1EWE | Genus

Total Genus 129

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	129
sequence length	363
structure length	363
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAADESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLMPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSGQAGAAASESLFISNHAY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__033957167672052__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__033957167672052__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1EWE/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__033957167672052__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"033957167672052","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1EWE/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__033957167672052__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb17c8eadac7b76fe96176/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb17c8eadac7b76fe96176/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb17c8eadac7b76fe96176/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb17c8eadac7b76fe96176/pdb.gz): 479 ms

reading 363 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

363 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:362});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Oryctolagus cuniculus
publication title	A conserved glutamate residue exhibits multifunctional catalytic roles in D-fructose-1,6-bisphosphate aldolases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
total genus	129
structure length	363
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2000-04-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1eweA00

1OYCA 3TSBA 3NQFA 3BW3A 3R2GA 4LVFA 1W3NA 2JKPA 3ABRA 2CLEA 3A23A 5I3GA 4NJHA 4UTKA 5AYYA 2QUVA 3BARA 2P0OA 1H5YA 5AN7A 3G22A 1X8FA 4AWSA 1V7YA 4RKAA 4BI5A 2A85A 2Y89A 2VKZG 2R94A 4Z1BA 2QJIA 5DXYA 4A2RA 4BF9A 5CSRA 3IGUA 2A4AA 3B8DA 2E6DA 3INPA 1KFEA 3TIMA 4RZ6A 5F4WA 3QMTA 3TQVA 2OT0A 2A21A 3W2JA 2P1FA 3M5YA 2A7NA 3LM7A 1TPWA 2H3BA 1OVDA 5C5YA 3EWXA 3SIZA 2V8ZA 3DZ1A 2PRLA 1FBAA 1ZAIA 4IX2A 2NV1A 3LV5A 1DJQA 3NAVA 4WUIA 3LXCA 5CZTA 2H3DA 1SSDA 3LHTA 5SWUA 3JR2A 1V5XA 1ADOA 3IVUA 1K7EA 4Y96A 3G24A 2YFNA 4I7WA 2NX9A 4O13A 5EMUA 1EUNA 2EAWA 4Z0JA 1DV7A 1H60A 3O6CA 4UFHA 5CZJA 1TREA 2HTMA 2Q8LA 4MY8A 2TSYA 2Q3RA 1JCNA 1TSIA 2LLEA 1F73A 3VNDA 3STEA 1F6KA 1Q6OA 4JS3A 4PA8A 4JX4A 4QNWA 1GTHA 4BWLC 1PL9A 4EF9A 2CZFA 1WQ5A 4QITA 3EWBX 2GVJA 3A5FA 3NQ7A 2JBMA 3L5LA 4NXSA 1TPUA 1YPIA 4YWIA 5G4WA 2DORA 3QW3A 1JVNA 2FQIA 5HUOA 4TX9A 4R33A 1SW0A 2J27A 4GUJA 2JKAA 2ZTKA 3PVFA 2Z2UA 5AHMA 1TQXA 2Y61A 3GDKA 2OMAA 3NQVA 1JQXA 1IXNA 3TNOA 1G4TA 2PCQA 1EEPA 3IIVA 4O11A 2CLMA 1OHLA 1IIGA 3GX9A 4LS1A 2QCCA 3MYPA 5BW6A 4JTGA 4CQ8A 3C2EA 1JCXA 5AHNA 1P0NA 2TMDA 3L5AA 3G8EA 4N02A 2RKXA 4K37A 3P82A 2V5BA 2BSLA 2GPTA 3PULA 1QFEA 3CEPA 1NEYA 3C61A 3KX6A 5AYXA 1G6CA 1UJPA 3G0SA 3TW6A 3T7VA 3KOFA 4HNVA 1WBHA 4CQAA 4FB7A 3AJXA 4QIUA 4AHOA 3E02A 3GKFA 3SY5A 2ZRWA 1H51A 1TPB1 4ICNA 4PL1A 1G69A 1X1ZA 4IMEA 4NUWA 1K03A 2YX0A 4QSHA 2QDGA 1B9BA 2FB2A 1BKSA 3EKLA 1M5WA 1Z44A 2C3ZA 5LSMA 1ALDA 4MZ8A 1MEWA 4HNNA 1TTQA 3IEBA 1EB3A 3P84A 4GUFA 1XI3A 1DQXA 1K3UA 1I4NA 1X7FA 3KRSA 4S1FA 4A3UA 5LNRA 3MBDA 2BLEA 1XBYA 3NOEA 1HO1A 3V75A 3WJYA 4IUOA 3G1VA 1RV8A 2ZRYA 3LX9A 1SO3A 1X1OA 4LW7A 1VGAA 4KKXA 3LCIA 3ABQA 1KFCA 3F4WA 3LI0A 1SUXA 3DAQA 3OIXA 3ELFA 3E12A 5CPOA 1WYIA 1AK5A 4AXKA 4EWND 2ZYFA 3UYCA 2H6RA 1VYSX 2DP3A 3W7MA 4XZ9A 1SZGA 3W1XA 1KM3A 3GDMA 3HPZA 2PRMA 2RFGA 4FXRA 5F1VA 2YR1A 4OBTA 4WD0A 4UTLA 3MUXA 4E0CA 1KTBA 3A22A 3PG8A 3L67A 1KM6A 3B0UX 5TIMA 4ZZ9A 2HMCA 1KFKA 2AAMA 3W7GA 4UR7A 4TR9A 4LUJA 5KZDA 3A9IA 4MUZA 3P8JA 3MJYA 3GIYA 5EKYA 3VI2A 4RK8A 1JRBA 1FUYA 1GVQA 1QDSA 2ISSA 2VFIA 4UTIA 3W1QA 3FS2A 3NA8A 2ZRZA 5K7JA 4M7SA 4ZQOA 4KWWA 3KVMA 1IIHA 3STGA 4EVZA 3USBA 3QPYA 3QPZA 2CLOA 2V81A 3NL2A 5BNKA 3STFA 2V2DA 3A21A 3LRLA 3MYOA 5FF2A 2DZTA 3GVGA 5EPDA 2ZBTA 4O8RA 2BXVA 1QPQA 2Z1BA 3RFAA 4WXYA 4UFLA 5CPLA 3W73A 1O94A 1VYRA 4LWWA 1SO5A 1XUUA 1KFJA 5FEZA 1DQWA 4K7VA 3GXPA 4IXHA 1NFBA 4QNEA 3THQA 3R89A 3UY8A 3TV8A 1GVOA 1OFEA 3DH7A 4ADUA 3JS3A 3C8FA 3P61A 3W84A 4LU0A 5KSWA 2Y88A 4JTIA 1DVJA 4HSOA 3DFOA 1OFDA 4EIVA 2DZPA 3T78A 5DY3A 4BI7A 3S1WA 1BWKA 3E0IA 3WFAA 3KVKA 4N9DA 4UMBA 3W07A 3SECA 3CM4A 5HJLA 2VEMA 2F7FA 2E77A 1TRDA 2VXNA 3CWNA 1Q6RA 1UUMA 3LCHA 3Q94A 5DY2A 1M7PA 1X6UA 5J5RA 1XDLA 2C16A 3PUEA 3E9AA 3DFSA 1HG3A 2YW4A 3IIZA 3BPWA 5K4ZA 3N2MA 5CG7A 1M6JA 1SZNA 2O7QA 4XQ6A 4BK9A 4FNQA 1JCJA 2DZWA 3A5VA 3FEMA 4FNSA 1WX0A 4MY1A 3O6DA 3S1XA 3NM3A 1LOLA 2WV8A 3EXSA 5ABTA 1FWWA 3OBKA 4LVAA 3O63A 4O4WA 1J2WA 1DOSA 1OFRA 3Q37A 2E6YA 1LBLA 1IXOA 2EPHA 5LHFA 2C19A 1FCQA 3P80A 4Z08A 3KRZA 4RZ4A 5D09A 2J9XA 3R5EA 3B0PA 5CKSA 3O07A 4N2YA 3P74A 5AHEA 4ZQPA 4FNRA 2C13A 4K6AA 4PH6A 3R12A 5EA9A 4P2VA 5AHFA 1H7WA 1BEUA 4IOTA 3BLEA 3HOJA 3W1LA 2FPTA 5C55A 4UTMA 4M6QA 1KFLA 1OYBA 5KITA 3LLDA 5K2ZA 1QPRA 1T0OA 4PL2A 4UUIA 1AG1O 3W7RA 5D02A 1EUAA 3A24A 2I9EA 2V30A 3SI9A 2R91A 1U5JA 2DZXA 3DFQA 4AVFA 2ATSA 3G1SA 3T44A 3NQCA 1J5TA 1IF2A 3GNDA 4MYAA 2GVGA 2QUTA 5D2YA 3R8RA 3RK8A 2QCGA 4WY0B 2VENA 1LRNA 5E1QA 1FQ0A 1TRIA 4MZYA 2WSYA 3EX2A 3NNTA 1F5ZA 4CCEA 1Z42A 5D05A 5G1TA 4CNPA 4O1BA 5K9CA 2G95A 2RH9A 2VOMA 3TAOA 1XBXA 3P67A 1TMHA 2QCDB 3N2XA 1XBZA 3EX6A 2RHGA 3TXVA 5HINA 3TX9A 4DO5A 4WY0F 1A5BA 4H4IA 2Y70A 1BWLA 1TJPA 5LGZA 3HGRA 1VHCA 1D3HA 4AHPA 1UASA 3S5YA 4DPPA 1F05A 1FX6A 3L9CA 1FWTA 1GVRA 1TV7A 4WOQA 4XTDA 1R47A 1Q3NA 1KBJA 1KM1A 1JUBA 1OX4B 3IRDA 1XCFA 1EWDA 4JTSA 3UY7A 3W7JA 4LVBA 3S42A 3HG3A 5LNUA 3NPWA 1XBVA 4LVGA 1I2PA 3GKAA 5KZEA 3M5XA 5FEWA 1GOXA 2WSQA 2Y7FA 4JYFA 3S5NA 1TPVA 4CCDA 1W8SA 4KFNA 4QM1A 2A7PA 3DU0A 4JIQA 5CZSA 4RCXA 4WY0A 2CLHA 2ABAA 3LRKA 3R13A 5I3IA 8TIMA 3TROA 3GR8A 1QOQA 3HQ1A 2E68A 3STCA 4DXVA 3G0XA 1S5WA 4P61A 2PC4A 3CQ0A 1GEQA 3W7OA 1FDZA 1KV8A 2ZZ4A 1TV8A 3W7KA 4TMCA 4IGHA 2QCDA 1AW1A 1JQVA 4TO8A 3RMJA 4ML9A 5AC6A 4I9AA 4X3ZA 3FJ6A 3NO5A 1TJRA 5F2MA 3SSJA 3FA5A 1WV2A 2TYSA 3W7PA 1ICSA 2VFGA 1VYPX 2WJZA 1SZFA 1VHNA 1VRDA 2RDUA 1OFOA 2VFFA 1RQBA 3T4CA 4Z0SA 3TA6A 3EWYA 1QAPA 5HNRA 3TJLA 1YDNA 1I2RA 3OG3A 3C4UA 1GWJA 1W3IA 3H54A 1DKWA 1OX4A 3NPUA 3W70A 3SFKA 2FIQA 3W75A 4UTUA 1JJKA 1LM1A 2VEKA 3U6WA 3BW2A 1ZCOA 2E09A 2ZZ7A 5AFDA 2Y85A 3IGSA 5FI8A 4O52A 3PUDA 4IMGA 4NZFA 3W1TA 4K38A 4MY9A 3NQGA 2J88A 4FF7A 2QCNA 3SGZA 4NT0A 3M6YA 3BV4A 5DLCA 1Y0EA 5L9FA 2RDTA 4C1LA 3ZWTA 5D04C 3GXTA 1RPXA 1AL7A 2QF7A 3LTYA 4JY9A 4X2RA 4LV4A 1HO4A 3PB0A 3T55A 1VCFA 1RVGA 1L6YA 4LC8A 3EWUA 1IXPA 1OFBA 2FB3A 4E2BA 3W72A 1H1YA 3G8RA 2E1DA 1Z41A 3L21A 2WSRA 4MJMA 2ZQ0A 4D2JA 1OF8A 3LV6A 1G4PA 2NXHA 3QMRA 1EPXA 1VQTA 3L0GA 4LV9A 5LZLA 2E6FA 2ZRXA 5CPMA 3GNNA 3DHDA 4FX6M 3GK0A 3JRKA 1TPFA 1SPQA 3NEVA 3FJLA 3QQ0A 3M5VA 4WOZA 1B4EA 4LRSA 2HS6A 5AB3A 5CGQA 4A2SA 3QSTA 3PY2A 3P5ZA 4UCGA 5G2IA 1QWGA 5T26A 3VCRA 4FX7A 1W5MA 1HUVA 4JN6A 5D30A 3UD6A 1KLYA 4K8EA 4Q32A 3B0VC 4C1KA 2B7OA 3GYEA 2ALDA 4S2CA 2CZEA 4PC8A 4FHAA 5IM51 3ATZA 3EX4A 4FX8A 4ZVJA 4RV8A 3G1FA 4DF2A 4DBDA 1YDVA 3HO8A 4O19A 5HMSA 4OV9A 5LGXA 3BLIA 1NSJA 4K36A 3HG2A 1ZENA 2BTMA 3W2MA 2Q8ZA 2ZA3A 5DCBA 5I3HA 1W5NA 1H61A 4PFMA 2KZHA 2DJXA 2G97A 3SZ8A 3B03A 4HPJA 4MYXA 3UXDA 3W7IA 2NXGA 1LZOA 5HWJA 4OGZA 4LOCA 5LNSA 3TU9A 1JCMP 1QPNA 1VLIA 4O0KA 4K8HA 1H62A 5HULA 3NQAA 3BLFA 1TO3A 5DXXA 3TSDA 1W5PA 4XKYB 4IPIA 3W83A 4Q4KA 2I14A 4JY8A 3C52A 3TQKA 2YDAA 1VPXA 1LBFA 2NUXA 1ICQA 4HNUA 5KZMA 2NWSA 4LRTA 3NQMA 1KA9F 3CIWA 4PTNA 1PV8A 1OABA 4ADSA 4LTSA 3MBFA 5FF4A 4QAIA 3NQ6A 3P7YA 4MLRA 4IMCA 3W74A 4UFIA 3TUUA 1ME7A 4ZQNA 3NR0A 5LKYA 1D3GA 2OT1A 3WK3A 1XC4A 3PUOA 3W1RA 2X30A 1JCYA 1QMLA 2QKFA 3S8HA 3B04A 3OVRA 3BGGA 2RDWA 3TW7A 5EY5A 4MIMA 3LCXA 3NQ8A 3NG3A 4O15A 2YCEA 2QDHA 3LHZA 2HS8A 2X16A 5LNWA 3M7WA 3EKZA 1F6PA 2VFDA 5G4EA 1WXJA 3CB8A 1FXQA 4O28A 2A7RA 4QISA 1XM3A 1Z48A 4DF0A 3NXFA 1BTMA 2FTPA 1ONRA 2NLIA 1QPOA 3F03K 3NVTA 5H2ZA 3PM6A 3UWZA 1LRQA 2D73A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1TG7 A;  2YZ5 A;  1TZ7 A;  4O10 A;  3O8A A;  2B4G A;  3UND A;  1GON A;  3UJF A;  2BZN A;  2QT3 A;  3AXH A;  1H3G A;  3RM8 A;  1I8J A;  3QGV A;  3IJ8 A;  3TAK A;  2FMO A;  3TK7 A;  1S2V A;  5AY7 A;  1O7A A;  3W7H A;  1IGS A;  4HP5 A;  4JD4 A;  3C3N A;  3THA A;  4GK8 A;  5FF0 A;  3L4X A;  4DO7 A;  2XSX A;  1TJ1 A;  3EGJ A;  4IFK B;  2PDM A;  2OCZ A;  1QUM A;  4GIN A;  2C1H A;  2WLZ A;  5JBE A;  4LF1 A;  4N7Q A;  5ABE A;  3KS5 A;  2B31 A;  4AD2 A;  2XUC A;  4JTH A;  4YCP A;  1V3H A;  5C2X A;  3NO3 A;  3PTK A;  4S3K A;  4IQL A;  3KTX A;  4PTV A;  4WVX A;  4KRT A;  3PSV A;  3CHE A;  3M0Y A;  4RZB A;  1L6S A;  2INE A;  1XLI A;  4XZH A;  4P8V A;  1CXK A;  4S3G A;  3UZZ A;  4NJG A;  1SM9 A;  2J7G A;  4TMB A;  1PKL A;  4XUY A;  2GUY A;  4GXW A;  3B9E A;  2ZUT A;  2VDH A;  4H8N A;  2DU2 A;  4DXX A;  4N4P A;  1EDG A;  4ORM A;  2QUL A;  3I4E A;  3QY7 A;  1GG1 A;  1LG2 A;  1OK6 A;  1KTC A;  3PS7 A;  4EE9 A;  4AHQ A;  4O14 A;  3HV8 A;  2VX4 A;  3CWH A;  5GNX A;  3TYE A;  2X1R A;  4OBR A;  3WH6 A;  3WNN A;  1NDW A;  4AWT A;  2VEI A;  1GT8 A;  3SIM A;  5EBU A;  3CV6 A;  3L4T A;  1NDZ A;  3KBV A;  4GNK B;  1EDT A;  1IHI A;  3RO8 A;  3AHX A;  2BX7 A;  4RPQ A;  4DUX A;  4PUN A;  2BHU A;  4I7V A;  3VAV A;  1GPF A;  4L1X A;  1UWT A;  1YAD A;  3ZJ6 A;  1PCK A;  4IMF A;  3OHI A;  1MEH A;  1NQK A;  3EX1 A;  2FFC A;  4RNJ A;  1E6X M;  4CN1 A;  5I2U A;  2ZDR A;  1UKS A;  5IBX C;  3URA A;  1V51 A;  4NRS A;  3MW7 A;  2O7S A;  3SN0 A;  1S5T A;  4J9J A;  1VFT A;  2J7C A;  4M7T A;  4IQJ A;  2IXU A;  1TTP A;  1GZG A;  4ALD A;  5E9A A;  5D4Y A;  3GG7 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1EWEA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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