1F2J | Genus

Total Genus 145

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	145
sequence length	357
structure length	357
Chain Sequence	SKRVEVLLTQLPAYNRLKTPYEAELIETAKKMTAPGKGLLAADESTGSCSKRFAGIGLSNTAEHRRQYRALMLECEGFEQYISGVILHDETVYQKAKTGETFPQYLRRRGVVPGIKTDCGLEPLVEGAKGEQMTAGLDGYIKRAKKYYAMGCRFCKWRNVYKIQNGTVSEAVVRFNAETLARYAILSQLCGLVPIVEPEVMIDGTHDIETCQRVSQHVWSEVVSALHRHGVVWEGCLLKPNMVVPGAESGLKGHAEQVAEYTVKTLARVIPPALPGVTFLSGGLSEVMASEYLNAMNNCPLPRPWKLTFSYARALQSSAIKRWGGKESGVEAGRRAFMHRAKMNSLAQLGKYNRADD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1017956266872395__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1017956266872395__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1F2J/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1017956266872395__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1017956266872395","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1F2J/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1017956266872395__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb19bf56e559ced255c2dc/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb19bf56e559ced255c2dc/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb19bf56e559ced255c2dc/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb19bf56e559ced255c2dc/pdb.gz): 107 ms

reading 357 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

357 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:356});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Trypanosoma brucei
publication title	Structures of type 2 peroxisomal targeting signals in two trypanosomatid aldolases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE, GLYCOSOMAL
total genus	145
structure length	357
sequence length	357
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2000-05-25

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1f2jA00

2OZ0A 3LCHA 4UTIA 1QMLA 3G8RA 3SECA 1WYIA 4BI6A 2B7OA 1SZFA 4WX2A 5D38A 1IXOA 4X3ZA 1KM3A 3MW7A 1TPEA 5I3HA 3W2UA 4DO6A 1SW7A 4MZYA 5F1UA 3LRKA 5F4SA 1J5TA 4J9JA 3M5XA 5T26A 3I7QA 5FF0A 4JTKA 3VI2A 4Q4KA 4IUOA 4MYXA 1KM0A 4WJEA 1FCQA 3TA6A 4MZ1A 3IGUA 3DFNA 5D04C 5AHEA 3W85A 1H1ZA 4ADTA 2NWRA 4RX0A 3T4CA 1FXPA 3W1PA 4KFOA 2QCDB 4AMAA 1EA0A 3C52A 2A7NA 1ZAIA 3CQ0A 2X1RA 2A6LA 2QCGA 3BK0A 3NL6A 2FPTA 3G1HA 1YYAA 2C18A 4MOZA 1VJIA 5KZEA 1JQVA 1KM5A 2ZRYA 4E2BA 3IGSA 4UNLA 1ZHAA 5J5DA 1H5YA 1ALDA 1QR7A 2WNQA 3I7SA 3M41A 1JUBA 2E5CA 4NJGA 1SSGA 1HO1A 2YX0A 5HINA 3LCWA 2WSQA 5DCDA 2G95A 1M7OA 4O1BA 4UFJA 3EB2A 3C4UA 3QQ1A 1EWDA 2O7SA 4AWSA 3G1SA 4K37A 1L6YA 3W2KA 4JY9A 4LV4A 3SZ8A 4IMDA 4OBTA 1ZAHA 2E5BA 3CIWA 4FEZA 3USBA 3KVKA 1GVQA 4IMGA 3UWUA 4FNQA 3LHTA 6TIMA 3DI0A 1C29A 2JGQA 3G0SA 4OQVA 5LNSA 2FQIA 2Y61A 4FHAA 3THQA 3WK0A 1LRTA 2A6NA 2OT0A 2PRMA 2JBMA 4M7SA 1Y0EA 1F76A 3GDMA 1TV8A 3TSDA 4UFKA 3KRUA 3KX6A 1YPFA 1A50A 3TJLA 4UNKA 4HNTA 4ML9A 2ZZ2A 3NO5A 1FDZA 3S5NA 3KHJA 3R5EA 3DFSA 4JNMA 2DZUA 3W7OA 2V2HA 3HG3A 3P74A 4TO8A 5BNKA 4BFAA 2QAPA 4O53A 4GWEA 4JTIA 4C1KA 1W3TA 3NL5A 3G3DA 3P84A 1Z41A 3NEVA 3PBYA 1P0KA 5G2HA 3GXNA 1M7PA 1VCGA 4FNSA 5KZMA 1OX5A 3NXFA 4JTGA 4JS3A 3TQVA 4RV8A 1YDOA 1GG0A 3QMTA 4A29A 1IGSA 5D32A 4JX5A 3T7VA 3C2OA 3OVQA 1TREA 3QFEA 7TIMA 2Y70A 3PB2A 3C2FA 1H7XA 1TTIA 1LBMA 3S8HA 3CEPA 2Y7DA 4O52A 3WJSA 3GDTA 4HPJA 3STEA 3LLFA 5AYZA 3G0UA 5AC6A 4ONVA 4IXHA 3UXAA 2CLIA 1ZY9A 4N9DA 2FIQA 4GC4A 3T55A 5LNVA 1SO5A 4LNYA 3E49A 3BV4A 3CC1A 3UPWA 3GK0A 3L68A 2ZFAA 3LHZA 4IMEA 3NZ1A 2VEPA 2WQPA 2GJNA 3L66A 2OCZA 1WX0A 2QJHA 4N02A 3TW7A 3I65A 1WBJA 1H7WA 4UMAA 4DPQA 1R2TA 1SO6A 2Y7EA 1G4EA 3O6DA 4UR8A 2ZTKA 3NQVA 4HSOA 4UCGA 2DZPA 4CNPA 3O6YX 3QF0A 5FI8A 1GVFA 4IOTA 2E5DA 2JKAA 2CLOA 3M0ZA 4O17A 4EOUA 2FFCA 1PS9A 5F4XA 5C5YA 3THAA 2J6XA 3P61A 2H3DA 1FQ0A 3PR2A 2FDSA 1NF0A 3ANYA 4MLJA 4C1LA 3W1UA 1HG3A 1D9EA 1JRCA 3ZFHA 5U4NA 3O1NA 3IGXA 4LOCA 2ZA3A 2Y88A 3P81A 3E02A 1GYLA 3RNDA 1KBJA 5D2WA 1NVMA 3FLUA 4BI5A 2YZRA 1JR1A 4OHQA 4Q32A 2YXGA 1LM1A 1H61A 3TQ0A 5HWNA 3DU0A 5D30A 1D3GA 2PCQA 4IJBA 1KLZA 4ZQMA 5EPDA 2A4AA 1KFEA 1JRBA 2AGKA 4XKYA 1DORA 2XN2A 4WQ6A 2OMAA 3HG5A 1KFJA 1H7OA 1P4CA 1GJPA 2Q3RA 2P0OA 2DP3A 3P62A 5DCEA 3WK3A 5AC7A 1ME9A 2GQ8A 3EX4A 4UC5A 2I14A 4L4MA 3TX9A 2ZZ1A 1LRQA 2VEMA 1A5AA 3E9AA 4O10A 2RDTA 3DHFA 1X6UA 3CPRA 1W5NA 3A9IA 1NSJA 5HUOA 3A5VA 4DELA 3TJXA 1S5TA 4UR7A 1F7BA 4YCOA 2DU2A 3STCA 3KVJA 2V8ZA 2NUWA 5K9CA 2TPSA 1TQXA 1XFBA 2C3ZA 1OHLA 4HN4A 3G3MA 1RQBA 2G96A 1VPXA 1W8SA 2ZZ5A 1TV5A 4L4LA 4NZFA 4XUGA 4PCFA 1QPRA 2Y62A 3OHIA 2QCEA 3HGSA 4BI7A 1OX6A 1JUKA 3UD6A 2WO5A 5K3VA 3FS2A 3W23A 2DZXA 3MP3A 3B0VC 3GXPA 1YTDA 3IEBA 3NOEA 2CZDA 4AHOA 3R12A 5FEXA 3HB9A 3LI0A 3O07A 3WFAA 3NNTA 5EYWA 2A5HA 3TW6A 3G24A 5AHNA 2GVLA 2PRHA 1RZMA 4BWLC 1ZCOA 4UTWC 1EPXA 1OABA 4PH6A 5KSWA 3Q37A 3RF9A 3L67A 4MY8A 4O54A 1W54A 3BLIA 3EX3A 4O4VA 1ML1A 5DCBA 2X1SA 3JS3A 4RKAA 4KFNA 2PE4A 1JCMP 3W7HA 1OYBA 4CLMA 3W1MA 4X2RA 5CZSA 5TBOA 4FXRA 1KLYA 4N9BA 4ALDA 5HR7A 4EWND 1TPUA 1SO3A 1O4UA 1MSSA 1Q3NA 1XM3A 3B0PA 3IIVA 4A21A 3ZWSA 3NM3A 1P5BA 5L9FA 1Q6QA 1F74A 3VKJA 1W5PA 3C6CA 1LYXA 5CPNA 3IIXA 1HFBA 1OX4A 3SY5A 3NL3A 4U28A 4U4MA 1P1XA 3C2EA 3MP4A 4ZZ9A 3O06A 1QNVA 4CCEA 3G1DA 2BXVA 2NX3A 1AW5A 5BMXA 3GAKA 4GUGA 3NQ2A 4LTSA 5F1VA 4NJHA 3HGJA 3ZWTA 4LVAA 1DQXA 3NYZA 4AHQA 5K4ZA 2QKFA 1FCVA 3TK7A 4QAIA 5H91A 1N8FA 1GYNA 2W0UA 3HIJA 4DQWA 4R34A 1MXSA 4ZQNA 4N9EA 3KXQA 3L5AA 1SO4A 2ATMA 3H54A 4HKPA 1CW2A 4CNOA 3L0GA 1I2RA 4ZL1A 4UFLA 1XBXA 5EBUA 3VE7A 3HJZA 4GJ1A 1B4KA 2RKXA 3N3MA 1UUOA 2V9DA 2ZRVA 4IPIA 4O12A 4DPPA 3GIYA 4W9TA 4EVZA 2GUUA 2FPVA 3M16A 2A85A 4N4QA 3LRLA 4MJMA 3FJLA 2V0TA 3TQKA 2J9XA 1TSIA 3INPA 4IXXA 1K7FA 3W72A 5HNRA 1O95A 1YDVA 3BO9A 4WZHA 3BARA 3TCEA 4MJZA 3UWQA 4QNWA 5HQEA 1TPVA 1N55A 1BEUA 3TAOA 1U83A 4JTFA 4A3UA 4A2SA 1VS1A 3GLCA 2V81A 3PSVA 3KRSA 2RHGA 1KTCA 1DKWA 5G2WA 3T40A 2CLMA 5G4EA 1RD5A 2X1UA 5CPOA 4UTJA 1YTEA 1K7EA 4M5PA 1H63A 1PHQA 1PCKA 4OWGA 2B4GA 5K9DA 3IV3A 2VFGA 2NWSA 3S1WA 5MHBA 1W37A 1JCNA 3LM7A 1SUXA 2QCHA 1IIGA 3LERA 2GQAA 4JXCA 4PA8A 3NQ7A 1LBLA 1IXQA 3N2MA 1TRDA 2ATSA 4RLIA 1P0NA 3UY7A 3W2JA 1ICQA 1QPQA 3U8GA 1YXDA 5K7JA 2CZFA 3FJ6A 1IF2A 2QDGA 4M6PA 4ZQOA 1OFEA 2YCEA 3IIZA 4EF8A 1O94A 1GVOA 1X7FA 1QAPA 3IIPA 4UTTC 2A7PA 4H3DA 2C16A 2QR6A 2Q3OA 4JTEA 2NUXA 3WJYA 3IVSA 1GG1A 1FXQA 3LCXA 4D2JA 3W7NA 4LWWA 3GNDA 4O8RA 2CLEA 5L6UA 2DZSA 4LC6A 3C0JA 3R13A 5G4WA 2YYUA 3UWYA 3S42A 3G1AA 3LCGA 1PV8A 3M5YA 2WNZA 2EAWA 1YTKA 1K02A 1M6JA 3Q2DA 5KTLA 2TMDA 3W7CA 3S1XA 2EGZA 3TNOA 2YDAA 3CB8A 1TYGA 2ZA2A 2ZYFA 3LBCA 5I3IA 4IQLA 1QWGA 4S2BA 4PTNA 3W83A 4NUWA 1LCOA 4R7JA 5D03A 3NQ8A 1SU5A 4FNTA 3DENA 3N73A 2FTPA 4LVBA 2OT1A 3CIXA 3DFTA 2WSRA 2ZZ6A 1K8XA 3PG8A 3EWBX 3LXCA 3NZRA 1XKYA 4MKNA 5BRBA 2R14A 3LI1A 3MWAA 3KAOA 4MFEA 1L6SA 5D37A 4Q33A 1RQHA 2I1OA 1AL7A 2W6RA 3L0KA 2X16A 5C55A 3DKLA 1PCWA 3LV5A 5C6MA 3GYEA 3UZ5A 1PE1A 5DELA 3TV8A 3PUOA 4DXVA 2HSAA 3EX2A 3LDVA 3FEMA 1VYRA 3G1XA 2X1TA 5CSRA 3CT7A 3CWNA 3R8RA 2ZRZA 3TROA 2VFEA 3NQEA 4NJJA 5IBXC 1LLWA 1DQWA 1K3UA 4HNNA 4EIVA 3DBPA 5FF7A 4R53A 3NAVA 1PL9A 3PY2A 4JIQA 3TE9A 3B05A 2ZRWA 4UTLA 3EKZA 5BOOA 2BTMA 3W7KA 3G1YA 3O8AA 4OV4A 2XFWA 3QYQA 2G97A 5CKSA 1TJPA 4JIPA 3F4NA 5TQLA 3UXDA 3GKFA 2ZTJA 3L5LA 1FUYA 1FDJA 3LHVA 4M19A 5CZ0A 3NL2A 3PWAA 4UTKA 1LTDA 3LCLA 4QJ1A 1X1OA 1L6WA 5D09A 1G4TA 1DBTA 1QOQA 3HBLA 2V2DA 3JRKA 4JY8A 1G69A 3UYCA 4XQ6A 1YXYA 1Q45A 4ADSA 2A2IA 3QMRA 4LC8A 5K4XA 2BLEA 1VR6A 2QCCA 4O50A 3L21A 4HHPA 4UXDA 1XBZA 4DF0A 2B7QA 5D2XA 1L9WA 4YWIA 1TPDA 1O60A 3DFPA 3VFLA 1UJPA 2DZTA 1B57A 4ADUA 2F84A 3JR2A 3NPXA 4WY0A 4FNRA 1LOLA 4OV9A 1JJKA 1SQ7A 2CU0A 2H90A 4MY9A 3BLFA 1KV5A 3G0XA 1I2PA 3G1VA 4I7UA 2GVJA 3LOTA 1DJNA 1WV2A 2CW6A 2J9YA 3LRMA 5F2MA 3LXAA 2C14A 1NAL1 2GQ9A 4WXYA 3GR7A 1AL8A 1SR9A 5FF4A 2CLFA 1ICPA 4WOQA 5F2GA 4GBUA 2R94A 3OEXA 2QDHA 1VQTA 1TV7A 2ZZ3A 1EEPA 1FBAA 3C2VA 1DJQA 4O16A 5LNUA 1R2SA 4JTTA 1XI3A 2VELA 3EXTA 3W1RA 3TDFA 1W3IA 4DBEA 3NG3A 1FWRA 4NJIA 2PURA 3B8DA 2AAMA 1I8JA 4O0ZA 5E0KA 5LZLA 1OFOA 2WOQA 3N9RA 3CTLA 4RK8A 5E1QA 3S1UA 3TR2A 3FA5A 4WY0F 4MFDA 4AXKA 1SW0A 4GUJA 1Q6OA 3PB0A 2ZA1A 4AF0A 3LHUA 1QCWA 4NT0A 2C15A 3UY8A 3GDLA 1YADA 4NJKA 1AW2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1F2JA

Total Genus

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Chain Sequence

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