1EPX | Genus

Total Genus 144

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	144
sequence length	357
structure length	357
Chain Sequence	MSRVTVLQSQLPAYNRLKTPYESELIATVKKLTTPGKGLLAADESIGSCTKRFQPIGLSNTEEHRRQYRALMLEAEGFEQYISGVILHDETVGQKASNGQTFPEYLTARGVVPGIKTDMGLCPLLEGAEGEQMTEGLDGYVKRASAYYKKGCRFCKWRNVYKIQNGTVSESAVRFNAETLARYAILSQMSGLVPIVEPEVMIDGKHDIDTCQRVSEHVWREVVAALQRHGVIWEGCLLKPNMVVPGAESGKTAAPEQVAHYTVMTLARTMPAMLPGVMFLSGGLSEVQASEYLNAINNSPLPRPYFLSFSYARALQSSALKAWGGKESGLAAGRRAFLHRARMNSMAQLGKYKRSDD

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__016557870407891__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__016557870407891__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1EPX/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__016557870407891__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"016557870407891","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1EPX/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__016557870407891__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb156b56e559ced255c106/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb156b56e559ced255c106/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb156b56e559ced255c106/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb156b56e559ced255c106/pdb.gz): 338 ms

reading 357 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

357 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:356});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Leishmania mexicana
publication title	Structures of type 2 peroxisomal targeting signals in two trypanosomatid aldolases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
total genus	144
structure length	357
sequence length	357
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2000-03-29

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1epxA00

1GZGA 2EF9A 3LHUA 3BGGA 3W1AA 4XBKA 1YPFA 1QR7A 3P82A 3PWAA 1TTQA 1WX0A 1KFLA 1PHWA 2VEIA 4W9TA 3TW7A 2QDHA 3PBYA 3DZ1A 1XBZA 3GR8A 2HS8A 1VHCA 4WOQA 2TSYA 2OX1A 5F1UA 5LNWA 3HPXA 5A8GA 1JQXA 4JTIA 1TIMA 3B04A 1EIXA 3FKKA 4O11A 3LDVA 3EXTA 1PCKA 3FJ6A 4EOUA 1HFBA 5L6UA 1VCFA 3G1VA 1OF8A 1GOXA 1XUZA 4MVAA 2V2HA 2YSWA 5AB3A 1IXOA 3O8AA 3SFKA 5LNSA 3W7LA 1FDJA 1TPWA 3S5OA 3W1UA 4MOZA 5F2MA 1JUKA 1QPQA 1SZGA 3W73A 2QUTA 5CZTA 3WFAA 2ZRXA 2OJPA 1L9WA 1TV8A 4PFMA 3Q58A 3W7CA 3LCIA 1NEYA 4EF8A 2FB2A 4IGHA 1B4KA 4MUZA 4AF0B 2FPVA 2ISVA 3QW4B 3GDLA 3HQ1A 4UTMA 3NGJA 1Q6QA 1TQJA 4D2JA 3TAOA 2FLIA 1RPXA 2QCNA 3PVFA 4Y8FA 1JCNA 3W1MA 1XXXA 3A9IA 3PUOA 1W3TA 1SFLA 5EA9A 3O6CA 1VS1A 3TSDA 1OX4A 4UMCA 3EXRA 3JRKA 4N9DA 2ISWA 4JDBA 4OV4A 1GTEA 3S42A 2YGYA 3EWXA 5G1TA 2X2GA 4JTSA 1EPXA 2NX3A 2Z2UA 1WBJA 2DJXA 3W7DA 1B57A 2VFGA 4FX6M 2PURA 3TR2A 1LRQA 4LUJA 1W3IA 2RFGA 1LZOA 1KM4A 2ZRZA 3CWOX 3L65A 4NX0A 2ZFAA 5K4ZA 2EHHA 5BMWA 3G8RA 2QUVA 3TDFA 5FI8A 4K7YA 4BFAA 4ADTA 1JCYA 4G1KA 3LCXA 3LHWA 2A1YA 1H51A 3TJLA 2C0AA 2CZDA 4CNPA 1BWKA 2CZ5A 3DBPA 2DJLA 4UUIA 4ADUA 3W1TA 5BOOA 3M5ZA 3I7QA 3WJXA 1K7EA 3CEPA 3W84A 3W2NA 1H1YA 3STFA 2VEPA 3P60A 4A29A 3TROA 3P67A 1LROA 1RV8A 5LKYA 4LV4A 1J5TA 4QJ1A 2WSYA 3WK1A 2QCMA 4MY1A 4LY8A 3TMQA 3I65A 3S1UA 3M16A 2RDUA 2Y70A 1LRNA 3C6CA 4HN4A 5DCEA 4O12A 3MYPA 3FYOA 3NQ7A 4NNCA 4O8RA 4R33A 5KTLA 4PH6A 3SW6A 1VCGA 3USBA 4LW7A 3NQ8A 1VRDA 4JTTA 4ZQRA 3W87A 4YWIA 3W7QA 2ZBTA 2BLEA 5AC7A 5C55A 4XZ9A 5FF0A 1TV5A 1KFCA 2OT1A 2V82A 3A21A 4X3ZA 4HNTA 1AK5A 2C19A 4O1DA 1GYLA 1MXSA 2R14A 4GRSA 1UUOA 2V5LA 3NL6A 1OF6A 1U5JA 3GYEA 3KAOA 3W7RA 1R47A 4A21A 1EUAA 1JCMP 3W7KA 5HMSA 4A2SA 3HMJG 3PR2A 1VH7A 4HSOA 3KVLA 1RVGA 3G3DA 3GLCA 4HKPA 4K36A 3C2RA 3C3NA 3NM1A 4AB4A 1A53A 1KV8A 2ZZ7A 1H1ZA 1QWGA 2PE4A 2Y7EA 1QNVA 1VJIA 3MW7A 2F7FA 1TQXA 1T0OA 4JGDA 2B7QA 1H63A 2C16A 2KZHA 4L4MA 1TPUA 4UFLA 3W1PA 3JS3A 4O52A 1VYSX 2C6QA 1M6JA 4WUIA 5CPMA 2JGQA 3LRMA 1LBLA 3GXPA 2E6FA 3MHUA 3D0CA 4IXHA 2RDWA 4JTEA 1H7NA 4NZFA 3WJYA 4ICNA 2YPIA 3NQEA 1KLZA 2NZLA 3BK0A 3TK7A 3EWUA 2IQTA 3THQA 3LOTA 4DF1A 3R5EA 5DELA 4IX0A 3LCWA 2V2DA 2CLOA 1XL9A 4GJ1A 1NF7A 2NX1A 2WNZA 1UJPA 4E0CA 4O1CA 3BG5A 4K37A 2E09A 1DL3A 5CKSA 3QMTA 1VYRA 2V5BA 4AF0A 5FF7A 4TO8A 4NNAA 3HG4A 3HG2A 2DU2A 3TIMA 4OU1A 3IGUA 3G1DA 1K03A 4FXRA 4MJMA 4GUFA 2NWSA 3QW3A 4OWGA 5LSMA 1H61A 2NWRA 1Q6RA 3PAJA 1KTNA 2ZZ1A 3L0KA 3JR2A 3W70A 4UTJA 1K8YA 1IXQA 3LCFA 1SQ7A 1G67A 3ABQA 4IJBA 1H7WA 3FEMA 3H55A 3QPZA 3CWNA 4JIPA 1PCWA 4M19A 1UBSA 3NM3A 2WOQA 1Q6LA 3F4NA 3Q37A 1HL2A 2G97A 3M6YA 3MI3A 3N19B 3NQDA 1JQVA 3N3MA 4NX5A 2C15A 2B7NA 1KFJA 1YTKA 4OGZA 3W07A 3T40A 4Z1AA 3TX9A 1H7PA 1YDVA 2JKAA 2PCQA 5AHLA 3EX1A 2NV1A 4LS1A 2QEZA 4OBTA 2CLKA 3SIZA 2QUUA 3EX2A 2P10A 1VLWA 3L21A 1K02A 2NXGA 5D2WA 5K9DA 1GVSA 2ZZ5A 2GVGA 1H60A 5KZEA 3GKAA 3EKLA 1KV5A 3MI6A 4DF0A 3W23A 2QCLA 1KLYA 3V75A 4RXFA 4U4MA 2QJIA 4PODA 4BWLA 1F2JA 1C9DA 1G4SA 1EP3A 3T4CA 4LT9A 1KBIA 2GUUA 4H4IA 4LS2A 4AEOA 2C1HA 4FF7A 3NPXA 4LOCA 4AHOA 1DKWA 5AN7A 2R94A 3BARA 3P8JA 3BG9A 4O13A 1XM3A 3DKLA 4FO4A 3TU9A 1JCXA 4OE7A 1WQ5A 1UASA 1QCWA 3G1HA 4UTUA 1HTIA 3N34A 3IIZA 2CLIA 1VCVA 2WSRA 3LX9A 4MYXA 2RH9A 3G0XA 1Q3NA 2E5BA 1JCLA 3E12A 4JEQA 2YFNA 2CLMA 2Q8ZA 3PB2A 4MKNA 4O53A 1W31A 1GG1A 1QFEA 3G1YA 1CI1A 1PE1A 5LHEA 5EYWA 4Z1DA 1FDZA 5F2IA 1W37A 5CPLA 4N9BA 2VFIA 3BW3A 5EPDA 4BR1A 4K6AA 3TAKA 3FIGA 1XBVA 4LRSA 4JIQA 3BLFA 3BVJA 3R8RA 2BZNA 2FJKA 3LLDA 3ATZA 1FBAA 1W5QA 1B9BA 5I3JA 4LRTA 3R13A 1SPQA 1ME7A 1Y0EA 4HHPA 1TB3A 3W1QA 3MO7A 3STGA 1PHQA 4JX5A 2WNNA 4N6FA 5FF2A 3FS2A 1SZFA 3F4WA 3NG3A 3PB0A 5C54A 1WBHA 2NUXA 1WYIA 3F1QA 1OJXA 3PC0A 2ZCGA 1I2OA 1GEQA 1VPXA 1DOSA 1EWDA 2RKXA 2EGZA 2VENA 3DI0A 4Z08A 2HSAA 4KWVA 1FUYA 3L9CA 4RJEA 2ZA1A 1OX5A 5HWJA 3R2GA 3W86A 1ZAJA 1OYAA 1EA0A 3OG3A 4M6PA 2Q3RA 3C56A 3O16A 3VFLA 1SW3A 1QOPA 3W83A 3SZ8A 4QAIA 1TV7A 1AL7A 5E93A 3LI1A 1XCFA 3DENA 3W7JA 2H3DA 3NQGA 1G4EA 5AC6A 1W54A 5DXYA 1MSSA 1SR9A 3CU2A 4ZQOA 1J2WA 1YLVA 3ZWSA 4IUOA 3DFNA 4DO4A 3GKFA 1G7UA 2E1DA 3PUDA 2BX7A 4UR8A 3T55A 2DZVA 3AO0A 5FEPA 1XC4A 2DZSA 4RR4A 2I14A 4NQ1A 1S3HA 5C2XA 1F05A 4XQ6A 3TKFA 3MUXA 2NV2A 3NL5A 4UXDA 3M41A 3NQVA 3QSTA 5HULA 4X2RA 1T8XA 2VOMA 1SO4A 1J4EA 3A23A 4ORIA 3O6YX 5CG7A 4LS0A 2V9DA 1GVOA 3NO5A 4UTWA 3GDTA 4RLIA 4XWUA 1KM3A 4M6VA 3S5YA 1IXPA 3CPRA 5D09A 4IMDA 3O15A 4JTJA 3V1PA 3KRZA 4DQWA 1JRCA 1QDSA 2GQ8A 4WY0B 3B0UX 4TR9A 3M5XA 1A50A 3G0SA 5KMYA 1TRIA 1JJKA 2J24A 5AHIA 1X8FA 3DFTA 4LVFA 3R12A 4Z0SA 3M0ZA 4RK8A 4M7TA 3C0JA 4JTUA 3S1XA 5AOUA 1G4TA 4UNLA 4MZ8A 3RLVA 4UFKA 2QCGA 1H7RA 3DGRA 4N9EA 1PVNA 3C4UA 3LGEA 5GVJA 1IF2A 3A5FA 4M6QA 4QITA 3HBLA 1A5CA 3G3MA 3M47A 2CW6A 3S5NA 2XFWA 3GK0A 3GVGA 1YTEA 2PRHA 2I9EA 3SR7A 3M5VA 1AW1A 2FPYA 1Z41A 3EX4A 5DN1A 3W1XA 4O14A 1I4NA 2WKJA 2A21A 1OFPA 3VCRA 3DU0A 2PRLA 1X6UA 3SECA 4JTLA 3BW2A 4O4WA 5IM51 1P4CA 3MHFA 3QEZA 1L6YA 3L5AA 4OT7A 5I3KA 5D38A 1JVNA 4E2DA 4MYAA 4WQ6A 1W5MA 1EB3A 2ZRWA 3CTLA 2V30A 3NPVA 3LHYA 4MLRA 1TJRA 4IMCA 4POCA 2TPSA 5D30A 2GJLA 3LI0A 2Z0IA 4K39A 1A5SA 4YXGA 1AMKA 2QDGA 3LCHA 1O95A 4LNYA 1T96A 1MEWA 3L0GA 4R34A 4BWLC 4HPJA 4ZVJA 5DCBA 4PA8A 3O05A 1AL8A 1KM2A 1O5XA 2F84A 5D2VA 3WK0A 3NYZA 3NQ2A 1PL9A 3KFTA 3QFEA 3B0PA 1ZAHA 2Y63A 3N14A 1LYXA 2EKCA 4M5PA 2E6YA 1D3HA 4HSNA 3A5VA 3W7NA 1ZALA 4FIRA 1OFRA 4LWWA 1HUVA 1JUEA 3I7RA 2DZXA 1JULA 4ORMA 2CZFA 3K30A 5EKYA 1KM0A 1LORA 3VNDA 2TMDA 4UIOA 4MY9A 4I9AA 1BKSA 4FNUA 2G96A 5HUPA 2VFEA 2G5WA 1BTMA 4O18A 2H8XA 2XN0A 2HTMA 5K3VA 4UNKA 4NXKA 5BMXA 3HGSA 2A6NA 3UY8A 3LHZA 5BNKA 2GQAA 5LGZA 3PBVA 2FDSA 3G0UA 3A24A 3QMSA 3ABRA 1MZHA 2ZZ6A 1N55A 1S5VA 3PF3A 4Y6GA 1CX9A 2NUWA 3E49A 3QC3A 4MPQA 4GFSA 5KITA 1K8XA 1UUMA 3W76A 1TSIA 2VFHA 4RKAA 1TPDA 3GDKA 1DQWA 5U7SA 3GXNA 3PBUA 3TC7A 3IV3A 4UR7A 3IGSA 1K8ZA 2P0OA 3QPYA 4ZQMA 4LC6A 3E02A 1DVJA 4WY0A 1TTJA 3UWYA 3L66A 1K7XA 2V2CA 2W79A 1OK6A 2A5HA 1VR6A 1TO3A 3P74A 1NVMA 2WJZA 1AW2A 3NEVA 4O54A 1WOBA 4I7UA 1M7PA 1DHPA 3G24A 1Z42A 3KHJA 2WV8A 2DZWA 4UTKA 3MMTA 4O16A 3CC1A 2E5DA 1GVRA 3C2VA 3LRLA 4GUHA 1YXDA 4Z1CA 3CM4A 3P61A 4FNTA 4JD4A 2X1RA 4GC4A 2ZA2A 1P5BA 4MZ1A 4AWUA 3T78A 3KVMA 3S0CA 1YTDA 2X30A 1Q6OA 1DQXA 3R89A 2OCZA 3U2OA 1VC4A 1N8FA 3ZS4A 1ZY9A 3NXFA 3NQAA 2A85A 3NR0A 1FQ0A 3LLFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1EPXA

Total Genus

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