1EIXA

Structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from e. coli, co-crystallised with the inhibitor bmp
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
VTNSPVVVALDYHNRDDALAFVDKIDPRDCRLKVGKEMFTLFGPQFVRELQQRGFDIFLDLKFHDIPNTAAHAVAAAADLGVWMVNVHASGGARMMTAAREALVPFGKDAPLLIAVTVLTSMEASDLVDLGMTLSPADYAERLAALTQKCGLDGVVCSAQEAVRFKQVFGQEFKLVTPGIRPQGSEAGDQRRIMTPEQALSAGVDYMVIGRPVTQSVDPAQTLKAINASLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the catalytic mechanism of a proficient enzyme: orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 77
structure length 231
sequence length 231
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2000-02-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1eixA00
4DO5A 2Y70A 1ZJIA 1O5KA 1JCNA 4ZQOA 1S5VA 1S5TA 1YADA 3GDLA 4WD0A 1PV8A 1KFKA 4O19A 2E68A 1VHNA 3W1UA 5DCEA 1EA0A 3W1LA 5C5YA 4Z1BA 5AHNA 1SO6A 3I7RA 3QMTA 4NJKA 4RZ5A 4UFHA 1VLIA 2E6FA 5K4ZA 2JKAA 2RKXA 5AC6A 1W0MA 3MUXA 4LW7A 5LHEA 1F05A 3IVTA 3E02A 1L6WA 1JCXA 1YDNA 3ZWSA 3PSVA 2Y89A 1TRDA 2XFWA 1OFDA 3MWAA 4FHAA 4MIMA 4HNTA 2BLEA 2BZNA 5LNVA 3W7HA 1OX5A 4R33A 3EX6A 3QJAA 1W5MA 2CLMA 3DAQA 5HWNA 2A6NA 3DHDA 3DKLA 4O11A 5K9XA 1H7PA 3N9RA 2QF7A 4DBDA 1W1ZA 1CX9A 3KAOA 3UYCA 3TMLA 4N9BA 1LRQA 1N55A 2C19A 3MHGA 2WSRA 1IGSA 1Q6RA 3PBUA 4G1KA 3MO7A 2VELA 1FWSA 4R34A 1I2PA 1FDJA 2ZZ3A 2B7OA 1Z44A 3PSWA 1W3TA 3UD6A 4O53A 3P62A 3IIVA 1HO4A 2A21A 2GUUA 1AW2A 1J5TA 1V5XA 3A22A 2QAPA 2X1RA 5LNUA 6TIMA 1VYSX 3FYPA 5TBOA 1B57A 4LVDA 2WPBA 4N6FA 2PCQA 3T40A 3B0UX 4N4PA 3TMQA 2JKPA 1SZEA 3SIZA 2RFGA 4KKXA 1R30A 3W7KA 2HSAA 3W7GA 3C6CA 3I65A 3L9CA 3LHWA 3LLDA 4N9EA 4ONVA 3KXQA 4EWND 4DBEA 2C14A 4HSNA 3IIPA 4EIVA 2GOUA 1K8ZA 5HQEA 1QO2A 3VI2A 1U83A 3PULA 2QCNA 3NQ7A 1FDYA 4B5NA 5J5DA 3A21A 4JTJA 1XM3A 5CPNA 1RPXA 2NUYA 2CLFA 4O14A 1HO1A 2VXNA 2ZDRA 3G1FA 4UIOA 3SSJA 1LBMA 4M7TA 3UPWA 2V9DA 2FB3A 2ATMA 1JCMP 3FEMA 4Q33A 4ZQCA 3GNNA 4CNPA 4RV8A 4E2BA 1EUAA 4UR8A 4PL2A 3T4CA 1YDOA 4JX6A 2OX1A 4IJBA 4AWUA 1Z41A 3V75A 2R94A 1TTPA 4UTLA 3W1PA 1XBVA 1TMHA 3LTYA 3S1XA 3L65A 4WQ6A 3W22A 4O15A 1GVQA 4Z1DA 1DQWA 1C8VA 5D03A 3U2OA 3TUUA 3FIGA 5F4SA 4DPPA 3NVTA 3TC7A 3E0IA 4RXFA 4PCFA 2J9XA 4MOZA 4MVAA 1GVRA 2YSWA 3N19B 3CT7A 2QDHA 1W5PA 1YLVA 4JY9A 1B9BA 1F5ZA 1B4EA 1LTDA 4WX2A 3IGXA 3G8RA 3P80A 1EPXA 3F03K 4GE8A 2YCEA 1Q6LA 1L9WA 3NQGA 4QNWA 2ZZ2A 3UY8A 4ADSA 3NEVA 3BLFA 4O0ZA 2QUVA 3HBLA 5LGXA 2J27A 1A5SA 4QIUA 4UNLA 4JX5A 3NM1A 3S6DA 3GAYA 3LCLA 4JN6A 4GUFA 3G0XA 3PBWA 1YTKA 2YR1A 2JKEA 3DZ1A 3Q94A 1JRCA 4UTMA 3FOKA 3GXPA 5CZJA 3TXVA 4MKNA 1YDVA 2XN0A 1D3HA 1Q6QA 4UFLA 4UC5A 1YTDA 3AJXA 1XBYA 2XN2A 3W7EA 1IXNA 3HPZA 1K7EA 4H4IA 2EGZA 4KFNA 4E38A 4IGHA 2WNNA 1HL2A 3UZJA 3TU9A 2DZXA 2ZCGA 3W7DA 4MZ8A 1LBFA 3W07A 1SW3A 1GTEA 1TREA 2V81A 3LGEA 4O13A 3KVKA 1R2TA 1Q3NA 1FX6A 1RQEA 5DXXA 3GDRA 3OEXA 2E5BA 1DORA 3HB9A 1OFQA 2JBMA 3ELFA 2R14A 3DFSA 1VLWA 1S5WA 1A5CA 2NX9A 1KM4A 1GG0A 2J24A 3KOFA 2RH9A 3ATZA 2CLEA 3MHUA 4D2JA 2CW6A 1JCJA 2DP3A 3M41A 1SW7A 3I7SA 1LORA 2ZZ1A 5G1TA 2TSYA 3TQVA 3FKRA 4Z1CA 4FXSA 4GWEA 4MFDA 4M7SA 5E1QA 1SPQA 2E09A 3EEGA 4AVFA 5LKYA 4NZFA 1I2NA 5F2IA 5KZDA 4XUGA 2D73A 2I1OA 4JD4A 3DH7A 1SZNA 3FYOA 1IXOA 1I8JA 2ISWA 2YZRA 3EWXA 1KM6A 3IRDA 5U7SA 4TU1A 5EPDA 2ZTKA 1UUOA 4Y9AA 5G4WA 1SFJA 1KV8A 3GZ3A 1EX5A 1FWNA 3NQ6A 4AXKA 5GVJA 3QSTA 2V2CA 1TB3A 1LLZA 3F4NA 3UZ5A 2AQWA 2ZZ5A 1K03A 2C18A 1FCUA 2KZHA 2NX1A 5K9CA 1BWKA 1KBJA 1OYAA 1PHQA 2A1YA 2AAMA 3PY2A 4AHOA 2TYSA 3RLUA 3EXSA 4JTGA 3M44A 2P10A 1YPIA 4N9CA 1XBXA 1DQXA 2H6RA 4E0CA 1XKYA 3S9YA 1VYRA 1RD5A 4IMCA 1ME9A 4XKYB 3CIWA 2X2GA 5DY3A 4BWLC 4LV4A 3P61A 3LTPA 1T8XA 3NOEA 3Q2DA 1KLZA 2CFFA 3W1QA 2ZA1A 3WJXA 5FF4A 2R8WA 5EBUA 3H54A 4RR4A 4EF9A 3S1VA 4L4LA 3A9IA 2FPTA 1LOQA 3N2XA 5C55A 3UPBA 2H3DA 2H8ZA 5HR7A 3N14A 4UFIA 1F73A 3N9SA 3B0VC 2WV8A 5I3FA 3QC3A 4FNPA 4K39A 4U28A 2VFHA 3QH2A 4HN4A 3S1WA 3SGUA 3CIXA 3E9AA 3O16A 1MZHA 3WK0A 2V82A 5SWUA 4GUJA 1OFOA 1H7WA 3MI6A 2V30A 3NZRA 1AMKA 3EX3A 4ZQRA 1OHLA 4RZ6A 4PODA 3PF3A 1F76A 2A85A 3W3OA 4ZVJA 3M0ZA 2C16A 4S2BA 3M16A 4NZJA 4LS0A 4OWGA 5U4NA 3G1AA 5AN7A 1NEYA 4R7JA 4WXZA 5DCDA 1QCWA 3L21A 1BEUA 3VNDA 1HTIA 5D33A 3GXNA 5FF0A 3DHFA 2OJPA 4UFJA 1TO3A 4LTSA 2QEZA 3KVLA 4MY8A 5H91A 4DPQA 1I2OA 1SQ7A 1P0KA 2CLLA 4TX9A 3GXTA 3QMSA 3PG8A 5KZMA 4MPQA 1DJQA 3W7IA 2EKCA 8TIMA 5K7JA 3W7MA 4PFMA 1MEWA 4LVGA 3G8EA 1DV7A 2VEIA 3OG3A 3HG3A 3W7CA 2GVJA 1FWTA 1EP3A 4O28A 1R46A 4PTNA 3NPUA 1GVSA 3BV4A 1NAL1 2FJKA 5D2XA 4J9JA 1FQ0A 3C61A 1KFEA 1IIGA 3IIOA 1GTHA 2HS8A 3EWZA 2A6LA 4IUOA 2CZ5A 3DFPA 1LYXA 1EWDA 3UY7A 3G22A 4M6PA 1N8FA 1XL9A 5FF7A 2E77A 1ZALA 1EWEA 2V8ZA 1U5JA 4QSHA 4BI7A 3MHFA 1I4NA 3UWYA 1FCBA 2YXGA 3GNDA 3F1QA 5AFDA 3HMJG 4X22A 4LVAA 3STFA 1J4EA 3N3MA 1OFRA 2WSQA 1WDWA 3DI1A 1XUZA 1FWRA 4O17A 4O54A 5FF2A 2VC6A 3E49A 2CWNA 1ZHAA 3BG5A 5D38A 1TPB1 5A8GA 3G24A 3PM6A 3EXRA 4DEFA 4XTIA 2VFIA 3P84A 2F7FA 3L0GA 3Q37A 3WJYA 1GVFA 3NG3A 2NXGA 4JNMA 3N2MA 3SY5A 2PURA 2CLIA 1GT8A 5HR6A 3GDKA 4K38A 1EB3A 4O57A 5DLCA 3LOTA 2QJGA 4PC8A 2CLHA 4JGDA 5F1VA 3LHVA 2AGKA 3GAKA 3S5OA 1IF2A 1D3GA 3INPA 4BFAA 2H90A 4YCOA 5D04C 2A2IA 3HG4A 3CEPA 2QCLA 4LC6A 5K3VA 4FF7A 1L2UA 5CG7A 4UUIA 1GYLA 3NO5A 3QSRA 4FX7A 2ZRXA 5CPMA 4O16A 3STCA 4AHPA 1LBLA 4JIPA 1EP2A 1KM5A 4NU7A 3TSMA 4Z1AA 3W1AA 1X8FA 4N9DA 4OQVA 3CU2A 2ISVA 4YMZA 2DZSA 3EB2A 2ZA2A 5F2MA 2QR6A 1SO3A 4O10A 3EX1A 3D0CA 1ZFJA 1FXQA 3I7QA 3QEZA 2X30A 2J9ZA 2QCMA 3A23A 3ZR4A 4OGZA 3C2EA 3EX2A 3B4UA 3C52A 2DZTA 5AC7A 3W7LA 1SO5A 4EOUA 1QPOA 1PCKA 1PHWA 1GZGA 2NXIA 1GQNA 4JYEA 3NGJA 3GDMA 3JS3A 1H62A 1L6YA 3BW3A 3ZWTA 4N4QA 1QAPA 4RZ4A 5LNWA 4LVFA 3HQ1A 1LP6A 3UNDA 3A5FA 1G7UA 5D2WA 4XZ9A 5DBUA 4WY0B 1EEPA 3UWZA 2A5HA 1VR6A 5J5RA 3IVUA 5G5IA 1O94A 2CZFA 4GJ1A 3EWYA 5ABTA 5AHIA 1O4UA 2BX7A 4HNVA 2VFDA 4JEQA 5FEPA 1OFAA 3NNTA 1KM3A 3A5VA 3T44A 3TQ0A 2V2HA 5AHMA 4BI5A 2NLIA 4Z0SA 4LRSA 2ZQ0A 2GJNA 4XTDA 3THAA 3PR2A 4GUHA 3BGJA 4GRSA 1A5AA 5FI8A 4RX0A 5CZ0A 1L6SA 2J9YA 1PS9A 4Z0JA 2GPTA 3C2VA 3NQ2A 4NVTA 5DCBA 3JRKA 4MLRA 3M5ZA 3RMJA 1H7RA 4JTIA 3L66A 1KA9F 3OIXA 2ZZ7A 3TXZA 1TV8A 2OT1A 4C1LA 5D2VA 3W9ZA 1NF0A 1ZY9A 3MBFA 4IXHA 2NX3A 3O6YX 4CQ8A 2WNZA 1AL8A 4UMBA 5HJLA 1OF6A 3W71A 1O60A 4HNNA 5AOUA 3NL3A 2ZBTA 4WZHA 1J2WA 1X1OA 4AB4A 2ZRVA 3GYEA 4MJMA 3GX9A 7TIMA 3L5LA 2WO5A 3LRMA 1R2SA 3TW6A 2DZPA 4UTTC 3MI2A 2Q8ZA 3TNOA 4A2RA 2Y85A 1RQBA 1XDMA 3S1UA 2WKJA 1WYIA 4IMEA 3M1ZA 4IX0A 3NQFA 5D2YA 2WNQA 1ONRA 3NQDA 3IIZA 2TPSA 3TCEA 4GC4A 4JXCA 4AF0A 3KHJA 3QZEA 3S0CA 3L68A 3M5VA 2A7NA 2O7SA 4W9TA 2W79A 4HT3A 5I3KA 4CCDA 1I2RA 3NQEA 1OABA 2Y61A 1QNVA 3TIMA 3FS2A 2H3BA 4LS1A 4GBUA 4AHQA 1V7YA 4H3DA 4IWWA 2FB2A 1A50A 4QISA 4IMFA 3L5MA 3TKFA 3W2LA 3MW7A 1M5WA 3TAOA 4A2SA 1WA3A 3RLVA 2FIQA 5AYXA 3DI0A 4FIRA 2OCZA 2DU2A 3OBKA 4ZQMA 1QFEA 3FLUA 2JGQA 4LUJA 1HUVA 5I3JA 2B7PA 4JDBA 3O05A 4HNUA 4NJHA 3PWAA 1PIIA 5KINA 3S42A 2C6QA 1TPEA 3LV5A 3DFNA 3GIYA 4ML9A 1TQJA 1ZENA 1K7XA 1CW2A 2GVLA 2NXHA 4LNYA 5EA9A 4NNCA 1BWLA 1FDZA 2JGYA 3KX6A 4WUIA 3W87A 3IV3A 4LVBA 5F2LA 4O4WA 3RF9A 3TFXA 1I45A 5CZSA 5IBXC 3VE7A 3TFCA 3L0NA 4JYFA 4O1BA 1FCVA 4LRTA 3CM4A 4Y90A 3LX9A 3C0JA 2QUUA 1GYNA 3BK0A 3P74A 4MY9A 3DKJA 1ZCOA 3E12A 3DFTA 3EWWA 1LROA 5AHLA 5FEXA 2BTMA 3ZS4A 4UTHA 4UTWA 1LDCA 2B7QA 4Y6GA 3TDFA 1PE1A 3PBYA 4O8RA 3VKJA 1LOLA 4K8EA 4UFKA 3N34A 3B03A 2YGYA 2E6YA 4KWVA 3FKKA 3B0PA 3NQAA 3DGRA 4JTEA 3I68A 2J6XA 2DJLA 1W3NA 3HOJA 4OE7A 5F4XA 1VCVA 3TX9A 1GEQA 3CWNA 3T7VA 1G4SA 4KWWA 3E96A 4NXSA 1OX4A 1ICSA 3V1PA 3G1VA 4QITA 5HULA 3H53A 3ABQA 2C0AA 4Z08A 1LRNA 4X2RA 2ZRZA 3W1TA 2NV1A 3CC1A 3W7NA 5AC8A 2QCEA 4O0KA 1YYAA 4FB7A 3KVJA 3G1XA 3LBMA 1W37A 4A22A 1VZWA 3S8HA 3BGGA 1F6PA 3WK1A 5K9DA 5C54A 2RHGA 1OK4A 1TPDA 4Q32A 5AHFA 4JX4A 4H6KA 3W88A 5CSSA 2QCHA 1FBAA 3G0SA 3M5XA 3QRHA 1HG3A 2A7PA 1LCOA 3W70A 1Y0EA 1BTMA 3LB0A 3MYPA 2NZLA 1KFBA 1XDLA 2Y7DA 1ME7A 2Z2UA 2WSYA 1MO0A 1KFLA 1H63A 2Y62A 1G7VA 5C6MA 2ZRUA 4FO4A 5FEZA 1TIMA 4N02A 2UV8G 3HPXA 1H7XA 5LHFA 1I2QA 1OG0A 4N2YA 3F4WA 1LLWA 3TH6A 2W0UA 3W75A 1R47A 1GOXA 5TQLA 2E5DA 1JUEA 2X16A 3LXAA 3C4UA 1JJKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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