1FWTA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep, e4p and cadmium
Total Genus 91

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Substrate and metal complexes of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Aquifex aeolicus at 1.9-A resolution. Implications for the condensation mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus 91
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2000-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fwtA00
5D2YA 4YMZA 2O7QA 2RKXA 2QJHA 2CU0A 1VH7A 3WJZA 1G4EA 4MLRA 2ATSA 5D04C 1MEHA 4PFMA 4LC8A 1YDOA 4Z1AA 3GZ3A 1BKSA 4DBDA 2A2IA 3S42A 4O14A 4FX7A 5K9XA 2OMAA 3G1SA 4O10A 1ZHAA 1XKYA 3IGXA 1VYSX 5F4XA 3IVUA 1YTEA 3KRUA 1WYIA 4W9TA 5KZEA 2JGQA 1DORA 1G67A 3VE7A 3Q2DA 3GXNA 3QQ0A 3NXFA 1KBIA 3O07A 2V8ZA 1QOQA 1Q3NA 1KFEA 4GNJA 4MJMA 1O4UA 3OHIA 4N9BA 3AO0A 1S5WA 1H51A 1A5AA 1KFJA 3M5VA 1VQTA 3NQDA 3STCA 4LTSA 5HWNA 3V75A 3ZWSA 5KZDA 5F2GA 3LHWA 3TA6A 3EWYA 3UXDA 3O6DA 1SFLA 3JS3A 4ZVJA 2X1SA 5BNKA 4MIMA 3LHZA 4LOCA 1JCLA 4EF8A 3R12A 5FF0A 3L2IA 3TQ0A 4K36A 1TTPA 1FY6A 3L66A 5CSSA 1PS9A 3O05A 4MKNA 4RJEA 1ONRA 1KM4A 3EEGA 3IVTA 3PBWA 3SGUA 3LTYA 4Z1DA 3EKZA 3G1YA 4HSOA 4DXVA 1G7VA 4ORMA 4Z0JA 2OZ0A 3VFLA 4E38A 4UTUA 1TV5A 2G95A 3N2XA 4JY8A 3DI0A 3LCGA 4R7JA 3TQKA 5KZMA 1HG3A 1YLVA 1DJNA 3M16A 5AHMA 1FDJA 4RKAA 1XUZA 3P5ZA 3BG5A 1RQBA 2NXHA 2TMDA 2BSLA 2VKZG 1LBLA 3HGOA 3UD6A 1SUXA 1VHNA 5G2IA 3I65A 2ISWA 3GKAA 4TO8A 3N2MA 4LS2A 1K7FA 2BX7A 2DORA 4RK8A 3GNNA 1Z48A 3DHDA 1R30A 1QR7A 1UUMA 1KM1A 3G3DA 2XN1A 2ATMA 5FEXA 4AVFA 4XBKA 3M47A 1VCFA 1VZWA 2Z6IA 2J9XA 3QQ1A 4PA8A 3TFCA 2CLOA 1V7YA 1TTQA 3MHUA 3G0UA 4LUJA 1VJIA 4TIMA 3NZRA 5HINA 5DY3A 5EA9A 1TMHA 3F4WA 3WK3A 5LSMA 1LP6A 1HTIA 5LHEA 3MI3A 4EIVA 3RU6A 3L5LA 2Y89A 3PSWA 2X1TA 3IGSA 5U4NA 1AK5A 2E5CA 1WXJA 2WO5A 2AQWA 7TIMA 1WBJA 1VPXA 3DI1A 3S1VA 5AHLA 4QIUA 5AHNA 1FDZA 3W2NA 1GG0A 4NJHA 4H6KA 3KVLA 3B03A 4N6EA 3F03K 5J5DA 2JKAA 3S5OA 2KZHA 1SW0A 3GK0A 2G96A 1FWWA 2BLEA 5CSRA 3CPRA 1KV8A 1QAPA 4TX9A 3NEVA 2ZRYA 4CNPA 2NX3A 1DL3A 1XBZA 3GDRA 3MHFA 3S5YA 3W83A 2PRHA 3LV5A 3DU0A 3LI0A 1D3HA 4GRSA 4LY8A 4XKYB 3QRHA 1LLWA 2OX1A 1W5MA 3TSMA 5HR6A 3LOTA 4GUHA 4LS1A 3LBCA 4K8EA 1VC4A 3C2VA 2I1OA 1LOLA 3HPZA 3TQVA 1OFOA 1FUYA 2D73A 1TTJA 1WAUA 3W84A 4POCA 3UYCA 3YPIA 3T78A 5HWMA 2YW3A 2EHHA 1EP1A 3M5YA 3QF0A 3W7QA 4AEOA 2CFFA 2FJKA 1AW5A 3PWAA 5EBUA 3P7YA 1PL9A 2YFNA 4QNWA 3MYOA 1EPXA 5LZLA 3STEA 4CNOA 4UTTC 1W3TA 4FB7A 4BFAA 1NF7A 3BLEA 5CPLA 4YCPA 1I4NA 3GX9A 2A5HA 1JUKA 1OX6A 2E6YA 3IV3A 1SPQA 1Q6LA 4JTGA 3DFPA 3M5ZA 2J9ZA 3PVFA 3ELFA 3SJ3A 2Y88A 1N7KA 1XDLA 3BK0A 4WX2A 1TQXA 4XBSA 1FXPA 1GWJA 1JULA 4IMCA 3B04A 2C14A 4UFLA 1I2RA 1FWNA 1C29A 2LLEA 4UNLA 3UWZA 3TW6A 2OT1A 2Y62A 1GT8A 3M0ZA 1YYAA 5D33A 2J27A 1SW7A 4S2BA 2YDAA 2VEIA 4DQWA 1QO2A 3G0SA 2B7NA 2NXGA 1KM5A 2ZZ6A 3P60A 4OU1A 3W7JA 1OHLA 2DJLA 3O8AA 2FPVA 4HPXA 2P1FA 3CT7A 3TX9A 4IMEA 1KFKA 5C5YA 3N14A 4IJBA 2XFWA 3MBFA 3NAVA 3L67A 3W1UA 3SECA 4O4WA 2J88A 1NFBA 2X2GA 3P82A 4FNSA 4GUIA 4C1LA 1JQVA 5LNRA 1B9BA 2HS8A 4RLIA 4Y8FA 5LNVA 5I3FA 4IQLA 4WY0A 4XQ6A 2DZTA 1ZAHA 8TIMA 3NQCA 2B7QA 2NUWA 3GR8A 3P80A 3SR7A 3E96A 3LCWA 3LLFA 3LHVA 3P67A 5HQEA 1W5QA 1JUEA 2Z2UA 1KM3A 5AC7A 4O15A 4OQVA 3S5NA 4RCXA 3PS7A 4FEZA 3W1LA 4IX0A 4JR5A 5G2HA 3B4UA 3STFA 2YZRA 1QMLA 4TMCA 2GVJA 1H7XA 3NZ1A 3PM6A 1FCUA 1K3UA 2P10A 2ZTKA 4MY8A 1H63A 1DHPA 4Q32A 4JTTA 1OFDA 4DF0A 4O12A 1WOBA 4UFMA 2IQTA 3M41A 3W86A 4ADTA 4O0ZA 4Q33A 1H7NA 2FFCA 2NZLA 1KFBA 1FQ0A 1S5TA 4HNVA 2QCFA 4X2RA 3T4CA 3LLDA 5HJLA 3KFTA 3W7CA 3N34A 1VLWA 2G97A 2Y85A 4UTLA 3NGJA 4JGDA 3LHYA 1DV7A 4DPPA 3BPWA 3OVRA 1ZAJA 3NL6A 2FLIA 2ZZ2A 4AH7A 3KRZA 3CU2A 1I2OA 5F1VA 1RQEA 3LB0A 3N9SA 2ZTJA 3IIXA 3JRKA 1TPDA 1CX9A 3GLCA 1IXPA 2A7RA 4NJKA 2EGZA 3KHJA 2XN0A 1XM3A 3N19B 3FJ6A 3DH7A 4NNBA 3BVJA 3LDVA 2NV2A 4NZJA 2WV8A 3A5FA 2WSRA 4P61A 1TCDA 4ML9A 4PCFA 4Z1BA 1VLIA 2GVLA 5I3JA 3LXBA 3KOFA 1T99A 2JK2A 2CWNA 3W2JA 2JBMA 4JIQA 1RQHA 3NG3A 3MP3A 4MYXA 4DO4A 2QR6A 4UXDA 1KLYA 3E49A 4ZQCA 4JTJA 1GPWA 1H1ZA 1T96A 4NXKA 2Y6ZA 4JTSA 3HMJG 2YW4A 5AC6A 1DKWA 3G22A 3NVTA 1E51A 3LCHA 5I3HA 3L21A 4I7VA 1PV8A 1CI1A 3SSJA 1W3IA 4JDYA 3M43A 2QAFA 1LORA 1YXDA 4YXGA 4GE8A 4UMBA 3SI9A 2ZA1A 4NJGA 4PL1A 5BOOA 3A24A 3S6DA 2YXGA 5K9DA 2C13A 3TR2A 3LCIA 3GAYA 1U83A 3EXTA 3TW7A 5HNRA 1X7FA 3W7IA 4DELA 3P8JA 1OX4A 5FF2A 2VELA 4ADUA 4NXSA 5EMUA 1LCOA 4UFJA 4O28A 3LXCA 1T8XA 2Y61A 5AB3A 2F7FA 5AOUA 3LI1A 2YFOA 2VC6A 1ZALA 2FDSA 4JEQA 4K39A 5DBUA 4DF2A 2TYSA 1AG1O 1KV5A 4Y96A 1FCVA 2VFDA 3GKFA 3HO8A 3VCRA 1AW2A 1XDMA 5KTLA 4G1KA 5LGZA 2C0AA 4ZQMA 3W22A 3DZ1A 4I9AA 1IXOA 3D0CA 2H3BA 3BLFA 4X3ZA 1R2RA 1ZFJA 4JYEA 1IXQA 1F6KA 2Y70A 1K8YA 1L6YA 3NPUA 5D2VA 2FB3A 4AXKA 3NM3A 2CLHA 4B5NA 3IIOA 3UY7A 4X22A 4ADSA 1P5BA 4WY0B 1LOSA 1M7PA 1F73A 1P4CA 4IGHA 2V2CA 1HUVA 4AMAA 3W7PA 3S1WA 3QH2A 5BMXA 2V2DA 6TIMA 2A7PA 5IM51 1F7BA 1TPC1 4LS0A 3U8GA 4LVDA 1MXSA 3G1XA 1ICSA 2Q8ZA 3BW3A 3P84A 1JCJA 4IUOA 2C18A 4O50A 4IMGA 2UV8G 5H91A 1L6WA 1H62A 1TPUA 4M6PA 1WQ5A 4UTHA 2B0MA 4ZZ9A 1YPFA 1MZHA 1W31A 4JD4A 4RR4A 1J5TA 2J24A 3G1AA 3MBDA 1XFBA 3TUUA 1EUAA 2YYUA 2QJIA 3QFEA 3PB0A 1THFD 5CGQA 3L5MA 1AL7A 3G8EA 2EPHA 2QCCA 4FF7A 1TSIA 5HWJA 1ZAIA 5I3KA 3BGGA 3CHVA 3W7EA 3P61A 1H7OA 4LVAA 1U5JA 4GBUA 1W37A 2V0TA 4CCEA 5F1UA 1Y0EA 1NAL1 1PIIA 4KFPA 3NQMA 4MZ8A 3LGEA 1RVGA 4PH6A 3V1PA 3JR2A 4AHOA 1H60A 4EOUA 5CG7A 1ZCOA 1N55A 2DZSA 3W7OA 1M6JA 3P74A 4N9CA 2C19A 2R94A 3QYQA 3I7RA 5DN1A 2HS6A 3A9IA 1Q6RA 3GAKA 2ZCGA 1M5WA 1K8ZA 3LM7A 3LERA 1Z44A 4JTLA 2YYTA 3NL5A 2WQPA 4MFEA 4C1KA 3HG3A 4LVBA 5I3GA 1YTDA 3CC1A 3CEUA 1HO1A 2FQIA 5TQLA 3GXTA 1GVSA 5LNUA 5E0KA 3W76A 1GVRA 4MVAA 2B7OA 2TPSA 1LROA 3M9YA 3NPWA 3PY2A 3NQVA 3UWQA 4A22A 1WX0A 1SSDA 4BI5A 1YPIA 1TPEA 3NL3A 1NEYA 3FEMA 5DCDA 3UZ5A 2H90A 1SZFA 4O17A 1Z42A 1JUBA 3I7QA 4O13A 2RDTA 4LWWA 3TROA 1W5PA 1SSGA 2ZZ3A 3A5VA 4WXYA 3PBYA 4NU7A 4M5PA 2ZZ1A 2OCZA 1G69A 1XBXA 1XUUA 1G4PA 3TMLA 4E2DA 2Y7DA 2QCGA 2R91A 4K7YA 3E12A 3HGSA 1MSSA 2FB2A 3W6YA 3CWNA 2VFIA 4RX0A 4ORIA 4BK9A 1OFEA 5AHEA 2YX0A 4AF0A 4NJIA 2NUXA 4JN6A 1J2WA 3W7KA 3N9RA 4YLWA 4FNRA 1FWSA 4IMFA 4AAJA 2A85A 3QMTA 1EWDA 5E1QA 4JTHA 2QKFA 1OX4B 3DFOA 4UFKA 1B4EA 3NQ7A 2W79A 4RV8A 3KX6A 5L9FA 3PF3A 1VR6A 3W7DA 2QCNA 4CQ9A 3KVMA 5SWUA 1GJPA 4GUJA 4FHAA 4EF9A 1XBVA 5KMYA 1FBAA 3INPA 5L6UA 2JGYA 1B57A 4LNYA 4UTKA 3SY5A 3A21A 3VNDA 4Z08A 2ISVA 3THAA 3TSBA 2VFEA 1G7UA 4ALDA 1L2UA 3NQ8A 4FXSA 5LGXA 3O63A 4JX5A 3DHFA 3M44A 1FXQA 4NX0A 1I2QA 4JX4A 1V5XA 2PRMA 3S9YA 5CZTA 1F5ZA 3WJYA 4QITA 3UQNA 1O95A 3PC0A 2QAPA 3W75A 4QAIA 3FFSA 4UTMA 3HIJA 1ME8A 5DCEA 3THQA 3QW4B 1DQXA 4S2CA 3EX3A 1GQNA 3LTSA 4FO4A 3QZEA 1SQ7A 3TXVA 3EWBX 4JTIA 4OT7A 3W72A 3CM4A 5IBXA 3DKJA 3EX1A 3W73A 5K7JA 1LYXA 5F2MA 3EWUA 4RZ6A 1ML1A 3LTPA 3LCLA 4UTWA 1M7OA 4OWGA 3ABRA 4GWEA 2RDUA 2CZEA 2FPTA 1OFBA 2AGKA 3EKLA 3TAOA 3L65A 1HL2A 3CIXA 5KINA 3HG4A 4QQ3A 3B0PA 3I7SA 2VFHA 3R2GA 3W23A 3W7RA 3OVQA 1VGAA 2PURA 3MO7A 4JYFA 3L9CA 3TH6A 1AL8A 1A5BA 2EAWA 4OV9A 1AMKA 1EX5A 1GVOA 3EX2A 1TV8A 1Q45A 2NUYA 1GOXA 3DFQA 1OF8A 4IPJA 3IIZA 1J4EA 1LTDA 2BXVA 2DZPA 2ZRWA 4LRTA 4NNAA 6ALDA 4FNTA 4OE7A 3OEXA 4JTUA 2H8ZA 1WA3A 4Y9AA 5HUPA 1ZNNA 1EUNA 2GVGA 3UWVA 1EA0A 2H3DA 3HG2A 1TTIA 3LCXA 4NUWA 4TU1A 3HBLA 1VS1A 2E68A 4RZ5A 1XL9A 5G5IA 1SFJA 3NOEA 4MFDA 4L4LA 4UNKA 1F05A 1TJRA 3W2UA 3CQ0A 4JYDA 2GQ9A 4E2BA 3BO9A 3S8HA 3S1XA 1A50A 2W6RA 1UCWA 1SR9A 2YGYA 4YL2A 2ABAA 3C4UA 3C8FA 2VOMA 1SO4A 2X1UA 3DFSA 3LBMA 2E6DA 4M6QA 2Y7FA 1LRTA 1D9EA 1WOAA 3W1NA 3TC7A 1JCMP 1NF0A 1EEPA 4UTIA 1Q6QA 3L68A 5K4ZA 1H50A 2I9EA 3FOKA 4K7VA 1X8FA 4N4QA 4MZYA 1OFPA 4HNNA 2NXIA 1KTNA 4WOZA 3B06A 3TJXA 3IVSA 2QCLA 3WK0A 4J9JA 3NO5A 4QISA 4Y6GA 5AYZA 4N02A 3NNTA 3ABSA 2GPTA 3C2FA 1SO6A 3L0GA 3BV4A 1F76A 5D32A 4MYAA 2WNNA 3GYEA 3PUOA 2DJXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4U33 A;  1FH9 A;  4M1B A;  4AEE A;  4B5W A;  4DJE D;  4FAL A;  2DGA A;  4U5I A;  2WKG A;  2CU0 A;  5A8Q A;  1UZD A;  3WCZ A;  1UR2 A;  4BCE A;  5CGT A;  4MLR A;  1R3V A;  2VCC A;  5CXP A;  5D04 C;  1MEH A;  3RRA A;  3EDJ A;  3MB9 A;  4I5X A;  2CPU A;  4DBD A;  2A2I A;  1V3K A;  3LLX A;  1AQ0 A;  3BMW A;  4K1G A;  4QQU A;  1KXH A;  4NZ4 A;  1YPX A;  3UET A;  4Q4P A;  3IGX A;  1XLJ A;  1EBG A;  3SFW A;  4W9T A;  4OOZ A;  4JHO A;  3Q2D A;  4E5T A;  3QQ0 A;  3NXF A;  3T42 A;  4IIC A;  4HNO A;  4NI8 A;  2YA1 A;  1KFE A;  1KGU A;  3AO0 A;  4Y9N A;  2MNR A;  1S5W A;  2FFI A;  3UGR A;  2D69 A;  2QGH A;  1WE5 A;  1TE6 A;  3NQD A;  3HQP A;  3V75 A;  1KRC C;  3ZWS A;  5KZD A;  5F2G A;  3EWY A;  1Z6K A;  2E9B A;  2Y8U A;  1SFL A;  3LHZ A;  2RGL A;  3SUV A;  2BS9 A;  1O1Z A;  1NDY A;  5FF0 A;  1FY6 A;  4MKN A;  3UW6 A;  4C1N A;  1CPU A;  4RJE A;  3C86 A;  4JCM A;  4Z2L A;  3PPH A;  4ERA A;  4Z0J A;  1ISY A;  2OZ0 A;  1Z8A A;  5DMM A;  4B3Z A;  3GHS A;  3N2X A;  3DI0 A;  4R7J A;  5KZM A;  1HG3 A;  4HCD A; 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