1FDYA

N-acetylneuraminate lyase in complex with hydroxypyruvate
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEGKGKIKLIAHVGCVTTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Structure and mechanism of a sub-family of enzymes related to N-acetylneuraminate lyase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
total genus 108
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 1996-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fdyA00
2ATSA 1G7UA 4HKPA 1LM1A 1LZOA 3LV5A 4UTTC 3TNOA 4DO5A 3WK1A 4IX2A 5LKYA 3U8GA 1SSGA 3TFXA 5K2ZA 3EKZA 3W7DA 1YTKA 5K7JA 4U4MA 5C54A 4D2JA 3TW6A 4OT7A 4ZZ9A 3W7GA 1IF2A 1KV8A 3NQ8A 2C3ZA 1K7EA 2YGYA 3G1SA 1SO6A 4O53A 1CW2A 3PSWA 4TIMA 4O1DA 3FKRA 3INPA 1WBHA 3PUEA 5EL1A 3P60A 4RK8A 5KITA 1SQ7A 3JS3A 3W7EA 2VOMA 2WNQA 3W7OA 1SU5A 1PVNA 1LBLA 4NJKA 3NO5A 4JTIA 3NDOA 4ZQCA 4K7VA 5FEPA 2G97A 1G7VA 3PC0A 1FWTA 2H3BA 4H3DA 2VELA 4Z0JA 4PL2A 2A5HA 5D33A 1Q6RA 1KBJA 3M16A 4DF1A 3WJZA 4RV8A 4NQ1A 3W73A 1S3HA 1MEWA 4ICNA 5FEWA 4LW7A 5DCBA 5LNVA 1EPXA 3GDMA 3P8IA 4X22A 2V30A 1UB3A 1XBZA 3L0NA 3GLCA 3VNDA 3FJ6A 1VJIA 3GZ3A 3V1PA 3L0KA 1R2RA 1H7OA 4N02A 3LGEA 1HO4A 3EWUA 3W1PA 1QOQA 4NNBA 4A21A 5AOUA 4GJ1A 1SO4A 2ZTJA 1SUXA 2Y62A 4GXMA 4O8RA 5FF2A 1G4PA 5DY2A 3VE9A 1Y0EA 3EX1A 1C8VA 2EPHA 4GUJA 5F2GA 4JIQA 4LVFA 1O5XA 4CQAA 3CWNA 3GXTA 3OVRA 4NXKA 5KZDA 4M6VA 3HQ1A 1ME8A 1K03A 3DBPA 2YXGA 4YMZA 3QEZA 3GDTA 1AW1A 1Q45A 4NZJA 3ZWSA 2GQ8A 4FEZA 4TU1A 2QCGA 3FLUA 4JTJA 5HWNA 3S42A 5HWMA 2CWNA 4K37A 1PIIA 1MO0A 1THFD 3DGRA 3EXSA 2CFFA 4QNWA 3NXFA 5FF0A 3DI0A 1PHQA 2JGYA 3H53A 5F2LA 1EP1A 3W3OA 3W7RA 4N4PA 3UWYA 3GDKA 3DU0A 2CLKA 4Z08A 1DJQA 1A5CA 1DHPA 4UFJA 1W56A 1YYAA 3UD6A 3V75A 3NL2A 1Z42A 1ALDA 3CLMA 3W74A 2GPTA 4TMBA 1FY6A 1IXNA 5E1QA 2OZ0A 4UNKA 4UFKA 3QPYA 1ZJIA 4I7WA 4O10A 3TSMA 4JS3A 1PCKA 1B4KA 2Y7FA 1XBYA 2Z2UA 3LCLA 1R2TA 4ADSA 1SZFA 5DBUA 3IVTA 3L65A 4LVBA 4RXGA 3YPIA 3O63A 4KFPA 1YTEA 1K02A 3PY2A 4O19A 2EKCA 2VEMA 4M5PA 5D03A 4AHPA 1OFDA 3BG5A 3MUXA 2TYSA 2V5BA 2QJGA 3M5VA 3ABOA 4MYXA 5BMXA 4FIQA 5HNRA 1E51A 3HPZA 3TAOA 1GZGA 3LM7A 3I68A 1SW7A 3LCIA 4TR9A 3W2NA 2D73A 3QMRA 2AQWA 1WXJA 4LUIA 2ZA3A 3NR0A 3W7HA 2ALDA 1K7FA 2NV2A 1QPRA 3FEMA 1SFLA 1SZEA 3ANYA 5D09A 3BARA 4Y8FA 1YDOA 4UMAA 4S1FA 3L5LA 3LCFA 1W5QA 1OVDA 1UUOA 4W9TA 3G1XA 2C19A 3M6YA 3HG4A 1XBVA 1CX9A 1VS1A 1VGAA 5CZJA 1W5NA 4XUGA 1SPQA 1VQTA 4ADUA 5K9DA 1HG3A 3G0XA 2X30A 4A29A 4LC8A 3DFOA 1RZMA 3W1RA 3KVLA 1ML1A 1TRDA 3E49A 4N2YA 1W31A 3W7LA 5LNWA 2P1FA 4IMDA 3DAQA 5BMWA 2PRMA 3A22A 2ABBA 4HNVA 2XFWA 3R8RA 1H51A 3E0IA 2WPBA 2BWGA 3W84A 3O07A 4TMCA 5U7SA 1G4TA 1UJPA 2P0OA 2V2CA 3CHVA 1FDZA 2A4AA 2VFFA 4IMGA 1X1OA 4JEQA 3IGSA 2A7RA 4OWGA 1KM2A 1VPXA 4FIRA 3LLFA 4RXFA 1W5OA 1L2UA 4YCPA 4R34A 4X2RA 3E02A 3KRUA 3HF3A 5HWJA 3IEBA 5FF3A 3W1UA 3LERA 5DELA 3TDFA 1WBJA 1FCVA 4Z1BA 5C5YA 3N2XA 3P67A 4K39A 3WJWA 1DKWA 1I8JA 5G2HA 4XZ9A 4QJ1A 3OVPA 2C1HA 2V2DA 4LC6A 4Z1DA 3LRKA 5LGZA 3CQ0A 1VLWA 3TCEA 3W2KA 3B0PA 1KV5A 3BGJA 3TAKA 1OK6A 1Z41A 2WSYA 5FF4A 2ZTKA 3NM1A 3SGUA 3HPXA 3R2GA 3UPWA 5CPOA 5HUOA 5F4XA 5EYWA 3IIVA 3CTLA 3N73A 4UNLA 1QDSA 2QR6A 3P82A 4O4VA 4JDBA 3BG9A 3W7MA 1K3UA 4LOCA 3C2RA 1LLWA 1I4NA 4L4MA 1W3NA 3S8HA 3WK0A 5F4WA 1FX6A 4NVTA 3MBDA 2QF7A 4FNQA 3LBMA 4LV4A 4LS2A 2OT1A 3W7PA 5MHBA 5LHFA 4NUWA 1RQHA 3NQ7A 5CPNA 3TSDA 4MKNA 3L5MA 1WQ5A 4CNNA 4O50A 2ZZ4A 1TQJA 3P74A 1H63A 1ICPA 3IIZA 4ZL1A 3MJYA 1TTJA 1WYIA 3O05A 3BG3A 1F2JA 4AF0A 4UTWA 3MWAA 4WXZA 1BKSA 1JCLA 4DBDA 1R2SA 5IBXA 4Q32A 2YX0A 1I2OA 1IXOA 1TPH1 3A5FA 4JDYA 4UTUA 1W3TA 2V82A 3HB9A 3QQ1A 5D2VA 3TXVA 1NF7A 1TB3A 3RF9A 5G4EA 1I2NA 2EF9A 3BW2A 4LVDA 4OGZA 2J9ZA 1QCWA 3STFA 2I14A 3CM4A 3C6CA 3NQDA 4GUHA 2PURA 4JTTA 3USBA 3MW7A 1KM5A 3NQMA 3B0UX 2QJIA 4XQ6A 4AMAA 4IPJA 1PL9A 1Q6LA 1OFRA 4HIBA 4O4WA 3OBKA 2BZNA 4O0KA 1KTBA 2E6YA 3KVMA 5LHEA 1AMKA 3FA5A 4UTJA 3SIZA 1SW3A 3OG3A 4ZQNA 4KKXA 3N9SA 2J24A 4ZQPA 4RZ6A 4U28A 5C6MA 3CEUA 5LGXA 3LI1A 1NF0A 4JYFA 4M6QA 5CGQA 4UXDA 2OT0A 4GUFA 5LNRA 3TR2A 4IXHA 4WUIA 4N9BA 3L66A 4HNTA 1XUUA 2Y61A 3UWZA 4HHPA 5EMUA 3R89A 4HSNA 3GK0A 5CSRA 3NYZA 2NWRA 3PB2A 4FNSA 2VFDA 1OJXA 3HGRA 1M6JA 2DZUA 2B0MA 1L9WA 2H8ZA 1ICSA 2X1TA 4O0ZA 1I45A 2XN0A 1U83A 3DHDA 1W3IA 3PSVA 4EOUA 1DORA 1GG0A 3ABQA 3EX3A 3LCHA 3SW6A 4GRSA 4BI6A 2E1DA 2E5BA 4JY9A 2FDSA 1TPC1 5EY5A 2BSLA 2JBMA 3EWBX 2DJXA 4FXSA 2CLHA 2WO5A 3MYPA 1TPFA 1H1ZA 3NL6A 1TV5A 4MZ1A 1IXPA 3H54A 1WAUA 1XI3A 1DQWA 4JR5A 4OQVA 3QSTA 4WY0F 3HOJA 5AHMA 2TMDA 1FWRA 2CLLA 5H91A 3LOTA 2CZFA 1BTMA 1JCJA 2WNZA 3W83A 2R94A 1O95A 4RCXA 2HS8A 3DFQA 3ZWTA 2Y7GA 5HINA 2PE4A 4UIOA 4QSHA 2DZTA 5K4XA 1YDNA 5HR6A 1GG1A 3HIJA 4N6EA 2E5CA 2FB2A 3W71A 4LV9A 3VFLA 3CIXA 4FNUA 4OE7A 1LDCA 4UFLA 3BLFA 1KFJA 3TMLA 3RMJA 4O12A 2DP3A 4DF0A 3NM3A 4KFNA 1NSJA 3LX9A 4NJHA 1EWDA 2XN1A 3W22A 4E38A 3P84A 5D02A 3KHJA 4WJEA 4O13A 3N14A 2H3DA 1DL3A 3DFSA 3W2JA 1T99A 1GVFA 1LCOA 1QNVA 1ME7A 4RJEA 3MI2A 1ZENA 3PR2A 4HPJA 5BOOA 1TCDA 1AW5A 1B4EA 1XDMA 3LHUA 3W1AA 4UFMA 1W5PA 3W6YA 1FDYA 1W54A 3FKKA 2WOQA 1R47A 2E6FA 3I7RA 4AF0B 2QDHA 3QW3A 1FWSA 3KOFA 4WOZA 2Z1BA 2GVLA 2NV1A 2YYUA 3L9CA 1SZGA 2CW6A 3QH2A 1Z48A 3ZFHA 1G6CA 1H7XA 5I3GA 3O6DA 1VYSX 5DLCA 1A5BA 4LRTA 4M6PA 4PFMA 1TV8A 4EF9A 2AGKA 1KM0A 3G0SA 1H61A 3P80A 4MPQA 2VENA 4TX9A 1M5WA 3HBLA 3NQGA 4H6KA 5SWUA 1ZFJA 2NX1A 4UTLA 4Z0SA 5EPDA 4ADTA 3Q2DA 3C56A 3T44A 4QISA 1OFAA 3NPWA 3MHFA 4BFAA 3KVKA 2QUVA 4UFIA 4QITA 4WOQA 4JTKA 3LXBA 1ZHAA 2YFNA 4E0CA 2ZZ3A 1UUMA 3LXAA 3G3MA 2QKFA 4EVZA 3NQCA 1PE1A 3NZRA 3BGGA 4JTFA 3IGUA 4MFDA 3I65A 4MLJA 3W7NA 3QM3A 5AYYA 4IXXA 1AL7A 5KZEA 4BWLA 4QAIA 3BW4A 4GFSA 1QPQA 4PL1A 4O14A 3BW3A 2Y6ZA 1O94A 1OYAA 3T4CA 2QDGA 2ZZ1A 1OABA 1PV8A 3C2FA 1NFBA 2ZRZA 3S1WA 3TW7A 1T96A 5I3HA 1TIMA 2VEPA 2DZWA 5AC8A 3LHYA 3B0VC 4YLWA 4JX5A 3DH7A 1GVOA 3O1NA 2O7QA 3G1YA 1DOSA 3S5YA 2TPSA 1G67A 4OV4A 3S1UA 1OG0A 4WY0A 2Y63A 2EGZA 5I3IA 5K9CA 2QUTA 3L0GA 5DN1A 1NAL1 5L9FA 4FX8A 5HMSA 1W0MA 1XBXA 5DY3A 5D2XA 3CU2A 4Z1CA 1GOXA 3TC7A 5C2XA 2V81A 1TRIA 3VCRA 1TREA 1M7PA 2C16A 5TBOA 2EAWA 4FX6M 3F4WA 3B03A 8TIMA 4RZ5A 1PHWA 2V0TA 3UWWA 1OX6A 4AB4A 3ABSA 4FNPA 3QZEA 3GKAA 1L6SA 1LOSA 3LB0A 1F76A 1JUEA 3N3MA 4NNAA 1TPEA 3IGXA 1PS9A 1LBFA 2ZQ0A 3SZ8A 5F1UA 4JYEA 1V7YA 1C29A 1EP3A 1D3HA 2F84A 2C14A 5CPLA 2BLEA 5ABTA 1XFBA 3GYEA 3W76A 3G18A 3T40A 2JKEA 1TJRA 2V9DA 1IIGA 3CC1A 1WV2A 4O57A 1EUNA 4O15A 2TRSA 1SO3A 1TO3A 3PG9A 1EB3A 1V5XA 2J6XA 1GVSA 3JR2A 4IMCA 3SECA 4JY8A 2QCNA 4UR7A 1O5KA 2P10A 4AHOA 1AW2A 1SFJA 3GX9A 1G69A 3O16A 1A50A 4DO4A 1M7OA 1VCFA 2DORA 3RFAA 4BWLC 4TO8A 4N9CA 3JRKA 2G96A 2WSRA 4LY8A 4YL2A 4IMEA 2VFEA 4J9JA 1AG1O 3G0UA 3THAA 1LTDA 2DZSA 2Y70A 2X2GA 4JTEA 5DXXA 3GKFA 3RLVA 2ZRXA 1N7KA 1SZNA 2J9YA 1GVQA 1OF6A 1OX4A 4JYDA 4DEFA 2ISWA 1S5VA 4PTNA 3CPRA 4I9AA 3A23A 1P0NA 3SJ3A 3LHTA 1YDVA 3MMTA 1EEPA 4ORIA 3PF3A 4EIVA 3HJZA 5U4NA 4FX7A 3EXRA 3A5VA 3W2MA 3FIGA 2NUXA 3LI0A 3BLEA 4K8HA 3UZJA 4PEKA 4L4LA 1GVRA 4LTSA 1L6YA 3EB2A 1OYCA 2OJPA 5D04C 1ZY9A 5AHLA 1JRCA 5HJLA 4RZ4A 4IUOA 3CEPA 3TU9A 2ABAA 1F05A 1TMHA 3W2UA 1BWKA 3M9YA 3KRZA 2QAPA 1XUZA 1LLZA 4ONVA 5LNUA 1Q6OA 5IM51 2A7PA 2QJHA 6TIMA 3MP3A 2OCZA 4O1CA 4XKYA 1K7XA 1K8ZA 2GVJA 2CLEA 2VXNA 3NOEA 3C2EA 3TA6A 4DPQA 4NJGA 1OFOA 2VKZG 1VLIA 1YXYA 2VFGA 3MI3A 3Q94A 2AAMA 1FWNA 2B4GA 2A6LA 3U6WA 2VEIA 1ZAJA 2VEKA 4MY1A 2FPTA 4HN4A 2RKXA 3UZ5A 1IGSA 1S5TA 3VI2A 1KBIA 1YXDA 3C4UA 3G22A 3D0CA 1TPDA 2H90A 4WY0B 4UTIA 4XBSA 1JCXA 1OFEA 3ZR4A 1A5AA 3O6YX 3QC3A 1P5BA 1MEHA 2CZEA 1UCWA 2ZDRA 1LORA 1QO5A 4JICA 2R8WA 4Y96A 5D2YA 2HTMA 1D3GA 3M5XA 1GT8A 4M19A 4WQ6A 4GNJA 3MP4A 1RPXA 1RQBA 1QR7A 5FESA 1I2RA 4PA8A 4ZVJA 1KFEA 2X1UA 3QF0A 1QMLA 4K7YA 1TV7A 5KZMA 3QYQA 2W79A 2RDTA 2A85A 2CLIA 4PC8A 1DBTA 1EX5A 3UNDA 3C8FA 5KINA 1BWLA 1T0OA 4K8EA 4R7JA 3W75A 3HG3A 2QCEA 2RDUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EWC A;  2ATS A;  5AC4 A;  4HKP A;  4PMZ A;  1MNS A;  1LZO A;  3E0L A;  4W8L A;  4I9M A;  3GRI A;  4M1B A;  3WK1 A;  3BMX A;  3WLO A;  3GVQ A;  5LKY A;  3TFX A;  3B9N A;  1YTK A;  5KET A;  4ICC X;  1CTN A;  3V18 A;  4D2J A;  3TW6 A;  4ZZ9 A;  4D6J A;  3REQ B;  4LAL A;  1BYD A;  3KWS A;  4F2U A;  3F2C A;  1V51 A;  1M53 A;  1OZM A;  4EAC A;  2Y2W A;  1SO6 A;  4JNZ A;  1CW2 A;  1EBH A;  3W53 A;  3FKR A;  3INP A;  3TQP A;  3I4K A;  2R1P A;  1TWD A;  2YCI X;  3W7O A;  1PVN A;  3CO4 A;  4D6H A;  4ZQC A;  1J8V A;  3E2Q A;  1OWQ A;  1G7V A;  1FWT A;  2H3B A;  2VEL A;  1X8C A;  5AZ0 A;  4DLF A;  5D33 A;  2BGS A;  3WJZ A;  3NJ3 A;  4G8T A;  4LW7 A;  4P8X A;  5LNV A;  3IRS A;  4YHG A;  3GC4 A;  4X22 A;  2V30 A;  1UB3 A;  1VP5 A;  2B31 A;  2ZWZ A;  3GLC A;  4HU4 A;  2OLH A;  4MAV A;  3U7V A;  3LGE A;  1REQ B;  3EWU A;  3W1P A;  4A21 A;  1HVQ A;  4GJ1 A;  2VZU A;  3DES A;  4GXM A;  5E0C A;  2QNE A;  1Z6K A;  1ITX A;  3GFY A;  4B5V A;  3GXF A;  2J25 A;  1G4P A;  3VE9 A;  1Y0E A;  4C6D A;  1YHT A;  2WZE A; 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