1F7BA

Crystal structure analysis of n-acetylneuraminate lyase from haemophilus influenzae: crystal form ii in complex with 4-oxo-sialic acid
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
MRDLKGIFSALLVSFNEDGTINEKGLRQIIRHNIDKMKVDGLYVGGSTGENFMLSTEEKKEIFRIAKDEAKDQIALIAQVGSVNLKEAVELGKYATELGYDCLSAVTPFYYKFSFPEIKHYYDTIIAETGSNMIVYSIPFLTGVNMGIEQFGELYKNPKVLGVKFTAGDFYLLERLKKAYPNHLIWAGFDEMMLPAASLGVDGAIGSTFNVNGVRARQIFELTKAGKLKEALEIQHVTNDLIEGILANGLYLTIKELLKLEGVDAGYCREPMTSKATAEQVAKAKDLKAKFLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active site modulation in the N-acetylneuraminate lyase sub-family as revealed by the structure of the inhibitor-complexed Haemophilus influenzae enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-NEURAMINATE LYASE
molecule tags Lyase
source organism Haemophilus influenzae
total genus 127
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1f7bA00
4UMCA 4RK8A 1TQXA 4A3UA 1KM2A 2E77A 4NNBA 3S0CA 3BW2A 2I1OA 2WNNA 4Q4KA 3GAKA 4LOCA 3CLMA 2ZYFA 2D73A 4YCOA 3PC0A 4QQ3A 2C1HA 3OG3A 5AHFA 4MZ8A 1OABA 1JQVA 1KA9F 4CLMA 2V8ZA 3LI1A 3INPA 2EF9A 1N55A 5D2YA 3CT7A 4NU7A 2Y6ZA 2FB3A 4UTMA 2C15A 4LRSA 1K03A 2NZLA 3F4WA 5GVJA 3W86A 4ALDA 5DCEA 5F2MA 3VKJA 1XUUA 1B9BA 1ZAIA 1X6UA 4AEOA 3G0SA 5F4XA 1AW1A 4RV8A 3VNDA 4K38A 3GDMA 3O15A 3W7OA 4XKYA 1SSGA 3GK0A 4QJ1A 1S3HA 2ZZ3A 5F2LA 1J2WA 4YCPA 4I9AA 3SECA 2VFGA 1TRIA 3N3MA 4LVBA 1VPXA 3JRKA 1QFEA 5HMSA 3LV6A 1OFBA 3DAQA 5E93A 3G3MA 3THAA 3MWAA 4DO4A 3JS3A 5F2IA 1BEUA 2WSYA 3QMSA 4HPXA 2VEKA 3NQ2A 1H50A 1ZNNA 2DZPA 1MSSA 2X1UA 1EPXA 3WJXA 1ML1A 1FDJA 1FDZA 1KBIA 5FI8A 1LRQA 2Y63A 2FPYA 2NXGA 3W1UA 3BLEA 2NXHA 3MHUA 4HPJA 4PA8A 4CNPA 4MKNA 2ISSA 3WFAA 3D0CA 2YXGA 4CNOA 2Z0IA 1VCVA 1JCYA 3I7RA 3BO9A 3W2LA 3HIJA 5EKYA 4A2SA 5CZTA 4WY0A 1TRDA 3G1YA 4YLWA 2IQTA 2RH9A 1PV8A 4BFAA 4JR5A 4RKAA 1AG1O 1IIHA 1AL7A 1H7PA 1H7WA 2ZA3A 3CU2A 4XKYB 5D38A 3UY8A 2G96A 4LY8A 4N9CA 3M41A 3RNDA 3VI2A 4BI5A 1FCVA 1GYNA 2V2DA 3G1VA 5EA9A 3W1PA 3W73A 4FX8A 1ME7A 3BPWA 1OFQA 1IGSA 1X8FA 3DHFA 1MZHA 3R12A 4UNLA 2YYTA 1DBTA 2ZQ0A 3S1VA 5I3KA 3G1SA 2C14A 5D33A 5L6UA 5A5WA 1SUXA 2GVJA 4LVDA 4R34A 1K8XA 3RU6A 4OHQA 4P61A 1SZNA 1HUVA 2ZRWA 4K36A 2OT0A 3KVMA 3OHIA 3DI1A 3QW4B 1L6WA 3LTYA 2A21A 1A5SA 1F74A 3P81A 1TTIA 3IIVA 3WJYA 1OF8A 1ZAHA 4MY9A 4E2DA 1IIGA 3NQVA 3LHYA 5BW6A 1Q3NA 3TH6A 3SR7A 2YYUA 3KVKA 4ML9A 5KINA 5BNKA 3R8RA 4GBUA 1FDYA 2PRLA 1K8ZA 4UR7A 4WY0B 2QCNA 4N9EA 3FLUA 3BARA 1LOQA 3KAOA 3NEVA 4MZ1A 5D2TA 3B04A 4LVAA 3W2NA 1W3NA 2RDWA 3W7GA 3W7CA 3LTPA 5C6MA 4O4VA 1ZY9A 1I2PA 3STGA 2E5DA 3W83A 2NUYA 4OV4A 4GC4A 1TB3A 1FWRA 2CZEA 4DBEA 3HPXA 1X1OA 1VLWA 1PHWA 3LERA 5G4EA 4R53A 2OZ0A 3SJ3A 1TJPA 1PE1A 3USBA 3NPVA 2X1TA 3HMJG 1IF2A 1PVNA 1JCMP 4AXKA 2OMAA 2P10A 1GVFA 2Y7EA 1A53A 3TSMA 3UZ5A 1VR6A 1H1YA 1H7OA 2AQWA 4UXDA 1JCXA 1F73A 3WK3A 2PE4A 5K7JA 3DFQA 1GJPA 3LHZA 3W7LA 2QF7A 1DJNA 4PEKA 3PBVA 1MEWA 2NUWA 3UWYA 3TUUA 1W56A 1TPDA 2RFGA 3DZ1A 4JTHA 4ICNA 3NQFA 5EMUA 2QAFA 1Q45A 3LBCA 5SWUA 4PH6A 4NT0A 1DHPA 4N2YA 5HNRA 4ADSA 1OYCA 3G1AA 4LT9A 2ZBTA 2VFFA 3F1QA 1OK6A 1KFLA 3PG9A 1LLZA 4AB4A 1VQTA 3IIOA 3N9RA 3W75A 1XBYA 2R14A 2H8XA 2Y61A 4IPIA 3DH7A 5AHLA 5CZ0A 3GXTA 2CLLA 4EWND 2VEPA 4DF2A 3TDFA 2QDGA 3NPUA 3W85A 2A1YA 3NA8A 3STFA 1IXNA 1FBAA 4L4MA 4JTIA 2J24A 2YR1A 4IX2A 2WKJA 1QDSA 2ZRUA 2BSLA 3F4NA 3NZ1A 1KTCA 1LYXA 3L5LA 3Q94A 4QNEA 2GQ8A 1LBLA 3M43A 3G8RA 4Q33A 3B0UX 1R2RA 2OCZA 5T26A 1T0OA 1BWKA 4QISA 3T4CA 1G7UA 4LNYA 3PBYA 1W5NA 4JX5A 1PCKA 1OFDA 2TYSA 2BWGA 5HR6A 2OT1A 2ZA1A 3HG5A 4ZZ9A 3UNDA 1E51A 1F7BA 2RDTA 4J9JA 3W88A 3W76A 1Q6OA 1TPVA 2DZXA 5DCDA 4BWLA 4BI6A 3C56A 3UWZA 3W7DA 1GVSA 4UFMA 3PWAA 3CWNA 1AW5A 1U5JA 1GVRA 3TFCA 3DFOA 3SI9A 3V75A 4XQ6A 1F2JA 3B06A 4O54A 5KZDA 1T8XA 2QKFA 3PS7A 1KFEA 5D05A 1H61A 3G18A 2CLOA 3S6DA 2Q8LA 4JTFA 3W2UA 3W9ZA 3FS2A 2VFDA 1V7YA 4N6EA 1RQHA 3TK7A 4NXSA 4A22A 4CCEA 2OJPA 3LOTA 5KZEA 2NX9A 3M9YA 5DY2A 3CIXA 1H7RA 1TPUA 3ABOA 3FYOA 3S8HA 3KFTA 5U4NA 3KXQA 3IVTA 3HGOA 3HJZA 3MMTA 1TV8A 3GNNA 1H63A 2YGYA 4UTHA 1SW3A 3LLDA 2VFIA 5TQLA 5CZJA 2ZZ6A 1FY6A 4JX4A 1TO3A 5CSRA 3GR8A 1YPFA 5CKSA 2X16A 1JCLA 1EA0A 1CX9A 2Q8ZA 3UPWA 2DZTA 5DLCA 1ZENA 4HSOA 4XWUA 3M5VA 3PUEA 4HNNA 3G1XA 2Y7GA 2PRHA 2QJHA 1A5BA 3G3DA 1G69A 2YCEA 4YWIA 3G22A 2J27A 1P4CA 5CG7A 5D04C 3WK0A 3MBDA 1EX5A 3W7JA 2ABBA 4CCCA 1K7EA 1OX6A 3HOJA 3L66A 1AMKA 2V9DA 1EB3A 3ZFHA 3R2GA 4NXKA 3I6RA 3O07A 4M19A 1GT8A 1DVJA 4FNSA 4IJBA 2VXNA 3L9CA 4JYEA 2VFEA 2H6RA 1JQXA 3W22A 3O6DA 1SZEA 2CZ5A 1Z42A 2VELA 3TQKA 2QCFA 3NQMA 4LU0A 3TAOA 1YPIA 3C2VA 3STEA 4EF8A 3LGEA 4Y90A 1LM1A 2B7NA 2X1RA 3C52A 3T55A 4WXZA 4H4IA 4LV4A 1YTEA 3W3OA 2EPHA 5CSSA 1PIIA 3R89A 3CM4A 2CU0A 3EXTA 3IIXA 1YADA 4M6QA 3P61A 2ZTJA 3Q2DA 3GX9A 4AHQA 1TPH1 3P5YA 4OGZA 2I9EA 2WNQA 3M1ZA 5E1QA 3H54A 1RVGA 1EUAA 1FWNA 4NJHA 3C2RA 3GXPA 1AK5A 3P60A 1U83A 4LUIA 1UJPA 2B0MA 1DL3A 1GEQA 1R2SA 4XBKA 3TE9A 3M5XA 1OJXA 3CEUA 4FB7A 3LX9A 2A4AA 5K3VA 2J88A 4JY8A 4Z1CA 1EEPA 2A6LA 2Z6IA 3NQGA 1DOSA 4CQAA 3ABQA 3BK0A 2WOQA 3EXSA 4E2BA 4BR1A 1YTDA 4AWTA 1TJRA 3G1HA 1KTBA 3I7QA 3GKFA 1KM5A 5BRBA 1H7NA 7TIMA 4P2VA 3GLCA 1W5PA 3ABRA 4QIUA 3TMLA 5D32A 5FF2A 3EWYA 2Y89A 4MY8A 3VCRA 4QNWA 4NNCA 1W1ZA 4PL2A 4LRTA 3DFSA 5H91A 2Z1BA 3NQAA 3NM3A 1LROA 1GVOA 4S2CA 1A50A 3HG2A 2A7PA 4KKXA 2CFFA 3DENA 3GVGA 3QW3A 4X9SA 3ANYA 3NGJA 5EL1A 5KZMA 4K7YA 4UC5A 3CWOX 2NV1A 3G8EA 4OE7A 3C2OA 2E6FA 2YX0A 1YXYA 4DPPA 5G1YA 4MYAA 5D03A 1NF7A 2B7OA 4IMGA 4UIOA 1VCFA 4DQWA 1JRBA 1JR1A 2E5CA 2QUTA 4PFMA 3SFKA 2QDHA 3GB6A 3A24A 5TIMA 4OU1A 4UNKA 3W7NA 3UZJA 3W2KA 1FCUA 2E5BA 4FIQA 4RXFA 4WX2A 3IGXA 3P5ZA 3DKLA 3PR2A 4O1CA 4JXCA 4N4QA 2V81A 3IGUA 6ALDA 4A29A 1WQ5A 2Z6JA 1RQEA 4H3DA 3MI3A 4WXYA 3PB0A 4ORMA 3QJAA 4BF9A 3PVFA 3FIGA 3P67A 3GIYA 3KRSA 2VFHA 3U2OA 1SZGA 2FIQA 4GUFA 2C0AA 3LLFA 5FESA 1B4EA 5AHEA 1O5KA 4DPQA 5IM51 3MYPA 2DU2A 2HTMA 4UTJA 1QOPA 3H55A 1FWSA 4FO4A 3A5VA 3OEXA 1W54A 2NX3A 2BZNA 4ZQCA 2J9XA 4MLJA 1D9EA 3IV3A 3IIPA 1GTHA 3IVUA 3A23A 2WSRA 3PSVA 1SR9A 3C0JA 5IBXC 3T40A 1VJIA 2XN2A 3JR2A 3NG3A 1D3HA 2OX1A 2ZZ2A 4NNAA 2GQAA 4Z1AA 4JDBA 2QJIA 3PY2A 4O13A 3ZWTA 1SW0A 1X1ZA 3W6YA 3M7WA 3KHJA 2FPTA 4D2JA 2Y88A 4C1KA 1A5CA 1RQBA 3QH2A 4I7UA 1GG1A 4UTUA 2WPBA 4UFIA 4O1DA 3NAVA 3S5ZA 4HNVA 3GNDA 3PBWA 3LXAA 3LTSA 2CLHA 1KTNA 3GDRA 1KLYA 1G7VA 4LV9A 4XZ9A 4XTIA 1VLIA 5LNWA 5HJLA 3SGUA 1SU5A 4O50A 4RJEA 3S5YA 3B4UA 3W1NA 5BMXA 3PB2A 4LW7A 1H51A 4M6PA 3EWWA 4OWGA 3S9YA 2QR6A 4Y6GA 1XC4A 1WDWA 1IXOA 2BTMA 3EX6A 5KITA 3W7EA 2YFNA 4AHPA 2GUUA 3FYPA 1TYGA 3LXBA 4KFNA 4UUIA 2EAWA 3A21A 4MOZA 1BKSA 1FWWA 1X7FA 2J6XA 3B0VC 4MIMA 1H7XA 3TXVA 4I7VA 1UBSA 1M5WA 3STCA 3U6WA 2QCMA 4TMBA 2RHGA 1NEYA 4PCFA 1PL9A 2CZDA 2ZRXA 4POCA 3WJZA 5J5RA 1G67A 2YW4A 3GYEA 5AFDA 1TV5A 5CZSA 4X3ZA 1XI3A 4RZ4A 2G5WA 2UV8G 2QEZA 1WX0A 3W84A 3GZ3A 4OBTA 4GXMA 1M7PA 5DBUA 1WV2A 2EGZA 5FEWA 5AN7A 3L0GA 1LLWA 4UTTA 3N34A 3ATZA 2PC4A 4Q32A 5D30A 5KTLA 5K4ZA 2CLKA 3QMTA 2A6NA 3W23A 3CB8A 2V5BA 4O52A 3HG4A 3FOKA 4NZJA 3O06A 3NQ6A 4IUOA 4DF0A 3LHTA 4H6KA 1K7XA 1UCWA 1R30A 1UB3A 3CIWA 1FWTA 3M6YA 3BV4A 2NWSA 3NL5A 4JDYA 1UUMA 4IQLA 2XN1A 4HT3A 3P7YA 4MJMA 4ADTA 1QWGA 2LLEA 4OV9A 5AC6A 3EX1A 2X1SA 2YSWA 3PSWA 2ZA2A 4WJEA 3MHGA 4TU1A 3L0KA 4IWWA 3Q37A 4O19A 2BXVA 2JGYA 3W07A 4Z1BA 5L9FA 2P1FA 3F03K 3PUDA 1OFAA 1OYBA 2H3DA 4JS3A 2QUUA 3TQVA 1OF6A 5G1TA 3UXDA 5G2HA 2ZRVA 5HULA 4N9DA 2E09A 3W70A 1ME9A 3C4UA 2ZFAA 2WQPA 2DJLA 3B8DA 4M6VA 4AHOA 1P1XA 2NUXA 3EX4A 4MFDA 2FFCA 4N4PA 5HWMA 4FX7A 3EKLA 4B5NA 8TIMA 5HUPA 5KMYA 1MEIA 3HQ1A 5I3IA 1KFCA 1KV8A 4LS1A 3LI0A 1D3GA 1Z48A 3O05A 3PBUA 6TIMA 3L67A 1P0NA 3IGSA 3MP4A 5DXXA 1FQ0A 4N9BA 1L9WA 1A5AA 2V5LA 3CTLA 2GVLA 4JTUA 4JIPA 1L2UA 2DZWA 2V30A 3C8FA 3VFLA 1I4NA 4NJJA 3TV8A 1YLVA 1J4EA 1W0MA 2C6QA 1SO5A 3FEMA 4AVFA 3LHWA 3W71A 3NPWA 1HO4A 1RPXA 1GG0A 4QSHA 2R91A 4PTNA 4FIRA 4NZFA 1WOBA 2CLIA 2Y7FA 3DBPA 3SIZA 1YXDA 3NPXA 3UXAA 3TJXA 1P0KA 3N2XA 4JN6A 3RMJA 1GZGA 1IXPA 2WSQA 1S5VA 3QF0A 2WJZA 4IGHA 3UD6A 1TSIA 1GYLA 2I14A 3DXIA 4GFSA 4Y9AA 4K8EA 4CNNA 1O94A 3E12A 3HGJA 2QCDA 5AB3A 2HS6A 1TTPA 3C61A 3TSBA 4RLIA 3OBKA 1K3UA 3EEGA 1OG0A 1SO3A 3SZ8A 1N8FA 3C2EA 2FTPA 3G1FA 4K7VA 1JVNA 5IBXA 4JYDA 4OQVA 4GWEA 3GR7A 3UQNA 4EF9A 1XUZA 3O63A 5C2XA 3UY7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A3U A;  5I6S A;  2OLH A;  3F5J A;  4NNB A;  1XLD A;  1VJZ A;  2WNN A;  3GAK A;  3HU7 A;  2WWC A;  3DG6 A;  3OG3 A;  5AHF A;  3VX0 A;  1BYD A;  3OO2 A;  1R3Y A;  3EOS A;  1PUD A;  1WAW A;  3P0W A;  3INP A;  2EF9 A;  5D2Y A;  1XLM A;  1KQZ A;  3NYD A;  4UTM A;  2C15 A;  5EB8 A;  1Q6F A;  5JIP A;  3H70 A;  4BKN A;  1P0D A;  4RE4 A;  1YMY A;  4JL2 A;  2EPM X;  4ZE5 A;  1XUU A;  1ZAI A;  1PX4 A;  1UWA A;  4QJ1 A;  3B8I A;  4I9A A;  5TNV A;  1F8I A;  5DEZ A;  5GQB A;  4AD2 A;  5HMS A;  3KUM A;  3ARS A;  3MWA A;  1CGT A;  1K9F A;  2PU0 A;  4HHM A;  5F2I A;  2FH8 A;  2BP1 A;  4LAO A;  1MW1 A;  2WSY A;  3QMS A;  3WLP A;  2OZ8 A;  4ERG A;  3M0X A;  6PTD A;  3T05 A;  1UC5 A;  5IDI A;  2V5J A;  1F6Y A;  3IAR A;  3P6L A;  1ML1 A;  1FDJ A;  3EDD A;  1LRQ A;  3W1U A;  1ZU8 A;  3MHU A;  3WFA A;  3FSU A;  1B1Y A;  4QBX A;  4C6D A;  2Z0I A;  1VCV A;  2CXE A;  3I7R A;  3S83 A;  1FRB A;  1M01 A;  4YLW A;  2YL8 A;  4BFA A;  4GAC A;  1IIH A;  1NH6 A;  4LY8 A;  3M41 A;  3VI2 A;  4XO6 A;  4HU3 A;  5EA9 A;  3GQY A; 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