1FP9A

Structure of amylomaltase from thermus thermophilus hb8 in space group c2
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the amylomaltase from Thermus thermophilus HB8 in space group C2
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords 4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE
total genus 164
structure length 500
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2000-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1fp9A00
1ESWA 3N18A 4UZUA 1RH9A 4LYRA 2WVUA 4R5EA 3I3EA 2CBJA 1E4IA 3F5JA 5D9OA 3DYPA 2CKRA 1JYXA 1BYCA 5I0DA 2ZXBA 1XH1A 2VCCA 1V0MA 2W63A 4EK7A 2VX6A 4DWSA 3AHTA 2ZUWA 2VMFA 1HIZA 4Z2LA 2WYSA 4U3AA 1UWTA 3ZSTA 4UQDA 3FXYA 1YQ2A 3MMDA 4JKKA 1CXIA 1C92A 1XC6A 4ML4A 4IPLA 4CD8A 1W1YA 3CZKA 3W53A 3QHOA 4XV0A 4PN2A 3AS3A 3WKZA 1NOFA 5AYIA 1UWQA 5ABEA 1FA2A 1BYBA 2XIIA 4P8XA 4NF7A 4EAMA 3N13A 3VDBA 3VDHA 2WB5A 3ARSA 2W92A 1HJUA 3VX0A 1H4PA 1CEOA 4GIAA 5KZ6A 1F4HA 1UQYA 4HU0A 1QI2A 1XYFA 4BS0A 5GNYA 2DT2A 4F66A 3GH4A 1AQ0A 2J7CA 1CLXA 4AMCA 1MW0A 4J28A 5A6BA 1UHVA 1OGGA 3VGFA 3WBAA 3ZT7A 1CGTA 4IM4A 3L4TA 1C93A 4GQRA 3WN6A 5GQBA 2TAAA 3CGTA 3SCVA 1B3WA 3ARXA 3VIKA 1E70M 4PUDA 3B8SA 3IJ9A 2E9MA 2FGLA 1XCWA 4OBSA 2B31A 1WPCA 1J0KA 4CCEA 1J0JA 2YL8A 2ZUNA 1TA3B 4MB1A 2VUYA 4LX4A 2G4FA 1EDQA 3DYMA 4HTYA 3DECA 3EMQA 1GQKA 2W62A 4HZ6A 2DSVA 4PTXA 3TTQA 1JFHA 5IXEA 2WHLA 3EDJA 3WF2A 2XSBA 4W8AA 5HDRA 4UZSA 4QCEA 4L4PA 4WSJA 3FHAA 1WB0A 2WVVA 1ITCA 2EEXA 5TD4A 3AJ7A 1JDCA 5LA2A 3WDQA 3SEPA 4HOZA 2Z1SA 4BZYA 4WLCA 1HKMA 1JNDA 1MQQA 2ZXDA 3A4WA 1BYAA 3SCOA 1UD4A 2WVSA 2V3FA 1LWJA 3T0AA 4Q7NA 4BQ2A 4H2CA 4ZE5A 2DDXA 2JIWA 4KGJA 3VGDA 1H2JA 1GQLA 3RM9A 1LJYA 4MAVA 4BF7A 1JGIA 3NIYA 1ODUA 4GO8A 5GNZA 5BRPA 3I3BA 1PX8A 1GOQA 4ZXLA 1GVYA 3M6DA 2J7BA 2XVLA 3MUY1 1HVXA 4CVUA 3WH8A 3WD0A 3WQVA 1B3ZA 3MU7A 1QI0A 5D9PA 1UH4A 1VF8A 1EIBA 1OD8A 1E40A 3HJEA 3WMCA 4DUVA 1B2YA 3TTYA 1UQZA 1UR8A 1UR4A 4UQAA 1Q6DA 5IDIA 2YDQA 3EDEA 4ATWA 1JZ8A 4C7GA 3DYOA 3VUPA 5BXPA 2CBIA 2A3EA 4BA0A 1AQHA 3VD4A 1JDAA 4XB3A 1J18A 5I79A 1H11A 2WKLA 3SUVA 3EYPA 1OWQA 2V5CA 2WCAA 1JIBA 2BHYA 1MVYA 4D6EA 3QHMA 1WZMA 5D9MA 2XJ7A 1JYVA 2E8ZA 4M81A 3WD1A 1UWSA 1E56A 2EPNA 2W91A 3AMLA 3NCOA 2ZUSA 5CSYA 3SCPA 2WMIA 1HKJA 3PTQA 2PI6A 4ZXOA 1B90A 2CPUA 2DT3A 7CGTA 3UG3A 3VD7A 2YL6A 2YA0A 3AMDA 3WBEA 1V6UA 1CENA 2CHOA 3PBGA 2A3CA 2OYLA 2YLAA 2QHAA 1BAGA 3PZNA 1C7SA 2O9RA 4UFHA 2VR4A 1AMYA 2UWFA 1UYQA 3AIVA 4XX6A 2GJXB 4HMDA 4D6JA 5I3DA 1WDPA 3WDJA 2A3HA 1JG9A 4JL1A 1KBBA 2J47A 1ZS2A 5A6BD 1W91A 5A2BA 1KB3A 1OB0A 2HVMA 2X0YA 3SURA 3SCNA 2D3LA 3GXDA 3L4YA 3AIBA 4AD5A 4AWEA 2JF6A 3BSGA 3QGVA 3O6AA 1V08A 4PMYA 3WNKA 3ARYA 3W28A 2E0PA 5A94A 4UFMA 2PBGA 3WH7A 3AXHA 4QDMA 1Q6EA 2NT0A 2UY4A 3AISA 1JI2A 4X0NA 2PWEA 1MFUA 4GKLA 1FFRA 1QI5A 4H04A 1MXDA 3LPGA 1G1YA 4U5IA 3WH5A 2DSWA 9CGTA 3ZT6A 1B0IA 3AZSA 4J7RA 4P7NA 1CXEA 4AEFA 3OZPA 4TTGA 3M46A 2WHJA 3W24A 4MB4A 3RDKA 3W29A 1O6IA 3OLGA 3WDHA 2WLZA 2GJPA 3SUWA 1EOMA 1LG1A 1CXLA 3AI0A 3VGEA 1ISWA 3WEMA 2CEQA 2JE8A 1TVNA 1JZ3A 1RP8A 1ZJBA 4HA4A 1GOMA 1QVBA 3AROA 4TVCA 3PN8A 1V0NA 2G3IA 2A3BA 2XWDA 3II1A 2X2YA 2QPSA 4YPJA 2WHMA 2WSPA 4MDOA 2XVKA 3CHCA 3A6OA 2GJRA 4QFUA 2GSJA 3W6LA 3BSHA 1WDSA 1GOKA 2JEPA 1H0GA 2DSUA 1US2A 4JKLA 2GFTA 1PZ2A 1XSJA 3L4WA 2BNJA 3AOFA 4HMCA 5CPSA 3SCWA 2CBVA 4JFSA 2VJXA 4BQ3A 4A3HA 3ZO9A 2FH6A 2JF7A 4D1JA 3AIWA 7A3HA 5IHSA 1EA9C 1H3GA 3K8KA 1CGVA 3WF4A 5A8NA 1SMDA 3WEOA 2FHFA 4CD4A 4CD5A 3AYSA 5M03A 2VZTA 4HA3A 4JFUA 3AQUA 1K6AA 1E6PA 3ALGA 2AMGA 3HMCA 4PMVA 4AD0A 3SCUA 4N42A 3K46A 3PZTA 4MNMA 2E9BA 1WZKA 3NUKA 3MMUA 1W1PA 3SCQA 3WQ8A 2DIJA 1WKYA 3ARTA 2J7GA 4W8LA 4HP5A 5BRQA 4FLQA 3PZVA 1JYNA 5A1AA 1ISXA 1G9HA 1JD7A 2XG9A 3VPLA 4E8CA 2V3DA 2XFRA 1CGXA 3CHFA 5JIPA 4KMQA 2ZX6A 3BCFA 1CGYA 1C8XA 5KEZA 4PCSA 4W93A 4UQ9A 3WDRA 3TTSA 3VIPA 4D6CA 4L4OA 3MUIA 3BGAA 1UD6A 4AZCA 3G6LA 4P7OA 2ZUVA 1Q4NX 2UY2A 4AYSA 4N0RA 2E3ZA 1JDDA 1JXKA 1E4MM 3EMCA 3VM7A 6TAAA 4UFLA 1Q6CA 3AHXA 3WQWA 4DM1A 1ZBKA 4K68A 1CLVA 1ISYA 1BF2A 3F4VA 4UQEA 3AHYA 2C7FA 4PRWA 1V02A 1EDGA 2VVNA 2WMKA 4IISA 3BH4A 1UKPA 3D5HA 1W9BM 2WWCA 3AIRA 3PZQA 1E6XM 4W88A 5ABFA 4XZWA 2WXDM 4CUCA 1M03A 2ZX5A 2VRQA 5HXMA 2D3NA 2GUYA 4LGXA 2WLYA 3AICA 1V3HA 1L0PA 4M56A 3W38A 3SCTA 5I24A 1E71M 2YA1A 1BSIA 2PB1A 1Q6FA 3CMJA 4JFWA 3K1DA 4HZ8A 2Y2WA 1BFNA 4PMZA 1JZ6A 1OT1A 3MV01 3OLDA 1WO2A 3CZEA 3MUZ1 5E9AA 1E5JA 3W4RA 2XFFA 1V3KA 1UKSA 1E4LA 1F4AA 4M80A 1BHGA 2XM2A 1PX4A 1KGXA 1CIUA 2YA2A 3L4VA 4LYPA 2W5FA 2VNCA 3N04A 2DPEA 4UOZA 1R86A 2X0HA 1H5VA 1KWGA 3AMCA 4C7DA 1E1FA 1OBAA 5FD0A 4TVDA 4OZOA 5CQ1A 3L4ZA 1E6QM 3OGVA 2VQTA 1VB9A 1DWAM 3WUEA 4PTWA 4V28A 4URIA 1AQMA 2YKKA 3SIMA 4P8WA 4H41A 4CCCA 3BAIA 5JBEA 2DIEA 4H8HA 4KH2A 2G8ZA 4QLJA 3WDPP 3GZAA 3ZR5A 1VFMA 1XSKA 2UY5A 3DHUA 2DT1A 3WL0A 4NRRA 3BAYA 2WM0A 1JZ7A 3CIVA 1V3MA 4DWSB 3MANA 5AYBA 1KXTA 2XTKA 5HPCA 5BXRA 2XUCA 5I2UA 1GJUA 4RL3A 2E4TA 4AIEA 2EO7A 5E0CA 1GHRA 1KFWA 1ZB5A 4AXNA 1QNPA 4UOQA 1UZ1A 2VRJA 3F5KA 4LQ1A 1S46A 1D7FA 1D2KA 4Z2HA 2WZHA 1SFSA 1WZLA 4ZEPA 3T2QA 4P7QA 2DGAA 4ATDA 1W9XA 2VX7A 3AYRA 1EHAA 3IJ8A 2MANA 3CPUA 2XPKA 2WANA 3E1F1 2V5DA 3A47A 5M5DA 4AEEA 5FOOA 1H1NA 2ZE0A 1LQ0A 1UR2A 1X6LA 1PIFA 1W3JA 3WUBA 2BVDA 1Y7VA 1PAMA 3AMKA 3AS1A 4U31A 4HOWA 3K4AA 2VRKA 1E3ZA 1UKTA 2YL5A 2EQDA 3L4XA 3A3HA 3WD3A 4Z2GA 2GDUA 3WFLA 5JBFA 2WAGA 3WD4A 2QPUA 3CMGA 3N9KA 3GBDA 2VR5A 1HJXA 4NRSA 1UG6A 5A6KA 3VGHA 1WP6A 1E6ZA 1JAKA 2ZX8A 4PSPA 3ARZA 1CXKA 2PWFA 1TCMA 1HVQA 2BS9A 5A8PA 3GNRA 1W32A 4QCFA 2VQUA 5EFDA 4Q22A 2WVVB 2E9LA 1FFQA 3AS2A 1E55A 2XHYA 4X0VA 1UR0A 3CZJA 2F61A 4J27A 2ZICA 2V3EA 1V3IA 5D8WA 2EPLX 3BMWA 3M7SA 4UTFA 3T2OA 3FAWA 4W84A 1H49A 1UA7A 2ZX9A 5AC5A 1EHNA 1N82A 1QNSA 4D1IA 1XGZA 1KWKA 5JUVA 4W7UA 4F9JA 2PF0A 2HISA 5BWFA 1VJZA 1KXQA 1FHLA 3U7BA 1GZJA 3VVGA 5DT5A 2CXGA 4P8VA 2BVTA 1WDRA 3KL5A 1E0WA 1HT6A 2D2OA 4AIOA 2JALA 3QR3A 2D20A 4M29A 3WENA 3VTRA 1MYRA 3ARVA 3THCA 4HPHA 3UCQA 3TONA 2FHCA 3GM8A 1V3JA 4J3TA 1G0CA 1QI3A 1KR1A 1QNQA 1H0IA 2CBUA 4CVWA 1QHZA 3S2CA 1CXFA 1PIGA 4GXPA 4NSBA 4S3JA 4TXEA 4LYQA 4OKDA 2D1ZA 2WMIB 1UR1A 1ZJAA 1NWSA 3BAKA 4R27A 2DSZA 3MV11 1WE5A 5ABGA 1H09A 5AY7A 4BQ5A 4CD7A 2F8QA 2YOCA 5GNXA 2EPKX 1NQ6A 1BGAA 2V38A 4H7VA 3SCRA 3RM4A 3VKKA 1MQRA 5AC4A 2NW0A 3GNPA 4MB5A 1M01A 3VIOA 2XVPA 1HJVA 1GORA 4HPGA 3VIGA 3GXIA 2VVSA 5BYWA 1W2VA 1VJSA 5I23A 1W9PA 2WVTA 4JCLA 4B15A 1NARA 2GK1A 1CBGA 4P8UA 2CERA 3GYCA 1VEOA 2EBNA 4TVUA 1TUXA 1BYDA 1Q6GA 3U7VA 2WBGA 2PC8A 1UD2A 3MS8A 1IZJA 1E0XA 3ARWA 3CHDA 1W9DM 5E6ZA 1EQCA 1VAHA 3WUGA 1V0KA 3L2MA 1J0ZA 4JFVA 3UG4A 2RGLA 2VURA 1CZ1A 2J8FA 3WQ5A 3FY1A 1ISVA 3GH5A 4YN5A 2EJ1A 1TFVA 1JL8A 1GPFA 3IJ7A 4RE2A 1PX3A 2QF8A 2X05A 5A8OA 2J7HA 3ALFA 2YDSA 5CLWA 3VMOA 1R8LA 1OGBA 1QBBA 1QW9A 4PTMA 2XGIA 1YHTA 3NYDA 5F7UA 2RGMA 4D6IA 3RCNA 1GQIA 3WNNA 1NH6A 1FH9A 3N11A 1FOBA 5FKYA 3OGRA 4UCFA 4CU8A 2D0HA 1MW3A 1W2PA 3WIJA 1JZ2A 2JEQA 8A3HA 2PBOA 1OSEA 1UZ4A 3VMPA 4JKMA 5A2AA 1QNOA 2XYLA 4XZBA 5I77A 2J62A 4MAZA 2DH2A 4UOJA 3RO8A 3B9EA 5FIPA 1UR9A 2EPMX 3NSNA 1KCLA 4AY1A 2QLYA 4PEEA 3AIEA 1UH3A 4A4AA 5A69A 1HNYA 1WZAA 3LPFA 1B30A 3EDDA 1A3HA 4PSRA 2O9TA 5HPOA 3PZ9A 1E6RA 2DQXA 4EANA 3BAXA 5EMYA 2VZUA 3T2PA 2J75A 3B9AA 1E6NA 3MUAA 5CZKA 4W89A 1XD0A 2WBKA 3ZJ7A 1IV8A 1UH2A 4CU6A 5CSUA 3CHEA 1E0VA 3HU7A 5IHRA 1U2YA 5C8BB 1VFFA 4A3YA 4TTUA 1J0YA 1E3XA 1GQJA 1DWJM 3W6MA 4PMNA 2VCBA 4EKJA 2J78A 3U57A 4ZENA 4Z2JA 1OIMA 4RE3A 3UESA 4F9DA 2G3NA 1H41A 5JIWA 1BLIA 3PZGA 4TUFA 3ZQ9A 4B9YA 1QI4A 3W81A 2VX4A 1JZ4A 1OINA 2J8GA 2WMHA 4J3SA 1WAWA 1WDQA 5FL1A 1SR0A 5I6SA 3RJYA 1OD0A 1QBAA 2XIBA 4AZCB 4CU7A 4NI3A 1P6WA 2WMFA 1JF6A 5C70A 5M3WA 4D6HA 5A6AA 4F8XA 2D0FA 3RIKA 3T08A 4JZ5A 4KRTA 3W37A 4UFJA 3LPPA 3THDA 5FL0A 1DWFM 1PBGA 3FW6A 1VEMA 3PTMA 3TP4A 3BXWA 5ABFB 4WJXA 4AISA 1LL6A 3WEZA 3VILA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ESW A;  3N18 A;  4UZU A;  1RH9 A;  4LYR A;  2WVU A;  4R5E A;  3I3E A;  2CBJ A;  1E4I A;  3F5J A;  5D9O A;  3DYP A;  2CKR A;  1JYX A;  1BYC A;  5I0D A;  2ZXB A;  1XH1 A;  2VCC A;  1V0M A;  2W63 A;  4EK7 A;  2VX6 A;  4DWS A;  3AHT A;  2ZUW A;  2VMF A;  1HIZ A;  4Z2L A;  2WYS A;  4U3A A;  1UWT A;  3ZST A;  4UQD A;  3FXY A;  1YQ2 A;  3MMD A;  4JKK A;  1CXI A;  1C92 A;  1XC6 A;  4ML4 A;  4IPL A;  4CD8 A;  1W1Y A;  3CZK A;  3W53 A;  3QHO A;  4XV0 A;  4PN2 A;  3AS3 A;  3WKZ A;  1NOF A;  5AYI A;  1UWQ A;  5ABE A;  1FA2 A;  1BYB A;  2XII A;  4P8X A;  4NF7 A;  4EAM A;  3N13 A;  3VDB A;  3VDH A;  2WB5 A;  3ARS A;  2W92 A;  1HJU A;  3VX0 A;  1H4P A;  1CEO A;  4GIA A;  5KZ6 A;  1F4H A;  1UQY A;  4HU0 A;  1QI2 A;  1XYF A;  4BS0 A;  5GNY A;  2DT2 A;  4F66 A;  3GH4 A;  1AQ0 A;  2J7C A;  1CLX A;  4AMC A;  1MW0 A;  4J28 A;  5A6B A;  1UHV A;  1OGG A;  3VGF A;  3WBA A;  3ZT7 A;  1CGT A;  4IM4 A;  3L4T A;  1C93 A;  4GQR A;  3WN6 A;  5GQB A;  2TAA A;  3CGT A;  3SCV A;  1B3W A;  3ARX A;  3VIK A;  1E70 M;  4PUD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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