1FCUA

Crystal structure (trigonal) of bee venom hyaluronidase
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
EFNVYWNVPTFMCHKYGLRFEEVSEKYGILQNWMDKFRGEEIAILYDPGMFPALLKDPNGNVVARNGGVPQLGNLTKHLQVFRDHLINQIPDKSFPGVGVIDFESWRPIFRQNWASLQPYKKLSVEVVRREHPFWDDQRVEQEAKRRFEKYGQLFMEETLKAAKRMRPAANWGYYAYPYCYNLTPNQPSAQCEATTMQENDKMSWLFESEDVLLPSVYLRWNLTSGERVGLVGGRVKEALRIARQMTTSRKKVLPYYWYKYQDRRDTDLSRADLEATLRKITDLGADGFIIWGSSDDINTKAKCLQFREYLNNELGPAVKRIAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of hyaluronidase, a major allergen of bee venom.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Apis mellifera
total genus 119
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.35: Hyaluronoglucosaminidase.
pdb deposition date 2000-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01630 Glyco_hydro_56 Hyaluronidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fcuA00
1Z44A 5F1UA 4IX2A 3E12A 5HQEA 4XKYA 4AMAA 4O52A 2EKCA 4NZFA 1QPRA 1A53A 2ZTKA 1A5AA 3LXCA 3G1SA 4UTKA 4ML9A 4DBDA 4LVFA 4UTWC 2GVGA 2Y63A 1KBJA 1FWNA 5K9DA 3LERA 4Z1AA 3TK7A 2A7RA 4QISA 1DQXA 3CC1A 4NT0A 2C6QA 3QPZA 1MO0A 4IXHA 1IIHA 3FS2A 4MUZA 5DY2A 4M7TA 1WBJA 4N9DA 1QPOA 1H61A 3GLCA 4UTJA 4A2RA 3GNDA 2E6FA 4DO5A 4ZVJA 4RZ5A 4C1KA 1T8XA 5AHMA 4JDYA 3VCRA 4Q32A 3W7QA 2EF9A 4MZ1A 2A2IA 4WUIA 4ADSA 3JR2A 3WK3A 4B5NA 4BWLC 1W0MA 2W0UA 2TMDA 1QO2A 3KOFA 4JEQA 4WXYA 3C2EA 1MXSA 3R13A 1UBSA 3W7EA 1I2PA 4GWEA 3UWUA 1KTBA 3D0CA 4WOQA 4K38A 3WJWA 3W7OA 2C13A 2DZXA 5TQLA 4JYDA 3W75A 3EX3A 1B4EA 1L6YA 4UUIA 3GKFA 3WJXA 2JKAA 2A4AA 3UZ5A 3R2GA 4RZ6A 4UTIA 4FXSA 3SIZA 1R30A 3GZ3A 3TW7A 1Q45A 3PS7A 3M5ZA 3CEPA 1Z48A 3WK2A 1VR6A 5DXYA 2E68A 2FDSA 1SO3A 1SUXA 3P81A 4WX2A 3E02A 3TW6A 2G5WA 4Z1DA 1KW1A 3BLIA 1VHNA 3KAOA 1DKWA 5I3KA 4NNAA 3M6YA 4S1FA 1TJRA 3IIPA 5MHBA 3DH7A 1H7PA 4PCFA 1YYAA 4QAIA 3IV3A 3INPA 1ME8A 4O14A 1AW1A 2X1SA 1VQTA 4YCOA 1JRCA 1GT8A 4NJKA 1FDZA 2A85A 1PVNA 1SO5A 2ZZ2A 3ABOA 1G69A 2Y7DA 5A5WA 1TSIA 2YYUA 3W2NA 2YXGA 5CPLA 3NZ1A 5D02A 1LOLA 3M41A 1QOPA 3EWYA 4UNLA 1GVQA 3PSWA 3DFOA 4HHPA 4IPJA 2WQPA 4XBSA 2R91A 4FB7A 1EIXA 1OX4B 4BI6A 1XC4A 3MJYA 1F6PA 4L4MA 4QSHA 2V5LA 5J5DA 1J5TA 3E49A 4RKAA 4O1DA 3MBDA 1TPB1 4XUGA 1EWDA 1XM3A 4O57A 3UPWA 3KHJA 2YFOA 5HNRA 3OEXA 1NFBA 4HPJA 4DELA 2WNQA 3B03A 3O1NA 1L6SA 3S0CA 4NVTA 2V0TA 2RFGA 2E6YA 1OYCA 4HKPA 1GEQA 4O4VA 2V30A 5E93A 1OFOA 3I68A 4LVAA 3S1XA 1IF2A 3W7CA 1DL3A 1KM2A 3ABSA 1XI3A 2NV1A 4RXGA 2VFHA 4K8EA 4ZMGA 3G1DA 6ALDA 1P4CA 1KV5A 4GUGA 3NM1A 2X1TA 3N34A 3N9RA 2QCFA 3W84A 4BK9A 2FQIA 1WOAA 3TXVA 1VC4A 5CZSA 2E77A 4RXFA 4DXVA 5LNRA 1ZAIA 2CLEA 1CW2A 3HIJA 5H91A 1QOQA 4H3DA 3KRZA 1A5CA 4LS1A 3GXTA 4NNBA 4MJMA 1W1ZA 4ADUA 3H54A 2OCZA 3LCFA 4HPXA 1AW2A 5DBUA 2B7QA 4FNQA 3BLFA 2VOMA 1EA0A 3S1WA 5DCDA 1SSGA 3Q94A 5D09A 1H7XA 4NNCA 5CSRA 1GWJA 1TPH1 3W1UA 3DAQA 4WY0B 3I65A 4JTKA 5KZDA 1TPFA 2J27A 1ZHAA 1A50A 4K6AA 4AH7A 3FLUA 1FDJA 4ZQNA 2FFCA 3TC7A 1D3HA 1OFPA 1YTEA 3UZJA 2NX3A 3QQ1A 3LHVA 2NV2A 1ME9A 2D73A 5CKSA 4FO4A 3LHUA 3SFKA 2A7PA 1R46A 1G4SA 1W5MA 3LXBA 4ADTA 3SJ3A 3W1NA 3GXNA 1YTKA 1HUVA 1QR7A 4OT7A 1N7KA 2RH9A 3UYCA 4LNYA 3ZFHA 2H8XA 4O12A 3STGA 1NF7A 4O1CA 2QCCA 3L5AA 3QJAA 3ATYA 4FIRA 4MKNA 5F2GA 1TO3A 3OVQA 1K8YA 1OFAA 4S2BA 4M6VA 1CI1A 1OFDA 4JTJA 4TU1A 5CSSA 1H50A 4ICNA 3S8HA 2FB2A 3W72A 3C4UA 3LHTA 3NQMA 1FBAA 4Z0SA 3W3OA 2NXHA 2OX1A 5AC6A 2QCDA 2Q3RA 5C5YA 5IBXC 3LLDA 5BRBA 3OVRA 3A9IA 5I3JA 3T7VA 2CLFA 2CZDA 2GPTA 2I1OA 4P2VA 1TRIA 5I3FA 1M5WA 1QPNA 2Y62A 3TAKA 1O60A 1OK4A 5K9XA 4C1LA 5D2WA 2RKXA 3USBA 2BWGA 1IGSA 1LTDA 4XZ9A 3TUUA 2AQWA 4LW7A 5HUPA 3UQNA 2GJLA 7TIMA 2Y85A 5LGZA 4MVAA 2JGQA 4IMGA 3TAOA 3PBVA 4LC8A 5CG7A 1VGAA 1GPWA 4UCGA 1TPDA 3MI3A 3DFNA 2Y7EA 1K02A 3L5LA 3RMJA 4O11A 3NL3A 3CWNA 6TIMA 2DZUA 5AHFA 1THFD 3DZ1A 1EEPA 3MP5A 3QMTA 1DBTA 1OHLA 3W1QA 1K8ZA 2EAWA 4UR8A 3W2KA 4TX9A 2Y7GA 2A6NA 3T55A 3QEZA 3FEMA 2ABAA 4AF0A 2WSQA 1YDNA 2QKFA 3QPYA 4NX0A 2R14A 3L66A 2ZQ0A 3G1YA 4MY1A 1VYPX 1KBIA 3NPVA 3NDOA 1GYLA 4N9CA 1KM0A 3H55A 1EP3A 3LBCA 4LU0A 4PL1A 5T26A 1OFBA 5U4NA 4UFJA 2V8ZA 1K8XA 1HL2A 1ZFJA 5AOUA 1U83A 4QQ3A 4JTUA 5KINA 3PUOA 3C2OA 4YMZA 1NAL1 1KM6A 1RQEA 1TQXA 4WY0F 4OV9A 2ZA1A 3W2MA 3GX9A 3TFCA 4MFDA 1BEUA 3IEBA 1QWGA 2ZRWA 1VYSX 2R8WA 4RV8A 3M43A 5DBTA 1GYNA 3W1PA 3UPBA 5K3VA 1BTMA 2IQTA 3MWAA 2OMAA 1YXYA 3W22A 3A21A 1ML1A 4Z08A 4BI7A 2NUXA 1S5VA 3HG4A 2FPTA 5G4EA 3TMLA 1X1OA 3GDMA 2Z6JA 4LUIA 2Q8LA 1K7EA 1I45A 1OF6A 1DOSA 5AC8A 4AHPA 3FJLA 3VFLA 4X9SA 2P1FA 3FOKA 3O8AA 4WZHA 3GAYA 4D2JA 1LM1A 3EWUA 4ALDA 4WD0A 2ZYFA 3STCA 2QCGA 1GQNA 1WOBA 4ORMA 2PRLA 4JTIA 4OGZA 3EXTA 3R5EA 1ONRA 4KKXA 4MY8A 3ZR4A 3TIMA 3G1HA 3SECA 3M5VA 1W37A 3S9YA 4K8HA 3YPIA 1T99A 1SSDA 3QM3A 2QEZA 4TMBA 3WJZA 3LOTA 5G2WA 1OYBA 4R34A 3G8RA 3P5ZA 2B0MA 3F4WA 1QMLA 3C2FA 3M16A 5L6UA 5LHFA 4FNSA 4AWTA 1ICSA 3DFTA 3BO9A 4LVGA 4LC6A 1MSSA 1ZJIA 2CFFA 2Z0IA 2YZRA 4N4QA 4KFNA 1W5PA 3A23A 3PM6A 2VEPA 3DFQA 1KTNA 3N3MA 1KM1A 1LZOA 1PV8A 4AWUA 1LP6A 3DFSA 3SR7A 4AAJA 1XXXA 5DLCA 2CLIA 1V7YA 4X22A 4HNNA 1KTCA 1ME7A 1C9DA 1YXDA 3DFPA 3EXSA 4KWVA 1MEHA 3R8RA 3EEGA 2QUUA 2GQAA 2ZRVA 5AHEA 4QJ1A 5EL1A 4Z1CA 2FLIA 4KWWA 3ELFA 3OVPA 2X1RA 1FDYA 3BW4A 1PCKA 1SW3A 1GJPA 3IVUA 4XTDA 3FKKA 1KLYA 5I3GA 4LTSA 1I4NA 3RFAA 1JCJA 2H90A 1ZALA 2BZNA 1JVNA 1ZY9A 1AW5A 4NXSA 2E09A 4UTMA 1BKSA 4M19A 4GNJA 2YW3A 4AVFA 3LXAA 3L0GA 4DEFA 2EGZA 1KM3A 2ZZ3A 5G4WA 1S5WA 2YW4A 2ATSA 2HMCA 2XN0A 1WX0A 3SY5A 3PBYA 2ZRZA 1BWKA 2W79A 1YTDA 3E9AA 3HG5A 3TCEA 4UTWA 2BLEA 3UWYA 5FF2A 4O0ZA 3Q58A 5BOOA 1JCXA 3C2VA 3W7IA 4E2DA 3PR2A 4U4MA 2J88A 3MO7A 5AN7A 3RLUA 3S1VA 3BARA 5FF0A 2WV8A 2ZFAA 5L9FA 3CU2A 1TPUA 1UASA 5AHLA 3PY2A 3B0PA 2VC6A 3G1XA 3T78A 3GIYA 3DHDA 4BF9A 3NQ6A 4E38A 1H7WA 2C16A 2X1UA 3GB6A 3KVKA 1RPXA 3KVMA 4HN4A 1W3TA 1H7OA 3TQ0A 3M5XA 2VFDA 3DI0A 3NEVA 4LV9A 4DO6A 4BWLA 2VELA 3NZRA 2PCQA 1T0OA 3MHFA 3L0NA 5HULA 1VCFA 1FY6A 2QDGA 3SZ8A 3TSDA 4CCDA 4RK8A 3KFTA 5E0KA 1Q3NA 3P7YA 4TMCA 2FIQA 4FIQA 4NZJA 3G3DA 1NVMA 2ZCGA 3WJSA 3W07A 4TO8A 4R33A 1E51A 2ISVA 3JRKA 3A5FA 3W7DA 3R89A 2HS6A 5D33A 1CX9A 1X6UA 1OK6A 2G95A 3NPWA 3SW6A 2QR6A 3A24A 2Y61A 3W7PA 1LBLA 1VPXA 5FEPA 3IVTA 1SZNA 1XUZA 2A21A 3ZWTA 5F4XA 4GUFA 4RZ4A 4QITA 3TC6A 3PC0A 1X8FA 5D2XA 3AJXA 1KFCA 1Q6OA 4JX4A 1JUKA 1RZMA 2QF7A 3QSTA 4JIPA 1MEWA 4CQ8A 2J9XA 2V2DA 4LUJA 4K7YA 3STFA 2A0NA 5K2ZA 4FNRA 4UTTC 3GDTA 3N14A 3QMRA 1LROA 3PG8A 4XWUA 4Q4KA 5EA9A 4LV4A 2CWNA 3KVLA 3GVGA 2ZZ6A 4ZL1A 1JCMP 4MJZA 4JTGA 1RVGA 2FB3A 4EWND 4GBUA 1TB3A 1JJKA 4FF7A 3KRUA 1VLWA 5K9CA 1KA9F 2YDAA 3HF3A 1H51A 1OVDA 1VCVA 2P0OA 3JS3A 3PAJA 3MP3A 1H1ZA 1ALDA 1I8JA 1XBVA 3LTPA 4MZ8A 2AGKA 2C14A 2NWRA 3C61A 1W54A 3B0VC 4ZQPA 4MY9A 2ZRYA 2QCNA 4JYEA 1PCWA 5AHNA 2V2HA 1OYAA 4O54A 1PL9A 3G0XA 1H62A 1K03A 1WYIA 1VJIA 4GXMA 3E96A 2ZZ1A 4YLWA 4JGDA 5K7JA 2Y7FA 4RCXA 1O4UA 1QAPA 5HR6A 4FX8A 3THQA 1KLZA 4UNKA 3U6WA 1EB3A 5C6MA 1AK5A 2Y6ZA 4DBEA 4A29A 3G1AA 2E1DA 2DORA 5D2YA 3TJLA 3BG5A 3HJZA 3P82A 2X2GA 1P0KA 4ZQOA 3KVJA 5G1TA 3TKFA 3NR0A 2DZTA 2H8ZA 5F4SA 4FNTA 4IJBA 1LBMA 3HOJA 3QZEA 5BW6A 4GUHA 2OJPA 1JQVA 3L21A 1I2OA 3B4UA 2RHGA 3PVFA 5FESA 3BG3A 2ZZ4A 3NNTA 1YPFA 2BXVA 1NEYA 5CZTA 3TDFA 2WSRA 1FWTA 3W2LA 2Y89A 2XN1A 3LCGA 3T40A 1DVJA 3QW4B 4QNWA 4JR5A 2RDUA 1XDMA 1F74A 3C3NA 4IWWA 4FEZA 4NJGA 2ALDA 3KXQA 1XDLA 5HWNA 2DZPA 4BFAA 1FWRA 3OBKA 3A5VA 3ZS4A 1D9EA 3LDVA 4E0CA 4JTEA 3F4NA 4LS2A 3F03K 3LRLA 3FIGA 3PBUA 5LZLA 3QFEA 3NL2A 3RLVA 2V81A 5D30A 4LY8A 5CZJA 3W74A 4XTIA 4N6FA 4QIUA 4EF8A 1PS9A 2CLKA 3W1LA 3LI1A 4DF1A 4PODA 1EWEA 2EPHA 3RNDA 3VE7A 1R2TA 4DPPA 4PC8A 1Q6QA 4WQ6A 3NOEA 2GVLA 2CLOA 3CQ0A 4E2BA 3CIXA 4EOUA 3H53A 3QRHA 1YDOA 1FXPA 3LBMA 5D37A 3Q2DA 3MBFA 2PRHA 1IIGA 5CGQA 3W86A 3TQVA 1EP1A 5IBXA 3A22A 3V75A 1TJPA 3W76A 3OG3A 4JS3A 1GVRA 4AEOA 1TPEA 5D32A 2CZEA 3PG9A 1RQHA 4Z0JA 3EX6A 5AC7A 2CLMA 3FA5A 2DZSA 3GXPA 3PSVA 4JTFA 1OJXA 4IGHA 1JUBA 5DXXA 3EWWA 2VENA 2J24A 1B3OA 3NA8A 2E5BA 3TU9A 1EUAA 5CZ0A 4G1KA 1OG0A 2QJGA 3EWZA 2YR1A 5AYXA 1VLIA 2GUUA 1K7XA 2QCLA 3W2JA 1TV5A 3B06A 3O15A 3S5ZA 1BWLA 3LV6A 4NQ1A 4M7SA 3BV4A 3IIZA 4RJEA 4IMEA 5CPOA 3O06A 1JRBA 3LRKA 5KZEA 1WXJA 1KFKA 3S5YA 1NSJA 4Y9AA 3HGOA 3WJYA 4AF0B 1LDCA 1TIMA 2QCHA 2WPBA 4UXDA 3TMQA 3G1VA 2YSWA 4QM1A 1JR1A 2HSAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2PLC A;  2PWV A;  1A5M C;  4IX2 A;  3LNP A;  3M0H A;  2E8Y A;  2CNC A;  4QTG A;  4O52 A;  3WUG A;  5BU6 A;  2ZTK A;  3G5E A;  4LVF A;  4UTW C;  4WKA A;  4R9X A;  3ZJ8 A;  3TN5 A;  1UR3 M;  3LER A;  5RUB A;  1DQX A;  3UYI A;  4BZY A;  4NT0 A;  1MRQ A;  1IIH A;  1TML A;  4M7T A;  2QJM A;  4N9D A;  1QPO A;  1H2J A;  2BMB A;  4A2R A;  3ZT7 A;  4CNT A;  1T8X A;  5HJX A;  1A5O C;  3W00 A;  2CES A;  1I9C B;  3KBN A;  4ZO8 A;  4CU8 A;  2OWW A;  4XAG A;  4ADS A;  3JR2 A;  4FSA A;  4B5N A;  4BWL C;  4GZJ A;  1JCT A;  2YZ5 A;  3QHM A;  4Q4S A;  1QO2 A;  1XLA A;  1MFV A;  1XSK A;  3R13 A;  3W7E A;  1I2P A;  2XGI A;  1H3G A;  4XIS A;  4GWE A;  3UWU A;  1OZQ A;  3WJW A;  1E4I A;  1I1W A;  2X7V A;  3P14 A;  4JYD A;  5G4H C;  4UUI A;  1EH9 A;  3GKF A;  3WJX A;  1GOR A;  2JKA A;  4H9Z A;  4RZ6 A;  1YNY A;  3N18 A;  3AS1 A;  3N25 A;  3SIZ A;  3LGD A;  2V3E A;  2HK0 A;  1Q45 A;  4XZB A;  1Z48 A;  1VR6 A;  2FDS A;  3DUG A;  2W66 A;  1F8I A;  2VZV A;  1YQ2 A;  2G5W A;  4Z1D A;  3BLI A;  4DXK A;  4I8D A;  3IIP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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