1F07A

Structure of coenzyme f420 dependent tetrahydromethanopterin reductase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
321
structure length
321
Chain Sequence
MKFGIEFVPNEPIEKIVKLVKLAEDVGFEYAWITDHYNNKNVYETLALIAEGTETIKLGPGVTNPYVRSPAITASAIATLDELSNGRATLGIGPGDKATFDALGIEWVKPVSTIRDAIAMMRTLLAGEKTESGAQLMGVKAVQEKIPIYMGAQGPMMLKTAGEISDGALINASNPKDFEAAVPLIKEGAEAAGKSIADIDVAAYTCCSIDEDAAAAANAAKIVVAFIAAGSPPPVFERHGLPADTGKKFGELLGKGDFGGAIGAVDDALMEAFSVVGTPDEFIPKIEALGEMGVTQYVAGSPIGPDKEKSIKLLGEVIASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of coenzyme F(420) dependent methylenetetrahydromethanopterin reductase from two methanogenic archaea.
pubmed doi rcsb
molecule keywords COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTE
molecule tags Oxidoreductase
total genus 117
structure length 321
sequence length 321
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.5.98.2: 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase.
pdb deposition date 2000-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1f07A00
1NFPA 5DQPA 3FGCA 4J2PA 2B81A 1BRLA 3B4YA 1XKJA 1TVLA 3B9OA 5LXEA 1LUCB 1RHCA 3C8NA 1BSLA 3RAOA 1M41A 4US5D 2I7GA 1YW1A 1LUCA 1Z69A 4UWMA 3B9NA 3SDOA 1EZWA 4US5A 1NQKA 1F07A 3FGCB 1BRLB 1FVPA 5AECA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DVXA 2FTWA 3TN5A 3PSVA 3IEBA 3LLDA 1LTDA 1MW2A 1H1ZA 4XD5A 1YBQA 4KWSA 4PMXA 2P0IA 1UC4A 1RR2A 1SMAA 1UOKA 1WKEA 3DUGA 4WQ6A 1JCLA 1OX4A 1JCTA 2DGAA 1WZMA 3PHAA 5EY5A 4JFTA 4AZIA 1G7UA 2PZNA 5ECUA 1KM4A 1PAMA 1CBGA 4KQNA 3NA8A 4GD0A 2GWGA 1FWGC 2Z29A 3LTSA 3NO5A 4TX8A 2Y85A 3MBDA 1VHNA 2W79A 6REQA 4UZSA 2IPFA 4TIMA 2BV9A 2UY4A 4HKPA 5E1QA 1TJRA 2PMQA 3HO8A 3I6RA 7XIMA 4A35A 3L4WA 3URBA 1LLWA 1EP3A 4KRZA 3N12A 2WOQA 3EKZA 2B7QA 3S47A 3PANA 3W29A 1KTBA 3DAQA 3AHZA 1RVGA 4LAZA 5LNRA 1QI3A 3KLKA 4IGNA 4PRTA 5J5DA 2ZYFA 1Q4NX 1S5WA 4I7WA 3FHQA 3W1QA 3H2OA 3BCFA 3CJPA 4J4KA 3A9IA 1UR4A 5A6JA 3FA4A 4D6FA 1NF0A 4NT0A 1EH9A 5CC7A 5HQMA 5EKYA 4MFEA 3H70A 3IAPA 3O1NA 5FEWA 2PTYA 3FHAA 3IACA 3VD9A 4AD5A 2ABBA 4V1XA 2CETA 1BSIA 1XSJA 3CUIA 2IS7A 4GJJA 4CU8A 2Z25A 1UA3A 2ACRA 3HV9A 2Y0FA 4NZ3A 3MUAA 2E6YA 1R46A 4B2DD 3OQEA 5EA9A 2UBPC 2UZ9A 1QHOA 4D6IA 3O07A 1OT2A 2UY5A 3XIMA 1RZMA 4L9YA 1IEWA 4HPXA 5HUPA 3O06A 3RCNA 2DQXA 3LCGA 3W7GA 1AJ2A 3ANVA 2JIEA 4ACZA 4D6CA 3IS4A 3CGTA 1JZ6A 3O6CA 3TSDA 5A8PA 1L8NA 4TVUA 2PWFA 1R3SA 4HCDA 1JDFA 4TX6A 3SAZA 4FALA 2HK0A 5DRCA 1RP9A 4A3RA 2IXVA 3TVAA 1FWJC 4DJEA 5I2UA 1L8PA 4MB3A 4AD3A 2JALA 4GZJA 1R38A 1F73A 4B90A 3LN3A 2GOUA 1A3HA 1BQGA 3PTMA 3AO0A 2OEMA 3QQWA 3W38A 3F5JA 2CHRA 3TKFA 3VMOA 5CPMA 1RQEA 1J11A 1BG4A 3OGSA 1VEMA 3KBMA 3F4VA 3K13A 3NL3A 2ZZ3A 2OQLA 1PO9A 1VFOA 2GLKA 1PDZA 2J8FA 3AMDA 3KUMA 4REQB 1NQKA 1R7AA 4KFPA 3W83A 3FKKA 3BLOA 3MDUA 2CXGA 4S3KA 1WOBA 2I56A 4KBXA 3U5UA 4M24A 3BJTA 4GOAA 2E8ZA 4NJIA 1WP6A 4HSNA 4WOZA 5FJUA 4ICMA 1XDMA 1MZRA 1FWFC 2VWSA 3HQPA 1YX1A 2YPIA 1U1JA 3CHFA 2CLPA 4PUDA 3N4AA 3CUXA 4EX4A 2ISWA 1OYBA 3BGAA 3DC8A 4HYRA 3ARYA 3FXYA 1UQYA 1U30A 3OHIA 2ZTJA 5GNXA 2XVNA 3TYBA 4NZ5A 3NIYA 2P1FA 1XSKA 4WLCA 2ZVIA 1ZHAA 3ZLGA 1HL8A 1OEPA 3TYZA 3WDQA 2R1PA 2OEJA 2PRLA 1W5OA 5A6BA 4S38A 3DOPA 5EMUA 4XO6A 3BOXA 4X0NA 1F61A 2NV2A 3UU0A 3R89A 2XISA 4XSMA 4UNLA 2OLAA 3C2RA 5GJPA 4XAYA 3VDCA 1FHDA 5CZJA 5CAKA 5HJXA 1TYGA 1B57A 3H2NA 4U3AA 3WD2A 4GXPA 3WQ8A 4LAUA 3U2EA 3E96A 3QMTA 5J8LA 3MC5A 2FDSA 3W7NA 3UJ2A 4S3CA 5IBXC 1FRBA 4PMJA 3RU8X 2NXGA 4F2BA 3W22A 4PCSA 4O4WA 3G1RA 2WAGA 3M7SA 1TE1A 3NO3A 3ZLFA 2VQUA 1UR9A 3VDHA 2B7PA 4Y9OA 1F76A 3OVQA 3IK2A 2WC3A 1KM3A 4Q8UA 1L0PA 3OODA 3EDDA 4JTCA 3K4AA 5BXPA 2DFAA 3L5AA 4H6QA 4WKAA 5FF3A 3C61A 3WNKA 4EACA 1P6BA 4RUBA 2QPUA 3R7MA 1QK2A 2EG8A 5C71A 1UASA 4AVOA 3U9IA 1JZ2A 2PC4A 4O15A 5A2BA 4L56A 2NX9A 3ABSA 4A22A 4H2HA 2G95A 2OO6A 4DN1A 2WLZA 3G0SA 4LWWA 3HPZA 3NDOA 1XG4A 3A12A 3CUGA 2QXWA 2CEQA 3EXRA 3F4WA 1J18A 3QEZA 1R8LA 2PBOA 1XQLA 4F0SA 4F0LA 3KBVA 4XZNX 4N9EA 4FHAA 3L0NA 1M01A 1O68A 3LHYA 3BW4A 1F3TA 5EMLA 4ZFCA 3REQB 4MDOA 5EL1A 2BTMA 4AVNA 1I2RA 4Z1BA 1FWDC 2CLEA 4ONVA 1AUSL 3LV5A 3W1TA 3ORWA 3MCNA 4I8DA 3W6YA 4E0CA 4Z2GA 4QLJA 5HR7A 3UWEA 1TUXA 4F8XA 3ZWSA 1AZ2A 3A4XA 1P1MA 3WJZA 2XG9A 2Y61A 5EB8A 4FB7A 3NSXA 4IUOA 1JVNA 3UPWA 3RM8A 2ZUSA 2CLMA 2Z2BA 3UJEA 1W9PA 2C0HA 4OV9A 2ZRUA 4S3AA 4LU0A 4B5XA 1QBAA 2OFJA 5AC6A 2RAGA 1YEYA 3ARVA 2ICSA 2HROA 1RHCA 3WQ5A 1LRTA 3CHCA 3CB3A 1S1PA 3TK7A 1FA2A 1DE6A 3ZR5A 3B4UA 2TPSA 4H6RA 3SUTA 4C6KA 5MKGA 2YYUA 3DENA 3PZUA 3GAYA 1MUMA 1A50A 3TMQA 3DCPA 1TCDA 1E71M 1G9HA 2VYOA 2YW3A 4J28A 1OC6A 1W32A 4MOZA 2DU2A 5I78A 1TTQA 2Z7KA 1MQRA 1E0VA 1WA3A 3DGBA 3DXIA 5FACA 2BB0A 5HMFA 1UZ4A 4GO8A 3MMDA 1VFHA 3CLWA 2O4MA 2WZMA 2Z27A 1EYEA 2X1RA 3BGJA 3BAYA 3R10A 2AMGA 3U57A 1UP3A 3AWOA 5A2CA 3NQMA 1OX6A 3CZLA 1YPFA 1S2UA 3Q37A 3S2CA 1J12A 1TIMA 1J6OA 4F4RA 3DHPA 4IJBA 3LM7A 1EJWC 1Q2RA 3N2CA 3JU2A 1Z32X 1TJPA 3TQKA 1BKHA 4CQ9A 2AOSA 1JCJA 3R6IA 1OG6A 2KZHA 4LTSA 1X7IA 1OABA 1IZJA 5L6UA 3UWQA 1OK6A 3PNZA 1SZGA 2V3DA 4LY4A 6PTDA 2G3MA 3ZVHA 2OO0A 3QZEA 1B0IA 4IF2A 2CITA 3JRKA 1WKFA 2NVDA 2PDWA 1BD0A 1C8YA 3LMZA 4IX2A 3TFXA 1QU4A 1OGGA 2FZNA 1QFEA 1KFJA 2OT0A 3HG4A 3KCJA 3FGCB 1XFBA 3FEMA 1V0LA 3QQ1A 2HXTA 2G37A 3DU0A 1KM0A 3L68A 4W85A 4E5TA 5TD4A 3NAVA 3D3AA 2JFEX 2WVUA 3GH7A 3UYIA 2VQTA 3ABRA 4AWUA 4CU6A 3MU7A 1BLIA 4Y6GA 1J2WA 4U31A 5I07A 5CBIA 3UNTA 1HGWA 1MO0A 5FCZA 2C71A 4DWSD 2D23A 4NASA 2H8ZA 1Y8BA 4IQLA 1P48A 1R3VA 2FZ8A 2J7GA 3W37A 2NW0A 1WAWA 4QDPA 3VAVA 1SJCA 2CKRA 4JTRA 3HN3A 1VBRA 3HMCA 5CCZA 4F79A 3EX6A 5HPOA 1I2QA 3A3XA 4PBEA 5IFTA 1EFZA 3KDNA 3PZTA 2HCVA 3QTGA 1IZCA 4Z2IA 4KERA 2CZVA 2J7EA 4MB4A 5BYWA 1TZ9A 1OJXA 4HMCA 3GIPA 3H8AA 4GIEA 4QQUA 2BZNA 1THFD 1SM9A 1UMYA 3R2GA 1Z41A 3GG7A 3V75A 4DY1A 2XHYA 2CBJA 3PZOA 5IFPA 1IWPA 5HMDA 2RDWA 3N2OA 1EJVC 1HF6A 4LV9A 4PMOA 3CQJA 2CU0A 1ZGDA 5BU9A 8TIMA 5CKSA 1JQXA 1P0NA 1PTDA 5F2MA 1CT5A 1TMHA 3ZM8A 1C8QA 3PTDA 4MF4A 3GDKA 2FYMA 1JNEA 4UMBA 3AS2A 1R87A 3TSBA 1ZCOA 1IT8A 2GDVA 4JPGA 3VIGA 3W1UA 1U5JA 3DDMA 5K2ZA 4YNGA 4N6FA 2YBVA 1RD6A 1OC5A 3S9ZA 2YB1A 1T41A 4N9DA 2WHJA 2WLYA 3AHXA 3QW4B 3ZJKA 3MCMA 4NJHA 1VGAA 4YVPA 1CIUA 3QZ6A 3OZMA 4WUIA 4AZCB 4MNJA 4IIGA 3HGJA 5LIYX 5DRIA 5KZ6A 2EF9A 5LZLA 4PYSA 1TX0A 5CQ1A 1HJWA 3KBJA 3I7QA 2CHNA 4H9VA 4DYEA 2AAAA 1JDCA 4O16A 3ICJA 2V5DA 3ARZA 4FNUA 4AC7C 5LXXA 1HP4A 1V3MA 2I5IA 1IXNA 2G0WA 1O4UA 4GVHA 4KEUA 3CPRA 4GRSA 3RX2A 1UWIA 3NM1A 2XPKA 4O1EA 3NPVA 2ZX7A 4AHOA 3OLGA 3KZPA 3P81A 3WNOA 3QLLA 3W1RA 4I3GA 1YHTA 1TPVA 4IOTA 2J74A 4G7FA 4PCPA 1VJZA 3TONA 2C3ZA 4MM1A 1DV7A 4KGJA 1ZZMA 2W66A 4D8LA 1SR0A 1BTMA 2PTDA 1W17A 1I6NA 2WZHA 4EPBC 3SUSA 4IX0A 3PPCA 6TIMA 1NOUA 2HQAA 2WXDM 2ZQ0A 3BL3A 1ZTVA 1UYQA 3RR1A 2QAFA 3SJ3A 1ZENA 3N14A 3SZ8A 3U4FA 1HKJA 2BHYA 5I3HA 1ODZA 4DLMA 3A64A 1GJWA 1ADSA 4GISA 4HPNA 1SVDA 3KRUA 1CLVA 3A4WA 4AZ5A 4DRSA 3NQAA 3CIVA 4GCAA 1SMDA 4TX9A 3CIXA 4ATWA 3W7PA 3U7BA 1AD4A 4LY8A 3ERPA 5FJRA 2DY3A 1QOXA 1OIFA 5CLTA 1TV7A 5M2FX 3TJIA 1N8IA 1ISWA 1E6XM 1ITUA 4YWIA 2J7HA 3WZ0E 1V02E 4MY9A 2J6VA 1OD8A 1QXLA 1WPCA 1UC5A 1SJAA 3U2CA 4IIFA 4LRTA 4R34A 4B5TA 2A3AA 4LCSA 1B3VA 3AIEA 4OIFA 2ATSA 1QASA 3T0BA 1JNDA 3HFTA 4NNBA 3B8VA 4S2CA 1CEOA 5H8PA 5G2WA 3QGKC 1OFPA 2QJIA 4MJMA 1T96A 3MANA 3GQYA 2PDXA 3BG3A 3NQ7A 3SCSA 2GVGA 1BAGA 1KBJA 3VE9A 2E1WA 3F2CA 3N34A 4R85A 2W67A 4GINA 4DO7A 4DX3A 1UUMA 3SO7A 3CUJA 1WBHA 3L4UA 2GGGA 4F2UA 4CGTA 3GR8A 3RO8A 1KBBA 3VNYA 4QEEA 5F7UA 3M0MA 1ZBWA 3C0QA 4Q8MA 1UH2A 4TVCA 2EG7A 2YDSA 4GJIA 2V82A 3UGRA 1UCWA 2C1IA 2XVGA 5I0DA 3PUOA 4LF1A 2PURA 4MPQA 4PH6A 4ASTA 4M6PA 2C7FA 2I14A 3A9BA 3DHUA 3SBFA 4ZB2A 2W61A 2J4GA 5T8GA 1FWAC 3ARQA 4B9YA 2FKPA 2IMRA 2C0AA 1XDJA 2VDIA 3GR4A 2WNNA 1ZBKA 4J3WA 3EWXA 1QMLA 5CJNA 2BP1A 5SWUA 4HNLA 4KH2A 3MHUA 3B8WA 3SIMA 3C0SA 5BXTA 3THCA 2OODA 2F9RA 2WK2A 4YTTA 3BLLA 1EQCA 3SECA 3GNPA 3EWWA 1DJYA 2VUYA 1XLLA 4E38A 4PRRA 4YTQA 2CNCA 1FBAA 4IQDA 1GOQA 3VM5A 2ODOA 2VEGA 1U22A 2BY0A 2BY2A 3CC1A 4HMEA 3TZFA 4JKMA 2YYTA 4JNZA 1Z3NA 3VOGA 4RCXA 3CM4A 2NV1A 4GG9A 3DI0A 4MTVA 5AYXA 5M1TA 1BVWA 4CD5A 4UXDA 1LQ0A 1F8IA 4YPJA 3SUUA 3KTSA 4LF2A 2J9YA 4PTWA 3W7JA 4K7YA 1KFWA 3G1SA 3S5NA 2DZSA 2QS8A 4Y8FA 4DXXA 2PB1A 4UMCA 4NILA 3GXPA 1AD1A 3GRIA 1IQ8A 3KTXA 3FA5A 3WJXA 2ZOXA 1CLKA 1EZWA 5LA2A 4F0MA 3CMFA 3N9KA 2ZRXA 1MXSA 1Q45A 3UR7A 3HFYA 2W6RA 4O17A 5CPSA 1GG0A 4FO4A 3GU2A 3B3DA 3HGRA 3PBYA 4GVGA 2GVEA 3LEPA 3AYVA 2VCCA 1EJSC 3L65A 4Z17A 2VFIA 2XIQA 1DE5A 3SQMA 4PMQA 4XZLX 4JL2A 2FJUB 4JTSA 1UUOA 3L23A 4UTTC 2D3LA 3ITTA 4UTWA 1XLHA 1F8MA 1TUFA 2BXVA 5JH1A 2GPTA 5C55A 4G56A 3QC3A 3BJFA 3M0ZA 3N2XA 3MMTA 1H50A 2DP3A 4OV4A 1UKPA 4XQ6A 1XLMA 5DF0A 2GZXA 1MXDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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