1FP8A

Structure of the amylomaltase from thermus thermophilus hb8 in space group p21212
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure and mechanism of the amylomaltase from Thermus thermophilus HB8
rcsb
molecule keywords 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
total genus 180
structure length 500
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2000-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1fp8A00
4ZENA 1UD8A 2WHMA 3VU2A 2WB5A 4DUVA 3CGTA 1G01A 3NSNA 4LQ1A 2ZUWA 2YKKA 3WQVA 2WHJA 1ISZA 3TONA 1UD2A 2Y4SA 3THCA 3CTTA 1AVAA 2WK2A 5CSUA 1WPCA 1JF6A 2Y8VA 3CIVA 5CZKA 2PWHA 3WNPA 5BROA 2JE8A 2ZXDA 4HZ7A 3AMCA 3OZPA 4JL2A 2OWCA 4HOWA 4TVUA 1DHKA 3VIIA 4HP5A 1BHGA 1TVNA 5M03A 1J01A 4F9JA 3O6AA 3VDAA 5CGMA 1W9BM 2ZUVA 1DEDA 4AZCB 3WD0A 1JG9A 1ODUA 1E4MM 5ABFB 2GFTA 6CGTA 1P6WA 1PJ9A 1TR1A 1XSJA 3NIYA 2G3NA 1CYGA 4PTWA 5CXPA 1J0KA 4J3VA 3GXIA 1V0NA 2GK1A 4BQ5A 3NCOA 2VURA 3W6LA 2V5CA 1EH9A 4E8DA 2WWCA 1JXJA 5BXSA 3NDZA 3BSHA 4PN2A 2D0FA 2VZSA 4PMVA 4CKQA 4XZWA 4P7QA 2VTFA 1JXKA 2G3MA 3L2LA 4DWSC 1E6PA 1UA7A 2D20A 1BGAA 3BCDA 2X09A 3IJ9A 3OIHA 4HPGA 1CLXA 3OLIA 2QMJA 3F5KA 4QCFA 4QLKA 1M53A 1PEZA 4CN6A 1U30A 2VRKA 4Z2IA 1KXTA 3CZGA 3AIEA 2W91A 1L0PA 1HL9A 5D4YA 3F5JA 1GQKA 1ZBWA 1FP8A 3EDDA 3MUIA 3VGEA 1WB0A 4D1IA 3CZEA 2VVNA 5A95A 4DWSD 2AAAA 1WZLA 2J7GA 4N0RA 2WNWA 3FN9A 3BAJA 1OWQA 1KGUA 3SCVA 1CXKA 1J0JA 3T2QA 3SCQA 3WF3A 1CIUA 4L4PA 4PMRA 1MWOA 3N04A 1D2KA 2YDSA 1I75A 1HJWA 4YHEA 1OB0A 3W0KA 2J7BA 1W9VA 4M56A 4GZIA 1X1NA 4W5ZA 1J0IA 1WZMA 1E6QM 3BH4A 1OIFA 3K46A 1JZ7A 4QLJA 1GQJA 4U31A 2GJXB 4BF7A 5BYWA 2X8RA 3N11A 5F7UA 1GUVA 1H1NA 4WKAA 3AIWA 3RM9A 4HMEA 5E0CA 1JZ6A 5EMYA 4OBSA 2D0GA 1US3A 3K4DA 1V3JA 3KL0A 1IZJA 2Z1KA 3L4XA 3UCQA 2XM2A 2G3JA 1WKYA 2YJQA 4JFTA 3WNMA 1LLOA 4MNMA 5I78A 8A3HA 3WBEA 4D1JA 1KXHA 1PX4A 2EPNA 2GJRA 1EHNA 1UQYA 2BXYA 2W63A 5DFAA 2E8YA 2XVLA 2GSJA 2F8QA 1V6WA 1CPUA 2BHZA 1HT6A 4V27A 1YHTA 4DUWA 2F61A 1Z32X 1V6YA 4P8VA 4D6HA 2FHCA 1SMAA 3BMVA 2J75A 2J7EA 1J0YA 1UD3A 3U5UA 5CLWA 1TCMA 2VZTA 1J12A 5FL1A 2VRQA 1TUXA 4CVUA 1V3IA 2QPSA 2XM1A 2JEPA 2CNCA 4AD1A 5I0DA 1NH6A 3FAXA 1UR9A 3WFLA 4UCFA 3AHVA 1OM0A 5LYRA 3NSMA 2HISA 3NDYA 3CBWA 2YA0A 1WE5A 1QI4A 4GIAA 4NSBA 4U2ZA 1V03A 2VMFA 1EOKA 5BXTA 4CVWA 1PX8A 2ZUNA 4HA4A 4TX8A 1MQRA 1X6NA 4U2YA 1J18A 3OLGA 3BCFA 4AIEA 2CHOA 2PBOA 1LG1A 4W84A 2BVTA 2WLZA 2ZX6A 4MJ2A 4GO9A 3OB8A 2W66A 1DWIM 5E9AA 5GQBA 1B9ZA 1KXVA 1Q6FA 1TMQA 2DT3A 3W25A 5IDIA 3AMLA 1A3HA 1FH9A 2XFRA 2Z1SA 3AS2A 5ABHA 4J3WA 4ACZA 3ALGA 1XCXA 1X6LA 3WL1A 3CHFA 2X1IA 3RO8A 5LA0A 2D3LA 2XGBA 3VGHA 1EQCA 1XCWA 4S3KA 1JNDA 1PX3A 4KH2A 3MMDA 1H5VA 3ZOAA 4KGLA 1HX0A 2NT0A 3DHPA 1HN1A 5LA2A 2ZUSA 5CLTA 3SCTA 4GI8A 2WW5A 3AYRA 4F66A 2A3AA 1TZ7A 2CEQA 7CGTA 4UNIA 1U33A 1J0ZA 1GOQA 1WP6A 2WC4A 3LPFA 4MB4A 1H0GA 5HPCA 3WNKA 1GZJA 2Y5EA 4W8LA 3UG4A 4XZBA 4RE3A 1GJUA 1M7XA 2CESA 2WMHA 4OJYA 4W7VA 5E0FA 3AZSA 3WY1A 1RH9A 1VFMA 3ZR5A 1RD6A 3U57A 3EDFA 1EXPA 1RPKA 1ISXA 2DSKA 2ZIDA 4W7UA 3ZIZA 4X0NA 8CGTA 1DTUA 3WF0A 4DM2A 4CCEA 2BVDA 2J78A 3DYOA 2OWXA 3FHAA 1CWYA 1KCLA 3W24A 3VDBA 1V0MA 5AY7A 4B3LA 4EE9A 2XSAA 4AEEA 4CD6A 4BQ4A 5DEZA 3SCSA 3BSGA 2VJXA 1OGSA 4LPCA 1CXLA 2DSWA 3VOCA 2VCCA 2C0HA 1BPLB 3VINA 3NYDA 5A6MA 1LWJA 4BS0A 1CNVA 3U7BA 4OIFA 2WVTA 1EOMA 4TVCA 1IT0A 4F9DA 1AQMA 5DF0A 2WMIA 5A6SA 3CHCA 1KBKA 2YDQA 1B3XA 1VEPA 5EB8A 1Q6CA 3I3BA 4BCEA 1UH4A 3SUTA 4UZSA 3GZAA 4TOQA 2ZX5A 3VIFA 1R87A 1CXHA 3ZT7A 1NWTA 1V0LA 4EANA 4L4OA 4W87A 3SCPA 3FNDA 4QFUA 1W2PA 3QHNA 2EQDA 4PMUA 2JALA 1TA3A 1QHOA 3L4UA 2VR4A 5TD4A 1W9DM 3VIMA 4PMYA 1YQ2A 2J7CA 2BFGA 3SUSA 3IAQA 1B2YA 3MU7A 1JIBA 1FA2A 1OINA 3AHZA 5A2BA 3L4TA 1V3MA 2YLAA 7A3HA 4U5IA 3WDJA 4HU0A 4GO8A 5ABFA 2YA1A 3WQ8A 1H09A 1QBBA 2DSUA 2CBJA 4PUEA 4W85A 2BY1A 2EPLX 3PZTA 4JKLA 3WDRA 2F2HA 1QNSA 4PSPA 1TG7A 3AMGA 1GW1A 2ZXQA 3OGRA 5CPQA 1E5JA 1M03A 3NSXA 1DWHM 1OGGA 3WUBA 1JYVA 1B3WA 3N15A 5AYIA 2XWDA 3T0BA 1C93A 1MW1A 1TE1A 2J7FA 3APGA 2BHYA 4NI3A 4PMDA 1KGWA 3OLDA 2JIWA 3AMDA 4UFKA 4PYSA 1BYCA 1C92A 1EIBA 3N17A 4PMOA 1E70M 3WKZA 3GXFA 3SCOA 5I2UA 1QHZA 3WMSA 2X0YA 1UR4A 2J8FA 3GBEA 5HOSA 5D9PA 1ZBVA 6TAAA 1E6SM 4LGXA 1EGZA 5KEZA 4MB3A 1OGBA 5A6KA 3U7VA 4J27A 1ZJBA 4U5KA 1ITXA 2BY3A 3WEZA 2W5FA 1F4AA 1V6UA 5A8NA 4HZ6A 2XFYA 1GQIA 1WDQA 3EYPA 1JF5A 1OT2A 5DMYA 1WO2A 3WH5A 4C7GA 1HL8A 3W26A 3HN3A 4KRUA 4AIUA 1W1TA 2FH6A 3WNNA 1GPFA 2W61A 4MDPA 3A3HA 1LG2A 2WVVB 4H04A 1CGUA 1HJXA 2DQXA 1WDRA 3UG5A 1I1WA 3AFBA 4HOZA 5I23A 2J8GA 2EPOA 4FLSA 3ZT6A 5M5DA 2CBUA 2CERA 3KL5A 3VIGA 3CPUA 1V6XA 3QOKA 2VX7A 1HJUA 2GJXA 1BGGA 2A3CA 2D0HA 4D6IA 4MNJA 5M3WA 2G8ZA 2WVSA 3W38A 2D3NA 4ZXLA 3RILA 4MNKA 1B0IA 3L4VA 1OBAA 3RMEA 7TAAA 1WAWA 3BMWA 1KGXA 3UR8A 1MYRA 2BNJA 2HVMA 3I3EA 4U33A 5HPOA 1QI3A 1VJSA 4KWUA 3ZSSA 1JNEA 1B3YA 1OD8A 4UQCA 4H7VA 1EA9C 3WEMA 4A4AA 2GVYA 2EO7A 3S6TA 3FHQA 1FFRA 3S2CA 1EDTA 1E72M 3CMJA 3KL3A 1WZAA 3W27A 2NT1A 4TVDA 1ESWA 1E1FA 3AXHA 3VIHA 1BQCA 3UERA 4H8UA 1HKIA 3MANA 3QGVA 2G4FA 1DWGM 2JIEA 3ZT5A 1FOBA 2VNCA 5FCZA 1C3FA 4EK7A 3E1F1 4C7DA 3K1DA 4JFUA 3EDJA 1JFXA 2EPKX 3WNLA 1KFWA 4UR9A 3L2MA 2WLYA 4HA1A 3FW6A 3T2PA 2DIJA 1M04A 3T08A 1UD5A 1H41A 4D6DA 2W67A 1UA3A 4AZ7A 3NUKA 1OT1A 1E15A 3SUUA 3U5YA 2QMKA 3EBVA 3IK2A 4FF5A 4PTVA 1RP9A 4AMCA 1MW2A 5E6YA 3CHEA 1GNXA 4PCSA 5A6AA 2PI6A 3FXYA 4Y7EA 3AIRA 2J7HA 3WUFA 4D6EA 3AS3A 5I77A 4OUEA 5CSYA 2IXUA 1J9YA 3GNRA 1JZ3A 1VFFA 2J79A 5I24A 4U3CA 3VMNA 3BGAA 4GZEA 4CU7A 1C7SA 3GBDA 4UFJA 3RCNA 5HXMA 2J74A 1XD1A 1DWAM 4CD8A 3BAXA 1C91A 1HKMA 1UH2A 4ML4A 1ZBKA 2E9LA 3ZO9A 3T0AA 1H11A 2GJPA 1BYBA 4CCDA 3LMYA 1GJWA 1PAMA 1V6VA 1W1VA 1NWRA 4GI6A 3WD1A 1KR0A 1J0HA 3SCWA 2Y8KA 1UH3A 3AHTA 2YL8A 5A6LA 1OD0A 1QI5A 3N12A 5A6BD 5C70A 1AQ0A 2FHBA 1KWKA 4CN4A 1ZS2A 2VUYA 2VCBA 2W62A 3AI0A 1E0XA 2XSBA 2WZEA 1GORA 3WDQA 1PBGA 2A3HA 4JAWA 1PIFA 2AMGA 3POCA 4M81A 1HIZA 1W3HA 4QP0A 4AEFA 1QVBA 1HXJA 3NJ3A 1MVYA 1JI1A 4DWSA 1Y7VA 2VOTA 5E09A 1JYNA 3II1A 3PZQA 2E8ZA 2WANA 3KE0A 1KR1A 2XIIA 3WNOA 2WMJA 4B3KA 2D23A 4UFIA 3SCUA 4NRSA 1CXFA 2WXDM 3LPOA 5A6BA 5IHSA 1SFSA 3RPMA 1QW8A 3ARZA 3VILA 3ALFA 3N13A 1E3XA 4ZXOA 5D9MA 3CZ8A 3WDIA 5D8ZA 4ZEPA 5BRPA 4U3AA 2WHKA 1ZU8A 2CIPA 1VJZA 2FH8A 1V0KA 1CZ1A 3DYPA 4PMQA 3BAKA 4RE2A 5I6SA 3LPPA 2VX4A 3WIJA 2JF6A 5BRQA 1QNPA 1W3KA 3K8MA 3MV01 2YA2A 2ZWZA 3N18A 3ARXA 4JZ5A 2XTKA 1C90A 1XC6A 1LQ0A 1VBRA 1GVIA 1UKOA 3WEOA 1BFNA 1CENA 4R27A 5A94A 2VC9A 2ZE0A 2UY3A 2DH2A 2DPEA 2V3DA 4XUYA 1ZL1A 3VX0A 4RE4A 1CLVA 4P7NA 4AZ5A 4OBRA 2O9TA 1GHSA 1CGTA 1UR0A 4J3UA 4YN5A 3VGGA 4F79A 4GINA 4S3JA 2ZUUA 3CUJA 1XYZA 3VIJA 1UZ1A 3AIUA 5HNNA 1ITCA 3VD5A 1UZ4A 4HOXA 3AXXA 2WC3A 4W8BA 3UG3A 2DSVA 3ARTA 3AMKA 1GCYA 2WKGA 4AY1A 1XD0A 1NP2A 4AW7A 2WMGA 1HP4A 3RIKA 5AC4A 1IZKA 5I3DA 1HJSA 2WHLA 3WENA 5GNYA 1E73M 2YLLA 5FKYA 4A3HA 1E0WA 1E6ZA 4CU8A 4CU6A 2UWFA 4GXPA 3ARUA 4J28A 4UOJA 1JDDA 4W86A 1W3LA 4V28A 3TTQA 5AC5A 3AZTA 3ZSTA 4LX4A 4B9YA 2DIEA 1B3VA 1QPKA 4XX6A 2JFEX 4JCMA 1ZB5A 4P8UA 1UR2A 4AC1X 1DP0A 3WELA 1UD4A 2CKSA 2FHFA 4AZHA 1L8NA 1VB9A 9CGTA 3RDKA 5JIPA 1UKTA 3W4RA 4IUGA 1C7TA 3VMOA 2V3EA 1WCGA 4M29A 4CN1A 4M1RA 3EDKA 3AZRA 1XV8A 4QDMA 2XVGA 1B90A 3BLKA 3CHDA 5ECUA 4YHGA 2VO5A 1V08A 4M8UA 4AD2A 3LPGA 1W91A 3VDCA 4W5UA 3AIBA 3PN8A 1UR1A 1US2A 1KQZA 3EMZA 3EDEA 2XG9A 3WD2A 4GZJA 2DSZA 3G6MA 3VKKA 5DT5A 4URIA 3EMQA 3GM8A 3VGBA 1IV8A 4BA0A 3GDBA 4P8WA 2OSWA 3T09A 3RJYA 3JUGA 2D1ZA 4IM4A 2VX6A 1KQYA 2E3ZA 4W88A 3AOFA 3VD3A 4HTYA 2NSXA 3RJXA 4HA3A 1EHAA 4H41A 4Z2JA 4PEEA 2V5DA 3B8SA 2ZOXA 1UWTA 1FH8A 2E9BA 3CMGA 1PPIA 4LYQA 1JAEA 2CBVA 1LWHA 3WMCA 3G6LA 1VFOA 1OCQA 3PHAA 2MANA 2OYKA 3ZJ6A 5CG0A 1VEMA 3WDHA 1GOWA 3WH9A 1FHLA 4JFVA 5A8PA 2BXZA 2Y24A 5A2AA 2WMKA 1R7OA 4C7FA 1K9EA 2ESCA 1ISYA 3VGDA 1CGYA 2XFFA 1V02E 3WD4A 1JZ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZEN A;  1UD8 A;  2WHM A;  3VU2 A;  2WB5 A;  4DUV A;  3CGT A;  1G01 A;  3NSN A;  4LQ1 A;  2ZUW A;  2YKK A;  3WQV A;  2WHJ A;  1ISZ A;  3TON A;  1UD2 A;  2Y4S A;  3THC A;  3CTT A;  1AVA A;  2WK2 A;  5CSU A;  1WPC A;  1JF6 A;  2Y8V A;  3CIV A;  5CZK A;  2PWH A;  3WNP A;  5BRO A;  2JE8 A;  2ZXD A;  4HZ7 A;  3AMC A;  3OZP A;  4JL2 A;  2OWC A;  4HOW A;  4TVU A;  1DHK A;  3VII A;  4HP5 A;  1BHG A;  1TVN A;  5M03 A;  1J01 A;  4F9J A;  3O6A A;  3VDA A;  5CGM A;  1W9B M;  2ZUV A;  1DED A;  4AZC B;  3WD0 A;  1JG9 A;  1ODU A;  1E4M M;  5ABF B;  2GFT A;  6CGT A;  1P6W A;  1PJ9 A;  1TR1 A;  1XSJ A;  3NIY A;  2G3N A;  1CYG A;  4PTW A;  5CXP A;  1J0K A;  4J3V A;  3GXI A;  1V0N A;  2GK1 A;  4BQ5 A;  3NCO A;  2VUR A;  3W6L A;  2V5C A;  1EH9 A;  4E8D A;  2WWC A;  1JXJ A;  5BXS A;  3NDZ A;  3BSH A;  4PN2 A;  2D0F A;  2VZS A;  4PMV A;  4CKQ A;  4XZW A;  4P7Q A;  2VTF A;  1JXK A;  2G3M A;  3L2L A;  4DWS C;  1E6P A;  1UA7 A;  2D20 A;  1BGA A;  3BCD A;  2X09 A;  3IJ9 A;  3OIH A;  4HPG A;  1CLX A;  3OLI A;  2QMJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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