1FP8A

Structure of the amylomaltase from thermus thermophilus hb8 in space group p21212
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and mechanism of the amylomaltase from Thermus thermophilus HB8
rcsb
molecule keywords 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
total genus 180
structure length 500
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2000-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1fp8A00
4KGLA 1M01A 4J3SA 3WQ5A 1TCMA 1EO7A 4PYSA 4M81A 1JZ4A 5I0DA 5ABHA 4JAWA 3ARSA 1VBUA 1G5AA 3T08A 1PPIA 3WNKA 4PUEA 3M07A 4LXFA 4PMRA 3WENA 3MS8A 2VURA 1ZB5A 1QHPA 4ATLA 3T2PA 3VO0A 1DEDA 4LPCA 1VEMA 1HL9A 2DSKA 2ZUVA 3TONA 4PMZA 1Q6GA 5IHSA 4HMDA 1PBGA 1Y7VA 4BQ4A 3D5HA 4A3YA 4EK7A 1J18A 5A6BA 2ZX7A 2WKLA 3AMDA 4OIFA 1XYFA 1JYXA 3MUIA 4WJXA 4Z2GA 4AIUA 5A2AA 4AZCB 2DIJA 3B9EA 2VO5A 3IJ8A 2VX5A 2YL9A 3QHOA 2WVVA 4MAZA 4HZ8A 3A4XA 3BSGA 1VF8A 2W91A 1LJYA 3VX0A 3ARPA 3MUAA 4AY1A 3WH9A 4F9DA 1BF2A 2YDQA 2W92A 4ZEPA 1E1FA 5A95A 4QAWA 3KWXA 1UD4A 2WSKA 1L0PA 2WKGA 5E0CA 4M80A 1I75A 2BVYA 4MB4A 1B3ZA 5ABFA 3VILA 1NOWA 2VJXA 3W29A 2QPUA 1VEPA 4JL1A 3N04A 2DPEA 3NYDA 1VRXA 2WSPA 5CZKA 2VOTA 2DT2A 2OWXA 2WW5A 2VL4A 3AICA 2X1IA 5FL1A 2XFRA 1JIBA 3N15A 4M24A 3UERA 3RILA 4WLCA 3ZT5A 1E1EA 4GI9A 3T0DA 1CEOA 1J0JA 1NQ6A 1NP0A 2J7FA 2VX7A 3AJ7A 1OD8A 2V5DA 2ZX8A 2D0HA 4A3HA 1EIBA 2DT3A 4QP0A 2BY3A 3GH4A 4AZHA 4XB3A 1BGGA 2J75A 1WDSA 1QNSA 1CXLA 3F5KA 1GQKA 4ATDA 1V3JA 4U5KA 4W7VA 5A69A 3TTSA 1ITXA 1EQPA 3PTKA 3PZUA 2F61A 2XIIA 3AIWA 2CITA 2YOCA 5A8NA 1OB0A 4URIA 1BYCA 3POHA 3AZTA 4DM1A 5CLWA 1PX8A 1CGTA 2FHBA 1CPUA 3WMSA 4AW7A 1JXKA 1M03A 2E8YA 2CESA 4P8WA 3TTQA 5FCZA 4H8VA 3N18A 1DWAM 3VGHA 2CCRA 5E09A 1KXHA 4XV0A 2X2YA 5HBFA 3EDFA 2J7HA 3AS1A 3O6AA 3WUEA 2CKSA 2WBKA 1JAKA 3PHAA 3OZPA 4HTYA 1V6XA 1J0YA 4N0RA 1P6WA 5A6JA 4F66A 3W81A 3AI0A 4CD6A 1UR0A 3PZGA 2W4XA 3VPLA 1U33A 3TTYA 4HP5A 4GQQA 3WD0A 1DWIM 2ZIDA 4UOJA 4MB3A 3AIBA 3WDJA 3VUPA 1UH4A 3SUWA 5FD0A 1XYZA 3WQ4A 2VT0A 2BVDA 4GO9A 3OGVA 1JF6A 2XSBA 4UFIA 3WDQA 4DUWA 2WM0A 2OSYA 5CSYA 2WCGA 1EO5A 1GONA 4EAMA 1XD1A 3N12A 2IUZA 1VB9A 2ZWYA 5A1AA 1J0IA 1JZ5A 2WANA 3AMLA 1V3KA 3U5UA 1LLOA 2BHZA 1EGZA 3VIHA 1GOQA 3W24A 4XZWA 3WDHA 4ZFMA 3WNPA 2CIPA 3T09A 1FHLA 5E70A 2ZICA 4UQDA 1V0KA 4PMNA 5BROA 2E3ZA 1XD0A 3VIGA 5I3DA 2CETA 1UR8A 3BLKA 4OJYA 2VZUA 3WDRA 1WB0A 3WNNA 1UWSA 2WVUA 3LMYA 3PZNA 4WIWA 5I6SA 1FH9A 2XGBA 5CPQA 4Z2KA 2VUYA 3I3DA 3EDJA 4IPLA 3CMJA 2BVTA 2WVSA 1IZJA 1FHDA 1B1YA 1ESWA 1UZ1A 1R8LA 1A47A 5BRQA 2ZXDA 4Z2LA 3T2QA 3AYRA 1IV8A 1NWRA 1R7OA 5A6AA 1N82A 3U57A 1J01A 3G6LA 4HZ7A 4BZYA 1W3KA 3W82A 1W32A 4CKQA 1BAGA 1D7FA 3UG4A 1UD5A 1C91A 3NDYA 4J3VA 3VX1A 2D0GA 5DEZA 1C3FA 4PBGA 3UR7A 5D9NA 1G1YA 2JFEX 1E6NA 3E1F1 1PX3A 1JAEA 1UKPA 1JD9A 2W66A 3U7BA 2YA0A 3SUSA 1XCWA 3W6MA 1PZ2A 1W9XA 2WWCA 3KL3A 5DO8A 5M17A 3A4AA 1TVNA 3VMOA 1JZ8A 5FIPA 1BHGA 1B2YA 2ESCA 3NIYA 3POCA 4HA4A 2BXZA 1VJSA 3ZOAA 4MADA 5C8BB 4GQRA 2CNCA 3VGBA 3W38A 1KXTA 6A3HA 3B8SA 4EKJA 3W4RA 3WFLA 2FH6A 4UFHA 3WQ6A 5HNNA 2QF8A 1HJSA 3SUTA 1JYNA 2GJRA 3SCPA 1E6XM 4FLRA 1HVXA 1UWRA 2VZSA 2PBOA 1XHGA 2VX4A 4E4PA 1E15A 3J7HA 4JZ5A 1WAWA 1W9PA 2OLHA 5LYRA 5A2CA 1ISZA 1FA2A 4AEFA 3ZIZA 3CGTA 3L4UA 2XM1A 1C90A 1WCGA 5JUVA 1HKKA 1GOIA 1MQRA 1H2JA 2BNJA 1KBKA 3VM5A 1WDPA 1QW8A 1HNYA 4NI3A 4FLQA 2OWWA 3WEOA 1E3XA 2QMKA 3OLGA 1WDRA 5M03A 4IM4A 4JKLA 3SCQA 4Z2JA 2EQDA 1KQZA 2WVTA 1MXDA 2Y5EA 1ZBCA 2XVPA 4R5EA 3WMBA 2WHJA 7A3HA 3ZM8A 3SCWA 1OIFA 1JI2A 4PMUA 2X8RA 1JXJA 1VEOA 4JFWA 4U3AA 1UKQA 1HP4A 2DSUA 1LWJA 1E43A 1BG9A 1E6ZA 3PZTA 4B3LA 2RGLA 1LL7A 1ODZA 2IXUA 3GBDA 4UFLA 2CHOA 1E56A 3VNYA 5A94A 2A3AA 1XH0A 3SCRA 1TG7A 3CZLA 4W5UA 4CU8A 1V6UA 2ZXAA 4AD3A 1OGGA 1EXPA 3FHQA 4MB1A 2WC4A 1HJQA 1UG6A 1PIGA 2NSXA 3S6TA 4AIEA 1HJVA 4D6EA 3MSDA 3WF0A 3ALFA 5GQBA 1KGWA 1DHKA 2DSVA 1CBGA 2D3LA 1B3YA 1QI2A 3W0KA 4D6HA 2XTKA 4WKAA 1UD8A 3GH5A 1V0MA 1J12A 2WMJA 4W89A 5DT5A 1VIWA 4PSRA 1MW0A 2BHYA 2HVMA 1KQYA 1IT0A 1HX0A 3EMZA 3UEQA 3IANA 1E0WA 5FOOA 5CG0A 1ISXA 3QOKA 4OBSA 1EDQA 3EBVA 1UWUA 4Q7NA 1KB3A 3CLWA 3BC9A 1EQCA 4CCDA 3OIHA 3KL0A 2J8FA 5LA0A 3LPOA 3RMEA 1JNDA 2CPUA 2ZX6A 4ATWA 2WZEA 5CSUA 1W91A 1AVAA 1CZ1A 4E8DA 4NRRA 3OZOA 3TP4A 1WO2A 3CHEA 3TTOA 1ZU8A 1GVIA 2E40A 2QPSA 3T0AA 1J0ZA 4N42A 4LX4A 1ZBVA 2E9LA 4PRWA 2D1ZA 1U30A 5I77A 1GCYA 4FLOA 2CBVA 1UA7A 1V0NA 3KZSA 1E4MM 1UQYA 2YA2A 2FGZA 1K6AA 1CGUA 1XH1A 1NH6A 2VQTA 1B0IA 3IJ7A 3SCUA 4LYPA 1A3HA 1MVYA 4P7RA 1HN1A 5HPOA 4CN4A 1GOKA 4AZIA 1I1XA 2VX6A 1W9BM 4X0VA 4CD8A 3AOFA 1R7AA 2GUYA 4GZIA 1BYBA 1UWQA 1MFUA 2WLZA 3AISA 3OLEA 5ABEA 3DHUA 4YHGA 1JNEA 3SEPA 4CN6A 2CXGA 2WHMA 2EPLX 1NWUA 1PX4A 3EDEA 1FFRA 2O9RA 3AZSA 4PMQA 3NSXA 3CZGA 1CECA 1V6YA 1V08A 3MMUA 2PC8A 1UWIA 3RJYA 2VRKA 4ACYA 3SCSA 4BF7A 2JE8A 2ZX9A 5IFPA 4M56A 2WZIA 2J74A 5DF0A 4P8VA 1CXKA 4LYRA 3CUJA 2V3DA 4AMCA 1F4HA 2GJPA 4HMEA 4HOWA 3VINA 1VFOA 3PTMA 1Q6EA 1K9EA 3HJEA 1O6IA 1AQHA 3VGEA 3GNRA 3ARXA 4AZ5A 2CBIA 4OOZA 1TE1A 1ISYA 2VCCA 4IPNB 1V02E 1JFHA 1G01A 4GI8A 1V0LA 3WNMA 2VVSA 2WB5A 2AAAA 4AISA 1BQCA 2CEQA 1OM0A 3IK2A 8CGTA 3WF3A 3A47A 3CUGA 2FHCA 4AZ6A 2EPMX 1MXGA 1UQZA 4MJ4A 2VR4A 3OA5A 2GK1B 3BMVA 4Z2IA 3UESA 3VGGA 4FK9A 3WSUA 3ZJKA 4HPGA 3BXWA 4PUDA 4JKMA 1VFUA 4NF7A 1W2PA 3WFZA 2XFYA 2G3JA 4C7GA 1UH2A 4W7UA 3WBEA 3NUKA 1E40A 2W63A 2ZOXA 2Z1SA 4CVWA 3W53A 3EYPA 1NOUA 3VMPA 2DH3A 2ZUUA 3I3EA 1LG1A 3CUFA 2JIEA 5DMYA 2OYMA 1FP8A 1GOOA 1H49A 1TVPA 2XVLA 2FGLA 3VD4A 3WQVA 3ARYA 4HMCA 1DP0A 4W87A 3GDBA 1VFMA 7TAAA 1JZ7A 1MWOA 2XFFA 4PCSA 1OCQA 3ZJ6A 2FHFA 2EPOA 2V3GA 3LPFA 1CWYA 4TVCA 2O9TA 2XVKA 4CD4A 1BLIA 4C7FA 1E5JA 4DWSD 3AS2A 2EPNA 4IUGA 2PWDA 3PTQA 4W8LA 2X05A 4M8UA 3I3BA 3L4VA 1BGAA 1JYVA 4MNLA 1E0XA 5I23A 1MW1A 4P7OA 2VC9A 1UR1A 1UD3A 4PCTA 3K4AA 3MO4A 4OOUA 2CHNA 4ZXOA 1QOXA 4D1JA 1ZS2A 2A3EA 2O9PA 3VD9A 3VDCA 1W1TA 4F9JA 4UOQA 3CUIA 2J7EA 3WF2A 4HPHA 1HL8A 5A6LA 4U5IA 2WWDA 3VVGA 4L4OA 1O7AA 5A8QA 4AD0A 4KH2A 1C8XA 2QHAA 3ARTA 1GPFA 3LPPA 1H5VA 2DGAA 4W7WA 3WH6A 1FFQA 3CUHA 2WLYA 1UKOA 2PB1A 4PMYA 1UWTA 2PI6A 5IXEA 1NWTA 4J3TA 1Q6FA 4OZOA 2GFTA 2Y24A 2ZUWA 1ITCA 3BAXA 3T0BA 5CLTA 5D8WA 3WD2A 3WH7A 4U3CA 1QHZA 3L4ZA 3ZSSA 1VBRA 1CDGA 4D72A 1OT2A 3T2OA 2Q8XA 1J0KA 3MV01 3FW6A 6CGTA 1CXIA 3ARRA 1QPKA 1KGXA 2E9BA 1XSJA 5E9AA 1EOMA 1US3A 2EO7A 1BPLB 3AROA 1AMYA 1H3GA 1WNOA 4PSPA 3VIOA 2JF6A 3DECA 3L2MA 3RPMA 1TA3B 1BVZA 3A3HA 3GTNA 2FDMA 3BMWA 4BS0A 2UY3A 3ARQA 2VZTA 4A4AA 4JKKA 1BVNP 2XHYA 3AIRA 2J25A 4X0NA 3EMCA 1UA3A 2QV4A 4CCEA 3AZRA 3QHMA 4NZCA 3CHCA 2GDVA 3THCA 1OIMA 2WMGA 4TOQA 1MW2A 5CGTA 3FN9A 2JALA 5TD4A 4D6DA 4PTMA 2NT0A 1Q6DA 1W1VA 1XSIA 5CJ5A 3KL5A 3FXYA 5GNZA 5A8OA 1PZ3A 1UD6A 1GVYA 4H8HA 5HXMA 2VQUA 3ARVA 3UCQA 3VD5A 4AD5A 5CGMA 4JL2A 5AY7A 4CUCA 1C8QA 2WHKA 4ZENA 3RDKA 1CGYA 1EA9C 2DEPA 1B90A 2WK2A 1LL4A 3W27A 1XSKA 2TAAA 2ZX5A 3VD3A 1W3JA 4PTVA 1HXJA 3NSMA 3SCVA 4YPJA 1XRVA 1K9DA 3K1DA 3DYPA 1S46A 4AZBA 1B3XA 5JIPA 3KE0A 5D9MA 3MV11 4ACZB 2X09A 2XYLA 1JI1A 2UY5A 1E5NA 1E4IA 2ZUTA 3UETA 3WN6A 3ZQ9A 3NCOA 1NOFA 2B31A 4TX8A 3AYSA 2C7FA 2VZVA 1JDCA 4HU8A 3WL0A 3NDZA 1QNPA 4HA1A 2WC3A 1WZMA 2Y2WA 2VR5A 3SCTA 1G9HA 1RP9A 2D24A 3BAKA 4S3JA 3RIKA 4TXEA 3VMNA 1ECEA 3N11A 3OGSA 1TFVA 2XUCA 3O9NA 1E70M 1WE5A 1W2VA 1EDTA 1BTCA 1E3ZA 1R87A 3W37A 2XWDA 3WUFA 1C8YA 3WL1A 1DWFM 3IJ9A 1V6VA 1JFXA 2A3CA 2BY1A 3MUY1 4U33A 2YKKA 2W5FA 1W3LA 2ZUNA 1H09A 2FH8A 2OYKA 3CZKA 2BS9A 2GSJA 1W1YA 2PWHA 3GZAA 2WYSA 1E55A 5A6KA 4Y7EA 2D3NA 1KWKA 3ZR6A 2EJ1A 4PN2A 3K46A 1TR1A 4DWSB 3U5YA 2XSAA 4GZJA 4QLJA 1IZKA 1Z32X 4PMXA 1C7SA 4PTXA 5EB8A 1DWHM 1VENA 2D2OA 4PTWA 1LF1A 3G6MA 1NWSA 4B9ZA 2G3MA 1M04A 4CU7A 1HKIA 3BAJA 2PF0A 5AYBA 1WZAA 3APGA 1G0CA 2J7BA 4JHOA 4WK9A 2G41A 3MSGA 4MNJA 1KWGA 2YDRA 3SUVA 4OUEA 1HJXA 1HT6A 4KMQA 4MJ2A 4TTGA 2ZE0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KGL A;  1M01 A;  4J3S A;  3WQ5 A;  1TCM A;  1EO7 A;  4PYS A;  4M81 A;  1JZ4 A;  5I0D A;  5ABH A;  4JAW A;  3ARS A;  1VBU A;  1G5A A;  3T08 A;  1PPI A;  3WNK A;  4PUE A;  3M07 A;  4LXF A;  4PMR A;  3WEN A;  3MS8 A;  2VUR A;  1ZB5 A;  1QHP A;  4ATL A;  3T2P A;  3VO0 A;  1DED A;  4LPC A;  1VEM A;  1HL9 A;  2DSK A;  2ZUV A;  3TON A;  4PMZ A;  1Q6G A;  5IHS A;  4HMD A;  1PBG A;  1Y7V A;  4BQ4 A;  3D5H A;  4A3Y A;  4EK7 A;  1J18 A;  5A6B A;  2ZX7 A;  2WKL A;  3AMD A;  4OIF A;  1XYF A;  1JYX A;  3MUI A;  4WJX A;  4Z2G A;  4AIU A;  5A2A A;  4AZC B;  2DIJ A;  3B9E A;  2VO5 A;  3IJ8 A;  2VX5 A;  2YL9 A;  3QHO A;  2WVV A;  4MAZ A;  4HZ8 A;  3A4X A;  3BSG A;  1VF8 A;  2W91 A;  1LJY A;  3VX0 A;  3ARP A;  3MUA A;  4AY1 A;  3WH9 A;  4F9D A;  1BF2 A;  2YDQ A;  2W92 A;  4ZEP A;  1E1F A;  5A95 A;  4QAW A;  3KWX A;  1UD4 A;  2WSK A;  1L0P A;  2WKG A;  5E0C A;  4M80 A;  1I75 A;  2BVY A;  4MB4 A;  1B3Z A;  5ABF A;  3VIL A;  1NOW A;  2VJX A;  3W29 A;  2QPU A;  1VEP A;  4JL1 A;  3N04 A;  2DPE A;  3NYD A;  1VRX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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