1FP9 | Genus

Total Genus 164

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	164
sequence length	500
structure length	500
Chain Sequence	MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDDGMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__138541994767543__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__138541994767543__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1FP9/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__138541994767543__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"138541994767543","bgcolor":"white" }

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Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

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Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__138541994767543__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb2519bc9b496a72eed386/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb2519bc9b496a72eed386/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb2519bc9b496a72eed386/pdb.gz)

Time for openFile(/file/5cfb2519bc9b496a72eed386/pdb.gz): 10 ms

File Error:unrecognized file format for file

https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb2519bc9b496a72eed386/pdb.gz

Service Unavailable

loadScript /static/js/j2s/core/coretext.z.js

script ERROR: unrecognized file format for file

https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb2519bc9b496a72eed386/pdb.gz

Service Unavailable

----

load <<<<"/file/5cfb2519bc9b496a72eed386/pdb.gz"

Script completed

Jmol script terminated

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Thermus thermophilus
publication title	Structure of the amylomaltase from Thermus thermophilus HB8 in space group C2 rcsb
molecule keywords	4-ALPHA-GLUCANOTRANSFERASE
total genus	164
structure length	500
sequence length	500
ec nomenclature	ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date	2000-08-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02446	Glyco_hydro_77	4-alpha-glucanotransferase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1fp9A00

1WCGA 4HA3A 1SMAA 4KGLA 1JZ4A 3L4TA 1AQMA 3BC9A 4GQRA 4BQ4A 4E8CA 2CERA 5CPSA 1CNVA 2XG9A 2NW0A 1UH4A 2VX7A 3CZKA 1GOOA 1OGGA 4GQQA 1HVQA 1LLOA 3WD1A 3VOCA 3NDZA 1QOXA 1TA3B 1KXQA 3WNLA 2DDXA 3AHZA 4W88A 3OG2A 5I24A 3CHFA 1EO5A 1JZ3A 4J7RA 2G3IA 3WL0A 5D8ZA 2WCAA 1EOKA 3ZO9A 2WSKA 2FH6A 3VIOA 3CHDA 4H04A 5LA2A 1E0WA 3ZT6A 1KWGA 1QNQA 2CBIA 5I23A 3BSHA 3GH5A 2WHMA 4PMZA 1HP5A 2A3BA 1H0GA 2DSZA 4ML4A 3ARXA 2ZX6A 1W9DM 4R5EA 4F66A 3L4ZA 2WVVB 3CZJA 1IZJA 4JIEA 4WLCA 1PX8A 3WQ5A 2VURA 4B3LA 1VAHA 3M07A 3W6LA 2BY2A 4M1RA 3UG5A 1EH9A 3BMVA 3U5YA 4WKFA 3WNNA 2WCGA 2DH2A 2DIJA 3PZQA 3PZTA 2D0GA 1TFVA 2J7BA 5D9PA 2ZICA 1D7FA 1OIMA 4HA1A 4UZSA 3W28A 3N13A 1PZ3A 3RJXA 1ZU8A 1BQCA 3K4AA 1J0YA 1L0PA 3SCRA 2W61A 3A4WA 3OGVA 1V3IA 4JFVA 4CVUA 3WUGA 2F2HA 4D1IA 3AXIA 4PTXA 1GOMA 1BYBA 1WAWA 4PSPA 1NWSA 5HBFA 3T0AA 3JUGA 4GI8A 4WKHA 4NF7A 1RPKA 2FGLA 4D6CA 3EDEA 3DC0A 4A4AA 1PIGA 4EANA 1GUVA 3T2OA 5A2BA 3M7SA 4JFUA 3MSGA 1FH9A 5FL0A 2EPOA 4AEEA 4BZYA 3TTYA 3II1A 1WPCA 5A6MA 1UUQA 1UKQA 2ZUTA 4MAVA 3W38A 2YOCA 4AIOA 1TZ7A 1CGTA 2FH8A 5ECUA 1US2A 2ZWZA 5E9AA 3UR8A 1E6XM 2CPUA 2WLZA 1ODZA 3RPMA 1WZLA 1OT2A 1RP8A 4A3HA 5A6KA 3S6TA 5EB8A 2BHZA 2WVSA 3OLGA 4Q7NA 1H5VA 4D6HA 1BGAA 2QHAA 1HT6A 3WL1A 1XD1A 1VJZA 4URIA 4ZEPA 3N18A 4MDOA 4PUDA 1GOQA 1VFUA 1CZ1A 1UZ4A 1W1YA 3WELA 1QHPA 4TXEA 1CGVA 3AYSA 1FH7A 4M80A 3ZJ7A 2RGLA 1UD4A 1ZJAA 1GCYA 1RD6A 2BFGA 4RE4A 1JL8A 1VBRA 4X9YA 4W7WA 1TG7A 4NZCA 2DSVA 1DWHM 5DO8A 3MUY1 3UERA 3AXXA 1UWSA 1ECEA 3GXMA 1KQYA 4HA4A 3AICA 3WNPA 5BXPA 1KXHA 1HKMA 2XVPA 2UY5A 4HOXA 1LL4A 3MUIA 3WEZA 3AHTA 1I1WA 3W27A 1CGWA 1HP4A 4DWSB 1UR0A 2QMKA 3NDYA 3VNZA 2O92A 5ABFA 5DF0A 3ZSTA 3FHAA 3POHA 4H8VA 1BYDA 5FIPA 1HXJA 1UD6A 3ZJ6A 1CXFA 2DPEA 5HDRA 1XRVA 1K9TA 1E4MM 1E56A 4S3JA 2WSPA 2PWFA 4V28A 2OYLA 4BQ3A 2J77A 1E0XA 4TX8A 4H8HA 4D6DA 1BF2A 3AJ7A 3HMCA 1BYCA 3VTRA 4HOWA 4M82A 4AZGA 5HNNA 1B9ZA 4AZCA 4AYSA 2Y8VA 4AD3A 1HIZA 4F9JA 3AS2A 2YKKA 4M56A 1J12A 2JFEX 1EA9C 3RJYA 4CCCA 2GK1B 4U5KA 4NSBA 1RP9A 2Z1SA 3ARZA 3UESA 2BY1A 1BG4A 2DQXA 1CXKA 3WQ4A 1MYRA 1KCLA 2WXDM 3TTQA 3T2QA 3ARWA 3WF1A 4D1JA 1UWIA 1E6QM 1LL7A 4MB5A 5AC5A 1VEPA 1UKSA 5CQ1A 2PB1A 1EXPA 4FLRA 4KWUA 3BXWA 2EO7A 3A4XA 4BS0A 4PMQA 2WLYA 4MPKA 5CGTA 2UY4A 1GHRA 3AS3A 4AD4A 3WNOA 4IUGA 3BSGA 2X05A 1WDPA 1E6NA 4GZEA 1CEOA 4CD5A 1OT1A 3WSUA 2J78A 3RIKA 4J3VA 3W25A 1P6WA 2YL9A 1TA3A 4P8WA 1BHGA 2W63A 2D2OA 1JYNA 1XCWA 5CXPA 2CXGA 4KRTA 3A6OA 1QPKA 1VFOA 4BQ5A 4GI9A 2A3HA 3WDQA 1PJ9A 4CD4A 4UQ9A 4AZ7A 2E40A 2PF0A 1CLVA 2WC3A 4C7DA 1X6NA 1CECA 4EE9A 1ZBWA 3WF0A 2AMGA 2J7HA 3U7VA 2VR4A 2J7EA 4CN4A 1TVNA 4P8VA 3EDJA 3FNDA 3T0BA 1CXEA 2G41A 2Y24A 2Y2WA 2WVVA 1CBGA 3ARTA 3HN3A 1MQRA 1FFQA 1JZ6A 2V38A 2FHBA 5E6YA 1B90A 5CPTA 1BSIA 2PWGA 1Q6CA 1Q6DA 2VTFA 1C92A 3RMEA 2J7FA 2O9OA 3CHCA 1J0HA 1JFHA 1JYVA 1E40A 1QNRA 3GNRA 3K4DA 2XM1A 1W9BM 2XGBA 1N82A 1J0IA 1QBBA 1NWRA 4W86A 5EBAA 3KEHA 5CGMA 3IANA 1E4NA 1LWHA 3VO0A 1H49A 2XPKA 4CUCA 1VEOA 4ATDA 3AMDA 2WMFA 4AD5A 1HX0A 4UFLA 4L4PA 2OYKA 1GVYA 3QHNA 1QI3A 3LPGA 5IFPA 3VGEA 3CZ8A 2WVUA 5CG0A 3VGHA 3N12A 9CGTA 3BMWA 5FL1A 3CUJA 4AIEA 1S46A 4U31A 3FAXA 1W2PA 2X8RA 1SFSA 3WF2A 4CD7A 4F9DA 3VD9A 3BCDA 5M03A 1JNDA 4LX4A 2YBUA 1JI2A 2VO5A 4Z2HA 1XD0A 4PEEA 1BVZA 3K8LA 3G6MA 5C70A 2CBVA 4V27A 5LA1A 1GQKA 2WZHA 4HP5A 4QAWA 3MMUA 2UWFA 4UQBA 5FD0A 4YHEA 2WVTA 1A3HA 2V5CA 2J25A 4ZXOA 1UA3A 5DMYA 1HKKA 3L2MA 3PZVA 1GQIA 1GZJA 4XV0A 4TVDA 1CXIA 2DT1A 5GPRA 1JDAA 1LF1A 1J18A 4F79A 2BXYA 2V3DA 2VUYA 2WZEA 1DTUA 4CU8A 1MW2A 4ZFMA 4ZE5A 1B30A 2HVMA 2DT0A 3ZR5A 4AC1X 1MFUA 1G1YA 1ODUA 2CNCA 5HOSA 4J27A 5BXSA 1M04A 1XH0A 2BHYA 4LPCA 3VIIA 1QW8A 5JIWA 2J8GA 5A95A 2XSBA 1ISWA 1G01A 3A47A 4GKLA 5AYBA 3W0KA 1K9DA 3QHOA 2OSXA 3IAQA 4GINA 5A94A 1OIFA 4XX6A 4PMVA 3ALGA 3CLWA 3OIHA 1LL6A 4D6IA 2ZUWA 4P8UA 3VM5A 1O6IA 2YL8A 1WZKA 3OGSA 4UR9A 4OIFA 2TAAA 3ZIZA 2CESA 1YHTA 4HPGA 3WD4A 4AZCB 1R87A 5BXTA 1QNSA 3AHXA 1HKIA 1CGXA 4PMXA 3RDKA 5I3DA 2EJ1A 3B9DA 4HZ8A 4UFJA 1WDSA 2GVYA 4LGXA 2GFTA 4JHZA 1C3FA 2VZSA 3EDKA 4K68A 1XC6A 1KBBA 2XWEA 4QCFA 3QOMA 4PYSA 2OLHA 5A8PA 4R27A 1H09A 2BHUA 1E0VA 2J8FA 4DM2A 1A47A 3PTKA 5EMYA 3K1DA 1B31A 3VIHA 4UFHA 2ZXBA 1EO7A 3FXYA 1PX4A 3CH9A 5A6SA 4WSJA 1H3GA 2XFYA 4UOZA 1B3YA 1VIWA 4JKKA 4J28A 3W82A 3A3HA 3BAYA 1ZS2A 3KZSA 1E6ZA 3AQUA 3PZIA 2D23A 4W93A 3WQ8A 5I78A 1OD0A 2PI6A 2VZOA 2VRKA 1WB0A 1H0IA 1WZAA 3BGAA 1ZBCA 4GIAA 2VX6A 2GK1A 3RILA 4M81A 2VX4A 1W1PA 5D9OA 3VDCA 4W8LA 3GDBA 1HJVA 3PTMA 1SMDA 2X0YA 5E0CA 5FOOA 5D8WA 3SCVA 1QI0A 2XHYA 1JXKA 3M6DA 3VGFA 4B16A 1HKJA 1MW0A 1D3CA 2W5FA 2WB5A 4JZ5A 2BY3A 1HJSA 2EBNA 3CBWA 2ZOXA 3AIQA 1GOKA 5E0FA 3VMOA 4P7QA 3NCOA 1L8NA 1UWRA 1TR1A 4JKLA 2VCCA 1UWQA 1KCKA 3ZT7A 2PC8A 1FA2A 1UKOA 1E72M 3GM8A 3EMCA 2C0HA 2BXZA 1UA7A 2YDQA 2FDMA 3U57A 1UR4A 3CIVA 2QPUA 5CLWA 1JZ2A 2WHLA 2WWDA 1UR8A 3W6MA 3O6AA 4PCTA 4J3TA 3VX0A 2XGIA 1EDQA 1HF6A 3OGRA 3WN6A 2XVKA 4RL3A 3AS1A 3CHEA 2JE8A 1PZ2A 1TVPA 2W91A 1V3JA 2YA1A 1CXHA 1G9HA 4W87A 1KGWA 3GBEA 2QF8A 1JZ7A 5BWFA 1GJUA 2C7FA 4MAZA 4LQ1A 4W5ZA 5A1AA 1PX3A 3RM4A 3ZR6A 3SCUA 1V3MA 4MDPA 1CXLA 3GZAA 4HU0A 1OINA 4CKQA 4Z2LA 4W5UA 5I0DA 3WUEA 6TAAA 3VGDA 1I1XA 2OWXA 1EHAA 1U2YA 3UCQA 1W9VA 3GXFA 1MFVA 4BA0A 2WM0A 1V0MA 2RGMA 1JAKA 5CSYA 4CCDA 2XYLA 2DT3A 4W8AA 1CWYA 1JFXA 1UQYA 3SUWA 2WZIA 4H8UA 2WC4A 2DH3A 4GZJA 1EGZA 5A8MA 2J62A 3DECA 4C7GA 3BAXA 4UFMA 3PZ9A 1Q6EA 1V0KA 5BYWA 1E6RA 1B1YA 4BQ2A 2JIWA 1PAMA 3PZMA 1CGUA 1C93A 3VGGA 3NYDA 3WMCA 1JI1A 4PTMA 3I3DA 4NRRA 4M24A 2XTKA 2IXUA 5AC4A 4FMVA 2CBUA 2Z1KA 2YA2A 3SCNA 3WH8A 3PZGA 3ARPA 3AISA 1E71M 1RH9A 1MWOA 3B8SA 3N9KA 1YQ2A 3AIVA 3WFLA 2WNWA 1NP2A 2GDVA 1Q4NX 1IT0A 2DSKA 1QHZA 1WKYA 2YBTA 3T09A 5C8BB 2IUZA 1BG9A 3OBAA 3ZMRA 2XIBA 3AZTA 4JL1A 4D6EA 2BVDA 1WDQA 1ZJBA 1XGZA 3ARUA 3EDDA 1GONA 2D22A 3VILA 3KL3A 1O7AA 1QI4A 3AZRA 3TTSA 3WQWA 3WDPP 2X0HA 4UOQA 5E70A 4QFUA 1V0LA 4AZ6A 2E9BA 1V0NA 3WY1A 1NH6A 1UWUA 1W3KA 3CMGA 3ZQ9A 4BCEA 5CSUA 2V3EA 3AZSA 4EAMA 2EPLX 5CJ5A 4PMYA 2YL5A 2WANA 7TAAA 3PZUA 1IV8A 1UD2A 2FHFA 1UG6A 2YDRA 3IJ8A 5LYRA 1W32A 1V3HA 1W3HA 1W9UA 4YN5A 1MW1A 1JYXA 2PWHA 4WSKA 2WMJA 4U3AA 3OA5A 1V03A 4PTVA 1IZKA 1CPUA 1EQCA 3WUFA 3VD3A 4GO8A 4QLJA 4PMDA 2EPKX 1Z32X 3KWXA 3AS0A 1B3VA 1J0JA 4P7LA 2VC9A 1TMQA 1ISXA 2VRJA 3W37A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HA3 A;  2WKJ A;  2GVG A;  4QJ1 A;  5CC3 A;  3QH2 A;  4BQ4 A;  4E8C A;  3BC9 A;  4AXK A;  5CPS A;  2UBP C;  3TKF A;  4LVF A;  2VX7 A;  1P5B A;  2YZ5 A;  4CNU A;  1VYR A;  1LLO A;  3C0S A;  3DKJ A;  3WD1 A;  3H54 A;  2QUN A;  3DBN A;  4PEK A;  4JX5 A;  3AHZ A;  4LSB A;  3OG2 A;  3PJT A;  5I24 A;  1JPD X;  3GUG A;  3VND A;  1JZ3 A;  5TIM A;  4ZA0 A;  1ZRQ A;  4IIC A;  5JH2 A;  2VEM A;  4FNQ A;  1EOK A;  3ZO9 A;  3OQ8 A;  2DZU A;  3VIO A;  3ID7 A;  3R2G A;  4H04 A;  1V6T A;  3ZT6 A;  1XBX A;  1QNQ A;  2C1H A;  1S2C A;  3WLP A;  3B05 A;  2B7N A;  4DJE D;  2WHM A;  1H0G A;  2DSZ A;  4LBU A;  1W9D M;  3OTR A;  2WVV B;  4YVX A;  4JIE A;  4WLC A;  1L2Q A;  4D8L A;  3M07 A;  1QUM A;  3M5Y A;  3GTI A;  1A80 A;  4O1B A;  3UG5 A;  3E74 A;  1GVE A;  3P81 A;  4GQB A;  3F1Q A;  1QWG A;  3STE A;  2OT1 A;  4EPE C;  3B9N A;  5EBU A;  4LVB A;  3I6R A;  1OIM A;  4HA1 A;  3FVD A;  4Y9A A;  4KCT A;  1VYP X;  2V30 A;  3W28 A;  4KBX A;  1BQC A;  3K4A A;  3GIQ A;  3S1W A;  1L0P A;  1CW2 A;  3PUG A;  3A4W A;  3OGV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1WCG A;  4HA3 A;  1SMA A;  4KGL A;  1JZ4 A;  3L4T A;  1AQM A;  3BC9 A;  4GQR A;  4BQ4 A;  4E8C A;  2CER A;  5CPS A;  1CNV A;  2XG9 A;  2NW0 A;  1UH4 A;  2VX7 A;  3CZK A;  1GOO A;  1OGG A;  4GQQ A;  1HVQ A;  1LLO A;  3WD1 A;  3VOC A;  3NDZ A;  1QOX A;  1TA3 B;  1KXQ A;  3WNL A;  2DDX A;  3AHZ A;  4W88 A;  3OG2 A;  5I24 A;  3CHF A;  1EO5 A;  1JZ3 A;  4J7R A;  2G3I A;  3WL0 A;  5D8Z A;  2WCA A;  1EOK A;  3ZO9 A;  2WSK A;  2FH6 A;  3VIO A;  3CHD A;  4H04 A;  5LA2 A;  1E0W A;  3ZT6 A;  1KWG A;  1QNQ A;  2CBI A;  5I23 A;  3BSH A;  3GH5 A;  2WHM A;  4PMZ A;  1HP5 A;  2A3B A;  1H0G A;  2DSZ A;  4ML4 A;  3ARX A;  2ZX6 A;  1W9D M;  4R5E A;  4F66 A;  3L4Z A;  2WVV B;  3CZJ A;  1IZJ A;  4JIE A;  4WLC A;  1PX8 A;  3WQ5 A;  2VUR A;  4B3L A;  1VAH A;  3M07 A;  3W6L A;  2BY2 A;  4M1R A;  3UG5 A;  1EH9 A;  3BMV A;  3U5Y A;  4WKF A;  3WNN A;  2WCG A;  2DH2 A;  2DIJ A;  3PZQ A;  3PZT A;  2D0G A;  1TFV A;  2J7B A;  5D9P A;  2ZIC A;  1D7F A;  1OIM A;  4HA1 A;  4UZS A;  3W28 A;  3N13 A;  1PZ3 A;  3RJX A;  1ZU8 A; 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1FP9A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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