 1JZ2A 1Q6DA 1Q6FA 3ARRA 1E5JA 2A3CA 1EHNA 4IISA 4PRWA 1OGGA 3CHDA 3AMGA 3GYCA 1VJSA 1BF2A 1U2YA 8CGTA 1HJXA 1HL8A 3PTMA 3SIMA 2DQXA 1EO5A 1JF5A 1V0KA 5GNYA 4ACZB 1SFSA 1XH2A 4GZJA 3BXWA 4W5UA 2ZWYA 1EDGA 1OB0A 1DWHM 1G94A 1KR0A 1CGWA 1A47A 1UG6A 5A6BA 3WKZA 3VM5A 3K4DA 2XWEA 4AXNA 5I78A 2WHLA 5A6BD 4UQAA 3A47A 3W25A 2UY2A 2Y2WA 1NARA 1WDSA 1LF1A 4AZ6A 2DSWA 3M07A 3T08A 1BQCA 2WVUA 8A3HA 3ZQ9A 4QCFA 1CTNA 3VD7A 3WD3A 2AOSA 1M03A 1WCGA 1L0PA 2VRJA 2XGBA 4UQCA 4U3CA 2XTKA 1EOKA 1HKJA 1OT2A 3MS8A 2FH8A 3VILA 2EPNA 2DT2A 1GHRA 2DH2A 2BXYA 4Q7NA 1OWQA 3N04A 3SUSA 4J3VA 1VEOA 3VD5A 2EPKX 2D23A 1OSEA 2O92A 3UR8A 2XSBA 3LPOA 2QPSA 1LQ0A 2G3MA 2OYLA 1J0JA 3F5KA 3WNNA 3AS0A 5HBFA 1KQZA 1MW0A 3AMKA 2UY3A 4U33A 1PAMA 4H7VA 1H2JA 2J7CA 1CIUA 1HVXA 2JIEA 1CECA 1BSIA 3WQ6A 3AIBA 7CGTA 3BSGA 4PN2A 5A8PA 4U2ZA 4HU8A 1E9LA 1E6XM 1FH7A 1WDQA 4HMDA 1H49A 3VD4A 1WDPA 4GQQA 1G01A 1B9ZA 1EIBA 2WNWA 1M01A 5IFTA 5CGTA 1VB9A 3FN9A 5JUVA 3I3BA 4M80A 2EQDA 3BGAA 1J01A 3ARPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1EDTA

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Chord Diagram

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