1EOKA

Crystal structure of endo-beta-n-acetylglucosaminidase f3
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
282
structure length
282
Chain Sequence
NGVCIAYYITDGRNPTFKLKDIPDKVDMVILFGLKYWSLQDTTKLPGGTGMMGSFKSYKDLDTQIRSLQSRGIKVLQNIDDDVSWQSSKPGGFASAAAYGDAIKSIVIDKWKLDGISLDIEHSGAKPNPIPTFPGYAATGYNGWYSGSMAATPAFLNVISELTKYFGTTAPNNKQLQIASGIDVYAWNKIMENFRNNFNYIQLQSYGANVSRTQLMMNYATGTNKIPASKMVFGAYAEGGTNQANDVEVAKWTPTQGAKGGMMIYTYNSNVSYANAVRDAVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the substrate specificity of endo-beta-N-acetylglucosaminidase F(3).
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE F3
molecule tags Hydrolase
source organism Elizabethkingia meningoseptica
total genus 102
structure length 282
sequence length 282
ec nomenclature ec 3.2.1.96: Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase.
pdb deposition date 2000-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1eokA00
1M01A 4J3UA 4AY1A 4H8HA 4UFIA 4JFSA 1TUXA 1CENA 4B9YA 3CUGA 1HN1A 1CGTA 3WNLA 4CGTA 1EXPA 1V03A 3T08A 1X6NA 1W3LA 3MUZ1 1C92A 1UR1A 1OGGA 1HJSA 4J27A 3MMWA 5A8MA 5A2AA 2XM2A 4F8XA 5A6AA 2V38A 4HZ6A 3PZOA 5A8NA 3GXDA 2BY1A 1BFNA 3B9AA 1JF6A 4BF7A 4AW7A 1W2VA 1NP2A 3BAXA 4B15A 3W38A 1MVYA 1KBKA 1WDSA 2C0HA 2J25A 3SCPA 1J0JA 3N1AA 2VX7A 4HP5A 2D22A 2WVTA 1BG4A 2QF8A 3THCA 5D4YA 1EHAA 4RE2A 2J7HA 3EDJA 3AHXA 4W7WA 1CGYA 2J77A 6A3HA 3PZQA 3VD5A 2J78A 3WL0A 1V0NA 2XVPA 3MANA 1UH2A 4MB5A 2ZUTA 3WENA 1HP5A 2NT0A 1HNYA 1HKIA 1QI4A 3VGDA 3AHYA 4JHZA 2XSBA 4FLSA 3ARUA 1IZKA 2VOTA 5HPCA 3O2LA 3AS0A 1Y7VA 3BMWA 5GQBA 1CZ1A 1AQHA 1MYRA 1TVPA 4M81A 1H11A 2CETA 3AIEA 4N42A 1X6LA 2GDUA 1E72M 3MU7A 4ZEPA 1G5AA 3CTTA 4QLJA 1AQ0A 3MMUA 3AQUA 5I79A 5BRQA 1J0ZA 1VEOA 3BAWA 3DYPA 1B3WA 3AZSA 2D23A 2VZSA 1G0CA 3WUEA 4AIOA 2XVGA 3NCOA 4M1RA 3CZ8A 1KXQA 1UR2A 3VX1A 1H0IA 1RP9A 5GNYA 4PMUA 1QHOA 3D5HA 4WIWA 3VX0A 3CZGA 4WSKA 4KRUA 1LL7A 2FHCA 4GZIA 2CERA 3OIHA 5CGMA 1B9ZA 1FHDA 3KEHA 1KQZA 4JL1A 2VRKA 5IFPA 1YHTA 3VKKA 2G3IA 1FFQA 4DWSC 1L8NA 5CPTA 2CKRA 6TAAA 4KMQA 2GSJA 3APGA 3WDHA 4UOQA 1CXKA 5A6JA 2E4TA 1OT2A 1XC6A 4IPNB 3ARSA 3ZR5A 3AMCA 2A3HA 1EQCA 1LJYA 3IJ9A 1AVAA 3WBAA 2ZX8A 2WZIA 3OGSA 3AXHA 1QNQA 2OSYA 2WK2A 4PN2A 3WBEA 4UFKA 1W3KA 2WHMA 1BSIA 2W91A 1NOUA 1BYAA 4AZCB 8A3HA 1UA7A 5D9NA 3T2PA 4H04A 3CO4A 2E0PA 2X8RA 3N17A 3RM8A 1NH6A 5JBEA 1LF1A 4MJ4A 4MAVA 4QFUA 2CCRA 2YLAA 1ISXA 4Z2LA 4Z2HA 2VVSA 1CXEA 1FFRA 1OWQA 3AZTA 4U2YA 3RILA 3N12A 4OKDA 3VDBA 3CLWA 4AZBA 1HJVA 3W26A 2D0FA 1UR9A 2ZWZA 3AIRA 3PHAA 3WNMA 4PMYA 1JZ2A 4EE9A 4Q7NA 1XCXA 4PUDA 4U31A 4GQQA 4DM2A 1PBGA 4C7GA 1JI1A 2J7FA 1CTNA 3UR8A 5D9OA 1GW1A 1NM9A 1UZ1A 1XHGA 1K9TA 2YDRA 3EBVA 4JFVA 4GIAA 2PC8A 3ZJKA 4ZXOA 1GCYA 1H41A 5BCAA 2FGLA 2WVVA 5ABEA 3WY1A 3ALFA 2D3LA 1HKMA 4W93A 3U5UA 1Q6DA 1CBGA 4GZEA 3A4XA 3AMLA 4OUEA 4D1JA 2BNJA 2W61A 1EDTA 1W9UA 3ZJ6A 2GJXA 5FCZA 1VBUA 1FA2A 2OYMA 1UYQA 1TA3A 3VIIA 1WDRA 1LWHA 2A3EA 2EPNA 3WD0A 3F5JA 3U7VA 4M82A 1H09A 1HKKA 2ZUNA 3KL0A 3VPLA 4TVUA 4J28A 1XYZA 1ZL1A 2XYLA 1TR1A 1WDPA 1G94A 3GM8A 1E1FA 4MDOA 3ZM8A 3VOCA 4KH2A 1FH8A 3WNPA 3W0KA 1BF2A 3KL3A 4EANA 4F9DA 3FHQA 1KXHA 1ZB5A 1KCKA 3EMZA 3VMNA 4TVDA 4U2ZA 2JALA 2VQTA 3WIJA 3CHCA 3ARRA 1E5NA 1JZ3A 5IDIA 2ZXAA 5EFDA 2D0HA 2BXYA 2UY3A 1E71M 5D9MA 1C3FA 3BLKA 2WMIB 1UR8A 1LL4A 2E3ZA 1WPCA 4PYSA 3W6LA 1XSJA 2QMKA 2XIIA 1V3JA 4HMEA 3N13A 1B2YA 4LQ1A 2A3BA 1DWJM 1KB3A 1M53A 3J7HA 3PTMA 2WC4A 1R7AA 3ZSTA 2YIHA 1WNOA 3EMCA 3AMKA 4YPJA 4E8CA 1UD8A 1M03A 4S3JA 3UESA 4GPNA 2W63A 2NSXA 3DYOA 1E4NA 4M29A 1US2A 3TA9A 1E4MM 4MB3A 1KFWA 1E9LA 3RDKA 4GI6A 1WO2A 4M8UA 5I23A 2J8GA 4Q22A 4W87A 2CBIA 5I2UA 3CUFA 1B30A 9CGTA 5ABFB 3FHAA 3FAWA 1LG1A 2WMJA 4HZ7A 2YL6A 4L4PA 2VRJA 5JUVA 1A3HA 4F79A 1F4AA 1US3A 3CUJA 3WMSA 1GVIA 3EDKA 2DSKA 4PTVA 2D0GA 1JAKA 3II1A 1HKJA 5JIWA 4CD7A 2W5FA 1JZ7A 5BXTA 4LXFA 3N15A 4P7LA 3VM5A 4TVCA 4OOUA 1ODZA 2ZX5A 1VFFA 1WCGA 3DC0A 2J4GA 1QI3A 3VDHA 2IXUA 4M80A 1NOWA 3MO4A 4W8AA 4W89A 4BQ4A 1FH7A 4OBRA 1UR0A 2EPOA 2PWFA 2DT0A 3VDCA 4CN1A 1ISVA 1XV8A 2DH2A 3FY1A 3BSGA 4JZ5A 7A3HA 4QDMA 3POCA 5D8WA 5CLTA 3WD1A 2WCAA 3THDA 2ZUVA 1LL6A 3WQ6A 4HZ8A 1FH9A 3L4ZA 3WF4A 1WB0A 2WCGA 3VTRA 3FXYA 1JXJA 3TTYA 3GNPA 3ZOAA 4C7FA 1H49A 1E40A 2JFEX 2ESCA 5EB8A 1C8XA 5A6BA 3ZJ8A 3SCQA 2BHZA 3WNOA 1HP4A 3WH8A 3ZT5A 4BQ3A 3CZKA 4B3KA 3WQWA 3HJEA 4V28A 1EQPA 4WKHA 4PSPA 3SCRA 4AD0A 4CVUA 2OWXA 3QHMA 1HT6A 1OINA 3NSNA 4H7VA 5AYIA 4J3TA 1NWRA 3WH5A 1BYDA 2NT1A 5CSUA 3N9KA 4V27A 1CGXA 1QI0A 1VJSA 3GDBA 3VD3A 3VVGA 4P8UA 2VZTA 3WF3A 2DDXA 2YBTA 3AISA 4FF5A 2DH3A 1WZAA 1CLXA 1R7OA 2DSVA 1QHPA 2DIJA 3BAIA 3PTQA 4J7RA 2WKLA 3UG3A 4OIFA 4BCEA 2A3CA 2BHYA 3ZMRA 3PZ9A 1WZLA 2EEXA 2XUCA 4OBSA 3T2QA 4AD3A 2PBOA 4Z2GA 4MTVA 4HU8A 2EXOA 3PZUA 1UQYA 5DO8A 1ZJAA 4DUWA 1MW3A 1QI5A 3AROA 3GXIA 1KWGA 3I3EA 4JFTA 1EA9C 2WWDA 1R86A 3EMQA 5JBFA 3GYCA 1U30A 3OLGA 4ZE4A 2WHKA 1JYXA 1CYGA 3ARYA 4U3CA 1J01A 2J47A 1EDQA 5DMYA 1UHVA 4EAMA 1J9YA 4PUEA 5A8PA 1S46A 1E3XA 2WVSA 1JDDA 2Y24A 3DHUA 1W3JA 3ARZA 3QHNA 5EBAA 3N11A 2WVUA 1DEDA 3NJ3A 4J3XA 4KGLA 3VGBA 1OCQA 1UD6A 4PSRA 1Q6CA 5KZ6A 4JFWA 3CMJA 1ZU8A 2YA0A 1HJXA 3EDFA 1DTUA 2QMJA 2UY4A 1KR0A 3K4DA 1J0YA 1D7FA 4ATLA 5I5RA 1BGGA 5A2BA 2X2YA 2ZX9A 3T2OA 3IAPA 5CJ5A 3GH4A 4ATDA 1UWQA 3SIMA 1B3ZA 3VM7A 4MB4A 1GOKA 1IV8A 4AIEA 3BMVA 1C7SA 2DIEA 4UQAA 1SMAA 1BYBA 2BHUA 1O7AA 4PMQA 1MWOA 2YLLA 4XZBA 1KBBA 5A94A 1FP8A 4CN4A 3AOFA 1JYNA 3OZPA 2WWCA 3SEPA 1BGAA 4AD2A 1W91A 4UOZA 1B31A 3WD2A 2XGIA 1ISZA 2HISA 4HA4A 1GOWA 3VGFA 2CIPA 5AC5A 5IXEA 4D72A 3K1DA 1GNXA 2GUYA 1E6QM 3WQ4A 1DWAM 4UFJA 2YOCA 2CHOA 3HU7A 3VIKA 1AMYA 1E6RA 3SCSA 1E4IA 1TMQA 2VCAA 1VFOA 1U2YA 2XVLA 2D3NA 4ZFMA 4D6DA 4PMXA 3VO0A 1LG2A 3WKZA 1GQLA 3T0AA 2WMKA 5IHRA 1OBAA 4KGJA 1OSEA 4JAWA 3OG2A 1I75A 4A4AA 2ZIDA 4CUCA 3K8MA 3CZLA 1I1WA 2V3FA 1K9DA 4Z2JA 4FLRA 1E15A 3WFLA 3WD3A 1HVXA 1QNPA 5A8OA 2WB5A 2ZUSA 4AZ5A 1NARA 2V3GA 3CHEA 4MADA 2WMGA 5A69A 4P7OA 1OT1A 4D6JA 3PTKA 4GINA 3WSUA 5KEZA 1GQIA 2DGAA 3OLDA 3K4AA 5E70A 2OLHA 4W84A 5E9AA 2CBUA 1OM0A 4W5ZA 1JXKA 1UKOA 3OB8A 4GO8A 2UWFA 1V08A 1XYFA 2C7FA 4UR9A 2OYKA 1UH3A 3VD4A 5CZKA 3UG4A 2V5CA 4UQDA 3ZO9A 5DT7A 2W67A 2J75A 3VGEA 1HL8A 1EH9A 4WKFA 4CD5A 3GNOA 3QOKA 3A6OA 2GK1B 3ARXA 4AD5A 4FK9A 3W29A 3UERA 3GXMA 3KE0A 1QI2A 3WDRA 2J7GA 2X0HA 5AYBA 1H4PA 2BXZA 3GH5A 2EPMX 1B3XA 1VB9A 2YL5A 1E43A 3BSHA 3VMOA 3S6TA 3WDIA 1CXHA 3WQ5A 1UR4A 5E6YA 8CGTA 2DPEA 3E1F1 5M3WA 3MMDA 3PZMA 1V3IA 3JUGA 5BROA 3UEQA 3WUGA 2FH6A 3B9DA 1UZ4A 4U33A 2CXGA 3CMGA 4WKAA 2X05A 2XFRA 1GQJA 1W1YA 4P8VA 4AWEA 1JD7A 2ZUWA 3G6MA 1XCWA 4LYQA 4MNLA 3LPOA 1K6AA 2JF7A 1QW8A 4H8VA 4U3AA 1GJUA 3WF2A 1H3GA 2VX4A 2GVYA 1ISYA 2E9BA 1HL9A 2E40A 3TTQA 2VI0A 5BXRA 2JIWA 1QPKA 2W4XA 5M5DA 2O9OA 2X1IA 2FH8A 5HDRA 1J0HA 3GNRA 4TTUA 1XSIA 2JEPA 1BVZA 2VVNA 3KWXA 1CNVA 1GHSA 2X0YA 3A4WA 1XH0A 2G3NA 2VZUA 1BPLB 3ZT7A 3MUIA 1K9FA 4MNKA 1GORA 1KGUA 4DWSD 1GOIA 1KGXA 2FHBA 2UY5A 3F5KA 1V3LA 5HBFA 3SCWA 1PIFA 1VBRA 3QOMA 4HA3A 1ZBCA 3W53A 3WH6A 4J3SA 3ARPA 1ECEA 1MW0A 2PWHA 5LA0A 2VCCA 3VIMA 1U33A 1BG9A 5DEZA 1L0PA 1XH1A 3AS3A 4TTGA 3BCFA 4IUGA 4HU0A 3UG5A 3W82A 4F9JA 2BY3A 2UY2A 1UD3A 1KXTA 2WCSA 2F2HA 1CXLA 5ABFA 3BAJA 5E0FA 4ZE5A 1UKPA 3MUAA 3W24A 2W66A 2DEPA 2WZEA 2WHJA 1V6UA 5CQ1A 2E9LA 3SCNA 2XFYA 5GNZA 1W2PA 3RIKA 1DHKA 1GUVA 4N0RA 1E3ZA 1CDGA 5IFTA 1QOXA 2BY2A 4CU6A 1NWUA 1UD5A 2G3JA 7CGTA 2BFGA 4F66A 4JKLA 4WJXA 4AXNA 2WSPA 4P7NA 3TP4A 1XD0A 4X9YA 2VR4A 4IM4A 4W8LA 1GHRA 5A6MA 4NRSA 3WEMA 5A6BD 3ARQA 2F61A 4AIUA 3W28A 1W9DM 2EQDA 4CU8A 1UUQA 4M24A 3EDEA 3MUY1 4H2CA 2CNCA 1WAWA 1HJQA 2QPSA 1O6IA 2WYSA 3QR3A 1J10A 2WPGA 3AMDA 3ZJ7A 3VIPA 4DWSA 1M04A 2EO7A 2EPKX 2B31A 4GI9A 2WM0A 3VU2A 4B9ZA 1LQ0A 2J7EA 3BAKA 1D2KA 3UR7A 2C8NA 3NIYA 2GJXB 2YBUA 4MNMA 3PBGA 4L4OA 2G4FA 4U5IA 1UKQA 4QCFA 5FL1A 3MKKA 3PZNA 1RPKA 4TOQA 1X1NA 3SUWA 3OA5A 5D9PA 4QAWA 4DUXA 3WDPP 2BVDA 3OGVA 1H2JA 2IXVA 1SYTA 4IISA 4X0VA 4K68A 4JCLA 4PCTA 1M7XA 4QCEA 4TX8A 1CGUA 1EHNA 3VILA 4PBGA 2QLYA 2OYLA 4ACYA 1C8QA 1F4HA 3GBDA 2D24A 4XZWA 4Z2KA 5A8QA 4EK7A 3M07A 4LGXA 3L4VA 4PMVA 1XGZA 5EFFA 4ACZB 1VIWA 1JF5A 1B90A 1UQZA 1E6ZA 3ZT6A 2VR5A 2CITA 1LWJA 3IK2A 3L2MA 5C8BB 4AZIA 3CIVA 2VUYA 2CHNA 2GFTA 4PMRA 3I3DA 1ZBWA 5A3HA 1A47A 1V3HA 2JIEA 2YA2A 4V2XA 2Y5EA 1JG9A 2BV9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1M01 A;  4J3U A;  4AY1 A;  4H8H A;  4UFI A;  4JFS A;  1TUX A;  1CEN A;  4B9Y A;  3CUG A;  1HN1 A;  1CGT A;  3WNL A;  4CGT A;  1EXP A;  1V03 A;  3T08 A;  1X6N A;  1W3L A;  3MUZ 1;  1C92 A;  1UR1 A;  1OGG A;  1HJS A;  4J27 A;  3MMW A;  5A8M A;  5A2A A;  2XM2 A;  4F8X A;  5A6A A;  2V38 A;  4HZ6 A;  3PZO A;  5A8N A;  3GXD A;  2BY1 A;  1BFN A;  3B9A A;  1JF6 A;  4BF7 A;  4AW7 A;  1W2V A;  1NP2 A;  3BAX A;  4B15 A;  3W38 A;  1MVY A;  1KBK A;  1WDS A;  2C0H A;  2J25 A;  3SCP A;  1J0J A;  3N1A A;  2VX7 A;  4HP5 A;  2D22 A;  2WVT A;  1BG4 A;  2QF8 A;  3THC A;  5D4Y A;  1EHA A;  4RE2 A;  2J7H A;  3EDJ A;  3AHX A;  4W7W A;  1CGY A;  2J77 A;  6A3H A;  3PZQ A;  3VD5 A;  2J78 A;  3WL0 A;  1V0N A;  2XVP A;  3MAN A;  1UH2 A;  4MB5 A;  2ZUT A;  3WEN A;  1HP5 A;  2NT0 A;  1HNY A;  1HKI A;  1QI4 A;  3VGD A;  3AHY A;  4JHZ A;  2XSB A;  4FLS A;  3ARU A;  1IZK A;  2VOT A;  5HPC A;  3O2L A;  3AS0 A;  1Y7V A;  3BMW A;  5GQB A;  1CZ1 A;  1AQH A;  1MYR A;  1TVP A;  4M81 A;  1H11 A;  2CET A;  3AIE A;  4N42 A;  1X6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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