1FUY | Genus

Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	267
structure length	262
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__230294857505795__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__230294857505795__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1FUY/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__230294857505795__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"230294857505795","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1FUY/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__230294857505795__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb25ea4ab82a5d28882c91/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb25ea4ab82a5d28882c91/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb25ea4ab82a5d28882c91/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb25ea4ab82a5d28882c91/pdb.gz): 453 ms

reading 262 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

262 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:261});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhimurium
publication title	Structural basis for the impaired channeling and allosteric inter-subunit communication in the beta A169L/beta C170W mutant of tryptophan synthase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus	95
structure length	262
sequence length	267
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2000-09-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1fuyA00

2NWSA 3MYOA 1W56A 5F4WA 4ADSA 3GDMA 5I3KA 3PSWA 3QQ0A 1MEIA 2GOUA 2BXVA 1JUKA 1F74A 1QPNA 1Z42A 3B4UA 3FOKA 4AHOA 1FWWA 4NJJA 3LCWA 4UIOA 2QUUA 3IRDA 3W7CA 5EBUA 1AW5A 3GVGA 2B7QA 1G4PA 3STEA 3DFSA 2VOMA 3WJZA 1WX0A 3LHVA 4K8HA 5F2IA 4OHQA 3N2XA 1DJNA 4CNPA 1P0NA 3NQ7A 3EXTA 2VEMA 2QDHA 1XM3A 4LS1A 3VE9A 1V5XA 4R33A 1EP1A 4R53A 3A5FA 1VYRA 1X1ZA 4WD0A 1F73A 1B9BA 1JCLA 1VQTA 3NYZA 2ZCGA 3W7PA 1MZHA 4LT9A 4N2YA 1KBJA 4QSHA 5LZLA 1THFD 4NNBA 4GBUA 4TIMA 3TK7A 1AG1O 3B8DA 4JTFA 4Z1AA 3LHYA 2WNZA 4X2RA 4U28A 3Q2DA 5KSWA 3M6YA 4CNNA 1FUYA 2AGKA 2VEKA 3G0UA 3W7EA 1H63A 3IVSA 3CPRA 3NGJA 2NLIA 4MOZA 3W88A 1SUXA 4IPJA 3CU2A 2P10A 1TPFA 4ADUA 3U8GA 4O13A 2BTMA 5FEPA 1JUBA 1VHNA 2I9EA 3S1XA 5I3GA 4ZQPA 2ZA2A 4FIQA 3UZ5A 1H62A 3GKAA 1Q6QA 2QEZA 4OBTA 3C2RA 2JKPA 1N8FA 3TE9A 3KFTA 2RDWA 4HSNA 4O28A 1GJPA 2ZRUA 5D2VA 4NNCA 1CX9A 1I4NA 4AF0A 2WSRA 3UPWA 4UNLA 4MZ8A 2E6YA 3CEUA 1QFEA 3LM7A 2Y62A 4WOZA 3G1DA 4BWLA 1ZAJA 1Q6OA 2PRHA 2B7NA 4E2BA 1QCWA 2DZWA 1Q3NA 4UTKA 3A21A 4FB7A 2EGZA 3C2VA 5DCBA 1TTPA 5I3JA 3BW4A 3NXFA 3CM4A 1JCJA 1DJQA 5G1YA 2B7OA 2C15A 1H50A 3DH7A 3LGEA 4MY9A 3W1RA 3S6DA 1R2TA 3W1NA 4O18A 3MI6A 3MI2A 1W3IA 4AAJA 3EX3A 3R5EA 3SY5A 3BGJA 5EY5A 3V75A 2RHGA 1L6YA 1ZENA 1TB3A 1VYSX 4JTUA 4ML9A 4X22A 2FJKA 5AFDA 4B5NA 3EKZA 1J5TA 1TTIA 1LBMA 3W1MA 1YYAA 3OVRA 3TV8A 3P74A 3MHFA 3BW3A 3CIXA 3EXRA 4JYDA 1OFQA 2XN1A 5CZSA 3TCEA 3W3OA 3GKFA 4O57A 5TIMA 1TQXA 1LLWA 1EP2A 2O7QA 1D9EA 1R47A 5IBXA 3O8AA 3R8RA 1SPQA 1S3HA 2YPIA 3VNDA 1YXYA 2J27A 4JTTA 1VZWA 4LV9A 3IV3A 3LBMA 4JTLA 1KTCA 5CZJA 4LVFA 3W2JA 3BGGA 4IX0A 3T40A 4E38A 3MJYA 3FYOA 3YPIA 4UNKA 3TNOA 2A1YA 2WKJA 5DN1A 5K9DA 1KM3A 4N9DA 3UY7A 4RLIA 4AVFA 5BMXA 5BOOA 3IIVA 1F76A 1GEQA 1WBJA 3W2NA 3B04A 4O1CA 3P80A 3H55A 4CCEA 2GVGA 4MFDA 4RV8A 4UR7A 1B57A 4UC5A 1ZAIA 2JGYA 1WQ5A 3QM3A 3MWAA 1GYLA 3W2UA 4EIVA 3W1PA 3Q58A 4NXSA 4K38A 2QCLA 4X9SA 4IQLA 1ME9A 5LGZA 1S5VA 3SJ3A 2H6RA 4P2VA 2E68A 1WDWA 3T44A 2V9DA 3O06A 3EWWA 4NX0A 4PFMA 4LTSA 4Y6GA 1KFBA 3VFLA 4K36A 1GZGA 2CZ5A 4AH7A 1K03A 4AWSA 2DZXA 4UR8A 3BVJA 3I7RA 1WV2A 1KLYA 2FPTA 1IIHA 3TUUA 3QMTA 3QZEA 2CLIA 5EA9A 3W73A 3N14A 5K2ZA 2G95A 2ZZ3A 3HPZA 3WJWA 3QW4B 3EWXA 4XKYB 3L67A 4O4WA 4O17A 2V81A 2EAWA 3TQ0A 3C56A 3SGUA 2WNQA 3FKKA 1SW3A 3NM1A 1DL3A 1U5JA 2AAMA 1EWEA 4M6VA 2ZZ2A 2ABAA 4JTGA 1TV7A 1M6JA 2E6AA 2TYSA 5F4XA 1WOBA 3RMJA 3O6DA 3OA3A 1Y0EA 1C29A 4GNJA 2Y6ZA 4K7YA 3TU9A 3GAYA 4X3ZA 5D03A 1O60A 1MEHA 2NV2A 2ZBTA 3CTLA 2E5BA 3W83A 2NX1A 2A4AA 5I3HA 1EPXA 3E96A 2H3DA 4JY9A 4ZQOA 1L9WA 2QCDA 3TIMA 4K39A 2QCGA 1JJKA 1ICQA 3QSTA 3BLFA 4PC8A 4UTLA 3STCA 5AHIA 4LC8A 2JKEA 2H90A 3EX2A 1OG0A 1WOAA 1DQWA 4XQ6A 3LXCA 3PVFA 1F2JA 4RZ5A 3UQNA 3TSBA 2ATMA 1SFJA 1TTQA 4CLMA 1SQ7A 3LRMA 3U2OA 4POCA 4JTSA 1UUOA 3LHZA 1F7BA 4AWTA 5AYXA 3LLFA 3ZWSA 2RDTA 3W2MA 3PWAA 4N9EA 1OYBA 2FFCA 1FDJA 5C54A 3OEXA 5H2ZA 2QJHA 3PC0A 4NVTA 5LHFA 3M9YA 1YTDA 3MMTA 2ZFAA 1QAPA 1RPXA 4M6PA 3ATYA 3QJAA 4BR1A 1K8XA 1TJPA 4TO8A 5D05A 1PVNA 2Z6IA 5FEXA 3NZRA 5G1TA 4UTUA 2WNNA 5AHLA 1EWDA 1H7OA 1LORA 1R2SA 2V8ZA 1KM5A 4NZFA 3NEVA 3NQGA 4HNUA 3BK0A 1DBTA 4O14A 3CWNA 2Z0IA 1UCWA 4O54A 4GUHA 4O10A 2GVJA 3KVJA 3S5OA 2H8ZA 3PUDA 1Z44A 3N9RA 4OT7A 2RFGA 4EF9A 4XUGA 4CCCA 4JIPA 1LBFA 3W7HA 4O1DA 1Z48A 1EB3A 4EOUA 4FIRA 4IMEA 3STFA 2ATSA 5G2IA 1QOPA 2G97A 2B0MA 1MSSA 4ONVA 4GXMA 3PUEA 4CNOA 1K7XA 5KMYA 4EF8A 3KOFA 4HNNA 1QMLA 4NXKA 1OF6A 1F6PA 1LRNA 2BZNA 1JR1A 5CZ0A 1VS1A 4DQWA 1P0KA 3LDVA 1SU5A 4W9TA 1ZCOA 2XN0A 3FYPA 2R8WA 2YYUA 3TSMA 1W5PA 2CLMA 3HBLA 3TJLA 1LM1A 5DELA 3DHFA 4UTMA 4IXHA 5D04C 4MLJA 1H5YA 2VXNA 4LW7A 8TIMA 3B0PA 2RDUA 5HINA 4MPQA 4FNSA 1PS9A 3F1QA 1T8XA 1KTNA 5F2MA 1A53A 1PL9A 3NQFA 1KFKA 1BKSA 2GVLA 5CPOA 5TQLA 1F05A 1ONRA 3EKLA 2YCEA 1JCMP 1GVOA 3B03A 4O12A 1XL9A 3V1PA 1IXQA 4UFHA 2EHHA 1SZNA 3HG4A 3M44A 2EKCA 5K4XA 1SZEA 1WAUA 5DY2A 1P1XA 2YGYA 3O1NA 3E12A 2CLLA 3SZ8A 4QNEA 3UY8A 1XBXA 1E51A 4Y90A 4FXRA 1DV7A 1AL8A 4S1FA 3G1FA 3L5MA 3IGUA 1KBIA 4LVBA 1A5SA 3N3MA 4DO5A 1TQJA 4LS2A 2PCQA 2V82A 2DZVA 3PS7A 4BI7A 1IXNA 2A2IA 2RH9A 2C1HA 4RJEA 1WXJA 1DVJA 1HFBA 3JR2A 3LCFA 3QW3A 5HUOA 3C3NA 3P60A 2ALDA 3PBUA 3L0KA 2FQIA 5LNWA 4UMAA 3P82A 4DF0A 3LHTA 2D73A 3NZ1A 3C61A 3HGJA 1EEPA 1HG3A 4NT0A 2A6LA 3TSDA 4UFJA 3G24A 3RFAA 1KM4A 5FF3A 3W6YA 1JULA 2XFWA 1F6KA 3BV4A 4LVDA 4ZQRA 5G4EA 1I8JA 3CHVA 3EXSA 3NPXA 4TMBA 1RD5A 4MJMA 1PE1A 1K3UA 1D3GA 3C8FA 2C19A 4WOQA 5G4WA 1GVQA 2F7FA 1O5KA 4RZ6A 3ABOA 5J5DA 4YWIA 3TR2A 3I65A 3TH6A 4OV4A 3B05A 1ADOA 1W8SA 5MHBA 2CW6A 4K37A 3GXNA 4AEOA 1OF8A 3BG9A 1OX5A 3S42A 3CB8A 3INPA 3W7JA 1LLZA 1K8YA 5C5YA 1S5TA 1VCGA 2QAPA 3OG3A 3PSVA 4FX6M 4ORIA 3L5AA 1GOXA 5CZTA 4O4VA 3NL2A 3WFAA 1RQBA 3LLDA 2CWNA 5D09A 3PB0A 3RNDA 4ICNA 3HGOA 1ICPA 3ZWTA 3N9SA 3LRKA 3GR8A 1EA0A 5D33A 3NG3A 1BTMA 3O07A 2ISVA 3NVTA 5LNSA 2V2HA 2WQPA 4HT3A 3H54A 4IJBA 4TX9A 2WV8A 1AL7A 4IOTA 4JS3A 3DBPA 1FY6A 5J5RA 3WK0A 2CLFA 3M43A 3HPXA 4WY0F 4MJZA 1ZHAA 4LRSA 4Y8FA 4O8RA 3N19B 3NQ8A 1TPUA 2BWGA 2RKXA 4PTNA 4E2DA 4PA8A 5FF0A 3TFCA 1TJRA 3PAJA 4QQ3A 2GQ8A 3RU6A 1UBSA 3GXPA 2QDGA 1K02A 3I7QA 3G1YA 4DBDA 1GT8A 1UUMA 3PM6A 1T0OA 1TPH1 4O53A 3DKLA 3HB9A 1ICSA 7TIMA 3KVMA 2ISSA 4FNQA 1K7FA 2ZA1A 2ZQ0A 1FWRA 3M5YA 3HJZA 3I7SA 4OWGA 1PCWA 1RZMA 5AHEA 3M5ZA 2EF9A 2OCZA 3C2OA 3OHIA 3JRKA 3E9AA 1GPWA 1LDCA 3UWWA 4XKYA 3DI0A 4DPQA 3OBKA 2C0AA 3HGRA 3KRSA 1QOQA 3W86A 1KFLA 3OVPA 4GE8A 4ZL1A 4C1KA 4PEKA 3C52A 3HOJA 4FO4A 4TU1A 3GNNA 1L6WA 1RQHA 3ABQA 1G4EA 4UTJA 5G5IA 5KZMA 2FPYA 1HO1A 5AHFA 5T26A 5CPLA 3W7NA 5KZDA 2X1UA 5E0KA 3CT7A 3FIGA 3W7OA 3W7GA 4KFPA 1D3HA 4I9AA 1A5AA 1W54A 4WXZA 3F4WA 3P62A 4UTWC 2YFNA 4FXSA 1JQVA 2W79A 4Z1BA 1C8VA 1TTJA 5IM51 2LLEA 2CFFA 3QFEA 4UMBA 3WK1A 1HTIA 3VI2A 1AW1A 1H7WA 1T99A 4N4QA 2TPSA 2E1DA 3LRLA 3LTPA 4PL1A 3LHWA 1R2RA 3A9IA 3DAQA 1YDNA 1FCQA 1XBYA 5F2GA 1H61A 3QC3A 3W1TA 1G7VA 3NR0A 3M41A 1M5WA 3N2MA 2YW4A 3OIXA 3TFXA 1VJIA 5HQEA 1YPIA 2JKAA 5FI8A 3DFPA 4GUFA 1EP3A 4HPXA 1C9DA 3LCXA 2UV8G 4RR4A 4NJKA 4FX8A 1KFCA 3WJYA 3W71A 1FDZA 2DORA 2X16A 2ZZ1A 2Y61A 5G2HA 5D2WA 3GR7A 1TREA 3FKRA 3E0IA 1H7XA 3EWUA 3KAOA 4DEFA 1W5NA 2YW3A 1JCNA 1I45A 1UJPA 2Y70A 2GJLA 2CLEA 3G0SA 4FNTA 1XBZA 3HIJA 4O50A 1DORA 3GDTA 4H6KA 2TSYA 2ZRZA 4LVAA 3CQ0A 1GG1A 4FF7A 3TQVA 3Q94A 5F1VA 4MZYA 1RVGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3U57 A;  1BTC A;  1V08 A;  4HKP A;  1H51 A;  4IPP A;  2QCD B;  3QQ1 A;  3ABS A;  4IPL A;  1WZK A;  3MTW A;  2WMK A;  3S6O A;  4MNK A;  3PG8 A;  5FAC A;  4K1W A;  5LIK X;  4P8X A;  4PMV A;  1BLI A;  4GQR A;  4ZO6 A;  2Q8Z A;  4FX7 A;  4GFS A;  1QO2 A;  4C1N A;  1QHP A;  3LGG A;  1OSE A;  2CHR A;  4PMQ A;  2OZ0 A;  5K9X A;  5TBO A;  4DNM A;  4OQV A;  2QF8 A;  2PDL A;  1XHG A;  3WBX A;  4ZSU A;  2EEX A;  4ZB5 A;  4D8L A;  1FWD C;  3FCP A;  4DBW A;  2CC0 A;  5HAT A;  1AH0 A;  3KVL A;  4WSK A;  1VC4 A;  2FVM A;  5AOU A;  1TPE A;  3WQ8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1FUYA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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