1EDT | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	265
structure length	265
Chain Sequence	KQGPTSVAYVEVNNNSMLNVGKYTLADGGGNAFDVAVIFAANINYDTGTKTAYLHFNENVQRVLDNAVTQIRPLQQQGIKVLLSVLGNHQGAGFANFPSQQAASAFAKQLSDAVAKYGLDGVDFDDEYAEYGNNGTAQPNDSSFVHLVTALRANMPDKIISLYNIGPAASRLSYGGVDVSDKFDYAWNPYYGTWQVPGIALPKAQLSPAAVEIGRTSRSTVADLARRTVDEGYGVYLTYNLDGGDRTADVSAFTRELYGSEAVRT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H at 1.9 A resolution: active-site geometry and substrate recognition. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H, ENDO H
molecule tags	Hydrolase (glucosidase)
source organism	Streptomyces plicatus
total genus	88
structure length	265
sequence length	265
ec nomenclature	ec 3.2.1.96: Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase.
pdb deposition date	1995-03-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1edtA00

3WD1A 1LQ0A 2B31A 4A3YA 2VX5A 1GNXA 2OYMA 3VU2A 2WHLA 2WM0A 2DSKA 2QHAA 2V5DA 2QV4A 2VT0A 5D8WA 3D3AA 1VIWA 1V0LA 3GBDA 3PTMA 4DM2A 3GH7A 2O9RA 5I23A 1CZ1A 4PTWA 3AS1A 1FH8A 1OGSA 2OSXA 1C7TA 1WZKA 4AD0A 3HU7A 3THDA 4CVUA 1EOKA 1BFNA 1UHVA 4LX4A 1XHGA 2WKLA 3SCNA 2DT1A 3ZJKA 2J47A 4AZHA 3VGFA 1UQYA 3A47A 2IXUA 2YLLA 5IDIA 1DWHM 3EMQA 1CEOA 3CHCA 1UR9A 5IFTA 1HKMA 4H41A 1JYXA 3ZIZA 3VPLA 3WIJA 4E4PA 4AZ5A 1HJVA 2VX4A 3POHA 1MXGA 2XVPA 2QPUA 3B9EA 1KXTA 1KCKA 1J0YA 3RM4A 2DSUA 5KZ6A 4P7LA 4YN5A 3UCQA 2WBGA 3GZAA 2GK1B 4WKHA 2EEXA 3VINA 4FLOA 1UH2A 2YBTA 2CYGA 4MAVA 1JAEA 1OIMA 2PI6A 3ARSA 1B9ZA 4KH2A 3CHFA 2C0HA 1V6WA 3ARVA 3BAKA 1JAKA 1XH2A 3VX0A 3J7HA 2WC4A 2WVVB 1MVYA 2YA2A 4KMQA 1E70M 1B31A 4D1JA 1CGVA 3WH6A 2FGLA 3GBEA 4PTXA 2BNJA 3SUVA 1JI1A 4GPNA 3CUJA 1Z32X 3WNKA 1VFOA 1UR8A 5EMYA 3CMJA 3L4UA 4PUEA 1W3HA 5HPCA 3A3HA 1E4IA 2VCCA 2PWHA 3HMCA 2ZXDA 5A95A 3IJ9A 5A1AA 5A2AA 3FAWA 4EK7A 3MSDA 4QLJA 1UOKA 4ZENA 1GOKA 4BS0A 2WMFA 4U3CA 1E5NA 2HVMA 4IM4A 3T08A 1B90A 2PBOA 3N15A 4AZGA 4AIEA 1HIZA 1XCWA 3MS8A 2Y4SA 3ARWA 4OZOA 4V27A 3PHAA 3VMOA 3AYRA 3B9DA 3CZEA 3VGBA 4P8XA 1JZ5A 2XFYA 4H8VA 2RGLA 1EDQA 3PZUA 1MQPA 3TTOA 2TAAA 3MUZ1 1A3HA 4X0VA 3N12A 3CGTA 1LJYA 1SR0A 4AZCA 1KGXA 5D4YA 1BYAA 3IK2A 1WO2A 1KGWA 1CENA 1B30A 1ODUA 1YHTA 1JNDA 1ZJBA 4CU6A 2UY4A 3WDIA 1H49A 4BF7A 2BV9A 4UQCA 2YDQA 2D20A 2X0YA 2Y2WA 3ARQA 4AW7A 3BAYA 1HN1A 1VFFA 3ZQ9A 3F5KA 5DT7A 1EOMA 4GO8A 1E6QM 3WDQA 4GINA 2JIEA 2J4GA 2WAGA 3OLDA 1MW0A 4XX6A 1ECEA 1V0NA 3N13A 1FH7A 5DMYA 3WUFA 1FP8A 3N18A 1KR0A 1B3XA 5HDRA 3W29A 4CKQA 2E9LA 4M29A 4TXEA 1R7OA 4HA3A 3WUEA 5CLWA 3UG5A 2XWDA 2XPKA 3M7SA 4P8UA 4DM1A 5AC5A 1K9TA 2DGAA 4HOXA 1KBBA 1MQQA 1HVQA 5A6KA 1ISYA 3AIWA 3MMWA 3W25A 1LLOA 3FAXA 3MUIA 2ZE0A 4JFWA 2GVYA 3W27A 3SUUA 2RGMA 1E3ZA 3VIJA 4MNJA 3GXFA 2UY2A 2J77A 3ALFA 3VIOA 3WBEA 1J0IA 3UETA 1ESWA 3W0KA 2NT1A 4DWSA 2VX6A 1KWKA 3N1AA 2ESCA 3EDJA 3QGVA 3QOKA 2YDSA 3ZMRA 1E4NA 4HU0A 3A4WA 1XH0A 1K9EA 2BVDA 2J78A 9CGTA 2VNCA 2DEPA 2FHCA 3SCQA 1C8QA 1C93A 5C70A 2WC3A 4ATWA 1IZKA 1TMQA 1RD6A 2X1IA 4UNIA 4M8UA 3FXYA 1WDRA 4KWUA 4PMZA 3CUGA 4D6JA 1OWQA 3ARYA 3GTNA 1KCLA 1US3A 1CDGA 4QLLA 1D7FA 5AC4A 3ZO9A 2VR5A 1BYCA 3NIYA 3WDJA 3WF4A 5CGTA 2WHMA 1KBKA 3T2PA 4CD8A 2ZXAA 4FLQA 3ZT6A 4OBRA 3PN8A 2Y8VA 1NOUA 1QNQA 1KXVA 4W5ZA 3M07A 3TA9A 1CBGA 4QDMA 3M46A 3CH9A 1YQ2A 1W2VA 5BXTA 3D5HA 5LA0A 5E9AA 2WLZA 1B0IA 4U33A 4A3HA 1W1VA 4CN6A 1OBAA 4KRTA 1EQPA 4M82A 3VGEA 3CZLA 2Y24A 4W84A 8A3HA 3ZT7A 4B15A 1UQZA 1DWFM 3QHOA 3GH4A 3EDEA 4FLRA 2PWEA 4NZCA 1CXIA 1OT2A 1UKSA 1CXHA 1CPUA 1WNOA 4U3AA 3FY1A 1WPCA 2PF0A 2VRQA 3RPMA 3FNDA 3BH4A 4WLCA 4B3KA 2W62A 4OOZA 3PZMA 4AIOA 2BVYA 1QHOA 5DF0A 2W66A 4N0RA 5FKYA 3WKZA 4HOZA 1LWHA 4PUDA 2XYLA 3WNNA 4CN1A 5IHSA 2Q8XA 2XSBA 1MYRA 3EMCA 4GQQA 3SCWA 1PIGA 3VIFA 1XC6A 1MW2A 3VIPA 3BXWA 4AY1A 3BLPX 4JCLA 3WN6A 4H04A 1GOIA 2A3CA 3AZSA 1V0MA 4BQ3A 4NI3A 3AIUA 1CGYA 2C8NA 2VX7A 4AD2A 1CXFA 1KXQA 1QPKA 4UOQA 4M80A 1V6YA 2Y5EA 1UZ4A 1QI5A 4W5UA 2WWDA 3TTQA 1XSIA 3IAQA 1KR1A 3F5JA 2FDMA 3KEHA 2E3ZA 1KFWA 2CIPA 5CG0A 5CQ1A 4CGTA 1BG4A 2ZX6A 3OZPA 3BAJA 1VJZA 4E8DA 4AWEA 2OSWA 2YOCA 5ABFB 1BYDA 3WDPP 2DPEA 1ZBKA 2XVKA 1SYTA 4JAWA 1E1EA 2WHJA 1UZ1A 2CETA 2W91A 4J3UA 4BA0A 1ZBWA 4UOJA 1ITCA 4HA1A 4W87A 5A6BA 4AZ6A 1UD3A 3GXIA 4RE3A 1GVIA 3IJ8A 4WJXA 4WK9A 3BMWA 1JZ6A 2G3MA 1W91A 4CUCA 1BYBA 2ZUVA 4PSPA 3SURA 4MB4A 1QHPA 1ISXA 2Z1KA 4UQDA 1BTCA 4CVWA 3OB8A 3WELA 3SCUA 2DSZA 3VD3A 3AMDA 2CITA 3OLIA 2ZWYA 5M03A 3W4RA 1R87A 1W3KA 1I1XA 1HL8A 2JEPA 3SCPA 1E43A 2BY2A 3VMNA 1PX3A 4XB3A 1DEDA 1O7AA 1GOOA 2BXYA 5M5DA 4UFKA 5GNXA 4H8UA 4PMQA 3ARUA 3UERA 3L2MA 4JL1A 4UZSA 4U2ZA 1Q6EA 2E40A 4ZE5A 3A4AA 1QBBA 3DECA 2YJQA 4YHEA 1JD9A 1VEMA 2XFFA 3GNPA 5KEZA 1MW1A 1CGXA 4U5IA 1W9BM 4PYSA 2WYSA 3W38A 3WSUA 1KB3A 3B9AA 3AHTA 3BSGA 1NH6A 1M04A 3MANA 2PWFA 2CBVA 3BLKA 1GJWA 1UWRA 1CWYA 3PBGA 1BHGA 2G3JA 1EDTA 3VIMA 4HP5A 3PZTA 2ZX7A 1AQHA 4JL2A 3ZR5A 4TX8A 5I79A 2MANA 4H7VA 4EANA 2VL4A 1FFRA 4C7DA 2BVTA 2GJXA 3VIHA 3MUAA 1BVZA 3IJ7A 2X0HA 1AMYA 2ZX8A 5I24A 2JF7A 5DT5A 4J27A 4QAWA 3MUY1 5FL0A 3UESA 4D1IA 1C91A 3BAWA 3I3BA 3RM8A 2J7HA 1EH9A 4P7OA 3I3EA 3MV01 2X05A 3WDHA 4JKLA 4HTYA 4W86A 4HPGA 4DUVA 2WWCA 4PBGA 5A8MA 3NSNA 2VZSA 1HVXA 5A6SA 3ZJ7A 1VRXA 2DT0A 5EB8A 3L4VA 3AI0A 4F79A 1E3XA 2XIBA 3MU7A 3WQVA 4PMYA 1G0CA 3AZTA 2WMJA 1ODZA 2ZUTA 4M56A 4HZ8A 1F4AA 4W93A 4GZEA 1H41A 4J3SA 1JDCA 4PTMA 4Z2KA 1WZLA 1HT6A 4ATLA 1PPIA 1UKOA 4ZE4A 1E15A 1U2YA 4OJYA 4AEFA 2IXVA 3RJXA 3KL0A 2GJPA 3VX1A 3PZIA 1QI3A 2XUCA 4KRUA 3VDBA 4K68A 4J3VA 5DO8A 4CN4A 5IXEA 4AMCA 1CECA 3NYDA 2BY1A 1W1TA 3CLWA 3AXHA 5HOSA 2J62A 4YPJA 3N04A 4P8VA 1MWOA 2BY0A 1E4LA 3W37A 2ZWZA 4BQ5A 3VD7A 1E6PA 1UH3A 1R86A 1D3CA 5ABHA 1XV8A 3VDAA 3OZOA 4IUGA 2WCSA 1HXJA 3ARRA 1WAWA 2C7FA 4DWSD 4AC1X 2CCRA 4GO9A 5I78A 2J7CA 2UY3A 4DUWA 2YIHA 3VD5A 3WNLA 3VILA 1JF5A 4AD1A 1MFUA 1K6AA 2WLYA 2A3BA 5CLTA 1JIBA 1W3LA 1H09A 1L0PA 1P6WA 1VAHA 1UD5A 2W61A 1KQYA 2WANA 2EPMX 4H8HA 5ABFA 4UOZA 5I77A 5D9NA 3N17A 4AISA 3OBAA 3AS3A 3G6LA 4KGLA 1TA3B 1TVPA 3AMLA 4LYRA 5GPRA 1QOXA 1BF2A 3AICA 3GXMA 3W24A 1R7AA 2YLAA 4JKKA 1V03A 2WMIA 4MB5A 2XM1A 1U30A 1TVNA 7TAAA 7CGTA 1ZBCA 4W8AA 3DHPA 1PZ2A 1AQ0A 3APGA 2QMJA 4W7VA 4NRRA 3TONA 1VBRA 2YL8A 2VCAA 3U57A 1V02E 4OKDA 4EKJA 1J0HA 2WMKA 1CGWA 4B3LA 2BHUA 3VUPA 3UEQA 4UTFA 4R5EA 1OCQA 1MXDA 1XD1A 4QP0A 1J10A 4TVCA 2EXOA 2O9TA 4HZ6A 1OD0A 1GQJA 1JF6A 1CNVA 2PB1A 3VD4A 4LYPA 1CGTA 5CPSA 4QFUA 1QI0A 2DDXA 4AD4A 4J28A 1Y7VA 2ZUSA 5BXSA 4JZ5A 1J01A 4ZFMA 3S2CA 1IV8A 4PCSA 1ISVA 4Z2JA 1JYNA 5A2BA 1H4PA 4WIWA 1I75A 3RCNA 3ZJ6A 1BVNP 2YA1A 3BMVA 5JBDA 3A4XA 3TP4A 3VIIA 2VCBA 5A6AA 3BCFA 2GUYA 3VGDA 2NSXA 4TVDA 1KQZA 2ZOXA 4UR9A 1GCYA 1XCXA 3K8KA 4CD4A 3VM5A 1V3LA 1FOBA 2OWXA 2AOSA 1WCGA 3AQUA 2AMGA 2EJ1A 3OG2A 2A3HA 3WY1A 3AZRA 1E9LA 4JCMA 1QBAA 1EDGA 2XHYA 2ZUMA 1NWUA 1UKTA 3THCA 4TX6A 2XGBA 3CHDA 4LGXA 4FF5A 1R85A 3K8LA 5BROA 1UWIA 3GYCA 3OGRA 2WW5A 1C3FA 1W1YA 2D22A 1NP0A 5A6MA 2YBUA 4GIAA 5A6BD 5D9OA 3II1A 3L4YA 4UFJA 1GJUA 3AXXA 2WBKA 1JZ8A 3N11A 4OUEA 1Q6FA 4U5KA 1H0GA 4Z2HA 1DWJM 2BFGA 3WQ6A 2ZIDA 1H1NA 1E6SM 5A3HA 1V6VA 2GK1A 2VTFA 4U2YA 3ARPA 5HPOA 1CIUA 3L4XA 1TCMA 1N82A 1X6NA 3AHZA 2YA0A 3ARTA 4MNMA 3RILA 5HXMA 4MAZA 4Q22A 3SUWA 5LYRA 3AXIA 2CBJA 2WVVA 4W7WA 1VJSA 3O6AA 5ECUA 2VRJA 1V02A 4D6EA 2J79A 1JYVA 4MJ2A 1U33A 4E2OA 2F2HA 5A8PA 3I3DA 4W8BA 4DWSC 1UWTA 1KGUA 3T0BA 3AS2A 2XVNA 4GI8A 5EFDA 5D9PA 1NWTA 5JBEA 1UR2A 3T09A 1CXKA 4QCFA 4PEEA 5M3WA 1B3WA 4TOQA 1DTUA 2J7FA 1X6LA 5A8OA 1WKYA 3VNYA 1OSEA 4UCFA 2UY5A 1VEPA 5CJ5A 1HJSA 2GDVA 4JHZA 4CD5A 5HNNA 5LA1A 3WD0A 3BCDA 3WUGA 3ZSTA 3WMCA 3T0AA 4FMVA 2CERA 4CCEA 4HU8A 4PMXA 2JIWA 4YHGA 1FA2A 5D9MA 2VVNA 5ABGA 3WF2A 2J25A 4N42A 3ZR6A 4GI6A 3FN9A 1HP5A 2OWCA 4MJ4A 3W28A 1OGGA 3MSGA 2VZUA 3W82A 3NJ3A 4P7QA 3VIKA 1GPFA 1M01A 1K9FA 6CGTA 2PC8A 1UWSA 3WQ4A 4D6GA 1WZMA 4CCCA 5EFFA 3AIRA 5FL1A 1A47A 1QHZA 2J7BA 1E73M 2W4XA 3IAPA 1E0WA 2IUZA 3CTTA 1GHSA 4WKFA 3QHMA 4IPLA 3WL0A 1LF1A 5BXPA 4PMRA 4ZEPA 1J9YA 1JZ2A 1HL9A 1XH1A 2O92A 3CUFA 5A69A 1W9UA 1KWGA 3HN3A 3VKKA 3M6DA 2VC9A 1LWJA 1JL8A 2ZXBA 4Q7NA 3L4WA 2E8ZA 1UYQA 1W32A 1F4HA 3T2QA 2VURA 3CUIA 1QNRA 2D23A 5A6JA 2WCAA 4M1RA 3EBVA 3B8SA 1E6NA 4WF7A 5CPTA 2D3LA 1G1YA 1FHDA 2VO5A 2QMKA 3AIVA 2W92A 4LXFA 1UKPA 3KZSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1EDTA

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Chord Diagram

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