1FA2A

Crystal structure of beta-amylase from sweet potato
Total Genus 167
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APIPGVMPIGNYVSLYVMLPLGVVNADNVFPDKEKVEDELKQVKAGGCDGVMVDVWWGIIEAKGPKQYDWSAYRELFQLVKKCGLKIQAIMSFHQCGGNVGDAVFIPIPQWILQIGDKNPDIFYTNRAGNRNQEYLSLGVDNQRLFQGRTALEMYRDFMESFRDNMADFLKAGDIVDIEVGCGAAGELRYPSYPETQGWVFPGIGEFQCYDKYMVADWKEAVKQAGNADWEMPGKGAGTYNDTPDKTEFFRPNGTYKTDMGKFFLTWYSNKLIIHGDQVLEEANKVFVGLRVNIAAKVSGIHWWYNHVSHAAELTAGFYNVAGRDGYRPIARMLARHHATLNFTCLEMRDSEQPAEAKSAPQELVQQVLSSGWKEYIDVAGENALPRYDATAYNQMLLKLRPNGVNLNGPPKLKMSGLTYLRLSDDLLQTDNFELFKKFVKKMHADLDPSPNAISPAVLERSNSAITIDELMEATKGSRPFPWYDVTDMPVDGSNPFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Crystallization, molecular replacement solution, and refinement of tetrameric beta-amylase from sweet potato.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-AMYLASE
total genus 167
structure length 498
sequence length 498
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2000-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1fa2A00
1QHPA 4IISA 8CGTA 1PZ2A 4MB3A 1LL7A 1W9XA 1CXKA 1BAGA 4B9YA 3ALFA 1GZJA 2J74A 3IK2A 3CIVA 4PUDA 4D6GA 4U33A 1GOMA 2XTKA 2WKLA 3WEZA 1E0WA 1JGIA 3MANA 4AZCB 1V03A 4J28A 3A4WA 2QF8A 2X05A 1CNVA 1J0JA 1L8NA 1UQYA 1L0PA 4Z2LA 4U3CA 2CYGA 4H7VA 1OIFA 5AYIA 4HZ8A 2YL8A 1V0KA 4ZXLA 1JYVA 2ZUUA 1FH7A 3W27A 4GXPA 4V2XA 1QNOA 5AC4A 4UQEA 4KGJA 3UETA 5A8OA 1GQLA 1JZ2A 5E9AA 1HP4A 3RCNA 5A6JA 4M56A 1ITCA 2J75A 4QDMA 2VUYA 2IXVA 5E09A 4P8XA 5A6MA 5E0FA 2VZVA 4J3UA 2YDSA 3ARTA 3PZGA 5A8QA 2EPOA 3NSMA 5E70A 3WQ8A 3U57A 2WMIA 4PMVA 3WUBA 3W25A 3K8KA 3S2CA 5EBAA 4KGLA 4EK7A 2W61A 2GDUA 5C8BB 4W87A 3HU7A 4S3JA 1UA7A 1E6SM 4PCSA 1UR8A 2WWCA 2YBUA 3THDA 1G9HA 3GXDA 4U5IA 2XVNA 3AJ7A 4H8UA 2A3AA 1R8LA 1H0GA 3SCSA 2QMKA 1TZ7A 4ACZA 3A4XA 1E15A 1EDQA 1GONA 4BZYA 5M03A 1U2YA 3KE0A 3UG4A 1JYWA 2PWFA 3WNLA 4ATLA 4PTWA 1UKOA 2D0HA 9CGTA 2WVUA 2OWWA 5CPTA 1ISYA 4QFUA 3WH6A 2YL5A 3TOPA 3A6OA 3W38A 4LXFA 1H49A 1TG7A 1NARA 5IDIA 1JDCA 1X6NA 2ZXDA 2VT0A 2IXUA 1W1TA 1E72M 1KBKA 4HMDA 1XYFA 1Q4NX 3ZMRA 1FH9A 1C92A 3ARXA 3NUKA 5AC5A 4HA3A 4KRTA 4V27A 4E2OA 5IXEA 1QI3A 4D6FA 3FN9A 4UNIA 3WELA 4HZ7A 1H5VA 2WC3A 5BXRA 5CG0A 4QAWA 1CWYA 4CD4A 3F5LA 3AMDA 4GINA 4AD4A 3FHAA 4B9ZA 3BAWA 4MADA 3ZIZA 3NDYA 1PPIA 1R7OA 1VBRA 3IAPA 5I79A 3WD4A 4HMEA 2YOCA 5HBFA 5ABHA 1PJ9A 1UWUA 4MAZA 1GQKA 2DT1A 1RH9A 1CDGA 3GNRA 1CGWA 3RM4A 4IUGA 4GIAA 3W4RA 3CMJA 1MQPA 4TX6A 1E6PA 3T09A 3BAJA 5A6SA 3ARYA 5GPRA 3CPUA 2BXYA 5FL1A 4WLCA 1CPUA 1TUXA 2WB5A 1JD7A 4UTFA 2GJXA 1JI2A 1NOUA 1LG1A 2WCSA 3AS2A 4XV0A 4IPNB 1O7AA 1WKYA 1C7SA 4WF7A 1NWSA 1WAWA 3VMNA 5LA0A 2C7FA 2W91A 2GVYA 2GUYA 4CU6A 4PEEA 1UKSA 2WVTA 2OWXA 4UCFA 3L4UA 1M03A 2OYMA 3ALGA 2VNCA 3GXFA 4B3KA 3W37A 2PWHA 1JDAA 5LA1A 1NWRA 2CKSA 2O9RA 1H0IA 1DWHM 1ODZA 1E6XM 5M5DA 5CSYA 3AZRA 1VB9A 1KB3A 4QLLA 2ZX5A 1ZS2A 2ZXBA 1MXDA 1ZBVA 1CIUA 1VENA 1MQRA 6CGTA 1CXLA 3PZMA 4UOJA 2EEXA 3IJ9A 4MB1A 3KZSA 3MO4A 2WNWA 3D5HA 4D6EA 1BFNA 4YPJA 4CVUA 1VIWA 3EDDA 1K9FA 3VGEA 4OKDA 4F66A 3ECQA 1HJXA 2WHLA 2XWEA 1MFVA 1EQCA 3QGVA 2XVPA 2DGAA 3WY1A 4UZSA 3ZR6A 1TA3A 2WVVA 3CZLA 4C7FA 1C91A 1KGUA 4Q22A 3QHOA 4GZJA 1E1FA 3AIVA 4DUWA 4AZCA 1HJWA 5BCAA 3BCFA 2Y24A 3QOKA 2BVDA 1QNRA 4NZCA 4WJXA 1TMQA 2XM2A 4KWUA 2FHCA 5BYWA 5A95A 2F61A 1QNPA 3AIBA 1MQQA 3AROA 1V6WA 5A2AA 3VU2A 4W5UA 3MMDA 3WNKA 4HOZA 5D4YA 1XGZA 2XGIA 5F7UA 4W5ZA 1V6YA 3VKKA 1HX0A 2XYLA 4JKMA 5I24A 1ISWA 1JF6A 2WMIB 3SCWA 5GNXA 4ZE5A 4QP0A 2IUZA 1QI4A 1WO2A 2BHUA 1QBAA 3BH4A 3HJEA 1BGAA 1Z32X 2J7CA 5JIWA 3SCPA 4AIEA 1JI1A 3OLDA 4UFHA 2XVKA 4JFTA 3AICA 1W3LA 1GPFA 3OZOA 2JE8A 3BLPX 4W88A 4CU8A 1E1EA 2VQUA 1UKQA 4ACZB 3JUGA 1XC6A 3WFLA 3VGGA 5JBEA 1E55A 4UQ9A 2ZWZA 1KWKA 3AHVA 5GNYA 1LF1A 3VD7A 5CJ5A 1IZJA 1V0LA 1TE1A 4AIOA 1E3XA 3MMUA 4KH2A 3WF1A 3WDIA 1NH6A 2AMGA 1MW3A 1FH8A 3AXIA 4KMQA 1GOKA 1UR1A 1W1VA 1BSIA 2X0HA 2D24A 3W6MA 2CNCA 1Y7VA 2E0PA 2BY3A 1VJSA 3UERA 5I77A 3OB8A 4P7LA 2CHNA 5A6BA 1UUQA 1W32A 3OBAA 4MAVA 3UG3A 3II1A 1EOMA 3SURA 3BC9A 1YHTA 5IHSA 1TVPA 1OSEA 3ZOAA 4URIA 4JL2A 3VO0A 2PWDA 2F2HA 4HA4A 2YA0A 4PSPA 3UEQA 3MUY1 1J18A 2G3JA 1UWRA 2W66A 2ESCA 3FNDA 3VPLA 3N04A 4XB3A 1E56A 2BHYA 1JZ8A 4CN6A 2J7EA 3AMKA 3OZPA 2YL9A 2DSUA 2CBUA 1VBUA 2HISA 1JDDA 3NYDA 1SMAA 3O9NA 4MB5A 4J3VA 1B3XA 2GDVA 1BYBA 2D20A 3VIGA 3VOCA 2QMJA 1KXHA 2VL4A 2PB1A 3VIPA 4QCFA 2WAGA 3WNOA 4F9JA 5E0CA 1TR1A 1E9LA 2UY3A 1ZB5A 1IZKA 4LQ1A 2GJXB 4A4AA 4BS0A 1QI5A 4FLSA 3VIHA 4CUCA 3WUEA 1QOXA 2VR5A 2Y2WA 1VEOA 2YJQA 4PMDA 1UKPA 4ZENA 2Z1SA 2VVNA 2XFYA 2CHOA 5CPSA 4AD5A 1GQIA 1M01A 1K9TA 3WF0A 4YN5A 1HIZA 2VRKA 3G6MA 4GI9A 2DT0A 1R85A 3ZT7A 3GYCA 2OSYA 1W9UA 2VCAA 3VDAA 3NJ3A 3ZSTA 1JZ4A 2XG9A 1PIFA 3WF2A 1H11A 1DWJM 4AZ5A 3WL1A 1UHVA 2W62A 1ZL1A 2EBNA 4H2CA 3WF4A 1CTNA 4JFVA 2BXZA 2VX6A 3AIUA 1HL8A 3AHXA 5FIPA 4UQCA 2ZUSA 3GZAA 1J10A 3MU7A 3L4YA 4MTVA 1MWOA 2BFGA 1RD6A 4J3XA 1W9VA 2VJXA 4YHEA 2HVMA 4Y7EA 3CBWA 5DMYA 3VDCA 3I3BA 3ZSSA 1H4PA 1B30A 1TA3B 3W0KA 2WVVB 2XIIA 3SUSA 3WSUA 4FLOA 4GZIA 4CN4A 2RGLA 2VZOA 3MSDA 2EPLX 2ZIDA 1S46A 3MUAA 3OA5A 3SCUA 2ZUMA 4W84A 1VFFA 3L4TA 4AZIA 2UY5A 2J7FA 4OBSA 5D9NA 4IPLA 2YBTA 4R5EA 5A6BD 3VD3A 2VTFA 1EA9C 1WDRA 4OOUA 1TCMA 3NSXA 4K68A 2X2YA 4FLRA 2CKRA 4HOXA 1B90A 2YIHA 1NM9A 3TTSA 3GDBA 2J4GA 3SUWA 3UESA 4H8HA 2G3NA 1H09A 5EMYA 1MW1A 1PIGA 1HVXA 6A3HA 2VX5A 3WQVA 3U5YA 2FHFA 4U3AA 3W29A 3PZVA 2XIBA 1B3YA 3LPOA 2DSVA 2VRJA 1GORA 3W26A 1GHRA 2Y8VA 4XX6A 2CEQA 2QPSA 1ITXA 3AMCA 4GQRA 2D0GA 3AISA 1UR2A 3SEPA 1US2A 1AQ0A 3K4AA 2FGZA 2D3NA 4PTXA 1WZKA 3ARWA 2DH2A 2CXGA 1E40A 3WDJA 3IAQA 4AD3A 3DHPA 3L4WA 4N0RA 4RE2A 3RJXA 4B16A 5HXMA 1E5NA 3NSNA 3OLEA 3PZ9A 3AS0A 2FH6A 4HMCA 4PMXA 3K4DA 3PZOA 5IFPA 3N12A 4D1IA 3K1DA 1C90A 1E4IA 3VTRA 5LA2A 4L4OA 1VEPA 3WMBA 4FMVA 1FHLA 4PBGA 4AZ7A 1CBGA 5A69A 5A2CA 2OSWA 4EKJA 2PI6A 3M6DA 3RIKA 1Q6GA 3AIWA 1UYQA 4MB4A 2E8YA 2G3MA 2YDQA 3POHA 4MNJA 1PEZA 1B9ZA 4WKHA 3LPFA 3BAIA 5FL0A 3DYOA 2VCBA 3AIRA 1OGBA 1XHGA 2WANA 3LPPA 3PHAA 1UH2A 2Y8KA 1MW0A 1QNQA 5BXPA 1JXJA 3PZTA 5EB8A 1CYGA 4H04A 3TA9A 3AS1A 4MNLA 2ZUVA 1JNDA 1VRXA 3GH5A 4L4PA 3WQ4A 1UD8A 3FY1A 2JEPA 4NRRA 3UR7A 4GPNA 4J3WA 4AZBA 1LL6A 4CN1A 4D72A 2VRQA 4TVDA 2VQTA 2XSBA 3AIQA 5CLTA 5C70A 4EE9A 3ZT5A 4Z2IA 1YQ2A 2D2OA 1DWIM 1H3GA 4GI6A 3VVGA 1V6VA 3GXMA 5ABEA 2X1IA 4FLQA 2E9MA 1QI0A 2XPKA 3PZUA 3RMEA 5D8WA 1OT1A 4NRSA 4PMRA 1OIMA 2DEPA 3VX0A 1PBGA 2DSWA 3AYSA 1BGGA 3IANA 2FGLA 3L4ZA 1K9EA 2BVTA 1DWFM 1TVNA 5BXSA 1HL9A 3UCQA 2EPNA 3WH7A 2J78A 1BYAA 3CUIA 3CLWA 1XCXA 4MNMA 2Y4SA 2YL6A 4EAMA 3W6LA 5CGMA 3EBVA 3FHQA 2E40A 3EDEA 4FF5A 4PN2A 3CHEA 4MJ2A 1B3VA 4RL3A 2PBOA 4D1JA 2BY2A 7TAAA 4U2ZA 4D6JA 1UR9A 3AQUA 3CUJA 1LWHA 2ZUTA 3AXXA 3PZIA 1GOIA 4P8WA 1KR0A 3DYPA 2TAAA 1D3CA 1G1YA 5JBDA 1XSJA 4AD0A 4CGTA 1ZBKA 1K9DA 1V3HA 1ZU8A 1GQJA 3T0DA 3AOFA 2W67A 3BLKA 5A1AA 1XSKA 1E0VA 1CLVA 4AMCA 1HF6A 2G8ZA 1E73M 4P8UA 1CXIA 3AI0A 1XH2A 3KWXA 4X0VA 3MUIA 4AW7A 4CD8A 4CD6A 4DWSA 1KWGA 5HPCA 3OIHA 4UOZA 1M04A 1V3MA 3APGA 2WW5A 4OOZA 2B31A 3BXWA 1OM0A 2OYKA 5M3WA 1V3IA 2CBJA 3F5JA 1V08A 4AXNA 1MVYA 4LPCA 3WUFA 3ZO9A 1HKMA 3CHFA 4J3SA 4J27A 3AIEA 5HNNA 1E4NA 3VIOA 1V6XA 1VFMA 3CUHA 3OLGA 1JXKA 3PZNA 1BLIA 1ISVA 5IHRA 2ZWYA 4PMYA 1QW9A 5DO8A 3K8LA 2WC7A 3ZJ7A 1UD2A 2ZOXA 3GH7A 1MYRA 2BV9A 2EPKX 1HJVA 1KQZA 3DYMA 1E70M 3RPMA 2W63A 3WFZA 4YHGA 1JIBA 1EGZA 3SCTA 5GNZA 3PBGA 2V3EA 4XZWA 4JAWA 3ARPA 1OB0A 1G5AA 3VINA 4UFIA 1H1NA 2E3ZA 1GNXA 4WKFA 1BF2A 1KGWA 1C7TA 2WMJA 3WDRA 1R86A 3ZJKA 2VX4A 2WZHA 1W91A 4N42A 3W81A 3AFBA 4U31A 1JZ6A 1XSIA 5CZKA 4UFJA 4M1RA 4U5KA 3WEOA 2PC8A 4LX4A 1E4MM 1EO7A 1HXJA 1JD9A 1Q6FA 1M53A 3T2PA 2WSKA 1V3LA 1J0YA 1W2PA 3WN6A 4W8LA 4WSKA 1VEMA 1N82A 5D8ZA 3N17A 2VO5A 4TTUA 1JNEA 2E8ZA 3RM9A 3VNZA 4M24A 4PSRA 4AY1A 2WBKA 3FAWA 3CUGA 3M46A 4PMNA 3CHCA 1GOQA 1HKIA 3RM8A 3VM5A 2GFTA 3N18A 3B9DA 1FP9A 2DPEA 1H41A 7A3HA 3GBEA 2UY4A 3WNMA 5I78A 1HJUA 2XVLA 5D9OA 3CGTA 1E3ZA 3VIIA 2J7HA 2JIEA 4PMOA 3BMVA 3FW6A 5I3DA 1I75A 1HP5A 5JBFA 2VC9A 2O9TA 4PCTA 8A3HA 4S3KA 1EOKA 3CZJA 4MNKA 1GUVA 1V02E 4F79A 3AHTA 2GSJA 3W24A 4JKLA 4NF7A 1UWQA 1WZAA 5I0DA 3BSHA 1QBBA 4BQ4A 1J01A 5BXTA 3DC0A 4HP5A 5E6ZA 1W9PA 2PWEA 5ABGA 1E6RA 1BQCA 2YLLA 1UQZA 4ZFMA 4WKAA 4V28A 3WBEA 1A3HA 5BROA 4CCDA 3VNYA 4JL1A 3VD5A 3AS3A 3GM8A 1NP2A 1C3FA 3MUZ1 2J25A 1ZBCA 3EDFA 5LYRA 2BVYA 1V3KA 1JYXA 1ZJAA 2F8QA 3D3AA 1E4LA 5A2BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QHP A;  4IIS A;  8CGT A;  1PZ2 A;  4MB3 A;  1LL7 A;  1W9X A;  1CXK A;  1BAG A;  4B9Y A;  3ALF A;  1GZJ A;  2J74 A;  3IK2 A;  3CIV A;  4PUD A;  4D6G A;  4U33 A;  1GOM A;  2XTK A;  2WKL A;  3WEZ A;  1E0W A;  1JGI A;  3MAN A;  4AZC B;  1V03 A;  4J28 A;  3A4W A;  2QF8 A;  2X05 A;  1CNV A;  1J0J A;  1L8N A;  1UQY A;  1L0P A;  4Z2L A;  4U3C A;  2CYG A;  4H7V A;  1OIF A;  5AYI A;  4HZ8 A;  2YL8 A;  1V0K A;  4ZXL A;  1JYV A;  2ZUU A;  1FH7 A;  3W27 A;  4GXP A;  4V2X A;  1QNO A;  5AC4 A;  4UQE A;  4KGJ A;  3UET A;  5A8O A;  1GQL A;  1JZ2 A;  5E9A A;  1HP4 A;  3RCN A;  5A6J A;  4M56 A;  1ITC A;  2J75 A;  4QDM A;  2VUY A;  2IXV A;  5E09 A;  4P8X A;  5A6M A;  5E0F A;  2VZV A;  4J3U A;  2YDS A;  3ART A;  3PZG A;  5A8Q A;  2EPO A;  3NSM A;  5E70 A;  3WQ8 A;  3U57 A;  2WMI A;  4PMV A;  3WUB A;  3W25 A;  3K8K A;  3S2C A;  5EBA A;  4KGL A;  4EK7 A;  2W61 A;  2GDU A;  5C8B B;  4W87 A;  3HU7 A;  4S3J A;  1UA7 A;  1E6S M;  4PCS A;  1UR8 A;  2WWC A;  2YBU A;  3THD A;  1G9H A;  3GXD A;  4U5I A;  2XVN A;  3AJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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