1FWS | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	263
structure length	256
Chain Sequence	EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Lyase
source organism	Aquifex aeolicus
publication title	Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus	88
structure length	256
sequence length	263
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2000-09-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1fwsA00

4GBUA 3N9SA 3PB2A 4JICA 4UIOA 4JYDA 4RKAA 3P81A 2FDSA 3M5ZA 5DCBA 1QPNA 1I2RA 2F84A 1PS9A 2EAWA 3Q94A 3W1LA 1K7XA 1XUZA 3LM7A 1UB3A 3KRSA 3G1SA 4JDYA 3S42A 2ZRXA 3CC1A 3N19B 4XBSA 5J5DA 4XQ6A 1FDZA 1O5KA 1JCNA 2H3DA 2P10A 1DJNA 3PWAA 4JTJA 1EPXA 3IIOA 1OVDA 3NDOA 4JS3A 1TPH1 1F74A 4IGHA 5LNRA 3PF3A 1OK6A 3QPYA 4MLJA 3G1HA 4UTTC 1QAPA 3ANYA 3TFXA 5EMUA 5DY3A 3GNNA 1WDWA 4O4VA 3W1QA 3L5MA 2FTPA 2QCFA 5FF2A 5CZ0A 4O12A 3O8AA 3GZ3A 1TJRA 2CZDA 4O1BA 2VC6A 2CLEA 3T4CA 3IGUA 4YXGA 4O0KA 3ELFA 1AW2A 1GWJA 2C13A 3PB0A 1KTBA 3S5OA 3P62A 3QMTA 4BI6A 3TXVA 4K8HA 4LVAA 1ME8A 5EYWA 2JGQA 1H7RA 2ZZ4A 3S5YA 1GVRA 1CW2A 1K8ZA 2B7QA 3IIXA 2RKXA 1JULA 3TSBA 1A50A 1FDYA 3QMSA 4W9TA 1NEYA 5AN7A 3UPWA 5KZMA 2G5WA 5D03A 4JTSA 4S1FA 3NQ7A 1YPFA 4UMBA 1IXPA 3PY2A 3LCWA 2J88A 1YTEA 1RD5A 4OBTA 4YCOA 3A24A 5FF4A 5HR6A 5EA9A 4BI5A 1VYRA 3W85A 4UTHA 4UR8A 5DBTA 4R34A 1OFBA 4ORIA 3IGXA 3W9ZA 4LRTA 3JS3A 1KLZA 3CT7A 3OIXA 1ICQA 1AK5A 3HOJA 4GUGA 3LI1A 1RVGA 5CPOA 3M41A 1OK4A 4MFEA 2JK2A 3HMJG 5AC8A 3M16A 2FJKA 4MYAA 2A6LA 2ZZ3A 3QM3A 4WXZA 3S1WA 2H90A 3KVLA 3PBVA 4O4WA 4MKNA 5G5IA 2DZVA 3M9YA 2JKEA 4UXDA 4UFMA 3IVSA 6ALDA 4C1KA 1M6JA 4RK8A 1LYXA 4OHQA 4JIPA 1SW7A 5BOOA 3TC6A 3Q2DA 5HULA 5BW6A 3TA6A 3GB6A 2BX7A 5KTLA 3F4NA 3W74A 4KFNA 4HKPA 4AXKA 1KM2A 4LVBA 3W7JA 4I7WA 3GYEA 4IXHA 3O6DA 4HHPA 3KXQA 5D32A 5KSWA 5TQLA 4HPXA 2J9YA 3DFNA 3ATYA 3CQ0A 2FLIA 1GVFA 5E93A 5K7JA 3LTYA 3PS7A 1SW3A 2FPTA 1OF6A 4JY9A 2QUVA 4I7UA 4BI7A 1CI1A 2C18A 5K4XA 3QJAA 4AAJA 1EB3A 4O52A 3EWBX 2Y89A 4LS1A 1WV2A 4YWIA 4XUGA 3ZFHA 2DZPA 1VHCA 3W75A 3FEMA 5I3KA 5DLCA 1J4EA 3GXPA 4ADUA 1DOSA 3M5VA 5F2MA 2QAPA 5KZDA 3LX9A 3YPIA 1TJPA 3CLMA 3W7KA 4OV9A 4POCA 2V82A 4LW7A 2QCLA 1VR6A 2WSRA 3OHIA 1JRCA 3TKFA 3NQDA 5DCEA 2TPSA 2WSYA 2W6RA 1Q6LA 2HSAA 2G96A 2PRMA 4A2RA 4XTIA 3W84A 2ZZ6A 1K8YA 2NX1A 4FX7A 2GJLA 1QO2A 1B4EA 4O57A 3W86A 1KFBA 2TRSA 3EKLA 1QDSA 1Q3NA 4JTLA 3V1PA 3BGJA 5G4EA 2TSYA 4JTFA 2YR1A 4O14A 3P61A 5D02A 3TUUA 3BW2A 1PV8A 1OFPA 3NL2A 5KINA 3U6WA 2DZSA 1KTNA 4HNVA 2CFFA 3PUEA 1XCFA 1M5WA 1YDOA 1ZCOA 4X9SA 5EL1A 4N4PA 1QFEA 1SO5A 4A29A 1VPXA 4MJMA 1I2QA 1JCLA 4S2BA 3EXRA 5CSRA 1F5ZA 1OX4B 1H5YA 1TTPA 3GX9A 4R53A 5BMWA 4LRSA 3L21A 3UWZA 4HIBA 4Q4KA 1QWGA 5AOUA 2X1RA 3M43A 3HG4A 4JD4A 2I9EA 1FQ0A 2DP3A 4P2VA 1FWRA 4FF7A 4JTTA 4FNUA 5D05A 4JYEA 2FPYA 1OX5A 1VJIA 2QCHA 4M19A 3BVJA 4LVFA 1SFLA 4HNUA 3STCA 3FYOA 3ZS4A 2Y62A 4HSOA 2NV2A 1MSSA 1PHWA 3QZEA 1FCBA 3UYCA 5AHIA 1THFD 5DXYA 3F1QA 1GVQA 3LI0A 3DBPA 1VQTA 3GXNA 1X1ZA 3NA8A 3U2OA 4UTTA 1F05A 2QJHA 5LGZA 1SUXA 1EP2A 4R33A 4YMZA 4LY8A 1HO1A 2YYTA 3QQ0A 3HGJA 3DFSA 5CKSA 1GTHA 1TCDA 1H61A 3TQKA 3W1XA 3SFKA 2X30A 5D2XA 1HO4A 1KM4A 3RNDA 1WA3A 4Z1DA 4ZQOA 1O94A 3Q37A 3OVRA 2D73A 3INPA 1I2NA 3MHUA 1SZGA 4IMCA 4LUIA 1ZAJA 3NQAA 4AB4A 3KRUA 4O28A 3O6CA 5LNUA 1XXXA 3I6RA 2EHHA 4NJKA 5DY2A 2B7NA 3W07A 3NQEA 1LOLA 1QOPA 5DELA 1YDNA 2FB2A 4JDBA 2VFEA 5AHNA 2I1OA 1GPWA 4K36A 2X1SA 2YXGA 1NVMA 2YX0A 3BLEA 3FKRA 4CLMA 1H50A 1YXCA 3C3NA 1KV8A 2ZA2A 1OYAA 2WO5A 4M5PA 3LBCA 3SZ8A 5D2WA 5G2IA 1NF0A 1A5SA 2NWRA 4IMEA 3NZ1A 3STEA 1OFAA 3DFOA 4O15A 3TIMA 2ZRUA 5D33A 2YPIA 2VFGA 3NPWA 3M7WA 1AL7A 3LLDA 1TRDA 1MO0A 3TE9A 4DO6A 3KFTA 2ABBA 3DZ1A 3I7RA 4Z0JA 4FNTA 4MY9A 3UWUA 3W1AA 4QM1A 1O5XA 2V9DA 2PE4A 3PG9A 1F73A 1OABA 2QCMA 1I8JA 3L9CA 1Y0EA 4TR9A 3C61A 3LTPA 3PSWA 3S5NA 3SECA 3O05A 1G4TA 2V81A 4DEFA 3R2GA 4ML9A 1LCOA 1OJXA 3QPZA 1SO3A 3W7PA 3OVPA 2YCEA 3R8RA 3TCEA 4A3UA 4QITA 3W7MA 4AF0B 1OFQA 2RFGA 3ABQA 3PSVA 2QCNA 3B04A 1EWEA 1L6SA 2AAMA 2DZXA 3KVMA 4Y9AA 3BG3A 2PRLA 3SGUA 1WAUA 2ALDA 3P8JA 3CHVA 4FIRA 4IX0A 3PBUA 2E68A 5CPMA 5CSSA 4RXFA 2GOUA 1JUEA 8TIMA 4DO5A 4Z1AA 4WY0A 4OWGA 3N3MA 1W1ZA 3E49A 3IGSA 4HT3A 3SIZA 1EEPA 4Z0SA 3W7IA 2CLOA 1XDMA 4CQAA 1M7OA 1FWSA 3KAOA 4R7JA 3MI6A 3H55A 4FNQA 2CZ5A 1JCXA 2FQIA 1IGSA 4N9CA 2NWSA 1BWKA 3T44A 4NNAA 1GVOA 1Z44A 5F4WA 3HIJA 5FEZA 2EGZA 3WFAA 1R2RA 1ZALA 5H91A 3FFSA 1WBHA 1ICPA 2V30A 5K4ZA 1EP1A 4WJEA 4O1CA 2H6RA 3A22A 4ONVA 1VLWA 2OT1A 4UR7A 1GOXA 1FWTA 4BWLC 2I14A 3G1YA 5EKYA 3TX9A 1XDLA 1WYIA 4ADTA 4HPJA 1YPIA 3DH7A 1ZY9A 4AH7A 4GE8A 5AHMA 3T7VA 3UWVA 4N6EA 4UTLA 4E38A 4ORMA 4ZVJA 2OCZA 2ZZ5A 3P84A 3SJ3A 2DZUA 1YTDA 4M7TA 1DVJA 3OA3A 1LM1A 5GVJA 3LHVA 1GZGA 4M6VA 1G4PA 4ICNA 3LBMA 2Y7DA 1TPFA 1DHPA 3RMJA 3GDKA 4O0ZA 2ZDRA 5HWJA 1EUNA 3SW6A 1LLWA 2XN0A 1R30A 4DELA 3W7GA 1TTJA 5H2ZA 3G0SA 3P67A 4KWVA 1QNVA 2J27A 4UFLA 3K30A 1MEIA 5HUPA 4MUZA 3HBLA 3I7SA 1VRDA 3DFQA 2C0AA 1QPRA 1YXYA 4PC8A 5LHFA 1F7BA 1QCWA 4AWSA 1AG1O 4JIQA 3NQVA 1YDVA 2J24A 4QJ1A 1ZHAA 3TJXA 3LHUA 5D09A 1LBFA 3NYZA 3N2XA 1U83A 2H3BA 3WJXA 2Q8ZA 3JR2A 3WK3A 3DHFA 1W5PA 1OYBA 2AGKA 1FCUA 3VKJA 5DCDA 3PAJA 3NPUA 3HG5A 1B57A 3WK1A 4CCCA 3SR7A 3LXAA 1TO3A 3VCRA 5A8GA 3L2IA 1OG0A 3LCGA 4KWWA 2YYUA 2O7QA 1KV5A 1CX9A 1PVNA 4AHPA 5LKYA 2ISSA 2YSWA 1TRIA 1TPWA 2WKJA 4WXYA 4LWWA 4IUOA 1VYSX 4O53A 4UFIA 3DXIA 4MIMA 5TBOA 1WOBA 4UMCA 4NQ1A 3OVQA 3S5ZA 1KBJA 1IXQA 4UTIA 1TTQA 5I3IA 1H51A 4NX0A 3TXZA 2Z0IA 3MO7A 3TROA 4DF2A 4UTWC 2PRHA 4MPQA 5D38A 3B0PA 3UNDA 1YLVA 4CCDA 2FFCA 4NZJA 3M44A 3S9YA 4CQ8A 3S8HA 4AMAA 4M6PA 1KM3A 1Q6OA 1FDJA 1H7WA 3W7DA 1ZJIA 3E96A 4AHOA 3IRDA 3BO9A 3DKJA 1TV8A 1KM6A 2GVLA 1XI3A 1W3TA 2UV8G 4Q33A 2DZWA 2Y63A 3TMQA 2E09A 1C9DA 3KOFA 1V7YA 3FOKA 2ATMA 4Z1BA 4PCFA 2FB3A 3WK2A 3L0NA 3EXSA 3MP4A 3GDMA 4ADSA 3LV5A 4YLWA 4K6AA 4PEKA 3LHZA 2VFHA 3UWWA 1RR2A 1OFRA 3GKAA 1PL9A 4JTKA 3C56A 2QCEA 5G1TA 4MJZA 1S3HA 4E2DA 3W70A 3S1XA 1ML1A 5K9CA 3RF9A 3G3DA 1KFKA 2HS8A 1SR9A 3NXFA 5F1UA 4O18A 3NL3A 1QR7A 5E1QA 3BV4A 4Y8FA 3B8DA 3RU6A 2CLFA 3C52A 4MLRA 5F4XA 2Y85A 3PULA 3VE7A 2OJPA 2Z2UA 3TNOA 1L6YA 3NO5A 4GUIA 2CLKA 5CZTA 2ZTJA 1YYAA 2YW4A 3NM3A 1W0MA 4RXGA 4JTEA 3GIYA 2DZTA 3RK8A 1SO6A 3SGZA 2A21A 3IIZA 5G1YA 3LOTA 1SFJA 4H6KA 5BRBA 1UCWA 3NAVA 4ZZ9A 1N55A 3TC7A 3E0IA 1IF2A 3PBYA 2Y6ZA 2AQWA 1EWDA 1LBLA 1SO4A 4NUWA 4NNBA 2QEZA 1KBIA 4A2SA 2O7SA 1JUKA 4QNWA 1HTIA 2J9XA 1A53A 1H60A 1TB3A 1ZENA 4OV4A 3BG9A 3HPSA 2RDUA 3UPBA 3HO8A 3W2UA 4PL2A 3UZ5A 2G95A 2Y7FA 3VE9A 1O95A 1Z48A 2E5DA 3KX6A 2NUYA 3C6CA 3QW4B 3LLFA 1DL3A 3N34A 1WXJA 3QYQA 4BWLA 4LS0A 2ISWA 4GFSA 2NZLA 5F2IA 3CIXA 5C54A 2W79A 1KA9F 3D0CA 5D2VA 1V5XA 1SSDA 4U28A 2J6XA 4JX6A 4LVDA 3MW7A 1PCKA 1G6CA 1UASA 3W2JA 2E6AA 3CEUA 4Z1CA 1R47A 5FF7A 1RZMA 4NX5A 4WUIA 3M47A 4FIQA 4HSNA 1OX6A 4EVZA 4NU7A 4EOUA 2X1UA 4QNEA 5C55A 1FWNA 3BW4A 4UMAA 4JNMA 2C16A 5D30A 4FB7A 2R91A 4FNSA 5L6UA 2VFIA 3DHDA 5U4NA 4RV8A 2ZBTA 1MZHA 1TV5A 4GNJA 1Q6QA 4RZ4A 2ZQ0A 4N9EA 3WK0A 1GQNA 3BK0A 4AWTA 1LOSA 4OU1A 3NG3A 1N8FA 3FS2A 4NZFA 3GVGA 3NQFA 4DF0A 3TK7A 1T8XA 4FO4A 2CLMA 3QC3A 1KFJA 3C4UA 3N73A 1IXOA 4HNNA 2JKPA 3LHWA 1F2JA 1K02A 3GAYA 4LS2A 1KM0A 4O1DA 4TIMA 1S5WA 4RCXA 2R94A 1JCMP 4N02A 4NNCA 2OT0A 2QCGA 2VFDA 3NR0A 4DPPA 3UQNA 3GDLA 1MEHA 3FJ6A 5MHBA 1BKSA 1GG0A 1BWLA 3HB9A 1PE1A 1W8SA 3GLCA 1JUBA 3QMRA 2V8ZA 4Y6GA 4K7YA 1PCWA 1TTIA 5LNWA 3M1ZA 2Y7GA 4IJBA 4J9JA 5AC6A 2X2GA 4FNPA 4LOCA 3W7NA 4XBKA 3W2NA 3TV8A 3L67A 3UWYA 5D2YA 4NT0A 2NUWA 1SZEA 1H7PA 3G3MA 3LRLA 2EPHA 4AEOA 3W1MA 2CLIA 1TMHA 4K7VA 3ABRA 5LGXA 4K38A 2YW3A 1AW1A 3WJSA 2PC4A 2V2DA 2C3ZA 4O16A 4ZMGA 5AHEA 3O16A 2GQ9A 2QDHA 5E0KA 2E6DA 4OE7A 5DBUA 5HWNA 4A22A 3G22A 2ATSA 1P5BA 1ZAIA 3LRKA 5KZEA 3TU9A 3W2KA 3UZJA 3QQ1A 5HQEA 4MFDA 2GUUA 1FUYA 4EF8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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