1FWSA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep and cadmium
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
263
structure length
256
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 88
structure length 256
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2000-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fwsA00
1O94A 5KZDA 5CSRA 4AVFA 4LU0A 1TPFA 3FJ6A 4LV4A 4AAJA 4O15A 2ZRWA 1RQBA 3NQMA 5L9FA 3GKFA 4HPXA 3NL5A 3NAVA 1UCWA 1JUKA 2ZRVA 4NNCA 5K9CA 1W54A 4NQ1A 3HOJA 3W7LA 1Q6LA 4OV9A 3C3NA 3LBCA 2C13A 1LOQA 4MY1A 1G4TA 4JN6A 1BWKA 1AL7A 3CIWA 1FCBA 1G69A 4ADUA 5AB3A 2R94A 2H8XA 3TDFA 4AHOA 3GKAA 1HL2A 3EB2A 3P80A 1ML1A 1SZEA 1DJQA 2YYUA 1K7FA 1FCQA 1SW0A 2CLIA 2P10A 3CLMA 3LRLA 4RZ5A 1H62A 1LRQA 2YPIA 3W7CA 4CNNA 3NVTA 2X30A 1AK5A 5CPMA 3GXTA 2WSRA 1ZJIA 3FEMA 3M5XA 3TQ0A 2R91A 5EYWA 1AG1O 3QZEA 5CZTA 1EP3A 4N4PA 1VLWA 3BW2A 4FEZA 2A7RA 1JULA 3LHVA 4AWUA 4Z0SA 4Z1BA 4LVFA 3G3DA 5HMSA 4IWWA 5EA9A 1H50A 3C2VA 3NPWA 4LUIA 3B0UX 1Q6QA 2QR6A 4GUIA 1UJPA 3S8HA 2LLEA 2ZRXA 3GLCA 3DKJA 4JTIA 3AJXA 1B3OA 5GVJA 2W0UA 5LNUA 4NNAA 2JKAA 4IQLA 2G95A 2E68A 3L5AA 3M0ZA 4Y8FA 1XBVA 1YTEA 3LTPA 5AHFA 4O18A 5HWJA 4UTWC 5C5YA 2VFEA 3QMSA 4TMBA 1H7XA 4Z1AA 2O7SA 3I7SA 1QFEA 2EGZA 3ATYA 4OWGA 3GIYA 4IMGA 3CEUA 4FIRA 2A5HA 1OFDA 1I2PA 5F4XA 1RVGA 4JR5A 3UZ5A 4EF8A 3DFNA 1K8YA 3B04A 4W9TA 2BSLA 3O07A 4M6PA 5D2YA 3W83A 3C2FA 4JYFA 3IIOA 3DHDA 1A5CA 3RLVA 3P81A 3KX6A 3ABOA 3UQNA 3W07A 1VGAA 4L4MA 3LXBA 4WZHA 1IIHA 6TIMA 4XKYA 4IX2A 3PWAA 3DZ1A 5LGZA 1U83A 3SR7A 3B0PA 5FEZA 1EEPA 4ZVJA 2WSQA 3QMTA 1RPXA 1KBJA 3NNTA 2VFGA 1GYLA 3ZWTA 3W74A 1TPVA 2DORA 3LBMA 3QFEA 4ADSA 5K2ZA 2Y70A 4UTLA 1SR9A 3SZ8A 1B9BA 1TTPA 3Q37A 1ME9A 2EPHA 3PULA 2WO5A 3UZJA 2V2HA 3R89A 1J2WA 4X9SA 5SWUA 2Y62A 3ELFA 1OX4B 3ZFHA 3W7RA 2TMDA 1W5MA 3MMTA 1H51A 2BWGA 4OGZA 4RLIA 2D73A 1M6JA 3M47A 2WOQA 2H90A 3MBDA 3GAYA 4WX2A 4MFEA 2RDWA 2NUXA 3NQGA 4QAIA 2DZWA 4JTJA 3LOTA 1TB3A 1UASA 2QAPA 3C2RA 5IM51 1FCUA 4J9JA 3UWZA 3W7DA 3FKRA 4AF0A 5E93A 2UV8G 3NA8A 1DHPA 1R2SA 1EUNA 4NNBA 2PURA 1JQVA 1Q3NA 3PC0A 3I68A 2VOMA 1XUUA 3C2OA 3LV5A 1VCFA 3GDRA 4IXHA 3IVSA 1L6SA 3MP4A 4FNSA 4DF0A 4MZYA 1WXJA 3BPWA 2ZA2A 3EXRA 2FTPA 1HFBA 2ZCGA 4O28A 4YWIA 3Q58A 3W2MA 3NQ8A 1OK6A 3GB6A 3LCGA 5DLCA 1EWDA 3C4UA 3HG5A 4K7YA 3LCLA 3P67A 1F73A 4LV9A 2CW6A 1SZFA 3NQ6A 5A5WA 5J5DA 2ZZ6A 3RU6A 1H5YA 2BTMA 3EX6A 4PA8A 4HNTA 3KFTA 2QCHA 3QPZA 5TQLA 3TROA 1W5OA 4UTUA 1N8FA 1QAPA 2ZZ2A 2Y88A 2YSWA 1YPFA 1XM3A 1ADOA 3W2NA 3GAKA 3FIGA 4JTTA 1KM0A 1OJXA 4Y90A 3LDVA 1F6KA 3EWUA 3QMRA 1BWLA 1VJIA 4RZ4A 4JTLA 3DGRA 3BLEA 1LOSA 1DJNA 3MW7A 3TQVA 4UCGA 3L0KA 2YW3A 2RHGA 4OHQA 4UR8A 2A0NA 3VKJA 2E6DA 1SO4A 3PY2A 2VELA 3NYZA 5FEWA 2HS6A 4LS1A 4JTUA 1TPWA 5F1UA 3LI0A 3SJ3A 3CWOX 4TIMA 3OEXA 4QITA 3LB0A 3NEVA 1KTBA 3ABRA 1AW5A 3P84A 4RJEA 3L21A 2QCLA 1QO5A 3HGOA 1FUYA 3NL6A 1YLVA 1XI3A 1XKYA 2C18A 2H3DA 1I2OA 4K37A 3BG9A 3HGJA 4UNLA 3Q94A 5TBOA 3N3MA 4POCA 2V5LA 3KVLA 3STGA 3UWWA 4LRSA 5F1VA 1SUXA 2Y6ZA 1MEWA 3PUOA 1NEYA 2QUUA 3VNDA 3L0GA 3W7IA 2GQAA 2XN2A 4LVDA 3G24A 5G2IA 3S5OA 2KZHA 1SW7A 3P8IA 3L5MA 3DFSA 5HWMA 4RZ6A 4AHQA 1KM3A 2QDHA 4O11A 4O1BA 4EWND 3WJYA 3IVUA 2GVJA 4MY9A 2C15A 4O53A 5CPNA 1DORA 3ANYA 4AMAA 1GZGA 1VLIA 3W7HA 4ADTA 8TIMA 4GUHA 1I2NA 6ALDA 2H3BA 1KLYA 4CNPA 4N4QA 1LYXA 3TQKA 2J9ZA 4S1FA 4IUOA 4LT9A 4JY9A 3RMJA 4A29A 3TK7A 3P5ZA 5AYZA 3QSTA 3FA5A 2CLFA 3UY8A 3OHIA 1QWGA 2A21A 3E49A 1NAL1 2VEIA 1GPWA 1RR2A 2ISVA 4I9AA 4IPIA 2TRSA 3LLDA 2CZ5A 2JKPA 5AHNA 4LTSA 1TO3A 4HT3A 1XBZA 3C2EA 4JTFA 1W1ZA 1KTNA 5AHIA 3VFLA 2C3ZA 3PBVA 5HJLA 5D2XA 2JGYA 2E5BA 2VENA 2WNQA 5IBXC 3P62A 1SO3A 3TFXA 4FIQA 1PIIA 5HR7A 2NXHA 2F7FA 2J6XA 5I3JA 3ATZA 2ZRYA 3VE9A 2HTMA 3EKZA 1H7OA 1QPNA 5EPDA 2YYTA 2GUUA 1O5KA 2ABAA 3H53A 1JQXA 3W70A 3DXIA 1CW2A 3G1SA 2OT0A 1L2UA 3W73A 4M6QA 3LX9A 4MJZA 1HTIA 5BMWA 4O50A 3G0SA 3RFAA 1U5JA 3KRZA 5EY5A 4JEQA 3TNOA 1VCVA 2BXVA 1R2TA 2O7QA 2PRMA 3TXVA 3GX9A 3M44A 4YCOA 4DF1A 4FX8A 4JTKA 1ZAJA 3BK0A 1YXCA 3TSDA 4O12A 4PL2A 5C55A 4WY0B 1WQ5A 2QJIA 4MKNA 3W1XA 5LSMA 1FBAA 3A9IA 4IMEA 1V7YA 3E12A 4CQAA 5HUPA 4NX0A 2Y7EA 4DPPA 3FYOA 3G0XA 4G1KA 3HG4A 1G6CA 3N9RA 1OF8A 4IOTA 5D2WA 2IQTA 3CU2A 1ZFJA 3DI0A 2QCDB 2NWRA 4UFKA 5KMYA 5F4WA 4O54A 4UFHA 4DO6A 4TMCA 1EA0A 5K9DA 1JCLA 4EOUA 5LHEA 3L0NA 1IXQA 1C8VA 3M6YA 4N6FA 4RKAA 1HUVA 1LROA 1W3TA 1TRIA 4NZFA 5AHMA 3A22A 3I7QA 3NQEA 2YGYA 4HKPA 2WSYA 5BOOA 4BWLA 2YZRA 3EWBX 3QQ1A 1JVNA 3LCFA 2RH9A 4XBSA 2W6RA 3BV4A 5LNRA 4FXRA 4ALDA 4ONVA 1JR1A 1VQTA 3W7MA 1KM5A 4DO5A 3QJAA 2E6AA 3G3MA 2ZZ3A 2J27A 3W76A 2ZA1A 1QOPA 1MEIA 5DN1A 4O19A 2NUWA 1MXSA 4PEKA 3WK0A 3O05A 1OFOA 1XBXA 3A21A 1KM1A 1O4UA 3CWNA 1VRDA 3NM3A 1HO4A 3TKFA 2DZSA 1GVSA 1VH7A 1ZALA 3W1NA 4JX6A 2I1OA 4WY0F 3FFSA 2PRHA 4Z1CA 2ALDA 4FNQA 1YXDA 2OX1A 4XTIA 2G96A 4S2BA 1YDNA 3E02A 1VYSX 4EIVA 4HIBA 4YL2A 4FF7A 3T40A 3NQVA 4XBKA 5T26A 3H54A 3M5ZA 4GBUA 3S42A 3DKLA 3PB0A 4UIOA 3ABSA 2Y7GA 4DF2A 5DCBA 1A5AA 2R14A 4EVZA 4Q4KA 1XBYA 3GVGA 5D02A 2NXIA 3TW7A 3S9YA 1SW3A 1VCGA 4DELA 2VFDA 3U8GA 1TSIA 2G5WA 1SO6A 1W5PA 4X3ZA 2JK2A 5F2IA 3MHGA 3OA3A 3W88A 4JDBA 3GDLA 3Q2DA 1QO2A 3NQAA 2CFFA 3QPYA 5EKYA 1BKSA 2I14A 3W1AA 1NFBA 4M7SA 4JIQA 4FO4A 2VKZG 1T96A 4PC8A 3HG2A 1SO5A 1E51A 2DU2A 3KAOA 3TCEA 1KV5A 4LVGA 1ZAHA 4RCXA 3LM7A 5D09A 2VEKA 1ZCOA 1YDVA 2Y61A 3EX2A 4GC4A 3O8AA 3VCRA 1KFKA 1M5WA 1H7WA 3LXAA 3A23A 3O6DA 4Y9AA 2A1YA 1AMKA 1PS9A 3M16A 4H3DA 2DP3A 2Y7FA 2OCZA 3QC3A 3L5LA 1WAUA 2C19A 4TU1A 4KKXA 5LNWA 2WNNA 1KM2A 1L6WA 3EWXA 4FHAA 2ISWA 2J24A 3P5YA 2J9XA 4LC6A 1GQNA 4Q32A 4P61A 1H1YA 1K3UA 2CLEA 4N9BA 2B7NA 2NX1A 4TO8A 2X16A 1T99A 3L66A 3TR2A 4XUGA 1OF6A 3M5YA 5F4SA 1UB3A 2WJZA 4KWVA 3CT7A 3WFAA 1QPRA 1EWEA 5KSWA 3W9ZA 2CLMA 4OQVA 4P2VA 1XXXA 3WJZA 3HF3A 3NM1A 3HGSA 4N9DA 1SFLA 4JXCA 3W2LA 1FY6A 3TXZA 1FWWA 1AW1A 2E77A 1D3HA 2YFNA 4UUIA 3UWVA 1NVMA 4PL1A 3IIPA 1RD5A 4N6EA 3BG5A 4QNEA 2E09A 4LRTA 2NXGA 3NR0A 3IIZA 4CCEA 2NX3A 1JUEA 3BGJA 5BNKA 4A2RA 1KM4A 1Q6RA 2QCEA 3TW6A 1HG3A 3MHFA 2Z2UA 1PCWA 3IVTA 4O4VA 3G1HA 4NUWA 3MP5A 3MP3A 3F1QA 1PE1A 3M1ZA 1J4EA 3DI1A 3QQ0A 1TTIA 1OFAA 1X1ZA 3EWYA 5AHLA 4DPQA 3C6CA 2A7PA 2CLKA 3UYCA 4JY8A 1OX5A 2JGQA 5CZJA 4ZQOA 2GPTA 1QDSA 2XN0A 4HHPA 3MI6A 1EP1A 4HNUA 3IRDA 4QIUA 2GJNA 4BK9A 2E1DA 5K4ZA 1W3NA 1UUOA 4DEFA 1CI1A 3EX3A 4GWEA 2V8ZA 5DCEA 4PH6A 3ZR4A 2YDAA 2GVLA 1GG1A 1C9DA 4CQ8A 2ATMA 2EF9A 3M43A 2TPSA 1JCXA 1V5XA 3DFTA 1N7KA 3I6RA 4L4LA 4ZMGA 3S1VA 1OABA 3WJSA 2C0AA 1LLZA 5AN7A 4E2DA 4O0ZA 2WKJA 4GUJA 4UNKA 3F4WA 5G1YA 3PBWA 3MUXA 4NVTA 1OFQA 2VXNA 1EX5A 1TRDA 3L9CA 1PCKA 4UXDA 2F84A 2AAMA 4XTDA 2ZA3A 2ABBA 3IGXA 3R2GA 4PFMA 4R53A 3L68A 1H60A 4O14A 3G1XA 3G1AA 3FS2A 3G18A 4M19A 4XZ9A 5AC8A 5K9XA 3G1FA 4K6AA 1F76A 1RV8A 2QCCA 3A5VA 3TV8A 3RLUA 5L6UA 1T8XA 2EAWA 3W87A 2YW4A 4IMFA 2X1TA 3DENA 1TQXA 1VHNA 4EF9A 4MLRA 1P5BA 1K8ZA 5LGXA 4JX4A 5AYXA 5U4NA 3UWYA 1GOXA 4FNUA 3HPZA 4MUZA 4O13A 2FPVA 3B05A 4UMAA 1TTQA 2BX7A 3THQA 3HG3A 4RR4A 5I3HA 1W56A 5HWNA 1FXQA 3B03A 3KVKA 3KOFA 3N34A 2QAFA 2WNZA 5CG7A 3B0VC 3M41A 3HJZA 4JYEA 1TV8A 1OHLA 5CSSA 1WV2A 1GG0A 1I8JA 3JRKA 4UFJA 4HSNA 3DFPA 2QF7A 1TREA 2X1SA 3FYPA 1GEQA 1G4SA 4WXYA 1W31A 5CKSA 4MVAA 1I2RA 1P0NA 3BARA 3W7NA 3G8RA 3IEBA 3W3OA 4AWSA 5HUOA 2XFWA 1TPEA 4DQWA 2Z6JA 3NL3A 1G4PA 3QH2A 3HPXA 1W5NA 3RNDA 3O1NA 1VYRA 3PUEA 2YCEA 5G4EA 1ICQA 4GUGA 3CTLA 4QQ3A 3EXTA 1FXPA 3FKKA 4I7UA 1JCYA 1TPC1 1FX6A 1NF0A 1ZY9A 1LTDA 3OVQA 2ZZ5A 2Q8LA 3VE7A 1D9EA 2ZZ1A 2V0TA 3T55A 3NQDA 2YFOA 1VS1A 2FB3A 4MYAA 4R33A 1S5WA 1XUZA 1TCDA 4I7WA 2FB2A 1TMHA 3SGUA 1R46A 3THAA 3I7RA 4GRSA 4M7TA 4ZQCA 3W2KA 3O06A 4UFLA 5HR6A 1OX4A 1SSDA 3FJLA 1S5VA 3P82A 3MWAA 3TSMA 1AL8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LU0 A;  1KFW A;  4AAJ A;  2ZRW A;  1RQB A;  3RCN A;  3NQM A;  3GKF A;  4W7W A;  3KCL A;  3LEN A;  3NL5 A;  4CVW A;  2CHN A;  4QHR A;  4NNC A;  3VVG A;  1RP9 A;  1W54 A;  3GVW A;  3HOJ A;  1UWQ A;  4PMJ A;  1S46 A;  1Z6K A;  3QY6 A;  4IQJ A;  2NQJ A;  1G69 A;  4ADU A;  2PDL A;  1XRF A;  3VIG A;  2DV0 A;  2R94 A;  4AEF A;  2QNE A;  1B3W A;  1HL2 A;  3FSU A;  3P80 A;  1P0B A;  3BGA A;  4LGX A;  4GIE A;  3RU8 X;  1DJQ A;  2YYU A;  1K7F A;  1FCQ A;  3W7C A;  4D8Z A;  2P10 A;  4WDU A;  3NVT A;  5AEC A;  3FEM A;  2E8Z A;  3M5X A;  4IIE A;  4AC7 C;  4ZTY A;  2R91 A;  3CPU A;  3QZE A;  1BYB A;  2F8Q A;  1EP3 A;  1R5Y A;  4Y8E A;  3LHV A;  4XZL X;  4BA0 A;  1DJW A;  3NPW A;  3H2N A;  5JH1 A;  1FP9 A;  2YBT A;  4F8X A;  3S8H A;  2ZRX A;  3GLC A;  1P1M A;  4PRT A;  3VOF A;  3MY9 A;  3GH4 A;  2QV4 A;  1NWU A;  4IIG A;  4BF5 A;  3G6M A;  3EEZ A;  2JKA A;  4IQL A;  3DYO A;  4XD4 A;  4UTW C;  5C5Y A;  4YTQ A;  3BL3 A;  2JIW A;  1H7X A;  4XUY A;  4Z1A A;  2O7S A;  2D22 A;  3ATY A;  3GIY A;  5ECU A;  1BG4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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