1EUAA

Schiff base intermediate in kdpg aldolase from escherichia coli
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
MKNWKTSAESILTTGPVVPVIVVKKLEHAVPMAKALVAGGVRVLEVTLRTECAVDAIRAIAKEVPEAIVGAGTVLNPQQLAEVTEAGAQFAISPGLTEPLLKAATEGTIPLIPGISTVSELMLGMDYGLKEFKFFPAEANGGVKALQAIAGPFSQVRFCPTGGISPANYRDYLALKSVLCIGGSWLVPADALEAGDYDRITKLAREAVEGAKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Covalent intermediate trapped in 2-keto-3-deoxy-6- phosphogluconate (KDPG) aldolase structure at 1.95-A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords KDPG ALDOLASE
molecule tags Lyase
total genus 72
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date 2000-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01081 Aldolase KDPG and KHG aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1euaA00
1KM2A 4JTKA 4LV4A 1R46A 3WJZA 2DP3A 5HQEA 4ONVA 2GJLA 5AFDA 3W7GA 3DGRA 4Q33A 2HMCA 4IMGA 3P7YA 3OIXA 3BLIA 2NV2A 1N55A 4PCFA 2V2CA 1CX9A 1TMHA 1H7WA 4BFAA 3HPSA 4AMAA 1VGAA 2NLIA 4JYDA 1KBIA 1JCXA 2NUXA 5D2VA 1QO5A 1H5YA 2Z2UA 3HGJA 4N02A 2R91A 1JULA 1W3NA 2EF9A 1KM4A 3C0JA 3L67A 1AW2A 4OWGA 3IGUA 1JUBA 3VKJA 1TRIA 1RR2A 2W0UA 3P8JA 1GVRA 5U7SA 4ZQPA 3BVJA 2VEPA 2YW4A 4AHQA 2RHGA 4O13A 2X2GA 1WQ5A 1I2OA 4X2RA 3W83A 5LNRA 2X1TA 3O63A 1MEWA 2V82A 3LLFA 2X1UA 3QM3A 1W37A 2C19A 4TX9A 3W1UA 1W8SA 2E6DA 3M16A 3TCEA 4U28A 3SY5A 2GJNA 1H7OA 3TV8A 3I7RA 4RLIA 3SR7A 1TJPA 1HO4A 3GK0A 1HUVA 1OHLA 1T96A 3E12A 1KM6A 3GIYA 1VZWA 3A24A 1G7UA 2V8ZA 3A5FA 2VEKA 1TPH1 3W2MA 3I65A 5E1QA 1XBZA 5LGZA 3L0KA 4MY1A 4LVDA 4JX4A 3VFLA 3FKRA 5D33A 3W7HA 1RPXA 1SO3A 1F73A 3QW3A 3LV6A 1Q3NA 1XM3A 1RQBA 2H8XA 1B9BA 4O16A 4BI6A 3MI2A 3KFTA 2EKCA 2WSQA 3NR0A 1OFPA 5HWNA 1T0OA 3BK0A 1VJIA 1WBHA 3EWBX 2A21A 5D05A 4NNAA 3VI2A 3V75A 1SU5A 3BW2A 2CU0A 3LCXA 4S2CA 3R89A 2VFGA 2CZEA 4O1CA 1OF8A 5K7JA 1HTIA 1OJXA 4R34A 4C1LA 2WNZA 5AB3A 2JGQA 3EKLA 3BW4A 1I2RA 2FQIA 4FX6M 4FB7A 2NX1A 4BWLA 3TROA 1J4EA 1EB3A 3O8AA 3C4UA 1DL3A 2Y63A 1L9WA 1T8XA 4RKAA 2QAPA 3FOKA 5IBXA 1LYXA 5D2XA 2ISSA 1TPWA 5AHNA 4O11A 4S1FA 2Y7EA 3T7VA 2FLIA 4Y9AA 2GPTA 3O07A 1I2NA 3N9SA 3GB6A 1OX4B 3QJAA 4K39A 3PUEA 4LS1A 3PB2A 1MEIA 4FF7A 3THAA 5LKYA 1K02A 4XUGA 5K9CA 2KZHA 2DZXA 2O7QA 3PY2A 2OZ0A 2AQWA 3DBPA 4FIQA 5HMSA 3EB2A 2NX9A 2ISVA 3BPWA 4JYEA 2QDHA 4GUJA 3NQGA 5BOOA 5LNVA 3W73A 1KV8A 2OX1A 3G24A 3LDVA 3KXQA 3P80A 1ZY9A 1TV8A 1GVSA 1PL9A 2FIQA 2ZRZA 3HOJA 3IIPA 3W07A 3U2OA 4ZL1A 4IMEA 1FWNA 1WV2A 2R14A 2ZYFA 3IGXA 5DBTA 5LHEA 1NSJA 3GX9A 3NOEA 4D2JA 4GC4A 1OVDA 3UWUA 3TMLA 2QCCA 1A5AA 1AG1O 4UNLA 2ZTKA 2YR1A 3W1MA 3UQNA 3PBYA 3LHWA 1W5OA 3KRZA 1QCWA 1EP1A 1SSDA 5D2TA 4DO5A 1FWWA 2QDGA 3I7SA 2I9EA 4HSNA 3M44A 3NL5A 5FEWA 2Q3OA 2NUWA 4X22A 1JCLA 3DU0A 3INPA 1G4TA 3IVSA 4N6FA 4R33A 4TO8A 2XN2A 1ADOA 4M6PA 1M6JA 3NAVA 3IIVA 3M5ZA 1EA0A 2QKFA 3C2OA 4HKPA 1OABA 3PC0A 4MLJA 3MYOA 3MHFA 2QJIA 4N9EA 5F2MA 3W7KA 6TIMA 3PBUA 2AAMA 1W5QA 2V81A 1JRBA 4NJGA 1LOSA 1L6YA 1LBMA 3NQEA 2WO5A 1RZMA 4PC8A 3CHVA 1DHPA 3BARA 3T78A 1G4SA 5CPMA 3DFQA 2WV8A 2FDSA 3PG9A 5K4XA 2WOQA 3H53A 2GVJA 1SZGA 3FFSA 4MY8A 4DELA 5AC8A 4EOUA 3PAJA 2J9XA 3G3MA 4O4VA 3G1HA 2Y7DA 4I7VA 1KTCA 1P0KA 1U5JA 3ABOA 5C2XA 4L4MA 3ATZA 5KZDA 1W5NA 4FXSA 4JTEA 4NX0A 3QFEA 5EKYA 3SI9A 5KZEA 3VE9A 1GZGA 4IXHA 3T4CA 4S2BA 1PCWA 1X1OA 1XBXA 3TSDA 3MBDA 4NJIA 3LCIA 4RXGA 4MFEA 2TMDA 3STCA 2YCEA 2DZPA 4ADUA 4CNPA 1NFBA 1TB3A 5SWUA 2B4GA 4JTFA 3L0GA 3R8RA 4JTIA 5FESA 3NPWA 2NXGA 2QCEA 4LRTA 2ZA2A 1DQXA 3QMSA 1F6PA 3B8DA 3FA5A 2ZTJA 1DJNA 4WJEA 3KVMA 5DCBA 4HNUA 4QQ3A 2DZSA 3CB8A 1EIXA 4QNWA 2EGZA 3PBWA 4HIBA 3C56A 2QCDB 3N34A 2HS6A 5D04C 3EX1A 1QPQA 3W1PA 1PE1A 3HPXA 4YMZA 3BV4A 2VEIA 5BNKA 1KFLA 1H7NA 1KFCA 3UNDA 3H54A 4Z0SA 5HULA 3NNTA 3DKJA 4JIPA 4WOQA 1OX4A 1GYNA 4LVBA 4YL2A 3NVTA 1XI3A 1WXJA 3NDOA 4DPPA 1UASA 3OVPA 4IPIA 4PEKA 3UY8A 3LCFA 2G5WA 3QH2A 2EPHA 4UUIA 2PRHA 5AHMA 3DFTA 1TTIA 4OGZA 1S5TA 1Z42A 4NXSA 1FCQA 2HTMA 1NEYA 3OBKA 4K7VA 3L68A 1SW3A 4LVGA 3W7DA 1FUYA 1XDLA 2V30A 3IEBA 3TE9A 4AAJA 4HNVA 1QMLA 5D09A 1XXXA 2PURA 3S5NA 1J5TA 4X3ZA 1EWDA 1A5BA 2GQAA 3GLCA 3M1ZA 4M6VA 4A21A 4QAIA 2OCZA 3C2FA 2J27A 4FX7A 3M9YA 3WK3A 4WXZA 2G95A 3O6DA 4N4PA 3W3OA 3M0ZA 5AHIA 4UTTC 5F1UA 4OT7A 4MLRA 1F76A 1FWTA 3M5XA 4N9CA 3VCRA 5FEPA 3UY7A 3P60A 2ZZ3A 3C2EA 1YDNA 1O4UA 1NF0A 4JY9A 4LUIA 5CPOA 3N9RA 2ZZ4A 2GQ9A 4XWUA 4RJEA 1ME9A 1BTMA 3QEZA 4GRSA 1YXYA 1MSSA 2Q8ZA 3TMQA 4MFDA 4WD0A 2CLMA 3DXIA 4GBUA 4ZVJA 3T40A 1FX6A 4YWIA 4O18A 4ZZ9A 3STGA 5FF4A 4QISA 3NO5A 4IOTA 4JNMA 4N4QA 4UMBA 1ML1A 2JKEA 3IIZA 3Q37A 4FNPA 2Y7FA 3GR7A 4RV8A 4UTKA 5HWMA 3UWQA 3W7QA 3L9CA 4ORIA 2VKZG 3O6CA 4O0ZA 1DQWA 3P74A 5D2YA 4IXXA 2P1FA 2X30A 4UTWC 2D73A 1WA3A 1JUKA 2IQTA 4NZFA 3FYOA 3OVQA 1PHQA 3R12A 3VNDA 3MW7A 4K38A 4CNOA 3DZ1A 3MBFA 4GUFA 3L66A 1KBJA 3W9ZA 1ALDA 3WFAA 1IXPA 3B03A 1CI1A 5I3GA 4XTIA 1PIIA 1UBSA 3C61A 2ZZ1A 2RDUA 1W0MA 4U4MA 2C3ZA 1ZAJA 3TAKA 5C54A 2I14A 4OU1A 1DORA 2W6RA 1O5XA 1H62A 1YYAA 4HN4A 3PM6A 3IIOA 5D30A 1H7XA 3EWXA 1VR6A 5AYXA 3QZEA 1K3UA 1C8VA 2ZBTA 2Y7GA 3M5VA 3KVLA 1DKWA 3KRUA 3FS2A 3HG3A 4E38A 4GJ1A 3W7IA 4KKXA 1SW7A 1OFEA 4JN6A 3UZJA 3W88A 3C2VA 2B7OA 3BGGA 3W6YA 3LRKA 1L2UA 5HNRA 5F4WA 2BWGA 4DXVA 3BG3A 5LSMA 3GXPA 2VELA 3ATYA 5I3IA 2ZRWA 3EKZA 5KINA 2ZFAA 5HJLA 3NQ6A 3W2JA 1ME7A 1LLWA 1UUOA 5I3KA 3MI6A 2CZ5A 3CC1A 2NWSA 2V2DA 1G7VA 3EX3A 3S9YA 3N14A 5D02A 4RCXA 2C1HA 2DJLA 3T55A 4NNCA 5LGXA 4UFLA 1OYBA 1O5KA 2QUVA 3NGJA 4O54A 1OYAA 2J24A 3N2MA 1EX5A 5HWJA 1JRCA 3E96A 5KTLA 3OEXA 4Z1AA 4K36A 4IX2A 2VFDA 3HGSA 3L0NA 2XFWA 4KFPA 1H7PA 1TPUA 4N6EA 1VYPX 2GVLA 1OK6A 1SUXA 4LVFA 3G1SA 4LOCA 5C55A 1LRNA 3EWZA 2YDAA 3WJXA 5KMYA 2A7PA 1D3GA 3NQFA 2E1DA 4JGDA 1KFEA 2NZLA 3CIWA 5IBXC 1Z44A 3CM4A 2ZRVA 1SQ7A 3LX9A 3ANYA 3QQ1A 1OFOA 2DZVA 3OA3A 1XBYA 4UC5A 3F1QA 1FCVA 3TQKA 4KWVA 3HQ1A 4QM1A 3LM7A 1ZJIA 1ICPA 4AEOA 1K7XA 2CLEA 1R2SA 3HB9A 3CTLA 3TNOA 1K7EA 3GDTA 1BKSA 2A85A 4ZQRA 4FNTA 3S6DA 3NM1A 3FIGA 3VE7A 2H8ZA 5J5RA 5E93A 1WDWA 2PCQA 1AMKA 2GUUA 2NX3A 3LHVA 1OK4A 1KW1A 3UXDA 1H61A 5TIMA 3DAQA 1ZFJA 2PRMA 4KFNA 3C3NA 1GT8A 2CW6A 2ZCGA 2CFFA 4O53A 2V5BA 3G3DA 2CLOA 3CPRA 4Z0JA 3LCGA 3TC6A 5AHEA 2Y70A 4MZYA 4CCDA 3W1RA 2YX0A 3TU9A 3W1TA 2B7QA 1I2PA 2QCGA 1JQVA 2H6RA 4OV9A 4JTLA 5CSRA 4X9SA 4XZ9A 8TIMA 2ATMA 3Q94A 1F74A 5G4EA 3DKLA 2YW3A 4FX8A 1N8FA 3G22A 1K8YA 2V5LA 1SO4A 1QOPA 4WOZA 5CPLA 2C6QA 1LP6A 5KITA 1QFEA 4M7SA 3DH7A 3W2KA 2CLIA 2P10A 4UTMA 1OFDA 1Z41A 5DCDA 3DFNA 1P0NA 4MUZA 3EXSA 2E6AA 3WK1A 4BI7A 1JCMP 5EBUA 2ZDRA 2VC6A 1LORA 3BG5A 4QITA 2FPYA 2XN1A 1JVNA 4AF0B 1IIHA 1W56A 5FF3A 1LBFA 4AHPA 5D2WA 4A3UA 1F05A 4MPQA 5DXXA 3GDRA 3HO8A 1GTEA 1VLIA 2DU2A 2LLEA 4NNBA 2VFIA 3B06A 4IPJA 4MIMA 3W72A 1KFBA 1GVOA 1LBLA 2YYUA 1WAUA 1R2TA 3KVKA 3PBVA 3NZ1A 1TV5A 4WX2A 1ZALA 4NQ1A 2YYTA 5FEZA 1IXOA 2ZZ5A 1RV8A 3O15A 3ZWTA 3MHUA 4WUIA 1BWKA 1H50A 1H1ZA 3L65A 1IF2A 1GG0A 3CT7A 2ZZ2A 3DENA 3A22A 2QUTA 3G1XA 4FXRA 3THQA 2J9YA 2FB3A 2HSAA 4JTJA 4HNNA 4JTGA 2VENA 4M6QA 2BXVA 4LVAA 4BK9A 1Q6RA 1B4EA 1WX0A 3FKKA 3S42A 3FLUA 4FIRA 4Q32A 3TW7A 1V5XA 3HF3A 1HFBA 4UNKA 4PA8A 1LM1A 3N19B 2QJHA 4AWUA 4R53A 2Q3RA 5I3HA 2C13A 1OX5A 1YXDA 4DEFA 1LRTA 2PC4A 5DXYA 2H3BA 1ME8A 4UMAA 4JD4A 3ZWSA 3W87A 1K03A 1C9DA 1UUMA 4Y8FA 5EY5A 2WNQA 3CQ0A 3NL3A 5AYYA 1O95A 3BW3A 2OT0A 1W3TA 4IMDA 3DFPA 3P67A 2E6FA 5G1TA 3E9AA 1SZNA 3N3MA 4ALDA 2V2HA 1TPDA 3FJ6A 3P5ZA 1JCNA 1TPB1 1VPXA 3WJSA 1D3HA 3W7NA 3NA8A 4A2SA 3LHZA 2PRLA 3G1YA 1ZHAA 3L5LA 3LXBA 4IWWA 3GDKA 2CLFA 1VCVA 3LB0A 3RK8A 3SSJA 3B05A 4ZQOA 1KFJA 2A4AA 4PH6A 3HBLA 2ZRUA 2RDTA 3P84A 3W2LA 3NQCA 4K37A 1XKYA 4O14A 2ZRXA 3L5MA 3E0IA 3P8IA 4FNUA 3UYCA 1LZOA 3C2RA 5D38A 4O15A 3W84A 1S5VA 1LOQA 3LCWA 2C14A 5DBUA 5CG7A 3TAOA 3N73A 3WJYA 3BLFA 5KZMA 3ABRA 1PCKA 3DI1A 5MHBA 1KLYA 3EWYA 1FY6A 5G2IA 5DCEA 4O50A 5DN1A 1KM3A 3GNDA 4FO4A 3SZ8A 3GYEA 2EAWA 3MP3A 2BLEA 2EHHA 5CGQA 3TK7A 4BI5A 4FNQA 3NPXA 4GUGA 1IIGA 1Q45A 1T99A 1GQNA 1O60A 2RH9A 2Y88A 3W74A 1PV8A 3S1XA 2ZZ6A 3TQ0A 3KOFA 1GYLA 2O7SA 3LXCA 5LHFA 4UTLA 3QYQA 4Y96A 3TR2A 5D32A 1H60A 3TIMA 5G5IA 1DV7A 4QIUA 3PF3A 1SZEA 3W1NA 5CKSA 1TQJA 4UR7A 2WQPA 1OYCA 3ZS4A 4TU1A 3IIXA 1W1ZA 4MZ8A 2QCNA 4AF0A 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 1KLZ A;  2V9D A;  4XBS A;  5CZ0 A;  3FJL A;  2R94 A;  3NQD A;  2GVG A;  3DFO A;  3P61 A;  5AYZ A;  3ZR4 A;  1TPC 1;  1YTK A;  2NV1 A;  4HT3 A;  1G69 A;  4NZJ A;  4DO4 A;  5D03 A;  2ZRY A;  1THF D;  3B04 A;  5HUP A;  4GNJ A;  3NQV A;  3W86 A;  1FBA A;  3W1A A;  1TJR A;  3HGO A;  1R30 A;  4E2D A;  2C15 A;  3GDM A;  5L6U A;  3HG2 A;  1RQH A;  3W7M A;  3M41 A;  4IGH A;  3E49 A;  3T44 A;  1VS1 A;  2WSR A;  4LRS A;  3IGS A;  4FNR A;  5EA9 A;  2E5C A;  1K8Z A;  4RZ5 A;  4EF8 A;  4O12 A;  3W76 A;  2AGK A;  2ISW A;  3G0S A;  3EEG A;  2E68 A;  2NWR A;  1QPN A;  1D9E A;  3HJZ A;  1KFK A;  1TQX A;  3QPY A;  3KAO A;  1QOQ A;  2VOM A;  4UTT A;  5G1Y A;  3M6Y A;  1TSI A;  4C1K A;  3PUO A;  2H90 A;  2NUY A;  1J2W A;  2DJX A;  1VCF A;  4A2R A;  1XL9 A;  1TTP A;  2YZR A;  1XBV A;  2VFF A;  1TRD A;  3HGR A;  4YXG A;  3QW4 B;  1YXC A;  3TDF A;  4DF2 A;  3MHG A;  1U83 A;  2QEZ A;  1G67 A;  3NPU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KM2 A;  2WSK A;  1R46 A;  3M4H A;  2DP3 A;  1ESW A;  2Q02 A;  4FS9 A;  3V4B A;  1KXV A;  4E4U A;  3CV1 A;  1UWI A;  3VC5 A;  3W7G A;  4IMG A;  2W62 A;  3P7Y A;  3OIX A;  1UP0 A;  3BLI A;  3AU2 A;  2V2C A;  1TMH A;  4BFA A;  4UBP C;  2NLI A;  4JYD A;  1KBI A;  4MDP A;  2NUX A;  3OO2 A;  4MPK A;  3UGR A;  3D3A A;  3H21 A;  1NY1 A;  4D6H A;  5A6J A;  4RE2 A;  2ALR A;  3PBG A;  2R91 A;  5JQ9 A;  2YDS A;  5FJU A;  1A0C A;  2ACQ A;  2I5I A;  3C0J A;  4YPJ A;  4F0R A;  3O0F A;  3AI0 A;  3IGU A;  4H7V A;  4H1Z A;  3BVJ A;  2VEP A;  3SO7 A;  2PSN A;  3RRX A;  4AZC B;  4B3Z A;  1FWI C;  2ZOX A;  4O13 A;  3L2L A;  2X2G A;  4X2R A;  3W83 A;  3WBE A;  4MAZ A;  3O63 A;  5HPC A;  1A5U A;  1X6L A;  3FJN A;  1QNO A;  3M16 A;  2E6D A;  3GHU A;  3TCE A;  4CU6 A;  4U28 A;  4NYU A;  3AQU A;  4RLI A;  4YTQ A;  3F4D A;  3ITY A;  2V3G A;  3VNK A;  3GD6 A;  1IT0 A;  1KM6 A;  4FXJ A;  5A2C A;  3A5F A;  1Q8A A;  2VEK A;  1TPH 1;  2Z2A A;  3UZX A;  4LVD A;  3N25 A;  5CPS A;  3AIW A;  2PS2 A;  1ZCC A;  3W7H A;  1RPX A; 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