1FP9A

Structure of amylomaltase from thermus thermophilus hb8 in space group c2
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
publication title Structure of the amylomaltase from Thermus thermophilus HB8 in space group C2
rcsb
molecule keywords 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE
total genus 164
structure length 500
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2000-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1fp9A00
2ZUUA 1BVZA 2YA1A 4PTWA 4HP5A 3DYMA 3WBEA 2ZXDA 1E4IA 2WCAA 4R5EA 1MQQA 2YDSA 2Z1SA 2VJXA 2J7EA 5A6BA 5EFFA 2OSYA 2TAAA 2Y24A 3N1AA 2OWXA 3RJYA 3OG2A 3UETA 4J3TA 1D3CA 2DGAA 4OOZA 1QI2A 1UG6A 5BRQA 1UKQA 3WDPP 1V3KA 2WVUA 2ZXAA 1XV8A 1HL9A 3VU2A 3VM5A 4H7VA 3OGVA 1OGGA 1Q6DA 4AZ7A 4U5IA 3O2LA 4KH2A 4PRWA 1K9FA 4MB3A 1R87A 3GXDA 1R7AA 3CHEA 1W2PA 4MB1A 1C3FA 3GNOA 4TVDA 3W29A 3THCA 4N42A 3ZSSA 1UH4A 4OKDA 1WP6A 4TX6A 2V38A 2AAAA 1LG1A 1B0IA 2V3EA 4TVUA 1ISZA 1HKMA 3CMJA 3ARUA 5A1AA 1J0IA 2J77A 3VIPA 1WNOA 4M29A 1C92A 5JIWA 4HMDA 2BXYA 3BAWA 3IJ9A 1B90A 2YKKA 1GHRA 1K9DA 3A4XA 1UOKA 3B9AA 4JFUA 4WLCA 3RM4A 1CXEA 1JAEA 4PMXA 2E3ZA 1EOMA 2FGZA 4ATDA 2CETA 1M01A 1Q6FA 2OYMA 4W7VA 4AIUA 2WVTA 3ZJKA 5LA2A 3ZMRA 4DWSB 1E4NA 1ODZA 1M53A 3MUAA 4U5KA 3TTOA 2GK1A 4AZ6A 3MO4A 1F4AA 1E56A 3RM8A 2E4TA 1J01A 3F5LA 5BXRA 3CUFA 3SCOA 2E40A 1V6UA 3CUJA 5DFAA 2GFTA 1ZJAA 2CBJA 2Y8VA 1OCQA 3MUY1 4M82A 1B30A 5BROA 3WMCA 5IXEA 1DWHM 3WF3A 5I77A 4TXEA 3NSNA 2XIBA 1VEOA 3GTNA 4WJXA 3ARTA 4QLKA 1LL4A 3VIFA 2XIIA 3HMCA 1W2VA 4XX6A 3TTYA 3WD1A 4M56A 4AZCB 3BAXA 4PSPA 1OT2A 1BG9A 5GPRA 1X6LA 2WKLA 4UOJA 1FH9A 1XRVA 1TCMA 1XH2A 2X2YA 3KL3A 2WMFA 1PPIA 2WBGA 3BCFA 2X0YA 5DT5A 4UQEA 2G3MA 3WUBA 1VBUA 3CTTA 3QOMA 1DEDA 1WDPA 2CYGA 1KWKA 1V03A 1WO2A 4F8XA 5A8OA 1PZ2A 1KXQA 3CO4A 1UR9A 4U2YA 4NRRA 1WDSA 7CGTA 4GKLA 3EDFA 2WMIB 1MW0A 1ZB5A 3CIVA 4CVWA 5BXPA 4WIWA 1GQJA 1ZL1A 4MJ2A 2FH6A 2WMGA 4H2CA 3ZR6A 3NUKA 4Z2JA 4UQ9A 2J7CA 4W8BA 4MNMA 5CPSA 2PB1A 2G4FA 1GQLA 2BHYA 5CZKA 2YL9A 1E6SM 1JZ8A 2F8QA 4J7RA 1O6IA 3BAKA 2WW5A 1ODUA 2RGLA 1W9VA 3GNRA 4JZ5A 1J12A 2YL8A 1XH1A 4W7UA 3CUIA 3RPMA 1AMYA 2JF7A 1VFMA 7TAAA 5FL1A 4Z2GA 4Z2IA 5ABEA 4UFLA 2DSUA 5AC5A 2VOTA 4HA4A 4WKAA 1ZBWA 2VO5A 4LYQA 1L0PA 1QBBA 3SCRA 3AMGA 2BVDA 1BYCA 3ZJ6A 2CXGA 1V3MA 4GI8A 2VT0A 4J27A 3WUFA 3PZVA 2CITA 4D6HA 5I78A 4A3YA 3SCWA 3WMBA 3IK2A 1QHPA 4GI9A 5EB8A 1GUVA 2XYLA 1CYGA 2VRQA 4XB3A 1QNRA 2J7GA 3TONA 1HN1A 4X0VA 3W6LA 2QHAA 2VL4A 2ZUTA 3A4WA 4BQ5A 1QOXA 4BS0A 5JBFA 1E6ZA 1KWGA 1M03A 1ZU8A 5A69A 4DUWA 1CGYA 3WMSA 3SCPA 1H0GA 2V3GA 5GNZA 3W24A 4UQDA 2DSWA 2BHZA 1C8XA 4UNIA 3VKKA 5AC4A 1WB0A 1TZ7A 4D6IA 2J4GA 2JFEX 1HJSA 1NWUA 3PZGA 4HOZA 1C93A 1HNYA 5M03A 3EDEA 1NM9A 1BLIA 1BGAA 5C70A 1CZ1A 3AICA 1J9YA 1NQ6A 2A3CA 3HU7A 1GOMA 1UKSA 4NSBA 3LPFA 4BA0A 1V08A 2Y2WA 4B3KA 4YN5A 5A6BD 1V6YA 3VIGA 2FDMA 2ZUWA 2VCBA 1BYAA 1UWQA 2WB5A 1EDTA 1C8YA 1KXHA 5LYRA 3II1A 1CGVA 2E9LA 1ITCA 5JBEA 2ZUVA 2BY3A 2VVNA 4NI3A 4JFTA 1PX4A 3PBGA 3VIJA 2OSWA 3WNKA 1E5JA 5A94A 2GJXB 2EPLX 2V5CA 3E1F1 1UR2A 2YDRA 2V3DA 1UWIA 1JG9A 4NZCA 4MB4A 2UY5A 2VZUA 1TFVA 3OGSA 3AJ7A 2WVSA 1J0YA 5DO8A 2C7FA 5GNYA 1MW1A 4AZIA 1ISYA 4A4AA 5A6KA 2VX4A 2OWCA 4GQQA 3L2MA 3LPOA 3ZIZA 3PZOA 3WSUA 1UA3A 2CERA 4MADA 2WK2A 3PZIA 4CD8A 1EIBA 2WZHA 2ZX8A 4Z2LA 3L4UA 4CD6A 3WQ8A 4IUGA 1W9PA 3BAJA 1OBAA 2W92A 3A3HA 2WMHA 3VMPA 1H49A 4RE3A 3ZT7A 4WKFA 1UZ4A 4P7QA 3CMGA 1PAMA 4V2XA 4PTXA 1VFUA 1G01A 2DSZA 4LQ1A 4ZENA 4PTMA 2QPSA 2PWDA 3GH4A 4UCFA 1FH8A 3BMVA 4D71A 5M3WA 1KQZA 1V02A 1GORA 3FHAA 1XD0A 3AISA 1B2YA 2W5FA 4JAWA 3ZR5A 3SUTA 4AMCA 4W87A 3ZJ8A 1XHGA 4F9DA 5BWFA 5KZ6A 1GOIA 3KWXA 4P7OA 1NH6A 4JFSA 4OBSA 4RL3A 1GQIA 1LL6A 1OWQA 4PTVA 2WXDM 1WPCA 2X8RA 3WQWA 3MUIA 2EPOA 1HVQA 1B3VA 1BQCA 1WZAA 3AS1A 3T2QA 2QMJA 5D9MA 3ARZA 4HPGA 1CTNA 2WBKA 3N13A 3N11A 2O92A 4HTYA 3NCOA 3WEMA 4W93A 1E70M 4BCEA 4RE4A 1UYQA 1C8QA 2WWCA 1XYZA 2NT0A 1CXHA 2V5DA 4GO9A 3N17A 2MANA 5BRPA 3MV01 4WK9A 1PEZA 2VR4A 3UG3A 4J3UA 3WDQA 4GO8A 1Y7VA 2ZUSA 1EHNA 3LMYA 2DT3A 2DSKA 4FK9A 1JDCA 3CGTA 4P7RA 1U2YA 3WKZA 4PMRA 3T2PA 1G1YA 1R8LA 3AMLA 2VZVA 4OBRA 2J75A 1BG4A 3NIYA 5CXPA 8CGTA 4MTVA 1QBAA 2DT1A 1U33A 2ZX9A 1BYDA 2WYSA 3GBDA 3AIVA 5CJ5A 1JGIA 1MFUA 4M80A 5JBDA 1KFWA 4U3CA 2D0GA 1LF1A 4PCSA 1E43A 4P8WA 4AZ5A 1MVYA 3O6AA 2NSXA 1NWRA 3D5HA 2YIHA 2WVVA 5D8ZA 2W61A 1VIWA 3TOPA 1QNQA 2JIEA 4PMZA 1E6PA 2D2OA 5DT7A 1VJSA 2FHBA 3CHFA 4W7WA 1AQMA 3CBWA 4CGTA 2GUYA 2DPEA 4AISA 3UEQA 4QDMA 1VB9A 3OZOA 2J8GA 1E72M 2VMFA 3IJ7A 3WQVA 1E4MM 1GZJA 1XSKA 4UQCA 3WF1A 2YBTA 2VX5A 1B3XA 2VCCA 3RCNA 5HPOA 1E9LA 2J47A 4QCFA 1BGGA 3VNZA 3DYOA 3WQ5A 3UCQA 1BSIA 2DT0A 2J7HA 2BVTA 4HU0A 2OWWA 4BQ4A 1A47A 3M07A 3GH5A 4H41A 4DUXA 4Y7EA 1M7XA 3F5KA 1W9XA 3ZQ9A 1QW8A 4KGJA 3BGAA 2ZX7A 2XWDA 3TTQA 4JCLA 3WUEA 5C71A 2WNWA 2E9BA 3HJEA 1GOKA 3VM7A 2XPKA 3WD4A 3OB8A 5D4YA 1EDQA 1SMAA 1XC6A 1UR0A 5E09A 3G6LA 1JF6A 3OLIA 3L4VA 1BTCA 3LPPA 4AZHA 4ZE4A 3VGHA 1H4PA 3WH9A 2EPKX 3M7SA 1TUXA 2WLYA 1S46A 3SUVA 2J8FA 1O7AA 4TTUA 2ZE0A 3ARPA 5CQ1A 2RGMA 4PYSA 1JYWA 4W8LA 3AOFA 4QP0A 1E0VA 3S6TA 1JNDA 2FHFA 3MKKA 2GK1B 3QHNA 2XVNA 2J78A 2WWDA 3L2LA 4CUCA 3EBVA 3K1DA 4AD0A 3WD0A 3CZGA 3N12A 3ZT6A 4ACYA 2JIWA 3OLGA 4MNKA 2PC8A 3PZTA 3CHDA 1RP9A 4P7NA 3GZAA 4UZSA 1VRXA 1R85A 2WMJA 2FH8A 2DT2A 2ZX5A 4AW7A 5A6AA 3L4XA 1E0XA 3T2OA 4MNLA 4QFUA 1VEMA 4KGLA 3BSGA 1G9HA 1Q6GA 3I3EA 3AIQA 1H5VA 2OYLA 2PBGA 2YA2A 4JHOA 1XSJA 1VFFA 4D6FA 1TMQA 4AY1A 1GQKA 1UWSA 1ISVA 1HKJA 4ZXLA 1LWJA 3WQ4A 4Z2KA 3EMQA 3PZ9A 3CZJA 3QHOA 4F66A 1JIBA 1QI0A 3AMCA 2C8NA 2YJQA 1QI5A 4L4OA 1P6WA 1W9BM 3VD7A 2D0HA 3VIIA 2DQXA 5A6JA 2WMKA 5A8NA 4PBGA 1HJXA 1B3ZA 4U33A 1FFQA 2VCAA 1JYXA 5M5DA 4QLLA 1W1YA 1CXIA 3ZOAA 4GI6A 3WH8A 1C7SA 2XG9A 3VD5A 3VVGA 3K4DA 5KEZA 1JDAA 2WCGA 5A2CA 4A3HA 4F9JA 4QLJA 5HOSA 2AMGA 1QVBA 5E6YA 1TVPA 3BC9A 2J25A 1BHGA 1I1XA 4LYPA 5CSUA 3W37A 4ZXOA 1I75A 2PWFA 1FFRA 1X6NA 3OBAA 3POHA 2BNJA 2VR5A 2FHCA 1ZJBA 3VUPA 5CLWA 4HA3A 4CCDA 4UFMA 1E6NA 4PMUA 4E4PA 4CCEA 3J7HA 4N0RA 3ZM8A 3VGFA 2XFRA 3FHQA 4GINA 3PN8A 2VQUA 3CHCA 2VX7A 2WSKA 3IANA 3DYPA 1DWGM 4CD7A 3CUHA 1J10A 4UQBA 4W89A 4BF7A 4HA1A 4BQ3A 5JIPA 3EDJA 4H04A 4ATLA 3AS3A 3RDKA 1BYBA 2XSAA 3DECA 1UQYA 1HJVA 2D1ZA 1Q6EA 3SCUA 1GVYA 5IFTA 4J3WA 3BH4A 2G3JA 2CPUA 2WHJA 5I23A 4ATWA 4URIA 4UTFA 5C8BB 1JNEA 3AZRA 3WY1A 1HX0A 1W3HA 1UD2A 3CZ8A 4XV0A 2BFGA 1U30A 2VRJA 3WD3A 1W91A 3OGRA 5IFPA 3AHTA 1WZMA 4DUVA 2W63A 1DWIM 3D3AA 2CCRA 1KBBA 4C7DA 2CHOA 2YL6A 4D6GA 1TVNA 5IHSA 4P8VA 3WL1A 3WD2A 4OOUA 5E6ZA 4D72A 1K6AA 4HOWA 7A3HA 1RD6A 3AS2A 2VVSA 3AXIA 3WEZA 4JHZA 1JD7A 4QCEA 4GZEA 3VNYA 1J0ZA 3KZSA 1VAHA 3VIHA 3CH9A 1KGUA 1V3LA 4YHEA 4UFHA 3VMNA 1C7TA 1V3IA 2ESCA 5D9PA 1K9TA 3VDHA 2XUCA 2WPGA 1YQ2A 5CGTA 3WDIA 1E73M 3K8LA 1CXKA 1KR1A 1JZ3A 3G6MA 3DC0A 4HPHA 3TA9A 1EA9C 1HKIA 2CBVA 1ESWA 2VNCA 1IZJA 2VUYA 3VIOA 4OUEA 1UD6A 2W62A 2OSXA 2W4XA 3WUGA 1SFSA 3DHPA 4PUDA 1I1WA 1XCXA 4PMYA 3W4RA 3W81A 2Z1KA 4W88A 1E6XM 2GSJA 1E1EA 4J3SA 4KWUA 3UERA 1CLXA 1VJZA 1HIZA 1HKKA 1DP0A 2A3AA 3BAYA 3NSMA 4CN6A 4DM2A 3VD9A 3W82A 3GXIA 1WDRA 3GXMA 1CGWA 2DDXA 1KGWA 2X0HA 4WSJA 1JZ4A 4MAVA 3ZO9A 4HZ8A 3TP4A 1MW2A 4V27A 3L4WA 4W86A 1CECA 5FCZA 1UWUA 1VEPA 1GVIA 3AXXA 3SEPA 1CDGA 3CZLA 3QHMA 3SURA 4FF5A 1E15A 1MFVA 3U5UA 5A95A 3QGVA 5JUVA 2OYKA 3K46A 2NT1A 5DF0A 4X0NA 3RIKA 4M8UA 3CZKA 1HT6A 5IDIA 3VPLA 3W38A 2GDUA 1H2JA 3N04A 2WCSA 3VDBA 5AYIA 2XTKA 4S3JA 1TA3A 1JFHA 4V28A 3WDHA 3WFLA 1QNPA 4X9YA 1VF8A 3T0AA 2ZIDA 3FY1A 3UG4A 3PTQA 2YL5A 2UWFA 3CZEA 4AZBA 4UFKA 2HVMA 1ZBVA 4K68A 2ZX6A 1ECEA 4EE9A 1UR8A 2XHYA 1PJ9A 4HMCA 1UA7A 4IM4A 1H1NA 1E6RA 2F61A 5CSYA 3RJXA 2QLYA 4E8DA 1US3A 1ZS2A 4J3XA 5GQBA 1J0HA 1E3ZA 1MYRA 2WZEA 3AS0A 3VGGA 2ZICA 3PTKA 2EJ1A 1E1FA 1IZKA 2EBNA 4M81A 5D8WA 1V6WA 2J74A 3CLWA 5EMYA 1NP2A 2E8YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZUU A;  1BVZ A;  2YA1 A;  4PTW A;  4HP5 A;  3DYM A;  3WBE A;  2ZXD A;  1E4I A;  2WCA A;  4R5E A;  1MQQ A;  2YDS A;  2Z1S A;  2VJX A;  2J7E A;  5A6B A;  5EFF A;  2OSY A;  2TAA A;  2Y24 A;  3N1A A;  2OWX A;  3RJY A;  3OG2 A;  3UET A;  4J3T A;  1D3C A;  2DGA A;  4OOZ A;  1QI2 A;  1UG6 A;  5BRQ A;  1UKQ A;  3WDP P;  1V3K A;  2WVU A;  2ZXA A;  1XV8 A;  1HL9 A;  3VU2 A;  3VM5 A;  4H7V A;  3OGV A;  1OGG A;  1Q6D A;  4AZ7 A;  4U5I A;  3O2L A;  4KH2 A;  4PRW A;  1K9F A;  4MB3 A;  1R87 A;  3GXD A;  1R7A A;  3CHE A;  1W2P A;  4MB1 A;  1C3F A;  3GNO A;  4TVD A;  3W29 A;  3THC A;  4N42 A;  3ZSS A;  1UH4 A;  4OKD A;  1WP6 A;  4TX6 A;  2V38 A;  2AAA A;  1LG1 A;  1B0I A;  2V3E A;  4TVU A;  1ISZ A;  1HKM A;  3CMJ A;  3ARU A;  5A1A A;  1J0I A;  2J77 A;  3VIP A;  1WNO A;  4M29 A;  1C92 A;  5JIW A;  4HMD A;  2BXY A;  3BAW A;  3IJ9 A;  1B90 A;  2YKK A;  1GHR A;  1K9D A;  3A4X A;  1UOK A;  3B9A A;  4JFU A;  4WLC A;  3RM4 A;  1CXE A;  1JAE A;  4PMX A;  2E3Z A;  1EOM A;  2FGZ A;  4ATD A;  2CET A;  1M01 A;  1Q6F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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