1FWT | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	263
structure length	263
Chain Sequence	EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Substrate and metal complexes of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Aquifex aeolicus at 1.9-A resolution. Implications for the condensation mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
molecule tags	Lyase
source organism	Aquifex aeolicus
total genus	91
structure length	263
sequence length	263
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2000-09-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1fwtA00

1L6YA 2QCMA 4YCOA 4JR5A 3T78A 3MP4A 1DVJA 3HO8A 4HHPA 2PCQA 4DPPA 4NJJA 2C19A 1TPVA 1YDNA 3WJYA 4JTJA 3TSBA 1A50A 4A22A 3FOKA 4UTWC 3TFCA 3GKAA 3NL2A 3CQ0A 3SY5A 3CEUA 3T4CA 1P0KA 2WSRA 2Y62A 3W2JA 3JS3A 3FJ6A 2CZEA 3D0CA 4N4PA 5D02A 1KLYA 3C61A 4HNTA 1SU5A 3QMRA 4FNUA 2V5LA 4RK8A 3MP5A 5AHEA 3ATZA 3P74A 4X9SA 1PIIA 5EBUA 2DZVA 5LNRA 3W7HA 4DBEA 4JYDA 1PHWA 3DGRA 1L2UA 5HWJA 3ATYA 4AWSA 2BX7A 3LLFA 4AMAA 4HSNA 3EKZA 3NQ2A 2WO5A 1Q6OA 5I3KA 2V2DA 1KW1A 5EL1A 4Z1BA 5G1TA 4BK9A 3EWWA 2BXVA 2OMAA 2B4GA 3P67A 3B06A 3LCHA 4IMGA 3W1LA 3CTLA 1W5OA 3QF0A 1JR1A 3BO9A 4O28A 4AH7A 3B03A 3GXPA 3TKFA 2C15A 3BVJA 4Y9AA 1VZWA 2QKFA 4QM1A 3W1AA 3QM3A 3W7GA 3DAQA 4O16A 3TCEA 2HS6A 1OFQA 4IUOA 4GUJA 1FWWA 4KKXA 4WX2A 3G1AA 1CW2A 4Z1DA 4S1FA 4AAJA 4ZQPA 3ZWTA 3C2RA 1YPIA 2FQIA 1ADOA 3PC0A 1LBMA 4XKYA 3TX9A 1FCQA 5CZ0A 3O6DA 2FPTA 5LHFA 1KV5A 1K7FA 3V75A 4MY1A 2YYTA 5CGQA 1FWSA 1VR6A 1Q6RA 4ML9A 2DORA 4JTHA 4E2DA 5TBOA 3QC3A 3UY7A 3DI1A 5L9FA 2ATMA 3ZWSA 1WDWA 4EIVA 3GX9A 3BG5A 4MY8A 4GUIA 2CLFA 4JGDA 2PE4A 1SZEA 5I3JA 2CLMA 5DN1A 3CIXA 1FCUA 1FDYA 3PR2A 2Y89A 4H3DA 3OIXA 4DPQA 2A7RA 1UJPA 1H61A 3E12A 4K37A 4Y96A 1P0NA 2NV2A 5U4NA 3W23A 1DV7A 5CZJA 3PG9A 5D37A 5J5RA 3MYPA 5HWMA 3UWYA 4UTIA 3TROA 3L65A 3LCXA 3W1QA 5G4EA 2Q3RA 3G1SA 3LTPA 4WUIA 2QEZA 4LC8A 5DCBA 3W1NA 4DO4A 1JQVA 1MZHA 2QUVA 5D2YA 2C14A 3AJXA 5LNWA 4O50A 5DXYA 1A5BA 2YFNA 2TMDA 1W1ZA 3H53A 2A7PA 1VYSX 3W1RA 5ABTA 1GVFA 2AQWA 4FHAA 3W2NA 1FQ0A 3M16A 3EWZA 1VYRA 4TU1A 1Q3NA 2EGZA 3K30A 3S42A 3NYZA 5T26A 4NJGA 4FEZA 4AEOA 4O10A 1LORA 5I3HA 5DELA 3S1UA 1QOQA 3GNNA 2ZZ6A 4DF1A 3F4NA 3VCRA 3M47A 1H50A 1Y0EA 2YPIA 4IXXA 2D73A 1NAL1 2E09A 1DHPA 4K36A 2NXGA 3W2LA 3CLMA 3W2UA 1M5WA 3E49A 4O18A 5E1QA 5F4WA 1I2QA 2NX1A 1TV8A 4QJ1A 1H5YA 1KBJA 4AVFA 1OX4A 3EKLA 1Q6LA 2ZYFA 4O19A 3QW4B 3M5ZA 5F2LA 3W22A 3L2IA 5FEWA 3U8GA 1VS1A 1TQXA 3F1QA 1F6KA 4MKNA 4QITA 2NX3A 2QDHA 3EX4A 2YDAA 4XBKA 4LVGA 4M5PA 5DXXA 4NJHA 2VEKA 1ICQA 4PL2A 1KBIA 4EWND 1MSSA 4Q33A 1H63A 5F2IA 3W72A 3HIJA 3KRSA 3R8RA 4WD0A 4FNSA 1SSGA 1OK6A 1OFBA 3HG3A 1ZJIA 5G5IA 1GG0A 2V9DA 4JDBA 5TQLA 3VE9A 4K39A 2ALDA 5F1VA 4RXGA 4DF2A 2H3BA 5LNUA 1DQWA 2V2HA 4W9TA 4GUGA 5EYWA 1K3UA 3I68A 5D2XA 2LLEA 5LSMA 1SO4A 3U2OA 4PCFA 2J9YA 2WOQA 3IVSA 5FF4A 4LRSA 1R46A 3Q58A 4IJBA 4LWWA 4MPQA 2QAFA 4BWLA 4P2VA 1J2WA 3PAJA 3QPYA 3LBMA 5HINA 3M9YA 4AHQA 2VXNA 3G1VA 4GUFA 3CT7A 2BSLA 2PC4A 4DBDA 3PBUA 1WBHA 2GVLA 4BI6A 5AC8A 3P8IA 3VI2A 3NQCA 1ZNNA 3EB2A 3YPIA 3NL5A 4L4LA 2C3ZA 3PBWA 3OEXA 1VCVA 3QSTA 1SSDA 1WBJA 4K6AA 1XL9A 3VKJA 3NGJA 4QIUA 1RVGA 4JEQA 1RQBA 3STGA 3R89A 5E93A 2Z2UA 5CPOA 4IQLA 3SI9A 1GVQA 4UTLA 1A5AA 3OG3A 1GJPA 2VFDA 4R33A 3EEGA 3SFKA 2A1YA 3KVKA 3L5LA 4O0KA 3BGJA 2CLIA 4CNPA 2QCFA 2GOUA 2ZTKA 1W56A 5AHFA 3GYEA 4WY0F 3W1MA 1KM0A 4O4WA 2ZBTA 1TPH1 3LHYA 2IQTA 3HG4A 2A85A 3W1TA 1VLIA 1GZGA 4N6FA 1XUZA 3TMQA 3PF3A 2R14A 4RZ5A 2FIQA 4UR8A 3EX1A 1RZMA 3O06A 1Q6QA 3FJLA 3L5AA 1EA0A 4C1KA 1O94A 3CWNA 2G5WA 4WY0B 1GTHA 5F2MA 3MWAA 3QMSA 2FFCA 4PEKA 5U7SA 1FDJA 3M5YA 3MI2A 4UMAA 3TH6A 4EVZA 3TU9A 1VHCA 6TIMA 4IPIA 3N19B 2DZTA 3FYOA 1LROA 4OE7A 5AFDA 4LV4A 1IXOA 2RDWA 1PCWA 1ZALA 4UUIA 5LGZA 3G1FA 1VGAA 3KAOA 1TMHA 3DFOA 3UWVA 1KM2A 1IIGA 3PB2A 1R47A 1I2PA 3DI0A 3E9AA 1MEHA 3TXZA 3LHTA 5CPMA 3R12A 3EXSA 3PBYA 1T0OA 2VEIA 3G1XA 3TQ0A 4AWTA 4JTGA 3W7RA 4BWLC 3CEPA 3M6YA 1G4EA 3A23A 3S5NA 3RK8A 3TA6A 1OK4A 5A8GA 1KFBA 4BI5A 2VC6A 1KM5A 1F74A 5D05A 4JTTA 3MP3A 3O1NA 4IMCA 3BLEA 4K7YA 3T40A 1S3HA 1K7EA 2A6NA 1FCVA 2RHGA 1LRNA 3NAVA 2ZDRA 3G1HA 3L5MA 4MLJA 5K9DA 2VEPA 2PURA 2QCHA 3PSWA 2X1UA 1YLVA 5LNSA 4I9AA 3FA5A 1UBSA 2FB2A 1X8FA 1TTJA 4CNNA 3NQVA 3BG9A 3QZEA 1QPRA 3LGEA 1F6PA 1OVDA 3W1UA 2J24A 1YTDA 1KV8A 1X6UA 2C0AA 2E5DA 2Z6JA 3UXDA 4UMCA 3NPXA 3BV4A 1RPXA 1TTQA 3DKLA 3HQ1A 3B04A 2E1DA 5KINA 4FO4A 1A5SA 1K8ZA 2DJXA 2GJLA 2QJIA 3DFSA 1R2TA 4U28A 1OFAA 5AHMA 1D3HA 4FNTA 1WX0A 3NG3A 2ISVA 3IRDA 3W6YA 3G0UA 4MZ8A 4PFMA 1RQHA 3F4WA 4PC8A 1ZCOA 1CX9A 1F5ZA 4DF0A 1XDLA 4UTKA 4IMFA 1LCOA 1F7BA 1GWJA 2R91A 3NVTA 3R2GA 3P61A 2WNZA 4OQVA 1QCWA 1A5CA 1EIXA 3G1DA 3GDRA 4UNLA 4MVAA 3BW3A 1Z44A 2TSYA 1KM3A 2RFGA 4HT3A 2RDTA 2VFIA 2ATSA 5DCDA 1SO5A 2XN1A 2X30A 3SR7A 1EP3A 4R53A 4O14A 2F7FA 4QISA 4DO5A 3OA3A 1OFRA 3GLCA 3LTSA 3LX9A 4JTUA 1R2RA 1JCJA 2FTPA 3NM3A 4PH6A 3C6CA 3NXFA 1GTEA 4MZYA 4O1BA 4JX4A 2BZNA 5D2TA 3LHWA 1ONRA 3TIMA 2X1SA 4Q4KA 5E0KA 5HMSA 2JGQA 3M1ZA 1IGSA 1RQEA 2NXHA 1BWKA 1LOLA 3HOJA 3LCIA 5D09A 4G1KA 3MO7A 3TC6A 3KOFA 3RNDA 1JQXA 4M7SA 4ZMGA 1JCYA 3W85A 1HUVA 1J4EA 2CZFA 4MOZA 1U83A 1H7WA 2ZRXA 1OX5A 3O6CA 1I2RA 2ZA1A 3B8DA 3TNOA 4K8EA 1W5NA 2A0NA 2OZ0A 3WJZA 1NVMA 3C0JA 2JKPA 4JTKA 3TV8A 1WOAA 3OBKA 1I2OA 1SO3A 3OHIA 4GNJA 1W3IA 1ME9A 2H6RA 2B0MA 5FF2A 4FF7A 3QW3A 2C6QA 3PS7A 3DFQA 1H1ZA 3A22A 3STCA 2H8ZA 3DXIA 4KWVA 1TPB1 1UB3A 4CQ9A 2PRHA 3B4UA 1NF0A 4Y6GA 3TR2A 4RJEA 4J9JA 5D03A 3QQ0A 4NUWA 3NPUA 4O1AA 4ADTA 5D04C 3THQA 1Z48A 4LS0A 4WXZA 1QOPA 3QYQA 2W0UA 1YXDA 2Y70A 2HTMA 3S0CA 2J9ZA 1AMKA 1IXQA 2CLEA 4R34A 3RLUA 3S5OA 5D32A 1QO2A 3LV6A 5I3GA 5K3VA 4EF8A 2RKXA 4NJIA 3RF9A 1WAUA 5FESA 3HGJA 2WSQA 5FF0A 3DENA 2AGKA 4U4MA 3DHFA 4OWGA 2ZZ4A 3LI1A 3QFEA 3CPRA 4ORIA 4I7VA 1KFCA 3WJSA 1E51A 4JDYA 2Y7FA 2Y63A 3G0SA 2B7NA 4AHPA 3R13A 3NPWA 4ICNA 3TW6A 4OU1A 3MUXA 1P4CA 2GJNA 1H62A 1VRDA 2I1OA 2YGYA 1M6JA 3JR2A 4S2BA 5AC7A 1HL2A 1EP2A 1P1XA 3MBDA 3UPBA 3LB0A 5CKSA 3QSRA 3W88A 1GG1A 3DHDA 4NX5A 3TMLA 4O17A 1SO6A 1JUEA 3W83A 2JKEA 3O16A 5AYXA 4RZ4A 2DP3A 2KZHA 4D2JA 1DJNA 4UFLA 3PUEA 2YXGA 5IBXA 3W73A 2Y7EA 5KTLA 3GVGA 1T99A 4NZFA 2CLHA 3QJAA 4UXDA 4NZJA 1OG0A 3NQFA 3S9YA 1HG3A 1OFPA 4XUGA 1SQ7A 2YX0A 3NQGA 2GVJA 3NQ8A 1BWLA 4BF9A 1AL7A 1AW2A 3HGRA 2EAWA 3BLFA 4Q32A 5CZTA 2QF7A 4JIPA 2E6YA 4HSOA 1YTEA 2JKAA 2Z1BA 4EOUA 4UTUA 1VQTA 4RZ6A 5LHEA 3H55A 2QCLA 1S5WA 3OVPA 1EB3A 2GQ9A 1VHNA 1QPOA 2V82A 4LVFA 2YCEA 3VE7A 4UC5A 1HFBA 3IGXA 5CPLA 5BW6A 1F73A 3GXTA 5HWNA 3NQEA 4OT7A 1KLZA 3USBA 2J27A 1X7FA 1EWEA 4GE8A 5K9CA 1VLWA 3CWOX 5H91A 3PB0A 4JX6A 4JXCA 4DQWA 5AYZA 1DQXA 1FXPA 3ABQA 3A24A 4O57A 4AF0A 4IWWA 3NM1A 2H8XA 3W7QA 2OT1A 3E02A 1OF8A 3C2EA 4DO6A 1D9EA 4HNNA 1TPUA 3G8EA 2V81A 4LS2A 4A21A 1W8SA 2Q3OA 4HPXA 1KM1A 4NXKA 1DORA 3QPZA 1DBTA 3P60A 1F76A 5G4WA 5C2XA 5GVJA 1U5JA 2NX9A 5HJLA 4IXHA 5DLCA 3P62A 4MUZA 3UY8A 1ZAJA 3H54A 5FF3A 3B0PA 4GUHA 5AN7A 2NWSA 3UWUA 1JRCA 3PVFA 3WK1A 4IPJA 2DZUA 1XI3A 4O1CA 5DBUA 1SW3A 2VFHA 1KM4A 2WNNA 2Y85A 3IIVA 2YW4A 2QCDA 3KRZA 3L0NA 3L68A 1OHLA 2YYUA 4E2BA 2VEMA 1I2NA 3LHUA 4LNYA 1TB3A 5EKYA 2NV1A 3GK0A 1THFD 5G2HA 3NR0A 3M43A 2NLIA 1AW5A 2X2GA 5LGXA 1FUYA 5IM51 4JN6A 3HMJG 3IIOA 3SSJA 5F1UA 4HKPA 3W1PA 4LUIA 2ZQ0A 3LCGA 1TV5A 3S5YA 2G96A 2XN2A 1LBLA 4UTJA 1WQ5A 4LT9A 1TREA 5BNKA 3ZR4A 3M5XA 2C18A 2C1HA 4QQ3A 1KM6A 4MJZA 1C29A 3L0GA 4NQ1A 3EWUA 3A21A 1Z42A 3UQNA 1OYAA 1YXCA 2NZLA 2VFEA 5D33A 5HQEA 3I7RA 4IX2A 3KVMA 3O05A 2E5CA 3FFSA 3PUDA 3GB6A 1IXNA 4N2YA 1BEUA 1G7VA 4XZ9A 2P0OA 3LRKA 1TSIA 4NNBA 2DZPA 3NZRA 1G67A 3V1PA 4TX9A 5C54A 2E77A 2VENA 3G8RA 3TQVA 4YL2A 4UR7A 1KA9F 5FEPA 2A5HA 2E6DA 3DFNA 4JX5A 4JTLA 3KFTA 5BOOA 1WA3A 4WOQA 4AXKA 1K8XA 4XTIA 5CSSA 3IGUA 4I7UA 3PY2A 4O53A 3GDKA 3CM4A 3W7OA 1GVOA 1ICSA 2J6XA 3IGSA 1QAPA 3S5ZA 3ABRA 2ZCGA 1FBAA 3C8FA 3LCLA 4WXYA 1I8JA 3P5ZA 3WK2A 3O6YX 5D2VA 3FS2A 4UTTA 2ABAA 3N34A 1PHQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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