1FP9 | Genus

Total Genus 164

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	164
sequence length	500
structure length	500
Chain Sequence	MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of the amylomaltase from Thermus thermophilus HB8 in space group C2 rcsb
molecule keywords	4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE
molecule tags	Transferase
source organism	Thermus thermophilus
total genus	164
structure length	500
sequence length	500
ec nomenclature	ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date	2000-08-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02446	Glyco_hydro_77	4-alpha-glucanotransferase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1fp9A00

2O9PA 2CHOA 1C8QA 2E8YA 4TXEA 1HP4A 1KQZA 4HOXA 1ZJBA 2CBUA 5CJ5A 2A3AA 2VMFA 3SCPA 4A3YA 1BG9A 2E8ZA 3WBAA 3VX1A 3BAYA 1HJUA 3TTOA 5AY7A 4HMDA 1V3IA 4QCEA 3WF3A 1TR1A 3L4WA 2W5FA 2W67A 3KWXA 5A1AA 4DM2A 1DWJM 1UOKA 4FLQA 3VMOA 3EDKA 1BLIA 3SCNA 1GOWA 3GTNA 1J0ZA 2IXVA 3PZOA 5BROA 5BRPA 4ZE4A 2VNCA 1UWSA 4W85A 3W6LA 2ZX5A 4M81A 4LGXA 2BXYA 4R27A 2FH6A 4TX8A 1MW3A 4DUVA 3WNKA 2WMKA 5D9PA 4XUYA 2CIPA 3ARWA 4J3TA 3IJ9A 4UQDA 2YL5A 2WVTA 1E1EA 5CPSA 1EXPA 4JHZA 2WVSA 2VX5A 1GHRA 2CHNA 2E9LA 4D6DA 1OIMA 1B3ZA 4P8VA 1XD1A 3T2OA 1M04A 1W2VA 3WQWA 3GZAA 4PN2A 6TAAA 3OGVA 4WKFA 1XYFA 3J7HA 2EEXA 1B3WA 2OSXA 5A6SA 2PC8A 3TOPA 9CGTA 1KBKA 1JXJA 1H49A 3WDJA 5M5DA 4V27A 2XVNA 3O2LA 3T08A 7A3HA 3WMCA 2WMFA 4NI3A 3QHNA 2DT0A 3I3EA 2NT0A 3VKKA 4ATLA 2PWHA 4IPNB 4HOWA 2VCCA 3AI0A 3ZR5A 4GKLA 4L4OA 2VZTA 3BMWA 1VBRA 1U2YA 2XIBA 3MSGA 4AIEA 1JYVA 5BWFA 1CGUA 3EDJA 3T09A 3ECQA 4UQBA 2TAAA 4L4PA 1Q6FA 2GK1B 5BRQA 3VIPA 3T2PA 4TVDA 2DGAA 1X6NA 3VDHA 2GK1A 1XSJA 3AXIA 1QI4A 1KFWA 3IJ7A 1QOXA 3PHAA 1HVQA 1V02A 4LX4A 2XFRA 1E73M 1RP8A 2WHKA 2UY4A 3N18A 1ZL1A 4B15A 1PX3A 1J11A 3M7SA 4AZCA 2B31A 1E6PA 1UKOA 3THDA 3WNNA 5A6BA 2OWWA 2C7FA 4YN5A 3MKKA 2IXUA 4OIFA 3EBVA 1GJUA 1CXEA 3DYOA 5HDRA 4NRRA 1VEMA 3NSXA 5LA0A 2ESCA 1CGXA 4GINA 2HVMA 4CD7A 3WUBA 3SCVA 4HPGA 1W1TA 1W1PA 2DIEA 1E72M 2XVGA 2EQDA 1LWHA 3K8LA 4U31A 2DSUA 2PWGA 3ARTA 5A94A 3BH4A 4JZ5A 1CGWA 4ZE5A 1MW2A 1YHTA 1IT0A 4OBSA 3TTYA 2DT2A 5GQBA 1G1YA 5M17A 2WHMA 2WMIB 3ARVA 2JALA 4P7RA 1UH2A 2ZUMA 5IHSA 3AIUA 4P7OA 1HL8A 1HX0A 2WMIA 2VRQA 2EBNA 2XPKA 3TA9A 1EQPA 1I75A 1UD6A 4FK9A 3ZSTA 1QW9A 1V02E 2W62A 1CXKA 2WNWA 1J12A 2ZOXA 4PEEA 2WC3A 1NP0A 4PYSA 1XCWA 3L4XA 3IAPA 2PWFA 2XM2A 1C7SA 1TE1A 2E9MA 2J7BA 5A6JA 4MADA 1YQ2A 1WKYA 1OGGA 2WK2A 4GI9A 4D6IA 1CENA 3SEPA 3WY1A 1EO7A 3BLKA 4ML4A 3BC9A 2CERA 1LL7A 5IFTA 5A8PA 2CNCA 5IHRA 4CU8A 4XX6A 5BXPA 2F2HA 1V0LA 3AIWA 3CBWA 1GQKA 1TCMA 2XG9A 4EE9A 1EHNA 1TFVA 2VZOA 4LPCA 1H0GA 4M29A 2GDUA 2JE8A 1CZ1A 3PZGA 2X1IA 1E15A 1OGSA 3U7VA 3VINA 1LL6A 1ZBVA 2GJXB 2J75A 2VX4A 1JZ7A 3T0DA 1RPKA 3BAWA 4CVUA 1UR4A 4XZWA 1DWHM 4HOZA 4NZCA 3IK2A 7CGTA 1UWUA 3AHTA 1KBBA 4IPLA 5HXMA 3WH6A 3L4UA 4HZ8A 1V3MA 4PMNA 3B9AA 4AD3A 3RJYA 1QI3A 3WEMA 4Z2IA 1V0KA 1WDPA 1JG9A 4FLSA 2BNJA 2BY3A 1I1WA 3A4WA 4QDMA 1HP5A 3S6TA 3VX0A 1A3HA 1DTUA 1FHDA 4UNIA 4HMEA 1L0PA 4JIEA 1RD6A 3BMVA 2ZUNA 5DMYA 5BXSA 4MAVA 2UY5A 4M82A 1K9FA 1UR0A 3GXMA 4DM1A 4RE4A 2PWEA 2ZX9A 4Z2LA 3GM8A 5FL1A 1D7FA 5BXRA 5FCZA 3L4VA 5I77A 4D72A 2VO5A 2BVDA 2DH2A 1AMYA 1HVXA 4W5ZA 3TTQA 3WQ5A 3WELA 2JFEX 1NOUA 3AS2A 1UA3A 4MB4A 5IFPA 1PIFA 2OWXA 2JIEA 4BCEA 4PTVA 2D2OA 1ZB5A 4AZHA 2XWEA 3VIKA 1UHVA 4GZIA 5EBAA 1W9XA 1B2YA 1AQMA 3RPMA 5BYWA 4TTUA 2J4GA 1HF6A 3M6DA 2J7GA 3ALFA 1NP2A 4W8AA 2OLHA 4WF7A 3U57A 4Z2KA 2X0HA 2O9RA 1JYWA 4Y7EA 2WCSA 2G8ZA 1UH3A 4E8DA 2VVSA 4W7WA 1DWAM 3WD3A 3MUZ1 3W4RA 3ZMRA 2BV9A 1WZKA 4M24A 2DDXA 1HKKA 2D24A 2QPUA 3CUGA 1MQQA 5A2BA 4FLRA 4WKHA 2FGZA 3AZSA 1MW1A 2X09A 4BQ5A 4D6GA 2WXDM 1OCQA 1OGBA 4WIWA 1BPLB 3WBEA 4BA0A 2OWCA 4M8UA 2CYGA 1V6YA 4EKJA 3OA5A 2BVTA 1E6RA 4LYQA 3WFZA 7TAAA 1X6LA 1JYXA 2MANA 5E0FA 4AZGA 4JFVA 2XSBA 2E3ZA 2QV4A 4PSPA 1E6QM 2CBVA 4J3XA 1J0YA 3BGAA 1MFUA 5HPOA 1SFSA 2QMKA 2FDMA 1QW8A 4TUFA 4N42A 1GJWA 2A3BA 3ZJ7A 4CCCA 2ZX6A 1FFRA 2XFFA 2OYLA 3NUKA 3ZT7A 2CKRA 4AY1A 1GQIA 2XJ7A 5FL0A 1GZJA 5IXEA 2QPSA 2WZIA 4TX6A 1ZJAA 1JZ6A 4PMRA 1SYTA 1UD4A 5FKYA 2BHYA 3G6MA 1HL9A 1DWFM 1OBAA 5JBEA 4C7DA 3NIYA 3UR8A 1NM9A 3GDBA 1MFVA 1VIWA 4UFHA 1GCYA 3CHFA 1GOMA 4QP0A 1XCXA 1ZBCA 2WAGA 3QOMA 2YL8A 5A8OA 1C8XA 4DWSD 1B0IA 5ABEA 4MDOA 3VD3A 3CTTA 3U5YA 3PZ9A 4AD1A 1H3GA 1JZ4A 2XVPA 1UKTA 3O6AA 4QFUA 3ZIZA 4IUGA 4AD0A 2CXGA 1PEZA 1EDGA 1CXFA 4P7LA 3VTRA 1SMDA 1W9VA 3ARPA 5I5RA 1V3KA 2WCAA 1WDSA 2XWDA 3AZTA 4D6EA 1H09A 2D0HA 1WPCA 4N0RA 3WENA 4HTYA 2W66A 3UG3A 1OB0A 1LLOA 3VDBA 2GDVA 1QNOA 5DT5A 3RM9A 1F4HA 1OT1A 1XV8A 4S3JA 3GXDA 5ECUA 3RMEA 1N82A 4PMOA 5CXPA 4ATDA 3BSGA 1JD9A 1BVZA 2G3NA 1EH9A 1KGUA 2Y2WA 5E70A 3SCOA 3AICA 3PTMA 2X05A 2BHUA 3T0BA 4HU0A 2GSJA 3POHA 3VDAA 4P8WA 1JNDA 3QHMA 3N11A 3VD5A 3MANA 1KR0A 5I24A 1E5NA 5GNZA 4GO9A 5JBFA 2VQTA 1B3VA 2D3LA 3VGHA 1JDCA 1WO2A 3UCQA 1K9DA 3KL5A 1BYCA 4JHOA 1KXVA 1GNXA 1NOWA 3POCA 1XC6A 3ZOAA 3CMJA 1MWOA 4AMCA 1J0IA 1E4IA 4U3CA 3FAXA 1TZ7A 1US2A 3N1AA 1UKQA 3AMKA 4QAWA 5DT7A 2A3HA 2UWFA 2WMJA 4CN1A 1UZ4A 1BSIA 1Z32X 2E4TA 5E6YA 3TP4A 2Z1SA 1UYQA 4XB3A 4Z2JA 5LYRA 4HA4A 3NSNA 3VNZA 3AS3A 3WH5A 3MMWA 1FHLA 1XHGA 1EQCA 1K9EA 2DT1A 4OJYA 3F5JA 2EO7A 2YDQA 1DHKA 1UD8A 3OZOA 1KCKA 3AQUA 3HU7A 2HISA 1UQZA 1UR8A 1SMAA 2D3NA 3BXWA 1BYBA 4OOZA 3L2LA 3VMNA 5HPCA 4D1IA 5IDIA 4PMVA 1JF6A 1CWYA 3SCSA 1IZKA 3EDEA 1KR1A 3FNDA 3WUGA 1CIUA 2J7DA 2XGIA 1RP9A 1E43A 4TVCA 1W3HA 1UQYA 4WK9A 3WUFA 3T2QA 4C7FA 2YA2A 4W86A 3BLPX 2WHLA 2VOTA 1J9YA 1QI2A 5A2CA 2D0FA 5EB8A 1W91A 3NYDA 3T0AA 3RILA 2WWCA 1WCGA 2FHBA 3I3DA 3SCUA 3GNPA 1XH2A 3SUTA 1U30A 2GFTA 4J3VA 3PBGA 4OOUA 3WQVA 1VJSA 1PIGA 4A4AA 5JIPA 2RGMA 1WZLA 4UTFA 2X8RA 1M53A 2C8NA 3K4AA 1PJ9A 4H8UA 2VC9A 2WLYA 5I6SA 1AQHA 1ISWA 3WF4A 5CGTA 2Q8XA 3SCQA 3CZJA 1VENA 1MQPA 2EPLX 4PTMA 4TTGA 4MNLA 3CHEA 4KGLA 3VIIA 3W25A 1C91A 1KWKA 1D3CA 4EAMA 3ZJKA 1LJYA 1G9HA 4QCFA 1E6SM 4KWUA 2YBUA 2WBKA 3SIMA 1VEOA 1GPFA 3GNRA 3ARXA 4KH2A 3W81A 2WLZA 1E4MM 3VD9A 2WPGA 5BXTA 2WVUA 4WLCA 4P7QA 3BAKA 3I3BA 1KWGA 4D6HA 2J25A 1HKMA 3RM8A 2PBOA 4JKKA 1VJZA 2VX6A 1HT6A 1VB9A 2XHYA 4GO8A 4ATWA 2GJRA 5GPRA 3EMZA 1JZ8A 3KE0A 2VCBA 1WZAA 2WHJA 3QOKA 4WSKA 2ZUTA 3VGEA 3ZM8A 2CCRA 3D3AA 4YHEA 3OBAA 2C0HA 2RGLA 1QNSA 3AOFA 3GNOA 3AIEA 1GOKA 2D1ZA 5CLWA 4W89A 3WSUA 1B3YA 3FHQA 1CBGA 5D4YA 3NDZA 2O9OA 3M07A 1PZ2A 1OSEA 3ARUA 3CUIA 4UQ9A 3D5HA 3UESA 1E55A 1BG4A 4UZUA 2E0PA 4PMQA 1E56A 3DHPA 3QHOA 4DUXA 1Q6EA 3SURA 4B9YA 3RO8A 3AS1A 3SUVA 3VIJA 1GW1A 3CZ8A 1CXHA 5ABHA 1ZBWA 2ZUVA 3OIHA 3VMPA 4PRWA 3VOCA 4K68A 5C8BB 2V3DA 3AMGA 1NWSA 4FLOA 2QHAA 2JF7A 2W63A 2J7FA 1EIBA 2ZE0A 4D1JA 3UEQA 1BHGA 3WH7A 3ZJ6A 4U5IA 5AC4A 5JBDA 1GUVA 4PBGA 4UFKA 4ZXOA 1OINA 3WDQA 4U5KA 4E2OA 1HNYA 1NOFA 3CZKA 2YOCA 4DWSB 1JZ2A 1MW0A 8CGTA 3AYRA 4J28A 4B3KA 3WD0A 1J0JA 2GJXA 1DP0A 3OLGA 3NJ3A 3LMYA 1V6VA 3AHVA 2G3JA 3JUGA 3WF0A 3NDYA 4ZFMA 1UWIA 1CDGA 1KXHA 3ZJ8A 3TONA 1EDQA 4AWEA 3GXIA 2VUYA 3RIKA 1L8NA 2EJ1A 2WSKA 3SCRA 1SR0A 2OYKA 3MMDA 3MUAA 2VZSA 3WMSA 2YA1A 5D8ZA 5E0CA 1IZJA 2WCGA 2ZUWA 1XH0A 1TVPA 1B1YA 1H1NA 1W1YA 1C93A 3WL0A 8A3HA 3CMGA 3AXHA 3IANA 4F66A 4DWSC 4S3KA 3N9KA 3EDFA 1WZMA 1E5JA 3II1A 3N15A 2F8QA 1JFHA 1AVAA 3WQ6A 1E9LA 4UQEA 1W3LA 4ZXLA 3VPLA 5A8MA 2CPUA 4GXPA 1B9ZA 1NH6A 2OSWA 3F4VA 3SUSA 3MV01 2G3MA 3VGBA 2XTKA 3A4XA 2J7CA 3U7BA 2BY0A 2DSVA 2XUCA 1E4LA 2WKGA 4F8XA 1HJSA 1OIFA 1H4PA 2E9BA 2VZVA 3VIGA 1BQCA 1ECEA 1HXJA 1JI2A 3OZPA 4HPHA 4X0VA 1CTNA 2X0YA 2BS9A 3WH8A 4PMXA 2JEPA 3AIRA 4NF7A 2VT0A 4WJXA 5A8NA 1FH8A 3PTKA 4AW7A 3CUFA 5I23A 4XZBA 5CSUA 1WP6A 5TD4A 3WQ8A 4HZ7A 1ISXA 1JZ5A 1B30A 3N04A 3VILA 2CKSA 4A3HA 5CGMA 2VQUA 3GBDA 3ZQ9A 3SUWA 3N12A 4CD8A 1G5AA 5FIPA 2XSAA 1JAKA 2VX7A 4MB5A 4HA1A 5CZKA 5CPQA 4P8UA 3ZO9A 5DF0A 2J62A 5D9NA 4H41A 3WD1A 2O9TA 4B9ZA 1C3FA 1XRVA 3UR7A 3G6LA 2WWDA 4H7VA 3LPPA 1AQ0A 3SCWA 2WC4A 2VZUA 1VAHA 3PTQA 2DQXA 1JFXA 1KB3A 4PMZA 3CPUA 5D9MA 1BTCA 4F79A 1DWGM 1P6WA 2XYLA 4PMYA 1JGIA 3CIVA 3M46A 4GQQA 1OD0A 5CG0A 2XVLA 4CD6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1V0N A;  2DSZ A;  2PWD A;  1JXK A;  5F7U A;  2DSW A;  1V6U A;  1GOO A;  4W8L A;  2BVY A;  1ITC A;  3F5L A;  3QGV A;  5A6M A;  2ZWY A;  2AMG A;  4PCS A;  2GJP A;  4JFS A;  4BQ4 A;  2YL9 A;  3BCF A;  1EDT A;  4HU8 A;  3AXX A;  4W5U A;  2PF0 A;  4X9Y A;  5FOO A;  1H11 A;  4JFW A;  3WMB A;  2Y24 A;  3L4T A;  4UQA A;  3WUE A;  4IM4 A;  1W9D M;  1J18 A;  4P8X A;  2Y4S A;  2ZUU A;  1C8Y A;  1WE5 A;  4KRT A;  3SCT A;  1E4N A;  1PX4 A;  2X2Y A;  5I78 A;  3F5K A;  1M01 A;  5JUV A;  3GBE A;  2UY2 A;  3B9D A;  3W37 A;  1QBB A;  3PZQ A;  4CD4 A;  1NQ6 A;  4MDP A;  3PZT A;  4AIS A;  1NWT A;  1LG2 A;  4W7U A;  2FHF A;  4QLJ A;  2DSK A;  1EOK A;  4M1R A;  4GI8 A;  3WF1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1FP9A

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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