1ESWA

X-ray structure of acarbose bound to amylomaltase from thermus aquaticus. implications for the synthesis of large cyclic glucans
Total Genus 183
50100150200250300350400450050100150
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGREARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Thermus aquaticus
publication title X-ray structure of acarbose bound to amylomaltase from Thermus aquaticus. Implications for the synthesis of large cyclic glucans.
pubmed rcsb
molecule keywords AMYLOMALTASE
total genus 183
structure length 500
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2000-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1eswA00
4H2CA 4HTYA 2EO7A 5A69A 4KRUA 1NOWA 1C90A 2QMKA 4HU0A 4QLKA 4AEFA 3W37A 4RE4A 1F4AA 4IISA 5A8QA 2E40A 3ZR5A 4AD4A 3F4VA 3W6MA 4JAWA 2EPMX 1B3XA 3GYCA 4DUWA 3SCUA 2VCCA 4W7VA 6A3HA 2ZUUA 1L0PA 1JG9A 3AHYA 1JFXA 3ZJ6A 3GNOA 3T08A 1D3CA 1GVIA 3PZOA 3U7BA 2O9OA 1GNXA 1UWIA 3ARWA 3N12A 4UQDA 1CENA 4W5ZA 1OSEA 2CYGA 3GXDA 1YQ2A 1JD7A 1UD6A 4WSJA 1IT0A 2CBJA 2W92A 1A3HA 2EPOA 2YLLA 3WELA 4CN1A 1UR1A 5CLWA 1DHKA 5GNZA 1DWFM 1JZ8A 1BTCA 4FK9A 1VFOA 2BVTA 1E71M 4MAZA 4DUXA 1R8LA 1Z32X 3A4WA 2O9RA 2WVVB 1MW2A 4P7QA 1JZ2A 3CBWA 4MDPA 5AC5A 4GZIA 3BSGA 1QI2A 4AZGA 1TA3B 1UZ4A 2WXDM 5BXPA 5D9OA 1IZJA 3CMGA 3ZT5A 2CKSA 4LX4A 3WUFA 1JD9A 3K46A 2IXUA 3QOKA 4CCDA 1S46A 1HXJA 2CPUA 2W67A 1LG1A 2BHZA 4ZXLA 1E1FA 1P6WA 3HN3A 1OBAA 2WANA 4UNIA 3ALGA 3M07A 2D0FA 4HA1A 4QCEA 3AISA 4MNKA 2EJ1A 1CPUA 1JDDA 2G8ZA 1PIFA 2YDQA 3WDJA 2EPLX 1G0CA 3EYPA 3J7HA 3AHVA 3VMNA 1H2JA 3GH5A 3CUIA 4H8VA 3WQVA 4B3LA 3AMLA 1JNEA 5LA1A 3RILA 3THCA 2BY3A 2CITA 2XWDA 3NCOA 4QCFA 1GOKA 2QMJA 3NSXA 1GORA 3IAQA 4FMVA 1EHAA 3MO4A 4CGTA 5LYRA 1UD8A 2D0HA 1G01A 4JFSA 1ZU8A 1H0IA 3GH4A 5CPSA 4WKFA 2O92A 4CVWA 3A47A 1OINA 3WD1A 4PRWA 1BG4A 2YLAA 1ECEA 2WCSA 3GBDA 3T2OA 1JL8A 2AMGA 1PPIA 1JI1A 3NSNA 1W2VA 3HU7A 3SCSA 1HKIA 1E40A 1ZBVA 4JFWA 4A4AA 1V3MA 2J4GA 2VC9A 1XHGA 1XD1A 1J18A 2YL5A 1SMDA 4U5IA 2E0PA 1EDTA 1US3A 2TAAA 1NP2A 4KGLA 4Z2LA 3QOMA 3WNLA 1CTNA 1RP9A 3AMDA 1ITXA 5IHRA 1AQHA 5A8PA 2YDSA 4BF7A 3VIKA 3WENA 2ZUTA 2EPKX 4PTVA 1ITCA 1WDSA 2CBVA 4WF7A 1U33A 2CNCA 1KB3A 4EE9A 1OT2A 2VRQA 4N0RA 1UWRA 1V3KA 1QNSA 5A2AA 2WMFA 2UWFA 2QF8A 1EIBA 2CBIA 4W84A 1H5VA 1F4HA 5A8NA 1GJWA 2VRKA 3IJ8A 3IANA 4HMCA 3AOFA 1UWQA 2PWEA 2E4TA 2XVKA 4EK7A 2EEXA 4CD4A 4TOQA 3WDRA 2PC8A 3VTRA 2VOTA 3OGRA 3KE0A 4XX6A 2DSUA 2A3BA 2VVSA 4TVUA 2WHJA 3GZAA 3LMYA 2WC3A 2VR5A 4MNMA 1HP5A 5BRQA 3VNZA 3WDQA 4MNLA 3WFZA 2D0GA 4LYRA 4PTWA 3ARSA 2XFRA 3K8LA 1E6QM 3WD4A 2WC7A 4UQ9A 1TR1A 4P8XA 4BQ2A 3PTMA 3F5LA 1K9EA 1H11A 5E6ZA 3BLPX 4X9YA 2DIEA 2XJ7A 4H04A 4UFHA 4WIWA 3VMOA 1J0HA 4CCCA 5E70A 4ATWA 1XYZA 1FP9A 1W9PA 4QFUA 3B9EA 9CGTA 4E8CA 4PTXA 3ARXA 1W1VA 4BA0A 5F7UA 4GINA 2DEPA 1GQIA 5M3WA 4DWSD 3K1DA 4WJXA 2VL4A 4U2ZA 1GQKA 3FAXA 2AAAA 5C70A 3HMCA 3NIYA 3ARRA 1H0GA 1W32A 1E4MM 1OGGA 6CGTA 1BYDA 1Q6CA 1E1EA 1XC6A 3GH7A 1W9VA 2BVYA 1NP0A 2VZSA 2HVMA 3ARVA 4KGJA 5HPOA 3AIBA 3AZRA 2VQTA 3QR3A 2D20A 1W9BM 3A4XA 3ZSTA 4UR9A 2ZOXA 3UG4A 1M53A 3VINA 3DECA 3VGHA 3SCNA 1FHLA 1HKKA 1Y7VA 2FHCA 4ML4A 1UWUA 3W29A 1UWSA 5CG0A 1UKQA 1JYVA 3U5YA 2WW5A 1O6IA 3VO0A 3NJ3A 5ECUA 3MSDA 1E3XA 5BXSA 2WMIB 4PSRA 2ZXAA 3PZNA 1OGSA 3ALFA 1OGBA 1TMQA 2WWDA 2A3HA 2RGLA 4TX6A 3ZO9A 3AQUA 3PZ9A 4AMCA 4JKMA 1BG9A 1V6WA 2Q8XA 2GK1A 1W3JA 1QHPA 3DHPA 2FH8A 3T09A 4JHZA 4CKQA 1HN1A 7TAAA 1LJYA 5A6LA 4J28A 1A47A 2V5CA 2J7FA 1OIFA 3ZR6A 3CZKA 1TZ7A 3WN6A 2G3MA 4GI6A 1J0KA 2JE8A 4DM2A 1UH3A 2XVPA 1ZL1A 1MW1A 1JZ4A 1QNPA 4UZSA 1EA9C 4KMQA 1FOBA 3HJEA 1OWQA 5I78A 2WKLA 3CHEA 2PWFA 1BF2A 1GOQA 2WWCA 1E6PA 1UG6A 1M03A 5GQBA 1D2KA 1QBBA 2W63A 2YKKA 1FH7A 1B0IA 2WHKA 1QHOA 5IHSA 3ZT7A 1HNYA 2BNJA 1BLIA 1G1YA 1ZBCA 3VDCA 1M7XA 3MSGA 1BHGA 3BXWA 1V6YA 4H41A 5CSYA 1LLOA 1V0LA 3MV11 3LPFA 2VX4A 4YPJA 1DWGM 2IXVA 3FW6A 3BGAA 1E73M 3SCTA 4GIAA 3AXXA 2ZX9A 1E4LA 1WKYA 2CHNA 3BSHA 1I1WA 1B31A 2UY5A 3WKZA 3ARUA 8CGTA 4AZCB 1EO7A 2CXGA 4JFTA 3WH9A 5DMYA 3PZVA 7CGTA 1DTUA 2J7BA 3EDDA 3N13A 3WY1A 3BC9A 4ACZA 4DWSB 2WLZA 1E6ZA 1E5JA 2C7FA 1KXQA 1LL7A 3VILA 5GNYA 3IJ9A 4J3TA 1EO5A 2WC4A 1J0YA 5HXMA 1D7FA 2A3CA 2C8NA 3SCOA 3MUY1 3WF2A 1W1YA 1BSIA 1W3HA 3II1A 3AFBA 3LPPA 3WH8A 1V3JA 2WAGA 2YA2A 2V3EA 1UD4A 3ZQ9A 3VX0A 5A3HA 2OYLA 4P8WA 3MKKA 1LQ0A 5D4YA 1VJZA 1SYTA 1MFUA 4ACZB 3L4WA 5EMYA 3MU7A 2E9LA 3DYOA 1JF5A 4IPNB 3CUFA 2WSKA 1KQZA 2J8GA 4H7VA 4MDOA 1KXHA 1V3HA 4D1IA 1Q6EA 5I3DA 1B3WA 4ATLA 2CETA 2XGIA 3QHOA 1UKOA 2CEQA 3CO4A 1CXHA 1XH1A 1DWIM 1JZ7A 4V2XA 1JYXA 3GXFA 2VT0A 4LYQA 1KR0A 3FY1A 3SUTA 2YL6A 4MTVA 3WQWA 4ZFMA 2PF0A 4JHOA 4UQCA 4PMOA 1H41A 2YA1A 4PEEA 5D8WA 1EXPA 2X0HA 3GNRA 1RD6A 3ZJ7A 1C7TA 4JKKA 5AY7A 2W66A 2ZUMA 1UR9A 1QBAA 1ISYA 4PSPA 1NWTA 4M29A 3VGEA 1PZ3A 3GBEA 2NT0A 1HJQA 2J62A 1QOXA 1AVAA 1E0WA 3MANA 1PEZA 5IXEA 2X2YA 3L4UA 1UYQA 3MUAA 2YL9A 4PMRA 3E1F1 5BYWA 5EFFA 2CCRA 3N11A 3WH6A 1C91A 1NM9A 4F9DA 3T0DA 1RP8A 2D3NA 1CYGA 2BFGA 1MVYA 1HJVA 4ZXOA 3NDYA 3RM8A 1W3KA 1LF1A 2WZHA 4UTFA 2OSYA 5A2BA 2W91A 2G41A 4B9ZA 2YL8A 3OZOA 1E70M 3VKKA 5A95A 2G3JA 2GJXB 5IFPA 1WDRA 1JZ5A 1MWOA 5FD0A 1FFRA 4AZ5A 1V3LA 3FXYA 4B16A 2X09A 2VZVA 4JFUA 4L4OA 1B2YA 1WZAA 5D9PA 3RPMA 1VF8A 3ZIZA 3OIHA 1UOKA 3WBEA 3VPLA 2WVVA 3CPUA 5IFTA 2YBUA 2W5FA 3VM5A 3WL0A 4UQBA 3FNDA 1EDGA 4W5UA 1C8XA 3AS1A 5AYBA 3SCQA 2BY1A 2DT1A 6TAAA 1TA3A 4CVUA 1ZJBA 4AYSA 2VZOA 2OSXA 4M1RA 2OLHA 5I24A 2GJRA 3W28A 4TX8A 3PTQA 1CZ1A 1I1XA 4F8XA 4P7NA 4WSKA 4DM1A 1JDCA 2C0HA 4KH2A 4OKDA 4U33A 1EH9A 2XM2A 3WDIA 1B90A 1E6RA 4NF7A 3T0AA 3WUGA 1OIMA 3VM7A 1IZKA 1V0MA 3W82A 1J0JA 4Z2HA 2FGZA 4Q22A 3K4AA 1E3ZA 2A3EA 1EDQA 2VX6A 4PMUA 5I77A 1BYBA 2YJQA 1KWKA 1KBKA 5FKYA 1E43A 5DF0A 2QPSA 3UESA 1KFWA 4GI8A 3F5KA 3G6MA 4C7DA 4Z2IA 3AXHA 4HA3A 4BQ5A 2WHMA 1BFNA 3TTOA 5FL0A 1LWHA 4FLOA 5HNNA 1PAMA 3VD5A 3VIJA 2BHUA 2DPEA 2XUCA 2E8ZA 4PN2A 3W27A 1J12A 1CGVA 3ZOAA 3B8SA 4P7RA 5GNXA 1UQYA 1DEDA 5A6BD 3BCFA 4W8LA 1KXTA 2WK2A 5AC4A 1EQPA 2B31A 1DP0A 2Y8KA 4M56A 4D6JA 2VRJA 2EPNA 4OBRA 1OM0A 2OWWA 3WQ8A 2ZXDA 1E5NA 4CU7A 4AD0A 5A94A 4H8HA 2XIBA 1CGTA 4CD8A 3U57A 2FH6A 2CHOA 3MMDA 2VZUA 2YA0A 2W61A 4MADA 4QLJA 3VDHA 2UY4A 4MNJA 4AZBA 4LPCA 4GQQA 3OB8A 3PZGA 4E8DA 1EOMA 3SUVA 5JIWA 2RGMA 3RMEA 5LA0A 2PB1A 4W8BA 5ABFB 1J01A 1J11A 5I23A 3CUJA 4ZE4A 4MPKA 2JF7A 1VRXA 1VBRA 3PBGA 2J7GA 1H4PA 2D1ZA 1E72M 3GM8A 1WNOA 1QI3A 2EQDA 3VUPA 3DHUA 3I3EA 4C7GA 1ISWA 3VD9A 1GOWA 3VGGA 4HOWA 1QI5A 1WAWA 1MXDA 2G3NA 3IK2A 4PMQA 3WDHA 1US2A 3CLWA 5DEZA 4OZOA 1CIUA 4C7FA 5E09A 1XH2A 1R86A 1JAKA 5EFDA 2CERA 5I6SA 2V3DA 3SCVA 4EKJA 5JUVA 3F5JA 1GPFA 1SFSA 3VIOA 3D5HA 3WUEA 5A6BA 1XGZA 4AZ7A 3WMBA 5DT7A 1UD2A 4CD5A 2V3GA 2VQUA 1XYFA 1QPKA 4N42A 2J74A 1Q4NX 4M8UA 4UFMA 1JGIA 4AZ6A 1GZJA 4QP0A 3A3HA 3ZSSA 4X0VA 1NOUA 3CZGA 3BLKA 3N9KA 4AD2A 2WMHA 2J8FA 2WZEA 3U5UA 1I75A 2Z1KA 2GJPA 1HVXA 4W86A 3ZJKA 5HBFA 2WBGA 1XV8A 3PHAA 1W9UA 3MUZ1 5LA2A 5A6AA 2DT3A 1XSIA 4BQ4A 1C3FA 3AIRA 5HPCA 1JZ3A 4J3VA 2J47A 3VVGA 3KEHA 3WQ4A 1V03A 1HF6A 2DIJA 3TTQA 1UKPA 4M81A 2QLYA 1HVQA 2J7CA 4EANA 4UOJA 5E9AA 1CGXA 4LQ1A 5JIPA 5A8MA 4RE2A 5BXTA 2CBUA 3L4XA 2X8RA 1V02A 3RO8A 1DWJM 3CHDA 1Q6GA 4GXPA 4MB1A 1JZ6A 1UKTA 1HL8A 3CUHA 4J27A 1PBGA 3W26A 1QW8A 4B15A 3KZSA 3CH9A 2WMJA 1VBUA 3N15A 5FCZA 4QLLA 4K68A 4F66A 3RM9A 3PZMA 1GHSA 1PX4A 2ZICA 5TD4A 3RJXA 2WMIA 4RL3A 3O6AA 1MQPA 2Y4SA 2BVDA 7A3HA 2XM1A 3TOPA 4D6IA 1WO2A 4MB4A 2ZUWA 3WL1A 1PIGA 3M6DA 2ZXBA 1X1NA 3WQ5A 3BAWA 5A6SA 2WNWA 1TVNA 4S3KA 3K8KA 5HDRA 2FGLA 1MW0A 2BHYA 1C8QA 3O2LA 3VIMA 1RH9A 2Y8VA 3AICA 4GPNA 3N17A 2FHBA 5FOOA 1W1TA 4DWSC 2DSKA 3AMCA 1CGWA 3UR8A 3ZM8A 3OA5A 1TE1A 1R7AA 2WVSA 3BAXA 2VI0A 1L8NA 1ISZA 1N82A 4AD3A 2WBKA 2XG9A 1DWAM 4AZHA 1PZ2A 2VMFA 1Q6FA 5ABHA 3K8MA 1JYWA 2ZX5A 3EDKA 1GJUA 1H09A 5A6KA 2WB5A 2GDUA 1B3VA 1ESWA 2JEQA 3RJYA 4AY1A 2EXOA 2V5DA 1GONA 4UFJA 4PCSA 2HISA 3SUSA 4AZCA 5GPRA 2BXYA 1JI2A 3DC0A 1LG2A 1UD5A 4AZIA 3WNKA 4DWSA 1V3IA 3KWXA 1OD0A 1GQLA 4AIOA 8A3HA 4GZEA 4GO8A 1V08A 4Y7EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H2C A;  4HTY A;  2EO7 A;  5A69 A;  4KRU A;  1NOW A;  1C90 A;  2QMK A;  4HU0 A;  4QLK A;  4AEF A;  3W37 A;  4RE4 A;  1F4A A;  4IIS A;  5A8Q A;  2E40 A;  3ZR5 A;  4AD4 A;  3F4V A;  3W6M A;  4JAW A;  2EPM X;  1B3X A;  3GYC A;  4DUW A;  3SCU A;  2VCC A;  4W7V A;  6A3H A;  2ZUU A;  1L0P A;  1JG9 A;  3AHY A;  1JFX A;  3ZJ6 A;  3GNO A;  3T08 A;  1D3C A;  1GVI A;  3PZO A;  3U7B A;  2O9O A;  1GNX A;  1UWI A;  3ARW A;  3N12 A;  4UQD A;  1CEN A;  4W5Z A;  1OSE A;  2CYG A;  3GXD A;  1YQ2 A;  1JD7 A;  1UD6 A;  4WSJ A;  1IT0 A;  2CBJ A;  2W92 A;  1A3H A;  2EPO A;  2YLL A;  3WEL A;  4CN1 A;  1UR1 A;  5CLW A;  1DHK A;  5GNZ A;  1DWF M;  1JZ8 A;  1BTC A;  4FK9 A;  1VFO A;  2BVT A;  1E71 M;  4MAZ A;  4DUX A;  1R8L A;  1Z32 X;  3A4W A;  2O9R A;  2WVV B;  1MW2 A;  4P7Q A;  1JZ2 A;  3CBW A;  4MDP A;  5AC5 A;  4GZI A;  3BSG A;  1QI2 A;  4AZG A;  1TA3 B;  1UZ4 A;  2WXD M;  5BXP A;  5D9O A;  1IZJ A;  3CMG A;  3ZT5 A;  2CKS A;  4LX4 A;  3WUF A;  1JD9 A;  3K46 A;  2IXU A;  3QOK A;  4CCD A;  1S46 A;  1HXJ A;  2CPU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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