1EDTA

Crystal structure of endo-beta-n-acetylglucosaminidase h at 1.9 angstroms resolution: active site geometry and substrate recognition
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
265
structure length
265
Chain Sequence
KQGPTSVAYVEVNNNSMLNVGKYTLADGGGNAFDVAVIFAANINYDTGTKTAYLHFNENVQRVLDNAVTQIRPLQQQGIKVLLSVLGNHQGAGFANFPSQQAASAFAKQLSDAVAKYGLDGVDFDDEYAEYGNNGTAQPNDSSFVHLVTALRANMPDKIISLYNIGPAASRLSYGGVDVSDKFDYAWNPYYGTWQVPGIALPKAQLSPAAVEIGRTSRSTVADLARRTVDEGYGVYLTYNLDGGDRTADVSAFTRELYGSEAVRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H at 1.9 A resolution: active-site geometry and substrate recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H, ENDO H
molecule tags Hydrolase (glucosidase)
source organism Streptomyces plicatus
total genus 88
structure length 265
sequence length 265
ec nomenclature ec 3.2.1.96: Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase.
pdb deposition date 1995-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1edtA00
4EKJA 2J75A 1UH2A 1MW3A 4JKKA 3TP4A 5EB8A 3WDQA 2YDQA 3TTYA 5BXPA 2FH6A 2PWDA 5C70A 2J4GA 5FD0A 1JZ3A 1EXPA 2QLYA 1R85A 2WVVA 4MAZA 2GJRA 1CECA 1JYNA 3LPPA 1PAMA 3FHAA 1J0ZA 1E0XA 1GQJA 1LLOA 1UWQA 4X0VA 3VGGA 3VIGA 1BQCA 1LL7A 2E9BA 3WEZA 1UR1A 2WMIA 3AISA 2E40A 3WF2A 3I3EA 4WK9A 1W9BM 2Q8XA 1QNSA 4DUWA 5I2UA 2WHJA 3CHDA 3VGDA 3L4YA 2NT0A 2G8ZA 2J7GA 5A69A 1H5VA 2Y24A 1K9DA 3VIHA 1ZBVA 1G5AA 4RL3A 4W5UA 2D3NA 3MS8A 4JFTA 5M17A 1MW2A 3OGVA 4Y7EA 3T0DA 5DMYA 5A1AA 4P8XA 2W92A 3WNOA 4FMVA 3KL3A 1ZJAA 5BRQA 4GI6A 2C0HA 1OM0A 3AS1A 4OUEA 1R7OA 4CN6A 4YHEA 5E6ZA 2DSZA 3AHZA 1QW8A 3BMWA 3FN9A 3EDDA 1KQYA 3CO4A 1UKSA 1XD0A 1QI2A 4U2YA 1CXLA 5BCAA 1CEOA 4J3WA 3W0KA 2UY5A 3APGA 2JEQA 1KB3A 1JNDA 1C92A 3IJ7A 4Z2JA 1GNXA 3UG5A 2XFFA 1B2YA 1GOWA 3AS0A 5BYWA 5HNNA 3VD9A 3OLEA 4RE3A 3PZNA 3WSUA 1TR1A 5A6SA 3WMCA 2E4TA 2VX7A 1JL8A 4PMYA 3TONA 2W91A 3PZOA 5BXRA 3W81A 3BGAA 4W7WA 3WN6A 1O6IA 2DPEA 4UOZA 1BSIA 1R7AA 1W1TA 1K6AA 3DYOA 2D23A 1JZ7A 2F61A 1NH6A 3FY1A 4QCEA 1UQYA 4MNMA 1QI5A 3SCPA 4AZHA 4MB5A 1QI4A 3BAWA 2CKSA 4ZXOA 2ZOXA 3AHXA 3AS2A 1C93A 5AYBA 2VCAA 3MSDA 2J78A 4AZBA 2YIHA 4ZEPA 1DWAM 1LF1A 3K4AA 2X1IA 3N04A 2CBUA 2JIWA 1JXKA 2J8GA 3THDA 2XG9A 1DWGM 5M03A 2XUCA 2ZUSA 1ODUA 3SUVA 5CLTA 1QHZA 2JIEA 2ZXQA 3WNPA 4BQ2A 1FH9A 3EYPA 4KRUA 2BXZA 1WDSA 2YBTA 1UKTA 4UFIA 3VVGA 1EDGA 2OSWA 1VJZA 1UZ4A 5BWFA 2DDXA 3ARRA 4AEFA 1OCQA 4MNKA 2VX5A 3BCFA 2J7HA 3VDCA 2BS9A 3AZRA 4OOZA 3VILA 4UFKA 3ARWA 5A6BA 4QLKA 1ZB5A 4D1JA 3SCTA 5E0CA 1JAKA 4PMXA 1W3JA 1SMAA 1S46A 2CETA 2XVKA 3AZSA 3M6DA 1PJ9A 3KEHA 4U5KA 3WF1A 2YLLA 1DWFM 3GH4A 3SCRA 1V02E 2RGMA 3A4XA 1NARA 1K9FA 1VEOA 3K8LA 2VRQA 3ZT6A 3U57A 1KGWA 5BRPA 1EO5A 1BYAA 1OSEA 2V3GA 4B3LA 3BXWA 2QMJA 4A4AA 5A6BD 1GONA 1V03A 5ABFA 1M7XA 3GNRA 2XVLA 4NI3A 4PTWA 1J0IA 4JL1A 2E8YA 4ZE5A 3WEMA 2C7FA 1ZU8A 1HXJA 2UWFA 4ML4A 3SCSA 4MNJA 3TOPA 2VR4A 1WB0A 1G1YA 3ARTA 1ZJBA 4GI9A 2W67A 4XX6A 4CD6A 2V38A 3GBEA 4MJ2A 4MB3A 1ZBCA 2J47A 5IXEA 5GNZA 3WDRA 3ARZA 3WD0A 1ITXA 3ARXA 3RDKA 4UQAA 2AMGA 5CSUA 1PEZA 1NP0A 2WAGA 1B31A 3MO4A 3UEQA 4PMQA 3UG4A 2Y5EA 2OYKA 1WE5A 4PTXA 2BFGA 3CUHA 1XCWA 2BNJA 5ABFB 4PBGA 2VCBA 4NZCA 1MXDA 3W6LA 4CVWA 5I3DA 5I77A 1CYGA 1GOMA 2CCRA 5A6JA 2VTFA 3EBVA 4GZIA 4HU0A 3VGEA 1J0JA 3VNZA 1F4AA 3F5JA 1JD9A 2WCSA 3WNKA 2ESCA 2BVTA 3A4WA 2VZOA 4MDOA 3K1DA 2X09A 1CGYA 3W38A 3L4TA 1SFSA 3WL1A 3WD4A 3ZOAA 3DHPA 1B1YA 4C7DA 2VJXA 1C90A 3EDFA 2VR5A 5A94A 1RH9A 1TMQA 2WXDM 3WQWA 3WF3A 4HPHA 1DEDA 3W24A 4XB3A 1MW1A 1J9YA 2Z1SA 1PPIA 2VC9A 3MSGA 2J7DA 2ZUWA 3PHAA 2DT1A 3L4UA 5E9AA 4QDMA 4GQQA 4L4OA 3WFZA 1W1YA 1C8QA 3ZSSA 1X6NA 3NDZA 1IZJA 1H11A 3SCOA 1TFVA 1AQMA 4EAMA 1LJYA 3CMJA 1A47A 1UR0A 3POHA 4IM4A 5DFAA 3T2QA 1TE1A 3NSMA 1E4MM 3N1AA 2YJQA 3L4ZA 3LPFA 1UWTA 1MYRA 2WZHA 2AAAA 3SCVA 1GJWA 5CGMA 1X6LA 3T0BA 1GUVA 5ABHA 3SUSA 3AOFA 2ZX8A 2X2YA 1HVXA 3B9EA 5CSYA 2PC8A 1GQKA 3GNOA 1I1WA 4W89A 4OOUA 1NOUA 2XYLA 2OYLA 2CESA 5E09A 2FGZA 4JCLA 1CGVA 1KXVA 4D6EA 1L0PA 2CBJA 4P7NA 1UD6A 3MUY1 3ARPA 2VOTA 2BY3A 2JE8A 5A2AA 3GBDA 1Q6CA 2VZSA 2WKGA 2FHBA 2WMHA 3AHVA 4BQ3A 2EJ1A 3NSXA 3RPMA 2MANA 3WF0A 1XHGA 1LG1A 1MXGA 2BY0A 3FNDA 3VU2A 4QFUA 4CGTA 2Y8VA 5A6MA 3RMEA 4MJ4A 4D6CA 3RO8A 1BF2A 1C7TA 4J3XA 1L8NA 1E1FA 2FHCA 1B0IA 1E6XM 2BHZA 1PIFA 2YDSA 4CD5A 3MKKA 3VGFA 4U3CA 2WMGA 4E8CA 3FXYA 4JFWA 3VINA 2WZIA 2DT0A 3ALGA 3A47A 4JFUA 2DQXA 1LWHA 2E0PA 3AIVA 3CHFA 4R5EA 4AD4A 1QNRA 2XTKA 3WKZA 1HJSA 2YL5A 1TVNA 3BAYA 1GVYA 5ABEA 2C8NA 1TVPA 1Q6DA 4TXEA 1WKYA 4FF5A 3A4AA 1BFNA 1H09A 1VJSA 5BXSA 1XSKA 5HDRA 2GK1A 4NF7A 3OBAA 1JZ6A 2QV4A 2J62A 4LYQA 1JYWA 4J7RA 3U7VA 1N82A 4GO9A 1WAWA 3T09A 2XM2A 2YDRA 1KR0A 7TAAA 5CLWA 4V2XA 1KGUA 1W9XA 3HN3A 3RM4A 1Q4NX 1VFOA 3IJ9A 1CBGA 1U30A 1W3KA 4PYSA 2GSJA 4GO8A 4AYSA 4U5IA 4AZCB 3FW6A 4ACZB 1M53A 2VQUA 3WMBA 2YL6A 2PWFA 3B9DA 1DHKA 4M1RA 4AD1A 4BF7A 2G41A 4BS0A 3GTNA 5E6YA 2VVNA 1Q6GA 4AD3A 1JFHA 3SCNA 1W3LA 4DM2A 1J01A 1ISWA 4AZ7A 1WNOA 2UY4A 2ZX7A 3SIMA 4Z2GA 1HJQA 3WNLA 2UY2A 4HP5A 4U3AA 1JG9A 6TAAA 5M5DA 2GK1B 2IXVA 2X8RA 3OZOA 4M56A 4CCDA 4UFLA 5A95A 2XWDA 2QPSA 4UQDA 3WH8A 4AZIA 2PWHA 2E9LA 1V02A 2XJ7A 5HOSA 5LA0A 1UD5A 4J28A 3T08A 1O7AA 2FHFA 4Z2KA 3QHOA 2B31A 1XSJA 4UCFA 1JNEA 4X0NA 2UY3A 5JUVA 5D9NA 4PN2A 4W88A 1VF8A 1H0GA 4WJXA 1WDPA 1NWTA 3NJ3A 1AQHA 1YQ2A 1QI0A 1IT0A 1QVBA 5CPSA 4AXNA 5HBFA 1TUXA 3RJYA 3L4XA 7CGTA 1E1EA 3NCOA 3RM9A 4E2OA 3RJXA 4UFMA 3VIIA 4BA0A 4F9DA 2G3MA 1XD1A 1KCKA 4PMOA 3A3HA 4PUDA 2YKKA 4IISA 4GXPA 4EK7A 1Y7VA 4YPJA 2WVSA 4IPNB 4XZWA 1M04A 3OA5A 4V28A 3O6AA 1CGTA 1IV8A 3PN8A 3CUJA 3W28A 4UOJA 2WNWA 2CKRA 1XGZA 2D20A 4GZEA 2BVDA 4DWSC 3SUWA 1EH9A 1KXQA 4D6JA 3L2MA 3SUTA 2WVUA 3VMNA 4HMDA 1U33A 4NRRA 3WUBA 2J25A 4MPKA 5D4YA 1XH2A 4PCTA 4UOQA 4AIOA 4UFJA 2VI0A 1X1NA 1E71M 1WP6A 3PZGA 1B3ZA 5JIWA 1NM9A 2IXUA 5A8QA 2OYMA 1BAGA 4GI8A 3CZKA 2EQDA 4NRSA 1QBBA 1TA3A 1MFVA 3EDKA 1DWJM 1JDAA 2QMKA 3M07A 3CZ8A 3AMGA 3ZT7A 2PF0A 2FDMA 3VGBA 3WF4A 3OIHA 2DH3A 4W86A 4UTFA 1UWUA 5M3WA 1KCLA 3GM8A 4YHGA 4NSBA 1XSIA 3VIMA 5BXTA 2VO5A 3WQ8A 5A8OA 1ITCA 4CVUA 1W1VA 2D22A 1RPKA 1QPKA 4KRTA 4WF7A 2A3AA 3ZJ8A 4W8BA 2CHOA 2Y4SA 1NP2A 1CZ1A 2EPNA 2XFRA 1E73M 3QOKA 4H8UA 4MAVA 3VIKA 3M7SA 5I6SA 1PX4A 1QNPA 5EMYA 4B9ZA 1E9LA 1JYVA 3CUGA 5ECUA 4WLCA 3BCDA 4MNLA 2J7BA 2JF6A 3VIOA 5GPRA 3ZQ9A 3N12A 4LGXA 2ZUVA 1TA3B 3BLKA 5LYRA 2DIJA 4JKMA 2X0HA 3ZMRA 3VTRA 3ZO9A 1UG6A 1HKJA 2EPKX 3RCNA 1OB0A 2BXYA 2DSVA 8CGTA 3NSNA 4P7OA 1M01A 1CDGA 1CXHA 3MV01 2J7EA 1UQZA 5KEZA 2O92A 1GOKA 2J74A 2XSAA 4R27A 4KWUA 3VOCA 4OBSA 3WH5A 4C7FA 5AC4A 4W7VA 2W61A 2ZUNA 1JXJA 3GH5A 2XVPA 3BC9A 4H8VA 2WK2A 1VEMA 1UD2A 4PMUA 2VL4A 1V6XA 1BGAA 5CJ5A 4LPCA 2A3EA 3WDIA 1ISZA 1V6YA 4A3HA 1GOQA 3UERA 1US3A 1BLIA 1VBUA 4FLSA 1J12A 1OGSA 4PEEA 3WNNA 1D3CA 3GXFA 4LX4A 2GDVA 5FIPA 3WY1A 1JF5A 3ZJKA 2CITA 3CUIA 1HVQA 2WM0A 1PZ3A 1B3VA 4S3KA 4WSKA 2DSUA 3M46A 2NT1A 4UZUA 1FFRA 2XVNA 1V6UA 2G3JA 4PMRA 1TZ7A 4CCCA 1QHOA 3PTQA 3AMKA 5JBDA 4JIEA 5TD4A 1EGZA 3VX1A 4OJYA 5FCZA 2D2OA 1EDTA 1C8XA 1VENA 3AIWA 2XGBA 1U2YA 4C7GA 1HT6A 2GVYA 4J3TA 3ARVA 4OIFA 1UR2A 2BHYA 1J0HA 4M80A 1M03A 1FOBA 1C91A 1UUQA 1GOOA 3WH7A 1KXHA 3AQUA 1UD8A 4B16A 3F5LA 1CXKA 2BY1A 1RP8A 2VX4A 1UR8A 9CGTA 2YL8A 3IJ8A 2V3DA 1JZ4A 3RM8A 3W37A 2WBKA 4KGLA 3AXXA 1JDDA 2D1ZA 3BAXA 1EA9C 1UKOA 4L4PA 3AIRA 3VMOA 2YA0A 1LQ0A 4RE4A 2DSKA 1EIBA 4UR9A 1E4NA 3VPLA 1E70M 2WYSA 4LYRA 1W9UA 4GINA 1R86A 4JHOA 1B3WA 1W9PA 4AW7A 3QR3A 2EPOA 2O9RA 4EANA 5DEZA 1Z32X 2DEPA 4JFVA 2VNCA 3GNPA 3NUKA 2EXOA 4FLRA 2WMKA 4MADA 3W4RA 3TA9A 2CXGA 3WDHA 5I78A 4B15A 1BYDA 4ACYA 1A3HA 3NDYA 8A3HA 1LWJA 3ALFA 4F79A 3IAQA 1HP4A 3AXHA 1CXEA 2GJPA 3K46A 3QHMA 4JHZA 3N9KA 4P8WA 2VRJA 2V5CA 3WH9A 1VFUA 3CZLA 4GZJA 5AYIA 1DWHM 1QW9A 2WVTA 4DUVA 5IHSA 5I0DA 3WEOA 4ZE4A 5A3HA 2Y8KA 2X0YA 2WBGA 2TAAA 1UWSA 3WFLA 1BG4A 2WHKA 1LL4A 1FP8A 4D6GA 1R87A 1EOKA 2WANA 5BROA 1ISVA 1QI3A 2WMFA 3VX0A 2V3EA 1GQLA 1JGIA 4TTUA 3EMQA 1GORA 4JZ5A 4F66A 2VVSA 1K9TA 4AD5A 3VIJA 4GQRA 4KH2A 1MVYA 4HZ7A 1UA3A 4HU8A 3WUEA 3PZ9A 4W84A 2WLZA 1HL8A 2PWGA 2JFEX 4CD7A 3ZIZA 5AC5A 3WH6A 4MB1A 2W62A 4FLOA 1UKPA 4CD8A 1GHRA 2F8QA 3B8SA 3N13A 3U5UA 5IHRA 4AIEA 1W9VA 1AQ0A 1B9ZA 1VAHA 5D8WA 4H7VA 4U2ZA 1UH4A 2DT2A 3MU7A 3AMCA 2NSXA 4H04A 4CU7A 1CGUA 5A8MA 3GXDA 2VURA 2DIEA 2BVYA 3WELA 4X9YA 4B3KA 1G94A 4E8DA 1JYXA 1E6PA 1FA2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EKJ A;  2J75 A;  1UH2 A;  1MW3 A;  4JKK A;  3TP4 A;  5EB8 A;  3WDQ A;  2YDQ A;  3TTY A;  5BXP A;  2FH6 A;  2PWD A;  5C70 A;  2J4G A;  5FD0 A;  1JZ3 A;  1EXP A;  2QLY A;  1R85 A;  2WVV A;  4MAZ A;  2GJR A;  1CEC A;  1JYN A;  3LPP A;  1PAM A;  3FHA A;  1J0Z A;  1E0X A;  1GQJ A;  1LLO A;  1UWQ A;  4X0V A;  3VGG A;  3VIG A;  1BQC A;  1LL7 A;  2E9B A;  3WEZ A;  1UR1 A;  2WMI A;  3AIS A;  2E40 A;  3WF2 A;  3I3E A;  4WK9 A;  1W9B M;  2Q8X A;  1QNS A;  4DUW A;  5I2U A;  2WHJ A;  3CHD A;  3VGD A;  3L4Y A;  2NT0 A;  2G8Z A;  2J7G A;  5A69 A;  1H5V A;  2Y24 A;  1K9D A;  3VIH A;  1ZBV A;  1G5A A;  4RL3 A;  4W5U A;  2D3N A;  3MS8 A;  4JFT A;  5M17 A;  1MW2 A;  3OGV A;  4Y7E A;  3T0D A;  5DMY A;  5A1A A;  4P8X A;  2W92 A;  3WNO A;  4FMV A;  3KL3 A;  1ZJA A;  5BRQ A;  4GI6 A;  2C0H A;  1OM0 A;  3AS1 A;  4OUE A;  1R7O A;  4CN6 A;  4YHE A;  5E6Z A;  2DSZ A;  3AHZ A;  1QW8 A;  3BMW A;  3FN9 A;  3EDD A;  1KQY A;  3CO4 A;  1UKS A;  1XD0 A;  1QI2 A;  4U2Y A;  1CXL A;  5BCA A;  1CEO A;  4J3W A;  3W0K A;  2UY5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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