1EOM | Genus

Total Genus 103

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	103
sequence length	283
structure length	283
Chain Sequence	NGVCIAYYITDGRNPTFKLKDIPDKVDMVILFGLKYWSLQDTTKLPGGTGMMGSFKSYKDLDTQIRSLQSRGIKVLQNIDDDVSWQSSKPGGFASAAAYGDAIKSIVIDKWKLDGISLDIEHSGAKPNPIPTFPGYAATGYNGWYSGSMAATPAFLNVISELTKYFGTTAPNNKQLQIASGIDVYAWNKIMENFRNNFNYIQLQSYGANVSRTQLMMNYATGTNKIPASKMVFGAYAEGGTNQANDVEVAKWTPTQGAKGGMMIYTYNSNVSYANAVRDAVKN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__542216305678563__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__542216305678563__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1EOM/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__542216305678563__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"542216305678563","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1EOM/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__542216305678563__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb153656e559ced255c0f2/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb153656e559ced255c0f2/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb153656e559ced255c0f2/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb153656e559ced255c0f2/pdb.gz): 362 ms

reading 283 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

283 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:282});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Elizabethkingia meningoseptica
publication title	Structural basis for the substrate specificity of endo-beta-N-acetylglucosaminidase F(3). pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE F3
total genus	103
structure length	283
sequence length	283
ec nomenclature	ec 3.2.1.96: Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase.
pdb deposition date	2000-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1eomA00

1E3ZA 4H2CA 1CXEA 1NARA 1CIUA 4WKHA 3CUGA 2ZXQA 5A6JA 1CTNA 5FOOA 1XV8A 4IM4A 2W63A 1QBBA 1WDRA 2FHBA 1UZ4A 5A6SA 3KL5A 3IANA 1UQZA 1HP5A 3VDAA 3CHCA 1JZ3A 4IUGA 1KGUA 3PZIA 3VMNA 1UUQA 4HMEA 1E6SM 2X8RA 2YOCA 3ARQA 1LWHA 2VCAA 5CZKA 2VX4A 4P7LA 1NP0A 1JD9A 1X6NA 1ZS2A 1VRXA 5IHRA 3WEMA 4DWSC 1VEMA 1TCMA 2WLZA 4M24A 4ATWA 4M1RA 4N42A 3FY1A 3WQVA 1HIZA 1XD0A 3RILA 4M56A 1S46A 2MANA 2WWCA 3CIVA 3PHAA 2WW5A 4BZYA 2FDMA 4M82A 4D1IA 2GK1B 2FH8A 2J7CA 2XVKA 1B0IA 4W93A 3KL3A 5E09A 2E4TA 4MAVA 3VIPA 4X9YA 3N17A 2GJXB 1NP2A 3U7VA 1CXIA 1MW0A 2HVMA 1FA2A 1QI0A 3ARTA 1V3IA 4EKJA 2JALA 3VGHA 1FFRA 3WSUA 5CPTA 1BPLB 1CGXA 1EQCA 4NI3A 1V6WA 2WZHA 2JF6A 4GIAA 4JKKA 3BXWA 4D6CA 3WNOA 3B9EA 3MSGA 1HKMA 1JYXA 3ARSA 1C8XA 4L4PA 3MSDA 1HVXA 3EDFA 4J3UA 4A3HA 3GDBA 4PMUA 3SCQA 4M81A 1US3A 4AZCA 6A3HA 2A3HA 1B3ZA 3VVGA 4CGTA 2ZUMA 1B30A 4D1JA 4OOZA 1MXDA 4UZUA 3CO4A 4Y7EA 1KXTA 3T2QA 2D1ZA 4W8BA 1EHNA 4GO9A 1EOMA 3AS0A 1V0KA 1QPKA 7CGTA 1F4HA 1D2KA 4UOZA 4U3AA 4MDPA 1OIMA 1GHSA 1VB9A 1BLIA 2J7GA 5C71A 4JIEA 1OGSA 2CXGA 5CPQA 3EDJA 4MB1A 3NCOA 4M80A 2WBGA 3ARUA 3CGTA 1JZ6A 4UFKA 1MW2A 2VJXA 4MADA 4AZIA 1UD8A 1U2YA 1QVBA 4HZ7A 3M07A 3AIWA 3WD1A 3U5YA 1JZ5A 2CHOA 1LL6A 2W91A 1UWTA 2PBOA 2WHJA 1CGVA 3GH4A 1WB0A 4YN5A 5GNZA 4UCFA 2NT1A 1N82A 3PZTA 3PZOA 2DDXA 5JIPA 4HU0A 2XFRA 4LYQA 3WDQA 2CBVA 3VKKA 1DP0A 3DYPA 3GZAA 3SCSA 1C91A 1VBUA 2D3LA 1EDGA 2W5FA 3ZSSA 1NOUA 1HKIA 1LF1A 3PTKA 5A6LA 2XTKA 1PEZA 3N04A 1OGBA 4PN2A 3IK2A 1V6UA 3J7HA 2VVSA 2YBTA 3QR3A 4MB4A 2BY0A 4GO8A 3GM8A 2PWHA 3IJ9A 3MANA 4MTVA 2G41A 4HA4A 1C8YA 3FNDA 3WNKA 3HJEA 2X0YA 1WCGA 2J7HA 5I78A 1O7AA 4BQ2A 3WDIA 5A6AA 4IPLA 4AZCB 1E6QM 1WKYA 4LQ1A 1BYDA 4W88A 4TUFA 1M53A 5BCAA 4MPKA 3KE0A 1AVAA 1E6XM 1W1TA 4GINA 1E6RA 4FK9A 2D2OA 2C8NA 2ZOXA 3W6MA 4S3KA 3GBDA 3N15A 1Q6GA 1OT2A 3AZRA 1CNVA 5BROA 5A8PA 3F5KA 1GCYA 3BAXA 3W25A 4QCEA 1ODZA 3OZOA 3BGAA 1Q4NX 2WVTA 5FL0A 4D72A 1MW3A 5I77A 1B2YA 3CLWA 1TZ7A 3GH5A 2E3ZA 3W26A 3AYSA 3MV11 3VILA 2NSXA 1SR0A 2G3MA 1KFWA 1HKJA 4HMDA 3CTTA 1PIFA 1GOQA 5C70A 1ZL1A 2X0HA 4AEFA 4Z2IA 4C7GA 4ZENA 3K1DA 1HJWA 4PTVA 3W81A 1EDQA 2A3CA 1GORA 3RM8A 1SMAA 2CERA 3VMOA 1BG9A 5I6SA 3I3EA 2TAAA 4DWSA 1DTUA 4D6GA 1Q6FA 4TVUA 3DHUA 4HZ6A 5M5DA 1UKSA 1CXKA 3ARRA 2ZICA 2G3JA 1E6PA 3AHTA 4NF7A 1NWUA 5BRQA 5HNNA 4XV0A 3F5LA 1JDAA 1SMDA 4JZ5A 3NUKA 1KQYA 1H0GA 2V5CA 2QF8A 4CD5A 1VAHA 2J7DA 4JL2A 5HXMA 1EO7A 2WMKA 4OIFA 1EIBA 4CN6A 5A6BA 2XIIA 3FHAA 4GI9A 3T0BA 2WNWA 1OT1A 4GQRA 4OBSA 2VRQA 4Z2KA 4Z2JA 2WC7A 1TA3A 5E0FA 3SUVA 2AOSA 3AHZA 1XCWA 5A2BA 5A2CA 3JUGA 1DWIM 4PMQA 2Y5EA 7A3HA 3E1F1 4GZIA 1JZ2A 3AHYA 4PMRA 5E0CA 4F8XA 2QMJA 3GNRA 2YIHA 3L4VA 1E40A 2XGIA 5DT5A 4B16A 3EDDA 1RP8A 1G94A 2VTFA 2VZUA 3EBVA 5EBAA 2WWDA 1E1EA 4Q7NA 1FH8A 4BQ3A 1H4PA 4LXFA 2WSPA 4W7WA 1E70M 4RE2A 5AYBA 1HJUA 3OLGA 1GQJA 1ISXA 3CBWA 2FGLA 3WL1A 1KCLA 5EFFA 1HNYA 3GXMA 1HJXA 4MNKA 4P8UA 2WHKA 4OBRA 1Z32X 1E4IA 4PMOA 3VDCA 4V2XA 1HP4A 2DQXA 1MVYA 3VINA 3IAQA 4YPJA 5I79A 1B3XA 3L4TA 4DWSB 2YA0A 1C90A 1KXQA 1X6LA 4OKDA 4LYRA 1PZ3A 4H41A 1BAGA 1ZBWA 3RPMA 1OM0A 2XFYA 4XZWA 5IHSA 2ZWYA 3DHPA 3RIKA 1GZJA 1ZJAA 4PUDA 2F61A 3SCNA 2YLLA 3APGA 1LQ0A 4E8CA 4CU7A 1W2VA 1ISZA 2J8FA 3CHDA 4AZ6A 2UWFA 2V5DA 5A8MA 2VNCA 1B31A 4RE4A 4CCDA 1EO5A 2CKSA 3SUWA 1KWKA 3WDHA 4B9ZA 2EEXA 3VIOA 4JCMA 4AYSA 2O92A 2QPSA 3N12A 3AIEA 2YDRA 4Z2HA 2JE8A 5JUVA 1B3YA 3VUPA 1JF5A 1VEPA 2ZX9A 1M01A 3O9NA 3N11A 1H1NA 4UQDA 3WEOA 4P8VA 2GJPA 4BS0A 1JDCA 1R7AA 3VOCA 3WDJA 3UERA 4KGLA 2JEQA 1JZ4A 1Q6CA 3LPFA 3CZKA 3ZT5A 1TG7A 2CIPA 3GXIA 2CYGA 3I3DA 3QHOA 3K4AA 1XSKA 3LMYA 1EA9C 3PTQA 1W3LA 1EOKA 3VU2A 3VD4A 5D9PA 3RO8A 3LPPA 1E73M 5BXSA 3AYRA 4M29A 4J3VA 4XUYA 1WP6A 4ZXLA 1KGWA 4PYSA 1CEOA 3AZTA 3CH9A 3ZJ7A 3GNOA 4P8WA 3SUTA 1E0WA 3THCA 4YHEA 1MQQA 1UKPA 1CLXA 3VD9A 1JNEA 1QW8A 2PF0A 5EFDA 5D9NA 1JG9A 4CU6A 2UY5A 5CG0A 1ESWA 1KXHA 3WDRA 3LPOA 4UR9A 2XVNA 4W7VA 5HPCA 4UQBA 1E3XA 1OSEA 5BYWA 2WC3A 2ZX7A 3BCFA 3VIFA 4P7QA 3SIMA 3ZSTA 4CVWA 4CN4A 1WE5A 3N9KA 3TTSA 3WN6A 1WZLA 5A1AA 5BRPA 2W67A 3UETA 3POHA 3OLEA 3SURA 5KEZA 3WUFA 1W3HA 5A6MA 2Y2WA 1DWGM 4UOJA 5FIPA 4GI6A 3AI0A 4IISA 1US2A 3WFLA 4UQAA 3O2LA 1IT0A 1JNDA 3WH9A 3QOMA 5AC5A 1V02A 1KB3A 3SCWA 1TMQA 2VR5A 3AICA 4CKQA 1QNSA 3NSXA 4HP5A 3FAWA 1UH3A 2OYMA 4FLSA 1GVYA 3MKKA 4B3KA 2WK2A 1UR9A 3FW6A 4S3JA 4EANA 6TAAA 1FHDA 2ZUSA 2J25A 3WD0A 4R27A 1CZ1A 1G5AA 4WKFA 3VX0A 4P7RA 3L4UA 4CD8A 1R8LA 2BHZA 4WLCA 4AZ7A 5GPRA 3AIQA 5CGMA 2PWEA 1BFNA 1NOWA 1K9TA 3CUHA 1UR2A 1V0LA 2PBGA 3UESA 4FMVA 3AIUA 3FXYA 4NZCA 1A47A 4A3YA 2ZX6A 4J3SA 3VX1A 1JL8A 2ZE0A 1GJWA 1E4LA 2UY3A 2RGLA 3EMCA 4WKAA 1J0IA 5A8OA 4JKMA 3WQ4A 3ZT6A 4PBGA 4ACYA 2GUYA 4AC1X 4TX8A 2Y24A 4CCCA 1E5JA 4UFLA 2VOTA 1BF2A 1XGZA 5I0DA 5JBEA 4F9JA 3VIHA 1MYRA 2WCGA 3ZQ9A 1EXPA 1BTCA 2BFGA 4BCEA 1ZU8A 4AZGA 4LX4A 1PX8A 2J75A 1UWUA 3AFBA 4XX6A 4ZEPA 3CHFA 5JBDA 1V6XA 3GYCA 4AZHA 3F4VA 1IZKA 1CXFA 1CXHA 2WVVA 4MJ2A 5D9MA 3ZJ6A 4TXEA 4ATLA 1RH9A 2DT2A 1MW1A 1JFXA 3FAXA 1U30A 2DIJA 3EDEA 1GPFA 5CSUA 1UKQA 1W32A 4MB3A 3W29A 1JIBA 4PMNA 4U2ZA 5I3DA 1OCQA 4AY1A 1C8QA 2EPKX 1J10A 3SCOA 3T09A 1BSIA 5I23A 1H09A 4MAZA 1JZ8A 1LJYA 3AMDA 3WNMA 1H0IA 5C8BB 5E6YA 3ARPA 2J74A 2PWFA 1TE1A 4UFMA 3WQWA 4ZE4A 4UQCA 4PMZA 3WH6A 4JAWA 3W53A 4C7FA 1QI4A 1YHTA 4ATDA 2CBIA 1UYQA 3GNPA 4DWSD 3W4RA 2WHMA 2VI0A 3F5JA 5F7UA 2YL6A 1PZ2A 3RJXA 4AW7A 4Z2GA 4URIA 5E70A 3KZSA 3OLIA 2CHNA 3QOKA 1V3KA 3T2OA 4N0RA 2ZWZA 1H3GA 2ZXBA 3CMJA 4PMDA 3WUGA 2G4FA 3GXFA 3FN9A 4J3WA 2C0HA 2UY2A 2XPKA 1IZJA 1J0ZA 4FF5A 3VGGA 1UWIA 2PC8A 1BGGA 2O9PA 5A6BD 2VURA 2J8GA 1OBAA 1W9VA 2QMKA 2HISA 2QHAA 1GOIA 4OOUA 5LA0A 4ZE5A 4W5UA 1AQMA 4BA0A 3ZJ8A 3MUAA 4JFVA 4AZ5A 1V03A 1JGIA 3ZIZA 4KGJA 1W9BM 1PJ9A 2CKRA 3NSNA 3K4DA 4M8UA 3D5HA 9CGTA 2GDUA 1CYGA 1QNPA 2ZUWA 3WBAA 4UFHA 3K8MA 4QDMA 3VD7A 2ZXAA 4KH2A 2VX6A 1VJZA 2DH3A 1TVPA 1XH2A 2VC9A 3WMSA 3WH5A 4W5ZA 3SUUA 1GVIA 3AQUA 2X1IA 4ZXOA 1ZBKA 3GH7A 1VEOA 3AZSA 4W7UA 3WEZA 4DUVA 2WVSA 3G6MA 1MQPA 5LA1A 3VGDA 2QPUA 1H49A 4W89A 3S6TA 3OGRA 4PCTA 3VGBA 2DIEA 2WMIA 1C7SA 3N13A 3TP4A 2YDSA 4MJ4A 3VM5A 3NIYA 1KBBA 3WF0A 2RGMA 3ARWA 4V27A 3EMQA 3SUSA 1RP9A 3KL0A 5DF0A 2EPMX 2XVPA 4H04A 3VNZA 3BSGA 1J0YA 2Y4SA 3VO0A 1TVNA 2VRJA 1HVQA 2EPOA 2YJQA 2DT3A 4J28A 1JF6A 1CXLA 3MV01 4FLRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3A47 A;  3HN3 A;  3L4W A;  3W82 A;  5BXP A;  1R87 A;  1BYB A;  3SCV A;  4K68 A;  5A3H A;  4U3C A;  2XG9 A;  1HJQ A;  5D4Y A;  4EK7 A;  1XSJ A;  2QV4 A;  3BAY A;  4PRW A;  1RPK A;  2D20 A;  4UNI A;  2GJX A;  1B90 A;  2J77 A;  4PTW A;  3PZM A;  3VIG A;  3ZR6 A;  3T0D A;  3VII A;  3CZJ A;  1FOB A;  4GZJ A;  2JFE X;  2WB5 A;  1MQR A;  4QCF A;  1GW1 A;  5JIW A;  2UY4 A;  1VF8 A;  1BG4 A;  3OIH A;  1DWA M;  4XB3 A;  1DWF M;  3QGV A;  5E6Z A;  2EO7 A;  5EMY A;  2AMG A;  2BY1 A;  1L8N A;  3VTR A;  3CZG A;  4CCE A;  2Z1S A;  4QLJ A;  2OWX A;  1JI2 A;  2DGA A;  4JFS A;  2CNC A;  2DSK A;  1PPI A;  1QNO A;  1Q6D A;  3DC0 A;  1B3V A;  1PIG A;  4AD1 A;  2VR4 A;  5CXP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OG3 A;  3PBU A;  5A6J A;  4DF2 A;  5FOO A;  1XGE A;  4GYP A;  2Q3O A;  3W2L A;  5H2Z A;  3VNI A;  1OFP A;  1QBB A;  4BY3 A;  1UZ4 A;  2WJE A;  3FKK A;  4IP7 A;  1GPW A;  3DGB A;  5F2I A;  3CHC A;  1CX9 A;  4DZH A;  5HMF A;  1QOP A;  1Z48 A;  5C9Z A;  1Z7A A;  4LAN A;  3VMN A;  2YOC A;  2E6F A;  1WKF A;  2PCE A;  3TLL A;  2VX4 A;  4P7L A;  1NP0 A;  2I56 A;  2RDX A;  4G56 A;  5IHR A;  3WQF A;  3IVU A;  5IBX C;  1EWD A;  5DY2 A;  4M56 A;  3GNN A;  2VHL A;  4M7T A;  4BZY A;  2CZ5 A;  1XIS A;  3DFO A;  3N6H A;  3GDK A;  2FH8 A;  3R8H A;  5HUL A;  3MCN A;  1B0I A;  3URA A;  3V35 A;  3KL3 A;  3HG5 A;  2P76 A;  1VBH A;  2E4T A;  3F4W A;  3TQP A;  4JQ1 A;  5DRC A;  3N17 A;  3RGT A;  1MW0 A;  2ACU A;  1V3I A;  2DZW A;  3VGH A;  5FEZ A;  2QKF A;  2OB3 A;  1XWY A;  5CPT A;  1BPL B;  4GBD A;  4NI3 A;  2JF6 A;  4FX7 A;  4D6C A;  3VXG A;  3EDF A;  4J3U A;  3VKC A;  4A3H A;  3TN3 A;  3IGH X;  4PMU A;  4QJ1 A;  3SCQ A;  2FDS A;  2DJL A;  4AZC A;  2ON3 A;  1UZD A;  1Z9A A;  3UXL A;  2WPB A;  4RXG A;  4OOZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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