1ESW | Genus

Total Genus 183

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	183
sequence length	500
structure length	500
Chain Sequence	MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGREARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	X-ray structure of acarbose bound to amylomaltase from Thermus aquaticus. Implications for the synthesis of large cyclic glucans. pubmed rcsb
molecule tags	Transferase
source organism	Thermus aquaticus
molecule keywords	AMYLOMALTASE
total genus	183
structure length	500
sequence length	500
ec nomenclature	ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date	2000-04-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02446	Glyco_hydro_77	4-alpha-glucanotransferase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1eswA00

2WC4A 4MJ2A 5BXRA 3KWXA 3ZT7A 2IXVA 1K9FA 5FL0A 4E8DA 1OGGA 4CN4A 2O9TA 4TXEA 1EHAA 3DECA 3VMPA 2PB1A 1C3FA 4CD4A 2D1ZA 1VJSA 1XSKA 3GH4A 3N9KA 4E4PA 1BPLB 3DYPA 4URIA 5FOOA 1KFWA 3IJ8A 5A94A 4H8HA 3VM5A 1BYAA 4BS0A 4AIEA 2JF7A 4AD2A 1W3JA 2V3EA 3W6LA 3MV11 5I2UA 4AEEA 3PZVA 4FF5A 3WMSA 1TZ7A 1XV8A 1CXEA 1X1NA 1JXJA 3CUGA 2VTFA 1G9HA 2J8FA 5BRPA 1KXTA 3GYCA 1CGXA 3NDYA 1CLXA 4ATDA 3AS0A 4AY1A 1CXFA 1JD7A 4JZ5A 1XYFA 5C8BB 1QI3A 2BFGA 1VB9A 3VGFA 5AYIA 2BVYA 3BCDA 3VGEA 5E6YA 4CN1A 4W84A 2W67A 3TA9A 3M6DA 4ATWA 1JNEA 2EPLX 2XTKA 2BHZA 3T09A 1E40A 1CNVA 1OGSA 3VGHA 1OD0A 2GJXA 3WQVA 4AZIA 1WO2A 3AS3A 4NF7A 3BAYA 2YA0A 2CERA 1M03A 3VIGA 3T08A 1NWUA 1KBBA 4JL2A 4M29A 4UCFA 1H2JA 3QOMA 4BF7A 1ZJBA 4D6EA 1B30A 1V03A 3ARXA 5ECUA 2BXYA 3WUEA 4EANA 4AIUA 1KB3A 1JF5A 2Y8KA 3SCNA 3QGVA 4U2YA 2JFEX 2G3JA 1U33A 4N42A 3I3EA 2WANA 5JIPA 1MXDA 1US2A 2CITA 1SR0A 4ACZB 4B9YA 1G5AA 3SCUA 1BQCA 2WBKA 1OWQA 5HXMA 4AZHA 1CBGA 5M3WA 2VRKA 4QLKA 5A6SA 1GOMA 1I1XA 5BYWA 2CCRA 2O9OA 5A8QA 1WAWA 1F4HA 1GW1A 4V27A 1GQKA 3MUIA 3AMGA 3MUAA 4NRSA 2BY1A 3TTQA 3W37A 1XRVA 1FFQA 3LMYA 1JZ2A 4DWSD 1PX8A 2FDMA 2ZUSA 1TE1A 2CBJA 4R5EA 3N18A 2WHLA 4HPGA 1R86A 4GO9A 3GXMA 3MV01 1GNXA 3WQ5A 5IHRA 4UZSA 5CLWA 3OGSA 1HP5A 1JZ3A 1NOFA 3KEHA 1HIZA 1EHNA 2OWXA 1N82A 1WZLA 5GNYA 1HJWA 3IJ7A 1CGVA 1VFUA 1W2VA 2W5FA 1VFFA 3CMGA 3WH9A 3AHVA 1FFRA 2E4TA 4QDMA 1JNDA 4TX6A 2YL9A 3THDA 4MB3A 4OOUA 2JIEA 1XC6A 3QHOA 4AZ5A 4Z2IA 4JKMA 1CECA 5CGMA 1I75A 1VAHA 4YPJA 4CUCA 1FH7A 3AIBA 1BYBA 3DYOA 1PX4A 1QVBA 5F7UA 3AZTA 3A4AA 2V3FA 1UKTA 4UOQA 3CZEA 4M82A 4AD3A 4AD1A 5CSUA 4AD4A 4JIEA 2O9PA 4OIFA 1NWRA 3AHXA 1E9LA 3WH6A 5AY7A 1D7FA 1GVIA 1VEOA 3AI0A 5E0FA 1PEZA 4LQ1A 2HISA 1W1VA 4WSJA 2FHCA 1HNYA 3W25A 2VOTA 4MNMA 4ZXLA 5CLTA 4F79A 3CH9A 1G94A 2GK1A 1VBUA 1KQYA 3AMDA 3VM7A 3UR8A 1LL4A 3CUHA 3TTOA 2GJRA 1BYDA 2Y24A 5HOSA 2C0HA 4DM1A 3CZKA 1CGYA 1GZJA 1UD8A 1O7AA 5EFDA 4BQ2A 4PMQA 3VO0A 1GHRA 2J8GA 2WSKA 2ZUNA 1OT2A 1HJXA 2WCGA 2Y5EA 4AMCA 2CBUA 1FP9A 4W7VA 3PZGA 3CGTA 1W3LA 3OIHA 4UQCA 2B31A 3KL0A 3SCPA 3CZLA 5AC4A 5CXPA 2CBVA 2YL8A 5IDIA 1JAEA 2XGIA 2XUCA 5FIPA 1V6VA 3WD1A 3GXFA 1HKIA 2GFTA 4TTUA 1BYCA 2W4XA 3EDKA 2E9BA 2E8YA 3AHZA 3ZJ8A 3MSGA 4W86A 2J77A 3WBEA 3N12A 3VDBA 3AMCA 4CD8A 4AD5A 2WB5A 1EH9A 1M53A 1EGZA 1QBAA 3CHFA 3T0AA 2BY2A 1KGWA 4MB5A 1KXVA 3FAXA 1LL7A 3PZQA 4S3KA 3GZAA 1WCGA 3POCA 4R27A 2XVNA 4PEEA 4S3JA 3WH7A 3WF2A 1KWGA 1UWSA 2BXZA 4GPNA 2E9LA 4QAWA 3ZR5A 1BGGA 1AVAA 4D6GA 3KE0A 2TAAA 3ZOAA 4HMEA 2X0HA 2ZE0A 5CSYA 3WNPA 1J18A 1UH2A 5A8MA 1J0ZA 1BSIA 3W53A 4AEFA 2QPSA 1EQCA 3WENA 3SCQA 4GI6A 4LGXA 4GIAA 1S46A 2GJPA 1H09A 1J9YA 7TAAA 3RMEA 3CZGA 2D23A 1UR0A 2WVUA 4W7WA 3BAXA 4P8WA 4JL1A 4X0NA 2X1IA 2EPKX 3VIJA 4P8UA 2ZXDA 4BQ3A 3VINA 1QOXA 2X05A 2XGBA 1H0GA 5A8NA 3AIUA 1MW3A 1HKJA 1UWQA 3NCOA 1ISZA 1DWGM 3SCWA 4BQ4A 3NSMA 5ABHA 5HDRA 3W6MA 4GINA 4D6DA 3AIEA 5D9PA 5I78A 1GONA 2PBOA 1QNPA 2JE8A 1JI1A 3AIWA 3PBGA 5IFTA 4V2XA 2XIIA 1CXKA 1MQPA 2XYLA 2RGLA 2IXUA 3GM8A 1ODUA 1HP4A 1R85A 3ZIZA 4F8XA 1OM0A 4LXFA 3CHCA 2WVSA 3EMQA 1MW0A 1JI2A 4AISA 2NW0A 3UG4A 1GOKA 4MNKA 4NRRA 3WNLA 3WFLA 1KGUA 4DWSA 3AZRA 3UERA 4LX4A 4MADA 4XZWA 1HL9A 3OLGA 4D6JA 4M56A 4HA4A 4FLOA 1ZBWA 1ESWA 4CD7A 1EDGA 3LPFA 1VIWA 3ARTA 2AAAA 3SURA 5I79A 3QHNA 3N13A 4CCCA 2WCSA 2ZX8A 3D3AA 3ZO9A 4E2OA 2ZICA 4GZIA 3ARSA 3FNDA 3WQWA 4V28A 4GKLA 4RE4A 4AZBA 1GJWA 3W26A 4GZJA 1JXKA 7CGTA 1RH9A 2ZXQA 4QLJA 2VMFA 2WMHA 2CBIA 1W9DM 3L4YA 1C8XA 2VX4A 4FLRA 3L2MA 2DQXA 1QW9A 3OGVA 4B15A 1UD3A 3FN9A 3VUPA 4IPLA 1CXLA 3AXIA 4J7RA 1CWYA 1H3GA 1W3HA 3O9NA 4PN2A 5D9OA 1MVYA 5EFFA 3PZTA 4MDOA 5HPCA 1TA3B 2W66A 1QHZA 2WYSA 3BMVA 4J3SA 3VDHA 2WMIB 2CIPA 3SUWA 4WK9A 4P7RA 3AICA 1DWAM 1V02A 1B1YA 2DSVA 1E0VA 4HPHA 2YJQA 1E4LA 2CEQA 3G6MA 1DHKA 2WKLA 1KR0A 3WF1A 3W38A 1GOIA 3SIMA 1W2PA 4JFUA 3J7HA 5I24A 2OSWA 2CKRA 1E71M 1WDQA 5E70A 4H8UA 3AISA 2UY5A 3HU7A 3WF0A 3WY1A 2J79A 3WUGA 3A3HA 3PZNA 1JYVA 5BRQA 1E55A 2VX5A 5A2CA 5BCAA 3VNZA 4MAVA 5E9AA 5EB8A 1LF1A 4M1RA 2WKGA 5ABGA 1WKYA 3GNOA 3CIVA 1CDGA 3RJYA 5A6BD 4Q7NA 2AOSA 3NDZA 3VIOA 1VFMA 2D0FA 4PCSA 4LYPA 4EKJA 3CBWA 1QI0A 2BNJA 3VD9A 2J4GA 1OINA 5HPOA 2BVTA 2CHOA 1E1FA 1L8NA 3K1DA 2DT2A 1ZL1A 4Y7EA 1CGWA 2PC8A 2O9RA 2QPUA 2G41A 1E73M 5I6SA 2A3AA 2VCAA 4RE3A 1JDDA 3OLDA 1XH2A 1PZ2A 4WF7A 1JDCA 1H1NA 1KBKA 2QV4A 3ZR6A 2WZEA 2DEPA 1J0JA 1E6QM 1V3KA 3ZJKA 4OBSA 5A95A 3WD3A 4MTVA 2JALA 4KGLA 4AC1X 5HBFA 1ZBVA 3CZ8A 3DHUA 1H49A 3ZM8A 1ISXA 2WAGA 5CPSA 1W9VA 2J7GA 1QHPA 5JIWA 4D6CA 2XPKA 1KR1A 3WD4A 5D9NA 1UWIA 4PMUA 3ECQA 1IV8A 2BVDA 3AFBA 3B8SA 4YHEA 1VEMA 3T0BA 3UR7A 5ABFB 4FMVA 4D72A 1GOWA 2UY2A 3WNKA 4AZGA 2WVVB 3AYRA 3PZMA 3WDPP 1WP6A 4H04A 4HA1A 2ZOXA 3CMJA 4ZFMA 5GQBA 3BCFA 3SCSA 4P7LA 3ZT6A 2EEXA 4W87A 2WHJA 3WDHA 1RP9A 4M80A 3WL0A 1DWFM 4OBRA 1MW2A 2YLLA 3T2PA 1WDPA 2DH3A 1NP0A 5BXTA 2A3CA 2BV9A 4Z2HA 1J0IA 4UR9A 1E72M 2BY3A 1NARA 4D6HA 1R8LA 1H5VA 2IUZA 3AIRA 3WDRA 5E6ZA 1E6SM 4CCDA 4HU8A 3U5UA 4M81A 3UEQA 3SUUA 1CGTA 2EXOA 1UR1A 3IANA 3AIQA 4PMVA 4AZCA 2EBNA 2BHUA 2YKKA 4DWSC 1GOQA 1OIFA 1ZBKA 4JKLA 4X9YA 1CIUA 1QI4A 3B9EA 2WPGA 2V5DA 1X6LA 3UETA 3F5LA 1FOBA 2UY4A 2ZUMA 4UFIA 4UTFA 2ZWYA 1B3YA 4IM4A 1QNSA 2BY0A 3MMUA 1EXPA 1MW1A 3A4XA 3VD3A 3WNMA 1NQ6A 1ZU8A 4OUEA 2WMKA 1B90A 2YDQA 2PI6A 1F4AA 3WEZA 3W29A 1PIFA 3VIPA 1PX3A 2WLZA 2V38A 3FHQA 3WD0A 4CN6A 3SUTA 1E1EA 3ALGA 3OZPA 3WQ8A 1GORA 1W1TA 2Z1SA 4BZYA 9CGTA 3OBAA 3AYSA 2X8RA 1B3VA 5CQ1A 3O2LA 1UOKA 3K8KA 4PMXA 2WWDA 4YN5A 3VD7A 4MB4A 4HZ7A 3W28A 3FY1A 2VQUA 2O92A 2JEPA 3PHAA 5EBAA 3W0KA 3NYDA 2C7FA 1LWJA 2X2YA 1GQIA 1UG6A 1JYXA 5DF0A 3U7BA 1HXJA 3M07A 3GXDA 2XM2A 3GBDA 2Q8XA 2UWFA 4ATLA 4TUFA 1HJVA 3K8MA 3AXXA 4CU8A 1CGUA 1OT1A 4UNIA 2FH6A 4U3CA 1HJSA 4U31A 1TR1A 1WNOA 2D3LA 3WH8A 1JL8A 4L4PA 2J62A 2GDVA 3MMWA 4PBGA 5CG0A 2VR4A 2G3NA 3GDBA 4WLCA 5KEZA 1J0KA 3N17A 4JHOA 5FKYA 2Z1KA 1HX0A 3WL1A 3VX1A 3WMCA 3MMDA 4W88A 1GQJA 4ZXOA 3L2LA 1WB0A 2WVVA 1BF2A 1PBGA 2W91A 5D4YA 1OBAA 1EIBA 1PIGA 4UFKA 2ZX9A 5LA2A 5A6BA 1SMDA 4HOZA 1AMYA 4J28A 1WDRA 4E8CA 4F9JA 1NP2A 2VURA 3A4WA 1BHGA 4U5KA 2YL5A 4B9ZA 2WCAA 4CU7A 4EE9A 1UWTA 4BQ5A 4GO8A 1WZKA 1O6IA 1X6NA 3VX0A 1AQ0A 2VZSA 2FGLA 1GJUA 2PWHA 2DGAA 3TTYA 5A1AA 2X09A 4MDPA 3B9DA 2GSJA 2WVTA 2DSZA 3OG2A 2NSXA 2NT1A 4KGJA 3AMKA 4KRUA 3CLWA 4ACZA 3VKKA 1BG9A 5A6JA 3ZMRA 1FH8A 4PUDA 3WKZA 4DUXA 3AJ7A 3K4AA 1W1YA 2BHYA 3WH5A 2C8NA 1A47A 2W61A 3BAKA 3BH4A 4Z2KA 1E0WA 2CETA 4A3HA 3VGBA 3VNYA 4J3TA 5JBEA 3N1AA 3DC0A 4OJYA 2QMKA 5DT5A 1LLOA 1OIMA 4BCEA 3DYMA 4MJ4A 5D8ZA 2W63A 3PZIA 2D2OA 1E6RA 1AQMA 4PYSA 2DDXA 1U30A 3N15A 1W9UA 4PMZA 3WSUA 1P6WA 1QBBA 3RILA 1GOOA 1B3XA 1YHTA 3ARZA 1UA7A 5A2BA 5FD0A 3SCVA 2J7EA 1WZMA 5AYBA 1FA2A 4DM2A 1E5JA 5IXEA 3TONA 1B3WA 5DFAA 4A4AA 4P7NA 3VOCA 4LYRA 1UD4A 1E4MM 3DHPA 3K4DA 3HJEA 1E6ZA 3GXIA 3ARQA 5CZKA 4P8XA 4PCTA 4W8AA 3WIJA 4U5IA 3QHMA 3F5JA 3OZOA 2XSBA 2JEQA 5D8WA 4OOZA 2YDRA 2VZOA 1C90A 1V0LA 4HZ6A 2CYGA 3BC9A 2WWCA 3NSNA 4MNJA 4H2CA 2XVKA 1D3CA 1V6XA 4UQBA 3VDAA 2J7BA 1US3A 2VI0A 3WF3A 4PMOA 1V6WA 4D71A 2WXDM 3WEMA 2G8ZA 4XX6A 4Q22A 4AIOA 2WMJA 2OSYA 4M8UA 4C7FA 2V3DA 4Z2JA 1QNQA 1JAKA 1GHSA 1G0CA 4HMDA 5FCZA 5M17A 4CKQA 1L0PA 2YA1A 1UQYA 4P8VA 4W85A 3L4ZA 3CHEA 3RJXA 1EO5A 1GUVA 1XSIA 1UYQA 3QR3A 3L4WA 3AOFA 3PTKA 2GJXB 1EOKA 4U3AA 5A8OA 1JDAA 1C7SA 1XD0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2VVN A;  4IIS A;  1M01 A;  4QP0 A;  3FW6 A;  1C93 A;  1R7A A;  4AYS A;  3ZQ9 A;  1WZA A;  3F5K A;  5IFP A;  3N11 A;  3T0D A;  4WKA A;  3IAQ A;  1V08 A;  2VX6 A;  2XFR A;  2D24 A;  3GBE A;  1TG7 A;  2E9M A;  4MB1 A;  4AD0 A;  1W3K A;  5EMY A;  4ML4 A;  3SCO A;  2VVS A;  5I0D A;  2YLA A;  1ITC A;  3G6L A;  1DP0 A;  1ISY A;  1UQZ A;  2XVL A;  1JZ8 A;  1E70 M;  4PRW A;  2OYK A;  1VFO A;  1ZJA A;  2E3Z A;  3ZST A;  2XVG A;  3AQU A;  1EA9 C;  4J27 A;  2XJ7 A;  3VGD A;  4WIW A;  4UOZ A;  2FHB A;  2WLY A;  1CYG A;  1XH0 A;  3VU2 A;  2XFF A;  4HTY A;  2OYL A;  4EAM A;  1XCW A;  4CU6 A;  4TTG A;  2EO7 A;  2XWD A;  1BVZ A;  4B16 A;  3W4R A;  4TOQ A;  1I1W A;  3WUF A;  2UY3 A;  4QLL A;  3GH7 A;  2VO5 A;  2DSW A;  3EYP A;  4MAZ A;  3VMN A;  4D6F A;  1E6N A;  2FHF A;  1ZS2 A;  5DO8 A;  3VIK A;  2GVY A;  1KXH A;  1C8Q A;  2EPO A;  2WHM A;  1BLI A;  4WKH A;  4D1I A;  3N04 A;  2VCC A;  5GNZ A;  1DED A;  3CTT A;  1MQQ A;  2XIB A;  2OWC A;  1ISW A;  1J01 A;  3BLK A;  4JHZ A;  5CJ5 A;  1VJZ A;  1J0H A;  1LG2 A;  1LQ0 A;  1V0M A;  1HN1 A;  4CVW A;  4JCL A;  5GPR A;  5A69 A;  3ARR A;  1Y7V A;  1H11 A;  4AZC B;  5I23 A;  3SCR A;  5BXP A;  3LPO A;  3TP4 A;  3A47 A;  1W9B M;  3M46 A;  3BAI A;  2ZWZ A;  3O6A A;  3THC A;  2D3N A;  5A6M A;  2YBU A;  3ALF A;  1JZ6 A;  1OB0 A;  2D0H A;  1IZJ A;  4JFT A;  1QNO A;  3FAW A;  4HU0 A;  1JG9 A;  3IAP A;  2ZUW A;  1FHD A;  3PZO A;  3VIM A;  1UKQ A;  1ODZ A;  3SUV A;  3BSH A;  2VQT A;  3RM4 A;  3KZS A;  1QI2 A;  3RO8 A;  1QPK A;  3WD2 A;  1ZBC A;  4Z2G A;  5M5D A;  5C71 A;  5A6L A;  4DUW A;  2WBG A;  3RDK A;  1UH4 A;  2G3I A;  1FP8 A;  3BLP X;  1V0K A;  3FHA A;  4PTM A;  3WUB A;  4JAW A;  2PWF A;  1Q4N X;  4PUE A;  3OLE A;  4CD5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1ESWA

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