1EEP | Genus

Total Genus 97

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	388
structure length	314
Chain Sequence	NKITKEALTFDDVSLIPRKSSVLPSEVSLKTQLTKNISLNIPFLSSAMDTVTESQMAIAIAKEGGIGIIHKNMSIEAQRKEIEKVKTYKDFPNACKDLNNKLRVGAAVSIDIDTIERVEELVKAHVDILVIDSAHGHSTRIIELIKKIKTKYPNLDLIAGNIVTKEAALDLISVGADCLKVGIGPGSICTTRIVAGVGVPQITAICDVYEACNNTNICIIADGGIRFSGDVVKAIAAGADSVMIGNLFAGTKESPSEEIIYNGKKFKSMVPYSGKLKDILTQLKGGLMSGMGYLGAATISDLKINSKFVKISHS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__45479075322923__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__45479075322923__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1EEP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__45479075322923__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"45479075322923","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1EEP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__45479075322923__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb0e15191f1c3b136c5000/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb0e15191f1c3b136c5000/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb0e15191f1c3b136c5000/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb0e15191f1c3b136c5000/pdb.gz): 1034 ms

reading 314 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

314 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:313});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Borrelia burgdorferi
publication title	Crystal structure at 2.4 A resolution of Borrelia burgdorferi inosine 5'-monophosphate dehydrogenase: evidence of a substrate-induced hinged-lid motion by loop 6. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INOSINE 5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
total genus	97
structure length	314
sequence length	388
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date	2000-02-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1eepA00

4LC6A 2QCGA 2RFGA 2X1SA 1FXQA 3LRKA 3UY8A 2DZVA 4MJMA 3W1NA 3L5AA 3NDOA 1TRDA 1J4EA 2J6XA 3EKZA 3M6YA 3STGA 4OV4A 1U83A 5CPOA 4X3ZA 2ISVA 1WA3A 3B4UA 3CLMA 3IGSA 2DZUA 5F2LA 1ZNNA 4JTGA 4MYAA 2YGYA 3C2FA 1C29A 4RZ4A 3HPXA 3NO5A 3O6DA 4O0KA 3S5YA 2DJLA 5K4XA 5CZJA 5CSSA 5HINA 3LX9A 1C8VA 1RR2A 5EY5A 3IVSA 3KRZA 1HL2A 5AHEA 5LKYA 1LBMA 4S1FA 3QQ1A 3DGRA 2Z6IA 2QCHA 2VEKA 4O10A 1W5PA 1ZENA 3EX3A 1ME7A 3GKAA 2C0AA 4GJ1A 5BMWA 3HG4A 1SW0A 1LYXA 3DI1A 2ZYFA 4ZZ9A 2ISSA 3PBUA 1KV5A 3CIXA 3NQMA 1K7EA 1NVMA 4BI6A 1L6SA 2PCQA 2RDTA 3TAOA 3QW4B 1PCKA 1SPQA 3NYZA 3W76A 1X1ZA 3P8IA 1LRQA 3DHDA 3HG3A 2DZSA 1OFPA 5TBOA 1QOQA 1GG1A 3N9RA 4KKXA 3MO7A 4UC5A 3NQCA 1HG3A 3ZWTA 5KZDA 5F4SA 4XZ9A 3H53A 3W7JA 4LVDA 4Z1BA 3NR0A 2QCMA 3VKJA 4FNRA 2I9EA 4PA8A 2FIQA 3RF9A 1XUUA 1EPXA 1OJXA 4JEQA 1LLZA 3NZRA 2QDHA 1JCJA 4UTHA 3IIVA 3LHVA 2H3BA 3PC0A 2Y88A 4IMFA 3NQAA 1EB3A 5F2GA 2BXVA 3M0ZA 4DEFA 1WX0A 2R14A 3HGRA 3C52A 4PC8A 3IGUA 4CNNA 5C5YA 2G95A 5IBXC 4AWSA 1KTNA 1S5TA 4IPIA 1TPB1 1YTDA 2E5DA 2A21A 4AF0B 4KFOA 3UWVA 2ZZ2A 3GXPA 3PG8A 3PM6A 3PF3A 1EUAA 4EF8A 1YADA 5FEXA 2E6AA 1GPWA 4UUIA 3T78A 2VENA 4AHOA 2W0UA 4JR5A 3IV3A 4IGHA 3T40A 1UJPA 3W1LA 3N2XA 3B0PA 2V81A 4KFNA 1B57A 2CWNA 3DKJA 3DXIA 4XTDA 4IWWA 3LBMA 1NSJA 1TPDA 3T4CA 1W8SA 2GVGA 4UTKA 1Q6LA 4N6EA 3O06A 4LS1A 3E12A 2ZBTA 1H7PA 2A2IA 2YW4A 3TSBA 1GVRA 1NF7A 5D32A 1QPOA 2JGYA 1D3HA 4MPQA 4ZQOA 4TMBA 4LC8A 2G5WA 3BO9A 3NM1A 4EOUA 4O57A 4R53A 1JCNA 5DBTA 1JRCA 2NUXA 2V2CA 4FNTA 2QEZA 3M41A 3TIMA 1GYNA 5LHEA 4R34A 1TRIA 1V5XA 1K7XA 4M7TA 5D2YA 1FCQA 4JTEA 3NQVA 3LCLA 1QMLA 2X2GA 2QCNA 2RH9A 3MUXA 3SECA 4AHQA 5HULA 2QCLA 3LXCA 2OZ0A 1Z48A 2B7PA 1VYRA 3DENA 5HJLA 4DO5A 2C13A 1J2WA 3W88A 4UFLA 1M5WA 4TX9A 1JULA 3E9AA 4AHPA 4HPXA 2FQIA 4BR1A 4UTTC 1CW2A 3G1VA 5J5RA 5DN1A 1E51A 4IUOA 1P0NA 1EA0A 1GOXA 3F1QA 4HHPA 5CPMA 3WJYA 2YW3A 3Q58A 1LOLA 4B5NA 4CCCA 3S6DA 4GWEA 3E96A 5I3JA 1I45A 3LCGA 4KWWA 3V1PA 3B03A 3G1YA 4IX2A 3W85A 4HIBA 3HGSA 1TIMA 3DI0A 1QDSA 3E0IA 5AHNA 1JUKA 4NJHA 5CG7A 2QUUA 4O8RA 3PUDA 1N8FA 2JGQA 2VFFA 4JTFA 2EKCA 4DPQA 3G0XA 3GAYA 3PAJA 5AHLA 3O1NA 3IIXA 3BVJA 3NL6A 2HMCA 2YDAA 1FWWA 3HG2A 2CZ5A 3KXQA 4NJJA 3EXTA 4WQ6A 2WPBA 1PIIA 4LV4A 3GK0A 4UXDA 2RDWA 3PVFA 2D73A 2ZA1A 3BG5A 1OFBA 3NQEA 1IGSA 4MLRA 3STCA 5D03A 1ZAIA 5G4WA 3W6YA 5HUOA 3W2MA 1ME8A 1MO0A 4RXGA 2BLEA 1I4NA 1LOSA 5AC7A 1EP3A 3RMJA 1P4CA 3PB2A 3W74A 2QCCA 1JUEA 4FX6M 5LNRA 1H5YA 1LDCA 1L2UA 1Q6QA 4MY1A 4MIMA 1G4EA 3NQFA 1JRBA 4S2CA 1BTMA 3CIWA 3MW7A 2CFFA 4EVZA 4QNEA 2FLIA 4FNSA 6TIMA 1PE1A 5AHMA 1PCWA 1FX6A 1OX5A 3QFEA 1SFLA 3UQNA 3FOKA 4RX0A 3G1DA 1SZEA 4Z0SA 1LLWA 1IIHA 2GVLA 1LP6A 4LVBA 2C6QA 3CWNA 1F74A 2GQ9A 3SR7A 1G7VA 1DJQA 2QJIA 3W7HA 3W7KA 1EP1A 4N2YA 1SZFA 2CZDA 3A21A 4MKNA 4UFJA 1OFOA 2QAPA 5I3GA 1K8YA 5HWNA 3UNDA 3NQ7A 2R91A 4O53A 4FNPA 2TSYA 4PL2A 3QMRA 1SQ7A 1WYIA 3FEMA 2ATMA 3NVTA 1F5ZA 2A5HA 4YWIA 1A5CA 4DXVA 2GPTA 3ZR4A 5L9FA 3UY7A 1TV7A 1JCYA 2WO5A 1MEWA 1OYAA 3FS2A 3GXTA 4KWVA 4MY9A 1FCVA 4CQAA 3TXZA 1UASA 2YFNA 2DJXA 3W86A 5K3VA 5DBUA 2X30A 4X22A 5ABTA 5HUPA 5HNRA 3I7RA 4M7SA 2C18A 4LY8A 1XM3A 2A7RA 3DHFA 3TFCA 3S5ZA 4NU7A 4O54A 5AOUA 3QSTA 2A6NA 3C61A 1G6CA 3PS7A 1LZOA 3MI3A 4A29A 1XXXA 2DZXA 2J88A 1PS9A 1WOAA 4FF7A 2Y7EA 3SI9A 3PBVA 3F4NA 2PE4A 3W1XA 1RQBA 4JX5A 4NXKA 2P1FA 3W7IA 3LCWA 3G0UA 4S2BA 4JN6A 4G1KA 3VFLA 3DH7A 1KM0A 2VC6A 3W7NA 5J5DA 3A5FA 1PHWA 1ICPA 1KBIA 1N7KA 3LBCA 4LT9A 2TRSA 3TAKA 1RQEA 1OABA 3K30A 3PBWA 4MJZA 3MP3A 1O60A 1XKYA 3DBPA 3GIYA 1OYCA 3NXFA 4RZ5A 4LWWA 4UR7A 3NM3A 3BPWA 3TROA 5D04C 1ZAHA 2Y70A 4JIPA 1OF6A 4UTWA 3QZEA 1SR9A 3MHFA 5CPLA 1H7OA 1J5TA 4O1BA 5KMYA 1SZNA 5K7JA 3G8EA 4MZYA 1Z44A 4HNVA 5H91A 1DKWA 1G4SA 4N4QA 3M1ZA 3TFXA 1NF0A 1IXQA 3CEPA 2CLMA 1NEYA 1JCXA 3F4WA 2EHHA 1DBTA 4GBUA 3I7SA 4UMCA 3WJZA 2A1YA 5HWJA 1D9EA 3LRMA 1QR7A 1TTQA 1DQWA 1PHQA 1GVOA 3M47A 1H7NA 1O4UA 3GDMA 2FTPA 4WY0B 3G3MA 1NFBA 1R47A 2NLIA 4NZJA 5FF2A 2NXHA 3OHIA 3TKFA 4Z1DA 3UWQA 4YMZA 5KTLA 3TUUA 1KFBA 3L5LA 3T55A 3LHWA 5K4ZA 5HQEA 3SZ8A 3USBA 3DFOA 1K3UA 1I2RA 4ZQCA 4QQ3A 4UCGA 2ZZ5A 3PUEA 2YCEA 1TPC1 1WOBA 4R7JA 3S1XA 3CHVA 1ICSA 2W6RA 1XUZA 3KRSA 1L9WA 1BEUA 4XKYA 1UCWA 3M5YA 1A5SA 2Y7FA 2GJNA 2YX0A 4QNWA 4IQLA 4K7YA 3NQ8A 5D37A 3G22A 3W07A 1F76A 4M19A 3ELFA 4RCXA 4MY8A 3GDKA 4OWGA 4BF9A 4GFSA 3MHUA 5E93A 4P61A 1XBYA 2B4GA 3O07A 1RVGA 3W7EA 2O7SA 3QC3A 5AHFA 1XDLA 1YPIA 1TV8A 2DZWA 3DFSA 3THQA 4RZ6A 2CZEA 4JIQA 3GR7A 3B8DA 4UR8A 1JVNA 1Z41A 5C54A 4K8EA 4QJ1A 2DP3A 1SSGA 1XBXA 1VPXA 4IXHA 4L4MA 2VKZG 3W7OA 4MFEA 5IM51 3HOJA 2B0MA 3HPSA 4HN4A 4IX0A 3A9IA 3P8JA 1I2NA 1AW1A 2Q3RA 3TQ0A 2V82A 3T44A 1TPFA 3AO0A 1DQXA 5D33A 2YSWA 4Y96A 3C2EA 4LNYA 3QEZA 2XN1A 4X9SA 4CNOA 3M43A 4Z1CA 4CLMA 1TREA 4UIOA 3P74A 1MZHA 1Q6RA 2CLKA 4NJIA 3C4UA 5DXYA 4X2RA 4E38A 3GLCA 4K38A 3W2UA 1OHLA 2ZZ6A 3P60A 2A6LA 3EWUA 2WNNA 1T99A 2Y89A 3RNDA 2V2HA 2CZFA 3O6CA 4E2DA 4UMBA 5CZSA 2ZRWA 3IIZA 2GQ8A 4MOZA 1FBAA 2ZCGA 3HGJA 1LBFA 2WSYA 4HNUA 3W7RA 1O94A 4AH7A 2WJZA 3W70A 4LU0A 3P62A 2A7PA 3SJ3A 4MZ1A 3TW6A 1KTBA 3MBFA 4CQ8A 1X6UA 2ISWA 5CSRA 4LRTA 2TYSA 3EXRA 1FWNA 1YXDA 4LRSA 3L65A 4JICA 2ZTKA 4HNTA 3NPVA 1SSDA 3G1XA 3HG5A 4O17A 1K8ZA 3S5NA 4LOCA 2ABAA 1YTEA 4XBKA 1FDYA 5BRBA 4CNPA 3NPXA 1FCUA 4ZQNA 1KFJA 2WV8A 3R8RA 1S3HA 1VCFA 4NZFA 1K03A 3FA5A 4O12A 2X1TA 4PL1A 3W23A 1L6WA 2C16A 4NNBA 5G2IA 5EA9A 4CQ9A 3QQ0A 1RPXA 1MXSA 5E0KA 2XN0A 1G4PA 2NWSA 4NNAA 4TIMA 1QFEA 1R2SA 2WOQA 2AQWA 3HMJG 4LTSA 1TQJA 2FB3A 4GNJA 2PRHA 5KITA 3NOEA 3N19B 1VLWA 2VFDA 3TV8A 2Q3OA 4U4MA 3G18A 3GDTA 4HNNA 4UFIA 3W1UA 1IXPA 3LV6A 3HO8A 1UUOA 3LI0A 3EWXA 4K8HA 1H50A 3NPUA 5AYYA 2W79A 2WNQA 3B06A 3TQVA 5K9DA 1G67A 4AMAA 1K02A 3O6YX 3N14A 2B7QA 4IPJA 5BMXA 5E1QA 2AGKA 3C8FA 3P5YA 3Q94A 1THFD 3S8HA 5LNVA 4QITA 1FWSA 4KFPA 4YL2A 1AMKA 5CKSA 2Y6ZA 2OJPA 2BZNA 3ANYA 3TX9A 1KM2A 2LLEA 4BWLC 5K9CA 1XFBA 5C6MA 3RLVA 1KFCA 4ORIA 5C55A 1OFQA 1O5XA 4A2SA 2Y62A 1QO2A 3G1AA 1GEQA 1JUBA 4RJEA 3DKLA 2PURA 5D02A 3DU0A 4Z08A 4JTIA 1FDZA 4IMEA 1OVDA 1I2PA 1KM3A 1W5OA 3TU9A 1VYPX 4ALDA 1P1XA 3L2IA 3DAQA 3EX2A 2QCFA 4XQ6A 4K7VA 4FEZA 3TQKA 3BW2A 1VYSX 3SY5A 1YPFA 1AK5A 4FO4A 3BLIA 3TC6A 1QNVA 1QCWA 1HUVA 1KFLA 3BW4A 4UTIA 4QM1A 4M6PA 2C1HA 4A2RA 1LM1A 2G97A 2A85A 1MEIA 1HFBA 4NUWA 3F03K 3L66A 3LTPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3HB9 A;  4Q4Q A;  5CGQ A;  1KCK A;  3UPW A;  1KR1 A;  3G6M A;  5F4W A;  1KQY A;  3GU1 A;  5I3I A;  1JXJ A;  3IJ7 A;  4KCV A;  2HNE A;  1L6Y A;  4PH6 A;  1CI1 A;  4REQ A;  1V77 A;  5CQ1 A;  1E56 A;  4AXK A;  4O28 A;  4RPQ A;  2VGI A;  1U30 A;  4WEV X;  3GXI A;  5GJN A;  4D2J A;  1F9C A;  3N9K A;  3AHZ A;  4V28 A;  2J75 A;  1K4H A;  4HGX A;  3TQP A;  1IZC A;  2MUC A;  1EUN A;  1TV4 A;  1VHC A;  3UES A;  1R8L A;  4OZO A;  1ALD A;  1JCM P;  1P5B A;  2GVY A;  2WJF A;  5A8G A;  1P0B A;  2I7G A;  3LN3 A;  4XZN X;  4ICM A;  5H8P A;  2GLK A;  5JVL A;  2XN2 A;  2GGH A;  2QCD A;  4LXF A;  2J62 A;  2VX5 A;  4MDP A;  2OQL A;  1E6Z A;  4JBR A;  4U2Z A;  3N9S A;  2JBM A;  3VIG A;  5CAH A;  3B8W A;  2CIT A;  2QNE A;  3KX6 A;  3EPM A;  4IH3 A;  4IT1 A;  3TNO A;  1RCQ A;  4CN6 A;  5FCZ A;  1UWU A;  4XAY A;  1H7X A;  3WNN A;  2WJE A;  2GFT A;  1K9T A;  1D7F A;  2GJP A;  2D2H A;  4MVA A;  3P82 A;  5ABH A;  3EOO A;  1TV3 A;  3MUA A;  1KWK A;  4JDY A;  1CT5 A;  5A8N A;  4C7F A;  3WZ0 E;  4NQ1 A;  2FTY A;  1XD1 A;  2B7O A;  2E6D A;  2FFC A;  1BGG A;  4FLR A;  4OVX A;  4ZL1 A;  3FDG A;  1DJH A;  1RSC A;  3WEM A;  4Q4K A;  3JZE A;  2NWR A;  4K1G A;  1TZ9 A;  2YPI A;  1GVF A;  4LYK A;  4ZQM A;  4ATL A;  1O68 A;  2G41 A;  4WZH A;  3DFP A;  5D9M A;  4ZB5 A;  3TSM A;  2P8B A;  5LSM A;  3DYO A;  4LS2 A;  4DBE A;  4K3Z A;  2ZDR A;  3LXA A;  3VOI A;  1OK4 A;  1ZBC A;  1AQM A;  3KVM A;  4NVT A;  2WMK A;  1R46 A;  2JKP A;  4DAI A;  4DZ5 A;  2ZRV A;  1TE6 A;  3U2O A;  2FZD A;  2PDG A;  3DFQ A;  3OA3 A;  2WVU A;  4LUS B;  2DW7 A;  4NAF B;  4WY0 A;  3T9P A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1EEPA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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