1FP8A

Structure of the amylomaltase from thermus thermophilus hb8 in space group p21212
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
publication title Structure and mechanism of the amylomaltase from Thermus thermophilus HB8
rcsb
molecule keywords 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE
total genus 180
structure length 500
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2000-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1fp8A00
3DHUA 2UY2A 1V3HA 5AYBA 2XFYA 1KCKA 4WF7A 3WELA 2GSJA 4E8DA 3VIOA 3PTQA 4WJXA 1PJ9A 5A1AA 1JZ2A 3MUIA 4RE2A 3VINA 3AMLA 3CBWA 1PEZA 1VBUA 4W8AA 5EB8A 3VDHA 5AC4A 1ZS2A 1JNDA 1HKMA 2V3FA 5FL1A 3W4RA 3SCWA 3LPFA 2Y8KA 3L4TA 1W3JA 3TTSA 1D3CA 4S3KA 3L4UA 2J47A 2Y5EA 1KBKA 3AZTA 3D5HA 3VIFA 5I3DA 1KXVA 4PMUA 1JAEA 4IPNB 2CESA 3T2QA 1HL9A 1GONA 4OZOA 1JIBA 4IISA 3VGBA 4W8BA 4UR9A 1JD9A 2V38A 4H41A 3MU7A 2C0HA 1G0CA 3MUZ1 3WENA 2O9RA 2WXDM 5A2BA 5IHRA 3WQWA 2WMHA 1GHRA 5BXPA 1BQCA 2W92A 3FXYA 3GBEA 3KZSA 4XV0A 1UQZA 1BSIA 3RM8A 1UA7A 2YL5A 2ZUUA 2GJXA 4OOUA 1J11A 1BHGA 2CPUA 3CUFA 2PWEA 2OWXA 3ALGA 3OZPA 5AYIA 3SEPA 1EO5A 3IAQA 1BG9A 3I3EA 1NWRA 2VCCA 1EO7A 4QP0A 3PZNA 5A69A 3UCQA 1J0IA 1EDQA 5EFFA 4QFUA 2DT0A 1VF8A 1W32A 4UQBA 4AW7A 3RO8A 1ISYA 4J3VA 1SMDA 2CETA 3N11A 4BQ4A 3A3HA 3RJYA 2YOCA 5A94A 9CGTA 1K9TA 1Q6DA 4C7GA 1E0XA 2IXUA 4LXFA 1HJVA 7TAAA 3ECQA 2FDMA 2J7DA 2DT1A 2ZXBA 4Z2HA 1GORA 5HXMA 1QOXA 3BAIA 5FOOA 4AIEA 2YL9A 1OIFA 2GUYA 1UH3A 4JAWA 3GDBA 4B9YA 2AOSA 1GOIA 1E5NA 1JXJA 1OBAA 3EDDA 1C8YA 4DUWA 2NT0A 3POHA 5ABEA 1HJWA 3BSGA 3W37A 4KRUA 1W2VA 4UFHA 2PI6A 1TR1A 4HZ7A 3PZIA 1V6WA 2BFGA 1B9ZA 1UZ4A 4R27A 4AZ6A 5IFTA 2GJPA 1AQMA 4Z2IA 4B3LA 1TA3A 4JIEA 3W53A 2DT3A 2Y8VA 1UR8A 4GI6A 2WVVB 4JZ5A 5CGTA 1U33A 2D22A 1BTCA 1BYAA 5A3HA 1BG4A 4CD4A 1EA9C 1NARA 4HOZA 4L4PA 2VCBA 3BH4A 1DWFM 1I1XA 3FN9A 3SCPA 1D7FA 3ZT6A 3TP4A 1GHSA 3ZJ6A 3GNPA 3WBAA 1CGWA 3SCQA 3EMQA 1E1EA 1HVQA 1XHGA 2G8ZA 3OLEA 3EDKA 3WL0A 1WNOA 4PBGA 4MNLA 2F8QA 3WEZA 2VQTA 4C7FA 2WWDA 3UG4A 3GNRA 3APGA 1UUQA 4P7LA 1ITCA 2O9TA 2QHAA 1GJWA 2OSXA 2XM1A 7CGTA 1BYCA 4JCLA 3AHTA 1H5VA 2NW0A 3VNZA 1VEOA 3WQ5A 1LL6A 3WH8A 4AZGA 1DWJM 4TTUA 3A6OA 3AXHA 1UA3A 2F61A 2D24A 2DDXA 2XJ7A 3L4YA 1VAHA 3MV11 4YN5A 2WAGA 4MJ2A 3DC0A 1G94A 5CSYA 4U3CA 5A2CA 2BY3A 4W7UA 3RILA 1JFHA 4Z2LA 1JZ8A 3VDBA 3WDQA 3NJ3A 3ARTA 2BV9A 2GK1A 5A6BA 2WKLA 3DYOA 1QBBA 4ZFMA 1S46A 3RJXA 1UKQA 4CKQA 1J10A 1HJXA 2G3MA 4H8VA 3WNLA 1EH9A 4CD8A 1LG2A 1VB9A 4UQAA 3EDFA 1J0HA 3DYPA 1B0IA 1B3ZA 3RDKA 3CIVA 1JYNA 3AIWA 2BY1A 3OZOA 3ZSSA 2B31A 1E9LA 1GOKA 2WMFA 3GXIA 1QBAA 3L4WA 3M46A 4P8VA 3PZTA 2GJRA 1WDQA 5A2AA 1HP4A 1GOOA 5GNXA 1Q6GA 2VQUA 2J25A 5DT5A 5ABFA 4J28A 1TG7A 4U3AA 4ACZA 1OB0A 2J74A 3N13A 1E6NA 3WMCA 3VGGA 3VIHA 3ZT5A 2G41A 3QGVA 5M17A 2QPUA 1MW3A 2WMIB 1J0KA 1ODUA 3OGVA 2J75A 3E1F1 3NYDA 4OBRA 1CXHA 3AHYA 2DT2A 3EMCA 3SURA 2QMKA 3U7VA 4UFMA 2J7HA 2WZIA 3NUKA 3WF1A 1H0GA 2JIEA 5IXEA 3FAWA 1GQJA 5I5RA 3WEOA 3VMOA 2YA2A 3OLIA 1H11A 1UKTA 3W0KA 1WZLA 3HMCA 1LQ0A 1ISZA 2PC8A 2VZUA 2RGMA 4GZIA 1QNSA 1V0MA 2PBOA 3BGAA 4A3HA 4KH2A 1E0VA 5C71A 2VRJA 3KEHA 4AMCA 1O6IA 1OD8A 3AIBA 4MB4A 2W4XA 5FD0A 1OT2A 3AZRA 2W67A 4HTYA 2FH6A 4F8XA 2E4TA 1ZJAA 4H04A 3ZR5A 4P7OA 1W9VA 3T0DA 5D4YA 3SIMA 1DWIM 1R85A 1GVIA 3EBVA 5GPRA 4PSRA 2G3NA 4PRWA 5A6JA 2CBJA 1E4MM 1P6WA 2XTKA 1WDPA 4OUEA 2O92A 4PTMA 1DWAM 4WK9A 4UQEA 2V3EA 3T2OA 1KR1A 2ZX8A 3W26A 1C3FA 3TOPA 3AYSA 1MW0A 5A6BD 1E6QM 5FL0A 3W38A 2BHYA 3AHXA 3AOFA 4U2ZA 4D1IA 1GCYA 1KB3A 1J0ZA 1XH1A 2Z1KA 2ZX6A 3TTOA 1R86A 5I6SA 3AMGA 4S3JA 1WP6A 2J7BA 1M01A 2XGBA 1ITXA 3F4VA 4PMRA 3VMNA 3MSGA 3BMVA 2VVSA 5JIPA 1UH4A 4X0NA 3WEMA 3MUY1 4J7RA 2CITA 3WFLA 4M8UA 3AHVA 1EOKA 5IDIA 1QVBA 3M07A 5A95A 3VTRA 1HP5A 1SYTA 1SFSA 2YLLA 4JKMA 4GI8A 3WD1A 3ARSA 5ECUA 3TA9A 2VURA 5DEZA 1JZ7A 3GYCA 4Z2JA 2D23A 4W84A 4GZJA 1Q6FA 1E40A 1QW9A 1N82A 1QW8A 1WZAA 4AZIA 3QHMA 1V3LA 3IJ7A 4UFLA 4D6DA 5FCZA 2WHJA 1CNVA 5DO8A 2Y4SA 3VD5A 3VDAA 3HN3A 3VNYA 1M04A 3W82A 4Q7NA 3FY1A 1G01A 1V08A 1QNOA 3PZVA 4AD5A 1DP0A 1HJQA 1VJZA 2YDSA 4NSBA 3VD7A 3ZJ8A 5CG0A 3TTYA 1E1FA 5KEZA 4M82A 3N9KA 3QHNA 4U2YA 3KE0A 2ZUVA 5A8OA 2E9BA 1UWRA 3BMWA 3U57A 3WNOA 1JI1A 4KWUA 4DM2A 2JEPA 2YA1A 3WKZA 4HU8A 1OD0A 4CN4A 4Y7EA 3T0AA 4TVCA 1SR0A 3W6MA 1PX4A 3N17A 4CU6A 1BYBA 2XVLA 4MB1A 1HIZA 4MADA 2X05A 3HU7A 1E73M 2GJXB 1XD0A 5A6KA 1JNEA 3VIPA 4LYQA 2PBGA 2BHUA 4CUCA 4UOQA 3WDHA 3GBDA 3B9DA 3L4VA 1UD5A 3NSNA 5DF0A 3ALFA 4MNMA 3N18A 4FLSA 1IT0A 1GNXA 2V3DA 4K68A 4DM1A 4Z2KA 1PPIA 1JGIA 4X0VA 1K9EA 1C93A 4W8LA 1VFFA 3WD0A 5BRPA 4W89A 1NWTA 3U5YA 3SCUA 1KGWA 3U7BA 4UQ9A 4H8HA 1NQ6A 4PMNA 1JD7A 4C7DA 1KWGA 4QAWA 1KGXA 5D8ZA 2VZSA 4ZENA 4PTWA 1GUVA 4JFUA 2WVSA 3AMKA 3WNMA 3PHAA 7A3HA 1FP9A 3VM5A 4TTGA 1CWYA 3PZQA 3OA5A 3NSMA 3W6LA 1XSIA 1ISWA 2CEQA 2FH8A 4JFWA 1LWJA 4MTVA 1OGSA 1E15A 1RD6A 3THDA 4ACYA 2ZUNA 1CBGA 4LYPA 2Y2WA 4PMOA 1CECA 3KL3A 2VNCA 5A8QA 1E3ZA 4RE3A 3EDEA 1IV8A 4J3XA 4D6CA 5EFDA 3T2PA 3ARYA 1JYVA 3UG5A 3WUGA 3L2LA 3KL0A 2D3NA 4W5ZA 2AMGA 1BVNP 1UR4A 3FNDA 1J18A 2WC3A 4TXEA 2J7CA 2XGIA 3ZSTA 3G6LA 3W27A 2ZIDA 4NRRA 1PAMA 4Z2GA 1E5JA 2J62A 2CBIA 2BVTA 4UZSA 4OKDA 4U31A 2XFFA 1PBGA 1C90A 4YHGA 2J78A 5E6YA 1QI4A 1F4AA 1VRXA 4MDOA 1DEDA 1BGGA 3G6MA 1KQZA 2VX4A 1X1NA 2WLZA 1CXFA 3UESA 1Y7VA 4XX6A 4L4OA 2G4FA 5TD4A 3WD4A 4AIOA 3NDZA 2J8GA 4PMYA 2WANA 4AWEA 2XUCA 1EOMA 1WZMA 2VR5A 1W3LA 3I3BA 3PZGA 5CLTA 4JL1A 4UQCA 3SUWA 1VBRA 5CSUA 3VIKA 2TAAA 1VFMA 2E9MA 3ZM8A 4UQDA 3L4XA 3CPUA 5E0FA 2CBUA 2EXOA 2ZXAA 3AISA 4BCEA 1GOWA 3VGFA 5I2UA 4QLJA 3OBAA 1HKKA 2PB1A 5E09A 1V0LA 1MQRA 1V3JA 1XC6A 2GK1B 2VCAA 5I79A 1E70M 1B2YA 1US2A 4BS0A 3CZJA 2WW5A 1E3XA 1E71M 1JI2A 4M81A 2BVYA 1J0JA 1JDDA 2ZUSA 4GINA 2X8RA 1PZ2A 4DWSC 3FHQA 5M03A 1R8LA 1CIUA 2WCGA 2VZVA 3GXMA 4XB3A 3OB8A 2CIPA 3BCDA 4AZCA 4NI3A 3CUIA 2BHZA 1LWHA 1XH2A 1WPCA 4ACZB 3CMGA 3POCA 4TUFA 3K4DA 4WLCA 3WNNA 2VTFA 5HPOA 3BAJA 4KMQA 4HOXA 3OG2A 2YBTA 1UOKA 2WWCA 3WUBA 4OIFA 1CGUA 4MPKA 4GPNA 3SCNA 2WCAA 3VD4A 1L8NA 6TAAA 5HNNA 4HA4A 3MMDA 3SCVA 4LPCA 4ZE4A 3AJ7A 2FGLA 2ZWZA 2E40A 3HJEA 1XYFA 1FFQA 3PN8A 2F2HA 5JIWA 2JIWA 3GZAA 5LYRA 2X2YA 3SCOA 5I23A 1JZ6A 3VOCA 5CPTA 2XYLA 3WH6A 1CYGA 1OINA 4HMEA 3WUFA 4LGXA 5LA1A 3ARUA 2DIEA 3CH9A 3J7HA 3CO4A 2XWDA 5E70A 1JZ3A 1W9PA 3WQ4A 4F66A 1X6LA 1ZBCA 3W25A 3FHAA 4WSKA 1LG1A 1A47A 3VIIA 2PF0A 4U5IA 1XYZA 1GQKA 5CGMA 4JFVA 2BY0A 1JDAA 4QLLA 3RIKA 1NOWA 4D1JA 2D0FA 4TVDA 1LF1A 1CDGA 1HN1A 2BVDA 2WK2A 2QMJA 2WCSA 1QNQA 4PMZA 4IPLA 1WO2A 4PTVA 1FHDA 3AS1A 4IM4A 1FOBA 4W86A 2D2OA 5CXPA 4MJ4A 2E3ZA 3ARVA 4OJYA 2J7EA 2YKKA 3WD2A 1OGBA 2VZTA 1MXDA 4F79A 6A3HA 1EDTA 2J4GA 2E9LA 3AS2A 4JKLA 4HOWA 3UERA 1XRVA 3CZEA 1WE5A 2ZUMA 4N42A 3ZJ7A 3DHPA 1K6AA 2X0YA 1ODZA 1UH2A 6CGTA 1BLIA 2XHYA 4BQ5A 5E0CA 1ZU8A 3OLGA 2QLYA 3PZ9A 1B90A 1RH9A 2AAAA 1EXPA 4DWSA 5D9NA 2DH3A 3K46A 1MYRA 2ZE0A 5A8MA 3CHEA 3AS0A 4JFSA 2VOTA 1H2JA 2EEXA 4UZUA 1JZ5A 3T0BA 4XUYA 3WH9A 1M7XA 1CLVA 3BC9A 2GFTA 1V6VA 4GXPA 1V6XA 2Z1SA 2OWWA 1VEMA 3A4AA 3AIRA 3VX1A 4B3KA 2CBVA 3MMWA 4EANA 1E43A 2JALA 1TVPA 1QHOA 3RCNA 2CYGA 3AZSA 1UD8A 2W5FA 3VMPA 1W1VA 1TFVA 1ECEA 3GTNA 1PX8A 1J9YA 2XVNA 1V02A 2DH2A 2BS9A 4TVUA 1I1WA 1EQPA 4P7RA 1MQPA 4W7WA 4AD4A 2CNCA 4TOQA 3VU2A 4ZE5A 2WBKA 5D9MA 5JBFA 4BQ2A 3BAXA 3IJ9A 1CGVA 1BF2A 2XM2A 3A4WA 2W61A 3IAPA 5CQ1A 1E0WA 1H4PA 3CZGA 5D8WA 1MW2A 4GQRA 4AD3A 1RP9A 2XIBA 4HZ6A 1ZBWA 1JYWA 2CXGA 4EE9A 1C8XA 4DUXA 1GOMA 2A3EA 1KXHA 2J7FA 1PZ3A 2WLYA 4AZ5A 5FKYA 4F9JA 2WVVA 3VKKA 4PMQA 1XSKA 4NRSA 2DGAA 1M03A 1ZBKA 1JF6A 2GVYA 2GDVA 1UR1A 3M6DA 1VFOA 1B31A 3MUAA 4FLRA 1UWSA 5GNZA 4ZXOA 2D0HA 4PYSA 5KZ6A 3VD9A 3WMBA 2XIIA 4QCEA 3QR3A 3WH7A 2PWHA 4DWSD 1KWKA 2HISA 2YL6A 4WKHA 3T09A 4MNJA 2W66A 5LA0A 2WSKA 1W9XA 4D6GA 3I3DA 1US3A 3LPOA 3VM7A 3PBGA 1KCLA 4FLQA 1TCMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DHU A;  2UY2 A;  1V3H A;  5AYB A;  2XFY A;  1KCK A;  4WF7 A;  3WEL A;  2GSJ A;  4E8D A;  3VIO A;  3PTQ A;  4WJX A;  1PJ9 A;  5A1A A;  1JZ2 A;  3MUI A;  4RE2 A;  3VIN A;  3AML A;  3CBW A;  1PEZ A;  1VBU A;  4W8A A;  5EB8 A;  3VDH A;  5AC4 A;  1ZS2 A;  1JND A;  1HKM A;  2V3F A;  5FL1 A;  3W4R A;  3SCW A;  3LPF A;  2Y8K A;  3L4T A;  1W3J A;  3TTS A;  1D3C A;  4S3K A;  3L4U A;  2J47 A;  2Y5E A;  1KBK A;  3AZT A;  3D5H A;  3VIF A;  5I3D A;  1KXV A;  4PMU A;  1JAE A;  4IPN B;  2CES A;  3T2Q A;  1HL9 A;  1GON A;  4OZO A;  1JIB A;  4IIS A;  3VGB A;  4W8B A;  4UR9 A;  1JD9 A;  2V38 A;  4H41 A;  3MU7 A;  2C0H A;  1G0C A;  3MUZ 1;  3WEN A;  2O9R A;  2WXD M;  5A2B A;  5IHR A;  3WQW A;  2WMH A;  1GHR A;  5BXP A;  1BQC A;  2W92 A;  3FXY A;  3GBE A;  3KZS A;  4XV0 A;  1UQZ A;  1BSI A;  3RM8 A;  1UA7 A;  2YL5 A;  2ZUU A;  2GJX A;  4OOU A;  1J11 A;  1BHG A;  2CPU A;  3CUF A;  2PWE A;  2OWX A;  3ALG A;  3OZP A;  5AYI A;  3SEP A;  1EO5 A;  3IAQ A;  1BG9 A;  3I3E A;  1NWR A;  2VCC A;  1EO7 A;  4QP0 A;  3PZN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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