1FWNA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
263
structure length
256
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Substrate and metal complexes of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Aquifex aeolicus at 1.9-A resolution. Implications for the condensation mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 84
structure length 256
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2000-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fwnA00
3W72A 1S5VA 2HTMA 4NQ1A 3NOEA 5AB3A 4JTIA 4HNTA 2YR1A 2GPTA 3PULA 4MFDA 2ZRYA 3RLVA 2OMAA 3IV3A 3SSJA 2DZPA 1TTPA 1H7PA 1GTHA 4O1BA 1YXCA 4RR4A 1F2JA 3NQVA 1OYBA 3NR0A 2ZRZA 3FFSA 2NUYA 2F84A 4R33A 3DI1A 3W7CA 1HFBA 4LS1A 1TJPA 5LKYA 1FX6A 3RF9A 2QCHA 1OF6A 3W7QA 2ZZ6A 1MEWA 5LSMA 5LGXA 3I6RA 4Y8FA 1JCJA 3LCWA 1BWKA 3BK0A 1LRTA 4MOZA 1OFBA 2JKAA 5D32A 1KLZA 3GKAA 1U5JA 2NUXA 1LDCA 3KVKA 5G1TA 4AXKA 3PY2A 2FPVA 2ZRXA 3P8JA 1YADA 2PCQA 2DJXA 2E6DA 3FKKA 3W7HA 4JD4A 1TSIA 2A7RA 3PBYA 3G8RA 3OVPA 1H61A 3VNDA 5KZMA 3WK0A 1OFRA 1MEIA 3NAVA 4N4QA 1WXJA 1JVNA 1NVMA 3DXIA 4ADUA 3W22A 3N3MA 3NQAA 1H7NA 3W7EA 1H51A 4CCDA 5K9XA 4Y96A 5K3VA 5CZJA 1EPXA 5DY3A 1XBZA 4K8HA 1R2SA 3GZ3A 5IBXA 5AYYA 1AK5A 1W8SA 1OF8A 6ALDA 2O7SA 1THFD 1W54A 3W2KA 3S8HA 5HR7A 3LHUA 5HINA 3TCEA 3PBUA 1UBSA 1JULA 1W31A 3G22A 3C56A 4I7UA 1GYLA 3G1VA 2WSYA 4WY0A 4BWLC 4ADSA 4JX4A 5D2VA 4QJ1A 2W0UA 2NLIA 2YFNA 1TPFA 2VFIA 2WPBA 2VFFA 4NJGA 3LLDA 3TA6A 3EWWA 1FCUA 2A85A 4WY0F 5CG7A 2JKPA 1UB3A 4ZQMA 5LNWA 5CSSA 4E2DA 3HGRA 1VHCA 5DY2A 4QAIA 3KAOA 1YXYA 3EKLA 2ZA1A 3FOKA 2PRHA 2HS6A 4LY8A 3QH2A 4FX6M 4UFMA 3UZ5A 2B7QA 3Q2DA 1RZMA 3SGZA 1SW7A 4OV9A 1AL8A 3QEZA 1QO2A 2NV2A 3E9AA 4HSOA 3LERA 1N8FA 3G3DA 1XUUA 4N6EA 3T55A 2J9ZA 1LRNA 3T7VA 4Q4KA 3NPXA 2B7OA 4HSNA 3CIWA 1KM0A 4MZYA 1FUYA 4N4PA 2WJZA 1TV7A 2VOMA 2GUUA 3T4CA 3KRZA 4BI6A 4WD0A 3IGSA 4P2VA 2UV8G 4LUIA 3M5XA 4ONVA 1EB3A 2ZQ0A 3CHVA 1TB3A 3S1UA 1JCMP 3DFQA 5FF0A 4K7VA 2E5CA 4LRTA 4A21A 2EF9A 4UMCA 4RX0A 3G1XA 3WJZA 4MFEA 3GR7A 4UTTC 1RR2A 5AC7A 3DKJA 5AYZA 2H3DA 1ZAJA 4JTHA 3DHDA 3W7OA 4M7TA 1Z44A 2E09A 3TV8A 2JGYA 1XUZA 3MI2A 3QW3A 5E0KA 1EEPA 1EP2A 3FA5A 1ME7A 4IOTA 4O1CA 1M7PA 4H6KA 4GXMA 4MYXA 1D3GA 1GQNA 2V2CA 3P82A 5AHNA 4MKNA 3DKLA 4O8RA 1M6JA 2YYUA 3VI2A 4AAJA 1IGSA 2WSRA 1S3HA 3IRDA 2WNZA 3P84A 4O1AA 4NZJA 4M19A 3DFTA 3DZ1A 2GOUA 2J9YA 4NJHA 1K03A 2AGKA 1AL7A 4GUGA 5D33A 3KXQA 3FLUA 3TC6A 4RXGA 3CPRA 4O16A 1BEUA 3EWYA 1DQXA 5G4EA 4QIUA 1ZAIA 3A5FA 5G2HA 5F2GA 3LCFA 5BMWA 2OX1A 4H4IA 1DBTA 2ZRVA 4CCCA 3HIJA 3I7SA 3NQDA 3LCHA 1P0NA 3O6YX 5KZDA 4AWSA 4IXHA 3GDLA 3PSVA 1G4SA 4JDYA 2ZBTA 1UUMA 3HGSA 4JTLA 4AHOA 3PBWA 4LTSA 3QSRA 1GVSA 5HWJA 1EX5A 3NNTA 3NM1A 4KWVA 1CI1A 4LVBA 4PH6A 4JX5A 4MJMA 1XL9A 2BXVA 3SR7A 4UIOA 1LROA 4FEZA 3P61A 3ABQA 4FXRA 2PE4A 2R14A 3STEA 3UXDA 3GKFA 4O10A 3VKJA 3TROA 3W75A 1KV5A 1SO3A 3NL3A 2GQ8A 1LLZA 1F7BA 3GK0A 3GB6A 3FIGA 4DBEA 3S5OA 3C0JA 3PSWA 3NQFA 3EX4A 3PUDA 2J9XA 4O50A 5IBXC 5CKSA 3CQ0A 3TQKA 4K37A 3ZWTA 1PS9A 1KBIA 1TJRA 3TXVA 2CFFA 3FYOA 4N02A 1I2RA 5AOUA 3QPZA 2Z0IA 1JCXA 5FF3A 2TMDA 5LNRA 1M7OA 1SR9A 1R2RA 4XBSA 3TNOA 3G1YA 3TKFA 3TK7A 1ML1A 1G69A 3QZEA 2ABAA 1RPXA 4AHQA 4DQWA 2TSYA 4CNOA 2YZRA 4Z08A 3O6CA 4K38A 4HNVA 1KFKA 2Y62A 3TUUA 4NNAA 2C13A 4GC4A 4ZQPA 1ZALA 2I9EA 5K9CA 2GQAA 1KTNA 2C6QA 2W6RA 2C14A 3UNDA 3M0ZA 2A6NA 1V5XA 3N2MA 1EWEA 4UFLA 5HQEA 3UZJA 3NZ1A 5AC6A 1SW0A 3B4UA 5C55A 2ISSA 1VCFA 2LLEA 4CQAA 2TYSA 3PVFA 1A5AA 3UWVA 1W1ZA 1ICPA 2ZA3A 3TU9A 3BLEA 1KV8A 5D09A 1KFCA 2ZZ4A 1HL2A 2VEIA 2W79A 4I7VA 1TREA 2FPTA 3CB8A 3T44A 2ZZ7A 4K8EA 2WNQA 3LV6A 5HNRA 2NX1A 4RXFA 1FXPA 3NL6A 1PVNA 4FXSA 2P10A 3R89A 3VCRA 4YMZA 1Z48A 1ZY9A 3TC7A 1WX0A 3LXAA 4S1FA 3KVJA 2QUVA 2C1HA 4NU7A 1EUAA 1X1ZA 3NQ8A 3OA3A 3UY8A 1YYAA 3IVSA 4HIBA 2OJPA 1YDOA 5CSRA 4PC8A 2J27A 3TMLA 2ZFAA 5CPLA 3S9YA 3A9IA 3LOTA 4M6VA 3UWYA 3HPXA 2XN1A 2NWRA 3W1LA 3N2XA 3Q37A 4LNYA 4JICA 4M6QA 3W7RA 1VRDA 1YLVA 1H7RA 4OWGA 2E77A 3D0CA 3UQNA 2H90A 1TTIA 1ADOA 2D73A 5CZTA 4IPIA 4UUIA 4FNPA 2FFCA 1DHPA 2R94A 1BTMA 3W7JA 2YGYA 3EWZA 5TIMA 1SO6A 1P5BA 4GUIA 4M7SA 2Y7GA 3UY7A 2HSAA 3LDVA 3PF3A 4NNCA 2QCNA 1YTEA 4DO6A 3IIXA 4LRSA 3BVJA 5I3JA 1F73A 5H2ZA 3GXNA 4QNEA 3P5ZA 3PUOA 3FS2A 1DKWA 3C6CA 2G95A 3NXFA 3GAKA 2AAMA 4LW7A 1A53A 1TPWA 4Z0SA 1ZFJA 3B0UX 3G8EA 2A4AA 4O17A 4R7JA 2WO5A 4WXZA 3FKRA 1K8ZA 2VEKA 3EWXA 4TIMA 5BMXA 1KM2A 3NDOA 4ZMGA 4IMCA 4PODA 1VCVA 3WJYA 2NWSA 4A2SA 2P0OA 4NJJA 1FWSA 1LBLA 5HWMA 4ZQRA 1C8VA 4BF9A 3EB2A 3MWAA 4UTJA 3L68A 2A2IA 3OG3A 2CZFA 1TPUA 4OBTA 2FPYA 1Z42A 1MXSA 3BLFA 3GNDA 4Y6GA 3GYEA 5FEWA 4K39A 3RK8A 2CW6A 3R12A 3W88A 1DORA 4X9SA 2RFGA 1A5CA 2J88A 2DZVA 4H3DA 4HPJA 3B0VC 3W1RA 5DXYA 1GPWA 2WOQA 2C0AA 2Q3RA 1HO1A 3CWNA 1K7EA 4LUJA 3LGEA 2X1RA 4IQLA 1L9WA 2Q3OA 5HULA 3A23A 1YTDA 5G1YA 4L4LA 3IIZA 1FBAA 3C2FA 1UUOA 3EWBX 3W84A 2J6XA 4N6FA 3CTLA 1I2PA 1K7XA 1RD5A 4IPJA 1PHWA 4IGHA 5K7JA 1RQBA 2ZDRA 2I14A 1FCVA 4FHAA 1DJQA 3W2UA 1WOAA 3C3NA 4TMBA 2QJHA 3G1DA 1T0OA 5U4NA 1QPOA 3RMJA 1ZNNA 2XN2A 1VH7A 2YFOA 1H1ZA 1AG1O 1VC4A 4KFOA 4RKAA 4O0ZA 1H62A 3C2VA 3QF0A 1UJPA 2QEZA 5F1VA 2C16A 2I1OA 1OYCA 2CLLA 4O14A 2ZYFA 1TPB1 4O1DA 4OHQA 5F2MA 4JS3A 1P4CA 4FX7A 4UR7A 2Z6JA 3MYOA 1QWGA 1W37A 3G0UA 3TMQA 1LLWA 3EX2A 4Q32A 4CQ9A 4UTWA 1GTEA 1KM1A 1S5WA 3HG2A 3M5YA 4QQ3A 4JIQA 1B3OA 3WK1A 2ZRUA 4R53A 3CLMA 4CNNA 3DU0A 1NAL1 1JCLA 3M43A 3M9YA 1WOBA 3R5EA 4MLRA 3W7KA 5GVJA 5CZSA 3GVGA 4NVTA 1TPVA 4QISA 2B7NA 1KTBA 1O94A 4PL2A 3AO0A 3P62A 2ABBA 2QDGA 3ZR4A 4JTSA 5F4SA 4JX6A 1H50A 2JBMA 1KBJA 1SFLA 3M41A 3UWUA 1WA3A 4MY9A 1PCWA 1XXXA 1IXNA 3HQ1A 3L66A 4IXXA 1SU5A 3QFEA 2ZTKA 1F6KA 4N9CA 1F5ZA 1I8JA 5BW6A 1R30A 2CWNA 5AHEA 3ZFHA 5BNKA 1FWNA 2DJLA 3EX6A 4S2CA 4TR9A 4IUOA 4JEQA 4NXSA 4IJBA 1FQ0A 3HGJA 1QMLA 4PA8A 4RZ5A 1GG0A 2QCDA 2NXIA 1R46A 3M5VA 4EOUA 4NT0A 1GJPA 3M5ZA 3DFNA 4WOQA 1QPQA 1NF7A 1GWJA 1QOPA 5F4XA 2C15A 1VLIA 1LTDA 3IIPA 1WV2A 1K8XA 1ME8A 1SZGA 1P0KA 1W3IA 1JR1A 1OG0A 1MZHA 1I45A 2YPIA 1EUNA 3TE9A 3NQ6A 4JN6A 1KW1A 5FF4A 3CM4A 2QUUA 3N34A 2QR6A 2B4GA 3I65A 4HKPA 5CPOA 1FWTA 3T78A 4AWTA 1NSJA 3G0XA 2DZXA 1DV7A 4YLWA 4LVGA 3DFSA 1W5QA 3HGOA 1XC4A 5L6UA 1JQXA 4J9JA 1SFJA 1K8YA 2RHGA 3F4WA 1KFJA 1O95A 4U4MA 4IMGA 3M1ZA 4GFSA 1GEQA 3SJ3A 4DF2A 3P74A 3B06A 2C3ZA 1VYSX 2ATSA 3I68A 1O5XA 5AHFA 2CLFA 5C2XA 1Q6OA 2VFEA 3R2GA 3SGUA 2XFWA 3NA8A 4UMAA 4WX2A 4HT3A 2B7PA 1O60A 4DO4A 5I3FA 4FF7A 4IMEA 4AEOA 2VENA 4QNWA 4TMCA 1FXQA 3F03K 1PHQA 4ADTA 2QF7A 1X1OA 3F1QA 4JR5A 4FIQA 1KM4A 5CPMA 4XBKA 4BI7A 3NPWA 3GDTA 3W1UA 1S5TA 3C61A 5C54A 2GQ9A 3EX3A 2VELA 1LP6A 1YXDA 3W7MA 4IX0A 1X8FA 4O57A 5A8GA 5BRBA 1ZJIA 1LBMA 3GDKA 2VEMA 5F1UA 1W3TA 1SSGA 3Q94A 2GJLA 1BWLA 3SFKA 1LORA 2Z1BA 5EY5A 1WBJA 3G24A 5A5WA 3MO7A 4PFMA 1C29A 3P5YA 1VCGA 2ZRWA 1HG3A 4ZQOA 3H54A 3G1FA 2FTPA 4RZ6A 2KZHA 1LZOA 1OX4B 1PV8A 2EPHA 2H8XA 3TFXA 5L9FA 3QQ1A 1HTIA 3STGA 4EIVA 3FJ6A 2X1SA 3A22A 4AMAA 1GZGA 3NQEA 4O28A 3WJSA 3M47A 2X1TA 3SW6A 3S1XA 2QCCA 1B57A 4MZ8A 3GAYA 5DCBA 1RQEA 2YW3A 4BK9A 3C52A 5KSWA 3LRLA 3N14A 2FLIA 4JYEA 3PBVA 4UFIA 2C19A 2Y70A 3INPA 4UFHA 4FB7A 5J5RA 5DCDA 1G67A 2Y7FA 1GVFA 4UTWC 3AJXA 3UPBA 2PC4A 3GDRA 2BLEA 3MW7A 2XN0A 1SZFA 3L65A 1W56A 3L0NA 4JIPA 3EEGA 1DOSA 2Y89A 3BGGA 3TW7A 1KTCA 3IEBA 3MP3A 3MBFA 3P60A 1I2QA 3M7WA 3TSMA 4XQ6A 3BLIA 3TIMA 4FNUA 1OFPA 3UWZA 3U8GA 1CW2A 1JQVA 4KKXA 5LNUA 1YTKA 2ALDA 5DBUA 2PRMA 5K9DA 1OHLA 3L9CA 3W1QA 3DAQA 1O5KA 3G1AA 4XTDA 1IIHA 2PRLA 4RK8A 3QSTA 1QR7A 3P80A 3VE9A 3M44A 1H7WA 1EP1A 4LWWA 4HNNA 3TFCA 1FCQA 1DJNA 2PURA 3HPZA 3LI0A 4WZHA 4IWWA 4QITA 1JJKA 3V1PA 3CWOX 5LHEA 1G7UA 3NQ7A 3W7LA 3S5NA 4TU1A 3W2NA 2ISWA 1TMHA 5EPDA 3LHWA 3L0KA 1XCFA 2Y85A 4JYDA 3QMTA 1TPC1 1KFEA 5EA9A 2FJKA 3S1VA 3EXSA 3BW3A 4Z1CA 2CLHA 2E6AA 4HHPA 1GVRA 4UNKA 1T96A 2HS8A 3W83A 4Y9AA 4A3UA 3HOJA 1JUKA 1W3NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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